4BI5 | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNDEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region. pubmed doi rcsb
source organism	Giardia intestinalis
total genus	84
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bi5A00

7TIMA 5LHEA 4H6KA 1XM3A 1AG1O 3R12A 1KFBA 5D33A 2P1FA 1M6JA 4JYEA 4RV8A 1JCNA 1A50A 5AHLA 1JULA 3THAA 3KFTA 1XDLA 2NX3A 1GTHA 4FHAA 3EKLA 1O95A 2DZTA 5LNUA 2YW3A 4UTJA 3HJZA 3A5VA 1ALDA 3W2KA 4QQ3A 4MZYA 2DP3A 4UFMA 2E6DA 1W5MA 5DBUA 3WK3A 3P5YA 2WNQA 4AF0B 1OK4A 3KHJA 4YLWA 3MWAA 1OK6A 1ME7A 3PS7A 1KTNA 4K39A 2RDWA 2EHHA 4JR5A 1K7FA 1LZOA 1FXQA 4N4QA 4FEZA 1TPVA 1TRIA 2CZEA 1A5BA 4I7VA 4UMAA 3L0GA 1LROA 3SGZA 3NQ2A 2BTMA 4WOZA 5D04C 5T26A 1IIGA 2Y7FA 1H7WA 2QCHA 3LHWA 5LNSA 3A5FA 1RQBA 4N9BA 3C2RA 3RU6A 2VKZG 3O1NA 3TAOA 4N6FA 1AL8A 2WV8A 5KITA 3LX9A 4PC8A 5E1QA 3EEGA 3CU2A 4AMAA 1OG0A 2ATSA 4DO6A 4MY8A 1P0NA 4PA8A 4X9SA 4DBEA 1NVMA 3BW3A 4FX7A 4DO5A 1I2OA 5LSMA 3IGXA 2E5CA 3C4UA 4HPJA 2A4AA 2ZZ6A 1K8ZA 1TRDA 5CPNA 4DBDA 1D3HA 3WJWA 1QO5A 3HPSA 2XFWA 2ZRVA 3SR7A 4P2VA 3TDFA 1I8JA 3B4UA 1Z42A 1U83A 1KFLA 1HO1A 4PTNA 4CNOA 4KFPA 1KFEA 3BLFA 5CG7A 3Q37A 3MHFA 3IV3A 4FIQA 1BWLA 2NUXA 1AW2A 2C18A 5DY2A 2E5BA 3NOEA 3LCIA 1OX6A 2TMDA 3TKFA 4UUIA 1H62A 5C54A 3TU9A 1JUBA 3O05A 2YFOA 1VHCA 2XN2A 1GYNA 4S1FA 4ZQOA 2QEZA 4RKAA 3LHVA 1Y0EA 3QQ0A 4JIQA 1H51A 4IOTA 1PHQA 2GQAA 4M7TA 2P10A 4FXSA 3L68A 1B9BA 3MI3A 2DZWA 1EP1A 1SW0A 5D2VA 2UV8G 3TQVA 4IMDA 1YPFA 3U2OA 4O1DA 4UNLA 4ZQMA 3G24A 4LVGA 3B0VC 3W7CA 4EVZA 2VFFA 4JDYA 3IRDA 4O14A 3DFQA 2ABBA 5CKSA 4UTKA 3NZRA 3TX9A 3STFA 4AXKA 5BRBA 4S2CA 1F74A 2W6RA 1QPNA 4POCA 5C6MA 4Z1BA 3UWWA 4FF7A 3W3OA 3P7YA 4MZ8A 2CLHA 4M6QA 1P0KA 3F03K 3GAKA 4LWWA 3UY8A 6TIMA 3KAOA 3HGRA 4BI5A 1UCWA 3ATYA 2CLMA 2X1SA 3Q94A 3H55A 2O7QA 3GYEA 2NLIA 4AB4A 2AQWA 1Q45A 1OFPA 1ZALA 2FIQA 2ZA2A 4ONVA 3TK7A 1H63A 4DELA 5EL1A 2V30A 3DU0A 5HWJA 3R13A 4OT7A 5D2WA 1O4UA 3ZWTA 2H3BA 1GQNA 3TJXA 2JKAA 2AAMA 1OFOA 1TV5A 3F4NA 2BLEA 1R2RA 2VFHA 1EB3A 1LBMA 3INPA 4O16A 1F05A 1S5VA 1TJRA 2A21A 3GDRA 1G69A 5DCEA 3TC6A 3UWVA 2CLEA 3IIZA 3UQNA 4O1AA 1EWEA 1OX4A 1FXPA 5F4SA 5L9FA 4RK8A 3NQGA 5HUOA 2GVGA 2A7RA 4LVAA 3FJLA 5DY3A 2ZZ5A 5EY5A 1H61A 3L65A 4FNSA 4IXXA 4JTFA 5C5YA 2J9ZA 1RZMA 2ZRXA 1Q6OA 5D03A 4GUJA 3HGJA 4X3ZA 2QUVA 2QCDA 3HG5A 5LGXA 4D2JA 2Y89A 1YYAA 3LERA 4XZ9A 4NU7A 3BW4A 2CLIA 1HUVA 3GXTA 1L2UA 1LYXA 4TO8A 4WXYA 1OYCA 3RMJA 1SO3A 2J9YA 4GUGA 1W5OA 3DKJA 1XKYA 1F6PA 4ORMA 3TAKA 1PCKA 5CZSA 4UR8A 3TROA 3UXAA 1H7OA 5I3IA 1K02A 1EIXA 2EGZA 3I7SA 3A24A 3N2XA 5I3JA 4U4MA 1FWTA 4KFNA 3FFSA 1EPXA 1KBIA 4HNNA 4NX5A 2VFIA 1OX5A 3PR2A 3TNOA 3CHVA 4K6AA 5H2ZA 1TB3A 4RZ4A 3IEBA 1LDCA 3FLUA 4JN6A 3MP5A 5G4EA 3M7WA 5TIMA 3STGA 5AC7A 2WO5A 1NFBA 3WK1A 4LY8A 3E96A 3K30A 1KW1A 4W9TA 5G4WA 3ZR4A 4Y6GA 1VJIA 4JX6A 4CQ9A 4UC5A 2FJKA 3W2UA 5FEWA 4NUWA 4MKNA 2X2GA 3SIZA 4HIBA 3GB6A 1GVOA 3SZ8A 2NXHA 3TW7A 1FCUA 1J4EA 3KOFA 3W7LA 5DXXA 3DFPA 2B7NA 3SW6A 3PBYA 1G4SA 4HNUA 4L4LA 3R5EA 5AYZA 2A7PA 1OJXA 2O7SA 3IGUA 2OZ0A 2EPHA 3EXSA 4PH6A 5G2WA 3TXZA 4I7WA 3S5ZA 2CLOA 1NEYA 2OT0A 1TMHA 3EX6A 3P74A 4UTMA 5J5RA 1TQXA 5FESA 2IQTA 3O6YX 3UD6A 1SSGA 3G8RA 6ALDA 4PL1A 1YXDA 4WUIA 5HMSA 2V0TA 2CU0A 5F1VA 1ZAJA 4JXCA 4MYXA 3GAYA 3IIOA 4DQWA 1VCFA 2JK2A 1W5NA 1P5BA 1UJPA 3SECA 1QMLA 4O1BA 2V82A 4MJZA 1VRDA 4Z08A 4B5NA 2I9EA 3SSJA 4NJGA 4LUIA 4M19A 4LVBA 1SW3A 4NX0A 1JCLA 3GR8A 5D2XA 1KFJA 2RDTA 3TFXA 3A9IA 4O0KA 4N9CA 1GTEA 1KTBA 2YYUA 5D2TA 2A7NA 2X1TA 3W7KA 4CLMA 4LS0A 4IPIA 3UWQA 3VI2A 4UFJA 3N34A 4JY8A 4CCCA 3S0CA 4NJHA 1MEHA 1TPH1 1VYRA 4FO4A 1K03A 3G1XA 2ZQ0A 4NJJA 4YWIA 3W74A 3E02A 5EBUA 2H6RA 2I1OA 2ZYFA 2FLIA 4EOUA 3T40A 2WQPA 3RNDA 3W1XA 3T78A 1N7KA 3QQ1A 3W84A 2X1RA 4XBSA 4LVDA 3HPZA 3C2VA 1SFJA 3UPWA 5D2YA 3W7DA 3QSRA 1KV5A 1H60A 3NAVA 4UTUA 3KRUA 4MY9A 3EWWA 3MHGA 2GJNA 3M5ZA 1QFEA 4LTSA 2V9DA 1BKSA 1RPXA 3GNNA 1U5JA 4KWVA 1QCWA 3F1QA 2QAPA 4IX2A 3TJLA 3B0UX 5DBTA 1TJPA 2HS8A 1W3TA 4AEOA 5F4XA 3DAQA 4UR7A 1LOLA 1SUXA 4Y9AA 3UPBA 5F4WA 4UXDA 1GG1A 5D09A 4UTTC 5FEPA 4PEKA 1SZEA 2NX1A 4XTDA 4Z0SA 1RD5A 1XUUA 5DCBA 3W7RA 2V2DA 3PVFA 4GWEA 1QPQA 3G1SA 3NA8A 4DO4A 2LLEA 2ZZ2A 3W2JA 2GJLA 4OWGA 3FYOA 2QCLA 3C2OA 1A5CA 1P1XA 3NQ6A 4JY9A 1ML1A 5SWUA 4EIVA 2V5LA 3PG9A 4Z0JA 3G1FA 4DPPA 3LV6A 3THQA 3O15A 3QW4B 4HPXA 1XBVA 3W7HA 5CSSA 5AB3A 1DBTA 2E09A 2Y6ZA 1K8YA 3JRKA 5DCDA 4HNVA 1M7OA 2C13A 3G1DA 4JTSA 1H7RA 3S5YA 3KXQA 2E1DA 3ATZA 1M7PA 1SQ7A 3VE7A 4YCOA 4JYFA 3W2NA 1TPUA 3WK2A 4A22A 1CX9A 3L5MA 5LGZA 3LI1A 2XN0A 1QNVA 4WZHA 3C3NA 2G5WA 1R47A 4NXSA 1IIHA 1J5TA 1WBHA 4XUGA 3FJ6A 5FF4A 3W7GA 1JCJA 1FX6A 5K7JA 4QJ1A 2TYSA 4BI6A 4K7VA 3O6CA 3W7QA 1NF7A 1KM6A 2C19A 2KZHA 1IXNA 3R8RA 1GVQA 4MUZA 4GUFA 2ZTKA 3HMJG 1W3NA 1L6YA 4YL2A 3TSMA 2FPVA 3TQ0A 1DJQA 3EXTA 4H4IA 2PCQA 3NL2A 4JTLA 2ABAA 4QSHA 3BG3A 3EXRA 4LS1A 4RJEA 1K7EA 3I7QA 5U4NA 3LBMA 1VGAA 1PV8A 4ZQCA 2QR6A 5IM51 2ATMA 4BWLC 5DXYA 3G18A 3T55A 4IX0A 1WYIA 1XXXA 3IIPA 2DU2A 5CZJA 1Q3NA 4ML9A 1SSDA 1XCFA 3UWYA 4FB7A 5AHFA 3W87A 3HB9A 2WJZA 2YR1A 2A6NA 2EF9A 2Y63A 2Y61A 5G2IA 2RHGA 4IJBA 4WD0A 1QO2A 1QAPA 3IVSA 2BX7A 1KBJA 1OFBA 1YXCA 3LBCA 2ZBTA 1KM4A 1LLWA 1BTMA 5FF3A 2Q8LA 3LXAA 4N6EA 4ADSA 1D9EA 1WAUA 5AYYA 3NGJA 5IBXC 1KTCA 3HBLA 3G8EA 2X16A 4O15A 4JNMA 3W1QA 3FKKA 2YCEA 3EX1A 1FCQA 4OBTA 3UNDA 3CEUA 2E68A 3UXDA 3W1AA 2FFCA 4A2SA 3PWAA 1LOQA 2D73A 2BWGA 4MLRA 4XBKA 4AHQA 5HR6A 3NYZA 3RLVA 2ZRYA 2DZPA 2YXGA 1TYGA 3LHTA 1W1ZA 4RX0A 2DZSA 4ZQRA 1FWSA 1ZHAA 3DHDA 1WXJA 2DORA 5TBOA 4GRSA 4LU0A 4H3DA 4LNYA 4UTWA 1OX4B 2J9XA 2AGKA 3W6YA 5I3KA 2B7PA 1MZHA 2GUUA 1LBFA 2OJPA 5EA9A 3U8GA 2QCMA 2QKFA 3LRMA 3NM3A 1B3OA 3LDVA 1G67A 2OMAA 1EX5A 4FIRA 3M43A 3W1PA 2ZRUA 3MI6A 3M9YA 5G5IA 3N3MA 1LOSA 1AK5A 5D38A 4DXVA 4JTEA 1BEUA 1K7XA 5KTLA 1F76A 3P8JA 3R2GA 3PB2A 2Y7EA 3KRZA 3NQCA 1B4EA 2QCDB 3CPRA 2X1UA 5G1YA 3STEA 1OFEA 1T99A 3W1NA 3KVLA 2B4GA 1WX0A 1FY6A 3SY5A 1XBXA 4O17A 1G4PA 2PC4A 3C0JA 4NVTA 2DZUA 3GVGA 1ICQA 1KFKA 4UTWC 3NPVA 2J6XA 3W7PA 3P62A 3W1UA 5LKYA 1D3GA 2Y88A 4O19A 3W85A 5HULA 4A29A 2VFDA 3W7NA 1YLVA 1XUZA 5FF7A 4FNRA 2YSWA 1JQVA 4AH7A 3V75A 3W7OA 1FDJA 4R7JA 5TQLA 1I2PA 4J9JA 4GE8A 3BV4A 3G0SA 3W22A 3AO0A 3ANYA 5K9XA 2E6YA 3P81A 1O5KA 4GNJA 5CZTA 3ELFA 1EUAA 1DKWA 1DJNA 3DI1A 3DZ1A 3QEZA 3QRHA 1LRTA 3DHFA 2WNNA 1GPWA 4K36A 2ZFAA 2GOUA 2H8ZA 3BG9A 1N8FA 1HO4A 1YTDA 3W1TA 1EP3A 4O18A 1WOBA 3LOTA 1C8VA 2Y7DA 1F7BA 3JS3A 1F73A 1S5WA 3C6CA 1Q6QA 4JX5A 1RV8A 2E5DA 1HTIA 3EWYA 1JCXA 3GKFA 4N9DA 5HUPA 1VC4A 3WFAA 3PF3A 5H91A 3G3MA 3NVTA 1W5PA 2CLFA 3C2FA 1PHWA 3IVTA 5BMXA 2H90A 4K37A 4FNPA 4O1CA 2B7OA 3MO7A 4QISA 3UZJA 1GZGA 1N55A 5KZEA 1AL7A 1I45A 3GX9A 1KA9F 3GDTA 3PSVA 4LOCA 4O8RA 4HSOA 1FWNA 1W56A 4O54A 1JRCA 1J2WA 4CNNA 1SPQA 5FEZA 1TV8A 4TMCA 3HG3A 1DVJA 4HSNA 1X1ZA 4X2RA 1MSSA 2VENA 4XWUA 3NPWA 2Q3RA 3W72A 3E9AA 3MJYA 4A21A 4HNTA 3LCLA 3IIXA 2EAWA 4JTTA 1OHLA 4UCGA 4O11A 3MHUA 3M6YA 4UFLA 1YDOA 2E77A 4UFIA 1TCDA 3OVQA 4IXHA 1VQTA 2VEIA 5D32A 1YTEA 4JTJA 1L6SA 1KM0A 3CC1A 5I3GA 4GFSA 1YPIA 1H50A 1JJKA 2PRMA 3N73A 4JTGA 3W7JA 5AHEA 3BGJA 1ZENA 3TSBA 5BNKA 5K4ZA 4NXKA 1X1OA 2R14A 1F5ZA 3S5OA 5I3FA 2R94A 3W70A 3ABSA 1X8FA 1QOPA 3LCHA 3NL3A 5D02A 4DPQA 3TMLA 3GDMA 3NL5A 3SI9A 1DORA 5A5WA 2Y70A 1JR1A 1FWRA 4RR4A 1PVNA 1V5XA 4WY0A 2Z6IA 5MHBA 2NV2A 3NQFA 3CT7A 1KV8A 3HIJA 1C9DA 1GJPA 2W79A 1W31A 2VC6A 3VCRA 4IGHA 1XC4A 1B4KA 2Z0IA 1PS9A 1OFAA 5AHNA 4I9AA 5C55A 3B03A 2FPYA 1GVSA 2VFGA 3LGEA 4UMBA 3GK0A 1P4CA 3ABQA 2QCNA 1TTQA 2JBMA 4MYAA 2DZVA 5K9CA 1TIMA 2ISVA 1QOQA 2G97A 2Z6JA 3S8HA 1LM1A 3QM3A 2C1HA 4TIMA 2C6QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BI5A

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