4AD0A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteriodes thetaiotaomicron in complex with bis-tris-propane
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
341
structure length
320
Chain Sequence
TLDDHTISFYYNWYGNPSVDGEMKHWMDIACNFYPELGTYSSNDPEIIRKHIRMHIKANVGVLSVTWWGESDYGNQSVSLLLDEAAKVGAKVCFHIEPFNGRSPQTVRENIQYIVDTYGDHPAFYRTHGKPLFFIYDSYLIKPAEWAKLFAAGGEISVRNTKYDGLFIGLTLKESELPDIETACMDGFYTYFAATGFTNASTPANWKSMQQWAKAHNKLFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSTTRDRENGKYYDDMYKAAIESGASYISITSFNEWHEGTQIEPAVSKKCDAFEYLDYKPLADDYYLIRTAYWVDEFRKARSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-ALPHA-MANNOSIDASE
publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 115
structure length 320
sequence length 341
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad0A00
3VGGA 5JBDA 4WKAA 3GTNA 2BXZA 3W4RA 4HA1A 1QNRA 3ARZA 3NIYA 2YLAA 5DEZA 3GBEA 4D1JA 1EA9C 1L0PA 3B9DA 3F5KA 4A3HA 3CMGA 4Z2KA 1EDTA 1H0IA 3VX1A 3GXMA 1UWQA 1CENA 3AHTA 4QAWA 4J7RA 3WEZA 3WEOA 1XH0A 4UZSA 2Y8KA 3QHOA 3T0DA 3MV11 3VGEA 2WNWA 4AD1A 1WCGA 4W8LA 2ZIDA 1QBBA 4URIA 5A94A 4UOQA 2ZUWA 1EH9A 3WENA 1ISWA 1Z32X 4GO8A 3BAJA 1NWSA 3T08A 2VR4A 4BQ3A 4DWSD 1BF2A 2W67A 5KZ6A 3THDA 3TOPA 4EE9A 3CLWA 3GNRA 3E1F1 3K46A 1OM0A 3EDDA 3KL5A 3A4XA 4NZCA 5BCAA 3WH9A 3EDFA 4OJYA 2YL9A 3ZM8A 2HISA 5EBAA 3M46A 3N18A 3AXHA 3PTKA 5E0CA 1VEPA 2W66A 3WUFA 5AC5A 3IAQA 1U2YA 4KGJA 1E73M 2EXOA 4M82A 1KGXA 4D6HA 5F7UA 1QW8A 3L4WA 1F4AA 4AEFA 4GO9A 1CBGA 2YBTA 2OWXA 3VTRA 1CXFA 2E8ZA 1QNSA 4ZE4A 3BAXA 1C8QA 1W2VA 4Q22A 4P8WA 4WLCA 5A6SA 1JNDA 1IV8A 1LL4A 4PRWA 3PBGA 1JDCA 3ZSSA 1ZBWA 2XVNA 5BYWA 1ITCA 2WCSA 3VDBA 1EDGA 5E6ZA 1UD5A 2G3IA 1EO7A 2MANA 4P7RA 3TTYA 4A4AA 1KXVA 2J7EA 2C8NA 3L2MA 3M6DA 1XH2A 3K8LA 4HA4A 1B2YA 3VIFA 4XX6A 4DUXA 2WMKA 4F66A 3VMNA 3QGVA 1BSIA 2JE8A 4P8XA 1W1TA 1NOWA 5D9OA 1UQZA 4UFLA 5I2UA 1K9FA 4J27A 3WD0A 1WO2A 2YKKA 1Q6CA 5GNXA 1UR0A 7A3HA 1DWFM 4H04A 1J0JA 1HKMA 1V6VA 3AIBA 1KFWA 5A95A 3ARRA 4AD4A 2J7BA 4CD8A 1B3YA 1WPCA 1KR1A 1MXDA 3VGDA 2J7HA 1XHGA 3SIMA 4AD3A 2CCRA 1CXKA 3VDHA 1E6XM 5CLWA 3CMJA 3OGSA 1CXEA 1IZKA 3SEPA 3S2CA 1XYFA 1CGTA 1NOFA 5D9PA 3WH5A 1AQ0A 1OGBA 2D2OA 2WK2A 2CBJA 4GQQA 2DIJA 3L4VA 1H11A 2WCGA 1UR8A 1PZ2A 2VX4A 2E9LA 1WB0A 1EDQA 3WH6A 3EMCA 3IANA 1HVQA 2BY3A 1UWTA 3CZEA 3SUUA 4CKQA 5I23A 3WH7A 3OG2A 2OWWA 3N15A 1NWUA 3W38A 3OLIA 2B31A 2EPKX 1UR1A 5A8OA 1UKSA 1W3JA 1J9YA 1UD6A 2G4FA 1ESWA 4RE4A 3BAIA 4D6GA 3IJ7A 1UD2A 4AWEA 4LGXA 2NW0A 2VTFA 4MNLA 1R7AA 2E40A 3CHEA 2QPSA 2D20A 2C0HA 5A6LA 3VMOA 1KB3A 2JF7A 3MMUA 3FN9A 5CZKA 4MADA 2W91A 2Y4SA 2DEPA 4H2CA 2DSUA 2UY2A 2FDMA 2XPKA 1KQZA 1NQ6A 3VD3A 1JAEA 2YDQA 3FXYA 3IK2A 5GNYA 3EBVA 2PWDA 3WF1A 3POCA 2D23A 1TVPA 1R8LA 3VIIA 2UY4A 1C8XA 4HU8A 4F9DA 4PTMA 2VZUA 2GVYA 3AZTA 4DWSC 4OOUA 5E6YA 2BHZA 1LL7A 1TMQA 1BYAA 2ZUTA 4UOJA 4H8VA 1CDGA 3CTTA 1JL8A 1KWKA 3RIKA 1BYBA 1YQ2A 1OT2A 1OT1A 2E0PA 3WQ6A 4Z2LA 3FW6A 1H41A 1WZKA 1E56A 1QI3A 1W1PA 1G01A 2OWCA 1UH2A 1CLVA 1BG9A 5IHRA 3BGAA 4HMDA 1EIBA 1E6ZA 1VBUA 3NDZA 4QLJA 2VRKA 1E4MM 3GXDA 1MFUA 4WKFA 3QOKA 5ABGA 2VMFA 3WQVA 4BS0A 2XVKA 5FL0A 5HPOA 2EPNA 3SCOA 2WZIA 3ZOAA 4GI6A 5FOOA 1H4PA 2CNCA 3D3AA 3BLKA 1PX8A 1NP0A 5A2BA 3ZSTA 1IT0A 1CIUA 3BLPX 3ARVA 4XZBA 2CBUA 4V27A 4PMNA 1J10A 1FP8A 1GZJA 2WPGA 4UFIA 3WFZA 2ZUVA 2ZWZA 2V5DA 1J0YA 4PUDA 1EHNA 4JKKA 1UH4A 1W2PA 3ZT7A 4CVWA 4Z2GA 4GZIA 3DYMA 3THCA 2WHJA 1X1NA 3U7BA 1FP9A 1ITXA 4E8CA 3W53A 1J0KA 5FKYA 4RE2A 4IUGA 3PN8A 1VAHA 4M80A 1CPUA 4ML4A 1R85A 2WHKA 3WBAA 3KL3A 3M07A 3N11A 4R27A 3UR7A 4JCLA 4MB3A 3W24A 2BY0A 5FL1A 4CD4A 2ZX7A 3MMWA 3AHZA 2DH3A 1HJQA 3N17A 3TTSA 1BLIA 1SFSA 1UOKA 4AIEA 1FOBA 3AXIA 3PZ9A 4AIOA 5M3WA 1JZ8A 2WM0A 5A6BD 4PBGA 5CPSA 3WH8A 3AIQA 1I1XA 4M24A 3T2OA 1JDAA 2VVNA 2OLHA 2JF6A 3HU7A 3PZOA 1E1EA 4FF5A 4LPCA 4HTYA 1KGWA 4MPKA 2WVSA 3RO8A 4X0NA 3QOMA 5E09A 2RGMA 1GQKA 3SUVA 4UQ9A 1LWJA 3N12A 4X9YA 1M03A 5BXSA 3LPFA 1HXJA 3VX0A 4W7VA 1KQYA 1W9UA 4W84A 1HJWA 2VT0A 4DM2A 1W9BM 3PTMA 5I24A 1V6WA 4UZUA 3W26A 4HZ7A 3MUZ1 4PMDA 4JFWA 4PMOA 4YN5A 2YL6A 1GOOA 1V08A 3IJ9A 4MJ4A 3VILA 2YL5A 4NRRA 4Y7EA 2XG9A 3G6MA 4W85A 1W32A 3PHAA 2WCAA 1MVYA 1ZJBA 3N9KA 4EK7A 3AMLA 4E8DA 1RPKA 3PZIA 4FLRA 5HBFA 1DWHM 1HL9A 1FFQA 4B16A 4D71A 5HNNA 1B30A 1YHTA 2JFEX 4TUFA 2C7FA 4AC1X 1C3FA 1ZJAA 3NDYA 3RM8A 4W7UA 2FH8A 4IM4A 4PTVA 1HL8A 2W92A 3AJ7A 2JEPA 1TFVA 2WHLA 5A6AA 1QHZA 3I3DA 4H8UA 1OB0A 3AYSA 1J01A 1B3VA 2WBKA 1GJWA 2DSZA 3AHVA 2CHOA 2ZICA 3WNMA 4HP5A 1V3KA 1EHAA 3NUKA 4AW7A 1F4HA 1ISYA 2YIHA 5D8WA 4D6FA 3T0BA 2CKRA 3U57A 1JZ5A 1R87A 1E0VA 5BWFA 1QI5A 4XZWA 2G41A 2EPOA 4ZFMA 4WF7A 4KH2A 4TVDA 3KEHA 2A3AA 4QCEA 4M29A 3LPPA 5BROA 2VOTA 3RILA 2WKGA 1E4NA 1MYRA 1BGGA 1W1YA 1D2KA 2WVVB 1E5NA 1TUXA 3PZNA 2BY1A 4PMQA 4HMCA 4N0RA 3ZT5A 1C8YA 1DWAM 6A3HA 1C90A 3GH7A 3WD2A 1JF6A 1UWSA 3GNPA 5EB8A 2VL4A 3SCNA 1NH6A 5I78A 3ZIZA 1BPLB 1KGUA 1US2A 5I5RA 3OGVA 4HPGA 3GXFA 3AXXA 3VOCA 3ZJ7A 3SCUA 3WD4A 3ARXA 4CD5A 1B3XA 1M53A 1JFHA 2BXYA 1GORA 1NP2A 1WZMA 4IPLA 1UD3A 2GUYA 1ECEA 3ARWA 2OSXA 1UKOA 3ALFA 2UWFA 1VB9A 4PCTA 1NWRA 1QPKA 1W91A 1KXHA 2ZXQA 1VEOA 1HKKA 5C8BB 3BCFA 1HVXA 5I3DA 3OZPA 4J3SA 3AZSA 1JD7A 1G9HA 3EYPA 5DFAA 3TP4A 1SYTA 1US3A 3NSNA 5CSUA 3GZAA 2WMJA 2D22A 2GDUA 1H3GA 4UFKA 2Y5EA 5AY7A 2VUYA 4CU7A 3W37A 4C7GA 1E3XA 1KBKA 3VINA 1MW2A 3JUGA 5CPQA 4E2OA 2V3DA 4WSJA 1PIGA 1JZ7A 1CZ1A 1ZL1A 1BQCA 4J28A 1FH9A 4QP0A 5HDRA 2WMHA 5A3HA 2XFYA 3AOFA 5I6SA 1LF1A 3WL1A 1RD6A 3VUPA 2DPEA 2ZX8A 3OLEA 1ZBCA 5IFTA 2ZX5A 3VIKA 4BA0A 4GPNA 2ZUUA 2QPUA 2DQXA 3W29A 2V3GA 4TXEA 2D24A 4HU0A 3VDAA 3HN3A 1HJSA 1B31A 1B3ZA 1JI2A 1V3JA 2WSKA 1QI0A 1BYCA 4P7QA 3AMCA 3DHPA 3AROA 2VURA 1CXLA 2J75A 2V3FA 1UWRA 2D3LA 2GSJA 3T2QA 1ZS2A 5LYRA 2YA0A 1BVZA 2WC3A 2PBOA 5CJ5A 4B3KA 3NYDA 3W82A 1QW9A 5C70A 2G3JA 2XM1A 3AI0A 1JYWA 3OLDA 5JIPA 3FAWA 2A3BA 3CZGA 4NRSA 2O92A 1G0CA 5IDIA 2W4XA 4CU6A 3WQ5A 4CN6A 3AIUA 4J3XA 2F61A 4AZ6A 4P8VA 3CHFA 2DSVA 3PZQA 5FCZA 1SR0A 2UY5A 1PEZA 3KL0A 1HJXA 4QFUA 3SCSA 3OBAA 4AISA 3AFBA 3CUIA 3OGRA 4CN1A 1EXPA 2EBNA 1E1FA 3AICA 1JNEA 4DWSA 3LPGA 2XUCA 2YBUA 3NJ3A 4W93A 3UCQA 3DC0A 1UQYA 2BHYA 3VD5A 1V3HA 2V3EA 3K4DA 2BY2A 2YLLA 3WUEA 3AIWA 1J18A 3VDCA 3WF4A 5TD4A 4ZXLA 1N82A 2XYLA 1XYZA 1FH7A 3RM4A 1RP9A 2RGLA 3VM7A 3LPOA 2BS9A 1VEMA 2JIWA 5D4YA 4OZOA 3VD4A 2EEXA 2W61A 2WMGA 2XIBA 1JZ2A 1VJZA 4W5UA 1W3HA 3FY1A 3KE0A 1GHSA 1QNQA 1WE5A 5DO8A 3II1A 1W3LA 3AHYA 4HOZA 2WXDM 2IXVA 4NI3A 4HMEA 4P7LA 2ZUSA 4UR9A 3WL0A 1DTUA 4JAWA 3ALGA 1J11A 1DWIM 3LMYA 3WDPP 1MQRA 3MUAA 5CQ1A 3AS0A 4KMQA 3WQ8A 2DIEA 4UQEA 1V0LA 3DYOA 1X6LA 4ACYA 2OYKA 4L4PA 4V2XA 4XUYA 4IISA 2J47A 5JIWA 4D6IA 2VQTA 1CGUA 5BXRA 2XGIA 1WDRA 2WLYA 5ABHA 1OINA 3PZMA 4DWSB 5HPCA 4AEEA 4Z2IA 3WQ4A 1NM9A 2QLYA 2BNJA 1JGIA 1GNXA 3WNKA 1GOWA 4HOXA 4CGTA 4PCSA 4WK9A 1GOIA 2J7DA 3AMKA 4ACZA 3A47A 4MNJA 1E15A 3GM8A 2PC8A 3MUIA 5A2CA 5JUVA 2OSWA 4UFHA 1BVNP 2VR5A 5DMYA 5FIPA 5AC4A 4MB1A 3WUGA 4RE3A 5ABEA 1JI1A 2J25A 1KWGA 1CLXA 2O9OA 2DH2A 3SCPA 2J4GA 1MXGA 1UD4A 4MAVA 4EKJA 1RP8A 2X09A 1WZAA 1E40A 3WKZA 3OZOA 4NF7A 1JF5A 4TX6A 4AZ7A 1I75A 2ZWYA 3BCDA 1HP5A 2XM2A 1EQCA 4YHEA 4W8BA 4CD6A 7CGTA 4W86A 3ARSA 1LQ0A 1WDPA 4Z2JA 5M03A 1C91A 2CPUA 2EO7A 4BQ4A 4AZCA 1BHGA 2ZXBA 2CBVA 1GQLA 2VX5A 5A6MA 3KZSA 4OUEA 2X0HA 3CZLA 1J12A 5A8NA 4X0VA 2VX6A 2NSXA 4H8HA 3IAPA 1C7SA 1E0XA 3B8SA 3IJ8A 2OSYA 2V5CA 3ARQA 1VJSA 2CESA 1DEDA 5EMYA 3AIEA 1BFNA 3D5HA 4BQ5A 5CGTA 4WIWA 1XV8A 1CWYA 2Z1SA 1VRXA 5BRPA 2AOSA 3CUFA 4ACZB 1MW0A 1UKTA 5I0DA 3WFLA 3W27A 1CGYA 2J78A 1JXJA 2PWGA 1UYQA 1EQPA 5CSYA 3WDIA 3DECA 2DT0A 4UQAA 1I1WA 4L4OA 1KR0A 4U5IA 2CETA 2D3NA 3AS2A 5E0FA 4CU8A 5BXTA 3NCOA 4D6DA 4HA3A 4F9JA 1VENA 5C71A 1E43A 1V02A 1B90A 4ZENA 4AMCA 1E6PA 1JZ6A 4ZEPA 4JL1A 2IXUA 3TTOA 4CCDA 1E5JA 1VFMA 3MSGA 3POHA 3BMVA 2QF8A 4CVUA 2QHAA 4DUWA 1H09A 5EFFA 4MDOA 4QLLA 3CZ8A 1EGZA 2WANA 3OA5A 4KGLA 1W3KA 4AZCB 1E6QM 1ODUA 3T0AA 2EPMX 3FAXA 3RJXA 4ATLA 2XFRA 1MWOA 2ZXAA 3BAYA 2F8QA 1MW3A 4J3VA 3VNYA 2OYLA 2V38A 2D1ZA 1GOQA 1UD8A 1XCWA 2CEQA 4WSKA 4UCFA 4R5EA 2X05A 3RDKA 1UZ1A 2PWEA 1B9ZA 1NOUA 1AMYA 2BV9A 2WVVA 2DSKA 2GJPA 1XSKA 2XTKA 2WMFA 1W9DM 4XV0A 1W9PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VGG A;  5JBD A;  4WKA A;  3GTN A;  2BXZ A;  3W4R A;  4HA1 A;  1QNR A;  3ARZ A;  3NIY A;  2YLA A;  5DEZ A;  3GBE A;  4D1J A;  1EA9 C;  1L0P A;  3B9D A;  3F5K A;  4A3H A;  3CMG A;  4Z2K A;  1EDT A;  1H0I A;  3VX1 A;  3GXM A;  1UWQ A;  1CEN A;  3AHT A;  4QAW A;  4J7R A;  3WEZ A;  3WEO A;  1XH0 A;  4UZS A;  2Y8K A;  3QHO A;  3T0D A;  3MV1 1;  3VGE A;  2WNW A;  4AD1 A;  1WCG A;  4W8L A;  2ZID A;  1QBB A;  4URI A;  5A94 A;  4UOQ A;  2ZUW A;  1EH9 A;  3WEN A;  1ISW A;  1Z32 X;  4GO8 A;  3BAJ A;  1NWS A;  3T08 A;  2VR4 A;  4BQ3 A;  4DWS D;  1BF2 A;  2W67 A;  5KZ6 A;  3THD A;  3TOP A;  4EE9 A;  3CLW A;  3GNR A;  3E1F 1;  3K46 A;  1OM0 A;  3EDD A;  3KL5 A;  3A4X A;  4NZC A;  5BCA A;  3WH9 A;  3EDF A;  4OJY A;  2YL9 A;  3ZM8 A;  2HIS A;  5EBA A;  3M46 A;  3N18 A;  3AXH A;  3PTK A;  5E0C A;  1VEP A;  2W66 A;  3WUF A;  5AC5 A;  3IAQ A;  1U2Y A;  4KGJ A;  1E73 M;  2EXO A;  4M82 A;  1KGX A;  4D6H A;  5F7U A;  1QW8 A;  3L4W A;  1F4A A;  4AEF A;  4GO9 A;  1CBG A;  2YBT A;  2OWX A;  3VTR A;  1CXF A;  2E8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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