4BQZA

Rat ntpdase2 in complex with mg gmppnp
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 136
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bqzA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bqzA02
5ADXA 4JD2B 3A0IX 4IWVA 4ISGA 3O80A 3VGKA 1U6ZA 1OKJA 3C0BA 4E1JA 5AQUA 3W3DA 4A2AA 4CZGA 3H1VX 4FWOA 5AR0A 2YHYA 2AP1A 4HTLA 1CZAN 1GLBG 3H3OB 4JAXA 2D0OA 3CJ9A 4CZHA 2GWJA 2J4RA 3VEVA 3FE1A 3CJAA 4CJ7A 5AQOA 1C0GA 3M1FA 4I6MB 1V4TA 5CE3A 4H0YB 4BRAA 4BREA 3MN9A 4WQ5A 3I33A 2E2PA 5BRHA 2QWRA 2UYTA 5AZJB 2EWSA 2QWNA 3QMLA 1NM1A 4XEIA 2P9KB 2W41A 4MLEA 4Y0WA 4Z94A 3CIPA 2P9PA 4B1ZA 3WXKA 3UKRA 2P9SB 4B1UB 4BC5A 5TKYA 2Q36A 3GOIA 3MK6A 1ZC6A 2YJFA 3BEXA 3MCPA 5JICA 5AZIA 5FPEA 3BF1A 1NMDA 4BG8A 2WUSA 3SJHA 2GEMA 3C7NA 3M6GA 3O6WA 5EY4A 3J8AA 4IJNA 4BR9A 5KPZA 3AAQA 2F9WA 2HMPA 3H1QA 2ITMA 2KHOA 3GL1A 3O5BA 3QDKA 3CJBA 3LDLA 4BROA 1U2VA 1Q18A 4K25A 2P9LA 3UKUA 3VPZA 4FWLA 4B9QA 3KVGA 2PBDA 4BRQA 1S22A 4M63C 3O1BA 4H5TA 1NGGA 1SAZA 1ZBSA 1IG8A 3EN9A 4QS8A 4CD1A 5BN9A 1JCEA 3FLCO 2QW9A 3FZKA 5AQZA 4CZEA 1KAZA 3B8AX 4H5WA 3VEOA 1MDUB 3TU5A 2QWOA 3FZMA 2PAVA 3AY9A 4DCHA 5EXWA 2IVNA 2GWKA 2YI1A 5AQKA 3FZLA 3EKUA 3DWLA 2D0PA 3JXUA 5JLFA 1NGHA 3CHWA 3KZBA 2Q97A 4MO4A 3SK3A 3A8YA 3GG4A 3VF2A 3BF3A 4M7YA 4YDUA 5EX5A 1JCFA 4XH5A 5E26A 1NGBA 3LDNA 5ADXH 3CERA 4NO7A 3AAPA 3I8BA 4BRPA 3U4LA 5BPMA 4FWQA 2ZF5O 4FOEA 4WYBA 4J8FA 4B1VA 4LC9B 1X9JA 5AQRA 1HKBA 4PKIA 2D4WA 1RGIA 3H45C 2CGKA 2P9UB 4FOIA 3S41A 1G99A 3HZ6A 1NGCA 2FSNA 4H0PA 4H5RA 5AQIA 3ATUA 3QBXA 3IFRA 3SMPA 2P9IA 4BG9A 4PKHA 5LJWA 3LM9A 3RSEA 3A5LC 3D2FA 4CZLA 4JD2A 2E2OA 2E8AA 3A5NC 3IUCA 4B1XB 1LOTB 1C0FA 2Q1NA 3P4IA 4AM6A 4L3QA 3U8XA 1HKCA 3GE1A 4B1YB 4O8KA 1TUYA 2FSJA 1NLVA 4H0TB 4FPAA 4EHTA 3EO3A 3LDOA 5KPTA 3EKSA 5BRDA 3H46O 5JMVA 4BVOA 3CQXA 3U9DA 3DXMB 4BC3A 3VEZA 3FGUA 4I6MA 2V51B 3DXKB 4A62A 2Q31A 1BO5O 1QQOA 5AZJA 1ESVA 1TYQB 2A3ZA 3WEEB 4CZKA 4BR5A 3UB5A 2P9KA 5BRFA 2H3GX 5F0XA 4BQZA 3WT0A 2P9SA 2GELA 4A2BA 4NB4A 4H0OA 3O4WA 3GBTA 3R9PA 3DAWA 4GY2B 1QZ6A 2VYPA 5KQDA 5JLHA 4JHDB 4K43A 3CQYA 3ENHA 3ZETB 3TPQA 3R6MA 4BRLA 5EVZA 5AQVA 1YAGA 1XC3A 5KQ8A 4GNIA 1SQKA 4YDUC 1RFQA 1YVNA 4BC4A 1MWMA 5I9EB 2DPNA 3QBWA 1D4XA 5F2RA 4JN4A 1NGFA 2HOEA 2P9NB 3QFPA 4O5FA 3UKRB 5AFUH 2Q0RA 1K8KB 1E4FT 1HJOA 3ULEB 3VETA 4BRMA 5BPNA 2QWMA 3A5MC 5AQNA 4CZMA 4KBOA 3C7NB 3QFUA 3F9MA 2NLXA 4K41A 1DEJA 1NGAA 2QWPA 2W40A 4BRCA 4H5VA 1GLFO 3FZHA 2A5XA 2HF3A 1T6CA 2IVPA 1X3NA 5BPLA 2ASPA 3QICA 1U2VB 3CETA 1BU6O 3WQTA 4EHUA 3VEWA 5LY3A 2FSKA 2HF4A 3L6QA 5B8HA 4BR2A 4AM7A 1RDWX 2A42A 2Q2RA 4FWSA 4PL7A 2YCHA 5AFUA 2I7NA 3ZEUB 1J6ZA 4JNEA 3WQUA 1BOTO 4H5NA 3WXIA 1XUPO 2P9UA 3CJCA 3HM8A 4DB3A 3HI0A 4XH4A 1IJJA 4BQLA 1HUXA 3SLCA 3HBTA 1KAXA 3M3ZA 3D2EB 2YHWA 4WQ4A 3IDHA 4F9OA 1HPMA 3H3NO 4WQ5C 5LJVA 2QWQA 5FPMA 2A40A 1GLCG 4ISFA 2A6AA 1XQSC 4BR7A 4CZIA 4IO8A 5EOYA 3LDPA 1BWFO 2NZTA 5BN8A 3O1WA 4RTFD 3BP8A 3HTVA 3ZX3A 5BREA 4BVPA 5E84A 4BR0A 2ASOA 4C23A 3MMVA 4CZJA 4M7XA 4CBUA 3R8EA 1Z6RA 3G25A 4BRKA 3LM2A 2AA4A 3CJ1A 1BUPA 1X3MA 5ELZA 2V7YA 4H0XB 3DXMA 2BUPA 1LCUA 5AQHA 2E1YA 1ATSA 3MDQA 5AQFA 1YXQA 4CBXA 4CI6A 3DXKA 2CH5A 4H0VB 2FLOA 4HWIA 2CGJA 3W0LA 2GUPA 3VERA 1KXPA 1TYQA 4A61A 2Q0UA 1HKGA 2A41A 3WEEA 4FWMA 2FF3B 2E20A 2CH6A 1YUWA 1DGKN 4FWNA 4EAHD 1R59O 2VCPA 4H03B 4K42A 3ZX0A 1NBWA 1NGDA 3KHYA 1HLUA 4XH1A 5FPDA 4JHDA 4BGAA 1TUUA 3AARA 3ZETA 2NRHA 3UE5A 5AQMA 3CJ7A 2ASMA 3WXJA 2ZWHA 3GDQA 2E2NA 4CBWA 2QWLA 2GTDA 4CZFA 2VWBA 2ZGYA 4BC2A 3VEXA 3VF6A 4BRGA 1SZ2A 2IVOA 2E2QA 5FPNA 4QS9A 2P9NA 2E1ZA 1BG3A 1NGEA 1MA9B 1K8KA 3U9ZA 1MWKA 2P9PB 3ULEA 4ISEA 1GLDG 2F9TA 5AQGA 4RWTA 1WOQA 3EZWA 5AZIB 5AQYA 1Z05A 1DKGD 4MLHA 1P8ZA 1NGIA 2CGLA 1BDGA 2YJEA 3VGLA 2I7PA 4WQ4C 3LL3A 3ZX2A 4DHYA 1GLEG 4PKGA 4QS7A 2QM1A 3DJCA 3VESA 3VGMA 3QB0A 1GLJO 3ENOA 1ATRA 1BA0A 3BUZB 3ID8A 5AQXA 5BR9A 3WXLA 3JS6A 3FZFA 4B1WB 1S3XA 1T44A 4FWKA 4BR4A 2E88A 2P9LB 3UKUB 1QQMA 1QHAA 4BRIA 3CI5A 4FO0A 2BTFA 2ZGZA 4RCHA 3VENA 2YHXA 4FWPA 4FSVA 4PL8A 3ATVA 3LDQA 3ZEUA 1ZXOA 3MN7A 5AQJA 3WUHA 5AQLA 4DQ8A 3EL2A 3OHRA 1NGJA 4BRNA 3L4IA 5F1XA 5AQSA 2V7ZA 1QQNA 1JCGA 5AQWA 4MO5A 3L0QA 1EQYA 1T6DA 3D2EA 2QXLA 3FFKB 3FR0A 4FPBA 4BGBA 1GLAG 3MN6A 1KAYA 3A5OC 2V52B 5AQPA 4IZ9A 3O8MA 3VEYA 3MN5A 4IJAA 2OANA 3SMSA 4FWRA 1H1VA 5KPRA 3HSCA 3O08A 1HX1A 2FF6A 3VF4A 3IMXA 1QZ5A 2D1KA 4FL9A 4BRDA 4EFHA 1E4GT 1GLLO 4EIAA 2FXUA 1NWKA 5AQQA 4BRHA 1V4SA 3D7EO 5AQTA 1ATNA 4IXCA 3VOVA 2P9IB 2IIRA 4CD3A 4BRFA 1BA1A 1Y64A 3H6EA 3RSEB 3D2FB 1WUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ADXA 2EX3A 4PUOA 1VQON 4A57A 4ILJA 3KTQA 1B9FA 5AQUA 3C6UA 3W3DA 4CJ4A 3H1VX 3NE6A 3ALYA 5SZTA 4DFKA 1NK0A 3RMCA 1XMQK 4JAXA 1ITGA 4W5QA 1RBSA 3P83D 3VEVA 2PYJA 4M3XA 1IBMK 4I6MB 1V4TA 1IKYA 4H0YB 2PFUA 2QWRA 2G8WA 4F3OA 1C1BA 1NM1A 4XEIA 2UXCK 2P9KB 2W41A 4MLEA 4FZZA 4B1ZA 3ZSVA 2QXFA 3F2KA 2IDOA 4BWJA 4BC5A 5TKYA 3CXCM 4N41A 2EHGA 3MK6A 2PYLA 4I7FA 1N36K 3QLHA 5FPEA 2HBKA 1VSLA 3SJHA 3O6WA 4IJNA 4C1NI 4AQYK 1NJIO 2NRVA 5J2PA 3QDKA 4X65K 3ENBA 1S1WA 2P9LA 3UKUA 3MEDA 3HOTA 1RTDA 3RVCA 1S22A 3AVCA 4H5TA 3O9QA 1IG8A 4YOVA 4ZTFA 5J2QA 5BN9A 4DWIA 4KI4A 3FZKA 2ZE2A 1M1KO 4LF6K 2X74A 3VEOA 2JGUA 4DSJA 3F5TA 2QWOA 3NF9A 4DCHA 4X66K 5EXWA 1B9DA 1C0TA 4CJFA 5C12A 5HP1A 3FZLA 1JLAA 3EKUA 3JXUA 5JLFA 3MXIA 2G8VA 4Z4GA 3CHWA 4MO4A 1Q7YO 4M7YA 3NGZA 1JCFA 4KFBA 4OGCA 3OYHA 2VG5A 3NHGA 2XY6A 4AF1A 1NGBA 4BRPA 5BPMA 3ZSZA 4B1VA 4KHUA 4LC9B 3OYLA 4E19A 5AQRA 2F4VK 2P9UB 3CPEA 3N4QA 4B8AB 4FOIA 2RKIA 2KZZA 1W7AA 4LSLA 4OX9K 3Q7BA 4KRFA 4YOXA 1T3VA 1TAUA 2UUCK 1NU0A 3SMPA 4AILC 3AVKA 3C94A 4E7JA 1WLJA 4JS5A 4IKFA 1ZBIA 3QESA 2VQEK 3A5LC 4CEZA 1HNWK 1QQCA 2OTLN 4DV5K 2O8BB 1CZBA 2E2OA 3A5NC 3IUCA 3SV3A 1IKWA 1VRTA 4AM6A 4L3QA 4IDKA 5E41A 1HKCA 3GE1A 3OY9A 2NRTA 2FSJA 4H0TB 5JVGL 1NK8A 3EKSA 4CEOA 4CJUA 3PY8A 3H46O 3EYZA 4BVOA 1I94K 1O1WA 3U9DA 5HL7L 4BC3A 3VQ6A 1RNHA 4I6MA 3SAGA 1RBTA 4FM1A 3DXKB 1KRPA 2WC9A 3S3MA 5C25A 1ESVA 1TYQB 1CXUA 2A3ZA 2RF2A 3H08A 3WEEB 4CECA 3PV8A 1VSMA 2P9KA 1ZBFA 4DQIA 4E0DA 4YHHK 4BQZA 1QE1A 3TARA 2GELA 3DM2A 2DTUA 4NB4A 3O4WA 3R9PA 1ZBHA 3DAWA 4JHDB 1EKEA 4DTPA 1BGXT 4O0IA 2O8DB 3SBTA 4BRLA 1WAJA 3CFRA 2E6LA 3OYJA 2P1JA 3DYAA 1CXQA 1VQ4N 4HCBA 4GNIA 4H4MA 1SQKA 5I3UA 2E6MA 1TVRA 2P51A 3KK7A 3K0SA 4DV3K 1X9WA 1VAZA 4DR7K 3QEVA 3QERA 4JKAA 4YNQA 2UXDK 1E4FT 1HJOA 3PX0A 1RT3A 4BRMA 4LF5K 2QWMA 4WFAL 2WTUA 4IG3A 1TKDA 1CZ9A 4IBNA 3JYTA 3QFUA 1KVCA 2XO7A 1DEJA 4Y1DA 1NGAA 4B3TK 3MX2A 5J2MA 3OYBA 2HF3A 4EP5A 1KD1O 3THWB 2IVPA 3KLHA 5BPLA 4PHTX 1WSHA 4EHUA 4DR3K 1IBKK 3L6QA 2G8HA 3EZ5A 2DFEA 1YHQN 1I39A 2Q2RA 4FWSA 3LWLA 2I7NA 3ZEUB 1OH5A 1OH6A 2P9UA 3HM8A 3HI0A 3V1OA 3SLCA 3HBTA 2KKZA 1QVGM 4LF4K 4CF9A 3SPYA 3IDHA 4WQ5C 3KLIA 4E7LA 2A6AA 3TAMA 4CZIA 2KTQA 4IO8A 3J81O 2NZTA 3AVHA 3TTCA 3OYAA 3ZX3A 4O0JA 3O9TA 5BREA 4BR0A 2ASOA 3ZSYA 4CZJA 4GV9A 2DFFA 3R8EA 3U3GA 3G25A 4CHOA 4DTRA 3CCVN 4F3TA 3B6OA 1BUPA 5C2DA 2V7YA 3AA2A 5GAGP 4F2SA 1QSYA 4CBXA 1RT1A 1K9MO 3DXKA 4TSXA 2CH5A 4H0VB 3LPTA 4KKOA 4HWIA 2BH1A 3VERA 4BE2A 1TYQA 2Q0UA 3WEEA 4NXMK 1W97L 5HRRA 4FWNA 3SQ1A 3RRGA 3DMJA 5LMUK 3DRRA 4XH1A 1BHLA 4JHDA 1KFDA 4X64K 2O4IA 3L4QA 1TUUA 3SPZA 3AARA 5HRSA 2NRHA 1TGOA 2O8DA 3HP9A 3CJ7A 4M3WA 3M8SA 3CCJN 1JXBA 1VSFA 3D45A 4CBWA 2QWLA 3WNHA 4CZFA 3AVBA 3TABA 3HRGA 1BIZA 1X9SA 1RCHA 3VQCA 1NK5A 4M3RA 1D9FA 4BRGA 2E2QA 5FPNA 2E1ZA 4KI6A 1BG3A 1N6QA 1S9GA 2HHTA 1G15A 4RWTA 1WOQA 1KVAA 4RW9A 2QTDA 3KK1A 2CGLA 4BDYA 2I7PA 4DTOA 4DHYA 1GLEG 4QS7A 4CEBA 3THWA 4CESA 1NKCA 2IGIA 3TSPA 1BA0A 2F7TA 3MX5A 4B1WB 3D6RA 4BR4A 2E88A 4LF7K 3CFPA 1QHAA 3CFOA 1S1XA 3CI5A 3WXMB 4RCHA 3VENA 4C8LA 2YHXA 1Q81O 3ATVA 3ZEUA 1HYVA 4MDBA 1BQNA 5CYQA 2GV9A 3SAHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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