4AW0A

Human pdk1 kinase domain in complex with allosteric compound ps182 bound to the pif-pocket
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
285
structure length
283
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSAKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-PHOSPHOINOSITIDE-DEPENDENT PROTEIN KINASE 1
publication title Substrate-Selective Inhibition of Protein Kinase Pdk1 by Small Compounds that Bind to the Pif-Pocket Allosteric Docking Site.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 79
structure length 283
sequence length 285
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4aw0A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4aw0A01
4HYSA 3GFWA 4YZ9A 2F9GA 2CSNA 2W9ZB 3FLWA 5AV3A 3QRUA 2A0CX 3JVSA 5D1JA 3DTWA 3DLSA 5DGZA 1Q8WA 4AP7A 5D12A 4QMQA 4OT5A 2EVAA 3DDQA 2BDFA 3FZRA 5HE2A 3HZTA 3RAWA 3FL5A 3GCPA 3PWDA 4JDHA 1KUTA 2HENA 3W2QA 5CSHA 2PMIA 4F1OA 2Y4PA 1YI6A 1H1PA 4WG4A 4RMZA 4UV0A 5LVLA 2OFUA 1NXKA 3FPMA 4FV1A 3GQIA 5BMMA 1P2AA 4UMRA 5C8KA 4A9UA 4KAOA 4V04A 5LWNA 3BWJA 4P90A 3EFKA 1NY3A 5CEIA 2CNQA 3GT8A 5LVOA 4QP4A 5HNGA 3Q9ZA 3ZSIA 5AP3A 3D5VA 2R7IA 2C6OA 3MWUA 3CIKA 4G34A 4YLKA 3PRFA 2QU5A 1WAKA 2X8IA 2VTTA 4QP8A 4FKPA 2H6DA 4GFOA 1R0PA 3QCQA 3KXNA 4FC0A 3UMWA 4CRSA 3KF4A 3PFQA 3R1NA 3UC4A 5HIEA 3OT3A 3OY3A 2EXMA 4BDGA 4JRNA 3GBZA 1R3CA 2E9VA 4L53A 4MXZA 5EFQA 3UVQA 3ZRKA 3TDWA 4A9RA 3ZFXA 4QYEA 5EI8A 1DAWA 1E9HA 3DV3A 4C59A 4O7YA 4V01A 3JYAA 5HOAA 4E4NA 5DT0A 3UNZA 4EC8A 3ZOSA 4G3GA 1FGIA 3S2PA 4KWPA 3KMMA 3OW4A 4CV8A 4DLJA 1OKYA 2XMYA 3F3TA 4G6NA 2CPKE 3ZYAA 3PIZA 3LOKA 2W0JA 1JKTA 4IAAA 1LP4A 2CGWA 4QQCA 4U6RA 1ZYLA 3DB6A 1YRPA 3FZSA 3H0YA 3QCSA 3R6XA 4PTCA 3ZH8A 3MFSA 1UU3A 4OTQA 3HA6A 2GQSA 1OM1A 5LJJA 3C4ZA 2PZIA 4CKJA 4GJ2A 5CF6A 4O0YA 5K4IA 4NIFB 4AA5A 3IW8A 3NUUA 2J4ZA 2C5XA 3E92A 4H36A 3T9IA 4GU9A 3IS5A 3U6IA 2JEDA 5E1SA 2ITUA 1M2PA 5A6OA 2GQRA 4AZVA 2YZLA 3OMVA 4O7NA 4NSTA 4TT7A 2PZRA 4OAUC 4FTOA 5HEZA 1SYKA 3H10A 3KC3A 2R3MA 3UP7A 2QG7A 2XIXA 3R21A 4C33A 5H8BA 4N0SA 3CTHA 3DNDA 4AZWA 2FB8A 4CFNA 3IOPA 1PW2A 3P79A 3HRCA 3PJ1A 4EHGA 2W1FA 4ACMA 3PP1A 3TUCA 4FEVA 2Z7SA 4MXCA 4ASXA 2WXVA 4IIRA 3SV0A 4X6RA 4XBRA 5HHWA 4O6EA 1Q99A 4AS0A 2JDOA 4FE2A 3R7YA 3Q32A 3QWKA 5DG5A 3DTCA 4E6CA 3AC2A 4NYEA 2WOTA 2OU7A 3DJ7A 1UVRA 4EORA 4RJ3A 2YM3A 4RIXB 4KIOA 1PYXA 2X9FA 4FZAB 4OLIA 4KA3A 2RG5A 2YIQA 4BTKA 1J1CA 3QQGA 3PXZA 1W84A 1W7HA 4U44A 3AXWA 3FLNC 3WI6A 4BZDA 4IAFA 4R5SA 3RBWA 4PL5A 4NK9A 1OPLA 1IAJA 1G8SA 2BKKA 3OOMA 4R3CA 1XR1A 4E8AA 4C57A 5HTIA 3R73A 1YOMA 3A2CA 3MJ2A 5M4IA 4L42A 2CKQA 3KQ7A 4ANQA 3ORPA 4OT6A 4EH2A 3AQVA 1PXIA 3BYUA 4FKQA 4TNBA 1J7IA 3AT4A 5FXQA 3F61A 3VS4A 4F9WA 1H24A 5AUXA 1U54B 2DS1A 1OPKA 2F49A 5L2QA 1FMOE 2WFYA 4MQ1A 5AA9A 4CKRA 4LGDA 3SOCA 3R7GA 3QLFA 2BVAA 4FKTA 4CT1A 4FNXA 5H3QA 3OROA 3P78A 4QTCA 5AV1A 4CG8A 2J0LA 4BBEA 3QX4A 2X39A 4TWCA 2B9HA 5M56A 3QGYA 2R3OA 4O1PA 4FKJA 4GJ3A 4B9DA 2FA2A 4FSRA 4ZTNA 4U7ZA 4YC3A 3UP2A 4LOOA 4ZLOA 2JDRA 3MTFA 4ZLYA 3OWKA 4WBOA 2H9VA 4OTWA 3BE2A 2J90A 5CI7A 3DQXA 4TWOA 5KO1A 3OP5A 4HW7A 4YUQA 3AC3A 3OCBA 4GW8A 2X4FA 3OEFX 4TYEA 4CFFA 4DG2E 2ZB0A 3TJDA 4G16A 2ETRA 1WMKA 3IDCA 5IG1A 4ALVA 5EHYA 3TV4A 3ZHPC 4A4XA 4ENYA 2WQOA 4QMLA 4WSYA 2BTSA 3NUPA 4A4OA 3VUIA 5EI2A 1FBNA 2UZEA 3AMBA 3HLLA 5CAPA 4E4LA 1PXLA 2XK7A 5HNBA 4B4LA 3VS2A 4H3QA 4C38A 2WQNA 4BDFA 5EW8A 2OKRA 3UIUA 4BTMA 2R0UA 4HYIA 3IECA 4X2NA 4W4YA 3BYOA 3EWHA 3ZSHA 3V8SA 4NM3A 4ZXTA 4LL5A 4DINA 3E64A 3QD4A 4YJOA 4D1SA 3WZJA 3Q9XA 4AN3A 3RWQA 4ANOA 4DGNA 4RIOA 3V6RA 3DAJA 3OC1A 2RF9A 2CMWA 3R7EA 3RK7A 1VEBA 4EH3A 2VGOA 2GFSA 2QKWB 4PP9A 2O64A 3CXWA 4X6QC 1JBPE 1H25A 1J7UA 2ZV2A 3MVLA 2GTNA 3VF8A 3VUHA 1K2PA 2JD5A 3W2OA 4NJDA 2XM9A 4XOZA 4A9YA 4CD0A 4AA0A 4TXCA 4V0GB 3FMLA 4JAJA 1Y91A 4O6LA 4X2FA 4CXAA 2W1CA 5AIRA 4EOKA 5JFXA 4O0UA 4F4PA 5CU4A 3F3WA 5IQBA 4MWIA 4QTBA 2GS7A 4AE6A 4MCVA 2G2FA 4RX5A 2V62A 3D2KA 2X2KA 2BDJA 2OJJA 2YLEA 3NCGA 3NUAA 1JAMA 3KF7A 5EW3A 3MJ1A 3ZDIA 3UZPA 3B8RA 3BYSA 2YWVA 3FZTA 2BROA 4DEIA 1ZLTA 5JZJA 3U55A 2HCKA 4FV9A 4IDVA 4EK8A 4NUSA 3KRJA 5DH3A 3SLSA 5D9HA 2QOKA 2WTKC 4RX9A 3U87A 4G5PA 3HUBA 1VZOA 3S95A 4IH8A 5LMAA 3EIDA 4NJ3A 4K77A 2UZLA 4G9CA 5A3XA 3DA6A 4WT6A 4YPDA 3OWPA 2X9EA 3EH9A 3HV4A 3CTJA 3MA6A 5DIAA 2GQGA 3ID6C 4GRBA 4BI1A 5CNOA 5AJQA 1QMZA 2OBJA 2JDVA 3F9NA 4WNKA 2IW8A 4ANMA 1U4DA 4F0IA 2UZDA 3QXOA 2GPHA 4RWKA 4NM5A 4HPUE 4YZNA 2A19B 3FJQE 3ZO1A 3PPJA 2O65A 3D94A 2C3LA 1PMNA 3KL8A 3VQUA 3QRJA 4Y85A 3FL4A 4XP2A 4AW5A 3MB7A 3WF7A 5DYJA 2QOFA 5K5XA 3MFTA 4CRLA 2CDZA 1WBPA 3BQCA 4HYUA 4L52A 4MH7A 4D2PA 3PYYA 2YIWA 4R6VA 4PMSA 3R28A 1ZY5A 4FKIA 4ALWA 4XG7A 3UDBA 2I1MA 5A6NA 4AFJA 1OUYA 3BLQA 1QPJA 3ZRMA 4WSQA 3L8XA 1UKIA 2QLUA 4WBBB 1PYEA 2J5EA 2WTVA 3LFNA 2XKCA 2ERZE 2ONLC 2XIRA 4MD7E 4E73A 3R1SA 3R1YA 4I21A 4M69A 2NP8A 4QOXA 3GOKA 5AUVA 4CMTA 1YOLA 4YHFA 3WIKA 3FBVA 4NCTC 3KEXA 4EOPA 4FT7A 3Q4TA 5BVFA 4FZ6A 2O3PA 2ETKA 3FC1X 4BDJA 1KE6A 2J0IA 4B99A 5FP5A 3BZ3A 4I6FA 3DNEA 5IUIA 4QQ5A 2VX1A 2YIRA 3R7UA 4IE9A 1DS5A 3GCVA 4LG4A 4P5ZA 4U43A 3PJ8A 4DH5A 5JT2A 2ITXA 2YDIA 3BCEA 4R7HA 2RFEA 3ZEPA 5FEQA 3PLAE 1UNGA 3R9OA 4GUBA 2V5QA 2PE1A 4FTAA 4XG3A 4CFMA 2ZDUA 2Y8OA 3KY2A 3NPCA 4HGEA 4JQEA 2XJ2A 4A7CA 4CLJA 5FUTA 1FGKA 1JWHA 4JG8A 1QPDA 2A27A 1H8FA 1STCE 2HK5A 1FINA 2JKMA 2QOHA 3C5UA 2WQBA 2UW5A 3P7BA 4D0XA 1B38A 5DA3A 1OUKA 2ZB1A 4PMTA 4ZK5A 4MXYA 3DXNA 3VS5A 3UIBA 4EWQA 4C61A 5ANOA 3QAME 3UGCA 3U9CA 1PMEA 3RGFA 3R71A 2YHVA 1U5QA 3MDYA 3RMFA 4EKKA 3WIGA 1GZKA 4J95A 4TWPA 4FSZA 2IG7A 2XNEA 4FSQA 3G0EA 4D9UA 4RC2A 4CZTA 2UW8A 2E9UA 3D7TA 4AA4A 3K5VA 5IH4A 2CN5A 4LM5A 5G1XA 4C4GA 5FDPA 3F5UA 3IGOA 1OZ1A 2XA4A 4IVDA 3P86A 3TZ7A 3FKOA 3TV6A 4KRCA 4XLVA 3VW8A 1RDQE 1ZRZA 4EK4A 1ZOEA 4NM7A 4U80A 1OKZA 3CC6A 2UVZA 5I3OA 4U8ZA 4TY1A 3NWWA 2EU9A 5HTCA 4L68A 4F7NA 4KIKA 4L7FA 4M12A 1O6KA 3VHEA 3MA3A 3MVHA 5HQ0A 5J5TA 5FQDC 3QA0A 3VHKA 5KHWA 3V5PA 1ZWSA 2Y4IC 2X8DA 3K5UA 2IZTA 4RIYA 3F3UA 3WF9A 4JG7A 5CAQA 4FT9A 2R3HA 4UY9A 2AUHA 2YM6A 3FI4A 4DHFA 3PY1A 5DNRA 4ACCA 5JSMA 2OH4A 2VWYA 2IZRA 2UW7A 4QMVA 4ZZOA 5IA2A 5A54A 4E20A 4MBIA 4AN9A 4FTMA 3RNYA 2C3IB 2BHEA 3CBLA 3LW0A 4C0TA 3G0FA 4RA5A 1Y8YA 4HZRA 2PUIA 4XRLA 4MF0A 5BMSA 4EHVA 5IQIA 3SX9A 4LOPA 2B52A 4WUAA 4DGLC 3CSVA 3EKKA 2IJMA 2WAJA 4UZHA 4Y5HA 3BV2A 4BCPA 4EHZA 5BQ0A 5HI2A 4I6HA 2W17A 1HCLA 2X4ZA 3HEGA 3P7CA 4I22A 2BRMA 3VO3A 1Q41A 5JQ8A 2C0TA 3KULA 4O86A 4NTTA 2VRXA 2X2LA 3Q4CA 4GT4A 3LCOA 3T3UA 3ZLXA 4IMYA 4O7ZA 4J8MA 1KE5A 2J0MB 3IGGA 4X2JA 4BYIA 2CKOA 1IA8A 4CZYB 3LVPA 2QHNA 4IXPA 2JC6A 2VO7A 1KSWA 3D5UA 3EOCA 1JKLA 4D0WA 1YXSA 2W4OA 4IACA 4CQEA 3SA0A 3O0GA 2GCDA 3N9XA 2E2BA 4C35A 3BHYA 4IHPA 3R22A 2CKEA 4YTHA 1IRKA 2UVYA 3ELJA 3GB2A 2FH9A 4W9WA 3W2PA 2YFXA 2WTWA 3C0IA 3R63A 1FQ1B 3MY1A 1IR3A 2QR7A 3KCFA 3R7VA 4AZFA 4C4FA 4KBKA 1H26A 4FA2A 3G5DA 4FKRA 2VO0A 2J2IB 4F63A 4PNIA 4ASZA 2FO0A 2VO6A 4O0XA 3WF6A 3UODA 5C27A 3JVRA 4XCUA 4FIJA 4ID7A 1T45A 3UQCA 4PDSA 1H4LA 1KE7A 4YJSA 1YHVA 4L67A 2WMRA 4PV0A 5FTQA 4BCFA 5KX8A 2BILB 2P0CA 3EQFA 3ULZA 3BELA 5FXSA 4DH3A 4AT5A 3S1HA 4GSBA 3GC9A 3QC9A 5IMXA 2OIBA 2OXXA 4C62A 3ZTXA 3N4TA 4NCTA 4RSSA 1M17A 5CSXA 5H9BA 3WZEA 3A7GA 3IG7A 3PA3A 3VQHA 1YDTE 3Q4UA 3RZBA 3ZSGA 4EC9A 5FTGA 2GNGA 5EK7A 5BYLA 2AC3A 5BPYA 4XEYA 1ZOGA 3NZ0A 4QMZA 1HCKA 4I4FA 3KRRA 3UNJA 2IO6A 5CVHA 1YVJA 3VF9A 3PP0A 4S32A 3ZLSA 4IBMA 3ITZA 2J5FA 5E8WA 5GJFA 2C3JA 1ZYJA 3VRZA 4BKZA 4E4MA 3HUCA 5ETAA 1SM2A 5FWKK 2XZSA 2ITYA 3ZZWA 4DFXE 4BDIA 2UZUE 2PVFA 2R3KA 3PY0A 2PMNX 1PMVA 2XNBA 4YC6A 4QO9A 1BUHA 3F6XA 4A06A 2I0EA 3FI3A 3IW4A 1XH7A 4CNHA 4DGMA 3VIDA 4S34A 3EQRA 5B0XA 2R3GA 2XBAA 3C1XA 4JOAA 4CMOA 3TWJA 4JG6A 4DEEA 4U45A 4FTLA 3O8TA 4YURA 3PVUA 4LUEA 4MNEB 2O63A 4J53A 1IA9A 4WIHA 2W1IA 5TT7A 3FHIA 4FTJA 4WOVA 5DBXA 1DAYA 1ZMWA 3DB8A 4X2KA 4RJ5A 4YP8A 2PVLA 2ZMCA 4MEDA 4LL0A 2AYPA 4PY1A 3QQFA 3LFAA 5AMNA 1YQJA 5AP5A 1Q8YA 5CEKA 1NVQA 3RWPA 5IKWA 4DH7A 5FRIA 4ZMEA 4HJOA 4I41A 2C5NA 2YAAA 5E7RA 3A61A 2PY3A 2Z60A 4E5WA 2JBPA 1EH4A 4R1YA 1X8BA 5JKGA 4G2FA 4CV9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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