The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X62 O; 2N74 A; 4DR3 O; 4JI1 O; 4DR4 O; 4LF7 O; 4JI4 O; 4LF5 O; 4GKJ O; 3O65 A; 1A32 A; 4DUZ O; 3R66 A; 2DOS A; 1XNQ O; 5IT9 N; 4A5U B; 3RT3 C; 4DV4 O; 2DJV A; 4YY3 O; 5H5N A; 2F4V O; 1HNZ O; 2UXC O; 4JI6 O; 4JI5 O; 2LW7 A; 4B3M O; 5BY1 A; 1YZB A; 1IBK O; 1NS1 A; 4X64 O; 4JV5 O; 4DUY O; 2ZKO A; 1N32 O; 5A2Q N; 1AIL A; 1XMO O; 1XEQ A; 2VQE O; 4LFC O; 4LFB O; 5BR8 O; 2FKX A; 4NXM O; 4GKK O; 4DR7 O; 2JRI A; 1DK1 A; 4LF6 O; 2ZM6 O; 5LMU O; 1KUQ A; 1IBM O; 4DR2 O; 4LF9 O; 4DV0 O; 1D2D A; 4JI2 O; 1XNR O; 4DV5 O; 2UXD O; 1I94 O; 5BXZ A; 5IWA O; 3J81 N; 4AQY O; 4LF4 O; 4NXN O; 2AGA A; 1R1B A; 1FYJ A; 4OPH A; 2UUC O; 4JI0 O; 1FKA O; 1N36 O; 3T1H O; 3OTO O; 3J80 N; 4X65 O; 4DV7 O; 4DR6 O; 4X66 O; 4DV1 O; 3SDL A; 4B3S O; 4DV3 O; 1HR0 O; 4LFA O; 4DV2 O; 2E5L O; 4B3T O; 4JYA O; 1XMQ O; 1HNW O; 1HNX O; 3F5T A; 3JAM N; 2UU9 O; 3T1Y O; 2UUB O; 4JI3 O; 4DR1 O; 4B3R O; 2UXB O; 1X59 A; 4YHH O; 4OPA A; 2HHH O; 1G1X B; 1F7Y A; 1FJG O; 2VQF O; 1IBL O; 4JI7 O; 4JI8 O; 3J7A U; 3M8A A; 1N34 O; 2UUA O; 2Z0A A; 4OX9 O; 1AB3 A; 1N33 O; 1R6T A; 5FLX N; 4DV6 O; 4DR5 O; 5LMN O; 5LL6 Y; 4KHP O; 4LF8 O; 4K0K O; 1J5E O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PYL A; 1SC5 B; 1E1Q G; 3JD4 A; 2DYR C; 2L35 A; 2W0F C; 4TUY B; 2M7W A; 1FXV A; 2ZNI A; 5KLV H; 1BQ0 A; 1HDJ A; 3PJS K; 3CJH B; 4DUZ O; 3B4S A; 3CCM V; 5CMU A; 1UFI A; 2DJV A; 1XQ8 A; 5EBW C; 2ZE8 A; 3RVY A; 2R9R B; 3Q4H A; 2YID A; 2EIJ C; 1YZB A; 2R9A A; 4HNA B; 2K9P A; 4IT5 A; 5A9G A; 4U3J B; 2IJJ A; 4DW0 A; 1GH6 A; 5BR8 O; 2EIM B; 3H1K H; 3VQV A; 1YTF B; 4DV5 B; 1PKX A; 4FJC C; 4YXW G; 3ASO B; 3RWR D; 4B3R B; 2Q4P A; 4BW9 A; 2PI5 A; 5BXZ A; 2Y4U A; 3BAA A; 1JA8 A; 4MVS A; 2E3C A; 4TWK A; 3RYF A; 3OGI B; 2ZDI C; 4OPH A; 2QR4 A; 2P5O A; 4NYK A; 1R3I C; 3SR2 C; 1F23 A; 4BAY A; 2D2C B; 4K35 A; 1ZUQ A; 1AI4 A; 4I0X B; 1QU7 A; 2HLD G; 3T1Y B; 1BHA A; 1NBM G; 4FPP A; 3GWK C; 1RFY A; 2UUB O; 2UXX A; 1H8E G; 4O4I B; 1P7B A; 2YDE A; 3ZMU A; 1G4Y B; 2ITC C; 3HKE A; 2ZIO A; 2Q69 A; 4X88 A; 3SPJ A; 5LGT A; 2UUA O; 2IU3 A; 3IAY A; 1AB3 A; 1XBL A; 4WCE V; 5EC2 C; 1RM1 C; 2VRZ A; 3OFN G; 4JV5 B; 4JI1 B; 3F7Y C; 1EM1 A; 2QEX V; 4GKJ B; 1THZ A; 2V4D A; 1K73 W; 5IJ9 A; 3UO2 A; 4B7E A; 4OXS A; 4MTO A; 2C2A A; 2YXL A; 5IE9 A; 1PPJ H; 3G6B A; 4IYH A; 1M57 B; 5LOV A; 3N2G A; 1QR8 A; 5HFM A; 4JI5 O; 2JIZ G; 3JD1 A; 1RPR A; 1IXM A; 4LFC B; 1KU9 A; 3JYC A; 4WF9 V; 1Z5V A; 3LSQ A; 2WLL A; 3QG5 A; 2B1G A; 1GMG A; 2VQE O; 4EKW A; 3NR7 A; 3CXC U; 2P90 A; 4NXM O; 1FXK C; 2OCC C; 1IVS A; 1H2M A; 2IM9 A; 4DR2 O; 4LF9 O; 3DXR B; 5ITZ B; 1D2D A; 4J7J A; 3G71 V; 3L74 H; 1JVM A; 2ZT9 B; 4F6R B; 4D7T A; 4F4L A; 3CCU V; 1XUQ A; 1WN7 A; 1IUR A; 2IJK A; 4G28 B; 3K03 A; 4LP8 A; 3OTO B; 1WLE A; 3E8G A; 5FPR A; 3T1H B; 4HAM A; 4X66 B; 1VQL V; 4DR6 B; 1FYJ A; 1H2K A; 4KUM A; 4J41 A; 2CTQ A; 1SS3 A; 1CEZ A; 4DV1 O; 2DYS B; 2JJ1 G; 3ZRS A; 4MVU A; 2CTP A; 4FLZ A; 4O4L B; 3RFR A; 1U97 A; 4EB6 A; 2E75 B; 3F5T A; 1W59 A; 2HHH B; 3STZ C; 4P2Z A; 4JI7 B; 2PYJ A; 4OX9 B; 1XRE A; 3FX7 A; 1GAX A; 3ZS8 C; 1V54 B; 3RGB A; 3M8A A; 3HR0 A; 2EIK C; 1N34 O; 1Q7Y W; 2RCV A; 3K0G A; 1JFF A; 1COW G; 1LNQ A; 1Z5W A; 5B5E Z; 3EXA A; 3MHS C; 1X4T A; 4X62 O; 2N74 A; 1VP7 A; 2DYR B; 4KFM A; 2B9Z A; 4JAA A; 1IXB A; 2FL4 A; 2PF4 E; 1ZTE A; 3FAV A; 1JOY A; 4O2A B; 1KEC A; 3K5O A; 4DV4 O; 1Y76 A; 1BMF G; 2BTO A; 3NXS A; 4JI2 B; 3HKB A; 5JWP A; 1K4D C; 3SJC C; 4X1Y B; 3LUT B; 4IIJ B; 2P06 A; 4WFE A; 2ITD C; 3D3I A; 5KUK A; 3DSQ A; 1GO3 F; 1N36 B; 3L70 H; 1FFT B; 3FYE B; 2R70 A; 2LJ2 A; 3RYC A; 4JPR A; 1M4U A; 2V7Q G; 4FM2 A; 1M5I A; 1XNR B; 1BZK A; 3ZHU A; 1IBM O; 3CXH F; 2QE7 G; 4DV0 O; 2ZR3 A; 2PUS A; 1JPX A; 1MA1 A; 2YI9 A; 2WLI A; 4X1K B; 4Z2W A; 1BQZ A; 2YXY A; 1AR4 A; 2EIN B; 3ZRX A; 4JI0 O; 4JAV A; 1B3Q A; 2OIG A; 4DV3 B; 2ILM A; 3SPC A; 4BW5 A; 3C90 A; 4IL6 Z; 2YS8 A; 3ABT A; 3AK2 A; 3DTU B; 3Q4H B; 2CGO A; 5L3G A; 2DMX A; 3THO A; 1BCC H; 4CZZ A; 1SQP H; 4JI3 O; 1IBL B; 3TXS A; 1EN5 A; 4PA4 A; 3OUS A; 1DGS A; 1AP6 A; 3JD3 A; 4YY3 B; 2ZE5 A; 1KKD A; 3QNE A; 2DN9 A; 4DR5 O; 4AIL C; 1MZF A; 4BR6 A; 1RM1 B; 2IH3 C; 2LW1 A; 5FPO A; 5L3F A; 4DR3 O; 4U7N A; 4O4H B; 1S5L Z; 5KHG A; 2WPD G; 4LF5 O; 3LDD A; 1EN4 A; 2RQ6 A; 5H6R A; 1XNQ O; 4CS4 A; 4UV9 A; 4O2B A; 2RDC A; 3MD0 A; 1JR9 A; 3CD6 V; 3CC2 V; 2Q0A A; 1SA0 B; 3CMA V; 1E1R G; 3CPW U; 5B3S C; 4HBN A; 1AI6 A; 4CS3 A; 3FFQ A; 3ETG A; 2GBO A; 1IBK O; 4NVP A; 3HKE B; 2A7W A; 4RWU A; 1M90 W; 3LNN A; 2FKX A; 4J42 A; 1VQK V; 3GWO A; 1TUE B; 2WLK A; 3ZJZ A; 2JK5 C; 2OCC B; 1OCC C; 4ZI7 A; 2YC0 A; 4FLV A; 1VQM V; 1V55 C; 1S3J A; 4JZG A; 3FB7 C; 1QVF U; 1NR1 A; 3U0Z A; 1FJG B; 1SES A; 3IC9 A; 2EX3 A; 3W7T A; 1OV9 A; 1GN4 A; 2X6C A; 3N2G B; 5KHJ A; 5JJJ B; 1XMQ B; 1HNX B; 1YSC A; 2ATK C; 1RSO B; 5CA3 A; 1Y4M A; 1BSM A; 4X8A A; 3CC4 V; 3B8N A; 3OTF A; 1QLE B; 1PP9 H; 2WLL B; 5D5Q A; 4Z1M G; 4MVM A; 2OTJ V; 3HB3 B; 1YEW A; 5LMN B; 5KAF Z; 2OCH A; 3AG2 C; 4UCO A; 2DWD C; 1HWY A; 5CN0 A; 2DQ3 A; 3SYO A; 1VQN V; 4K8Z A; 3IFX A; 1SQX H; 3I55 V; 1NH2 D; 4QNH B; 1US6 A; 4MVR A; 1PNK A; 2CAZ C; 4DR4 O; 2HJD A; 3RYH A; 5BR8 B; 4LF7 O; 2QKA A; 4WFG A; 5F2V O; 1NVP D; 4TQD A; 1W0J G; 1H38 A; 2UXC B; 1K92 A; 1WB7 A; 4JI6 B; 1TA8 A; 4JF3 A; 4B3M B; 2A06 H; 3JAT A; 5LP6 C; 4EB6 B; 1HNZ O; 3ABM C; 3CME V; 5FNV B; 1K34 A; 3SJB C; 3OMA B; 4NB5 A; 4UCS A; 3ZHV A; 4QPJ A; 3K59 A; 3SYP A; 3F7V C; 3FB6 C; 4X20 A; 3ABK B; 1SF9 A; 4H44 B; 5GTH Z; 1R3L C; 1YJW V; 5LGN A; 2EIL B; 1JFF B; 1MSW D; 2UXD B; 3U10 A; 5KX5 B; 4GX1 A; 2W0X A; 4X9Q A; 2UUB B; 1TVK A; 3ZHQ A; 1OCO C; 4X1I B; 1EFR G; 1OZ0 A; 2CTW A; 4NTX A; 1KKC A; 2CK3 G; 3OM3 B; 3FAV B; 1XIL A; 2FB5 A; 1FAF A; 4RUE A; 1SQB H; 4Q20 A; 2QJ1 A; 1MAB G; 3J80 N; 5H2F Z; 4LNU A; 2YXH A; 5JQG A; 1JMK C; 1HR0 O; 5LYJ A; 4FLX A; 1XI1 A; 1RP3 B; 5BMV A; 1YDX A; 3BCC H; 2PI4 A; 3CCR V; 5CBF A; 3N2K B; 4EFB A; 4YHH B; 2ZXW B; 2EZO A; 3RYC B; 1YI2 V; 1KBH A; 1PL4 A; 1X59 A; 1S76 D; 4UVC A; 1F7Y A; 4CH4 A; 4DV6 B; 1W0K G; 2VWJ A; 2YI8 A; 3AG3 B; 2CUG A; 3K58 A; 2PGG A; 3CSX A; 4W4L A; 3BPZ A; 2VQE B; 3RN4 A; 3AK3 A; 2QWO B; 1W2B U; 3JSN A; 2A9H A; 2Q9L A; 3K08 A; 4MTX A; 4G2K A; 1UPG A; 4HZ3 A; 1IDS A; 5IT9 N; 4LF9 B; 1RPO A; 5EIB D; 3QO7 A; 4YIO A; 3SYC A; 2XOK G; 4X64 B; 1L0L H; 3ZRW A; 5B3S B; 1V9P A; 5EBM C; 1L1F A; 4Z1V A; 2R72 A; 2GHY A; 2LGQ A; 3ZIA G; 1F51 A; 5J2T B; 4JTD B; 3LDC A; 2P4K A; 4LH7 A; 2ARH A; 1YJN V; 1YHQ V; 4DR7 B; 2QWR B; 3CB2 A; 2AHY A; 3QTC A; 4PJ0 Z; 4FIP C; 1VF5 B; 2ZDI A; 4LWS A; 2YSU B; 3KZI Z; 4FFB A; 2ZE6 A; 4I5S A; 1ZL8 A; 3CEI A; 2HR3 A; 3CS5 A; 1OCC B; 1I94 O; 1B6Q A; 3AEI A; 2JGU A; 2H3O A; 3E8H A; 4NXN O; 1FPO A; 4O2B B; 5K1P A; 2JJ2 G; 4TV8 A; 2GUZ A; 2Y0I A; 3AG1 B; 4DK0 A; 4X62 B; 4TQF A; 5DM6 V; 1M56 C; 2B1I A; 2F43 G; 2A79 B; 2E5L O; 1F4M A; 4XDJ A; 4UV8 A; 4PV1 B; 5KA6 A; 3ABU A; 4DR1 O; 4I9W A; 3FB5 C; 5L3D A; 1S5J A; 1Q86 W; 2ZD9 A; 2LFR A; 1ORQ C; 3OUF A; 3AG2 B; 4P9P A; 4GYC B; 1OCR C; 4DYL A; 3H1J H; 5EYP A; 4K0K O; 5DEC A; 5IDJ A; 1ZSP A; 2F66 C; 4H33 A; 3ABL C; 2QGN A; 1Y74 B; 2QM8 A; 4JI4 O; 3UM7 A; 4BIO A; 5K1X A; 4LC1 A; 4JAS A; 1S5H C; 4UUJ C; 3RT3 C; 5IYZ A; 1VQ4 V; 1AP5 A; 1HW7 A; 2Q0O C; 4P30 A; 1NR7 A; 2GDS A; 2WA4 A; 1ZX3 A; 1QR9 A; 2QWN B; 4AI8 A; 1FXK A; 5L3C A; 4LFB B; 3ZHS A; 5BZB A; 1VQP V; 4EFE A; 2Y69 C; 4GKK B; 3G4S V; 4LF6 B; 1N4C A; 3KKY A; 4PA7 A; 3I5D A; 1JCH A; 2ZM6 O; 4NKG B; 4JI3 B; 4ZHQ A; 4OGQ B; 3QO8 A; 2P67 A; 2ZCE A; 4PEL A; 3OW2 U; 3RYH B; 1OHH G; 1WA8 B; 4QIW F; 1R6N A; 1WAZ A; 1OCO B; 3M7M X; 5KHH A; 1K3E A; 4AQY O; 4YJ2 A; 4LF4 O; 4X65 B; 3CCE V; 1CP9 A; 2UUC O; 3VQW A; 2WSS G; 1FFX A; 4DV7 O; 1OCZ C; 3CCQ V; 1QQC A; 4I4T A; 2UU9 B; 3UKM A; 1R3K C; 4PHZ A; 3SPH A; 5LA6 A; 4LF5 B; 1GN6 A; 5B1B C; 1SKV A; 3WFV A; 3SGI A; 1S72 V; 4X20 B; 2UXB O; 2HFE C; 3OR6 C; 2W6J G; 1MMM A; 4U7O A; 5C93 A; 4J11 A; 2Y48 A; 1R6T A; 3K5M A; 3VBB A; 1TVK B; 3UT5 A; 5LL6 Y; 1IBK B; 2IJI A; 4CC6 A; 1J5E O; 3ZMZ A; 2F93 B; 1MSD A; 3JAW A; 1QHT A; 3WB0 A; 1LUV A; 1U96 A; 1OJH A; 4ZIB A; 1TAE A; 5JQG B; 3L9D A; 2Y4T A; 2ADP A; 2RN9 A; 5LYJ B; 5CB4 A; 3LSU A; 5BMV B; 4JGS A; 3OD4 A; 4FLU A; 3SJA C; 1WB8 A; 1KD1 W; 2JS5 A; 4FK5 C; 1TGO A; 3ETD A; 2G38 A; 2YIC A; 5JH7 A; 5JJE B; 1NS1 A; 4CC5 A; 3A0H Z; 1H2N A; 2X7R B; 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5EK0 A; 3CRR A; 2XUM A; 4ASU G; 2AGA A; 4XDK A; 4N23 A; 2R9I A; 4U3J A; 3FD9 A; 2HEP A; 3T1H O; 3OTO O; 1GKF A; 3H1L H; 4DR6 O; 4X66 O; 3FYI B; 4TSF G; 4KXR A; 3SYA A; 4U3F H; 4IGG A; 3B40 A; 1FXK B; 1OCZ B; 1VQ5 V; 2XAH A; 1HNW O; 5JJN B; 4W4K A; 5CBG A; 4R50 A; 3JAM N; 5IJ9 B; 1YCI A; 4BIZ A; 3CRC A; 2V1D A; 1M9N A; 5B1B B; 2VQF B; 2O57 A; 4FZ1 A; 2HHH O; 5LHH A; 1VQ7 V; 4JI7 O; 2OIE A; 4OX9 O; 5IY5 C; 3AG7 A; 1FD9 A; 5LOV B; 1SQG A; 3ASN C; 3G80 A; 2ZR2 A; 4I0X A; 4LF8 O; 3JSL A; 2WLN A; 2EBO A; 4J7Z A; 4WFA V; 2BE3 A; 3OT7 A; 4QPK A; 3T2M A; 4YJ2 B; 4NTW A; 4DUZ B; 5LP6 A; 3BY6 A; 4UCU A; 2Z3Y A; 1FFX B; 3S3W A; 2OYQ A; 3K57 A; 4I4T B; 3ASO C; 1NVP B; 2EIK B; 5JVD A; 5LA6 B; 2F4V O; 2KKW A; 2F95 B; 4O4J A; 4NXN B; 2JS3 A; 4QE9 A; 3VQX A; 1SRY A; 2XAF A; 3BHP A; 4ZOL A; 2ZKO A; 1QNM A; 3FKS G; 4DRX A; 3K06 A; 1XEQ A; 1O9G A; 2JEX A; 4PI2 A; 3MHH C; 5EBL C; 4FM0 A; 5E79 Z; 1VQ8 V; 1I7F A; 1Q81 W; 1Q6U A; 4LCU C; 3JAW B; 5J9P C; 1XNR O; 1AJP A; 1XDC A; 2LFS A; 4J80 A; 3CX5 F; 4PDM A; 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