The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
GAMGMSVADFYGSNVEVLLNNDSKARGVITNFDSSNSILQLRLANDSTKSIVTKDIKDLRILPKNEIMPKNGTKSPSTNSTKLKSAETYSSKNKWSMDCDEEFDFAANLEKFDKKQVFAEFREKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
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| molecule keywords |
EDC3
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| publication title |
The Structural Basis of Edc3- and Scd6-Mediated Activation of the Dcp1:Dcp2 Mrna Decapping Complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| total genus |
10
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VU3 C; 4WF2 A; 4M75 E; 2YLC A; 5GAM g; 4C8Q C; 1JRI A; 1WNL A; 2DXT A; 4N0A A; 1BIB A; 3BFM A; 4M78 D; 4PJO G; 4A53 A; 1I5L A; 2E65 A; 1Y96 B; 3FJP A; 4C92 B; 4M77 D; 3RKW A; 1KQ2 A; 3V7S A; 5GAM e; 2I2L A; 1MGQ A; 5LJ5 h; 3L2Z A; 5GAN 5; 4M7D F; 2HNI A; 2DEQ A; 4M78 G; 5GAO m; 1TH7 A; 5LJ5 j; 4XTU A; 3QSU A; 3V8K A; 2QTX A; 2DTI A; 5LJ3 g; 5GAN d; 3BDU A; 4EMH A; 4M77 G; 4M7D A; 4M7A E; 3M4G A; 2DKG A; 2DTH A; 4XTY A; 4EMG A; 1U1S A; 4C92 C; 1M5Q 1; 3HFN A; 5GAO q; 3JB9 F; 3JCM f; 5GAN h; 3INZ A; 2K57 A; 3RUX A; 4C8Q B; 5GAN e; 4EMK A; 3GIB A; 5GMK h; 4M75 F; 5GAN j; 4HT9 A; 5GMK e; 1WPY A; 3JCM J; 1JBM A; 4M78 A; 5GMK j; 1YCY A; 5GAO n; 4M75 A; 3L1A A; 4M77 A; 4C8Q E; 5I21 A; 3SWN B; 4N0A C; 1B34 A; 1HK9 A; 5LJ5 g; 3JB9 D; 4PJO B; 3EFS A; 4XTV A; 1X01 A; 5LJ5 d; 3V8J A; 3JCM c; 4X9C A; 1D3B B; 4M75 D; 3JCM Q; 1LJO A; 4J6W A; 4JLI A; 4NL3 A; 4M7D G; 2EJG A; 4M7A F; 3JB9 G; 5LJ5 e; 5GMK l; 4F7U B; 5GAN g; 1I81 A; 2E10 A; 3FIF A; 4J6Y A; 3SWN C; 2YHT A; 4M75 G; 3HFO A; 4M7D C; 4PJO C; 4M77 B; 4C92 E; 3BY7 A; 1I4K 1; 5GAM f; 1B34 B; 5GAN 2; 3RER A; 3QO3 A; 2VXE A; 3RES A; 4EMK C; 5GAN 4; 4XTZ A; 4F7U E; 2DVE A; 4J6X A; 3RKX A; 4M7A D; 4C8Q F; 4M78 C; 4JUV A; 2RD1 A; 4Y91 A; 3EFR A; 2DZ9 A; 4M77 C; 5DY9 A; 3BW1 A; 3FB9 A; 3V8L A; 3JCM d; 3JCM P; 4QVC A; 5CAI A; 4M7A G; 5LJ3 f; 2FYK A; 3PGG A; 2Y90 A; 2DJZ A; 4PNO A; 2FB7 A; 4M7D B; 1U1T A; 2EJ9 A; 4JRI A; 1KQ1 A; 3JCM h; 2RM4 A; 2VXF A; 4DQ2 A; 5GAO r; 4C8Q D; 1N9S A; 2VC8 A; 1M8V A; 4EMK B; 3HSB A; 2RA2 A; 4A54 A; 4C92 F; 3JB9 I; 1N9R A; 4OP0 A; 4XU3 A; 3RKY A; 4M78 B; 4NOY A; 4XU0 A; 2CGH A; 3AHU A; 4M7D E; 3JB9 H; 4PJO E; 3JCM b; 1Y96 A; 2E1H A; 4M75 B; 4XU1 A; 4C8Q G; 4F7U F; 4M7A A; 5LJ3 h; 2DTO A; 4XU2 A; 3JCM W; 3SB2 A; 5LJ3 j; 5LJ5 f; 3QHS A; 1LNX A; 5GAO l; 4M78 E; 5GAO p; 4XTW A; 4C92 D; 3JB9 J; 4V2S A; 1LOJ A; 4QVD A; 4M77 E; 3V7R A; 3JCM X; 4M75 C; 5GAM d; 3JCM g; 5GMK m; 2EWN A; 4C8Q A; 2RB6 A; 5GAN 6; 3JCM V; 5GAN f; 2E64 A; 5GAN 8; 4M7A B; 4C92 G; 2E41 A; 4JRK A; 3RIR A; 5GAM h; 4X9D A; 1HXD A; 4NL2 A; 4MMK A; 3QUI A; 4PJO F; 1I8F A; 4F7U G; 5GMK i; 3JCM e; 5GAM j; 2YLB A; 5GAN 3; 4HT8 A; 1BIA A; 3SWN A; 4RCB A; 5LJ3 d; 4PJO A; 3V7C A; 2EAY A; 4XTX A; 4M7A C; 2DXU A; 4M78 F; 4C92 A; 1D3B A; 2EJF A; 4XQ3 A; 4MML A; 1WQW A; 2DZC A; 5GAN 7; 5LJ3 e; 1H64 1; 2ZGW A; 1WQ7 A; 2JN0 A; 4HA8 A; 4M77 F; 4M7D D; 4F7U A; 4J5Y A; 4PJO D; 4RCC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GBQ A; 4N0A A; 2O31 A; 2JXB A; 1KQS A; 3MKD A; 4GY5 A; 1YJ9 T; 2ROL A; 2K3X A; 2VB6 A; 1KSW A; 4GLM A; 2F2X A; 3CBO A; 2AZS A; 2NYS A; 1MGQ A; 1PHT A; 2DEQ A; 2KRN A; 3MET A; 2MF2 A; 4A4K A; 3VS6 A; 5GAN h; 1YBY A; 3S6W A; 3GIB A; 3H6Z A; 1UGR B; 5GAO n; 4M75 A; 2QI2 A; 4LDW A; 4LE9 A; 3CPW S; 2ED1 A; 3GF5 A; 5FU7 C; 2MYS A; 1X6O A; 5FRN A; 4J6Y A; 4CC7 A; 3OSV A; 3EH1 A; 3CCM T; 1EIF A; 2F2W A; 3QO3 A; 3C95 A; 4EMK C; 2EBP A; 4FSS A; 1M2O A; 3M58 A; 3GP8 A; 1VQ6 A; 2O9V A; 3CCJ T; 4C0D B; 2AHJ B; 4PKC C; 2M16 A; 4QVC A; 4J9G A; 5LJ3 f; 2K3B A; 1OX9 A; 2VC8 A; 2LNV A; 2QDL A; 2P0Q A; 4XU3 A; 1YJN T; 4A4E A; 2DA9 A; 2BE9 B; 4M78 B; 4Z89 A; 2RHI A; 4KH1 B; 3JCM W; 3CQT A; 4BI4 A; 2SEM A; 1RUW A; 3M54 A; 4QVD A; 2PVG B; 4JJC A; 3NTK A; 2RB6 A; 3CCJ Q; 3JCM V; 1I07 A; 2KYM A; 4JRK A; 1QCF A; 4OMN A; 1DJ7 B; 2ZPE B; 3M0Q A; 1VQ8 A; 3OQ5 A; 4F7U G; 2OI3 A; 4JRP A; 4RCB A; 2C0I A; 2CS7 A; 3V7C A; 2CT4 A; 1NE8 A; 2DZC A; 3M0U A; 2JN0 A; 1W4S A; 2MIO A; 2M1H A; 1UFF A; 1YWP A; 5HY6 A; 1W2B P; 3MEV A; 4F04 B; 4D6W A; 3FJP A; 1M2V A; 2EYX A; 4A4H A; 1ZSG A; 4FSX A; 3CCR A; 3UAT A; 1VQ6 Q; 5LJ3 g; 2DL4 A; 3EG1 A; 4EPC A; 4HCK A; 3JB9 F; 2KGT A; 3CPW P; 2DRM A; 1W1F A; 2K6D A; 3INZ A; 4J9H A; 1UJY A; 1JBM A; 2J6F A; 4FCY A; 2XI9 A; 4J83 A; 3RBB B; 4N0A C; 4PK4 A; 4BI3 A; 3EFS A; 1GBR A; 2KVQ G; 3M0S A; 3OBW A; 3MEW A; 2DEU A; 4VUB A; 4N4G A; 1K73 C; 2QEX A; 2EVR A; 4LNP A; 2D1X A; 3VRZ A; 1GL5 A; 3TSZ A; 3E2U A; 1VQ8 Q; 2KXC A; 4LD9 K; 4FYX B; 4AMC A; 2DET A; 2RPN A; 4L6V 5; 2ED0 A; 1U1T A; 2EJ9 A; 2DXC A; 1K0X A; 1GRI A; 5A0L A; 4RTZ A; 1KC8 R; 1GFD A; 4XU2 A; 1B7T A; 2E5K A; 2NUP A; 1VQO T; 1C0M A; 1RAE B; 2JMC A; 2QAZ A; 4ESR A; 1K9M U; 2DER A; 1M1K U; 9ATC B; 3I9Q A; 1IHV A; 1ABQ A; 3CME A; 3EGD A; 2E64 A; 2HQH A; 1AWJ A; 2KYB A; 3CC4 A; 1K8A C; 1VQ5 Q; 5CVI A; 4Z8A A; 5EC7 A; 2GTO A; 3S3M A; 1C6V X; 4J5Y A; 3MP1 A; 4MZP A; 3URG A; 2BZ8 A; 3I55 A; 2QEX Q; 3UT1 A; 4IUQ A; 1K9M C; 1X75 C; 3X26 B; 3TCJ A; 2FZK B; 2I2L A; 1WJS A; 1M1K C; 1Q86 U; 4CI0 C; 3MP8 A; 4M77 G; 3ZEH A; 2B8A A; 1VQ9 T; 4JZ4 A; 4BDZ A; 1BKB A; 2E70 A; 4C8Q E; 4HCC A; 2LX7 A; 4LDX A; 2M9U A; 2YXY A; 3EG9 A; 5IHK A; 4BE1 A; 3LGL A; 4J6W A; 5I2M A; 2X4X A; 1VQM T; 4F7U B; 1VIE A; 2I0N A; 3HFO A; 2VXE A; 1Q86 C; 2COZ A; 4FT2 A; 1VQ9 Q; 1WJR A; 2OTL A; 1BU1 A; 4OGE A; 1KG1 A; 4UC4 A; 1BI3 A; 2Y90 A; 4MZM A; 1MMD A; 2JVV A; 2K5L A; 4F17 A; 4C8Q D; 2KE9 A; 4M7D E; 1SG5 A; 1QVG A; 2D0Q B; 2KSS A; 3LWI A; 2ROT A; 2RQR A; 2CSI A; 4RTW A; 2FG0 A; 1M3B A; 5IHN A; 2L3S A; 5FU6 C; 1I8F A; 4LUD A; 1QVF A; 1TG0 A; 2A0F B; 2HEQ A; 2YUQ A; 5I22 A; 2K5I A; 2PVO B; 4WTO B; 1O75 A; 2DXU A; 2IG0 A; 3HTR A; 1Q82 U; 4C92 A; 3OYH A; 2RQW A; 4E7I A; 1GFC A; 4M7D D; 4ZNX A; 2MI6 A; 1X43 A; 2V1Q A; 3OYG A; 2EKH A; 4PJO G; 1BIB A; 2KRS A; 1FYN A; 2MWO A; 2JMA A; 1Y0M A; 1YI2 Q; 4OML A; 2DRK A; 3M4G A; 2AT1 B; 1V76 A; 5IH2 A; 3HFN A; 1QWE A; 3RUX A; 1OPK A; 2KNB B; 1ACM B; 3X24 B; 3JCM J; 1R8O B; 1H8K A; 2JM9 A; 2HL3 A; 2MMP A; 3OYI A; 1FMK A; 2RJF A; 3Q1J A; 1NPR A; 2GQV A; 3QKJ A; 4OB2 B; 4JLG A; 1QLY A; 2E5Q A; 2W10 A; 2PZ1 A; 4AT1 B; 4JPB W; 1N8R U; 1UHC A; 3RER A; 2DE0 X; 2O01 E; 1OZ2 A; 3CC2 A; 4J6X A; 3I56 A; 1N6A A; 3HPW A; 2DZ9 A; 4Z02 A; 5AYF A; 3LW5 E; 2BE7 D; 2HZY A; 2VVK A; 4KUI A; 3RMS A; 4JRI A; 1H3Z A; 1WHM A; 2LP5 A; 3EHQ A; 4C92 F; 1NJI U; 4BDY A; 3JB9 I; 2X3X D; 2XMF A; 3EGU A; 4II1 A; 1Y96 A; 1YHQ T; 2PTK A; 2NUT B; 5A0G A; 2HQX A; 3OS2 A; 2FZC B; 1ZSZ A; 3JAM E; 1KQS S; 5IXF A; 1BK2 A; 3FLG A; 1VQ4 A; 5GAM d; 1N8R C; 2XKO C; 2QQB A; 1WXT A; 3DLM A; 2RHX A; 3L2R A; 1UGP B; 1G3T A; 1VUB A; 3MP6 A; 4PJO A; 2COY A; 3G6E A; 5KYW A; 3GOX A; 3A8O B; 2YRC A; 2BZY A; 1WHK A; 1H64 1; 3M4Y A; 5CKE A; 2YUO A; 1NJI C; 2JS2 A; 5KE3 A; 4JDS A; 1YJW T; 2DIG A; 4HVU A; 1YIT A; 3REB B; 1ZUK A; 3JRZ A; 2OJ2 A; 1BI1 A; 3VRY A; 4ZGD B; 3V7S A; 1IB8 A; 2M0Y A; 3CC2 Q; 3I56 Q; 3OMC A; 3OS0 A; 1BCM A; 1U1S A; 4C92 C; 5GAO q; 1WHL A; 1ZBX A; 1AWX A; 1IZ6 A; 1MMN A; 1RAI B; 5GMK e; 4XAX B; 1PCX A; 5L8R E; 3REA B; 3QWY A; 1Y57 A; 1NEB A; 3VJP A; 3L1A A; 1OEB A; 1VQN A; 1XJW B; 1YJW Q; 2LC4 A; 4ZTJ A; 4XTV A; 4AFS C; 5KYY B; 2SRC A; 1G3W A; 1D1C A; 5GMK l; 2CP6 A; 3SWN C; 1LPL A; 1VQ4 Q; 1PC0 A; 3QJY A; 5GAM f; 3CCV T; 5J26 A; 2RO0 A; 1MMG A; 1NLP C; 4FYY B; 1KHC A; 2EYW A; 1ZUY A; 5CKD A; 1OV3 A; 3G6E Q; 1PKS A; 4ORZ A; 4IUU A; 1GXI E; 3H41 A; 2J6O A; 2FEI A; 4RTT A; 1KQS P; 2L5Q A; 2EIF A; 4L59 A; 3VV0 A; 1YIT Q; 4OMM A; 4J7F A; 2COW A; 1GCQ A; 2Y4Y A; 4AFQ C; 1V29 B; 4QT7 A; 1SKU B; 5IXB A; 2J7I A; 4GBQ A; 4ANJ A; 3EH2 A; 4MZT A; 2HAX A; 3QZ5 B; 2CUD A; 2LX9 A; 3F70 A; 5GAM j; 3TU4 K; 3PE0 A; 1VQN Q; 2ZPB B; 6AT1 B; 3J80 E; 3SD4 A; 4DEY A; 1ZSZ C; 2BUD A; 1IO6 A; 2G3R A; 1I0C A; 5DM7 R; 1ZA1 B; 1YJ9 A; 1WYX A; 1PRM C; 4BUG A; 3E9F A; 4WCI A; 5GAM g; 1RAF B; 4PFP A; 1FXX A; 1JRI A; 3CC7 T; 2R57 A; 3NHN A; 4OB0 B; 1N5Z A; 3FC3 A; 1JJ2 A; 2JOY A; 2VAS A; 4AFZ C; 2FRY A; 1SF9 A; 4M78 A; 3FRN A; 5FU7 B; 2EQM A; 2H3E B; 1B34 A; 2EPD A; 1UGS B; 1JXM A; 3CCM A; 1OX8 A; 4JLI A; 1AEY A; 4JJB A; 3LX7 A; 3T9N A; 2ZPI B; 2RH2 A; 5D7U A; 3CCJ A; 3ZFJ A; 2DNU A; 2K2V A; 3OSS C; 3QJ6 A; 1S72 T; 4XTZ A; 2LJ1 A; 5LL6 S; 2LQ8 A; 1Q7Y R; 2A37 A; 2RD1 A; 1VYV A; 4Y91 A; 1P92 A; 1RI0 A; 4PLL A; 2D0N A; 2QTV A; 1A0N B; 3QZ9 B; 1MV3 A; 4R55 A; 1YJ9 Q; 4QQD A; 1SEM A; 3LH5 A; 4NOY A; 4XU0 A; 4M7A A; 3CXC A; 4C8Q G; 5FWB A; 1K0S A; 1EFN A; 1WHG A; 1Z9Z A; 2CT3 A; 1LOJ A; 3NFC A; 4LDY A; 4FW1 A; 1E6H A; 2VYT A; 3C0C A; 4O5V A; 4J8O A; 3M5A A; 4J9I A; 1QCN A; 1K76 A; 3OYJ A; 1GCQ C; 4M78 F; 1EZZ B; 1Q81 R; 1ZX6 A; 3CCM Q; 3OBY A; 4OMP A; 2QYZ A; 5KE2 A; 3AT1 B; 3ZBD A; 3VU3 C; 3OA6 A; 2CP7 A; 4M7D G; 3CCL T; 5GAM e; 3SEM A; 3FEO A; 1T3S A; 2JS0 A; 1TH7 A; 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2E12 A; 5CQX A; 3QSU A; 4FT4 A; 2J6K A; 3OYC A; 3BE3 A; 3JCM f; 4C8Q B; 1W2B A; 1M90 R; 3OYA A; 2YRD A; 1QVG P; 4IIO A; 5KH6 A; 1VQO Q; 3CCU T; 5KYX B; 1SHG A; 1HSQ A; 1JXO A; 2VKN A; 2XK0 A; 2LDM A; 3JB9 D; 5LJ5 g; 2FVU A; 4J7I A; 2HKQ B; 2DBK A; 4Z88 A; 2RMO A; 2IVW A; 2LMJ A; 5CQY A; 4OF1 A; 3CCS T; 2QDY B; 3A98 A; 4F14 A; 2LCL A; 2YUN A; 1NYG A; 4AG2 C; 3V8L A; 3HKS A; 2K3Y A; 4M7D B; 1QVP A; 2C0T A; 2RM4 A; 5GAO r; 3ME9 A; 1M8V A; 1BBZ A; 1UEC A; 3PVQ A; 1UGQ B; 4F7U F; 3A8M B; 1UE9 A; 3THK A; 5IN1 A; 5GAO l; 2DPP B; 3S3N A; 2RI5 A; 5FU6 B; 1WIE A; 1YI2 A; 2KAF A; 1K9A A; 3JCM g; 1MV0 B; 1MUZ A; 3J7A F; 3TSW A; 5GAM h; 2DJQ A; 2NUP B; 3PVL A; 3OW2 A; 4OMQ A; 3OS1 A; 2NUZ A; 2PUO B; 3VYG A; 2EQU A; 2QGG A; 1VQM Q; 3E19 A; 3VS3 A; 4D8D A; 5GAN 7; 3EGX B; 2ATC B; 4RCC A; 4R56 A; 3SFM A; 2H3J A; 2DLP A; 3CMA T; 3R6O A; 3CCE T; 2LRQ A; 2E65 A; 4IKF A; 2WSC E; 4RKU E; 3L2Z A; 2FL7 A; 2A3L A; 2L3P A; 4PJL A; 1GBQ A; 5FLX E; 2L3Q A; 1H92 A; 2O9S A; 4CRI A; 2EQI A; 4BY6 C; 4C5I A; 2X35 A; 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