4B1VA

Structure of the phactr1 rpel-n domain bound to g-actin
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
352
Chain Sequence
TALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 133
structure length 352
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1vA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1vA03
4H0XB 3VEYA 3VETA 4H03B 4A2AA 3R9PA 3BEXA 4I6MA 4BC5A 1P8ZA 2P9NA 4BRKA 1KAZA 2ASOA 3A5MC 2YI1A 3C7NA 3DJCA 3EN9A 1V4SA 1U2VA 3UE5A 5E84A 2IVOA 4CZJA 1DEJA 4FWSA 5AQZA 2A41A 1GLLO 3D2EB 4H5WA 3GDQA 4BRQA 3MN9A 1HUXA 4FWMA 1TYQA 2DPNA 5AQOA 2CGKA 5KPTA 1BG3A 3O80A 1GLEG 4FPAA 5I9EB 1C0GA 3JS6A 4MLEA 2A3ZA 4IJAA 4PKGA 1LCUA 1HJOA 4WQ5A 5AQTA 3A5NC 2Q97A 1IG8A 2WUSA 1HKGA 3VEWA 1GLBG 3ZETB 1X9JA 1NGGA 1NGHA 2ZGZA 4BVPA 4JHDB 4NO7A 1NLVA 5AQKA 1T6CA 3EKUA 2EWSA 3FFKB 1NGIA 2BUPA 4H0TB 4O8KA 2VWBA 5AQMA 3QDKA 1CZAN 5BR9A 4CD3A 2UYTA 3FZMA 4A62A 2D4WA 4DCHA 1JCFA 4K43A 2W41A 3M1FA 2YJEA 3UKUB 3CJ7A 3RSEA 3UKRB 1QHAA 3CJCA 4BR2A 4CZGA 1R59O 5LY3A 2E8AA 1ATRA 2E2PA 1H1VA 4FWQA 5AZIA 3HM8A 4BR5A 1RDWX 2VCPA 3A0IX 3H3NO 5EOYA 2FSJA 3QBXA 3L6QA 1V4TA 4PL7A 4M63C 3GBTA 4H5RA 5AQGA 4GY2B 2F9WA 4H5TA 3VPZA 4IXCA 4BRCA 4BRLA 2J4RA 4IZ9A 2AA4A 1Z05A 3VEVA 4BR4A 4H0YB 2P9PB 4KBOA 4CZKA 3H1QA 3VESA 5AQPA 5AQUA 1SZ2A 2FLOA 5JLHA 3HZ6A 1K8KA 2P9UB 5AQVA 3WEEB 4EFHA 3FZKA 3KZBA 4FOEA 2F9TA 3U4LA 4Y0WA 4B1ZA 3LM2A 2P9KA 2PAVA 2QWMA 3VGLA 3VENA 4JAXA 4BR0A 3KHYA 1TUUA 3A5LC 3MN5A 1T6DA 1NGDA 1U6ZA 3ATVA 3WXJA 2FF3B 3GE1A 2NRHA 5FPMA 3WXKA 5AZJA 1ATNA 1HPMA 2Q2RA 4BRIA 4BGBA 4EIAA 1GLFO 3IDHA 4IWVA 3ENOA 1X3MA 2P9SA 3ULEA 3HI0A 5EXWA 4CZEA 1IJJA 4FOIA 4K42A 2I7NA 4CZMA 1DGKN 3CJ9A 4ISGA 1E4FT 3WT0A 3GL1A 3SMSA 4RWTA 5BRHA 3IFRA 2HF3A 3ZX3A 4WQ4A 5F2RA 3MCPA 3S41A 3EKSA 1YVNA 3QMLA 5KPRA 2CH5A 2D0OA 4FWKA 4CZLA 3FLCO 2P9LB 3IUCA 3LM9A 4E1JA 2A42A 3VF2A 1GLCG 1S3XA 4NB4A 1TUYA 4MO5A 5JLFA 4FWRA 5AQWA 3W3DA 1MWKA 3O08A 4BG8A 1QQNA 3QICA 4XH4A 4JD2B 5E26A 3A5OC 2V52B 3ZEUA 5CE3A 1MDUB 5AQNA 4CBXA 3JXUA 4M7XA 3CQXA 4I6MB 5AQYA 4YDUA 1BWFO 4DHYA 5ADXA 5KQDA 3M6GA 1U2VB 2FXUA 3UB5A 2E1YA 1YUWA 4BR9A 5AQJA 3H1VX 3CQYA 3J8AA 1NGAA 2A6AA 1BU6O 2AP1A 3FE1A 4BRGA 4ISEA 3CJAA 4FWLA 2QM1A 3O5BA 4BRFA 1HX1A 2IVPA 2VYPA 3MK6A 5AQLA 4IO8A 1E4GT 3FR0A 3GG4A 1Q18A 4PKIA 2I7PA 4IJNA 3ID8A 1HKCA 4L3QA 3VERA 4BC4A 3M3ZA 5AQHA 3DXMA 1YAGA 4B1YB 4PKHA 4BROA 1RFQA 1QZ5A 2Q0RA 3EZWA 1SQKA 5BRDA 3I33A 3P4IA 4FSVA 4FO0A 3IMXA 4J8FA 2Q31A 2Q36A 3R6MA 3U8XA 2P9PA 2CH6A 3L4IA 4BRMA 4CJ7A 4H0VB 2D1KA 3GOIA 1XUPO 1JCGA 1JCEA 1OKJA 1ZBSA 2QWPA 3D2FA 4FWNA 4H0OA 3R8EA 5AFUA 3BUZB 3WEEA 4EHTA 2YJFA 3LDOA 5BREA 5AQIA 5JMVA 1BA1A 2QWRA 2QWQA 4RTFD 5EVZA 4AM7A 4A2BA 3AAQA 2YCHA 1Y64A 5F0XA 2CGLA 2QWLA 1KXPA 3BF1A 3H6EA 4BG9A 4EHUA 2P9IB 4WQ5C 1XQSC 4AM6A 2GWJA 1Z6RA 4C23A 3DXKA 2H3GX 2ITMA 1ESVA 4A61A 5BPMA 3LDQA 3FGUA 1NGFA 4M7YA 3VEOA 2E20A 5TKYA 4CZFA 5ADXH 2FSKA 5LJWA 2E2OA 2P9KB 2A40A 3O1BA 3QB0A 4BRAA 5AQFA 1XC3A 4BREA 1NBWA 3LL3A 3WQUA 4F9OA 3WUHA 5EX5A 3WQTA 2E2QA 4CD1A 1NMDA 1G99A 4PL8A 5BRFA 4FWOA 3VF4A 3BP8A 5AZJB 2IVNA 1BA0A 2P9LA 3U9ZA 1BOTO 4BC2A 4BR7A 4CI6A 1KAXA 3TU5A 2ZF5O 3VEXA 2P9SB 3ULEB 3CJ1A 3AY9A 4B1XB 3WXLA 3LDLA 2NLXA 4H5NA 4XH1A 3LDNA 3D2EA 3EL2A 4BRPA 3F9MA 1GLJO 3O6WA 3CERA 1S22A 4BRDA 5AQSA 3CHWA 1QZ6A 2GEMA 4JN4A 3HTVA 3B8AX 3I8BA 2P9NB 4ISFA 5B8HA 3U9DA 1EQYA 2W40A 5F1XA 2A5XA 3H45C 3C7NB 3ZETA 5BPNA 2Q1NA 4BVOA 4LC9B 3VOVA 2ASPA 4JHDA 1BO5O 3FZFA 4QS8A 3C0BA 1RGIA 1J6ZA 2IIRA 5AFUH 3SJHA 4QS9A 3VF6A 3L0QA 1TYQB 3ZEUB 4GNIA 3VGKA 1YXQA 1NWKA 1ZC6A 3MN7A 4HTLA 3CI5A 1C0FA 2GELA 2YHXA 3QFPA 1QQOA 3UKUA 2V51B 4FWPA 3UKRA 3SLCA 4EAHD 5KQ8A 4BQZA 3MDQA 5FPNA 4BC3A 3O1WA 3BF3A 1HKBA 4FL9A 2OANA 5AQQA 2NZTA 2KHOA 3CJBA 5EY4A 5BN9A 5AQXA 5FPDA 4BRNA 3HBTA 4O5FA 2E1ZA 1MA9B 3CETA 2GWKA 5KPZA 2CGJA 2FSNA 2QW9A 3H3OB 4B9QA 3O4WA 4XEIA 1KAYA 4WQ4C 3ZX2A 3MMVA 5BPLA 3CIPA 1NGCA 5AQRA 3RSEB 4RCHA 4BGAA 1ATSA 1QQMA 5LJVA 1ZXOA 4BRHA 3DXMB 3LDPA 1NGJA 5JICA 2QWNA 2HF4A 5AZIB 3EO3A 2P9UA 1NGEA 3FZLA 3SMPA 1T44A 3DAWA 4H0PA 1MWMA 4CZHA 1WOQA 3SK3A 4FPBA 4CBUA 3TPQA 4QS7A 3W0LA 3AAPA 5ELZA 3VEZA 4H5VA 4K41A 1DKGD 2YHYA 1NM1A 2P9IA 3QBWA 2YHWA 2V7YA 4YDUC 1D4XA 3G25A 4K25A 3OHRA 3FZHA 3D2FB 2D0PA 2Q0UA 4MO4A 1K8KB 3AARA 2ZGYA 3ATUA 5BN8A 2E2NA 2ASMA 2FF6A 2V7ZA 3HSCA 3WXIA 3H46O 2HMPA 1NGBA 3KVGA 2HOEA 2QWOA 1GLAG 1X3NA 3DWLA 4B1VA 4XH5A 4JNEA 3A8YA 2BTFA 2GUPA 1BUPA 3DXKB 1HLUA 4MLHA 3VGMA 4CBWA 4BQLA 1LOTB 5FPEA 4DQ8A 3D7EO 1SAZA 2QXLA 3O8MA 4B1UB 5AR0A 2ZWHA 1BDGA 3MN6A 4Z94A 3ENHA 4WYBA 4CZIA 3ZX0A 3QFUA 4HWIA 2E88A 4DB3A 4B1WB 2PBDA 2GTDA 1WUAA 4JD2A 1GLDG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZM6K 2G8KA 4A2AA 3BEXA 4X62K 5J2MA 3VTIA 3A5MC 3ZCMA 4BE2A 3O9TA 4M3UA 1IV0A 3DJCA 1FK9A 3EN9A 1YJ9N 1S1TA 3UE5A 1B92A 4PUOA 1DEJA 1A5XA 3C95A 2A41A 4E89A 2BE2A 3NH0A 1CXQA 1IO2A 1B9FA 4H5WA 3QIPA 2DPNA 3SQ4A 4PHTX 4K0KK 5K14A 5GIOA 1C0GA 4KI6A 3HVRA 1HJOA 3LWMA 1VSJA 4OVLA 3ITHA 2WUSA 1ZYQA 1NGGA 1S9GA 3JSMA 4JHDB 5AQKA 3FFKB 3VN5A 3WXMB 3AVNA 4E72A 2BUPA 5KRTA 3PSIA 4CD3A 3QEPA 4IG0A 4A62A 4CGJA 1NOYA 4K43A 2ETJA 2W41A 2YJEA 3OW2M 1QE1A 3CJ7A 3V81A 3NDKA 1QHAA 3PX6A 3V9ZA 1U04A 5LY3A 4Z4GA 3LP2A 1GOBA 3HYFA 4WE1A 4FWQA 4A5BA 4DTUA 4JI0K 4BR5A 4DR2K 1KC8O 1RT1A 2FSJA 3QBXA 3QESA 3L6QA 2D5RA 1BCOA 3KLFA 4DLGA 3CCLN 2NRWA 1BI4B 1RBRA 2HW3A 4BR4A 3VEVA 3QERA 5M1FA 3H1QA 1RT5A 1JL2A 2FLOA 5GADP 4DMNA 1WBDA 5D3GA 5BR8K 1CXUA 4FOEA 5J2NA 2LSNA 1LWFA 3U4LA 4B1ZA 3LM2A 4DU1A 2PAVA 2QWMA 3VGLA 3V1RA 5JS1A 3KHYA 2FC0A 4N5SA 3WNHA 3A5LC 2X78A 3PO5A 2HBKA 5DM7L 4LH4A 3HSTB 3ENBA 3GE1A 4GMJB 3WXKA 3F73A 3SUNA 3L3UA 2VGMA 3ENOA 1X3MA 4FM1A 1XWLA 4ZTJA 5EXWA 2HHHK 4KI4A 2FBTA 1N5YA 3CCMN 4K42A 3CCRN 1VHXA 4A57A 1DGKN 4W5OA 3AVGA 3OTOK 5F2RA 3S41A 1TL3A 5KPRA 3G10A 3FLCO 3ZSZA 3IUCA 4KB0A 2O4IA 4DQSA 4W5QA 1ZBFA 3TAEA 4F2RA 4B9SA 2HMIA 1TUYA 4O4GA 4KHUA 5AQWA 3W3DA 4M3TA 4R5PA 1QQNA 1EO1A 4CE9A 1QQCA 2V52B 1VQNN 4O55A 3JXUA 2O8EB 3QETA 3CQXA 4ELTA 4NLBA 4BECA 1Q8IA 4MQ3A 3AGRA 3THYB 3SUPA 3UB5A 2GBZA 5A2QO 3AA5X 3H1VX 5M1NA 2HSTA 3SCXA 2A6AA 4B9NA 3FE1A 3MXMA 4FWLA 2QM1A 2OZSA 3ZSXA 4CEEA 1E4GT 4DU3A 1Q18A 4A5AA 4KHPK 5EU7A 2G8UA 1NJYA 3HO1A 4L3QA 3LAMA 3RRGA 4FLTA 2IS3A 4BC4A 3H08A 5AQHA 1XNRK 1JL1A 4DQQA 2A1SA 1QZ5A 2IOCA 1FKOA 3VQDA 2HBMA 1YIJN 3U8XA 4CJ7A 4OPKA 4CEFA 2D1KA 3OY9A 1JCGA 2EX3A 1ZBSA 4L8RB 2QWPA 1VSHA 3D2FA 2RN2A 4H0OA 2G8WA 2YHBA 2YJFA 5AQIA 5JMVA 4AM7A 2CGLA 1SKSA 3H6EA 4ELVA 4AM6A 1I39A 3DRSA 3LALA 1Q81O 3OS2A 3SZ2A 3V1OA 1WLJA 3L2UA 1CZBA 3CM6A 4NCAA 3HPOA 3LDQA 3VTHA 4AHUA 3HVTA 4CGGA 2E20A 3OYNA 4CZFA 4DV5K 4CFCA 4GKJK 3HT3A 3S5TA 3I56N 5J2QA 2G8HA 1KVCA 4CHQA 3RMDA 4BE1A 4F2SA 4PL8A 1X9MA 3V4IA 4FWOA 3VF4A 2IVNA 4E1MA 1N34K 1ILYA 5DK5A 5KGWA 4BR7A 4DSKA 3CFPA 2HHSA 4IFVA 2ZF5O 1EWQA 3R1XA 2D0AA 3SV4A 1C1BA 4KH4A 3K5MA 4BRPA 2Z1IA 4JKHA 1LV5A 4DTXA 4J2BA 2O8EA 4RW8A 1QZ6A 1RTDA 2GEMA 1TVRA 3B8AX 3I8BA 4JV5K 4NYFA 4JI7K 4OGCA 3LPUA 1EXQA 2UUAK 3H45C 3C7NB 4DUZK 4LF8K 3HK2A 3M5RA 4LC9B 4C8KA 4DV2K 1F21A 1YVUA 2WONA 4QS8A 4LF4K 1RGIA 4C1NK 1GOAA 3CMEN 1TYQB 2HB5A 3Q7BA 4GNIA 4B9MA 1ZC6A 1OH5A 3MN7A 4LSNA 1REVA 1XC9A 2YHXA 4O8UA 3QFPA 2V51B 3OYJA 1P90A 5KQ8A 3QEIA 3CYMA 3K9KA 4BE0A 2W00A 3T1AA 3EY1A 3CG7A 5AQQA 3KD5E 1WBBA 4FW1A 4FVMA 3CJBA 3V1QA 1HMVA 2HVHA 1BIUA 4BRNA 2E1ZA 3CETA 4GV9A 1SV5A 2CGJA 2FSNA 2QW9A 4B9QA 5H1SQ 3O4WA 4XEIA 3MMVA 2Y1JA 3F9KA 4RCHA 3T69A 3TSUA 4BGAA 1K8AO 1TK5A 2DY4A 2F7TA 1NGJA 2QWNA 3OS1A 2HF4A 3TWHA 4FM0A 3DAWA 4CGFA 4TSXA 3SK3A 4B9UA 2P5GA 3TPQA 4QS7A 3W0LA 2BGGA 1VQLN 3AAPA 1JJ2M 1NM1A 1JXEA 1L3SA 2WC9A 3G25A 3OHRA 3FZHA 1QS4A 3AARA 3ASMA 2ZGYA 3I8DA 4EP4A 2QK9A 1HR0K 2FF6A 2YHAA 4B3SK 4KV8A 3WXIA 4ZTFA 4IFYA 2HMPA 3Q7CA 2YNHA 2HOEA 1L3TA 3DWLA 3NGIA 4B1VA 1SKRA 2E6LA 2GUPA 1HLUA 3LANA 3LP1A 4R79A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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