The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
80
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Chain Sequence |
SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQLIERLGLRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase/rna binding protein
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| molecule keywords |
RNA REPLICASE POLYPROTEIN
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| publication title |
A Compact Viral Processing Proteinase/Ubiquitin Hydrolase from the Otu Family.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Turnip yellow mosaic virus
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| total genus |
28
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| structure length |
80
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5H5N A; 4JI7 O; 1J5E O; 4DR1 O; 4DV4 O; 2E5L O; 1R1B A; 3F5T A; 4DR4 O; 5LMN O; 2UXC O; 1AIL A; 1N32 O; 2JRI A; 3SDL A; 4X65 O; 4LF7 O; 1G1X B; 1IBK O; 4LF6 O; 5IWA O; 4JI2 O; 1HNZ O; 1N33 O; 4LFB O; 2DOS A; 4X64 O; 3RT3 C; 3J81 N; 2UXB O; 1R6T A; 1XMO O; 1FJG O; 4JI1 O; 4LF4 O; 4LF9 O; 2F4V O; 4DR2 O; 1AB3 A; 1XEQ A; 5BR8 O; 1XNR O; 1KUQ A; 4DV2 O; 1NS1 A; 2Z0A A; 4JI8 O; 3JAM N; 4YHH O; 3T1H O; 4NXN O; 5FLX N; 2ZM6 O; 4DUY O; 4JYA O; 1FYJ A; 1IBL O; 4OX9 O; 4OPH A; 4DUZ O; 1D2D A; 4LF8 O; 2VQF O; 4JI0 O; 5BXZ A; 2AGA A; 2HHH O; 2UUA O; 1XMQ O; 1F7Y A; 1N36 O; 1FKA O; 2UUB O; 4DV6 O; 3R66 A; 5A2Q N; 4DV1 O; 1XNQ O; 4KHP O; 4JI4 O; 2DJV A; 2LW7 A; 4JI6 O; 1HR0 O; 4K0K O; 2FKX A; 4GKJ O; 4A5U B; 5LMU O; 3M8A A; 4GKK O; 2UUC O; 4B3S O; 1A32 A; 3J80 N; 5IT9 N; 2N74 A; 2VQE O; 4JI3 O; 4X62 O; 1DK1 A; 4B3R O; 1HNX O; 1YZB A; 4B3M O; 4LF5 O; 1N34 O; 2UXD O; 1IBM O; 4B3T O; 4AQY O; 3OTO O; 4DV3 O; 4DV5 O; 5LL6 Y; 4DR3 O; 4DR5 O; 1X59 A; 4YY3 O; 2UU9 O; 4DV7 O; 1I94 O; 4JV5 O; 2ZKO A; 3J7A U; 1HNW O; 4X66 O; 4LFC O; 4DR7 O; 4OPA A; 4LFA O; 3T1Y O; 4NXM O; 5BY1 A; 3O65 A; 4DV0 O; 4JI5 O; 4DR6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FFB A; 5H5N A; 1UJW B; 1AI6 A; 2Q9L A; 4RQF A; 4IHJ B; 2D3O W; 2E5L O; 1SRY A; 2ARH A; 4CC6 A; 2YXL A; 2BE3 A; 4Q20 A; 5TIS Z; 5CA1 B; 1AIL A; 1Y76 A; 4X1I B; 1GH6 A; 5KMG B; 5IWA O; 1R3I C; 5GW7 A; 2CH7 A; 1Y67 A; 3AK2 A; 1SER A; 5DED A; 2X0L A; 1WJZ A; 1YCI A; 4D7S A; 4LF9 O; 4F4L A; 3BHP A; 4FPP A; 1KP2 A; 4YHH O; 4G28 B; 3L70 H; 1XUQ A; 3Q4H A; 5GON A; 4X20 B; 4W4L A; 3CCQ V; 3ZMT A; 1B6Q A; 1WNS A; 3FYE B; 1AI7 A; 3AG3 B; 3B8M A; 3JD4 A; 4JAV A; 1SQB H; 2EJ7 A; 1K92 A; 2GBO A; 4JAS A; 5BMV B; 2BOC C; 2EIM B; 1H2K A; 4MVR A; 4R50 A; 5D5P A; 4LFB B; 4KUM A; 2HVK C; 4KHP O; 2LW7 A; 5B1A C; 3CD6 V; 4CH3 A; 1PKX A; 4YIO A; 4FK5 C; 3RYI A; 4B3S O; 1A32 A; 2IJJ A; 5IT9 N; 3ZN1 A; 4PHZ A; 4J7K A; 4NXN B; 3OW2 U; 2JGD B; 2RDC A; 3P3P A; 3FYI B; 3H01 A; 2K9P A; 2ZQM A; 3CP1 A; 3OTO O; 1Q6I A; 1NQT A; 4IIJ A; 5LA6 A; 3JSL A; 2HHH B; 4DYL A; 2IJI A; 3SGI A; 4P2Z A; 2YID A; 4K35 A; 4XDJ A; 3G71 V; 3CCV V; 4I55 B; 4WFA V; 3BRC A; 4J9Y B; 1BZK A; 4IHJ A; 4JI7 O; 4DR5 B; 2ZT9 B; 1HW7 A; 3I5D A; 2M6Y A; 4DV4 O; 2EIJ C; 1R1B A; 4F6R B; 5CA1 A; 2P5O A; 1SQG A; 1N0J A; 4TSF G; 4X1I A; 1EZJ A; 5KMG A; 2F23 A; 5JCO A; 3ZMU A; 1Q86 W; 1OV9 A; 4LF7 O; 2ZIN A; 3K08 A; 2W6J G; 2EIK C; 1XL4 A; 3CRM A; 3RW0 A; 3CPW U; 2OTJ V; 1M5I A; 2QR4 A; 2Y0I A; 1KYO F; 2VS0 A; 2XAQ A; 4IGG A; 2DYS B; 1Q6H A; 4CH6 A; 2OCH A; 3T1Y B; 1MA1 A; 2PYL A; 2LGQ A; 5IYB O; 4G2K A; 3ABK C; 3K04 A; 3KZI Z; 3VQX A; 4JPR A; 2ZD9 A; 3VOU A; 5FLX N; 2AZ0 A; 3P32 A; 2XUM A; 1KMI Z; 3D3Q A; 4X20 A; 5B5E Z; 4FLX A; 1YSC A; 4O4J B; 1JJ2 U; 4I9W A; 2GUZ B; 1X4T A; 3BAA A; 4G27 B; 3CXH F; 5EC2 C; 1Q6U A; 1NZ6 A; 1SQP H; 4FLT A; 4ICG A; 3K5M A; 1SQX H; 3RGB A; 1K73 W; 3TXQ A; 1ZTE A; 1QQC A; 1XI1 A; 1YI2 V; 4CS3 A; 1T5E A; 1ENV A; 4CH4 A; 2W6I G; 3QO8 A; 1CXZ B; 3CCM V; 3H1J H; 3VBB A; 4JI3 O; 2UXX A; 4R8C A; 1S5L Z; 5CBH A; 1IBM O; 1H2M A; 3W7W A; 4LF8 B; 2K1E A; 1ROP A; 3RYF B; 4HZ3 A; 2Q8V A; 1PL4 A; 2IJH A; 1NH2 B; 4JZ2 A; 2RNB A; 2AHZ A; 2H3O A; 3GB7 C; 4LFA O; 2JS5 A; 4HNA B; 2UUB B; 1Q81 W; 1PNL A; 4GX1 A; 2XOK G; 4PA4 A; 5L3G A; 4UVA A; 4F6R A; 5HFL A; 1GM8 A; 1SS3 A; 4WFB V; 3APQ A; 1VF7 A; 3UM7 A; 1VMG A; 2EIL B; 2RMK B; 1S3J A; 3TET A; 1NI8 A; 4JTD B; 3S3X A; 3CRR A; 3JYC A; 3RT3 C; 3L75 H; 1R6T A; 3P3N A; 1K5S A; 1I5Y A; 3IGA C; 2BOB C; 1OJH A; 3KKY A; 3B2E E; 1GN6 A; 1XEQ A; 3AG1 B; 1DF4 A; 1NU1 H; 1OCZ B; 2F43 G; 2Q6A A; 2MK3 A; 3STZ C; 2FYU H; 4O4J A; 1MZE A; 2KKW A; 4ABM A; 2B5U A; 2GUZ A; 3T1C A; 1SZT A; 5L3E A; 5BXZ A; 1KKC A; 3LNM B; 4JI8 B; 4JAA A; 4H13 B; 1Z5W A; 2YXY A; 4UXN A; 2A7W A; 4TV8 B; 2YSU B; 4E4E A; 1N36 O; 4X65 B; 1BT8 A; 4GX0 A; 4BIZ A; 4I9Q A; 3LDE A; 4OGQ B; 2QGN A; 3C3T A; 4MW3 A; 2QA4 V; 2P4V A; 5LMU O; 3M8A A; 1QNM A; 3A8T A; 2UUC O; 4MVO A; 2HFE C; 3RBZ A; 3RYF A; 2HJD A; 1P7G A; 3THO A; 5BZB A; 5JH7 B; 4DR5 O; 3ICX A; 1AI5 A; 1OCR B; 1TVK B; 5IYC O; 1N34 B; 4I7Z B; 4X66 O; 2G38 A; 2E76 B; 5JJE B; 3SJA C; 2QDO A; 3CME V; 4YY3 B; 4DW1 A; 1CEZ A; 2IU0 A; 1BL8 A; 4LFC B; 2WLL B; 1VQO V; 1B06 A; 1F4N A; 3NXS A; 2HLD G; 4GKK B; 1RM1 B; 1JJO A; 4LR3 A; 2L6L A; 5F2V O; 4UCV A; 1MAB G; 3TK1 A; 1SQF A; 1E1R G; 4C7U A; 3N2K B; 5LXT B; 4B08 A; 5LMN B; 1LUV A; 3MD0 A; 4JI1 O; 2QKA A; 5JVD B; 2YIB A; 4RO2 A; 1B3Q A; 1H8H G; 5J2U B; 1RPR A; 1NVP B; 4BIO A; 2WLN A; 4JI5 B; 4FLV A; 4PI0 A; 3OR7 C; 2NN4 A; 1FYJ A; 3BY6 A; 1G4Y B; 1KEC A; 5LGT A; 1BQZ A; 1S5H C; 4TV8 A; 2QWO B; 2V1D A; 3RYH A; 1H38 A; 1IBL B; 1FKA O; 4YJ2 B; 3JD0 A; 3IC9 A; 5IJ0 B; 4I4T B; 4PI2 A; 4O2B B; 4LF9 B; 3D3I A; 3G80 A; 4MVM A; 2QTO A; 2ITD C; 1GRJ A; 4GX2 A; 5IY5 C; 1H2G A; 3CJH B; 1FXK B; 3OUF A; 4BW9 A; 5CA3 A; 3JAL B; 5EBL C; 5JH7 A; 3KCY A; 4AQY O; 1IDS A; 1TVK A; 1NH2 D; 1JPX A; 3WG7 C; 3RVY A; 3H1I H; 2E75 B; 1M56 C; 2Y69 C; 3E89 A; 4MT8 A; 5KHH A; 2LFS A; 4JF3 A; 4DR6 O; 3OGC C; 3UQ8 A; 5LGU A; 2XTA A; 3A0H Z; 5KX5 B; 1R3J C; 2WLL A; 1V54 C; 4XDL A; 1BCC H; 3OMA B; 5LHH A; 5EBM C; 4B3S B; 1OCC B; 3QTC A; 1G6U A; 3W7X A; 1YVW A; 4B7K A; 3CXC U; 1PNM A; 3N2K A; 4FM0 A; 1AI4 A; 1G1X B; 4I5S A; 1N33 O; 2EZP A; 4PDM A; 3OTO B; 2PY5 A; 1XIL A; 2DOS A; 3BFR A; 3AG4 B; 1AJQ A; 5J2U A; 1VQ5 V; 3E22 A; 1YHQ V; 2F4V O; 1UPG A; 3A0B Z; 3E8B A; 2YIB D; 1KUQ A; 1TUB B; 3IFX A; 1GM7 A; 4MTF A; 3SJQ C; 4JI8 O; 3OTF A; 1JMK C; 1L1F A; 4TV9 A; 2IH1 C; 4L87 A; 4O4I B; 1DGS A; 3KCX A; 4HAM A; 3WB0 A; 3A0R A; 2IJK A; 1RP3 B; 4PA7 A; 1QLN A; 2B1G A; 4QE9 A; 3W7U A; 4QPJ A; 5LHI A; 3ZMS A; 1KC8 W; 3DC5 A; 1M57 C; 4YJ2 A; 4LF7 B; 1SET A; 3CC2 V; 4WFE A; 4PDR A; 5IJ0 A; 2ZNI A; 5A2Q N; 4I4T A; 1AJP A; 3WB2 A; 2WLJ A; 3DTU B; 4JI6 O; 4K0K O; 2GSM B; 2HP8 A; 5KUM A; 1AVM A; 3T2M A; 1QLE C; 1D5N A; 3CJH A; 1FXK A; 3GWK C; 3JAL A; 4TWK A; 3CHX A; 3CMA V; 1N34 O; 4LCU C; 1BE3 H; 1UFI A; 2OCC B; 2UXN A; 4CH5 A; 4DV5 O; 2DWD C; 2Q5Z A; 5LP6 A; 4YY3 O; 4RUF A; 2EUL A; 4LFC O; 3K9S A; 5KX5 A; 1PPJ H; 3OEE G; 2HKO A; 3BPZ A; 5LOV B; 2WA4 A; 1BS3 A; 5ITZ B; 2C2A A; 2ITC C; 4GX5 A; 3RFR A; 1EN5 A; 4PA3 A; 5CN0 A; 2QM7 A; 4PA9 A; 1CPY A; 2BCC H; 5LMN O; 1Q3E A; 1CP9 A; 3L9D A; 4ASU G; 4JGS A; 2JRI A; 3ASO C; 2CTR A; 4LF6 O; 4DRX B; 5H6R A; 3GWO A; 1OZ0 A; 1SZX A; 4U3J B; 4NYK A; 2EIN B; 2ODM A; 1TUB A; 1MG1 A; 1QCE A; 3AK1 A; 1NVP D; 4LFA B; 3HR0 A; 1DLB A; 1NS1 A; 3LDD A; 4X64 B; 4XDK A; 4EEQ A; 3K57 A; 1N0N A; 1Q5O A; 1J95 A; 3JAR B; 2Q0O C; 2X7R B; 3CYO A; 1IBL O; 3OM3 B; 4AIL C; 3B8N A; 1GKF A; 5B1O A; 3ZRW A; 5KLV H; 4N23 A; 4CS4 A; 4FLU A; 4LC1 A; 3RYC A; 4UCS A; 4WFG A; 1KKD A; 1Q43 A; 1ZL8 B; 3ABT A; 4WF9 V; 4ZI7 B; 2WSS G; 4L8J A; 2FKX A; 4GKJ O; 3OE7 G; 1Y4M A; 3ETQ A; 2DQ0 A; 2W0F C; 3OFN G; 3U11 A; 5KAI Z; 3JAS B; 4FMT A; 4JAU A; 2WLH A; 2QWQ B; 4LF5 O; 1JOY A; 4LWS B; 1X59 A; 1GM9 A; 5AG2 A; 5C8Y A; 4LH6 A; 2LGW A; 1ARO P; 1N36 B; 1R6N A; 1JCH A; 3G4S V; 4LBE C; 4RAI A; 2ZXW C; 3NR7 A; 3K5L A; 3ABL C; 1IVS A; 2QWR B; 2CGO A; 5CB4 B; 3CE2 A; 5B1A B; 4DR1 O; 4UCR A; 2Z3Y A; 1WN7 A; 2YC0 A; 3A2F A; 2BTQ B; 1WP7 A; 5LMU B; 2UUC B; 1K97 A; 4FFK A; 2JVD A; 4FVM A; 4DRX A; 2YIC A; 4BAY A; 4IYH A; 4NR1 A; 4U3J A; 4O2A B; 1IZ3 A; 5B66 Z; 1ZWI C; 1V9P A; 1WAZ A; 4X89 A; 1VQ8 V; 4MSW C; 2Y0P A; 3U0Z A; 3QNE A; 5DM6 V; 4X66 B; 1AR4 A; 3E8G A; 1HNZ B; 1FFX B; 1KB9 F; 3HKE B; 3JAR A; 3CC4 V; 1VQ4 V; 2EIJ B; 4W4K A; 2VQF O; 3C90 A; 1XHX A; 2ZM6 B; 4Z1V A; 3ABM B; 2PZS A; 2N05 A; 3CS5 A; 2P4K A; 2EIK B; 3WFV A; 1ZL8 A; 4R6Z A; 3AG2 C; 3R66 A; 4IT5 A; 4ZI7 A; 2V4D A; 1VQ9 V; 3FB6 C; 3ZHV A; 1M90 W; 1BGY H; 4JI1 B; 1GAX A; 1EM1 A; 2P90 A; 3QG5 A; 3JAS A; 2ZE5 A; 2WAM A; 1YTF B; 1W2B U; 3VQV A; 5BMV A; 2PI4 A; 4LWS A; 2JJ2 G; 2QWP B; 2CUG A; 4U7N A; 2VQE B; 4R7C A; 2EZO A; 3K0D A; 2AZ2 A; 4J7J A; 2DYR B; 3O9O A; 5BY1 A; 3BA9 A; 4DV0 O; 1W0K G; 5CB4 A; 2JGD A; 4JTC B; 2WPD G; 5JWP A; 4DK1 A; 4UB8 Z; 3EFF K; 1L0N H; 1I0H A; 2VRZ A; 2B9Z A; 4YXW G; 1DF5 A; 4I55 A; 5JQG B; 4O2A A; 1VEW A; 1VAR A; 1H2S B; 3OGI B; 4AQY B; 4MTG A; 3UT5 B; 4X64 O; 1TAE A; 2Q7G A; 4DXW A; 3ZRV A; 1VIB A; 2YEV B; 5FL7 G; 3SPJ A; 1FFX A; 2P22 C; 3HKE A; 1H2N A; 3DXR B; 2YIA A; 4KFM A; 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4I50 A; 1VQ7 V; 5JJN B; 4X8A A; 3DC6 A; 4J11 A; 4ZOL B; 2DJV A; 2GHY A; 1TGO A; 1I5X A; 4O4L B; 2H94 A; 2LP7 A; 2BSK A; 3IJ4 A; 1PP9 H; 2A3Q A; 2VQE O; 1K8A W; 3CEI A; 4GYC B; 4IL6 Z; 1ZSP A; 1SQQ H; 3CC7 V; 3CWB H; 2QWN B; 4JZG A; 2HR3 A; 4DR3 O; 4J42 A; 2EBO A; 2P67 A; 1HNX B; 1GN4 A; 1YF2 A; 5H2F Z; 5DN6 G; 2GV9 A; 1NR1 A; 4DR7 O; 5J2T B; 4LH7 A; 3BA8 A; 4GUN A; 5LHG A; 1GN2 A; 1MMM A; 2FL4 A; 5B3S C; 1K9M W; 1J5E O; 4FM2 A; 5EC1 C; 1IUR A; 4GKJ B; 5IYZ B; 5EK0 A; 2V7Q G; 1FS0 G; 5CA0 B; 1FXK C; 5IY5 B; 1BHB A; 3K58 A; 4LF5 B; 2F1M A; 1GO3 F; 1XBL A; 4BR6 A; 2Q73 A; 1XMO O; 1KD1 W; 4ZHQ A; 5LP6 C; 4UUJ C; 1L0L H; 2R72 A; 2Y69 B; 3MHS C; 3D36 C; 3EVK A; 5CBF A; 2PUS A; 1H2L A; 5JJJ B; 1JFF B; 1GTO A; 4UB6 Z; 2ATK C; 2OIE A; 1V54 B; 5IJ9 A; 5KA5 A; 4EFB A; 4OX9 O; 3HKD B; 3SYP A; 4DR1 B; 2CK3 G; 4X1K A; 5LXT A; 1OCO B; 2CAZ C; 1OCC C; 1XNR B; 2AGA A; 4FM1 A; 5JVD A; 4K8Z A; 3FB5 C; 1EN6 A; 3JAT B; 3UCS C; 2E74 B; 2ADP A; 3ZHU A; 2OIG A; 3CCS V; 3G6B A; 2JK5 C; 1K5Q A; 4UV8 A; 3E2E A; 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