3CMIA

Crystal structure of glutathione-dependent phospholipid peroxidase hyr1 from the yeast saccharomyces cerevisiae
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
Knots found
sequence length
161
structure length
143
Chain Sequence
SEFYKLAPVDKKGQPFPFDQLKGKVVLIVNVASKCGFTPQYKELEALYKRYKDEGFTIIGFPCNQFGGVTFPIMKKIDVNGGNEDPVYKFLKSQKSGMLGLRGIKWNFEKFLVDKKGKVYERYSSLTKPSSLSETIEELLKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Peroxiredoxin HYR1
publication title Crystal structure of glutathione-dependent phospholipid peroxidase Hyr1 from the yeast Saccharomyces cerevisiae
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 39
structure length 143
sequence length 161
other databases KnotProt 2.0: Artifct K +31
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3cmiA00
5D93A 1XW9A 2B5EA 1AIUA 4MDCA 2IL3A 2CX4A 2IWTA 4TR3A 1SK1A 2XBQA 1Z7PA 2PERA 3IHQA 1ZMAA 3EU4A 3P8WA 3GN3A 5JCUA 1ZCPA 1T3BA 3F4RA 4ECBA 5L71A 4E8EA 3L9SA 2MZCA 3PGTA 4BPYA 1SK0A 1KEBA 1OE8A 2L6DA 2YWNA 3N9JA 3L9VA 1K3LA 2FY6A 4TR0A 4V2MA 4X1UA 3VFIA 3C73A 4ZBAA 1BAYA 1AUCA 5ABRA 2LRTA 2RIIA 5GAND 2LRCA 2VCXA 1OC3A 4K9ZA 1J0FA 3F4SA 3E3EA 4HJMA 3H79A 2GSTA 4MK3A 2NVLA 1JZDA 4PX1A 3FZAA 1G6YA 4NXIA 1TDIA 3IDVA 2ON7A 5DALB 3JCML 1MD4A 1U88A 5J3RA 3Q19A 1GLPA 1AW9A 4OCEA 5IO0A 2RM6A 1OC9B 4N30A 5EVOA 2WGRA 5B6NA 4K0GA 1ERWA 1XFLA 3TRPA 1YEPA 2N5BA 2EIOA 1M9AA 3EYTA 3DD3A 5GAPD 2RUFA 4EL1A 1BEDA 2NPBA 2DIYA 1PGTA 1J9BA 4ZILA 2QKEA 1FB0A 1GUHA 2NTOA 4TOPA 3LSZA 3QAGA 3DRNA 4YAVA 1EV4A 20GSA 2QGVA 2CAQA 2HZEB 3V1WA 3KP8A 3Q6OA 4MH3A 2JSZA 4CDOA 5IOWA 3A5WA 5DBQA 4EXJA 2JADA 2IMEA 2YZUA 2BJXA 3BOAA 4ZBDA 4IS0A 2CZ2A 2O7KA 8GSSA 4FO5A 3ISOA 1YJ6A 4POMA 1A2MA 5H5RA 2GDRA 1XCCA 2C0GA 3QDNA 2GTUA 3IR4A 3UIWA 5G31A 3IV4A 4GSNA 4HEA2 1WE0A 1NSWA 5DCGA 1O8WA 2MBSA 2C80A 4ZB6A 1Q4JA 1RQMA 4KGIA 4JEDA 1O81A 2AJQB 4ULXA 2IPAA 3D4MA 1ST9A 3A2XA 1YQ1A 1UVZA 4DEJA 2H72A 3FKFA 4P3YB 4WEYA 2IMKA 5IMAA 4KB3A 3SBCA 3DVXA 3M1GA 1T4ZA 1PRXA 2PBJA 4IN0A 3QFAC 3VWWA 4KNDA 3VK9A 4ML6A 5D9XA 4ZBBA 3H8QA 2HSYA 4KAEA 3IPZA 7GSSA 3GH9A 1T4YA 2WZ9A 4IQ1A 2DJKA 5KEJA 3SWLA 1O7UA 4NWYA 4RI7A 1QUWA 2FHEA 4JU5A 5IMVA 2VM1A 3TRXA 2H0GA 1S3AA 1W89A 4OO4A 5ECOB 2VL2A 4MJBA 4KW6A 1VF1A 3A3TA 3KCMA 2FA4A 3WYWA 1XIYA 3F8UA 3NIVA 4TKYA 3GTUA 2XPEA 5HQPA 4LL1B 3FR3A 3KJYA 3LGCA 4XIHA 3D6IA 2HYXA 1K0MA 1HNCA 5EL8A 3VI5A 2VCTA 4BWQA 2DJ1A 4PQ1A 4JZQA 3GURA 3FRCA 4KSOA 3CSHA 1ILOA 1Z6NA 4IP1A 2HXKA 3TKPA 3GSTA 3QOUA 5B8BA 4KDUA 2VOCA 1V98A 3CMIA 2KHPA 3C1RA 5HR2A 4RQRA 5DAKA 2AAWA 1X5CA 4EDYA 4K7OA 3UAPA 5IPHA 2CVKA 3UMAA 5DCHA 2R5GA 3NZNA 3WT2A 4K8MA 3UBKA 1WWJA 1X0RA 1A24A 2VIMA 3MWHA 2H71A 4OWYA 1YKAA 1PMTA 4EE0A 1M99A 2HZEA 3QFBC 1GTUA 1JLVA 1PKWA 2VM2A 4PNGA 4J56E 4FYBA 1R5PA 4K2DA 3ERGA 5ID2B 2P31A 3IXRA 1TRWA 5E4WA 1ACVA 2VCQA 5HR1A 4KSMA 3LWAA 2VO4A 4OCFA 4EVMA 2KP1A 3FZ5A 1JZWA 2LUSA 1GTAA 4XS6A 3UVHA 4ML1A 5F07A 3C71A 2P5QA 1K3OA 1YY7A 2ES7A 2H73A 5JWRB 5H5SA 1WPIA 5IMFA 1TXXA 3HXSA 2M46A 1HNAA 4ECJA 2IMFA 3FZ4A 5A5KA 3EINA 2DJ0A 2B3SA 1XW6A 2C0FA 1G7OA 2FWEA 3HZ8A 1FB6A 2IFQB 1GTIA 4EF0A 1Z5YE 4KE3A 3HD5A 5J9CA 1GSEA 4TR1B 4MP4A 2HNLA 3U5RE 1ERTA 3GA4A 5G5FA 4HJ2A 2VLVA 1XZOA 6GSYA 1VF3A 5LNKe 2X8HA 4HQSA 3ERFA 1E2YA 2C3NA 5DQYA 2WULA 3FY7A 2AHEA 14GSA 2YWIA 4K7IA 4WETA 4HQZA 4DSSB 4LMWA 1YDKA 3DMLA 1V40A 1B8XA 3IE3A 4JBBA 1PL2A 4HZ4A 3BCIA 1K0CA 2XBIA 1A2JA 5ECKB 3D5JA 2R37A 3DGQA 4ZXGA 4MA9A 5F06A 5ECLB 1NHYA 3KZQA 5A4UA 2DMLA 3BD2A 3QCPA 4BVXA 2PN8A 5KN0A 4TN8A 3EWLA 2F8FA 2I4AA 2LRNA 4XS1A 2LJKA 1XWBA 1SJIA 2AV4A 1F9MA 1ERUA 3W8SA 1O85A 2GQKA 1F3AA 2E0QA 3TGZA 2JACA 3FEUA 4OFTA 3VWVA 1K0DA 4EDZA 2OBIA 4LL4B 2I81A 2JZRA 3IRAA 3IK9A 4D73B 1X5DA 5IQYA 3VWUA 4XTSA 1MTCA 3ZLPA 5AGYA 2GSRA 2OBKA 1F2EA 4TR4A 3KMOA 2JZSA 1TRVA 2BMXA 3HZ4A 1AQWA 1XXUA 2YPMA 4LLRA 1A8YA 4NAXA 11GSA 1WMJA 2YV9A 3GNJA 2H76A 3ZMLA 4GCIA 1SYRA 2YN1A 3FW2A 5ECQB 2B5YA 3HVXA 1T1VA 2H6YA 3ZFLA 2V2GA 1CQHA 4FH8A 1KBNA 5DVBA 3PINA 5JCWA 2LS5A 5CRGA 3KMNA 1O6JA 1OKDA 4FYCA 4EO3A 1HQOA 5ID2A 4MZBA 2A2SA 5B6MA 1A23A 2NDOA 2H66A 5KN2A 4LA1A 1EWXA 2WRTA 4N10A 1EP8A 5DQSA 2DBCA 5CNWA 5G30A 3RPNA 2V32A 2H30A 4OO5A 2YNXA 4KH7A 4PQIA 4XS4B 2LJRA 2F9SA 1SL0B 2OACA 2K8SA 2X8CA 4PXOA 5ECMB 5ECRB 3C8EA 1GP1A 1TRSA 1TU7A 4XCSA 3BCKA 2GQLA 3TOUA 2DMMA 3TRQA 2TRXA 1GSFA 2CAIA 5J5NA 2I9HA 1N8JA 2FCHA 2OE0A 3HHVA 3WGDA 2JU5A 1GUMA 3BJ5A 1SU9A 4KX4A 6GSTA 2PU9C 2H75A 1GULA 13GSA 1SKSB 2OE3A 1HD2A 4PNFA 2E2GA 1K0AA 4ID0A 2YWOA 4IQAA 2JSYA 3U6VA 2G0FA 1XW5A 4MF7A 3ZFBA 2L5LA 3GL5A 4BA7A 4RI6A 1U87A 3KGKA 3TB2A 2ON5A 4F0CA 3EMXA 3CBUA 4IVFA 3GH6A 3K8NA 5A4VA 3W6GA 3EU3A 3H93A 2KLXA 1EEJA 4X43A 3QMXA 3CRUA 2C1YA 2PVOC 1G7EA 3H4KA 1SD9A 5E59A 3GL3A 1R5AA 2GQMA 5G2ZA 3GSSA 2HI7A 3G7IA 2EIQA 12GSA 19GSA 4DSRA 2BTOT 3F63A 3TUEA 5COHA 5F05A 5HFIA 4EKZA 1FO5A 2VUPA 5AN1A 5CAXA 2HT9A 1PX6A 1VF4A 1TJDA 2H19A 2YCDA 3IOSA 4N0VA 1EP7A 4WF5A 4TXOB 4HUAA 2LTKA 1QQ2A 4IBPA 1JZOA 4GQCA 3F9UA 2MMAA 2H01A 3ERWA 5C04A 4WR4A 4G2EA 2GZYA 2LV3A 4OFNA 2C8UA 1WRYA 4K7NA 4KUNA 2N5FA 3I9V2 4ZL8A 4PURA 4GWRA 1GLQA 3I69A 1ERVA 1GNWA 1U6TA 6GSWA 2KP2A 3VURA 2H6XA 1F37A 2B6MA 5HR3A 2M80A 1LU4A 2YWMA 4RUVA 2D2ZA 2H74A 3GYKA 4NV5A 3L0HA 3GMFA 5LD0A 3ZIVA 3HKRA 4ECCA 2CV4A 1PA3A 2L4CA 1XWKA 2FWGA 3EE2A 3FHKA 4PGTA 3GRXA 3BBYA 2XHFA 4V1Ag 4XS4A 2CZ3A 3KEBA 3P7XA 6GSUA 2J9HA 3QD9A 1XWAA 1A0FA 2F8AA 1M7TA 3ZVJD 1XVWA 4IKHA 3KM6A 4I2UA 2A2RA 4WBJA 1O8XA 3J7Yb 5ECIB 1THOA 1GWCA 3HJMA 5B8AA 1EGOA 4GQFA 4MPGA 5D9WA 1MDIA 2FLSA 3KP9A 4KDYA 4IP6A 3OR5A 3IBHA 3WT1A 4F82A 5A4WA 3EMPA 2REMA 2VD0A 5DALA 5ELAA 3ZREA 1MDKA 1YKCA 3LFLA 2NBSA 5CO3A 2FWFA 5ELGA 3FR9A 1G6WA 1S3DA 2CVBA 3KTLA 3HVVA 3M0FA 4MH2A 3NOFA 1V58A 1OC9A 4MLYA 2HRFA 1GSDA 3LJRA 2V6OA 3Q18A 4L0UA 4RQXA 1SYXA 2FUG2 1BQ7A 4CW9A 3F0IA 1K0OA 3A2WA 4ZB9A 2WCIA 1SL2B 3RHCA 2DJJA 3PH9A 1OKTA 4HOJA 1PD21 2OJLA 2RM5A 5CRHA 4G10A 1Y25A 1B9XC 3UJ1A 2I3YA 3CRTA 4PQHA 4KA0A 2H0HA 1TOFA 3GKMA 1X9WB 3TKQA 3UVTA 1HYUA 2QSIA 2VL3A 1TW9A 3TCOA 2DSAA 3EC3A 4GLTA 2H1DA 5AIVA 4IW9A 3EURA 1T8EB 3GHAA 5KN3A 4F03A 3MAKA 4TXOA 3M9KA 2FD3A 2VLUA 2H1BA 4QQ7A 2VAFA 4Z7XA 3RBTA 2P5RA 2R2JA 3G9BA 2C4JA 1DBYA 3IAM2 2O85A 4IGJA 1AQXA 2HSHA 5IO2A 1B48A 1R4WA 2AB6A 1MD3A 1BX9A 4IHUA 3TJJA 1Z6MA 3TOTA 1PQNA 4O32A 4G9HA 5F0GA 1A2LA 2JZTA 3IA1A 5D73A 4GTUA 3GIXA 4V1Ap 5GSTA 2R3XA 3TKRA 5INYA 4JE1A 5D8IA 1LBKA 1SK2A 2DIZA 4L5OA 4K6XA 1GUKA 5IMCA 6GSSA 3TKSC 1QXHA 3APOA 1FHEA 5D9TA 2X8GA 3W8JA 4GF0A 1THXA 3ZVJA 2XC2A 2GZPA 5IMDA 3HYPA 4MF5A 2KOKA 1ZYQB 1GTBA 2K8VA 3O76A 5IM9A 2FNOA 3GX8A 3LG6A 2GZZA 1JLWA 2VCZA 22GSA 1V2AA 2VL9A 1AC1A 4Q5RA 1W4VA 4JRRA 4WXTA 5ECPB 2CT6A 1EOHA 4GRFA 3L4NA 1ABAA 1GSSA 4DVCA 1M2BA 4EC0A 6GSXA 6GSVA 4XRDA 1X9MB 4XHMA 2LEGA 1Y6EA 18GSA 1USBA 2K6VA 2CQ9A 2H0IA 5D9VA 3KH7A 4MJAA 10GSA 1GNEA 3US3A 5ENUA 2WDUA 3P90A 3UARA 1UN2A 2CX3A 2LJAA 3IAS2 1VRSD 5ECNB 4G19A 2DLXA 1SJ6A 1B4PA 3QAWA 1TTZA 3R2QA 1TK8B 5G5EA 3KTBA 3E9JB 1YEXA 2YV7A 17GSA 1XOAA 1V57A 4NPBA 1RK4A 2DJ2A 4LMVA 2YANA 3HA9A 2L57A 2DC5A 2GSSA 1GL8A 2DJ3A 5ECSA 3D22A 1AAZA 2WS2A 3ZIJA 3ZZXA 5CRWA 3TDGA 3MSZA 2L59A 1FW1A 5JWQB 4IJ3A 3FZ9A 4MJCA 3VI7A 2IIYA 3TJGA 3DKSA 2GLRA 5G1KA 2EC4A 4HU7A 3CSIA 4ZB8A 3HJOA 3RPPA 4ZIJA 3ZITA 3HVSA 4BWSA 3LXTA 5J9BA 2B7JA 2HE3A 4MJEA 1OE7A 2ALBA 5AIXA 1PL1A 4X0XA 1SENA 1DE1A 4WKWA 2MMNA 4WF4A 1PKZA 2A4VA 3KD0A 5LCZA 2YP6A 1PX7A 4QL7A 4XRAA 1EOGA 5EPFA 3MNGA 2R6KA 4CHSA 3F3RA 3F3QA 3QAVA 3CTFA 4GXZA 5HFKA 1VF2A 3DEXA 1XVQA 5EY6A 1FVJA 1KNGA 4ACSA 2X64A 5CREA 2GT6A 2IFQA 4MCUA 3WD6A 3RHBA 1I9DA 3DVWA 4AJ8A 2B1LA 2FGXA 4TR1A 5DJMA 3LEFA 3FYGA 3O3TA 3APSA 2V41A 1U3AA 3LORA 3VLNA 4AJ7A 5KN1A 1WOUA 3ZRDA 5IIZA 3C7MA 4WBRD 3L9UA 2LNTA 4OD7A 3GTUB 2GGTA 4K0NA 1FAAA 2OADA 3M9JA 1O73A 4HS1A 2LKUA 1Z9HA 3D0ZA 3H1NA 4HDEA 2LQOA 4Q5NA 3TJKA 5IPGA 4KDXA 3DXBA 4OMVA 4DSSA 5B7CA 4AGSA 3EVIA 4N0ZA 4POKA 1N2AA 1H4OA 1DE2A 3ZL5A 1V9WA 3APQA 4TRXA 2X99A 2XPDA 5DAKB 3FK8A 3LQ7A 2IMDA 2PVQA 4H86A 3Q74A 1ZZYA 3D21A 1VGLA 3ZTLA 4YQVA 3WGXA 1SL1B 1H75A 2HRNA 2ZUPA 4V2NA 1QMVA 3J7Yk 4HU9A 1JFUA 2B5XA 2OA7A 4BL7A 2CVDA 2VL2C 1OYJA 2H6ZA 3KXOA 2LNSA 5GSSA 2YJHA 4D73A 4TW5A 2OKAA 5C00A 4YQUA 1S3CA 4MABA 4GSSA 4QL9A 1K0BA 3CSJA 1QK8A 1GRXA 1TKDB 1SJZA 5J41A 1TU8A 1XOBA 3CYNA 1BG5A 1E6BA 1FVKA 1IYHA 4FIWA 4ZL9A 1KTEA 4KCAA 4O92A 5D96A 4EUYA 4O5RA 2TIRA 4J2FA 4NV2A 3VWXA 3GFKA 1B4QA 2L6CA 2H8LA 2RUEA 3KIJA 2AYTA 1CQGA 2PGTA 1TRUA 1XBSA 1ON4A 3MDKA 4MPFA 1X5EA 1X9SB 1DUGA 1ZGNA 4YAPA 1R26A 1JZRA 1YF1A 2E7PA 2PUKC 3HY2A 5ECHB 4AF2A 1YZXA 1AXDA 1QFNA 1R7HA 2VD1A 1EZKA 1T00A 2V6KA 2O87A 3GV1A 1NW2A 3PR8A 1AQVA 4ILFA 3TJBA 3I43A 4L5LA 3HDCA 2O89A 1ZL9A 4Q5FA 2R4VA 2MMOA 2G2QA 3G7JA 1JHBA 3UBLA 5G1LA 1M2DA 1UC7A 1U3IA 1BYEA 1ZYEA 2F51A 2C0DA 3ME8A 4OFMA 1EGRA 3HCZA 5IMZA 1A0RP 3CTGA 4JR6A 3F6FA 4HZ2A 4MZCA 4HI7A 4I5QA 2I1UA 2J23A 1Z7RA 1XWGA 2VCVA 4K1FA 3AY8A 1T7PB 1URMA 3C1SA 4J57E 1WIKA 1UA5A 2YOIA 1SD8A 1ZOFA 3I6AA 1G0TA 2JL4A 2AUVA 4FYUA 3UL3A 3TKSE 5HR0A 1RW1A 2ZNMA 1GSYA 1PSQA 1Q98A 4PUAA 3WGEA 2GSQA 2HZFA 4AJ6A 4L8EA 3KH9A 3LXZA 5H5QA 4IELA 3P2AA 2B7KA 2H1GA 3CXGA 1WP0A 3QR6A 1TI1A 5J4UA 1FOVA 9GSSA 3S9FA 1NM3A 1OC8A 3FR6A 4MZWA 3O6TA 1I5GA 3N5OA 5DDLA 3ZYWA 4DSQA 2F3MA 4I97A 1B9YC 2FWHA 4V2LA 2KUCA 5CRDA 2N5AA 1TK0B 1GH2A 3TJFA 2YJ7A 3HJPA 2IMIA 4JR4A 3DWVA 1F3BA 3A2VA 2VCWA 3QPMA 3UEMA 2L4QA 4ZL7A 2MYGA 3DIEA 1J08A 1QGVA 2MMZA 4POLA 5GZZB 3VPTA 1BJXA 2CA8A 1K3YA 3M3MA 4TXVA 3IK7A 1MEKA 1Z3EA 1TP9A 4GSTA 1LJRA 4ISDA 4MMMA 4F2IA 4L0WA 2PWJA 4POBA 4PUFC 4ECIA 2GVPA 5DJLA 1ML6A 1YF0A 2IN3A 4N11A 3GKNA 2OE1A 2WB9A 1IYIA 4E8HA 3G7YA 2GT5A 4TVEA 2K9FA 2VLTA 2GS3A 1DSBA 3DYRA 2LQQA 2M72A 2O8VB 3M8NA 4F9ZA 2RLIA 4KCEA 1F6MC 5AISA 2C3TA 2HLSA 2WFCA 2PPTA 1C72A 4YH2A 2C3QA 3GKKA 1M2AA 1TK5B 2K18A 5CYYA 1SKRB 4I8BA 3ZMKA 3L78A 3GKXA 5FWGA 3LYPA 5IOXA 4WR5A 2HFDA 2TRCP 4NMUA 2WJUA 3E0UA 4Q5QA 4NHZA 3VPQA 2MBTA 16GSA 3LYKA 1OAZA 5HFGA 1WJKA 2IJYA 2P0GA 1EV9A 2PMTA 3GUSA 2L5OA 2QC7A 2H1AA 3RDWA 1EEMA 1XWCA 4I2TA 5CP1A 1A8LA 3UOMA 2EIRA 3F6DA 2E2MA 2ZCTA 3D4TA 1HNBA 1FG4A 4O7HA 4F0BA 2V1MA 4MF6A 2B1KA 4IJIA 3ME7A 1GSQA 4I6XA 1NHOA 5FHIA 4NHWA 5F8BA 1TI3A 3F4TA 1GSUA 1M9BA 5JWOB 1PN9A 3ED3A 2YZHA 5JCGA 4YQMA 5FT3A 3RAZA 3TKSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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