4B8AB

Structure of yeast not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
278
structure length
252
Chain Sequence
MFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription/hydrolase
molecule keywords GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae s288c
total genus 81
structure length 252
sequence length 278
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8aB00
4CF8A 3MXJA 4AH9A 2ZE2A 3B6PA 3I8DA 4RW8A 4DLGA 1TAUA 1CXUA 1RT1A 3NF6A 4H4MA 1NOYA 1ASUA 3CFPA 1W9HA 4C8MA 4KHNA 4OKJA 3MXIA 3V9XA 3V1RA 3DLRA 4CEZA 1JXBA 3V6DA 1Q9YA 1NK5A 3RMDA 5JS1A 1RBTA 4FJJA 1DLOA 4GVMA 3KLEA 4DQSA 3RMAA 1NKEA 4FJLA 3PX0A 4FJNA 3HYFA 2B6AA 3DM2A 2HHSA 3C6TA 3RMCA 2BANA 1A5XA 4FJKA 1DTTA 2HHQA 4FZYA 4YNQA 2I5JA 3LAMA 4Z4EA 3LPTA 3NF9A 3TABA 4CK1A 3F73A 2EHGA 1LWFA 1TKZA 4B9NA 2Y1JA 2HNDA 3TI0A 1A5WA 3NHGA 3I0SA 3IAYA 3AO4A 3ZT3A 4Z4GA 3S3MA 1REVA 1L5UA 4Y1DA 4B8CA 4E7KA 1SL2A 4BWJA 3SQ2A 1FKOA 1IKVA 3KLFA 1RTIA 2D0AA 3NCIA 1S1XA 4OGCA 2HHTA 3OYDA 2FBXA 3SPYA 3LAKA 3SV4A 4L8RB 1S6PA 1SKSA 2RN2A 5DMRA 1HPZA 3ZSWA 1VSEA 4DQIA 1IH7A 4B9MA 1U49A 4PY5A 1C1AA 3SUOA 3SZ2A 1GOAA 2VWJA 3O3FA 4UQGA 1S9EA 4DFKA 1D8YA 5J2MA 1GOBA 2DFHA 3LZIA 4AHCA 2Z1GA 4M3XA 2O4GA 3VQBA 4GMJB 2W42A 4FJ9A 2D0CA 3T1AA 4DTOA 1XHZA 3L3VA 4IFYA 1JLFA 1KTQA 5HRNA 3M8RA 3LWMA 3THVA 1SL0A 3KLHA 4FK2A 4J2EA 1ZBHA 4DWIA 3AVGA 4FCYA 2DFFA 1RCHA 1SUQA 1O1WA 4O4GA 4CJWA 3DLEA 1HNIA 3P1GA 4CHQA 3MXMA 1S1VA 2FBTA 4CGDA 3OYFA 1ZBFA 3DRRA 4CJVA 4BACA 3ZSRA 3ZCMA 4E7HA 5J1EA 3LP3A 4FJHA 4M3WA 4AHVA 3CM5A 5KTQA 3DRPA 3MEDA 4O5BA 1RBSA 3F9KA 5HRPA 3AO1A 1ASWA 3U3GA 4BDZA 2KTQA 3V9UA 3TR8A 3V81A 4GW6A 4JRQA 3DLHA 4C8KA 4DSIA 3CYMA 1S6QA 4W5RA 4CECA 2B4JA 3DMJA 1J54A 3T19A 3SI6A 1NKBA 2OA8A 4JLHA 3A2FA 2F8SA 3P83D 1KSPA 4F4KA 5KGXA 3EYZA 1BQNA 5HBMA 2VG6A 2BE2A 3QEPA 3CM6A 1KRPA 3KKRA 4DSKA 1JLGA 2ETJA 4IDKA 1T8EA 1IKWA 1ASVA 4CERA 1U04A 1C1BA 1VSMA 3OYGA 4N41A 3G0ZA 2HNYA 3L2VA 2ZQBA 5KI6A 1RT3A 3AVAA 3KK2A 4RW4A 3K59A 2B5JA 1K6YA 2G8WA 4M45A 4KO0A 4K8ZA 3MAQA 4KTWA 4NYFA 4FVMA 4HUFA 4NCAA 4CJ3A 4J2DA 4BWMA 4B8AB 1VSKA 3LP0A 2P5GA 3HJFA 1BQMA 1QS4A 4LH4A 1B9FA 1D5AA 2D0BA 4IG3A 3E01A 1C0UA 1NJYA 3QESA 3QINA 3OYCA 2HHWA 2E4LA 4ELUA 2Z1HA 2GV9A 2VWKA 3OJSA 1U47A 3P5JA 1QSYA 1CLQA 2X74A 4O0IA 5J2NA 1JL2A 4LH5A 1YT3A 4DFPA 3U3YA 4RG8A 4FXDA 1CZ9A 4CEEA 3OYIA 3NGZA 1BGXT 1KCFA 4RW9A 1WAJA 3RTVA 4DFJA 4K8XA 4M42A 2HW3A 3ZSOA 3ZT1A 4CIGA 3C95A 1EX4A 1JXEA 4BE1A 4CF1A 3DOLA 4DSLA 4PQUA 2JGUA 3QEWA 1R0AA 1UA0A 4FYDA 4OPJA 3IS9A 4IBNA 3WNHA 4CJ5A 4DSEA 1L3SA 3PUFA 1D9FA 4C8LA 4CEDA 4FK0A 1WN7A 4FW2A 4CJQA 3K2PA 5KRTA 2OPPA 1LW0A 3CG7A 4HHTA 1T7PA 2RF2A 3SNNA 2OPQA 4J2BA 3K57A 3ZT2A 1HYSA 1RNHA 2KFZA 1KLMA 2E6MA 1IO2A 4H8KA 2GUIA 4B3OA 4O44A 1BI4B 5C24A 4OJRA 4DQPA 2HVHA 4DTSA 1VSIA 5CZ2A 3EY1A 3L2RA 3TWHA 3ZT0A 1RTHA 4M41A 4AHTA 1EP4A 1HMVA 2DY4A 1RDDA 1YTAA 3SV3A 4CEAA 3DOKA 1SV5A 1CZBA 1S9GA 1TL3A 1VRTA 2XY5A 3HL8A 3OJUA 1KVAA 5C25A 1WNSA 2KZMA 5C42A 1N6QA 2R7YA 4FLXA 1NK9A 3QO9A 3NF7A 2RPIA 4CJTA 2QXFA 1U45A 4FM0A 2HVIA 3ZSZA 4FZXC 4CHZA 4CJSA 1ZYQA 4KREA 3SUPA 1RBUA 4MFBA 4Z4CA 4FW1A 4CF0A 3AO5A 1ZBIA 4TSXA 4CIEA 3I0RA 2OZSA 2QKBA 3EZ5A 3VA3A 1J9AA 3ASMA 3VQ8A 3L2QA 4DU3A 4JS5A 3KLIA 3SUNA 3QIPA 4KAZA 1WSEA 4N5SA 1N5YA 1C1CA 1X9WA 3HSTB 2HB5A 4CFCA 3SQ1A 4YFUA 3VQAA 3LWLA 4DG1A 3NAEA 1Y97A 4HCCA 1WSFA 1BCMA 2BGGA 1CXQA 5FDLA 4CFDA 2E6LA 3IRXA 2GBZA 5CYMA 4BE2A 4FJMA 4KHWA 3LP1A 4CK3A 1F21A 2QKKA 4FLWA 4KHQA 3HM9A 4DU4A 3L3UA 1MU2A 3HPOA 1Q8IA 1TK0A 2XY7A 3SCXA 1NK6A 4ELTA 3O3HA 1X1PA 4I9QA 1T03A 1ZBLA 3HXMA 1JLCA 4C8OA 3PX6A 3PO4A 1RT4A 3RR7A 1JL1A 4OLBA 3NFAA 3AVFA 2HHXA 3AA2A 3VQ9A 2D5RA 4N76A 3NGYA 4Y1CA 3TARA 1EETA 3C94A 3VQCA 3OYAA 4DF8A 4ZHRA 1L3TA 4KRFA 1C0TA 4CGFA 2IS3A 1QHTA 4CIFA 1L3VA 2PYJA 4B08A 1TGOA 4EZ6A 4OGEA 3NF8A 4DSFA 1KLNA 1TKXA 3SQ4A 3LALA 3K5NA 4I2PA 4DTMA 2ITGA 4G1QA 3M8SA 1TAQA 3V9WA 4M3TA 4QOZB 4M3YA 3OY9A 1TK8A 2Z1JA 2IGIA 3HPHA 4C8NA 1TKDA 1BI4A 4M3UA 1FKPA 1VRUA 4CJEA 1SKRA 3HK2A 3KIOA 4DFMA 3KD1E 1JLBA 4DU1A 1SKWA 1XI1A 4CGIA 1RT6A 3KKSA 3NH0A 4IFVA 1HNVA 3OYHA 4FLUA 3TAMA 5CY4A 3NE6A 1QTMA 2G8IA 1NJWA 1VSDA 3QLHA 1FK9A 2YKMA 1KVCA 3L8BA 1RBRA 4OVLA 3VA0A 4DS4A 1S1WA 1WSIA 3DLKA 3QEXA 4WE1A 1XHXA 1WLJA 1UOCA 3RR8A 3FFIA 4B9LA 4PUOA 1TVRA 3WNFA 1VSLA 1NOZA 4EP4A 1NK4A 5HLFA 1RDAA 3OYMA 4RW7A 2YNFA 3VQ5A 1G15A 3S3OA 2YKNA 2IDOA 2HHUA 4FJGA 3ISNC 3L2UA 3PV8A 4B9TA 3PO5A 3UIQA 3KK1A 4CJPA 5J2QA 1VSHA 3RMBA 1J53A 2G8UA 4CGJA 3K5OA 2QK9A 4FJ7A 1KFDA 2Q3SA 4KPYA 4FJ8A 3C6UA 3RRHA 3L2WA 1IG9A 3OS1A 1JLEA 5K14A 4N56A 5DK5A 2LSNA 3MECA 3KJVA 2OZMA 4E0DA 1IKXA 3S9HA 1JLAA 3NH1A 1A5VA 3PY8A 4E89A 4FJXA 1LWEA 4FK4A 1HQUA 4I2QA 4W5NA 4CHOA 3OYEA 4FLZA 2JLEA 3VQ6A 1S1UA 4CJFA 2G8HA 3RWUA 3TANA 4AILC 1LAVA 1D9DA 3TAEA 4E19A 3AO2A 2XY8A 5HRSA 3LPUA 4BDYA 5I3UA 2HNZA 4ZTJA 4I7FA 3H08A 2PZSA 1S5JA 4FJIA 1HQEA 2YNHA 4M3RA 2P1JA 4CJ4A 3SQ0A 5FRNA 1XC9A 3K5MA 2Y1IA 1RT2A 3M8QA 4KHSA 1TL1A 3SUQA 1NK7A 4XIUA 1X9MA 4F2RA 1WAFA 3TAPA 4HUGA 4OPKA 5FROA 4CF2A 2KFNA 1BIZA 4CJRA 3K5LA 2F96A 3OYNA 4B9SA 2X6SA 4MQ3A 3QEVA 3KTQA 4DF4A 4OKEA 2FC0A 4CESA 2EX3A 4CJKA 4LD0A 2O4IA 3DRSA 1QSLA 1JLQA 3AA5X 2FBVA 4CHNA 3AV9A 3KLGA 2G8VA 3VN5A 4ICLA 1HJRA 1C6VA 1S1TA 1JKHA 3AVJA 3QETA 4LY7A 2XHBA 5T7BA 3V1OA 4KFBA 2HMIA 3B6OA 1TK5A 2KQ2A 2P5OA 5FRMA 3K58A 2X6NA 1XWLA 2OPRA 3PX4A 4KB0A 4M3ZA 1YTUA 4QCLA 1RILA 3OS0A 4F3TA 1LAWA 4DMNA 4Q5VA 4DS5A 3HVRA 1GOCA 2YV0X 3AO3A 4CGHA 3V4IA 2PY5A 3NDKA 3D0PA 2AJQA 4E1NA 1U48A 3AVMA 3ZSYA 1TKTA 1Z26A 1TV6A 1VSFA 5J2PA 4F3OA 4OLAA 3HP6A 3JSMA 2IAJA 4ZTFA 1B9DA 5HROA 1FXXA 3LDSA 4NCBA 4KHYA 4CHYA 4AHRA 4IG0A 4CEBA 4CFAA 2IC3A 4CEOA 5I42A 1NKCA 1RBVA 3AVIA 3VQQA 4E7JA 1UA1A 1SL1A 3AVHA 2NUBA 3ZT4A 4FZZA 4OKKA 1WSJA 3CQ8A 3QEIA 4NCGA 3DI6A 4E1MA 3MEGA 1HYZA 3OYJA 3QERA 3OS2A 3AA4A 3HVTA 4H4OA 4AHSA 4J2AA 3NBPA 4DTJA 3LP2A 2XO7A 1EKEA 3HPGA 4CEFA 2XY6A 1RTJA 4JRPA 1NK0A 1Z25A 4O0JA 3VQEA 3WNEA 4W5OA 1U4BA 2PYLA 2OYQA 1UWBA 4LSNA 5JS2A 4DTPA 3MEEA 1EXQA 1NK8A 4R5PA 5CZ1A 4CHPA 4PWDA 1KFSA 3OVNA 4KI4A 2VG5A 5HRRA 4ID1A 1BHLA 3RRGA 3LANA 4BDPA 1BISA 4LSLA 4FLYA 1RTDA 1LW2A 5KRSA 2P51A 1NJXA 3D45A 4HUEA 4DTUA 2YHAA 2RKIA 3BGRA 1Q9XA 5KGWA 3AVLA 3AVBA 2G8KA 3VQ7A 2HHVA 5CYQA 4PA1A 4CJUA 1BL3A 3OYBA 4E3SA 1C0MA 4HVJA 4FLTA 1YVUA 2YHBA 3AA3A 4O55A 2FBYA 3VQPA 4HTUA 4AHUA 4E7LA 1WSHA 4CE9A 1QE1A 1RT7A 4HCBA 3TAQA 1L3UA 4NYNA 3O3GA 1QQCA 2DFEA 4CCHA 1BCOA 4ELVA 3DYAA 1B92A 2VG7A 1RDCA 3NH2A 2WOMA 4QAGA 4Z0UA 4KKOA 3ZSXA 2Z1IA 4KV8A 4I9LA 5E41A 3T3FA 1X9SA 4KB1A 1WSGA 3OYKA 1W0HA 2ZD1A 1J5OA 1QSSA 3O4QA 4CF9A 3HT3A 3ULDA 2G8FA 1BIUA 4FJ5A 4Q0BA 2KZZA 1NJZA 3AVCA 2KW4A 3QNNA 1VK0A 4Z4HA 4EZ9A 1KVBA 3CFRA 3JYTA 1LV5A 4Z4IA 4IKFA 4DQQA 3U6FA 4B9UA 3M8PA 4E7IA 5HP1A 5SWMA 3QIOA 1ITGA 4CK2A 3S3NA 1T05A 4KHUA 2A1RA 2OPSA 4KTQA 2X78A 4FM2A 2A1SA 3AVNA 1VSJA 4ID5A 3ZSVA 2BDPA 4CJLA 1RT5A 3AVKA 3KK3A 3SJJA 4B9VA 2YNIA 4DSJA 4W5TA 1I39A 3ITHA 1ZBUA 4FLVA 1RDBA 4KTZA 3LZJA 3QNOA 3TAGA 4EP5A 3V9ZA 4CEQA 2WONA 2ATQA 3NGIA 3WNGA 4DLEA 4Z4FA 3VQ4A 3ZSQA 3O4NA 4W5QA 3SYZA 3ALYA 4CFBA 1HYVA 3CFOA 2YNGA 3IG1A 2F8TA 4N47A 4DTXA 4DTNA 5SZTA 3DLBA 3HO1A 3DLGA 4F2SA 1LWCA 4DTRA 3BDPA 1DTQA 4RW6A 3TAFA 1UAXA 3SPZA 4DQRA 4CGGA 3KD5E 4BE0A 1I3AA 4KI6A 3VQDA 5EU7A 2IOCA 3V1QA 3OYLA 4F8RA 4FM1A 3V9SA 1HRHA 4JS4A 1IKYA 3G10A 2XRIA 2DTUA 5D3GA 3HP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z94A 4DLGA 1CXUA 2A41A 3NF6A 4H4MA 1NOYA 4C8MA 4OKJA 1Q9YA 5JS1A 3QMLA 3RMAA 1N8RO 1Z05A 3CMAN 1VQ4N 2BANA 2GWKA 4CK1A 1TKZA 5F2RA 2Y1JA 3NHGA 3S3MA 1REVA 4FPBA 4Y1DA 2E1ZA 4B8CA 4YDUC 1GLCG 1FKOA 4JI8K 4PHTX 1RTIA 1VQ6N 1S1XA 4OGCA 3SPYA 2ZGZA 4BC3A 3SV4A 2QXLA 3L0QA 3O9SA 3ZSWA 4BRAA 1K73O 1M1KO 5HOOA 1GOAA 3ID8A 1VQ7N 4WFNL 2Z1GA 3WEEB 4B3TK 2P9IB 2W42A 2D0CA 1JLFA 1KTQA 4DWIA 1RFQA 4QS8A 1N32K 1O1WA 1OVYA 1S1VA 2FBTA 4CGDA 3FE1A 1JCGA 3ZX0A 3EKUA 4M3WA 3ZSRA 5J1EA 2VYPA 4O5BA 3N4PA 5AQVA 3MWPA 3P38A 3TR8A 2HHHK 1KC8O 3CYMA 3R9PA 2O8CB 1IG8A 3J7YP 4JI4K 3DMJA 1J54A 3A2FA 2F8SA 4IDKA 1T8EA 4LF5K 3A8YA 4ILGB 2JWKA 4KH5A 1TYQA 3AVAA 3IMXA 1K6YA 4CZHA 4K8ZA 3MAQA 3E66A 2CH5A 3BP8A 4HUFA 4NCAA 1W7AA 2Q97A 5M1KA 4B8AB 2P5GA 3D7EO 3HJFA 1BQMA 1NGGA 4IG3A 4BRKA 3E01A 3BZCA 2HHWA 1ATNA 1VQNN 4ELUA 1QSYA 3ATUA 5C2DA 5J2NA 3CQYA 4H0TB 1YT3A 3WQTA 3JS6A 3OYIA 1KCFA 4K8XA 5TKWA 3ZSOA 4CF1A 4PQUA 1NGCA 1K8KB 5LJVA 4OPJA 1EWRA 4A2BA 3CJAA 1NGEA 5LMUK 1L3SA 2HOEA 1WN7A 3PSIA 3K2PA 5KRTA 1LW0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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