4BR0A

Rat ntpdase2 in complex with ca ampnp
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 137
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br0A02
5F0XA 2Q0UA 5ADXA 4BQZA 3L0QA 3MK6A 4RTFD 2IIRA 2Q97A 1QQMA 3BEXA 2A42A 4CZMA 4CZEA 3LL3A 2YI1A 4BC3A 2D0PA 4JD2A 3EZWA 1GLBG 5AZJB 5BN9A 3TPQA 4BR4A 3AAQA 1NM1A 3H46O 5FPNA 5I9EB 4C23A 3CJAA 4EIAA 1WOQA 1BU6O 3O08A 3LDOA 2ZWHA 4O5FA 3VEOA 4IZ9A 4I6MA 2A6AA 3VF2A 4LC9B 2A5XA 4B1WB 3M1FA 4BRGA 3MDQA 1JCFA 4AM7A 2QWOA 4A2AA 2E8AA 4EAHD 3WUHA 5AQTA 3DXKB 5FPDA 3G25A 3H1VX 4NO7A 5EVZA 3QBXA 3BF3A 1CZAN 4FWOA 4F9OA 1HX1A 3LDLA 1MA9B 2GEMA 4H5RA 4H0PA 1NGCA 2P9IA 3QMLA 4YDUA 2E2QA 3A8YA 3ZX2A 3O8MA 2QWNA 1X3NA 4WQ4C 2W41A 3MCPA 1YVNA 5AQQA 3UKRA 1NGEA 4RCHA 4BRPA 2HF4A 3MN5A 3RSEA 3M3ZA 3JXUA 5LJVA 1JCEA 4XH5A 4NB4A 3QFPA 3MN9A 4FWSA 1QQNA 5AQUA 5AQHA 1BWFO 2KHOA 1GLFO 4H5WA 3WEEA 2EWSA 4FWRA 5LY3A 3LDQA 4JNEA 5F2RA 4FWQA 2YJEA 3WXKA 3FFKB 3ATUA 3EN9A 1P8ZA 5KPTA 4FOIA 4BR9A 3GG4A 3FZHA 5TKYA 3WXJA 4O8KA 3IFRA 4EHUA 1GLCG 4H5VA 3HZ6A 4PKHA 2P9UA 4BG8A 2A40A 3F9MA 3P4IA 3DWLA 4IJAA 4B9QA 3WQTA 4MO4A 3AAPA 3VETA 1ATSA 5LJWA 2P9LA 3AY9A 4Y0WA 3D2FA 3VEZA 1S22A 3U9ZA 3CERA 3C7NA 1DGKN 4DQ8A 2VWBA 3BUZB 3O80A 3UKRB 3R9PA 4B1YB 4FSVA 3ZETA 2IVNA 2HF3A 4BGAA 2Q2RA 3HI0A 5BN8A 3HSCA 2VYPA 3WT0A 4H0YB 2IVOA 1NGDA 1TUYA 2E88A 3WEEB 3BF1A 5AQKA 3FZLA 1EQYA 2QWQA 1U2VB 4BC4A 4FOEA 3H6EA 4CBXA 1IJJA 4CZHA 4E1JA 2BUPA 4CZLA 3IDHA 5AQSA 2P9NA 2P9SA 4BRAA 1SZ2A 3VEVA 4B1XB 2FF3B 1T6DA 5KPZA 1Z6RA 2P9UB 4JHDA 4WQ5A 1HKCA 1T44A 4MLHA 3DXMB 2J4RA 2P9PA 4WYBA 3MN7A 3U8XA 2FF6A 4B1UB 3ZX3A 2H3GX 1ZBSA 1QZ6A 1BA1A 4XEIA 2CGKA 3QFUA 1NGBA 5AZIA 1KAZA 3FZKA 4PL8A 3CHWA 3CJ9A 2GTDA 4CZFA 2ZF5O 2P9KA 5AQXA 1NWKA 1ATRA 3SMSA 4HTLA 3ATVA 4DB3A 1HPMA 1TYQA 5AR0A 3LM2A 5AQRA 3ULEA 1HUXA 2UYTA 2V7ZA 5EXWA 1H1VA 4Z94A 1XUPO 1BG3A 2Q0RA 2I7NA 2F9WA 3J8AA 1TUUA 5AQVA 2P9NB 2P9SB 3VERA 2YHWA 4PL7A 3CETA 1NLVA 3OHRA 3EKUA 2OANA 4QS8A 1ZC6A 5ADXH 1BDGA 1QHAA 5EX5A 3DAWA 4EFHA 5FPMA 4JHDB 3FR0A 2QM1A 3QBWA 1NGAA 3FZMA 3A5MC 2CH5A 5AQZA 2P9PB 4M7YA 1K8KA 3ID8A 4FPBA 3O1WA 4A62A 4YDUC 4RWTA 4H0XB 3I8BA 3C0BA 1BOTO 3QB0A 1YUWA 4FL9A 4KBOA 1NBWA 5AZIB 3ZEUA 3L6QA 1RFQA 5AQOA 4JD2B 5BPMA 1LOTB 4CI6A 1E4GT 4BRIA 2QWMA 1GLEG 1YAGA 2E2PA 2FSJA 5KPRA 4BGBA 3GBTA 3D2EA 3FGUA 1TYQB 4I6MB 4BRLA 2IVPA 5AQPA 2V52B 3VENA 3KHYA 2YHYA 2NLXA 1HKGA 1HLUA 4DCHA 4CBUA 2QW9A 1NGHA 1X3MA 4M63C 2ZGZA 3A0IX 4MO5A 4FPAA 2YCHA 1LCUA 4ISFA 4BRFA 4CZJA 2GELA 4ISGA 4H0VB 4BC5A 2Q31A 2I7PA 3VF4A 5BPNA 1K8KB 3VPZA 3JS6A 4ISEA 2P9IB 1NGJA 1QQOA 1V4TA 5AQIA 1RDWX 3DJCA 3H3NO 4BRCA 2FXUA 4BRMA 1JCGA 1RGIA 5JMVA 4BVOA 3RSEB 4FWPA 3H3OB 4AM6A 3CJ1A 1T6CA 5BRFA 4BR5A 1YXQA 1WUAA 3CQYA 3GOIA 3EKSA 3WQUA 2E1YA 2QXLA 3SK3A 2D0OA 3VGMA 5AQNA 4XH1A 1MWKA 3HBTA 3QDKA 2PAVA 3LDNA 4K42A 3O6WA 4HWIA 4K41A 3VESA 1U6ZA 2V51B 3ENHA 1SQKA 1E4FT 2CGLA 3VEXA 4H0OA 4JAXA 1XC3A 5B8HA 1NGIA 2Q1NA 3R8EA 3U9DA 4BR0A 5FPEA 5JLHA 4WQ5C 3UE5A 4B1VA 1QZ5A 3CQXA 4IXCA 3BP8A 2ZGYA 1ZXOA 5BPLA 1C0FA 4BQLA 1SAZA 3CI5A 2V7YA 2W40A 3UB5A 1KAXA 5JLFA 2P9LB 3QICA 4K43A 2E1ZA 3D2FB 2NRHA 3C7NB 1IG8A 3AARA 4CZKA 3ZETB 3MMVA 5ELZA 1D4XA 1MWMA 3DXKA 3VEWA 2F9TA 4K25A 3WXIA 4FWLA 4A2BA 1OKJA 1ATNA 1ESVA 5AFUA 3SLCA 4BC2A 1GLDG 3TU5A 4GNIA 1Z05A 4FWKA 4BRDA 5E26A 5KQ8A 4QS7A 2Q36A 3IMXA 3UKUA 2GWKA 3A5NC 3L4IA 2HMPA 4MLEA 3H45C 2E20A 3GE1A 2HOEA 2FSKA 1KXPA 2ASOA 3VF6A 3VEYA 4EHTA 1HKBA 1Y64A 1J6ZA 3S41A 1KAYA 5KQDA 4H03B 4DHYA 4FO0A 3M6GA 3ENOA 3WXLA 3HTVA 3B8AX 4BROA 4BRKA 2E2NA 1BA0A 1DKGD 2PBDA 4BVPA 3EO3A 5AFUH 5AQLA 1DEJA 1MDUB 2FSNA 2CH6A 2P9KB 4BRQA 3GL1A 3O4WA 1NGGA 2GUPA 3ULEB 5BRDA 4CD3A 4L3QA 1GLLO 5JICA 5F1XA 3MN6A 2YHXA 4GY2B 4WQ4A 1HJOA 3U4LA 2QWLA 3R6MA 2GWJA 3IUCA 4J8FA 3UKUB 5BR9A 4FWMA 4A61A 5E84A 2QWRA 4PKGA 4BG9A 4BR7A 2BTFA 2DPNA 1V4SA 2E2OA 1Q18A 1GLJO 4FWNA 4XH4A 4H0TB 4CZGA 1C0GA 3O5BA 4CBWA 2D1KA 5AQGA 2AA4A 2A3ZA 3SMPA 3GDQA 2ITMA 4B1ZA 1S3XA 1XQSC 3FLCO 5EOYA 1U2VA 4H5TA 2D4WA 3VOVA 5AQFA 3ZEUB 5AQYA 3SJHA 3I33A 2VCPA 3FE1A 1BUPA 2YJFA 3A5OC 4IWVA 1GLAG 2ASMA 4BRHA 3VGKA 4IO8A 3D2EB 2A41A 4H5NA 5AQWA 3O1BA 3W3DA 3DXMA 4CD1A 3LDPA 2ASPA 3CIPA 1G99A 1NMDA 4M7XA 2CGJA 3D7EO 3KVGA 3KZBA 4JN4A 3A5LC 3CJBA 2NZTA 3W0LA 4QS9A 1R59O 5AZJA 3FZFA 4PKIA 2AP1A 3CJ7A 3H1QA 3ZX0A 3LM9A 5BREA 4IJNA 1BO5O 4BREA 5CE3A 5AQJA 5AQMA 4CJ7A 5EY4A 2FLOA 3EL2A 1NGFA 5BRHA 2WUSA 3HM8A 4BR2A 3CJCA 2QWPA 3VGLA 1X9JA 4CZIA 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQPA 5F0XA 3BDPA 5ADXA 3ENBA 4JKFA 4LF8K 2FBXA 4RTFD 1RDUA 2IIRA 4ILJA 3QEPA 4DFMA 3KKSA 1YVUA 3Q7CA 1QQCA 2D0PA 2OYQA 2WFBA 1NK9A 5BN9A 5AZJB 4BR4A 3LP3A 3H46O 4CGFA 4C23A 4CFBA 3LDOA 3DLKA 3T1AA 2X6SA 2ZWHA 4O5FA 3ZT4A 4I6MA 2A6AA 4IKFA 1VQMN 4B1WB 4DR6K 4WF9L 4LH4A 2G8VA 3LP0A 4DFJA 3MXJA 3CCEN 4KTWA 3JSMA 1WB9A 1JLAA 3LALA 1VQ6N 3QBXA 3CXCM 3M8RA 2VQFK 3THXB 4CJWA 4JK9A 3LDLA 3MX5A 2GEMA 3QMLA 1JXBA 4JI0K 2RKIA 3KK1A 3O8MA 1RCHA 1KQSM 3KLHA 3DLGA 4FJNA 4K8ZA 4CF0A 2UXCK 1KVCA 1VQON 2DTUA 4LFBK 3MN5A 4C8KA 1KFSA 1B92A 5LJVA 2DFFA 4FJGA 4OX9K 5KGWA 4H8KA 4O44A 1EP4A 2KHOA 4H5WA 1WNSA 1TV6A 2Z1GA 5LY3A 4JNEA 4JK8A 3ZCMA 3PIPL 3ZLJA 3OS2A 4DG1A 1VQ4N 1QSLA 1TK0A 4RW6A 3SI6A 5KPTA 5FRMA 2ZM6K 1S5JA 3GG4A 3CM6A 1R0AA 3SAHA 3HZ6A 4DU1A 1X9SA 4M3UA 4BG8A 3P1GA 2O8EB 3RR8A 4IJAA 4B9QA 4OGEA 1T05A 3WQTA 3OS1A 1C6VA 2VWKA 4C1NK 3CMEN 5LJWA 4Y0WA 3VEZA 4CEZA 5AJ3K 3BUZB 4DQRA 2Q2RA 3HI0A 3HSCA 2VYPA 4JKDA 4QAGA 3WT0A 4J2BA 1IV0A 1IKWA 1TUYA 3WEEB 3FZLA 3CFOA 1QS4A 4B3TK 4BC4A 4FOEA 4DTOA 1S1TA 4CZHA 3I55N 4FK4A 2DFHA 3RMBA 3AVFA 3V9WA 3VEVA 3L2VA 1L3SA 1CXQA 1Z6RA 2R7YA 4CF8A 3KLIA 4AHVA 1T44A 2J4RA 3JAMO 2WOMA 4PQUA 4FJ9A 4B1UB 3AVAA 2H3GX 3G10A 3MAQA 2CGKA 5M1KA 4DF4A 3MECA 1YIJN 3FZKA 1VQLN 3VA0A 2DFEA 3CHWA 4HTUA 2YNGA 2VG6A 3ZSYA 4FLTA 3QNOA 2Y1IA 3SPYA 1RNHA 3VTIA 3SMSA 4HTLA 4CIEA 4CFAA 4GVMA 3DLEA 3L2QA 3ULEA 5EXWA 4DMNA 4Z94A 1BG3A 1RBUA 1S9GA 2I7NA 3VQ7A 2HB5A 4GKJK 2P9NB 3VERA 3T1YK 5CHIA 2YHWA 3SUOA 2OTJN 3CETA 3VQ4A 3OHRA 2OANA 2PY5A 4KHYA 4EFHA 5FPMA 4JHDB 3VQ5A 3FR0A 3QBWA 5C25A 3RWUA 3FZMA 1RDBA 2CH5A 1N6QA 1S1WA 3KJVA 1UWBA 4KPYA 1JLBA 2QK9A 3JYTA 3K2PA 4E7HA 3TR8A 1RFQA 5AQOA 4YY3K 1U45A 2FBYA 4CI6A 3TWHA 2KFNA 1HQEA 1LAVA 4FM0A 3OJSA 1YAGA 1QSSA 3I0SA 4MQ3A 3GBTA 2WTUA 3K57A 3K5MA 5C10A 4CHOA 5AQPA 2V52B 3VENA 3KHYA 2YHYA 1E3MA 2G8FA 1HKGA 1XMQK 4FLUA 4CW7B 3OYJA 2VGNA 3NGZA 1HNWK 4LF9K 2ZGZA 4FPAA 1LCUA 4BRFA 3ZT2A 2E6LA 2Q31A 2G8WA 3NCIA 1WSIA 1K8KB 3JS6A 4CEEA 2P9IB 1NGJA 1S1UA 3DMJA 5AQIA 1RDWX 4KHNA 4DV0K 1TAQA 4FYDA 3O4NA 2FXUA 2DY4A 5C15A 3OYHA 4BVOA 2HHUA 4O55A 1J9AA 3TSPA 3HK2A 1WBDA 4C8LA 3N4PA 1YXQA 3GOIA 1RT4A 2F4VK 3EKSA 2HHTA 2E1YA 1M90O 3ZYYX 2PAVA 3LDNA 3O6WA 4K41A 3ZSWA 3K9KA 2V51B 3AVIA 1LW2A 3MEGA 4RW7A 1Y97A 2E6MA 4B8AB 3U9DA 5C2FA 3NGYA 5DK5A 1WSHA 5JLHA 4FJIA 4M45A 3ZT0A 3D6RA 3QEWA 1NK4A 1YTUA 1VQ8N 3THYA 3HO1A 1NMNA 4FJLA 3CI5A 2W40A 3UB5A 1KAXA 3QEIA 4K43A 1JLCA 3C7NB 3E01A 3HM9A 3MMVA 4KRFA 1D4XA 3NH2A 3WXIA 4A2BA 1OKJA 3S3NA 4BWJA 1ATNA 2HBMA 2HHSA 3LZJA 4L8RB 1XHZA 1F21A 4QS7A 4WFBL 4LF7K 4CHZA 2Q36A 4ID5A 4DTMA 1FKPA 2HMPA 4CJKA 3VQBA 3T7ZA 3AVMA 1W97L 4OKJA 3VF6A 3VEYA 5DMRA 1RDCA 2OPRA 3TTCA 4CHNA 1TGOA 3ENOA 3K5LA 3J7AP 3B8AX 3E9LA 4NXNK 4FM2A 1DKGD 1OH6A 5AFUH 4ELTA 3PIOL 3CD6N 1DEJA 3AGKA 2FSNA 4HCBA 2CH6A 4CJEA 3SPZA 3MXMA 4BRQA 2A1RA 2NNWA 1NGGA 3C95A 5BRDA 3THWA 4L3QA 3SZ2A 3DLHA 2QXFA 3IUCA 3UKUB 4A61A 4BG9A 1CLQA 4CJSA 4DV1K 2DPNA 1Q18A 1TVRA 4FWNA 4H0TB 4YOUA 4DLGA 4FJ8A 4CBWA 4HUFA 1J5EK 4LSNA 3GDQA 3R3LA 1U2VA 3TANA 3LPTA 4H5TA 3SUNA 4DSLA 1RBVA 3HT3A 3CF5L 3V9UA 5FROA 2IC3A 1NK6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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