4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
4CGJA 3SNNA 3AVBA 4CGFA 5FDLA 3VA3A 3VQEA 4L8RB 5KI6A 4FK2A 4QAGA 4LY7A 4HVJA 4FJMA 1Q9YA 2Z1HA 3SQ0A 2E4LA 2D0AA 4HUGA 4CJLA 2OPRA 3ZSQA 4DFKA 3VQQA 4B9NA 3OYAA 4DF8A 4FJHA 2AJQA 3AA2A 4N47A 4MQ3A 4E7LA 3DLBA 1RBRA 2HVHA 3C6TA 4HUFA 1HJRA 3MEDA 1C6VA 4DMNA 1TK0A 3NF7A 4KHSA 2FBXA 4IDKA 5HP1A 1TGOA 1T8EA 3ZT0A 3RWUA 3V1RA 2F8SA 2HHUA 2XY7A 2QKKA 4B9SA 4OPKA 4R5PA 2KW4A 4TSXA 5KRSA 4DSJA 4XIUA 4CIGA 4IG0A 3MXJA 1TK5A 3RMDA 1J54A 4K8ZA 3SUOA 3DLGA 2YNGA 1TKTA 1UAXA 1ZBLA 2FBVA 1ITGA 4W5RA 3I0RA 4DTUA 5FRMA 1GOAA 2A1SA 3S3OA 2KTQA 1BQNA 1S9EA 4N41A 4LH5A 3QESA 3PX4A 1NK5A 3QNNA 1FXXA 1T05A 3HPOA 1WAJA 3VQBA 1KVBA 3MAQA 3S9HA 3HJFA 4NCBA 1WLJA 1DTQA 4C8LA 1RILA 5HROA 3NH0A 3LAMA 4KHUA 3QNOA 3AVGA 4CGIA 2VG5A 5E41A 1D8YA 3KK3A 3MECA 2VG6A 4CGHA 4JRPA 3BGRA 4Z4GA 1VSIA 1ASUA 2IS3A 1NJXA 2G8IA 4ZHRA 4O55A 2F96A 1JL2A 3QEWA 5HLFA 1RT1A 3ZSXA 1EXQA 3OVNA 4E7JA 3G0ZA 4E1MA 1W9HA 3LP1A 4KO0A 1XC9A 1SKWA 2XY8A 4FVMA 5J2PA 4Z0UA 1T03A 1HYZA 1WN7A 5HRRA 1IKVA 3D0PA 3V9UA 1JLGA 3QIOA 1JLCA 3VN5A 3OYEA 3QEPA 1BL3A 1X9SA 4CHPA 3AVCA 1RNHA 1VRTA 3ISNC 1RDBA 3HK2A 1U47A 1BISA 2WOMA 1RTIA 3VQCA 1F21A 1TAUA 1CLQA 4KI6A 2ZD1A 1L3TA 4DSLA 4CHQA 1LAWA 3SQ1A 3NGIA 4Y1CA 2HW3A 1YTAA 4N5SA 1SV5A 3ASMA 4AH9A 3V9XA 4RW6A 3KK1A 2ETJA 1X9MA 2DFHA 2GUIA 4FM2A 4C8KA 2QKBA 1WSEA 3L2RA 3SQ2A 1BI4B 1HRHA 4FYDA 1NK7A 4YFUA 3RTVA 3TAPA 2YKNA 3KLIA 2JGUA 3C94A 5EU7A 3QERA 4I9QA 4J2EA 4IFYA 3IRXA 4KHWA 3JYTA 3HXMA 2DFFA 4DTNA 1WNSA 3OYDA 1VRUA 3SUQA 4HCBA 3NF9A 4B08A 3LZIA 3RRGA 4KREA 4F2SA 4CERA 3WNGA 4PWDA 4CJEA 4CGGA 3T19A 4JS5A 4EZ6A 1HMVA 2OPSA 3DM2A 3KIOA 3AVKA 3OJSA 3VQ6A 1SKRA 1J5OA 1W0HA 1FKOA 4W5TA 4I9LA 4B9MA 3ZT3A 3NF8A 1SUQA 4QOZB 4FJIA 4KHYA 1NJYA 4FJKA 3TAFA 2IC3A 3MXMA 4CK1A 1S6QA 1NKBA 2FC0A 1RT2A 1SKSA 3OYNA 3PUFA 1RBUA 3HSTB 1U49A 1RT4A 1RTHA 4CJ4A 4C8OA 4F3TA 3VA0A 3K5MA 2PZSA 1YT3A 1S1WA 1SL1A 5FRNA 4FJ9A 1DTTA 4CGDA 4KB0A 2HHQA 3SUPA 2P5OA 1X9WA 1J53A 4CJ5A 3LWLA 5KRTA 1BCMA 3SQ4A 4C8MA 3AVFA 4CJWA 2ZQBA 1HYSA 3M8SA 3SUNA 3TABA 2G8UA 1UWBA 2KQ2A 3ZSWA 4CF0A 4CJUA 5C25A 5J1EA 4CJ3A 4OPJA 3HP9A 2W42A 2ITGA 4W5OA 2VWJA 1IH7A 5I3UA 1B9DA 4DSKA 3ZT2A 3WNHA 4CFBA 1GOCA 3I8DA 4E89A 1NK8A 4CFCA 3VQDA 1CZ9A 4Z4IA 3AO3A 2E6MA 1TK8A 1A5VA 3OYFA 1S9GA 1WSGA 4FLVA 1Y97A 2YV0X 1RT7A 4CHZA 3CFOA 4CFDA 4N56A 1BI4A 2X6SA 4CE9A 4M45A 2G8VA 4FLYA 4EP5A 3RMBA 4W5NA 4KFBA 4E1NA 1VSDA 3RRHA 4CJPA 4KKOA 4KRFA 3OYKA 4IKFA 4OKEA 3K59A 3T3FA 1QSLA 3K5LA 3MEGA 1VK0A 4OGCA 4CJQA 3K2PA 2YKMA 3NGZA 3AO5A 4KTZA 1VSEA 1ZBUA 2HMIA 4FLUA 4PUOA 1ASWA 3LZJA 2HHTA 1C0UA 1BQMA 1QS4A 1Z26A 3LWMA 1JXEA 2XHBA 3PX6A 3SV4A 3HVTA 2P5GA 3ITHA 3TWHA 3V4IA 2XY5A 1LAVA 4I2QA 1VSHA 4CEOA 2EX3A 4DSEA 2Z1JA 1TV6A 3KJVA 3EZ5A 1R0AA 4H4MA 4ID5A 2X74A 1U45A 3CM6A 3DRSA 3V1OA 3QLHA 5SWMA 1QSYA 2D0BA 1RBSA 3DLEA 3NDKA 3NFAA 2HHXA 2B5JA 1IO2A 4IG3A 4CF1A 4BE0A 2Y1IA 4Z4CA 4CIEA 3KK2A 2OYQA 2RPIA 3DOKA 3SCXA 4BDZA 4FJJA 5C24A 5JS2A 3LALA 4N76A 2GV9A 3V81A 3RMCA 4E0DA 3AA3A 2G8KA 4PQUA 2HHWA 4AHTA 4ZTFA 4PY5A 3AVAA 3G10A 4W5QA 2NUBA 2IGIA 5J2QA 4DQPA 1RCHA 4HUEA 3UIQA 3L2WA 4FJLA 4M41A 4E7HA 2YHAA 1NK6A 2P51A 2YHBA 4DTPA 1IKWA 4DLEA 4RW8A 3DRPA 1L3UA 1C1CA 3ZSYA 1RDAA 4FLWA 4CJTA 3QEIA 1DLOA 3OS2A 2VG7A 1EKEA 2HNZA 3L3UA 4KI4A 5CYMA 3SYZA 4ID1A 3P83D 5DMRA 1VSJA 1C0TA 4GMJB 4DTMA 4CF9A 4CF8A 4F2RA 4KTQA 1VSLA 4OKJA 1ZBIA 3HO1A 4AILC 3VQ8A 1C1AA 4I7FA 1X1PA 4KTWA 4LSNA 1KVAA 1RBTA 1S5JA 4IFVA 4NYFA 3KLGA 3KKRA 4Z4HA 1BIUA 4O5BA 1LWEA 1BGXT 4OLBA 3AVNA 1ASVA 4CESA 2HNDA 1XHZA 1IG9A 4KB1A 4FJNA 4M42A 1TKZA 3OS0A 1HQEA 1HPZA 3AA4A 3PY8A 2BE2A 4CCHA 5CYQA 4CHYA 3L8BA 1T7PA 2QXFA 1TKXA 3LPUA 4RG8A 3L2UA 3V6DA 2DY4A 4JRQA 3CFRA 3RR7A 3KTQA 4Y1DA 3OYHA 4FJGA 3B6PA 2RF2A 1B92A 3DOLA 4PA1A 3HPHA 1KRPA 2B6AA 3PO5A 1MU2A 5FROA 3CG7A 3AVIA 1KLNA 4FZYA 2XY6A 1KFSA 3LANA 5HRPA 4KHQA 3NGYA 3V1QA 1QHTA 1WAFA 4BDPA 3HVRA 3CM5A 3T1AA 2JLEA 4FLTA 1TL3A 1RTJA 5KGWA 1CXQA 1S1VA 2ZE2A 1A5WA 3O4QA 2OPPA 1D9FA 3VQPA 4O44A 2BGGA 4FZXC 2IAJA 5K14A 3OYJA 4CEBA 4DTXA 1ZYQA 2YNFA 3BDPA 4DFPA 3SI6A 4O0IA 1C1BA 3QO9A 5KTQA 3SPZA 3TAGA 3LP3A 3HM9A 2O4IA 4DG1A 1XHXA 3QIPA 4JS4A 3C6UA 2O4GA 4BACA 3MXIA 1VSKA 3O3FA 1D9DA 4DTOA 4F4KA 4F8RA 1ZBFA 3M8QA 3AO2A 1L3VA 1CZBA 4ELTA 3B6OA 4NCGA 1U4BA 4B9TA 2G8FA 3IG1A 1S6PA 1HYVA 3KKSA 3U6FA 4DS4A 2Z1GA 3NH1A 4DSIA 3H08A 4ELUA 1QTMA 4M3TA 2X6NA 4DFJA 1KLMA 2A1RA 2BDPA 3ZCMA 3QEVA 3VQ9A 4MFBA 5DK5A 4FJXA 4DU3A 1JLBA 3V9SA 1NKEA 1KFDA 3CYMA 4F3OA 4M3ZA 3OYGA 2B4JA 4CEAA 5CZ2A 4FK0A 2GBZA 3A2FA 1N6QA 2PYLA 4LSLA 2RN2A 2KZZA 1SL2A 4QCLA 4M3RA 1WSFA 4FCYA 1HNIA 3LPTA 1RT3A 3VQ4A 3HP6A 4LH4A 3L2QA 3VQ7A 3AO4A 3ALYA 2DFEA 4CJRA 3NCIA 3K57A 2Q3SA 3O4NA 4O4GA 5HBMA 1RDDA 3ZSZA 4M3XA 1RT5A 4FM1A 4DSFA 4BE2A 1HNVA 4E7KA 3U3YA 2BANA 1EP4A 4EP4A 2FBTA 1C0MA 4NYNA 1KCFA 4H4OA 3KD5E 3HL8A 3LP0A 1NOYA 2YNIA 4E19A 4BDYA 4CEZA 4Z4FA 1BHLA 4Q0BA 3DRRA 3D45A 4CEDA 4AHSA 3TAMA 3CQ8A 3HT3A 4FLXA 3RR8A 3SPYA 4OJRA 1B9FA 1FK9A 1U04A 1RDCA 4BWJA 2Y1JA 5J2MA 2RKIA 4CHOA 3K5NA 3TANA 1BCOA 3TARA 1NK4A 3SJJA 1N5YA 1JLQA 3VQ5A 2HVIA 3ULDA 4AHRA 1QSSA 4FJ7A 4DQSA 1TL1A 4OGEA 4OLAA 5CY4A 3AV9A 1NKCA 3EYZA 3NAEA 2G8HA 5JS1A 3ZT1A 3EY1A 4OKKA 4ELVA 4FJ8A 3P5JA 1KSPA 3QINA 2HHSA 4J2DA 1TVRA 3HPGA 3DLRA 1JL1A 1LWFA 3OS1A 2PY5A 2D0CA 5J2NA 1WSJA 4FJ5A 4O0JA 3DLHA 1Q8IA 1Z25A 4RW4A 1NJWA 1JLEA 3OYCA 3L2VA 2P1JA 4J2AA 3PX0A 2G8WA 4ICLA 1NOZA 1BIZA 2ATQA 2DTUA 4DQIA 5HRSA 2WONA 3DI6A 3M8RA 3U3GA 1NK0A 3S3NA 4CJKA 4FW1A 4B8CA 3TI0A 1SL0A 1CXUA 1LV5A 1GOBA 3F73A 4B9UA 5KGXA 2X78A 3IAYA 3AVLA 3DYAA 3ZSRA 1JKHA 5SZTA 4B3OA 4CEQA 2YNHA 4KHNA 4FXDA 1S1XA 3P1GA 3KD1E 3WNEA 3LP2A 1EETA 4DQQA 3KLHA 1K6YA 3LAKA 2OA8A 4DLGA 3ZSVA 4RW7A 1A5XA 3OY9A 1WSIA 4FK4A 2LSNA 4JLHA 3DMJA 3THVA 4CJVA 2OZMA 1J9AA 3L3VA 1TKDA 2OPQA 2HNYA 4CFAA 3WNFA 4K8XA 4E7IA 1O1WA 1REVA 3OYMA 4CJSA 1TAQA 2QK9A 3FFIA 4M3WA 3PV8A 1UA0A 1YVUA 3CFPA 1IKXA 5CZ1A 1NJZA 2R7YA 3KLFA 2PYJA 4KAZA 1XI1A 2VWKA 1RTDA 2OZSA 1QE1A 2IDOA 1KVCA 3K58A 4DTJA 3OYLA 2EHGA 4CECA 1HQUA 1EX4A 3IS9A 4C8NA 3E01A 3TAEA 1IKYA 5D3GA 3ZSOA 4CIFA 3JSMA 4KV8A 4DU4A 1RT6A 4OVLA 2Z1IA 1JXBA 2F8TA 4YNQA 3MEEA 1S1TA 3OYBA 3LDSA 4B9LA 2IOCA 5HRNA 2XO7A 1LW2A 3QETA 5T7BA 4FW2A 4WE1A 4CHNA 3S3MA 2XRIA 2E6LA 4G1QA 4DTRA 1JLAA 1RBVA 4AHUA 1JLFA 4CJFA 3O3GA 4DQRA 3QEXA 1I3AA 3TAQA 4KPYA 3AVHA 1KTQA 4I2PA 4CEFA 4H8KA 4DF4A 3F9KA 3AVJA 3M8PA 4AHVA 3V9WA 3RMAA 3HYFA 1D5AA 3C95A 3K5OA 3VQAA 4BWMA 3ZT4A 1U48A 4NCAA 4CEEA 1S1UA 4ZTJA 1UOCA 3NF6A 1NK9A 1LW0A 4CK2A 1L5UA 1UA1A 4M3UA 3DLKA 4FZZA 1G15A 1VSMA 4DS5A 4BE1A 3AA5X 3V9ZA 4Z4EA 4DTSA 4M3YA 2HB5A 2I5JA 3OJUA 4EZ9A 1L3SA 2HHVA 5C42A 1WSHA 3SV3A 3SZ2A 1XWLA 3NHGA 2D5RA 4J2BA 1I39A 4Q5VA 4IBNA 3NH2A 2KFZA 1FKPA 4CF2A 3OYIA 4FLZA 4DFMA 3TR8A 4RW9A 4AHCA 4B8AB 3O3HA 3KLEA 4HHTA 4B9VA 2KFNA 3NBPA 4HTUA 4LD0A 1VSFA 4E3SA 4GVMA 1Q9XA 4HCCA 1YTUA 4GW6A 5I42A 3PO4A 1ZBHA 2KZMA 1LWCA 3I0SA 2FBYA 1QQCA 4FM0A 4DWIA 3AVMA 4UQGA 4CK3A 3NE6A 3AO1A 4DU1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FDLA 3VQEA 5KI6A 4WQ5A 5EXWA 4LY7A 5AFUA 4B1UB 1OKJA 4WFBL 2QA4N 1HKCA 4BR0A 4CJLA 2OPRA 3ZSQA 3R1XA 5BN8A 5C2DA 3OYAA 1CZAN 4X65K 4MQ3A 4HUFA 1TK0A 4KHSA 1YIJN 5HP1A 1TGOA 3OTOK 1T8EA 3RWUA 2A40A 3V1RA 4OPKA 4R5PA 2KW4A 1NGEA 1RDWX 1BUPA 3AGRA 3A5OC 3LM9A 5DM6L 4K8ZA 3SUOA 3P31A 4ILHA 5AQLA 4DR1K 3LDNA 3S3OA 2O8DB 5BPMA 3C7NB 1NK5A 1T3VA 2KKZA 3QNNA 1KVBA 4K42A 3HJFA 4NCBA 1DTQA 1RILA 3CCQN 4KHUA 4JKGA 3CCRN 2VG5A 3G25A 1BG3A 3UB5A 1NJXA 2F96A 3QEWA 1RT1A 3SJHA 2XY8A 2HVHA 5J2PA 1T03A 1Q7YO 1HYZA 5HRRA 3QEPA 4CHPA 5JMVA 4DHYA 2WOMA 3CC4N 2VQEK 1TAUA 1EWQA 4BGBA 2HMPA 4EIAA 1QZ5A 3SQ1A 4Y1CA 3VF6A 3U9DA 4LFAK 2WC9A 1SV5A 3ASMA 5IWAK 3V9XA 5AQIA 3KK1A 1S22A 1YUWA 2O8CA 2GUIA 4FM2A 1V4SA 4A62A 4BRGA 1BI4B 1NK7A 4IEIA 2JGUA 3QERA 1TUYA 4I9QA 1X3MA 4IFYA 3IRXA 4KHWA 4CK3A 3HXMA 3AGKA 4DTNA 1WNSA 2O8EB 1VRUA 4JKBA 4B3SK 3RRGA 2HSTA 4WQ5C 1KAXA 4B3TK 3A0IX 2FSJA 4EZ6A 1W7AA 1HMVA 1J5OA 5AZIB 1W0HA 3J7YP 4I9LA 4B9MA 3ZT3A 2WTUA 2QEXN 4FJIA 4JK9A 3WXIA 4FJKA 3MXMA 1S6QA 4O8KA 1RT2A 1RBUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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