The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Dissociation of Antibacterial Activity and Aminoglycoside Ototoxicity in the 4-Monosubstituted 2-Deoxystreptamine Apramycin.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
22
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI8 K; 3T1H K; 4DR4 K; 4JYA K; 5IT9 O; 1HR0 K; 5LMN K; 4NXN K; 4JV5 K; 4LFB K; 5BR8 K; 1IBM K; 4K0K K; 4DV1 K; 1J5E K; 4X62 K; 4DV4 K; 3J80 O; 1N36 K; 2HHH K; 2UUA K; 1HNW K; 4DV6 K; 2UUB K; 4JI1 K; 3JAM O; 5IWA K; 4LF9 K; 1IBL K; 4DUZ K; 4OX9 K; 3J81 O; 4B3M K; 4DR5 K; 4DR6 K; 2UXB K; 1HNZ K; 4LF6 K; 4NXM K; 4B3R K; 4YHH K; 2UU9 K; 4X65 K; 1XMO K; 1XMQ K; 4V19 S; 4GKJ K; 5LL6 Z; 5FLX O; 4YY3 K; 4LF4 K; 1XNR K; 2UXC K; 5A2Q O; 4JI3 K; 4KHP K; 1XNQ K; 4DV2 K; 4LF5 K; 1FJG K; 4JI2 K; 1I94 K; 1N34 K; 4DR7 K; 4LFC K; 3J7Y P; 4JI0 K; 2VQE K; 2VQF K; 4JI5 K; 4JI6 K; 1N33 K; 4DR2 K; 4X66 K; 4DV0 K; 4LFA K; 1HNX K; 4B3T K; 4JI4 K; 4B3S K; 4LF7 K; 4CVN E; 3J7A P; 4DV7 K; 2UUC K; 1N32 K; 5AJ3 K; 4AQY K; 2UXD K; 4LF8 K; 4DR3 K; 2E5L K; 4CW7 B; 4DV5 K; 1IBK K; 4X64 K; 4GKK K; 4DR1 K; 3T1Y K; 4DUY K; 2F4V K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 4JI7 K; 5LMU K; 3OTO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S22 A; 4YDU C; 3KLG A; 1T6C A; 1R0A A; 3VQD A; 2P5O A; 3WNG A; 2IGI A; 3HRG A; 5IT9 O; 2YHY A; 3O3G A; 4FWS A; 2IVN A; 2YNH A; 3SUN A; 3D2F B; 3OYF A; 3J7Z O; 1HX1 A; 5AQJ A; 1E4G T; 1T7P A; 5AQZ A; 2VWJ A; 1N36 K; 4EZ6 A; 1VQN N; 2ZF5 O; 3A5M C; 1RIL A; 2Q3S A; 4ZTJ A; 1XHX A; 2P51 A; 1TUU A; 1REV A; 1TV6 A; 3NH0 A; 1SQK A; 4GVM A; 1L3S A; 3MXM A; 1HKG A; 3ZX0 A; 4H0T B; 1KLN A; 2QWO A; 4JHD B; 1RT6 A; 2V7Z A; 4OO1 J; 2X78 A; 3C95 A; 1MA9 B; 1WSF A; 1HNZ K; 2CH6 A; 5EU7 A; 3PIO L; 4CJ3 A; 3ULE A; 1RDU A; 3C0B A; 3NH2 A; 3MEE A; 3PX4 A; 3TWH A; 4DTP A; 4K25 A; 3FZH A; 3LPU A; 3HK2 A; 3EN9 A; 3DXM B; 3F5T A; 3T1A A; 3AA3 A; 3I33 A; 4B1X B; 3WXI A; 1S1T A; 4LF5 K; 1J53 A; 3VN5 A; 4EHT A; 3V6D A; 1RDA A; 4M42 A; 5AFU A; 3T3F A; 1HQU A; 1GOB A; 4FLT A; 1T3V A; 3ATU A; 3HI0 A; 2KQ2 A; 3F9M A; 2ZJR L; 3QML A; 1U48 A; 4JHD A; 3ZSO A; 2JWK A; 4CF2 A; 4BY9 C; 2OA8 A; 2P9N B; 4BDZ A; 4CJV A; 4C1N I; 3V9Z A; 2DY4 A; 1VQ6 N; 1QQO A; 4CHO A; 3FLC O; 2QEX N; 4GMJ B; 1IG8 A; 3L3V A; 1QZ6 A; 3E01 A; 5AQH A; 4CEF A; 5JVH L; 2HHQ A; 1RDD A; 3HM9 A; 3VF6 A; 4O4G A; 4CI6 A; 3I0R A; 3PSI A; 1U04 A; 1SKS A; 1NWK A; 3BEX A; 3KIO A; 4CHZ A; 1KC8 O; 3QER A; 1VSF A; 4KHY A; 1EWQ A; 2ZGY A; 3DRR A; 5SZT A; 5JLF A; 3L2U A; 2IDO A; 4I6M B; 5C12 A; 1RBU A; 3OYI A; 3VQA A; 3QFP A; 4DU3 A; 1LAW A; 4CFD A; 3WQU A; 4ZTF A; 4CJS A; 3TU5 A; 4JKB A; 4AM6 A; 2PFU A; 4C1N K; 3CJ1 A; 3DMJ A; 1KVA A; 3OYD A; 1CZA N; 4QCL A; 4MFB A; 3ID8 A; 3IDH A; 4CJR A; 2Q31 A; 2WOM A; 4Y1D A; 3VEO A; 1S9E A; 3I8B A; 1YTU A; 2I7N A; 3VF4 A; 3NCI A; 4OKJ A; 3CFP A; 1WOQ A; 1LAV A; 5EOY A; 2HBJ A; 2E20 A; 5LJW A; 4DUZ K; 1KAZ A; 3K9J A; 4H0V B; 3RTV A; 3SK3 A; 3OYH A; 3LDN A; 5AQG A; 3HVR A; 4BR4 A; 4MDA A; 1LOT B; 2NZT A; 1XMO K; 3SUP A; 3CME N; 5LL6 Z; 4YY3 K; 4E1J A; 4LF4 K; 3K2P A; 1NGA A; 2I5J A; 4DF8 A; 3KLI A; 4CGF A; 2B6A A; 2YX6 A; 4CD3 A; 4BRD A; 4BRK A; 3G6E N; 5E41 A; 1XUP O; 2HF3 A; 3MWP A; 1I94 K; 1BIS A; 3CMA N; 1FXX A; 4H5R A; 3PIP L; 3HT3 A; 4FJ5 A; 3OVN A; 3NF6 A; 3CCQ N; 3V9S A; 4JI5 K; 3CCV N; 2E6L A; 3THY B; 4R79 A; 1C6V A; 2Z1J A; 1BWF O; 4B9Q A; 3GDQ A; 3K59 A; 1JJ2 M; 2VWB A; 4KKO A; 4KHN A; 2ZE2 A; 3ASM A; 3N4P A; 5AQN A; 3TSQ A; 1WLJ A; 4WQ4 C; 4MLE A; 2W6K A; 5DM6 L; 1SKW A; 3H1Q A; 1X3M A; 4OKK A; 2HNY A; 1KAY A; 4H0P A; 3OTO K; 1W97 L; 4YOY A; 1NK4 A; 3BZC A; 1ATR A; 3UB5 A; 1FK9 A; 4KRF A; 2QWN A; 4DSK A; 3ZT3 A; 2PZS A; 1YAG A; 4W5Q A; 5BPL A; 1GOC A; 4FOI A; 3KHY A; 3MCA B; 4G1Q A; 4JK9 A; 1RDB A; 4CF1 A; 1IBM K; 4FZY A; 3VQ4 A; 4FJN A; 3R8E A; 4DV1 K; 1OH7 A; 4AHS A; 2YKM A; 4QS7 A; 4ZHR A; 1XQS C; 3ENO A; 3RMB A; 3K5M A; 4U7B A; 3CC7 N; 2OPQ A; 3LP0 A; 2HMI A; 3CCM N; 1C0F A; 1NLV A; 1QQN A; 3V9W A; 2FF3 B; 5EXW A; 3LM2 A; 3BZK A; 2HNZ A; 2UXB K; 3B6P A; 1YUW A; 4BG8 A; 1J54 A; 2HMP A; 4FJM A; 1NKC A; 4CBX A; 1KQS M; 3SBT A; 2AA4 A; 4PL8 A; 5AQM A; 3RRH A; 1DTT A; 4CEA A; 3LAN A; 4BC3 A; 4CZM A; 3IAY A; 5AQL A; 1W0H A; 1NK8 A; 4ILG B; 3MX5 A; 3BGR A; 5AQY A; 2NRX A; 3LP3 A; 3AVI A; 2RKI A; 2FSN A; 2GBZ A; 3DLE A; 4Y1C A; 3CCR N; 3WNH A; 3U4L A; 1NJX A; 1B92 A; 3KVG A; 3EY1 A; 3ZT0 A; 1ZBS A; 4GW6 A; 1HNV A; 4FWO A; 3CJA A; 5BN8 A; 2GUP A; 2XY5 A; 5HLF A; 3J7A P; 3VES A; 5AQX A; 2UXD K; 2D0P A; 1IKX A; 4DV5 K; 4FJL A; 2BE2 A; 3QBW A; 2IS3 A; 4BRP A; 1KVC A; 2B5J A; 3IRX A; 4IOX A; 4AF1 A; 2ZM6 K; 3VA0 A; 4DB3 A; 4BRG A; 4EP4 A; 4O0I A; 1ASV A; 4W5R A; 3M8R A; 1Q7Y O; 4Q5V A; 4DKW A; 4CBU A; 3PV8 A; 2P9K B; 5KQD A; 2D5R A; 4DR4 K; 3A5O C; 4HCB A; 2BUP A; 4FPA A; 1HR0 K; 1LCU A; 4CEQ A; 3KZB A; 4YOR A; 2O8C B; 2BAN A; 3ZSX A; 2GX9 A; 1RBS A; 2FBV A; 1X9J A; 1OKJ A; 5J2M A; 1Q86 O; 3A8Y A; 1NGC A; 3OYM A; 2HHH K; 3V81 A; 2EWS A; 4DMN A; 2D0O A; 2HST A; 1BL3 A; 4CGD A; 5M1N A; 3ZSZ A; 1GOA A; 4W5T A; 1Y64 A; 2X74 A; 4IG0 A; 3CPE A; 4ILJ A; 3IG1 A; 4ISF A; 2QKB A; 3SPY A; 4OX9 K; 2D4W A; 2O4G A; 1TAQ A; 3AVM A; 1S72 N; 2P9K A; 4NLB A; 2CGL A; 4OPK A; 4H5W A; 1VQ4 N; 2CGJ A; 4I2Q A; 3D2E B; 2O8C A; 3HPH A; 1NGI A; 5C2F A; 3K57 A; 4N76 A; 2UXC K; 3ZT4 A; 3V1R A; 2WUS A; 5AQT A; 3LZI A; 3O6W A; 4B1Z A; 2E8A A; 5FPM A; 3VQ9 A; 3MN5 A; 1ZYQ A; 2W6L A; 4CJL A; 1H1V A; 4B1U B; 1K8K A; 1VQP N; 2QXL A; 1BCM A; 3VQP A; 3HPO A; 3CCE N; 1DKG D; 1RGI A; 1FW6 A; 2QM1 A; 5BRH A; 3DLB A; 2IVP A; 1WNS A; 2IVO A; 2BTF A; 3O9T A; 1VRU A; 2NRW A; 4FK0 A; 1NK0 A; 4PY5 A; 3C65 A; 5TKY A; 4DQI A; 1NMN A; 5TKW A; 4KTW A; 2DFF A; 3LM9 A; 2W41 A; 1NGE A; 5C25 A; 3NHG A; 4LSL A; 5M1F A; 4AH9 A; 4O55 A; 2E2Q A; 2OTL N; 2OZM A; 1VK0 A; 4BRL A; 1XC9 A; 1SKR A; 2KHO A; 3DRP A; 4JNE A; 3NVM A; 3QO9 A; 3AVN A; 4IXC A; 1C0M A; 4KPY A; 1VQL N; 2QK9 A; 1HUX A; 1JL1 A; 3ULD A; 1WUA A; 4CJE A; 3THV A; 4EZ9 A; 4U67 L; 3S3N A; 4I7F A; 4CIG A; 3V4I A; 1Q81 O; 2RN2 A; 1QSL A; 1QE1 A; 3JYT A; 4C8L A; 4DSE A; 4FW2 A; 1RT5 A; 3VQB A; 3VQ5 A; 1K9M O; 4BR0 A; 4IOA L; 2DPN A; 5ADX H; 3KK1 A; 1SL0 A; 4WFA L; 2D0B A; 2QXF A; 4IEE A; 3G4S N; 1S1W A; 4K8Z A; 3EE9 A; 4CK1 A; 4JLH A; 1DEJ A; 3VGK A; 3UKU A; 1YJN N; 4UQG A; 4LH5 A; 3FR0 A; 4FLX A; 2GV9 A; 4B1W B; 4HTU A; 3SCX A; 1QTM A; 2A42 A; 1ZXO A; 3KD1 E; 1EO1 A; 4CJQ A; 4ELV A; 5GIO A; 1TK5 A; 1X9W A; 5GIN A; 4XIU A; 3A0I X; 3THW A; 2UU9 K; 3S9H A; 3KLF A; 1VSI A; 3P31 A; 3QLH A; 4NLC A; 3KK2 A; 1T8E A; 1K6Y A; 4V19 S; 2I7P A; 3WXK A; 4MLH A; 3NH1 A; 4JD2 B; 3OS1 A; 2RF2 A; 3ZT1 A; 3L4I A; 3K5O A; 3DXK A; 5JMV A; 2OTJ N; 1K73 O; 5AQR A; 3MN6 A; 1E4F T; 3AA2 A; 4LFA K; 3H1V X; 5FPD A; 4B3T K; 4FLU A; 3ALY A; 1GLE G; 4BR5 A; 5HRS A; 4UY8 O; 3O8M A; 3TSU A; 2E6M A; 4E1N A; 1RFQ A; 1T44 A; 4C8N A; 4W5O A; 5JS2 A; 4CES A; 4E89 A; 4X64 K; 4GKK K; 3TI0 A; 2QWQ A; 3ZLJ A; 3PO5 A; 3SZ2 A; 2Z1I A; 4B8A B; 3C6T A; 1KFD A; 5MLC Q; 4YOW A; 4JI8 K; 5F0X A; 5HBM A; 3T1H K; 4GV6 A; 3CJ7 A; 3C7N A; 1P8Z A; 5I3U A; 4WQ5 A; 1DLO A; 3ZSW A; 3V9X A; 4IG3 A; 3M3Z A; 3MN7 A; 5AQK A; 4JAX A; 4CZE A; 3FZL A; 4WFB L; 1BQM A; 2PYJ A; 3SYZ A; 4FYD A; 1RTJ A; 1J5E K; 3PUF A; 3QBX A; 5CYM A; 1YT3 A; 3AVF A; 4PKH A; 1VRT A; 2OPP A; 2HHV A; 3O1B A; 1S1X A; 2V52 B; 3VEW A; 5F1X A; 3TAF A; 2UUA K; 4FW1 A; 3ENH A; 4DQP A; 1XWL A; 2KFZ A; 4OGE A; 1ASW A; 3JAM O; 5IWA K; 1BI4 A; 4BR7 A; 4DQ8 A; 5HRO A; 1IBL K; 5CYQ A; 1TL1 A; 4H5V A; 3SLC A; 3TPQ A; 1WAF A; 3L3U A; 3ULE B; 3KK7 A; 3I55 N; 2HHU A; 1GLA G; 3L2V A; 4R5P A; 3S3M A; 1RBT A; 3F9K A; 3L2Q A; 4CE9 A; 1TKD A; 3ZX3 A; 1NK5 A; 3RRG A; 1VQ9 N; 2ASM A; 1ATN A; 4ID1 A; 1YVU A; 1EKE A; 4CJF A; 3SQ4 A; 4GVE A; 4JKH A; 3OS2 A; 1C0T A; 4DR7 K; 2E88 A; 3DLK A; 2O8B B; 3EKU A; 4CGG A; 3SQ1 A; 1S1V A; 5CZ1 A; 1RT1 A; 3OYL A; 4NCA A; 4OPH A; 3ATV A; 5I9E B; 4GV9 A; 5BPM A; 3AVL A; 3E9P A; 3QEX A; 4FWN A; 1U4B A; 2YNI A; 2NRZ A; 4JI4 K; 4YOV A; 3AVG A; 3PX6 A; 2UUC K; 1L3V A; 3H08 A; 1U45 A; 4CBW A; 1BIZ A; 4LF8 K; 4B3O A; 3OYE A; 4A5B A; 2O8D B; 5AFU H; 3TAQ A; 2Q0U A; 3L2R A; 4YOT A; 5BRD A; 3NMU A; 1P90 A; 3SMS A; 1BUP A; 2O8B A; 1KTQ A; 4CZI A; 2ZWH A; 3FFK B; 2PAV A; 2NRH A; 4FPB A; 4CJU A; 3GOI A; 2DTU A; 3ITH A; 3LP2 A; 2VYP A; 4B9S A; 3SAF A; 5JLH A; 4BRQ A; 4GV3 A; 1B9F A; 4LC9 B; 3MCP A; 1L5U A; 2YJE A; 1TUY A; 3M6G A; 3TTF A; 2ZGZ A; 3WT0 A; 1JLE A; 2HW3 A; 3CCU N; 3VEY A; 2HBK A; 2RPI A; 3SAH A; 1HQE A; 2ETJ A; 4YFU A; 1HJR A; 3CJC A; 3SUQ A; 4FWR A; 1XI1 A; 3T19 A; 2ZQB A; 2O8D A; 4L8R B; 1YVN A; 4EP5 A; 4CIF A; 2Q36 A; 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2KKZ A; 4YDU A; 2P9P A; 4RW7 A; 3GE1 A; 4CEC A; 4E3S A; 1ITG A; 1SAZ A; 4DLE A; 4M3Y A; 3O4Q A; 2HHX A; 2GWJ A; 1C1A A; 2F7T A; 3AV9 A; 5BR9 A; 1EXQ A; 5AQP A; 1VQ7 N; 3HTV A; 3HPG A; 4KI6 A; 1GLL O; 4RW9 A; 3KJV A; 3R6M A; 1X9S A; 4H5T A; 1IJJ A; 3CHW A; 2NRT A; 2HVH A; 4CZK A; 3V1Q A; 3NFA A; 3BF3 A; 1NKE A; 5C0Y A; 5AZI A; 1JLB A; 2E4L A; 3LP1 A; 1BDG A; 4CFC A; 5FRM A; 3MXI A; 4FJ9 A; 1W2B M; 4KHW A; 3QFU A; 4E7K A; 3HM8 A; 4KH6 A; 2P9S A; 1O1W A; 3EYZ A; 4E7I A; 2QKK A; 4IFE A; 4FJ7 A; 3KK3 A; 4WFN L; 1GLJ O; 3OS0 A; 1S9G A; 5J2Q A; 3OHR A; 3H45 C; 3PX0 A; 4BRH A; 2EX3 A; 2RHK A; 4JI2 K; 3CG7 A; 2V7Y A; 1D9F A; 4F4K A; 4CF0 A; 4H5N A; 5BN9 A; 4O44 A; 4Z4H A; 4JI0 K; 1XHZ A; 4IEI A; 2P9U A; 3DLR A; 4B8C A; 3E66 A; 3L4Q A; 3R1X A; 5C2D A; 3HP6 A; 4KO0 A; 3LDO A; 4CZH A; 3D45 A; 3TTC A; 4N47 A; 4OPJ A; 4DSL A; 4OLB A; 4AQY K; 1HPM A; 1QQC A; 3A5L C; 2FSK A; 4JKE A; 4DTR A; 3KLE A; 2QWM A; 4DUY K; 4RTF D; 3RR8 A; 1UOC A; 2ZD1 A; 1NJW A; 4Z4E A; 1ZBL A; 3AO5 A; 4FO0 A; 4CF9 A; 4ELT A; 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