4ACZB

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides thetaiotaomicron
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
341
structure length
339
Chain Sequence
TLDDHTISFYYNWYGNPSVDGEMKHWMHPIAPGHSGLVGAISGLNDDIACNFYPELGTYSSNDPEIIRKHIRMHIKANVGVLSVTWWGESDYGNQSVSLLLDEAAKVGAKVCFHIEPFNGRSPQTVRENIQYIVDTYGDHPAFYRTHGKPLFFIYDSYLIKPAEWAKLFAAGGEISVRNTKYDGLFIGLTLKESELPDIETACMDGFYTYFAATGFTNASTPANWKSMQQWAKAHNKLFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSTTRDRENGKYYDDMYKAAIESGASYISITSFNEWHEGTQIEPAVSKKCDAFEYLDYKPLADDYYLIRTAYWVDEFRKARSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-ALPHA-MANNOSIDASE
publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 127
structure length 339
sequence length 341
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4aczB00
1V3MA 4ML4A 1U2YA 3FHAA 4CD6A 4W7VA 3BCFA 1KWKA 2W62A 1JD9A 1V0MA 4ZXOA 2GJXB 3GH5A 4Z2JA 1KXVA 4NRSA 1C7TA 4UOZA 2V3DA 3T0AA 4RE4A 4MNLA 1C8QA 3WBEA 1JFXA 3AROA 1QW9A 1K9DA 1TCMA 3IJ7A 1NM9A 1D2KA 3O6AA 1KBBA 3PHAA 2GK1B 3VMPA 4F9JA 1H2JA 1OIMA 1QHPA 2ESCA 1NWUA 5I78A 1Y7VA 1GCYA 3CHFA 5KEZA 5IDIA 2ZUUA 1H0GA 3VDAA 4BA0A 1V6YA 4U33A 1QVBA 4KRTA 3S2CA 3CBWA 1HL9A 3CZKA 4D6IA 3AQUA 5A6BD 2OWCA 2VJXA 4GI8A 5JBFA 2XVGA 1JXKA 3D3AA 3GDBA 1TE1A 1MW2A 1X6NA 5JIWA 1KQZA 1FOBA 1GOOA 1L8NA 4XZBA 3CH9A 2J79A 3AYSA 1ITCA 2ZUMA 2ZUVA 5AC4A 2DPEA 3SCTA 3WH8A 1P6WA 4D6EA 4ZE5A 4D6GA 1GQJA 4UCFA 3VIGA 3ARVA 1NH6A 3TOPA 1CPUA 2IXVA 4OKDA 3QR3A 4MB3A 3CLWA 1QI5A 2YL9A 1WO2A 4FF5A 3WH7A 3GYCA 4PTXA 4W89A 1KCKA 1E0XA 1FH9A 2J7EA 4PMDA 4JHOA 1HJWA 2VC9A 2WC4A 2D0GA 4WLCA 3POCA 2VNCA 5I6SA 2IXUA 1G0CA 2YDQA 3KWXA 2OSXA 2Y2WA 2BHUA 1PEZA 4IPLA 1OINA 1K9TA 3TTSA 4OOUA 1EHNA 4GZJA 2D0HA 4TX8A 1C7SA 1ECEA 4WKAA 2D22A 3NJ3A 2ZX7A 3OGVA 1AQHA 4W8LA 4Z2LA 2FGLA 1CXIA 1E0WA 2CPUA 4JAWA 1UD4A 1UG6A 1JIBA 2V3EA 3W24A 3IJ8A 2GDUA 1EH9A 1UR4A 1GQKA 1DEDA 1W9UA 3EMQA 3W6LA 1JFHA 1D3CA 2YIHA 3OGSA 2WVVA 1V3IA 4J3UA 2VL4A 3SEPA 2JF6A 1S46A 4ZFMA 2WSKA 4C7GA 4CKQA 4CN1A 2WANA 4JFVA 1QI3A 2HISA 1HF6A 4JHZA 1QNSA 1E4LA 4QCFA 3VUPA 2WWCA 5HOSA 2WBKA 1XHGA 2BY3A 3PZQA 4PMRA 3PZTA 1CBGA 2WVVB 2G4FA 1ISXA 4QLKA 4JCLA 2YDRA 3SUSA 2ZE0A 4PMOA 3SCQA 2F2HA 4MADA 1UKPA 3W25A 4IUGA 3AMCA 2QPSA 4QP0A 3UERA 2PWEA 1GOIA 1CEOA 1KXQA 4J3WA 4XZWA 5M3WA 1J0YA 3N17A 3M07A 3IK2A 4E4PA 1BF2A 3WENA 2YL6A 1HP4A 1V6WA 1EIBA 4MB4A 1KBKA 3RM8A 1YQ2A 3NYDA 3A4XA 1HJXA 4GXPA 4DM1A 5A6BA 2DSZA 5CQ1A 4Z2IA 1W32A 4D71A 4LYQA 4OJYA 1R7AA 1FP8A 1OT2A 2DT3A 2OSWA 4AD5A 5BROA 1KB3A 3L4UA 1BYAA 2VCBA 2CHOA 2VX5A 4H8HA 3NDYA 1E55A 2GDVA 2YLAA 4AZ6A 3IAQA 4UNIA 2XYLA 1PIGA 4A4AA 4YN5A 1OGSA 1CGXA 1AQMA 1US2A 1V6VA 4PYSA 1LL4A 1OGGA 2CYGA 1ZBKA 4NSBA 1QBAA 1C92A 1EDGA 1CNVA 4JFWA 1KR0A 1B30A 3RDKA 4BQ2A 5E0CA 4W86A 3ARWA 1GUVA 1BGGA 4L4PA 2OYLA 1PPIA 2CITA 3ARZA 1PAMA 5JUVA 4EK7A 3PZNA 5A6KA 2WNWA 2HVMA 3KZSA 3LMYA 3EYPA 4D1IA 2VCCA 1UWQA 4ZE4A 2WCAA 5F7UA 2BS9A 1EGZA 3RCNA 5DO8A 1C8YA 1G01A 4AY1A 1XSIA 3QOKA 5FL0A 1W9PA 2VR5A 1WKYA 2EPMX 2G3NA 1TMQA 1BFNA 2V5DA 4OBRA 5A6LA 2YBUA 3ZM8A 1DWIM 3VDBA 3GXFA 4LXFA 2CETA 1UWTA 4GI9A 5D9PA 1C90A 1CWYA 4NZCA 4PBGA 3KL0A 3U5UA 1JAEA 1JI2A 5I24A 3OLIA 1V0NA 3FNDA 3WDHA 2XGBA 2PWDA 4H8VA 2ZOXA 3WELA 2BY2A 4AW7A 3WD2A 1CTNA 1CLVA 2OWXA 3VMNA 3WQ5A 3NUKA 5BWFA 3FXYA 1HX0A 1ISWA 4WF7A 3UESA 3WSUA 4ATDA 5LYRA 5C70A 7A3HA 2DT1A 3WH5A 4GIAA 2E3ZA 4F9DA 4M56A 5FL1A 3CUFA 4W5UA 4UZUA 3K4AA 1MFUA 4W87A 1U30A 5IFPA 5FIPA 2VUYA 4CU7A 1JYXA 2JE8A 4W93A 5E9AA 4J3TA 3AMLA 1C3FA 4NI3A 1AQ0A 1XSKA 3I3EA 1E6NA 1MYRA 4PUDA 4HOWA 3LPGA 2VX6A 2FHBA 4PMUA 3WF4A 1VFOA 3TA9A 2V38A 1UUQA 4KGJA 3TP4A 1TUXA 2X0HA 1LL7A 3S6TA 1W9BM 5GNZA 3ECQA 2WM0A 3OGRA 2V3FA 5EB8A 1E15A 3B8SA 1H3GA 3ARQA 3VD9A 2W4XA 1R8LA 4PTMA 2GUYA 3CZGA 2UY3A 2VVNA 1WZKA 4U2YA 3WUBA 3VGHA 1EQPA 5IXEA 3NSXA 3AIQA 4DUVA 2C8NA 2WMJA 4XUYA 4MAZA 3VIMA 4AEFA 4JL2A 3ARTA 4HMDA 2WCSA 1ZJAA 1HKIA 2J74A 4HPHA 1IZKA 1JG9A 2O9PA 2Y24A 1V03A 3ZQ9A 2XFFA 4EE9A 4HA4A 1XD1A 3WDRA 5CGTA 4B3KA 1IV8A 5D9MA 5C71A 1BYBA 5GQBA 1OB0A 2WWDA 1J0KA 3BC9A 2WCGA 2ZICA 3WEOA 1BSIA 2YA1A 1GPFA 1W3KA 5DEZA 2EO7A 2C7FA 2WYSA 5A95A 4DUXA 2DH2A 4UFMA 3BMVA 3CUJA 1W9DM 1TVNA 3RO8A 3MV01 4D1JA 4N0RA 3AFBA 1PX4A 3AIBA 2GVYA 1E70M 3W27A 3THCA 2J47A 2WW5A 3W4RA 3VM7A 3T2QA 1LL6A 3N12A 5DFAA 3WDPP 2D24A 1NARA 2PWGA 2YA0A 1V08A 5I77A 2ZIDA 3GXIA 3W28A 3K1DA 2QPUA 3W82A 3WMCA 3SUUA 2Y8VA 2XVNA 4AYSA 1N82A 1VBUA 3LPPA 1BVNP 5DT5A 3BAYA 5EFFA 4KWUA 3U7BA 4UQEA 4DWSD 2XWEA 1PBGA 3GXMA 5I23A 2E8ZA 2W5FA 1JF6A 3MO4A 3AOFA 2XM1A 1VEMA 4KRUA 2A3BA 2BNJA 4J28A 4W84A 3ZJKA 1XD0A 3PTQA 2ZX8A 4M80A 4P7NA 2BVDA 3WY1A 2NT1A 1TR1A 3II1A 1M53A 4QLLA 3OZOA 3U7VA 1FA2A 1HVQA 2F8QA 2D20A 1MVYA 2XG9A 3T2OA 3CUGA 4JKKA 4MB5A 2ZX5A 5BYWA 1M01A 4H7VA 5HPCA 2BVYA 1EXPA 1QI0A 4M81A 5HPOA 3ZR6A 1DWGM 2GFTA 1XRVA 4PTWA 3K8MA 4UQAA 4CN4A 1VRXA 5BXSA 1J12A 3VX1A 1W1VA 1CDGA 2XVLA 5E09A 1JZ4A 4S3JA 4TTGA 3HU7A 3VD7A 3VGGA 1QNPA 3VNZA 1FFRA 4JL1A 4X9YA 2FGZA 1GVIA 2WC7A 1OWQA 5D8WA 4MDOA 2YLLA 3VIKA 3EDDA 4IPNB 4C7FA 4MAVA 4D6FA 5FCZA 2J4GA 4PMNA 1EOMA 1HJQA 3DECA 4MJ4A 3RM9A 1VEPA 3BLPX 5CPQA 4B15A 5EMYA 2BV9A 3WIJA 3DYMA 1E6PA 2JEQA 2PF0A 1MXDA 3DHUA 3PZGA 4TOQA 4HU0A 3I3BA 5ECUA 4M29A 3PZOA 1EO7A 1PZ3A 1E71M 2E9BA 5AYIA 1JAKA 1KFWA 1HN1A 5A8OA 5ABHA 1H11A 2O9TA 2G8ZA 5E6YA 3SCRA 3NIYA 2EJ1A 1GNXA 3SCPA 1DWAM 3WD3A 1EDTA 3DYPA 1LJYA 3L4TA 4AIOA 4Z2HA 2XFRA 1KGWA 3JUGA 2J25A 2WMIA 4CCEA 4CVUA 2Z1KA 4P7LA 2J77A 4B9YA 1PJ9A 3UEQA 1E1EA 2J7BA 2VZVA 2E40A 4PUEA 2D3LA 4J3VA 5A6SA 2CEQA 1V02E 2QHAA 3AHXA 2D0FA 2CXGA 5GNXA 2CIPA 1LLOA 5A2BA 2XSBA 3BSGA 1GONA 4PMXA 3A3HA 4DUWA 2E0PA 5FKYA 5M17A 3PZIA 2WMIB 4AWEA 1B3VA 1CXFA 4Q7NA 1VFMA 3L2LA 3CHDA 2FH8A 5CSYA 5DF0A 3RILA 1LQ0A 5LA0A 2ZXBA 3WDJA 3L4XA 4BZYA 2ZUTA 3WUEA 4ATLA 3AIWA 3WDQA 7CGTA 1W9VA 2WBGA 1BG9A 3QGVA 4FLRA 3T08A 4LX4A 4J3SA 1WE5A 4Z2GA 2J8FA 1GW1A 1CGWA 2VMFA 3THDA 5HXMA 3WF2A 3LPOA 1WDSA 3HJEA 2CKSA 4PSRA 1JZ7A 2E9MA 3SCNA 1HKKA 1H49A 9CGTA 4P7QA 4AXNA 1WB0A 2WKLA 3UETA 4BF7A 3W53A 1UH3A 4U5IA 1EOKA 2DH3A 1E0VA 2ZUNA 1DWJM 3D5HA 5A2AA 2EXOA 2X1IA 3N15A 2DSUA 4XV0A 3UR8A 5BXRA 1XH0A 1K9EA 1FHLA 1UWIA 1VENA 1GORA 4Q22A 2G3MA 3MANA 4DWSC 2JEPA 3ARUA 5A8PA 3CTTA 4ACYA 2J7CA 6TAAA 4M8UA 2WK2A 3BAXA 1HL8A 3CGTA 3WQ8A 4WSKA 3AXXA 4D72A 1PX8A 4F8XA 4UQBA 3PBGA 3ZMRA 2JALA 3BAJA 1MW3A 2VQTA 2UWFA 4WKFA 4EANA 1I1XA 4PCSA 2J7FA 4AZHA 2YOCA 3RMEA 2XIBA 1RH9A 2FDMA 1JL8A 1BLIA 1CGVA 4ZEPA 2VRQA 2B31A 4V28A 3ARPA 5FD0A 1XCXA 3SURA 3VIIA 7TAAA 3A6OA 1V3JA 5I0DA 4HZ6A 4MNMA 1BG4A 1FH7A 4FLOA 3ZSSA 1MQPA 2YDSA 1NWSA 1JXJA 3ARSA 4KH2A 1V0KA 1E6XM 1BYDA 1HVXA 1E6ZA 1TVPA 3SCOA 1VAHA 1GOQA 1BAGA 4R5EA 4OUEA 1ODZA 5EFDA 4TVDA 2A3AA 3EDEA 3UG4A 1UWRA 3ZSTA 5A69A 5AYBA 3WUGA 1PZ2A 2VZOA 3L4YA 4RE3A 3WL1A 2YL8A 3WUFA 3DYOA 2VOTA 2ZUWA 1GQIA 1WZLA 2TAAA 4MB1A 1W9XA 1UR0A 3GBEA 4FK9A 1OD8A 3FY1A 2WMFA 4E2OA 3VU2A 5I3DA 1HNYA 5A94A 5IHSA 4TUFA 4PMYA 4JZ5A 3DC0A 5A8NA 3ARXA 4PEEA 3AMGA 2J62A 1K9FA 3CUIA 2D2OA 4UR9A 3VM5A 3WF1A 1XCWA 3N9KA 5E70A 4HTYA 3WH6A 2PI6A 2WZIA 1W2PA 2CCRA 4AC1X 2UY2A 1KCLA 4HA1A 1QNOA 1WDRA 1GHSA 1W1TA 2VI0A 4RE2A 1GJWA 3VDCA 2CESA 5KZ6A 1L0PA 2WMHA 1JYWA 3OLDA 1ODUA 2XGIA 1H0IA 1HKJA 3J7HA 3BCDA 2WHJA 2ZWYA 4A3YA 4CVWA 4EKJA 4BCEA 3ZO9A 2XJ7A 2CBVA 1E6RA 3UCQA 4S3KA 1W3JA 4OBSA 1UA3A 2XWDA 1M7XA 4Z2KA 3VIHA 5D4YA 1I75A 5DT7A 3WFLA 1C91A 3FN9A 3VINA 3BLKA 2A3EA 5CPTA 1CENA 4CD5A 3K4DA 1XV8A 2V3GA 2DQXA 3FHQA 2OYKA 3VIOA 4CGTA 5I2UA 2XTKA 2W66A 3M7SA 2V5CA 1HT6A 2WPGA 4JKMA 3SCWA 4YPJA 3L4ZA 4LQ1A 1XH2A 2CBUA 1EQCA 3SUWA 4OOZA 1UHVA 3OZPA 2WVUA 3B9EA 1D7FA 4UQ9A 2F61A 2C0HA 2WAGA 3PZMA 1G94A 2VR4A 1FP9A 3AIVA 4AZBA 3RJXA 1XGZA 1QI2A 2BY1A 1RD6A 4UOJA 1E1FA 3PTMA 1RPKA 1W2VA 4X0VA 2XVPA 4V27A 3APGA 4LGXA 4N42A 2G3IA 1OCQA 1MW0A 1LG1A 2QV4A 2QMKA 3WQ6A 4BS0A 2OWWA 5A6MA 4HZ7A 3WKZA 1M03A 3AJ7A 4AZ5A 4MNKA 3CMJA 4GQQA 4AZCA 1O6IA 3CUHA 2VURA 1B3WA 4GQRA 5A3HA 3PZVA 1UD5A 4IM4A 3N1AA 4UQCA 1UD2A 5I79A 2XSAA 1NWTA 4MPKA 1J0IA 3KEHA 4U2ZA 3EDFA 1UH2A 2AMGA 2WLZA 3B9AA 3ZT6A 3N11A 4GO8A 3CZ8A 1ZS2A 3MMDA 1J18A 4AZCB 4PMVA 3FAWA 3AIEA 1F4AA 4JFSA 4QDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V3M A;  4ML4 A;  1U2Y A;  3FHA A;  4CD6 A;  4W7V A;  3BCF A;  1KWK A;  2W62 A;  1JD9 A;  1V0M A;  4ZXO A;  2GJX B;  3GH5 A;  4Z2J A;  1KXV A;  4NRS A;  1C7T A;  4UOZ A;  2V3D A;  3T0A A;  4RE4 A;  4MNL A;  1C8Q A;  3WBE A;  1JFX A;  3ARO A;  1QW9 A;  1K9D A;  1TCM A;  3IJ7 A;  1NM9 A;  1D2K A;  3O6A A;  1KBB A;  3PHA A;  2GK1 B;  3VMP A;  4F9J A;  1H2J A;  1OIM A;  1QHP A;  2ESC A;  1NWU A;  5I78 A;  1Y7V A;  1GCY A;  3CHF A;  5KEZ A;  5IDI A;  2ZUU A;  1H0G A;  3VDA A;  4BA0 A;  1V6Y A;  4U33 A;  1QVB A;  4KRT A;  3S2C A;  3CBW A;  1HL9 A;  3CZK A;  4D6I A;  3AQU A;  5A6B D;  2OWC A;  2VJX A;  4GI8 A;  5JBF A;  2XVG A;  1JXK A;  3D3A A;  3GDB A;  1TE1 A;  1MW2 A;  1X6N A;  5JIW A;  1KQZ A;  1FOB A;  1GOO A;  1L8N A;  4XZB A;  3CH9 A;  2J79 A;  3AYS A;  1ITC A;  2ZUM A;  2ZUV A;  5AC4 A;  2DPE A;  3SCT A;  3WH8 A;  1P6W A;  4D6E A;  4ZE5 A;  4D6G A;  1GQJ A;  4UCF A;  3VIG A;  3ARV A;  1NH6 A;  3TOP A;  1CPU A;  2IXV A;  4OKD A;  3QR3 A;  4MB3 A;  3CLW A;  1QI5 A;  2YL9 A;  1WO2 A;  4FF5 A;  3WH7 A;  3GYC A;  4PTX A;  4W89 A;  1KCK A;  1E0X A;  1FH9 A;  2J7E A;  4PMD A;  4JHO A;  1HJW A;  2VC9 A;  2WC4 A;  2D0G A;  4WLC A;  3POC A;  2VNC A;  5I6S A;  2IXU A;  1G0C A;  2YDQ A;  3KWX A;  2OSX A;  2Y2W A;  2BHU A;  1PEZ A;  4IPL A;  1OIN A;  1K9T A;  3TTS A;  4OOU A;  1EHN A;  4GZJ A;  2D0H A;  4TX8 A;  1C7S A;  1ECE A;  4WKA A;  2D22 A;  3NJ3 A;  2ZX7 A;  3OGV A;  1AQH A;  4W8L A;  4Z2L A;  2FGL A;  1CXI A;  1E0W A;  2CPU A;  4JAW A;  1UD4 A;  1UG6 A;  1JIB A;  2V3E A;  3W24 A;  3IJ8 A;  2GDU A;  1EH9 A;  1UR4 A;  1GQK A;  1DED A;  1W9U A;  3EMQ A;  3W6L A;  1JFH A;  1D3C A;  2YIH A;  3OGS A;  2WVV A;  1V3I A;  4J3U A;  2VL4 A;  3SEP A;  2JF6 A;  1S46 A;  4ZFM A;  2WSK A;  4C7G A;  4CKQ A;  4CN1 A;  2WAN A;  4JFV A;  1QI3 A;  2HIS A;  1HF6 A;  4JHZ A;  1QNS A;  1E4L A;  4QCF A;  3VUP A;  2WWC A;  5HOS A;  2WBK A;  1XHG A;  2BY3 A;  3PZQ A;  4PMR A;  3PZT A;  1CBG A;  2WVV B;  2G4F A;  1ISX A;  4QLK A;  4JCL A;  2YDR A;  3SUS A;  2ZE0 A;  4PMO A;  3SCQ A;  2F2H A;  4MAD A;  1UKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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