4AHPA

Crystal structure of wild type n-acetylneuraminic acid lyase from staphylococcus aureus
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
293
structure length
284
Chain Sequence
HNKDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYISIEQFSELFNHEKIVGVKYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title Structural Insights Into the Recovery of Aldolase Activity in N-Acetylneuraminic Acid Lyase by Replacement of the Catalytically Active Lysine with Gamma-Thialysine by Using a Chemical Mutagenesis Strategy.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325
total genus 117
structure length 284
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ahpA00
3P62A 5G2HA 5K7JA 2WNNA 4UR7A 1RR2A 5AFDA 1EIXA 2CLHA 3DI1A 3W7HA 4UMCA 1SSDA 1L6WA 2BZNA 3GVGA 2XFWA 4OBTA 2J27A 1YLVA 3G0XA 4HSNA 1SU5A 4WY0F 4RV8A 4W9TA 2O7QA 5E0KA 3S42A 1FCBA 1QCWA 1LOLA 1S5TA 5DCEA 4LS2A 4LS0A 2ZZ4A 4O17A 2QAFA 1ME8A 3UY8A 4GUIA 1FWRA 1HTIA 5AHFA 4LS1A 4Y8FA 1AW5A 2YYUA 3BLIA 2ZRZA 3GB6A 4IXHA 1JCMP 4RK8A 4FNUA 4UR8A 3R8RA 3P7YA 3TC6A 2X16A 2ALDA 1SO6A 3BVJA 4GC4A 5LSMA 2CLFA 4JIPA 3NQ6A 4N02A 4JTHA 2CW6A 4POCA 1YDOA 1Q6RA 4XBKA 3PBUA 5HWNA 1SFJA 4LY8A 2E6DA 2X30A 2YDAA 3C2OA 3S1XA 3QW4B 3WJYA 5LZLA 2DU2A 4O13A 3MP5A 3PUEA 4UTWC 2Q8ZA 4EIVA 5KITA 4AAJA 4CQAA 1JVNA 3LHWA 2V30A 1ZY9A 4DPQA 1VRDA 3GIYA 3PF3A 3BLEA 4Y96A 3DFQA 3L66A 4MVAA 4CCEA 1PIIA 2VEKA 3F03K 3KRUA 1KFEA 4Z1BA 1KM2A 1ICPA 4AH7A 3B4UA 4MZ8A 4NVTA 3N9SA 4RCXA 3P81A 3DAQA 1W8SA 2FLIA 3EWXA 2LLEA 5DN1A 5LNUA 4FNTA 3TUUA 3IGXA 1KM4A 2TRSA 3W1XA 5FF2A 1JCYA 3KXQA 5DXYA 5K9XA 3HJZA 3NQ7A 2HS8A 1GVQA 1TRIA 2GVGA 3G1AA 3TE9A 1QPNA 1VGAA 5KZDA 3QSRA 3T7VA 3QPYA 5I3FA 3GDRA 3EWWA 1Z48A 2B4GA 4BFAA 2ZTJA 4LRTA 3ATYA 3M16A 5D2VA 1LRTA 5L6UA 4O8RA 4XZ9A 1YPIA 2DZSA 4KWWA 3HGJA 3WJXA 3FJ6A 3O6DA 2B7OA 1OVDA 1XC4A 5I3IA 3ZFHA 3UWVA 1KV8A 4JTFA 3GZ3A 1LP6A 1UUMA 2JBMA 3MW7A 3W1PA 5BMWA 5G5IA 2Y6ZA 2ISVA 3W74A 3TW6A 3P84A 1W5MA 1OABA 1ICSA 4NJHA 4UNLA 5AYZA 3CC1A 4WJEA 3LTPA 4X22A 3E96A 3W83A 2ZZ6A 1OYBA 4PFMA 5IBXC 5AHEA 1L6SA 3P67A 4ICNA 1IIGA 4RJEA 5AHLA 4JY9A 4FX8A 3O16A 5AC6A 3QFEA 1R47A 3E12A 4MYAA 1FWTA 5D2TA 4K7YA 3W76A 4O15A 1MEWA 1P0NA 3KVJA 2RHGA 1VLIA 1W5QA 1VZWA 3B03A 1ZENA 4EWND 3TK7A 2I14A 1DOSA 1ML1A 1EB3A 1HL2A 3LXCA 2VOMA 3TV8A 1H7OA 3QZEA 3DKLA 4E2DA 1O60A 4JTUA 3W22A 5LGXA 1LDCA 5E1QA 1F2JA 5G2WA 3I68A 1X7FA 5K9DA 2V2HA 3UYCA 1EPXA 3LM7A 3UZ5A 4BWLA 5D32A 4JTSA 4GJ1A 4KKXA 4LW7A 3W2NA 1GJPA 3DZ1A 4ZQNA 4NZFA 1JCNA 4UFJA 3FKRA 5U7SA 1LORA 1TIMA 3S5OA 2ZZ2A 2GJLA 1XBZA 1DQWA 4UTHA 3GXNA 1OX4B 2E09A 2Y88A 1GG0A 3LXAA 3E9AA 1PHQA 2HS6A 3U6WA 5D2XA 5I3HA 4X2RA 1IGSA 1NFBA 1QAPA 1U5JA 4HPXA 2VEIA 4UCGA 3FA5A 5EPDA 1RVGA 3N34A 7TIMA 4OE7A 1A53A 3M47A 3OVRA 3GAKA 3DKJA 5HR7A 1UBSA 5FF3A 3W7RA 3NL3A 4RKAA 1KFKA 3F4WA 2V5LA 3BK0A 3A23A 1SO5A 4RX0A 3CIXA 2WQPA 3IVTA 3M7WA 2V0TA 3LCFA 1O4UA 1Q6OA 5F1VA 3CWOX 1SZNA 1VR6A 3CQ0A 1AMKA 3B8DA 5G2IA 4PC8A 1I2NA 2YX0A 4IMGA 3TROA 3U8GA 1QOQA 1QR7A 4NUWA 2VELA 1KBIA 5DY2A 4FXRA 3NQ8A 1TSIA 3L0GA 2Y7DA 1WOBA 3MYPA 3QQ0A 1PE1A 4R33A 4U4MA 4M6QA 1LM1A 4JN6A 3SW6A 3T4CA 1VCGA 4IMFA 3MUXA 3G1XA 3NM3A 2FPYA 3PSVA 1TQJA 3HG4A 3HBLA 4A29A 3UWZA 4DO5A 1W5NA 5F2LA 1GTEA 5FI8A 1K02A 3KOFA 1FXPA 3N2XA 3A5FA 2QCGA 1P5BA 5D37A 1TPWA 1F05A 2ZA2A 2NLIA 3MHGA 2BLEA 3NYZA 5G1YA 1SW3A 2QCFA 3G22A 2GVLA 3EXTA 3TA6A 1ZFJA 5KZEA 1SSGA 3FEMA 2Y63A 1W3NA 3T55A 4TIMA 1L6YA 4WOZA 1JCJA 4AMAA 3HO8A 3FFSA 3M41A 4I7UA 1KFJA 4RXGA 1VPXA 4MYXA 3C4UA 2Z6JA 3W2KA 2ZYFA 1F74A 4M7SA 2A1YA 3G1VA 4NZJA 1YTDA 1NSJA 2VFEA 3GK0A 2CLLA 3STCA 4D2JA 3H55A 2RH9A 1B9BA 5CZTA 3M0ZA 2ATMA 3WK0A 1A50A 3I7QA 5AYXA 3JS3A 3NDOA 4Z1DA 2ZTKA 2F84A 4M6PA 1WOAA 5DCBA 5TIMA 3B05A 1L9WA 3A21A 2PRHA 4NXKA 1SW0A 3IIOA 3W1MA 3FLUA 2EKCA 4NNAA 2C19A 4BI7A 3KVLA 2CFFA 4MJMA 4A2RA 4WQ6A 3TJXA 4JDBA 3GXPA 4O19A 2ZDRA 3V75A 5L9FA 1AL7A 2DP3A 3L0KA 2E5DA 3R5EA 4NU7A 4NJGA 5IBXA 1AG1O 3NAVA 4UMBA 2ABBA 4O4WA 3D0CA 3G8RA 3M6YA 2VFFA 3E0IA 4FNRA 4KFOA 1CW2A 4MZ1A 1T8XA 3E02A 3N14A 3LRMA 1O5XA 1ZJIA 3CT7A 4HNTA 4UFKA 2YFNA 3S0CA 2QR6A 4AEOA 3W1RA 1PL9A 1MEIA 3N73A 1CX9A 2E6YA 3NXFA 3TSBA 1VQTA 4N4PA 4Y6GA 1EA0A 4JGDA 5D2YA 4ADUA 1EWEA 3AO0A 3G0UA 5KZMA 2VENA 3GDKA 1M7OA 3TQKA 1IXOA 3IVSA 1EWDA 4GUHA 1VYSX 5G4EA 2OCZA 4XKYB 2ZZ7A 3QSTA 2QEZA 3G3MA 1ZAHA 1RQBA 1D3GA 1THFD 3S5YA 1RV8A 5FEPA 1H62A 3LHUA 2DZPA 1Z44A 3IVUA 1DHPA 3Q58A 1PCWA 1OF8A 1BWLA 3ELFA 3SR7A 3UXAA 4ZQPA 3PM6A 3DGRA 3G0SA 1K8ZA 2OZ0A 4EVZA 1ZAIA 2QCHA 1NF7A 3W2MA 4E2BA 3STEA 1PV8A 3C3NA 2V9DA 2I1OA 3NL2A 1P4CA 4WY0B 2A7PA 5K4XA 2RFGA 5FF0A 1G4SA 1OG0A 1R2TA 2NWRA 3DXIA 3LLFA 3T40A 1HO4A 2QCLA 4K7VA 2C1HA 3AJXA 3EB2A 3LRKA 4C1LA 4LU0A 4EF9A 3NQFA 2NX9A 3R89A 4O16A 2WO5A 3R2GA 3TR2A 2J88A 3C2RA 1S3HA 1W5OA 4EOUA 4FIQA 3QYQA 1TJPA 1LTDA 3KAOA 1UJPA 1S5VA 1F6PA 2BX7A 1J2WA 1QFEA 4NT0A 1WAUA 5HWMA 2E5BA 3TU9A 2YGYA 3NEVA 1NEYA 3NOEA 1OFBA 2R91A 1GOXA 3QMSA 1OFRA 1KBJA 3W1QA 3WFAA 3TAKA 4ZQCA 4BI6A 4BWLC 3MI2A 3S5NA 3INPA 4JTLA 3PBWA 5K4ZA 4ONVA 2QUTA 4JY8A 2HSAA 1V7YA 3DHFA 1GPWA 2ABAA 4UTJA 3BLFA 2A21A 1GEQA 4IXXA 4BR1A 1XUUA 3BG3A 2QCDB 2X1UA 1JCLA 3WJZA 1KFCA 4HN4A 1TQXA 4I7VA 1LROA 3GYEA 3M9YA 5AHNA 1MZHA 1TPVA 2FDSA 3ABQA 3N19B 3NQAA 4ADTA 2HMCA 4XUGA 6TIMA 1K7FA 1QO2A 1H50A 1YXCA 5D2WA 1TCDA 1K8YA 3TQ0A 1PHWA 4L4MA 3NQEA 1OK4A 3S5ZA 3THAA 4AHOA 1KM0A 1I4NA 1A5CA 1G6CA 3HGRA 3W1LA 4OU1A 3B0VC 3SZ8A 3IIVA 1HO1A 3G1YA 5DBUA 5HINA 3YPIA 1DKWA 3JRKA 3G18A 3M43A 2RDUA 4Q4KA 3TC7A 3W7DA 4UUIA 4YMZA 5AYYA 2ZFAA 3PUDA 4UFIA 4FNSA 2H3BA 4JX6A 3TAOA 1W3TA 1G4EA 2QDHA 3W7PA 3W72A 3SSJA 3UXDA 1IXPA 3O05A 5DXXA 5HJLA 1ZCOA 4XTDA 3P8JA 1WYIA 2NV2A 3EXSA 4JNMA 3GDTA 3HQ1A 3PBYA 2GQ9A 4QM1A 4UTTA 4IPIA 3O07A 2QCCA 1TV5A 3GLCA 2G95A 2NXGA 5EYWA 2UV8G 4QISA 3QF0A 3V1PA 2A6NA 3Q94A 5BRBA 1XL9A 4DBEA 5LNVA 1LBLA 3B06A 2EHHA 4ZMGA 2NWSA 1B4KA 3UPWA 4TMCA 3BV4A 2GVJA 1ADOA 3IIXA 2G5WA 3GR7A 3W2JA 4JIQA 4LC8A 4BK9A 5CPMA 3SGZA 1QMLA 4DBDA 4XWUA 3O6YX 2CZDA 3ABSA 4HT3A 4ZVJA 3VCRA 8TIMA 3PAJA 1X8FA 4O28A 2WSRA 3TJLA 1K03A 3BW4A 5J5DA 4UTLA 3TFCA 2FJKA 4GNJA 5C5YA 1FXQA 3LCWA 1VC4A 2NXHA 1WQ5A 2QDGA 2QAPA 3CB8A 2YSWA 4K6AA 3LBCA 1H7PA 3EEGA 3HGOA 4H6KA 3O8AA 5DLCA 4M7TA 3IV3A 4K36A 5H91A 4OHQA 3NG3A 1XI3A 4P61A 5HULA 3VE7A 3W7MA 5U4NA 1OFEA 4IMCA 4QJ1A 4CQ8A 1YYAA 1XDMA 3OBKA 1HUVA 3S1UA 2A85A 1LLZA 4PODA 1T99A 3SI9A 4BF9A 5C54A 3W84A 1OX4A 1AW1A 4IOTA 1QNVA 1MEHA 4OGZA 2CWNA 4H4IA 5D02A 4HSOA 3BG9A 3RK8A 1JRBA 3IIPA 5A8GA 4Z1CA 1X1ZA 2NUWA 5AOUA 3LCLA 3S1WA 1WXJA 5I3JA 4ORMA 1OHLA 3UZJA 3C8FA 4PCFA 4QIUA 4AB4A 5CPOA 2ZZ5A 1MO0A 3RLVA 2TSYA 1XKYA 2ZQ0A 3W1AA 1Z42A 5TQLA 4A22A 1SR9A 5AHMA 4LVAA 2QCNA 3QC3A 4OV4A 4IJBA 3WJWA 3W85A 5HNRA 4O0KA 4MZYA 4AHQA 4UNKA 2C3ZA 2NV1A 2AAMA 4S2BA 3STFA 5T26A 1J5TA 2CZEA 2ISSA 1KW1A 4AWSA 3TX9A 4K39A 1IIHA 3Q2DA 3S6DA 1BTMA 4UFHA 5CG7A 1TV8A 4JEQA 1Y0EA 2Y61A 3G3DA 4O11A 1GZGA 1BKSA 1ZHAA 3LCIA 1H1ZA 3W71A 4TX9A 5GVJA 1EX5A 3KVKA 2A7NA 1FQ0A 3HB9A 4MY8A 4GE8A 3NZ1A 3QRHA 1UASA 3G1FA 2CLOA 3MMTA 1F5ZA 1WX0A 3TNOA 1RZMA 2Y70A 1SQ7A 2W79A 5CSSA 3HMJG 3SFKA 3CU2A 1Q3NA 5J5RA 4WOQA 1F6KA 1I2QA 3M5VA 4UMAA 4ML9A 2X2GA 4NXSA 1O95A 2YCEA 2YZRA 1EUAA 3EWYA 2BSLA 4QQ3A 1W0MA 4RZ4A 4WD0A 4LV4A 3VI2A 4OWGA 2DZXA 2DJXA 4LNYA 3BGGA 2H90A 1KFBA 3HOJA 1FDZA 1OFOA 3GNNA 5LNRA 2QJHA 2FB3A 4OQVA 2NX1A 4S1FA 3LHVA 3NA8A 3IGUA 4YWIA 4O54A 4LUIA 3W7LA 3KRZA 5E93A 5CGQA 4LC6A 4R7JA 5G4WA 4UFMA 1OX5A 2YPIA 3TXZA 3TCEA 4DF2A 1W3IA 3M5ZA 3LDVA 1Q6LA 4JYEA 2A2IA 1C29A 4CLMA 1TPEA 1KA9F 4O50A 5AC8A 2C6QA 2EAWA 1LZOA 3A22A 3TH6A 5C6MA 3L5AA 5F2MA 1W31A 1FCQA 1OF6A 2WSYA 3UWUA 1VLWA 4GUGA 1EUNA 1TPUA 4CCCA 2YW4A 4N4QA 1GVRA 1XUZA 1GT8A 2GQ8A 4LVGA 3C56A 1C8VA 3LCXA 1FDYA 3TMLA 1TPFA 3TFXA 2YXGA 3W7JA 3CEPA 3MI6A 2ZA1A 4PEKA 3ANYA 4HPJA 3EWUA 4PA8A 2E77A 3TIMA 3W2LA 3TDFA 1UCWA 3TKFA 4O1BA 2TMDA 3W73A 1KFLA 3WJSA 3W7IA 3W1UA 1W37A 1KTNA 3G8EA 2V2DA 1GQNA 2R14A 1PS9A 2WPBA 1IXNA 1O94A 4WXZA 3LI1A 1G7UA 2Z0IA 5EMUA 4AF0B 5LHFA 3LTYA 2WNZA 1TV7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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