4B8CA

Nuclease module of the yeast ccr4-not complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
280
structure length
267
Chain Sequence
PIFLPPPNYLFVRDVWKSNLYSEFAVIRQLVSQYNHVSISTEFVGTLARPIGTFRSKVDYHYQTMRANVDFLNPIQLGLSLSDANGNKPDNGPSTWQFNFEFDPKKEIMSTESLELLRKSGINFEKHENLGIDVFEFSQLLMDSGLMMDDSVTWITYHAAYDLGFLINILMNDSMPNNKEDFEWWVHQYMPNFYDLNLVYKIIQEFKNQYSLTTLADELGLPRFSIFTTTGGQSLLMLLSFCQLSKLSMHKFPNGTDFAKYQGVIYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/cell cycle
molecule keywords POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
publication title Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 267
sequence length 280
chains with identical sequence C, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4b8cA00
5KGXA 3OS0A 4W5RA 1LAWA 4Z4IA 4C8LA 4FM1A 4CEQA 3SI6A 2QKBA 2OZMA 2G8UA 1HQUA 1NJXA 4FM2A 3HJFA 1CLQA 3KLGA 1TAUA 4RW6A 4M41A 4KRFA 3K5MA 4CHPA 3LWLA 1IKWA 3M8RA 1YTAA 3DLHA 1IKVA 4C8MA 2KQ2A 3MECA 1SUQA 4CF2A 3RRGA 4DSLA 4FLZA 5DMRA 4DTNA 4Q5VA 3SUQA 3KJVA 1L3TA 4NCBA 3D45A 3HYFA 1QSYA 4M42A 3AVJA 3NBPA 1D5AA 3LZIA 3B6OA 2HHXA 3ITHA 4DTOA 2F96A 3U6FA 1ZBLA 1JLEA 1WSGA 1IH7A 4JS4A 3L2QA 4AHRA 3HVRA 4CK3A 3CM5A 4R5PA 1S1WA 2KFZA 3V1OA 3NGZA 3HT3A 2HHUA 4CIFA 4FJGA 4F2RA 1CXQA 4AH9A 1RDAA 4OPKA 4F3OA 5HBMA 1ZBFA 4OGEA 4CJVA 2DFHA 2YKMA 3AVNA 4FZZA 2E4LA 1J54A 4Q0BA 3DOLA 3QEWA 3L3UA 1UWBA 3CFOA 2F8SA 2HNZA 1QQCA 3S3NA 1XHZA 2BANA 3HVTA 4I9LA 4UQGA 2R7YA 1RBUA 4FK0A 2GBZA 2VG5A 3U3GA 4DTXA 3QEPA 1JXBA 3C95A 3LPUA 3LP3A 3AV9A 3AO3A 4IDKA 3OYMA 2YHAA 4B8CA 3MEDA 4FLWA 4DFJA 1XI1A 1LWCA 3V1QA 1KFDA 1K6YA 4CJKA 3OJUA 4GMJB 4CGIA 4DF4A 1JLBA 3RMCA 4CF8A 3RR7A 3P1GA 4FJMA 4CJTA 1WN7A 5SWMA 2QXFA 1D8YA 3NE6A 3RMDA 3A2FA 3SQ1A 4KREA 3ZT1A 2VG6A 2OPRA 1C1AA 5I42A 4WE1A 1S6PA 4MFBA 3QEIA 3KD5E 4G1QA 3OVNA 4DLEA 4W5TA 1HJRA 1QHTA 5C25A 2IOCA 2O4IA 4CGJA 2XHBA 2D5RA 3ZT4A 3LDSA 1JLAA 4CESA 5KI6A 2ATQA 4I7FA 4BDYA 1VSEA 5FROA 4RW4A 3DM2A 1FKOA 4B9SA 4CK2A 1JL2A 1RT4A 1VSJA 3NGYA 5KRTA 1BIZA 4QCLA 4O55A 3L3VA 1WLJA 4W5QA 4DF8A 3TAGA 1T05A 2JLEA 4HUGA 3ZSZA 4PQUA 1HQEA 3ZSWA 1C0TA 3IRXA 3OYJA 1ZBIA 3CG7A 3SCXA 3LP1A 1S6QA 2OPSA 4DTPA 4N47A 2G8HA 3HPOA 4KTZA 2PY5A 4Z4GA 2QK9A 4F2SA 4CFBA 5FRNA 1BCOA 3V9SA 1DTQA 4DTRA 1C6VA 1JKHA 3ASMA 3MXJA 4OVLA 4RG8A 3EYZA 1KRPA 2OA8A 1BL3A 2EHGA 4ELTA 5D3GA 2FBYA 5C42A 3V9XA 1U4BA 2HB5A 1N6QA 4CF9A 2X6SA 1A5WA 2DFEA 2YHBA 3VQEA 1RDDA 5J2MA 4FJJA 1Z26A 3DRSA 4AHTA 2G8VA 4DG1A 4F8RA 1SL2A 3TANA 3VQ7A 1WAFA 1S9EA 2I5JA 4CF1A 4BE1A 3LALA 1RCHA 1REVA 3LP2A 4B9TA 4CJ4A 4O0IA 4HVJA 3EY1A 3QO9A 3KTQA 1NJZA 1S1TA 1Y97A 4E89A 1JLGA 3O4QA 1WSHA 3WNHA 4B08A 3TAEA 2Y1JA 2HVHA 3DYAA 1RBRA 1NKEA 3TWHA 1KSPA 4Z4EA 4BWMA 2KFNA 3SV4A 3VQCA 3IG1A 4QOZB 3VQ6A 1ASWA 1BISA 1CZBA 4N56A 4AILC 2IGIA 1LAVA 1VSDA 3ZT0A 1QSLA 2G8WA 2F8TA 4OKKA 3SQ0A 4E7HA 1TAQA 4E0DA 4CEDA 4ID1A 1S1XA 3V9UA 2XY6A 4JLHA 1UA0A 1J5OA 1EXQA 2VWKA 3DRRA 1R0AA 1F21A 3OYEA 3VQ8A 4CEZA 2HNYA 3MXMA 4CJWA 4DQSA 3VQ9A 4YNQA 2HVIA 3THVA 5HRPA 1G15A 1SV5A 3QLHA 4NCGA 3ZSYA 3ZT3A 2KZMA 1B92A 4N5SA 4IG0A 3ZT2A 1X1PA 1NK7A 4JS5A 4BACA 4ELUA 3VQBA 3HP6A 2HHWA 4FLXA 3AA2A 2P5GA 2EX3A 4KHUA 3QIOA 4DQIA 1O1WA 3NF7A 1HYVA 4BWJA 4E1MA 1HYZA 4K8ZA 2HHTA 4EZ6A 1I3AA 3BGRA 1C0UA 2ETJA 3NDKA 1TGOA 2OPPA 3H08A 1WSFA 3KKSA 2HMIA 4BDPA 4J2EA 4CEFA 4CERA 4Z4CA 1BI4A 4RW7A 1N5YA 4KAZA 1ZBHA 3DLGA 3AA4A 4CJPA 4CJLA 3SZ2A 1BCMA 2A1RA 4CHZA 4OKJA 3P83D 4ICLA 3K57A 4O5BA 3NF9A 1X9SA 3MEGA 2G8KA 3OYIA 3KLFA 4B9NA 4LH4A 3OS1A 4DFPA 4EP4A 3S3MA 5HRRA 4DSFA 3ZSQA 1Q9YA 4KHYA 4FJNA 2XY7A 3I0SA 3LANA 4RW9A 2OPQA 3DLKA 2HW3A 4IFVA 1RTHA 4AHUA 1UA1A 3LAMA 3WNFA 3UIQA 3AVKA 1X9MA 1VSFA 3G0ZA 4IFYA 1RBVA 4CEEA 1VRTA 3S3OA 2D0CA 3NF6A 5CYQA 4J2DA 3T1AA 1DLOA 4KB1A 4ZTFA 4EZ9A 3VQDA 1A5VA 4OGCA 5FDLA 2G8IA 4CCHA 3G10A 1U45A 1TKDA 2XY8A 3AO4A 3HL8A 4Y1DA 5T7BA 1NK8A 1ASVA 3RTVA 3QEVA 1RDBA 1RT6A 3V1RA 5J2PA 1BIUA 1GOAA 4CJQA 1CZ9A 1C0MA 4GW6A 4KO0A 1QTMA 3LWMA 3SQ2A 3SPYA 4MQ3A 1S1UA 3TAMA 4ZHRA 2JGUA 3L2UA 2E6LA 1XC9A 4B9UA 1NJYA 4OJRA 2OZSA 4CJRA 1HNVA 5CY4A 5J1EA 1Q8IA 1RTJA 3QERA 5HP1A 3O3GA 4FCYA 3QNNA 1NJWA 1KLNA 4FJXA 3V9ZA 2IC3A 1BQNA 4W5OA 1RT2A 3OJSA 2VWJA 4DQRA 3DLBA 2PZSA 2YV0X 3MEEA 4AHSA 1UAXA 2Z1JA 3L2VA 3NAEA 1RILA 3KLEA 2O4GA 1I39A 4DSIA 3D0PA 4NYNA 1HMVA 3F73A 3O4NA 1TL1A 4E1NA 4J2AA 5JS2A 1T7PA 4KTWA 4FW1A 5CZ2A 4HTUA 3QEXA 4C8NA 1FXXA 1KLMA 2RN2A 3SV3A 2G8FA 3V9WA 1NOYA 3ZSRA 2P5OA 2B6AA 2ZD1A 3DMJA 2B4JA 2B5JA 3RWUA 4CK1A 2X6NA 5DK5A 4DFKA 3B6PA 3HSTB 4LH5A 4JRPA 4FLTA 3PX0A 2X74A 4Z4HA 1C1BA 3OS2A 1W9HA 3AO1A 3OYGA 4PUOA 2D0AA 3WNEA 2W42A 1ITGA 2KZZA 3NHGA 2HHSA 4CGHA 3LZJA 3M8QA 1RT3A 1GOBA 1VSMA 4DTUA 1YT3A 1YTUA 1NKBA 3K2PA 3VQ4A 1KFSA 3V6DA 4DSKA 4KI6A 5SZTA 4DSJA 4C8OA 4B8AB 3NH2A 1FKPA 1VSKA 3K5LA 3TARA 1HNIA 2ITGA 2P51A 1TKTA 4B9LA 4PWDA 4E7LA 1UOCA 3KIOA 4DS4A 3VN5A 1RT5A 3SUOA 3F9KA 3AVLA 3NH0A 3PX6A 3SUPA 5HRSA 1SL0A 1RTDA 3RMAA 4KB0A 4FJIA 1QE1A 3OYBA 3T19A 3KK3A 1TK5A 1U49A 1EETA 4XIUA 4E7JA 4AHVA 1C1CA 4CEAA 3JSMA 4DTJA 3HK2A 3I0RA 4O4GA 2RF2A 3K5NA 4B9MA 2PYLA 2NUBA 1RDCA 4F4KA 4FJ5A 4NCAA 4M3ZA 1KTQA 4M3TA 4GVMA 1KCFA 3HPGA 4DTMA 4CFAA 4FLVA 1NKCA 1EX4A 1VRUA 4C8KA 4K8XA 4KHSA 1LWFA 3VQ5A 2GV9A 1HYSA 1WSIA 1RNHA 3OY9A 4HCCA 4LSLA 2RPIA 4E19A 4Z4FA 2FBVA 1WSJA 1VSLA 4CIGA 3SNNA 3RRHA 4FLUA 3PV8A 1X9WA 4PA1A 4BDZA 1TVRA 2IS3A 4FJ8A 3SUNA 5KRSA 2YNFA 3NFAA 2KW4A 3CQ8A 4DU3A 3EZ5A 4FM0A 3ZSXA 4CEOA 3OYCA 2YNGA 3C94A 4CHQA 3RR8A 2ZE2A 4H4MA 3OYAA 2BDPA 4M3UA 1J9AA 1LW0A 3PUFA 5K14A 4CJ5A 1ZYQA 4DMNA 3T3FA 3WNGA 4FW2A 1IKXA 4E7KA 1TV6A 1XWLA 1B9DA 2Z1HA 1A5XA 1LWEA 3ZSOA 1LW2A 4O0JA 5J2QA 4L8RB 4KHWA 4KHQA 4IKFA 4RW8A 4AHCA 1ZBUA 1CXUA 3AA3A 5KTQA 4DS5A 4CHNA 3ZSVA 5FRMA 4HUFA 4CF0A 3I8DA 1BGXT 1HRHA 2IAJA 3IAYA 4JRQA 5I3UA 5J2NA 3HP9A 1D9FA 4FZYA 4NYFA 3M8SA 5CYMA 3RMBA 2Z1GA 4HHTA 4HUEA 3SJJA 2A1SA 3QESA 3L2WA 3K5OA 4LD0A 4CECA 3CM6A 1VSHA 4EP5A 4FJLA 2DTUA 5JS1A 3DLEA 1J53A 3TI0A 1TK8A 1D9DA 1RT1A 3HXMA 3ULDA 4PY5A 2HHQA 2BE2A 3ISNC 3HM9A 3TABA 2Z1IA 3P5JA 1JLQA 4QAGA 3M8PA 1TL3A 4IBNA 3CFPA 1RBSA 4Z0UA 4DTSA 3KLHA 4CJUA 5CZ1A 3AVCA 1HPZA 4FK4A 4W5NA 1JL1A 1NK6A 3QETA 5KGWA 1SKRA 4CFDA 3O3HA 2PYJA 3U3YA 1IKYA 1NK9A 3C6UA 1BQMA 3OYLA 3QNOA 4Y1CA 5C24A 3V81A 4OKEA 3DI6A 4I2PA 3SQ4A 4FK2A 3PY8A 1W0HA 1S5JA 1YVUA 4M3WA 1WAJA 2RKIA 2YNHA 3KKRA 5HROA 4CJ3A 1NK5A 1LV5A 4DQPA 1L3VA 1B9FA 1RT7A 3AVMA 4YFUA 3NH1A 1L3SA 4H4OA 4OLBA 1T03A 2XO7A 4CGDA 4F3TA 3CYMA 1NK0A 1MU2A 4M3YA 4DQQA 2DFFA 5HRNA 4O44A 4I2QA 2VG7A 2BGGA 2FBTA 3ZCMA 4B3OA 4KV8A 3HPHA 1TKXA 4CGGA 2P1JA 4FJ7A 2IDOA 3TAFA 3SPZA 4CJEA 2DY4A 3AVGA 5EU7A 2FC0A 3KK1A 3OYHA 3JYTA 1L5UA 4DWIA 1WSEA 2Q3SA 2YNIA 4FJ9A 3HO1A 2AJQA 4FLYA 3CFRA 4KKOA 3VA0A 4B9VA 3LAKA 4DFMA 1EP4A 3FFIA 1VSIA 4CJFA 1GOCA 4OPJA 3L2RA 4ELVA 4M3XA 2FBXA 3AVAA 2LSNA 1TK0A 4E3SA 3ALYA 3QIPA 4FYDA 3S9HA 1S1VA 1RBTA 3IS9A 1Q9XA 3KD1E 3K58A 4LSNA 1KVBA 1IG9A 1RTIA 4FXDA 3LPTA 3MAQA 4DLGA 2HHVA 3NCIA 4M3RA 1U47A 1WNSA 1XHXA 2GUIA 3V4IA 1QSSA 4ID5A 1NOZA 1NK4A 1SKSA 4N76A 1TKZA 1L3UA 1T8EA 3OYNA 3AVHA 4I9QA 3NGIA 4OLAA 4KPYA 4CJSA 1VK0A 3TAQA 4ZTJA 1JXEA 2WOMA 2HNDA 2YKNA 4M45A 1FK9A 3L8BA 1QS4A 3VA3A 1IO2A 2QKKA 2D0BA 4KFBA 4TSXA 3PO4A 4N41A 3C6TA 1U48A 1S9GA 3QINA 4CIEA 4BE0A 4J2BA 1KVAA 3AA5X 3E01A 1SKWA 2KTQA 5E41A 3VQPA 3AO5A 4E7IA 1Z25A 4CHYA 4DU1A 4HCBA 4KI4A 3DOKA 4FVMA 3BDPA 5HLFA 3SYZA 2OYQA 2ZQBA 3KK2A 3DRPA 3OYFA 4FJHA 3PX4A 3O3FA 1SL1A 4CFCA 4CHOA 3PO5A 3VQAA 1BI4B 2X78A 2XRIA 4CGFA 4IG3A 3K59A 1JLCA 3OYKA 2XY5A 2Y1IA 4LY7A 3NF8A 4BE2A 3KLIA 1U04A 3AVBA 4DSEA 4FZXC 3AO2A 3OYDA 1EKEA 3DLRA 1ASUA 3MXIA 3VQQA 2WONA 3TAPA 3AVIA 1KVCA 4KTQA 4CEBA 3LP0A 4H8KA 3TR8A 4DU4A 1JLFA 4CE9A 4FJKA 3AVFA 1BHLA 1DTTA 2E6MA 4KHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKHA 4W5RA 4Z4IA 4JV5K 4C8LA 1KAXA 4FM1A 3SI6A 2QKBA 3DWLA 2G8UA 4BRDA 1NJXA 3HJFA 4DR2K 1IV0A 3CD6N 2YX6A 3K5MA 4JK8A 1YTAA 2O8DA 2QWQA 1KD1O 3DLHA 3RRGA 5AQLA 1GLCG 5DMRA 4DTNA 4XH5A 3DXMA 1L3TA 1QSYA 4M42A 3AVJA 3NBPA 3Q7CA 4WQ4C 1LOTB 1JLEA 1IH7A 5M1OA 1QVGM 4H03B 4R5PA 3HT3A 3THXA 4QS9A 3ENOA 1DGKN 4F3OA 4OGEA 3ZEUB 2DFHA 3AVNA 2GTDA 4FZZA 4AM6A 3QEWA 2KLAA 1MWMA 3L3UA 4JKEA 2HNZA 3S3NA 4I9LA 2VGNA 5C15A 2FXUA 1W2BM 4IDKA 4MLHA 4FLWA 1XI1A 1KFDA 5I9EB 1N32K 4FWSA 1JLBA 4CF8A 1WN7A 5SWMA 3RMDA 2F9TA 1RDUA 2FSKA 4CBXA 1DEJA 3KD5E 4G1QA 1HR0K 2O8BB 2ASMA 4W5TA 1BA0A 2O4IA 1WBBA 3CCLN 3GDQA 2D5RA 5FPNA 3LDLA 4BDYA 5FROA 4CK2A 1RT4A 3MCAB 4O55A 5F0XA 2Q2RA 1T05A 4I6MA 5JLFA 1HQEA 3IRXA 3C7NA 1YI2N 3LP1A 3R9PA 2OPSA 3L4IA 4KTZA 4YORA 4DTRA 1C6VA 4OVLA 3EYZA 1KRPA 5D3GA 4ELTA 2EHGA 1N6QA 4H5NA 4CF9A 2DFEA 3DRSA 3ENHA 4AHTA 2G8VA 4DG1A 2QWLA 3VQ7A 1WAFA 4BE1A 4E1JA 3G71N 4FWQA 1REVA 1Q81O 4JKHA 4CJ4A 3EY1A 4HVJA 1JCGA 2D1KA 3CC7N 3WUHA 2VGMA 1S1TA 1JLGA 3O4QA 1WSHA 3WNHA 4B08A 3DYAA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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