4AHTA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahtA00
2HHWA 2XO7A 3NBPA 1WNSA 3QEWA 4KHYA 4M45A 2VWJA 4GW6A 4E7HA 4FJIA 2G8IA 1GOCA 1CZBA 2X6NA 3NH0A 4KAZA 3AO5A 4C8LA 1KLNA 3SYZA 5KGXA 3QERA 3RMBA 1J9AA 4FJ5A 4DTXA 4KI6A 5DK5A 4FJJA 3AVKA 4CERA 3T1AA 3K5NA 3SQ0A 2GBZA 3NGIA 4DSJA 4FJ7A 3ZSZA 1C1CA 5FRNA 4OGEA 3RR8A 4CHZA 1ASWA 4CGFA 3DMJA 3LZIA 4FK2A 3L3UA 4CFCA 3MEGA 4FXDA 3O3GA 3B6OA 1RBSA 4IG0A 1S1VA 1HPZA 3NF7A 3V9XA 4HCBA 1JLGA 3KD5E 2XY5A 4F2RA 3KIOA 1WSFA 3NE6A 2KTQA 3DOLA 1JLAA 4K8XA 3LANA 1C0TA 3VQDA 3V9SA 1S1TA 2X78A 1RTIA 4BACA 1VSDA 3DRSA 1XWLA 2YKNA 3VQ9A 4CJWA 5SZTA 3L2VA 3T3FA 4QCLA 1KLMA 1N5YA 1X9SA 4J2DA 3K5OA 4FCYA 4KHUA 3WNFA 2HNDA 4CJLA 4E7JA 4CJ4A 4FZXC 1JLBA 3U3YA 3V6DA 1L5UA 3KTQA 1EX4A 4N56A 4DF8A 3HYFA 3MXIA 4B9SA 2WOMA 3HVRA 1BIZA 3SJJA 4PWDA 1S9EA 1TV6A 1L3VA 2B6AA 4B9TA 1S9GA 1LAWA 4DSLA 4OLAA 3TAFA 2KZZA 5KTQA 1KTQA 1RT7A 2QK9A 3B6PA 1S1WA 4M3RA 3CG7A 3VQ6A 4O44A 2XHBA 3HJFA 1A5XA 3AVFA 4CF2A 2XY8A 3PY8A 2IGIA 1S1UA 3V9UA 4LSNA 1KRPA 4CFDA 2G8KA 5E41A 4CJTA 4CIFA 3LZJA 4FK4A 2XY6A 4CEQA 1RT4A 4DTSA 4BDPA 3DLGA 4Q0BA 3RMAA 2KFNA 1FKPA 3OY9A 3KK1A 2G8HA 1ZBIA 2P1JA 1S6PA 4OKEA 1LWEA 1TAQA 3CYMA 2ZE2A 1HRHA 3VQAA 3KLHA 3LPUA 3LP0A 3QETA 1CLQA 4KB1A 3OYCA 2VWKA 4FLYA 5CZ1A 3EYZA 1GOAA 3TWHA 4EP4A 1RT6A 4NCAA 3HVTA 1NOZA 3NH1A 4OKJA 2D0AA 4RW9A 1J5OA 2HHQA 4KRFA 3SZ2A 3RTVA 4AHVA 5CYQA 2GUIA 4CECA 2YKMA 3VQQA 3OS2A 3HO1A 3QEIA 1Q9XA 3VA0A 1T7PA 3V9ZA 1C6VA 4CF1A 1RT3A 2BANA 2ZD1A 1DLOA 3DM2A 4LH4A 2Y1IA 1NOYA 4CK2A 1UWBA 3AVHA 2XY7A 3TAMA 3DLBA 1WSGA 3QNOA 4HVJA 1F21A 3KLFA 3ZT4A 1JLEA 4BE1A 5HROA 1QSSA 1RBTA 3G0ZA 4O0JA 1B9DA 4CJFA 4CJPA 3KLIA 4FLZA 4KREA 2BGGA 1VSLA 2R7YA 1QE1A 1NJXA 4HCCA 4CJEA 4DLGA 1TK8A 2X74A 4AHSA 4J2BA 3P1GA 1DTQA 5HRNA 4BE0A 4DFKA 3SUOA 2F96A 4CJKA 1HYSA 3KK2A 4MQ3A 4CGHA 1IG9A 1SL1A 3C95A 1KSPA 3RR7A 2B4JA 1TK0A 2HHXA 1NKEA 2QXFA 5K14A 3ZT3A 1UA0A 3NGYA 1S6QA 3ASMA 3TR8A 2IOCA 4AHRA 4EP5A 5KRTA 1JLCA 4FJHA 1DTTA 2HHSA 2Z1GA 3QEXA 1CXQA 3ALYA 1YTAA 4CEDA 4FM1A 4I2PA 1JL2A 2XRIA 4BDYA 1TK5A 3EZ5A 4DTJA 4IG3A 1RTJA 3M8SA 2OPQA 3CQ8A 2HVIA 3OYKA 4AH9A 1S1XA 4CJVA 1EXQA 4M41A 1JLQA 3F9KA 4CJSA 5J2PA 1WAFA 1YTUA 4LH5A 1MU2A 4DTRA 3RMCA 4CF8A 4OLBA 2F8TA 1Y97A 4Z4CA 5HRSA 5FDLA 1NJWA 1T8EA 2Z1JA 5J2MA 3AVIA 5CYMA 4E7LA 3OYEA 4CJRA 2ITGA 4N47A 3QNNA 2YHBA 3QESA 1RT2A 1VSHA 2OA8A 4IKFA 1NK7A 1KCFA 1TGOA 4W5QA 4B8CA 4I2QA 3LAKA 4FJLA 4C8NA 4LSLA 4CJUA 3MAQA 4CHOA 3S3MA 4W5RA 4C8KA 2FBVA 3HPHA 4RW6A 3QIOA 3HSTB 4I7FA 3C6UA 1Q8IA 2D0BA 4N41A 4FLXA 5J2QA 2IS3A 1SKSA 1FKOA 3HPGA 3DYAA 4CJ5A 3LWLA 3NCIA 3OYFA 2HNYA 2YHAA 3OYAA 4DTMA 4DF4A 3OYMA 4M3XA 2NUBA 2P5OA 1KVCA 2GV9A 3QLHA 3ZSOA 4N5SA 3CFPA 4PY5A 2YV0X 3TAPA 3SPZA 1J53A 4KHNA 4HTUA 2A1SA 2VG6A 1U48A 4M3YA 1KFDA 1CXUA 4O4GA 3IS9A 1U4BA 4OVLA 1BISA 4FM2A 2JGUA 1VSMA 3JSMA 4DQPA 3KD1E 3U3GA 4C8MA 1X9MA 1WN7A 3S3OA 3ZSWA 1HYVA 4CESA 4OPKA 4E19A 2FBTA 3K2PA 3ZT0A 4CJ3A 4DG1A 3PV8A 1C1AA 4KHSA 5KI6A 2HVHA 3OJSA 1KVBA 1T03A 1D8YA 4ZHRA 4CCHA 4E89A 3ZT2A 1EKEA 5EU7A 3ITHA 4FJKA 3E01A 1L3SA 4PA1A 4CF0A 3O3FA 4CHQA 1NJZA 1TKTA 3OYLA 3HP6A 3TAGA 1L3TA 4KPYA 1RILA 1B92A 4PQUA 3VQ7A 4FLUA 1RDDA 2FBXA 1Z25A 1U45A 3QO9A 2E6MA 4CIEA 1ZYQA 2OPSA 4R5PA 4DQQA 4I9LA 3HT3A 3K57A 4DSKA 1K6YA 3TAEA 5HP1A 1U47A 3AO4A 2FC0A 3MXJA 4B08A 3PX0A 2HW3A 3AO3A 2G8VA 1JXEA 2BE2A 3AVLA 1LWCA 4FZZA 1BI4A 3SI6A 3KK3A 4NCGA 1BL3A 4Y1CA 3THVA 1X1PA 3RMDA 3HXMA 3IAYA 4CEAA 4W5OA 4IBNA 4O5BA 4B8AB 4FJ9A 3AO1A 3I0SA 3HPOA 4B9VA 2OYQA 1VRUA 4IFVA 3OYDA 2Q3SA 2OPRA 5FRMA 2Z1HA 1JKHA 1VSFA 1RBUA 5JS2A 3L2UA 3V81A 1U04A 1BCMA 1IKVA 1TL1A 3S3NA 3MEDA 2KZMA 4CGDA 1SKWA 3OS1A 4CGIA 1HJRA 2YNHA 3D0PA 2FBYA 3L2RA 3V4IA 1BQMA 1NJYA 1HQEA 3FFIA 4DSIA 1HNIA 5C42A 3K5MA 4J2AA 3C6TA 4CGGA 3CM6A 2KQ2A 2HHVA 4DQIA 1WSEA 2O4GA 2HB5A 3K5LA 4FJNA 4Z0UA 4ID1A 2IC3A 3M8QA 4CJQA 4EZ9A 3IG1A 1VSEA 2I5JA 4KV8A 4RW8A 3RRGA 1A5VA 4H8KA 2E6LA 4LD0A 4AHTA 3VN5A 3ISNC 3VQ4A 4KTWA 4OPJA 2EHGA 3AVJA 3OS0A 2F8SA 5SWMA 1ITGA 3F73A 3SQ2A 4B9NA 4AHUA 2RN2A 4F3TA 1IKXA 3T19A 1NK5A 4CF9A 4E1NA 4CHYA 4B9LA 3DRPA 4F4KA 1HNVA 1RBRA 4IFYA 4NCBA 1ZBHA 3HK2A 4FYDA 1IKWA 3AVBA 5J2NA 3DLEA 4F8RA 4KHQA 4BE2A 3DI6A 4ICLA 1QHTA 4MFBA 3RRHA 4O55A 3KKRA 3MECA 4ELUA 1HMVA 3SUPA 3AVGA 4DFJA 4CE9A 3AA2A 4J2EA 4IDKA 1RT1A 1VRTA 3G10A 1NK0A 4Q5VA 1NKBA 3UIQA 3RWUA 4FJ8A 1BHLA 4H4MA 1JLFA 4CEEA 3QEPA 4EZ6A 3O3HA 2IAJA 3VQ8A 3SPYA 1NK6A 3AO2A 1RDCA 3BDPA 2OZMA 3ZCMA 4DU4A 1EP4A 3PX4A 3LP3A 4YNQA 2P51A 2A1RA 1XHZA 1JXBA 4PUOA 1TAUA 1BIUA 2Z1IA 1UA1A 1SV5A 3TABA 4ELTA 3TI0A 3D45A 4L8RB 3LWMA 1QQCA 4BDZA 2DFHA 2D5RA 5HRRA 4Z4HA 3L2QA 5HBMA 1WAJA 3SCXA 4FLVA 3SUNA 1Q9YA 4DSEA 4DFMA 4CK3A 3CFOA 4M3TA 4ELVA 2RPIA 4FZYA 4FJXA 4HUGA 3HP9A 4DS4A 2PYJA 5CZ2A 3LP1A 1WSIA 4CEFA 4OKKA 4E1MA 3ULDA 1J54A 3NDKA 4CIGA 1R0AA 2HMIA 3V1OA 1C1BA 3SNNA 1EETA 3VQPA 3VQCA 3NH2A 3NGZA 4M3ZA 4FLTA 5I42A 1TKZA 1XC9A 2AJQA 1RT5A 4DU1A 4UQGA 1I39A 3ZSQA 2HHUA 4FVMA 1C0MA 4RG8A 4ID5A 3L3VA 2DTUA 5HRPA 1RCHA 1WSJA 3KLGA 2P5GA 4OJRA 3U6FA 4KTZA 3DRRA 3KLEA 4CK1A 3L2WA 1S5JA 5T7BA 4NYNA 2YNFA 3AA3A 3O4QA 4E7IA 4CEBA 4JS5A 2JLEA 1SL2A 3I8DA 2OPPA 3HM9A 4FM0A 2Y1JA 4KO0A 4W5TA 3SUQA 1QTMA 3OYIA 2WONA 4FW2A 1YT3A 4CEZA 4DU3A 1LW0A 1IKYA 4Y1DA 3QEVA 1SKRA 4HUEA 3K59A 4C8OA 3ZT1A 2QKKA 3QINA 3MEEA 2ATQA 2YNIA 3NFAA 4G1QA 2PY5A 3TANA 1ZBUA 3NF6A 4JS4A 3BGRA 4DFPA 1XHXA 3V9WA 1XI1A 4M3WA 1HQUA 5J1EA 3NAEA 3SQ1A 1NK4A 1NKCA 3P83D 2KFZA 1NK8A 1TL3A 4JRPA 1LV5A 4QAGA 4BWJA 5C25A 3MXMA 1D9FA 4DTNA 4ZTFA 1RDBA 3V1RA 3OVNA 3K58A 2O4IA 4JRQA 4AILC 1TVRA 3P5JA 4DS5A 3AA5X 1KFSA 1IO2A 4CHPA 3PO5A 1D9DA 4AHCA 3SV3A 3H08A 3LPTA 4GMJB 3AVMA 4E7KA 1L3UA 1YVUA 3AVAA 4B9UA 4F3OA 1BQNA 3OYHA 4KTQA 4B3OA 3IRXA 2EX3A 3O4NA 3DLKA 4GVMA 4TSXA 3QIPA 1ZBLA 1HYZA 2VG7A 4KFBA 4FLWA 1ZBFA 4YFUA 1T05A 4M42A 4O0IA 3ZSYA 2HNZA 3LP2A 1SL0A 2X6SA 3VQ5A 1CZ9A 2ZQBA 3JYTA 1VSJA 1VSKA 2QKBA 2KW4A 2YNGA 3OYGA 3VQEA 1RBVA 3AVNA 3ZSXA 4DTPA 5D3GA 1RDAA 3I0RA 4W5NA 1REVA 4K8ZA 1UAXA 4LY7A 4NYFA 3S9HA 3L8BA 1BCOA 4H4OA 2B5JA 4FJGA 4RW4A 3OYJA 1A5WA 2DY4A 1TKDA 4Z4FA 1ASUA 5KGWA 3DOKA 5KRSA 4RW7A 1O1WA 2DFEA 4JLHA 4FW1A 2G8FA 2BDPA 1B9FA 2IDOA 2VG5A 3V1QA 1BGXT 1RNHA 2LSNA 3CM5A 1FK9A 1GOBA 1KVAA 3ZSRA 3OJUA 3EY1A 3SQ4A 2DFFA 3HL8A 3LALA 1C0UA 1WLJA 5CY4A 3OYBA 4DSFA 5FROA 1NK9A 4FK0A 4Z4GA 1I3AA 3NF9A 4Z4EA 3M8RA 1JL1A 4DTUA 1LAVA 1FXXA 3LDSA 4B9MA 4BWMA 3A2FA 4CFAA 5HLFA 1SUQA 4CFBA 4KB0A 4FJMA 1Z26A 1U49A 5I3UA 2PZSA 1G15A 3ZSVA 3AVCA 3DLHA 3WNHA 2G8WA 1D5AA 3VA3A 4CGJA 2D0CA 2E4LA 4KHWA 5DMRA 1QSLA 3SV4A 4DMNA 4N76A 4CEOA 2PYLA 4Z4IA 4E0DA 1RTDA 4ZTJA 2G8UA 4DQSA 1W0HA 1X9WA 4DLEA 4HUFA 1BI4B 4HHTA 3TAQA 4DWIA 3VQBA 3PO4A 5JS1A 4DTOA 3OYNA 3NF8A 3PX6A 4E3SA 1W9HA 3TARA 5C24A 2W42A 4I9QA 1VSIA 2HHTA 4KKOA 1QS4A 3PUFA 4M3UA 1TKXA 3KKSA 1LWFA 4DQRA 3AV9A 3WNGA 4F2SA 1RTHA 1LW2A 1WSHA 3DLRA 2OZSA 3AA4A 2ETJA 1ASVA 3NHGA 1QSYA 3C94A 3CFRA 4QOZB 3KJVA 1IH7A 4KI4A 3M8PA 3LAMA 4WE1A 3WNEA 1VK0A 4OGCA 4XIUA 1UOCA 4CHNA 1N6QA 2RF2A 2RKIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI1K 2FSNA 1VQKN 1HR0K 4UY8O 5DK5A 3EN9A 3MWTA 2P9KA 2GBZA 4FJ7A 4JI3K 1DEJA 1XNRK 4CGFA 3LZIA 1V4SA 3MWPA 2IIRA 1Q86O 1K8KB 3DOLA 3THWA 1S1TA 1RTIA 1Q81O 3TPQA 4CJWA 3L2VA 3MX5A 4A59A 4KHUA 3VMFB 1X9SA 1BA0A 4CJLA 4H03B 5BPMA 2ZM6K 2QWMA 1JLBA 3V6DA 3T1YK 1EX4A 4N56A 1TYQA 4DF8A 3BZCA 2E5LK 3HYFA 2QWRA 1GLCG 1S9EA 5KPZA 1L3VA 1S9GA 3TAFA 5LMUK 2KZZA 5LL6Z 1KTQA 2ASMA 1RT7A 3A5NC 1YITN 3B6PA 3R3LA 4CJ7A 2Q97A 3HJFA 4XEIA 2XHBA 4B1XB 4CBXA 1Z6RA 2IGIA 1HUXA 2G8KA 2H3GX 3QBWA 4CVNE 4FWLA 4JKHA 4CD1A 2XY6A 1WBBA 3RMAA 4M7YA 2KFNA 3KK1A 1LWEA 1TAQA 3MDQA 1HRHA 3KLHA 3QETA 3CCQN 4BR4A 3J7ZO 4EP4A 4NCAA 4OKJA 2YI1A 3A5OC 4JKDA 3RTVA 4AHVA 5CYQA 2GUIA 4CECA 1FJGK 4CI6A 3J7YP 3UKRA 3VQQA 4FPBA 3HO1A 1Q9XA 1RT3A 2PFUA 3E9PA 3THWB 3THXB 4CK2A 1UWBA 2XY7A 4DV4K 4A62A 4O8UA 3JS6A 4XH4A 3KLIA 1HKCA 2BGGA 1TYQB 3SAFA 3P1GA 2O8CB 4BE0A 4GV3A 2F96A 2GELA 5F2RA 4JNEA 2CH5A 3ID8A 3BEXA 3RVCA 3C95A 3MN7A 3SJHA 2B4JA 1SL1A 1W2BM 3NGYA 1S6QA 2D0OA 3ASMA 1DTTA 2HHSA 3R8EA 1CXQA 1QHAA 3N4QA 1VQLN 4I2PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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