4BR1 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	245
structure length	228
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Differential Proteolysis in Human Triosephosphate Isomerase rcsb
source organism	Homo sapiens
total genus	87
structure length	228
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-06-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4br1A00

1C8VA 3Q58A 4TU1A 1TV8A 1IGSA 1DQWA 1TTPA 4RXGA 2NUXA 3SJ3A 2GVGA 2RKXA 3ABRA 2O7SA 3LRKA 4RV8A 5FF3A 2Y6ZA 4AHOA 3EX4A 4ML9A 3ATYA 1GJPA 2NWRA 5J5DA 2FLIA 3W84A 3NQEA 3FIGA 3PM6A 4CQ8A 2QCGA 1LOSA 5EA9A 3TIMA 4NVTA 3G1SA 3O07A 2E68A 1JRCA 3Q94A 2P1FA 2YYTA 4UC5A 3WK0A 2ZZ4A 4YLWA 1SW7A 3TC7A 2QCMA 3GNNA 4HSNA 4UTTC 4QQ3A 4JDBA 1EX5A 3LBCA 4P2VA 1SZGA 1SO6A 1V5XA 4KWVA 5CPLA 3WFAA 2JKPA 4UUIA 4HNTA 4NJGA 2YFOA 1H62A 5EBUA 1VRDA 1SPQA 1H7XA 4QSHA 5DY3A 5CZTA 2WSRA 4K39A 1WYIA 1FBAA 5LSMA 3F03K 5D33A 4Z1CA 3T4CA 1R2RA 3H55A 3R13A 3NGJA 2J88A 4YWIA 4JY9A 2ZQ0A 1NSJA 4AH7A 1GVQA 1B9BA 1FWTA 3UXDA 2QCDA 3S1UA 3B0UX 3G1HA 1IIHA 1CX9A 2QJIA 3DXIA 3TNOA 3EX3A 3NVTA 4O4VA 4MY9A 3VKJA 2PCQA 4MY1A 3G18A 5I3KA 3LXCA 4DEFA 2WSYA 2R8WA 4EF8A 3B05A 1W5OA 1NEYA 1K7XA 1OX4B 3HGSA 5LHEA 3C2FA 3KAOA 3OBKA 5AHIA 3SIZA 1M7OA 1P0KA 1ZY9A 1W56A 1LRQA 1MSSA 1YLVA 3QSRA 1XDMA 2QF7A 3LCIA 4IJBA 2C15A 1XBVA 4XWUA 4S2BA 3W6YA 4CQ9A 1RVGA 3GAYA 3DH7A 1YDNA 1SFJA 5F4WA 2R94A 2CFFA 1ZHAA 2WNNA 1C9DA 5AHEA 4O17A 4FNUA 5HWMA 4LV9A 3S5NA 3PSVA 1OFQA 2A6NA 4IMCA 3L65A 3D0CA 1QO5A 4BI6A 1VLWA 2NX3A 3M16A 1XKYA 3TXZA 4ZQPA 1SZFA 3EWZA 2RFGA 3SI9A 3W74A 5FEZA 3ATZA 5L9FA 3LHWA 3B0VC 1PE1A 4DO5A 3CPRA 5D37A 4CCCA 3UZ5A 4JTIA 3QPYA 4N4QA 1PV8A 3T7VA 2ATMA 2A7RA 1G4TA 2CLMA 1R2TA 1OFEA 4L4MA 1KM1A 4JTHA 3RF9A 1I2PA 5KITA 1H7RA 1G67A 1Y0EA 1LTDA 2NXGA 5CSSA 3PSWA 3VE7A 2AAMA 4FNTA 5AFDA 3GDRA 4LNYA 4FHAA 2G95A 1VCGA 5LHFA 2H8ZA 3NOEA 3TSDA 4JN6A 4ICNA 3QQ0A 4G1KA 5C54A 5AHFA 3C0JA 3A24A 4N9BA 1F74A 1XBXA 2A4AA 2B7NA 2WNZA 2VELA 5EYWA 5G5IA 3IIVA 5D02A 4OE7A 3M7WA 1M7PA 3GXTA 3R2GA 1TPWA 3GX9A 1OFAA 1RV8A 3HG2A 2ZRWA 4N9DA 3LOTA 3E49A 4J9JA 3DFSA 2HS6A 3MI6A 2J6XA 1FCBA 2Z6JA 2YXGA 4M5PA 4ZZ9A 2J27A 4A3UA 2QCNA 2ZDRA 1XFBA 2TPSA 4ORIA 1TV5A 2W0UA 1KM0A 3NPUA 1KLYA 1D3HA 3CIWA 5F1VA 3TAOA 1KM2A 4ZL1A 1KLZA 3NL5A 2NV2A 3LV5A 1FXQA 3W1NA 1C29A 3L68A 3MBDA 3TSMA 4CLMA 1X6UA 3TQVA 3N14A 3M5ZA 3OVPA 4BWLC 3MP4A 4LS1A 2ZZ6A 4JIPA 3TFCA 3M0ZA 5G2HA 2ZYFA 4FNRA 4UTJA 3RLUA 3QM3A 4MJMA 4TO8A 4H3DA 1QMLA 2EHHA 4K8HA 3KVKA 3S0CA 3BPWA 3PB2A 3W7NA 2QCEA 1WQ5A 1QPNA 3W2JA 2X2GA 3E12A 3DHDA 1GG1A 4PEKA 4NNBA 4GWEA 1FCQA 2B7QA 4MPQA 4YCOA 2G5WA 3EWYA 3TR2A 1TV7A 4DO6A 3KVMA 4ZVJA 4JX6A 1LBFA 4NU7A 3TKFA 5LKYA 4TMBA 4O11A 4N6FA 3PG8A 4I9AA 1U5JA 2ZZ7A 5CGQA 4DBEA 4JYFA 2V2DA 2GPTA 2Y7GA 2PC4A 3C3NA 2H8XA 1A5CA 3UYCA 4DPPA 1LRNA 4KFPA 5TQLA 3TW7A 5K3VA 4O53A 2E5CA 2RDUA 4ADTA 4MFDA 4C1LA 4K37A 3LHVA 4FIRA 5FEPA 1KFJA 2QCFA 5EL1A 1QOQA 2FB3A 4IMEA 2I1OA 2DZVA 2QJHA 2YDAA 4GBUA 5DN1A 1RQHA 3C6CA 5CKSA 3S1VA 5BMXA 3FFSA 1ADOA 4AF0B 1OFDA 1H50A 3TAKA 1W3NA 1FDYA 3BV4A 1L6SA 3LI0A 2YYUA 1XXXA 4WOZA 1D9EA 4K7VA 1FWWA 1XL9A 3QJAA 3GR8A 3P62A 1VH7A 4IWWA 4UR8A 5CZJA 3QQ1A 3NQVA 1PIIA 5DCEA 4ZQNA 2HSAA 1TSIA 1F6KA 2C1HA 1KM4A 4LVAA 1OG0A 2LLEA 3P74A 3KRZA 3W9ZA 3FKRA 4ADUA 3BARA 1WV2A 3QF0A 3C2RA 3MI2A 2VENA 5DLCA 1WBHA 5HQEA 4O0ZA 3RLVA 4JD4A 4A2SA 3CIXA 3G1FA 3EX2A 2Q8ZA 2KZHA 3NZRA 3O6CA 1EP3A 3NM1A 3UZJA 1UBSA 2DZTA 1CW2A 4A29A 1SFLA 1KTNA 2ZA2A 5FF7A 4WOQA 2FPYA 4M6VA 2QAFA 4OV4A 4JTLA 3USBA 3INPA 1I2RA 4WUIA 3GKAA 2X30A 1B4EA 1F7BA 1YXCA 4JX4A 4EIVA 4LOCA 1TPFA 4HIBA 2NUWA 1G4PA 1JCYA 3B8DA 4YCPA 1WAUA 4NUWA 4EVZA 2D73A 3GKFA 3OEXA 4NNCA 5K9XA 1QAPA 4PTNA 3GYEA 2E09A 1FCUA 3FYPA 2QCHA 5E0KA 3LTYA 4O15A 4N2YA 5K9CA 1Q45A 3LCHA 1VCVA 3LTSA 3BLEA 2FJKA 3NL2A 4M6PA 3V1PA 1XBZA 2H3DA 3C61A 4XUGA 3TROA 1LBLA 1FDZA 4GUJA 3UWZA 2VFHA 3MHFA 3OVQA 2PRMA 3S5YA 4Q33A 5HWNA 2C14A 4X9SA 3PF3A 4UTWA 3CHVA 1ZNNA 1JULA 4NZFA 2XFWA 2W6RA 1K8YA 3G3MA 2P0OA 3L67A 4XZ9A 1OFRA 4AHPA 2ZZ5A 4B5NA 1G7UA 4UFMA 2ZA3A 3OIXA 2CLLA 4E2DA 4WD0A 4ADSA 2OX1A 4PA8A 1R30A 1GYNA 2Y89A 2GQ8A 3G3DA 3T78A 1B57A 2Y70A 4IOTA 4CNOA 1SUXA 4NX0A 3HF3A 3TX9A 1MXSA 1I2QA 2DZSA 1VHNA 3KXQA 1UUOA 5FF0A 2YW4A 3IV3A 5AYZA 1JUBA 2VFEA 4N9EA 4ALDA 1X1OA 2QJGA 2W79A 4TMCA 3TC6A 1SQ7A 3I68A 1G4EA 2QUUA 4Y6GA 1I2NA 3BW4A 1BWLA 2QDHA 4LVDA 3PAJA 4DXVA 3W7HA 1UCWA 3HGOA 1EWDA 2VEKA 1AW2A 2E6FA 4QISA 1LOLA 4KKXA 2A0NA 4JICA 1ICQA 1THFD 5J5RA 5DCDA 2GQ9A 4PFMA 4WY0B 5HNRA 3QEZA 4IMDA 3MHGA 4IX0A 2E6YA 3TA6A 4NT0A 4NZJA 4LTSA 4XTDA 1KBIA 2JKEA 1WX0A 1H7OA 3CWNA 3QW3A 4JDYA 3PG9A 4RZ5A 1AK5A 1Q6LA 3NQ2A 3WK1A 3QSTA 4O57A 5KTLA 2AQWA 3GDTA 1O5XA 5EPDA 4O8RA 3G24A 4CNNA 4E0CA 1KV5A 4PH6A 1JRBA 4KWWA 4UTTA 1W1ZA 2Q8LA 4IXHA 1TPC1 3KVJA 1YPIA 3O6DA 2TMDA 5HINA 2B7PA 3KRUA 4YL2A 3T55A 4MVAA 2F84A 2TSYA 3C56A 4LVFA 3M47A 1GQNA 3O63A 4MZ8A 4W9TA 5I3FA 4UIOA 2CLKA 1GOXA 1XBYA 4UCGA 4IMFA 3NNTA 4Z08A 4DF2A 1KFLA 1KM5A 1H7NA 2YW3A 1PCWA 1GWJA 3EWBX 3QMRA 4N02A 4GUFA 1HL2A 2V30A 3MJYA 5D30A 1OK6A 1P0NA 3U2OA 3W7PA 3FS2A 1W31A 1ZFJA 1TTIA 4X2RA 3PUEA 4UFHA 3W7KA 3M43A 3IEBA 4FXRA 3HQ1A 2XN0A 1DVJA 3B03A 4UNKA 1RR2A 3I7RA 3SFKA 4OWGA 3LRLA 2WPBA 1M6JA 2PRLA 3SGZA 4L4LA 4PL1A 3O16A 3T44A 4HNUA 4YXGA 1ME7A 1I2OA 3BGGA 3GLCA 4JGDA 2FPTA 5AHNA 5HR6A 1H7PA 4OU1A 1WXJA 3NQFA 3OHIA 1ICSA 4IQLA 3JR2A 3IIZA 3QZEA 2ZRUA 4JTJA 3IIOA 1SW0A 4CCEA 1OYAA 3O1NA 4OGZA 3QYQA 2WQPA 1K8ZA 4CCDA 1W5PA 3L5LA 3NXFA 4JYDA 4LW7A 1W5NA 3NEVA 3H54A 4NX5A 3W1QA 3STFA 2AGKA 3N73A 3LXBA 4FXSA 1QCWA 3GZ3A 1WOBA 1AW1A 4NXKA 3LCWA 1NFBA 5D2VA 3B04A 4FEZA 5HMSA 3TQ0A 5BW6A 3GR7A 3W1RA 3HPSA 3TMQA 3DGRA 4IMGA 1VR6A 1TPDA 2CW6A 3GK0A 1YDVA 2A2IA 4XKYA 2E6AA 2X1RA 3HGJA 4N6EA 4AWSA 5CSRA 1QPRA 3I65A 3PVFA 3PWAA 2ZA1A 2BSLA 3IIPA 3C2OA 2VFIA 3G22A 4O52A 4TR9A 4AB4A 1LLWA 3P81A 1VPXA 2R14A 1YTKA 1SZEA 1T8XA 3O15A 1EUNA 2ZTJA 2Z1BA 3G1DA 3S42A 1SSDA 3CEPA 3MO7A 1FY6A 1DJNA 3UWWA 1VYSX 1JQXA 3M44A 1F73A 2DZUA 3LHTA 1OF8A 2TRSA 4UFJA 3LGEA 3STGA 3TU9A 4WJEA 3MUXA 3ANYA 3PBUA 4UTUA 2ZRZA 1SSGA 3P5YA 1KTBA 4O28A 4O1BA 4ZQCA 3EXSA 1ZJIA 3CLMA 3O8AA 4O0KA 1X1ZA 5LNUA 1G4SA 3CU2A 1LORA 3MI3A 4TIMA 1IF2A 4HT3A 3TJXA 3NL6A 3TXVA 1ME9A 3L5MA 3W83A 1EP1A 1PHQA 3S8HA 3L0GA 1EWEA 2VEPA 1MO0A 4JX5A 4LC6A 5T26A 1ZAJA 3WJYA 2R91A 5LNWA 3W85A 5E1QA 4AXKA 1OJXA 3LHUA 1YXYA 1OABA 1G6CA 1WDWA 1N55A 5F4SA 2V8ZA 3DFQA 4OQVA 5CZ0A 4AAJA 4LWWA 2VKZG 4N4PA 3IVUA 4ONVA 3NQMA 4S2CA 3LCXA 1Q6OA 1JUEA 1SO5A 1W54A 4BWLA 3W7GA 2CLFA 1TMHA 1AMKA 4O14A 4RKAA 1HG3A 2UV8G 4LVGA 1OVDA 1VCFA 3G1AA 5A8GA 4K38A 2V5LA 3W7EA 4DF0A 4Z1BA 3L5AA 5DY2A 3TUUA 5CZSA 4QNEA 4MFEA 4BF9A 2C19A 4BK9A 1TIMA 4PL2A 2VFGA 1G69A 3BG9A 3WJWA 4DBDA 1OYBA 2HTMA 3OG3A 4RJEA 3HGRA 2VOMA 2ALDA 1ICPA 3NM3A 3LM7A 3O05A 4O1AA 3PR2A 3RU6A 1PVNA 3P84A 4JS3A 1PS9A 1NVMA 3BLIA 3W7QA 4DELA 1WOAA 3EXTA 1FX6A 3EKLA 3PUDA 3P5ZA 5AOUA 3CC1A 4O1DA 4R34A 1GEQA 1SW3A 2WNQA 2ZZ3A 1HUVA 5D09A 3QH2A 3PY2A 4OHQA 5F4XA 2Z6IA 3QPZA 1GVRA 4FO4A 1WBJA 4GC4A 1A53A 1QWGA 5FI8A 5E93A 4R53A 3KOFA 3W1UA 2VXNA 2NLIA 2JK2A 1H60A 3UD6A 4AVFA 3E9AA 5HWJA 1Q6RA 2V2CA 5BOOA 2Z2UA 4ZMGA 2I14A 3CT7A 1VJIA 3W7LA 3NPVA 4RK8A 1LDCA 3TMLA 4EOUA 5LNVA 3AO0A 4DQWA 1YTDA 3HG4A 5FEWA 1H1YA 1ZENA 4DO4A 5F2GA 2NV1A 3HO8A 5TBOA 1W0MA 1LM1A 1FWSA 4BI7A 2BXVA 2WSQA 1GYLA 1SR9A 1LP6A 3HPZA 1A5BA 1P1XA 3W1LA 2C3ZA 5HULA 4MZYA 4QIUA 3KFTA 5LNSA 4Y96A 3ZWTA 3S1WA 6ALDA 4H6KA 3CWOX 3UQNA 3DFPA 3MWAA 1MEIA 4O18A 3IGSA 4I7VA 3DFNA 3TW6A 1GTEA 5KMYA 4IUOA 1XC4A 1OF6A 4X3ZA 1RPXA 1GT8A 5KZEA 5F2IA 4MYAA 4UR7A 3Q2DA 1H61A 2C13A 3K30A 3VE9A 1SU5A 5FF4A 4PCFA 1XI3A 4IPIA 4GUHA 1K02A 2FIQA 3F1QA 4RZ4A 3W2KA 5F1UA 1OX6A 4WXYA 3GXPA 4AMAA 2ISSA 5AN7A 2VFDA 1TPVA 3MW7A 3GDMA 3HPXA 1BWKA 1OHLA 4LV4A 1BKSA 1RD5A 5U7SA 1UUMA 2OCZA 1I45A 1QDSA 2DZPA 4NQ1A 3FA5A 3NYZA 4IXXA 4BFAA 2C16A 2RH9A 3N34A 1OFPA 1LOQA 5A5WA 3KVLA 3MYOA 4MLJA 5IBXC 3FEMA 4LC8A 3TK7A 1S5TA 1VYRA 1JCXA 4RZ6A 4LRSA 3UWQA 5DELA 3BG5A 3NR0A 1KM6A 3IGXA 3P67A 5FEXA 3TSBA 3W75A 3CEUA 3P8IA 2GVJA 4E2BA 4ZQMA 3B06A 4CNPA 4JEQA 3GAKA 1VGAA 3V75A 3EX6A 3G0XA 5DCBA 4BR1A 4ZQOA 4HPJA 4FNPA 1G7VA 4UTMA 1R2SA 4FX8A 3W1TA 4MKNA 2GQAA 3GNDA 3NQDA 4AEOA 4UMAA 4IX2A 1FQ0A 3HB9A 3P61A 1KW1A 2PRHA 2JBMA 1TYGA 3DKJA 1L6WA 7TIMA 1YPFA 5G1YA 4KFOA 3NQAA 2EPHA 2XN2A 1WA3A 3F4WA 3QRHA 4MIMA 1H1ZA 1LRTA 3R5EA 2OZ0A 1KFKA 3LHYA 3ELFA 4NNAA 4HPXA 3A5VA 5CPMA 3ZS4A 4WZHA 3NQCA 1JVNA 4K36A 2E5DA 1EPXA 5D2YA 3LERA 2DZWA 5FF2A 2V82A 2NZLA 3E0IA 1SO4A 2HMCA 6TIMA 3ABOA 3GIYA 1OFBA 4N9CA 5H91A 4RCXA 1FXPA 3E02A 1LROA 3N9SA 3L66A 1K7FA 4H4IA 3W7CA 2YFNA 3W23A 3CTLA 5D2XA 4NXSA 4MUZA 3VNDA 5DBTA 2PE4A 2IQTA 4RX0A 1YDOA 1O60A 4AHQA 2I9EA 4MLRA 3DAQA 1A5SA 3WJXA 1B4KA 3S6DA 3W88A 2V0TA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BR1A

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