The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NXN K; 4DV2 K; 1N33 K; 3J80 O; 4B3T K; 3J7Y P; 4DV7 K; 4B3R K; 4JI5 K; 4LF9 K; 3JAM O; 1HNW K; 3J81 O; 4YHH K; 1N36 K; 4JI7 K; 4DR4 K; 1XNQ K; 4LF8 K; 4LF7 K; 4JV5 K; 1N34 K; 5FLX O; 4LFA K; 2VQE K; 4DUY K; 4NXM K; 1HR0 K; 2ZM6 K; 1XMO K; 1HNX K; 3OTO K; 1I94 K; 4DR3 K; 4B3S K; 1IBM K; 4X66 K; 4GKJ K; 2UXD K; 3T1H K; 4B3M K; 5BR8 K; 4DUZ K; 1HNZ K; 1FJG K; 5LMN K; 4DR5 K; 4KHP K; 1IBL K; 1XNR K; 4DR6 K; 4X65 K; 4JI4 K; 4DR2 K; 4K0K K; 4LFB K; 4DV3 K; 1J5E K; 2E5L K; 5A2Q O; 1N32 K; 2F4V K; 4LFC K; 4DR7 K; 4CW7 B; 5AJ3 K; 4DR1 K; 4X64 K; 2UXB K; 5LL6 Z; 2UUA K; 5IT9 O; 4YY3 K; 4X62 K; 2UUC K; 4JYA K; 2UXC K; 4JI6 K; 4JI1 K; 4DV5 K; 4AQY K; 4LF6 K; 4DV0 K; 3T1Y K; 4OX9 K; 4JI3 K; 5LMU K; 4JI0 K; 4V19 S; 4LF4 K; 1XMQ K; 4DV6 K; 3J7A P; 2UU9 K; 2HHH K; 4DV4 K; 4DV1 K; 2UUB K; 4GKK K; 5IWA K; 4CVN E; 2VQF K; 4JI2 K; 1IBK K; 4LF5 K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QBX A; 4W5Q A; 4DV7 K; 1Z05 A; 3ULE A; 4OPK A; 1EET A; 1A5V A; 5JVH L; 3CCU N; 1TYQ A; 2ASM A; 3DAW A; 2IVO A; 2YJE A; 3UKR B; 4CZL A; 4LF8 K; 3DLH A; 1JLQ A; 1TUY A; 3D2E B; 4W5R A; 4KH5 A; 2AP1 A; 2G8V A; 4PQU A; 2FSN A; 3QLH A; 5K14 A; 4Q0B A; 3VGM A; 3O9Q A; 1R0A A; 1NNE A; 2G8K A; 4CK3 A; 4FW2 A; 3GBT A; 3A5N C; 4IBN A; 4IEI A; 1U2V A; 1LW0 A; 5JS2 A; 1SUQ A; 4FL9 A; 5AR0 A; 2O8C B; 4M3X A; 3Q7B A; 4KI4 A; 1VSF A; 4QS8 A; 4AHS A; 1LAW A; 2I5J A; 1IKX A; 1WB9 A; 4HCC A; 2HHU A; 3HJF A; 4CED A; 3ULE B; 1YT3 A; 5CR4 A; 1XHX A; 1J5E K; 4K0K K; 3IKM A; 3FFI A; 1VQO N; 4LFC K; 1RT2 A; 3ALY A; 1SV5 A; 2QXF A; 3O4Q A; 1HMV A; 1N5Y A; 1NGG A; 4BE2 A; 3O1B A; 5KI6 A; 2CGK A; 5KGW A; 3WNH A; 1IG9 A; 3K5N A; 2PFU A; 4JS4 A; 1NK6 A; 3I55 N; 3M8R A; 1YHQ N; 2VCP A; 3VOV A; 5BN9 A; 2QI2 A; 4BRH A; 3LAL A; 1U2V B; 2W6K A; 3IFR A; 3V9S A; 4W5T A; 1WSJ A; 3P39 A; 3I0S A; 3TAQ A; 4UY8 O; 1TVR A; 3SMS A; 3O3G A; 3AGR A; 3MXJ A; 4CEB A; 2HHV A; 3OJS A; 3OYD A; 4CK1 A; 3WNG A; 4DMN A; 3QIP A; 3TAN A; 4KKO A; 4C8M A; 1XI1 A; 4JI8 K; 5ADX H; 3FE1 A; 5KRT A; 1DEJ A; 5C15 A; 1W7A A; 2QKB A; 3KK1 A; 3J80 O; 2QWP A; 3ZT0 A; 3CCM N; 3EY1 A; 4LF9 K; 1KVB A; 4JKE A; 1VAZ A; 3EZW A; 1RTJ A; 3G25 A; 4NLB A; 4IZ9 A; 1NK7 A; 4GV3 A; 4IDH A; 4DQS A; 1N34 K; 1JXE A; 4LFA K; 3WQT A; 3AAQ A; 3NF9 A; 4H5T A; 1LV5 A; 1X3N A; 4ELU A; 2FF3 B; 1YI2 N; 2BAN A; 5GAH P; 4A59 A; 1MA9 B; 4OLA A; 4BVP A; 3ZX0 A; 3T1H K; 1YIT N; 2YNF A; 3M5R A; 5BRD A; 2QWQ A; 3R9P A; 3NHG A; 1WBB A; 3KKR A; 1VSI A; 3QB0 A; 3EE9 A; 3CJ9 A; 4DQP A; 4C8L A; 4B8C A; 3K9J A; 1NMD A; 3FZL A; 3VGL A; 1K6Y A; 3O1W A; 2CH6 A; 1W0H A; 2DY4 A; 4R5P A; 1D9F A; 5CYM A; 1KAX A; 4PA1 A; 1EXQ A; 4FJM A; 5DMR A; 2OPS A; 2HST A; 1FW6 A; 2H3G X; 4BRD A; 3NF7 A; 3OJU A; 2ZF5 O; 4CJL A; 2V51 B; 4H03 B; 2DPN A; 4FLT A; 3T7Z A; 3MN7 A; 4N41 A; 5AQO A; 2P9K A; 2UXC K; 3WXM B; 4XH4 A; 3VPZ A; 3U3G A; 3AVB A; 4JEP A; 1UA0 A; 3KLG A; 4CEF A; 3LP1 A; 4E1J A; 3CJC A; 4BRL A; 4IG3 A; 3OYB A; 4NYF A; 1KFD A; 4BR2 A; 3THW B; 1RTH A; 4BRQ A; 4PL7 A; 1ESV A; 2UU9 K; 5FRO A; 4PY5 A; 4DTU A; 1YTU A; 4ISE A; 1NGA A; 3C6A A; 3DM2 A; 1OH6 A; 4EIA A; 1VRU A; 3NBP A; 4J2B A; 3O3F A; 1RGI A; 4DWI A; 3J81 O; 3KJV A; 2E20 A; 1SKS A; 1QTM A; 1IV0 A; 1ASU A; 3ZX3 A; 4DTM A; 2O8F B; 1H1V A; 3A2F A; 1RBS A; 3RR8 A; 1RT6 A; 1UAX A; 1SKW A; 4BC4 A; 2P9K B; 4CGH A; 4BWJ A; 3HTV A; 2HHT A; 4JK8 A; 3ID8 A; 4Z4E A; 4DS5 A; 1NJX A; 3OY9 A; 3PUF A; 3SJH A; 3L8B A; 4FZZ A; 3O6W A; 1Q82 O; 4J2E A; 1NGI A; 3KKS A; 3O5B A; 3AVF A; 2XY8 A; 4IOC L; 3VQE A; 5AQY A; 4PKI A; 3AVM A; 4B9L A; 3VEO A; 5J1E A; 1NG9 A; 4DQQ A; 4KH6 A; 2D0P A; 4Z4F A; 1XHZ A; 4PL8 A; 4DSJ A; 1JLA A; 5TKY A; 3F73 A; 5AQG A; 4WFA L; 3OHR A; 5FRN A; 3G71 N; 2P9S A; 4I9L A; 4CW7 B; 4BC2 A; 3VN5 A; 3TAM A; 1JL1 A; 1E4G T; 1YF5 L; 1NGH A; 3MEG A; 3PX6 A; 3K9K A; 1BO5 O; 4U7B A; 1HUX A; 3ENH A; 4KHQ A; 1LAV A; 4A2A A; 4Z0U A; 5AQM A; 5HBM A; 2UUC K; 3QEI A; 1LCU A; 2XHB A; 3ZSQ A; 4BC5 A; 3VF6 A; 1JL2 A; 3VQD A; 3OS1 A; 3AAR A; 3FZM A; 4CEA A; 5HRS A; 4HVJ A; 2FBX A; 4JKG A; 4JI0 K; 3N4Q A; 5GIN A; 2ETJ A; 3MXI A; 3H3O B; 3L0Q A; 1TKT A; 2KTQ A; 4FJL A; 5IWA K; 3QNO A; 3E9L A; 1IBK K; 3VQ8 A; 3S3M A; 4DS4 A; 1T03 A; 2RKI A; 1U4B A; 4IFV A; 4KB1 A; 3QML A; 3LAM A; 4LSN A; 4CHZ A; 4E0D A; 1ILY A; 3CCQ N; 3UE5 A; 5GIO A; 1NK9 A; 2XY6 A; 2DTU A; 5F2R A; 3JS6 A; 1VSL A; 3LP3 A; 1N36 K; 4MQ3 A; 2QWM A; 4M7X A; 4WFN L; 5FPD A; 4BE0 A; 4IOA L; 3AVJ A; 4JKA A; 2A5X A; 3AVA A; 3WQU A; 4BGB A; 2EX3 A; 4XH5 A; 2KZZ A; 5HRP A; 3CJ7 A; 4CEC A; 5LJW A; 1HNX K; 3OTO K; 2FBT A; 2Q97 A; 4KBO A; 3I8D A; 4ILG B; 2YHW A; 3LWL A; 4GKJ K; 5AQR A; 1O1W A; 4CHQ A; 3S9H A; 3QIC A; 1HNZ K; 3TSQ A; 4GVE A; 3T19 A; 4FLU A; 4M3U A; 1P8Z A; 2ITG A; 3ENO A; 4F8R A; 4DQR A; 1S1W A; 3IAY A; 1W97 L; 3VQP A; 4DR5 K; 2WUS A; 3LM2 A; 2ZJQ L; 1P90 A; 2QW9 A; 1HNI A; 4O5F A; 4DR6 K; 2KLA A; 4JKF A; 1N8R O; 1LWF A; 1Z26 A; 1ATS A; 1GOB A; 4KHY A; 2F4V K; 1BOT O; 4DLE A; 1FKO A; 4FVU A; 4OVL A; 2HF4 A; 4EP5 A; 2X6S A; 3SK3 A; 3LPT A; 1S9G A; 3G4S N; 2D0B A; 1C1B A; 1NBW A; 4EHU A; 4N76 A; 4DFK A; 1TGO A; 3MK6 A; 4GVM A; 4E7H A; 3V9Z A; 1IH7 A; 4GMJ B; 3SUQ A; 1RDA A; 2JWL A; 3CFR A; 4E1M A; 1XUP O; 2G8I A; 1OKJ A; 1Y97 A; 3O8M A; 4H8K A; 5AQZ A; 3T1Y K; 5C24 A; 4FK4 A; 1QSS A; 3AVC A; 5LMU K; 5E41 A; 3HBT A; 1MU2 A; 4FJI A; 4HCB A; 1L5U A; 1XWL A; 3L3V A; 4FJ9 A; 1RDD A; 3A5L C; 3TPQ A; 4CEQ A; 4HHT A; 4BGA A; 4IO8 A; 3ATV A; 1CZA N; 4CJT A; 1NOY A; 4JKH A; 4RG8 A; 2GUP A; 1N33 K; 2IVN A; 4KRF A; 3ZSZ A; 2Z1G A; 4FM0 A; 4ELT A; 3Q7C A; 1JLG A; 4WE1 A; 4GY2 B; 4BRA A; 2P5O A; 4CCH A; 4B08 A; 1DTT A; 4YOY A; 1T6C A; 2X6N A; 3F9M A; 3K2P A; 4CBX A; 3QEX A; 3F9K A; 1RBU A; 3L2R A; 3HST B; 2CH5 A; 1IJJ A; 2PY5 A; 5JS1 A; 3KD1 E; 3P83 D; 3NH2 A; 3V9U A; 1CXQ A; 4RW9 A; 4CIE A; 1NU0 A; 4BRP A; 4CZJ A; 1HQE A; 1Q7Y O; 1OH5 A; 4B3M K; 3CC4 N; 5BR8 K; 4DUZ K; 3C7N A; 1RDW X; 1ATR A; 1HLU A; 2GEM A; 2I7N A; 5CHI A; 5GAD P; 4BR0 A; 2KZM A; 3AV9 A; 4A57 A; 1JLC A; 4Z4G A; 3D2F A; 3DXM A; 4B1W B; 1QVF M; 3OYH A; 1XNR K; 1BI4 A; 4YOR A; 4CJU A; 4B9V A; 4CJV A; 1JCE A; 4OKJ A; 3OYN A; 2Q31 A; 4BRO A; 3LDN A; 5JVG L; 3H46 O; 2NNW A; 3C6H A; 3VQ4 A; 2FBY A; 4M42 A; 4DR1 K; 1J53 A; 4M3Z A; 3VGK A; 1EKE A; 4MO5 A; 5AZJ A; 2A42 A; 1BIU A; 5M1P A; 2OPP A; 4YY3 K; 3DRS A; 1ZXO A; 5C0Y A; 4DQI A; 3ZX2 A; 3CYM A; 3SAF A; 1SZ2 A; 4M3Y A; 3PSF A; 4FWO A; 3ENB A; 3DLL L; 3R1X A; 2BDP A; 3HT3 A; 3THX A; 4NYN A; 4DSI A; 2OYQ A; 4DQ8 A; 4AH9 A; 3VQ5 A; 3OYL A; 3CPE A; 1VSJ A; 3L2W A; 4JNE A; 3D2F B; 1BI4 B; 4CEO A; 3HL8 A; 1KD1 O; 3ISN C; 4FWN A; 4YDU A; 3L2U A; 3KD5 E; 4YDU C; 2OTJ N; 5AQJ A; 2P51 A; 3IG1 A; 3VQQ A; 3ZT3 A; 4QCL A; 1EWR A; 3SMP A; 3J7Y P; 4B3R K; 4CHP A; 1QS4 A; 5AZJ B; 1GLJ O; 2HNY A; 4K25 A; 1JXB A; 1J54 A; 2O8C A; 3KWG A; 1Y64 A; 3DI6 A; 5GAE P; 5C2F A; 3CC2 N; 4WQ5 A; 3QFP A; 4WQ5 C; 5AQI A; 3ZET A; 2GEL A; 2ZM6 K; 2WON A; 2B5J A; 3THX B; 4JD2 A; 5HRN A; 3OYA A; 1QQN A; 4CFD A; 4PUO A; 4W5N A; 2R7Y A; 1C1A A; 1VSD A; 3JSM A; 4DU4 A; 2HHQ A; 3MED A; 3CJA A; 3DWL A; 4CJ5 A; 1T7P A; 3FGU A; 3WXK A; 4IWV A; 4HUF A; 3CC7 N; 3LAK A; 1W9H A; 4CBU A; 3HRG A; 4FWP A; 3CQY A; 2VG6 A; 4HWI A; 3VEY A; 1X9M A; 4JI4 K; 1GLD G; 4HUE A; 4DR2 K; 3G6E N; 1QSL A; 5BRF A; 3J8A A; 3S41 A; 3H1Q A; 4FZX C; 2PYL A; 3M1F A; 3SV4 A; 4DSE A; 4FPB A; 3CG7 A; 3CCL N; 2VG7 A; 4IDK A; 1S6P A; 5AQH A; 3P1G A; 4B8A B; 3ZET B; 3PY8 A; 4WQ4 C; 3NF6 A; 3O4W A; 4NCG A; 4MLE A; 4JD2 B; 3CCE N; 4CJE A; 1QQO A; 1S9E A; 1SL1 A; 1WSH A; 1YVU A; 2XRI A; 4DV5 K; 4FLY A; 4LF6 K; 1TAU A; 3E1Y A; 3MXM A; 2A3Z A; 4DKW A; 1HYZ A; 4DLG A; 1EO1 A; 3QEV A; 3O08 A; 2HBK A; 3K5M A; 2ZWH A; 4G9Z A; 5BPN A; 1EWQ A; 4V19 S; 4MLH A; 1S1V A; 4DV6 K; 2V52 B; 3LDO A; 3CI5 A; 2E2O A; 1D9D A; 4FLV A; 3SYZ A; 4I9Q A; 3AO3 A; 3MAQ A; 4CVN E; 2VQF K; 3QNN A; 4CEE A; 2YHB A; 4R79 A; 2OZS A; 4FYD A; 3O9T A; 4B1V A; 3AA3 A; 1ZC6 A; 4JS5 A; 4JK9 A; 4DSL A; 1JJ2 M; 2NLX A; 4QAG A; 3QIO A; 2NRH A; 3KHY A; 4TSX A; 3VQC A; 3MDQ A; 3GOI A; 1NK0 A; 4M45 A; 2D4W A; 1KLN A; 5BPM A; 3ZYY X; 1BGX T; 4AIL C; 3PO5 A; 4BC3 A; 3MX2 A; 3O9S A; 3T69 A; 5AFU A; 1MWK A; 3P4I A; 2VWK A; 3OYG A; 3QES A; 4K41 A; 3EKU A; 3LL3 A; 1JCG A; 3TAR A; 1NGD A; 1BG3 A; 3VEW A; 1TK5 A; 3ZLJ A; 1BQN A; 4ID5 A; 4IEE A; 4IFE A; 3K58 A; 4H4M A; 5ELZ A; 2O8B B; 1SL2 A; 3ZSV A; 1S1T A; 4CJQ A; 4OPH A; 3QIN A; 5AQU A; 5FPE A; 1FJG K; 3RRH A; 1RT5 A; 4Z94 A; 3FLC O; 4A5B A; 4FPA A; 2NRT A; 4E7J A; 4BG8 A; 2I7P A; 3NFA A; 4FJG A; 4OLB A; 3K0S A; 1NKB A; 4FWK A; 3OYF A; 3SCX A; 1GLB G; 1NWK A; 2IOC A; 4CJF A; 3SUN A; 2OAN A; 4QOZ B; 3PIO L; 3LDP A; 5KQ8 A; 3KLH A; 3NGI A; 2FXU A; 3V1Q A; 2W40 A; 3BY5 A; 2YV0 X; 3MX5 A; 2ZQB A; 5LL6 Z; 4CFB A; 2X74 A; 4CZE A; 1WNS A; 5JIC A; 1VRT A; 3LDS A; 3O9R A; 4F9O A; 3VA3 A; 4BE1 A; 3LPU A; 2HW3 A; 1GLE G; 4AHC A; 3THW A; 1WAJ A; 3AVN A; 1X9S A; 3C95 A; 4JAX A; 4KTQ A; 5J2M A; 4CGJ A; 4FM1 A; 2P9I A; 3DLR A; 3MEE A; 3VQ9 A; 4B9M A; 4XIU A; 2RN2 A; 3HPO A; 1J5O A; 5E84 A; 1SL0 A; 4KV8 A; 4JI3 K; 4H0P A; 1XMQ K; 2GWJ A; 4AHU A; 3HM9 A; 3THY A; 3ATU A; 3SPZ A; 3J7A P; 3SAH A; 5JLH A; 4AHV A; 1BQM A; 1TK0 A; 5KQD A; 2O8F A; 1QHA A; 2HBM A; 2Q36 A; 3NGY A; 5SWM A; 1YTA A; 3O9U A; 2F7T A; 2P9N B; 3NH0 A; 4IXC A; 1RDB A; 4NXN K; 3BF3 A; 3EYZ A; 1X9J A; 3V1O A; 5BRE A; 4JI5 K; 4BRK A; 4CEZ A; 4H5N A; 1WSE A; 2FSK A; 2WBN A; 5MLC Q; 1L3S A; 2XO7 A; 4BRG A; 2NZT A; 1WBD A; 4CHO A; 4DUY K; 2WC9 A; 3I0R A; 1RBR A; 2P9I B; 3O80 A; 4E7I A; 3A5M C; 1QZ6 A; 5BR9 A; 5M1Q A; 2Q0U A; 2QKK A; 1X3M A; 4CI6 A; 4M7Y A; 3J7Z O; 3NDK A; 1IBM K; 1CZ9 A; 1IKW A; 1Q8I A; 3THY B; 3VF2 A; 1NK4 A; 4CD3 A; 3C94 A; 3DRR A; 1XC3 A; 1HJR A; 1ITG A; 2E88 A; 4BR4 A; 3G0Z A; 1NK5 A; 4B9U A; 1D4X A; 4AM7 A; 3FR0 A; 4QS9 A; 5KPR A; 2IC3 A; 3CCR N; 4AF1 A; 1UOC A; 3L3U A; 1RBV A; 2D0A A; 4YOV A; 4L8R B; 4JKC A; 2GV9 A; 1BA0 A; 2G8H A; 1C0G A; 1WN7 A; 3WNF A; 1QVG M; 4M3W A; 1VQ5 N; 3LP0 A; 3KVG A; 4LH4 A; 4Z4H A; 1BWF O; 2ITM A; 4ILJ A; 4C8O A; 4FWR A; 4LD0 A; 4ISF A; 4DFM A; 4B9T A; 1VQN N; 1I39 A; 3OBY A; 5HRR A; 4YOW A; 2Q3S A; 3TAE A; 4AQY K; 1BCO A; 2HBL A; 3H1V X; 4RWT A; 4DV0 K; 4E7K A; 2OZM A; 4FLZ A; 3LAN A; 2F9T A; 3WUH A; 1V4T A; 1QSY A; 3DLE A; 3VF4 A; 4DSK A; 5C25 A; 1NJI O; 4YNQ A; 3ULD A; 1VQP N; 1RT3 A; 3CIP A; 3EO3 A; 4RTF D; 3OA9 A; 3GDQ A; 2A1R A; 2UUB K; 4FJJ A; 3H6E A; 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