4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
4XEIA 2NLXA 4LC9B 2E2NA 1HLUA 2D1KA 2GUPA 3C7NA 1U2VB 5BN9A 3VF6A 1YXQA 3QDKA 2Q2RA 5B8HA 1XC3A 2YHYA 2AA4A 4H0XB 5ADXH 5AQPA 4BVPA 5AQNA 3ZETA 4C23A 3LM2A 1WOQA 4JD2B 5AQYA 3U9DA 1G99A 4HWIA 2CGLA 3CHWA 1GLAG 4BC3A 5AZJA 3O80A 1NMDA 5KQ8A 3VENA 3HTVA 4CJ7A 5CE3A 1RDWX 4JHDB 3VEXA 3VEOA 2AP1A 5AQTA 2P9NB 1XUPO 2FF3B 3M1FA 3MK6A 3VETA 4EFHA 3UKUA 2QXLA 3TPQA 4MLEA 3O6WA 1CZAN 1P8ZA 5BPNA 1BUPA 4BRMA 2P9PA 2E8AA 1KXPA 2QWOA 1KAZA 3CJAA 2YHWA 3FR0A 3QMLA 5AFUH 4BC4A 2ASPA 3BF1A 4B1WB 1HUXA 3VEWA 5AQKA 1HKBA 3GL1A 2IVPA 3D2EB 5AQOA 1GLCG 4IJAA 5JMVA 3SJHA 1BU6O 2HF4A 5AQSA 5KQDA 3QBXA 4DCHA 3IMXA 1NWKA 4CZHA 3WEEB 4I6MA 3FGUA 1NGFA 4DQ8A 1TYQA 1YUWA 4ISFA 4BG9A 5AQVA 5ELZA 4NO7A 1GLJO 4FWSA 3U4LA 4DHYA 2YI1A 3MMVA 2VCPA 4WQ4C 4BRLA 1K8KA 3O8MA 4FPAA 1TUYA 5AQGA 4QS7A 3WXIA 4BR7A 5AQZA 4BROA 2YJFA 3A8YA 4CBXA 3D7EO 5TKYA 4WQ5A 4MO5A 3H1VX 4BC2A 3DJCA 5KPRA 3FZHA 4A2BA 1H1VA 4BRHA 3VF2A 3EZWA 4FWOA 5I9EB 1E4GT 3DXKB 3D2FA 2CGKA 5JLHA 1OKJA 2YJEA 3O1BA 4Y0WA 5AQWA 2D4WA 2P9NA 3H45C 2HOEA 2E1ZA 3HBTA 3LM9A 1XQSC 4IJNA 5FPEA 1NGJA 2CGJA 1C0FA 1QQNA 4Z94A 1GLLO 3WT0A 2J4RA 3IUCA 2ASMA 3M6GA 4M7YA 4J8FA 5FPDA 1X3MA 3CI5A 3SMPA 4B1VA 4BRGA 5LJVA 2I7NA 2ZF5O 5E84A 4PKGA 4RCHA 4FWMA 3VEYA 3D2EA 4H0TB 3QBWA 4B1XB 4BRFA 1T6DA 3I8BA 3VGLA 3FZKA 1SZ2A 2D0PA 3DXMB 5BRHA 2F9TA 2Q97A 2OANA 2UYTA 1ATSA 2QW9A 5KPTA 4EIAA 1DGKN 3CETA 4BR2A 5BN8A 3QICA 5BPLA 4PL7A 3WUHA 3MN7A 2ZGYA 2BUPA 4L3QA 1JCFA 1SQKA 3UKRB 5BPMA 1Z6RA 2DPNA 2E88A 3ULEA 1J6ZA 3R8EA 4BR4A 2VWBA 1C0GA 1NGGA 1NGBA 3VERA 1NGAA 5AQHA 3ATUA 4CZEA 4K25A 4JNEA 3O08A 3AARA 4NB4A 4BR9A 2QWLA 2IIRA 5LY3A 3VF4A 1MA9B 4BRIA 1NLVA 3ZEUA 1R59O 4BREA 4IZ9A 4A2AA 2H3GX 1S3XA 2ZGZA 3L4IA 4H5NA 4H0OA 4CZIA 3ID8A 2P9UA 2EWSA 3SK3A 4ISGA 4BRDA 3ZX2A 1NGEA 2FLOA 3H1QA 3QB0A 3GE1A 2GEMA 4H0YB 4BRCA 4O8KA 4RTFD 2P9LB 3JS6A 4FWRA 4CBUA 4FOIA 2A41A 3W0LA 3VESA 4QS8A 1D4XA 3LDNA 2P9IA 2CH6A 2P9KA 3B8AX 3VGMA 4CD1A 1RGIA 4QS9A 5AQUA 3EN9A 2HF3A 5FPMA 3RSEA 1GLFO 2IVNA 2GELA 3KHYA 4H5WA 4CI6A 4RWTA 4DB3A 3AAQA 2BTFA 4GY2B 5AQFA 2V7ZA 4WQ5C 3GG4A 4B1UB 1BA0A 4CZJA 2A6AA 4B1ZA 3MCPA 4CD3A 1JCEA 1BO5O 1U2VA 1KAYA 2GWJA 3U8XA 4A61A 3BF3A 3EL2A 3J8AA 1QZ6A 1DKGD 4CZFA 5BR9A 4BRAA 3DWLA 4M63C 3C7NB 3FZFA 3LL3A 4JD2A 4FWLA 4PKIA 2E20A 2QWQA 5AQJA 3CIPA 1ESVA 4BG8A 4BC5A 5F2RA 1QQMA 5EX5A 2V51B 2IVOA 3ZETB 4JHDA 4XH1A 1NGHA 3H46O 2ITMA 1GLBG 2V52B 4GNIA 3FZMA 3R6MA 2FSJA 2FXUA 4K43A 3FFKB 3H3OB 1IJJA 4H5TA 3A5MC 3O4WA 4IO8A 3KZBA 3LDOA 3C0BA 2A5XA 1YVNA 1MDUB 3CQXA 3S41A 3MN9A 4K42A 4FWKA 5F1XA 3KVGA 3VGKA 3UKUB 2Q36A 4JN4A 1MWMA 2Q31A 3EKSA 4EAHD 4K41A 2P9PB 5JLFA 3IFRA 3VEVA 4PL8A 3I33A 5AQLA 2PBDA 1Y64A 1T6CA 4BGBA 2NZTA 4EHTA 2A42A 3TU5A 3WEEA 4F9OA 1X9JA 3BUZB 3ENOA 2QWRA 3IDHA 2CH5A 4MO4A 3CJCA 1HPMA 1JCGA 3ATVA 4BRKA 4FWPA 4CBWA 3R9PA 3A5OC 2QWPA 3EO3A 1NGCA 4I6MB 3GBTA 2V7YA 5EVZA 1TYQB 5AFUA 4M7XA 5AQQA 3P4IA 1Q18A 1DEJA 1K8KB 4CZKA 3OHRA 1YAGA 2PAVA 4XH5A 2E2PA 4A62A 1V4TA 5AR0A 3HSCA 4BRQA 1NM1A 2A3ZA 2D0OA 4FPBA 4AM6A 5EXWA 3LDQA 4IWVA 1IG8A 1EQYA 2FSKA 3UB5A 2QWNA 3A0IX 2QWMA 3VPZA 1WUAA 3DXKA 3LDLA 4FWNA 5F0XA 4ISEA 4O5FA 1HX1A 4CZMA 1BDGA 3QFUA 4BR5A 3WXLA 2GWKA 3A5NC 3MN5A 3MN6A 3D2FB 4BGAA 1HKCA 3H3NO 5EY4A 4AM7A 2ASOA 2QM1A 1X3NA 1NBWA 3LDPA 2P9SB 3EKUA 1NGDA 4WYBA 3BP8A 1BOTO 3DAWA 5AQXA 3M3ZA 4JAXA 2YCHA 1QQOA 3VOVA 4HTLA 3WQUA 3JXUA 5AZIB 4BVOA 2NRHA 5AQRA 3AAPA 1U6ZA 3L6QA 3GOIA 3ZX3A 3DXMA 2F9WA 3HZ6A 3SMSA 2A40A 3G25A 4BRNA 4H0VB 5BRFA 1S22A 3ZX0A 4H03B 3CERA 4BRPA 1LCUA 4CZGA 5JICA 3FZLA 5KPZA 1RFQA 2KHOA 1QZ5A 4H5RA 3GDQA 3UKRA 2VYPA 3HI0A 3O1WA 1MWKA 2W41A 3F9MA 5E26A 1ATNA 4E1JA 3HM8A 4MLHA 5AQIA 3AY9A 4KBOA 3CJBA 3BEXA 4WQ4A 2FF6A 1BA1A 2E1YA 5LJWA 1Z05A 3CJ1A 3WQTA 3ULEB 1GLDG 2FSNA 4XH4A 4CZLA 3FE1A 5AZJB 5BRDA 1BWFO 3WXJA 1ZBSA 1HKGA 1GLEG 2Q0UA 3A5LC 4H5VA 1BG3A 1ZXOA 4FO0A 4B1YB 5ADXA 1T44A 2I7PA 3CJ7A 4PKHA 3ENHA 4YDUC 3ZEUB 1SAZA 1TUUA 3WXKA 4H0PA 3MDQA 3QFPA 2P9SA 4IXCA 2W40A 1NGIA 2GTDA 1LOTB 4BQZA 2ZWHA 4B9QA 4BQLA 3UE5A 4YDUA 3W3DA 2P9LA 2E2OA 4FWQA 5AZIA 2P9UB 2Q1NA 5FPNA 2HMPA 1HJOA 4FL9A 2WUSA 1E4FT 4BR0A 1QHAA 5EOYA 3CQYA 5AQMA 3CJ9A 4FOEA 2E2QA 4EHUA 2P9IB 3U9ZA 2P9KB 4FSVA 3FLCO 3H6EA 3L0QA 1KAXA 1V4SA 3RSEB 1ZC6A 3SLCA 3VEZA 3O5BA 5BREA 1ATRA 2Q0RA 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1JA 3HP6A 4DSKA 3TABA 3CCVN 2QEXN 4HCBA 1DLOA 2E2NA 2GUPA 3C7NA 1B92A 3QESA 2Q2RA 1L3UA 1J54A 2NRWA 4CF1A 4CHZA 3LPUA 4H0XB 1GOBA 4PA1A 5AQPA 5J2QA 3LALA 1VQLN 2O8BB 2E6MA 4FJNA 3LM2A 4DMNA 1TAQA 5AQYA 3U9DA 4KAZA 1QS4A 4NLBA 1NMDA 3TTCA 3F73A 2QA4N 1X9WA 3LDSA 4CF2A 4KFBA 4DSLA 3J80O 3J7AP 1C6VA 3MXMA 1K9MO 3UKUA 2QXLA 1CZAN 1P8ZA 3V6DA 1VQ6N 1IBMK 3RVCA 2QXFA 1NKEA 5FLXO 4L8RB 3LP0A 2YHWA 2HBJA 2ASPA 3BF1A 3VQAA 5LMNK 1LW0A 4IFEA 3AVLA 3NF6A 5AQKA 3CM6A 3K5MA 4ID5A 1HKBA 3GL1A 1RT2A 3DRPA 4IJAA 5JMVA 4DFPA 3SJHA 4A59A 4AH9A 3OYBA 2HBKA 4DCHA 5T7BA 4CZHA 3WEEB 4DV5K 1JL1A 5AQVA 4NO7A 1KC8O 3AA3A 4FPAA 1JLCA 2HNDA 1TUYA 1Q81O 4F2RA 3OYEA 4BR7A 2Z1JA 4I2PA 3VMFB 1JLGA 1IKXA 4CBXA 3D7EO 3HPGA 3H1VX 4BC2A 3QNOA 2UUBK 2WBNA 3ALYA 4BRHA 3EZWA 3L2UA 3QEXA 3DXKB 3D2FA 2CGKA 5HRPA 1NOYA 1J9AA 5J2PA 2Z1HA 5M1QA 2Q3SA 3HPHA 2E1ZA 3E9OA 4IJNA 5FPEA 1NGJA 2CGJA 5A2QO 3CCRN 5KRTA 1TAUA 4CGIA 4FXDA 5FPDA 1X3MA 1KFDA 3M8SA 3CI5A 4B1VA 4BRGA 2I7NA 1UWBA 4JKCA 3CCSN 4PKGA 1ASWA 3ZT4A 1XNQK 3VEYA 3VTIA 3ZSVA 2XRIA 3QBWA 4LH4A 1T6DA 4BACA 3FZKA 1SZ2A 4GVMA 2Q97A 5KPTA 3EY1A 3VA0A 2Z1IA 4DSIA 4M3WA 2I5JA 3VQ8A 4LF8K 3QICA 2EHGA 2HHVA 4O0JA 4L3QA 1C0MA 1JCFA 3HM9A 5JVGL 3UKRB 4CF0A 2LSNA 1Z6RA 2W42A 3ULEA 3G71N 1VRUA 3M5RA 3R8EA 1ASUA 3VQPA 1NGGA 3K57A 3CCMN 4HCCA 1Q8IA 3MXIA 3AARA 4NB4A 3N4QA 4YOWA 2G8KA 2YNIA 2A1RA 2BANA 1BI4B 4BRIA 2BGGA 1D9FA 4BREA 3PO4A 3DRSA 4IZ9A 1RTJA 3PO5A 2ZJPL 4FLVA 3HRGA 2NNWA 3L4IA 4W5QA 3DLHA 5K14A 1NMNA 4DV0K 3SK3A 3ZX2A 3T69A 3QB0A 3GE1A 4CJ5A 3QEIA 3SV3A 4H0YB 2P9LB 1QTMA 3KLHA 4CBUA 3JYTA 1JL2A 3Q7CA 4JKFA 2F8SA 1D4XA 5HROA 2P9KA 1RGIA 1ZBIA 3OYDA 1GLFO 4RWTA 4DB3A 1TVRA 3OYKA 3C6TA 1Y97A 3GG4A 3O9UA 1BA0A 4E1MA 4GKKK 3ZSQA 3SQ0A 2XHBA 1JCEA 1U2VA 1FKOA 3VQCA 3J8AA 4C8KA 1TV6A 2IGIA 4UY8O 3FZFA 4IKFA 3LL3A 4JD2A 1RBVA 4PKIA 3BDPA 3CIPA 5CR4A 4CEZA 4BWJA 3A2FA 3TSPA 5EX5A 3ZETB 4JHDA 3EYZA 3BY5A 5H1SQ 4OGEA 4CIEA 3CPWM 5GIPA 1RBRA 3FZMA 2FSJA 4DFMA 1DTTA 3KZBA 4JRQA 1YT3A 3LDOA 3C0BA 1YVNA 5HRRA 3MN9A 3AVHA 4GVEA 4MFBA 4M45A 3D45A 5KTQA 3TAEA 4DU4A 2GV9A 4EAHD 3DLRA 3L2QA 2HBLA 3O3FA 3VEVA 4GV9A 3C6AA 3QNNA 3AO2A 4DTNA 5DMRA 1XHZA 3IRXA 1JLBA 1T6CA 2NZTA 4IG3A 1QSSA 4F9OA 3S3OA 1VQ9N 3ENOA 4CJTA 2QKBA 4CECA 1VSFA 4OPHA 4BRKA 3R9PA 4FLXA 3EO3A 3THWA 5I3UA 4E89A 4KTWA 3UIQA 2F7TA 3V1RA 4M7XA 5AQQA 1E3MA 3ULDA 4W5NA 1DEJA 1NOZA 4XH5A 4M3ZA 3F2KA 4A62A 3KLEA 3HSCA 2A3ZA 2YNFA 3QO9A 4AM6A 3BZKA 3LDQA 3KKRA 2WTUA 2P5GA 2OTJN 3VTHA 3LANA 4BDZA 3UB5A 4E7JA 4DQQA 3VPZA 4FWNA 3SQ1A 2HHXA 4O5FA 1HX1A 1BDGA 1GOCA 2NRTA 3A5NC 1BL3A 4FLZA 1BQNA 3CMEN 4DUZK 4DTSA 2ATQA 4YNQA 2ASOA 2QM1A 4YY3K 5GAGP 4Z4IA 4CFDA 3EKUA 3G0ZA 3LP3A 1BISA 4WYBA 2VG6A 4B3OA 4ILHA 3M3ZA 3K0SA 3VOVA 4X62K 1FK9A 4HTLA 3D0PA 5J1EA 5AZIB 4CEOA 4BVOA 2BDPA 3O4QA 4JKAA 3V1OA 5AQRA 5LL6Z 1NK5A 3S9HA 4H4MA 2JWKA 3MX5A 3ZX3A 1VQKN 3DXMA 2A40A 3AVKA 3ASMA 4H0VB 1W7AA 2F4VK 1BHLA 2ETJA 3THXA 3SAGA 5JICA 3K9KA 4FK4A 2O8EA 1S6QA 4JEPA 4UQGA 1QZ5A 4LF6K 4X64K 3GDQA 2QKKA 3V4IA 1Q82O 1ATNA 2RHKA 4MLHA 3M8PA 2A1SA 1I94K 4JYAK 5HOOA 3IAYA 1VQMN 4WQ4A 2WONA 2O4GA 3K9JA 1BA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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