4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
4BVOA 2QW9A 3MN9A 2KHOA 2V52B 1ZXOA 2GTDA 3WEEB 4MLHA 4H0PA 1TUYA 3BEXA 4BRAA 3SJHA 1GLEG 2E1ZA 1P8ZA 4FOIA 4LC9B 2W40A 1T6CA 3IUCA 3VEYA 4CD3A 2W41A 3GOIA 3ZX0A 3ZETA 2FF6A 1KAZA 2Q97A 1HKCA 3WUHA 1NGJA 3HZ6A 4K42A 1QQMA 3KZBA 1NGFA 4A2BA 1NGHA 3LDNA 1NGAA 4B1XB 4MO4A 3HTVA 3VGKA 4M63C 1HPMA 3O6WA 3FZMA 3QDKA 3VEZA 2Q36A 3DAWA 5KPZA 3CJ7A 3VEVA 4J8FA 2ZF5O 3DXMA 3BUZB 4H5NA 3VENA 3RSEA 2A5XA 4DCHA 1QZ5A 3VF6A 1X3MA 1Y64A 3VF4A 2P9KA 1LOTB 3VPZA 1TYQB 2YHYA 4IWVA 2A6AA 1RDWX 3GBTA 4O8KA 3UE5A 2P9IB 3VETA 5ADXH 5F0XA 3DXKB 3VERA 2VCPA 3EZWA 5EY4A 1QZ6A 4ISEA 2CH5A 5AQKA 1K8KB 2CGLA 4CBUA 1WOQA 5AQTA 3L0QA 2AP1A 4C23A 2QWLA 5AQLA 2GELA 2HF4A 3ATVA 1YUWA 4BC3A 3AARA 1ZBSA 3W3DA 2P9LA 2CGJA 5FPNA 2QWQA 2WUSA 4H5RA 3VEWA 4XH1A 5B8HA 3H3NO 1SAZA 2J4RA 3CJ9A 2E1YA 3QMLA 2E2QA 4EHUA 5BPLA 1HLUA 5BN9A 2BTFA 1BOTO 3LDQA 4BRPA 2I7NA 4ISGA 4BRLA 4IJAA 1DKGD 1JCFA 5AFUH 3U9DA 1BO5O 3IMXA 3WXIA 1GLDG 1Z05A 3BP8A 3FZLA 3CHWA 3ZX2A 3L6QA 2ZGZA 5EXWA 4H0VB 2CGKA 2P9PB 3O8MA 3S41A 4FWPA 4FSVA 4FWKA 3U9ZA 3BF3A 2OANA 4BC5A 4BRCA 4CZIA 5AQOA 3QBXA 1Q18A 5E84A 4FWMA 1ESVA 1T6DA 4JNEA 4BRQA 2FF3B 1GLCG 3FFKB 2D4WA 5ELZA 2GWJA 1NBWA 3A0IX 4CJ7A 1QHAA 2PAVA 4B1ZA 1KXPA 1HX1A 1NMDA 4I6MB 4FPAA 4JD2A 4BRIA 3QFPA 3DWLA 5AQFA 3LDPA 2QM1A 4AM6A 5JLFA 1NGCA 3CETA 4M7XA 3UKRA 3ZEUA 2Q0UA 3B8AX 4FWOA 1E4FT 1Z6RA 3CJ1A 1V4TA 3QICA 2QWOA 5EX5A 4K43A 3UB5A 1RGIA 4H0OA 3EN9A 3KVGA 1QQOA 3H3OB 2H3GX 4BG8A 5KQ8A 4NB4A 4RWTA 3KHYA 4FO0A 4WQ4C 2P9UA 3A5MC 4BC2A 2UYTA 3FZFA 2DPNA 3FR0A 1T44A 2GEMA 2Q31A 4XEIA 5AZJB 4B1YB 4BGBA 4EAHD 4YDUA 3ATUA 5I9EB 4B1VA 3DXMB 1D4XA 1NGIA 3MN6A 5E26A 3VEOA 2E2NA 1BA1A 4K25A 2P9KB 5AQPA 3O4WA 2QWRA 3D2EA 3EKSA 1C0FA 3R6MA 5F2RA 4H0TB 4GY2B 3ULEA 3CJCA 3I8BA 3I33A 3VGLA 4IXCA 4RTFD 4BR2A 5JLHA 5AQQA 3CJBA 4WQ4A 5LJVA 4B1UB 1V4SA 5KPTA 3LDLA 1ATRA 1R59O 2NRHA 2A41A 4A2AA 1DGKN 1GLFO 3IFRA 3CI5A 3HBTA 2FLOA 5BREA 1C0GA 2F9TA 3BF1A 2QWMA 2ASMA 5AQIA 1BU6O 1MA9B 3CQXA 2YHXA 2E2PA 3UKUB 3ENHA 3R9PA 2D1KA 3W0LA 3HSCA 4FL9A 1ATNA 1GLBG 3L4IA 3H6EA 4DQ8A 3GDQA 2V7ZA 3QBWA 3WEEA 4BR7A 5BRFA 2NZTA 3MN5A 3VESA 3SMSA 1IJJA 4BRDA 5KQDA 5JICA 5AQXA 1SZ2A 2PBDA 5AQUA 5AQWA 3FZHA 3QFUA 4FWSA 2BUPA 4IO8A 2GWKA 2AA4A 1YXQA 2HOEA 2FSKA 4H5VA 2Q1NA 4FOEA 1KAYA 4BR4A 5FPDA 3WQUA 4BRFA 2D0PA 3WQTA 5FPEA 3A5OC 2E88A 3SK3A 2P9SB 3CIPA 4FPBA 5AQNA 3GL1A 4DB3A 3CQYA 3O08A 3JXUA 3SMPA 4B9QA 4HWIA 3MCPA 3C7NA 3A5NC 1DEJA 4KBOA 3GG4A 3WXKA 1NGEA 5TKYA 4BRNA 4CZEA 3TU5A 3ZEUB 3MK6A 4BRHA 3ID8A 5AR0A 1TYQA 1XC3A 2I7PA 3H1VX 4WYBA 2FXUA 5AZIB 2Q2RA 1HKBA 3DXKA 5BR9A 2QXLA 4CZKA 2FSJA 1K8KA 3G25A 4IZ9A 1BWFO 4MO5A 3VGMA 4L3QA 3MN7A 1SQKA 2V51B 4GNIA 5ADXA 2E8AA 1GLJO 4CZHA 1NGGA 3LM9A 1MDUB 4YDUC 1OKJA 2IVPA 2P9NA 3WXJA 4BREA 5EOYA 2Q0RA 5BN8A 3F9MA 4CZMA 2IVNA 3AAQA 3VF2A 2A40A 4M7YA 3ZETB 3QB0A 4EIAA 4JN4A 3EO3A 4BG9A 4FWQA 4K41A 1U2VA 3AAPA 4PKGA 3TPQA 5AQRA 1YAGA 2VYPA 5AFUA 4CBWA 4BVPA 2P9PA 3P4IA 4JAXA 3EKUA 4BRGA 4DHYA 4BRMA 3JS6A 4RCHA 5AQMA 4A62A 3RSEB 4AM7A 3LL3A 4FWLA 2QWNA 4BRKA 1CZAN 3OHRA 5BRHA 5EVZA 3FGUA 4JHDA 4PKHA 4CZFA 3WT0A 3MDQA 5AQSA 1X3NA 3O1BA 5FPMA 1S22A 1HJOA 3D2FA 5BPMA 1NGDA 3EL2A 1TUUA 2IIRA 4HTLA 3SLCA 2CH6A 4I6MA 4H5TA 2ZWHA 3AY9A 2P9LB 1H1VA 1XUPO 3ENOA 5F1XA 4CD1A 5AQJA 3LM2A 2ITMA 4BROA 3MMVA 1ATSA 1G99A 1J6ZA 2EWSA 5BRDA 1EQYA 4BQZA 2E20A 3R8EA 3A5LC 4MLEA 4WQ5C 1BUPA 4BC4A 3D7EO 2A3ZA 3IDHA 3VEXA 4F9OA 3U8XA 1JCGA 1NWKA 1S3XA 4H0XB 2YCHA 5AZJA 3O5BA 1HUXA 3C7NB 4ISFA 5AQGA 4CI6A 3DJCA 1NM1A 4BR0A 4FWNA 1BA0A 3FE1A 1NLVA 4XH5A 1E4GT 2YJEA 1WUAA 5LY3A 2FSNA 3H46O 2V7YA 4WQ5A 1JCEA 1ZC6A 1U6ZA 3WXLA 1QQNA 3LDOA 4PL8A 1YVNA 1RFQA 5AQYA 3A8YA 5KPRA 1LCUA 2HMPA 3M6GA 2YI1A 4BQLA 5AQZA 4JD2B 1NGBA 3U4LA 1GLAG 3CJAA 2P9NB 3FZKA 3UKRB 3J8AA 4CZJA 3UKUA 5LJWA 3HM8A 3C0BA 4EHTA 3HI0A 2P9IA 4Z94A 5JMVA 2D0OA 1MWMA 2GUPA 4B1WB 1XQSC 5BPNA 4IJNA 5CE3A 3H1QA 1GLLO 1U2VB 2E2OA 2P9UB 1X9JA 4E1JA 3M3ZA 1HKGA 4PKIA 2QWPA 2YJFA 2ASPA 1MWKA 4BGAA 5AQHA 2YHWA 2IVOA 3D2EB 2A42A 4JHDB 4Y0WA 4H03B 4FWRA 3ULEB 4BR9A 4H5WA 2P9SA 4O5FA 1IG8A 4NO7A 2ASOA 3O1WA 3D2FB 3H45C 1BG3A 4QS8A 4H0YB 1BDGA 4QS7A 4EFHA 2VWBA 1KAXA 5AQVA 3VOVA 4PL7A 2ZGYA 3M1FA 4QS9A 2NLXA 3FLCO 4BR5A 4A61A 4XH4A 2HF3A 4CZGA 3O80A 3ZX3A 5AZIA 3GE1A 4CZLA 3CERA 4CBXA 2F9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KZMA 4GVMA 2KHOA 3OYNA 3TAEA 2V52B 1ZXOA 3L2VA 4GVEA 3JSMA 1TUYA 3OBYA 3RR8A 4FZZA 4Z4HA 4B3SK 1NK9A 3DLEA 3NF8A 4JYAK 3HVTA 1P8ZA 4FOIA 3DLKA 4CD3A 3IUCA 5GIPA 4FJXA 2W41A 3GOIA 2WONA 1KAZA 3E9LA 3CCEN 3KZBA 4FJJA 1ASUA 3ZSYA 2VWKA 3LDNA 1KFDA 3SUQA 2O8CA 4B3RK 3AVJA 4CFAA 3ZSWA 4AHSA 1IKXA 3CM6A 1U48A 3RR7A 3DXMA 4DTOA 4H5NA 1VSLA 1Y64A 5TKWA 3VF4A 5I3UA 3ALYA 3EYZA 1NJXA 3UE5A 2P9IB 4DU4A 3DXKB 4ISEA 1WOQA 5AQTA 1WNSA 1EETA 2IAJA 4M45A 2GELA 1ZYQA 3ATVA 4BC3A 1M90O 3BY5A 5FPNA 2QWQA 4H5RA 4XH1A 1IKVA 2KLAA 5B8HA 1SAZA 1HRHA 3CJ9A 2E1YA 1HLUA 4CFCA 1JXBA 2BTFA 3T3FA 4OLAA 4OPKA 3M8PA 5KTQA 3K59A 3IMXA 4CGDA 1GLDG 4YOUA 2X6NA 3AVHA 3CCJN 2ZE2A 2B5JA 1VQLN 3TTFA 3PV8A 4FWKA 4BC5A 4O8UA 2XO7A 1VSIA 1KLNA 4FWMA 1ESVA 1T6DA 4JNEA 4JKGB 1GLCG 1BI4A 3BGRA 1BL3A 3TTCA 5ELZA 1RTIA 3ZLJA 1NBWA 4CJ7A 1G15A 4B1ZA 4KB0A 4I6MB 3CCQN 1T8EA 1ITGA 1NKEA 3PIPL 4CK2A 1UAXA 3QFPA 3DWLA 3V4IA 5AQFA 2OZSA 4DSJA 1U45A 2HVIA 2QM1A 2P5OA 4JKBA 4DV3K 4DV1K 3EEQA 4CF9A 3G6EN 1KTQA 3SBGA 4DFPA 1VQ8N 1VRTA 3LZIA 3QICA 5CYMA 1Q9YA 2H3GX 4BG8A 1OH7A 4EP5A 4A59A 4CJPA 2P9UA 4YOTA 1SKSA 4WFAL 3T1HK 3FZFA 2DPNA 3FR0A 4XEIA 4EAHD 1SS6A 5I9EB 3VQCA 3DXMB 3NBPA 2FBXA 3TABA 3O4WA 4JI6K 2O8EA 5F2RA 4GY2B 3ULEA 3L3VA 5SZTA 3CJCA 3VGLA 3CCSN 4RTFD 4BR2A 4QOZB 2PY5A 5M1FA 4HTUA 1TGOA 1RDUA 3AO3A 1ATRA 2NRHA 1DGKN 3AVMA 3E9PA 3ZT2A 4DFKA 3VTIA 3PX4A 4FXDA 2RN2A 4DUZK 1RBUA 2D1KA 2O8FB 4KHYA 2P1JA 1ATNA 4CEEA 3AVGA 2YHBA 2HSTA 2V7ZA 3WEEA 2G8FA 1DTQA 1NOZA 4KHNA 1IJJA 4BRDA 1ZBHA 1NJWA 3KD5E 3FZHA 3VQ6A 2XY7A 3DOKA 3QFUA 4CEAA 5J2NA 1YXQA 2FSKA 1YI2N 4GW6A 2VGNA 4IOCL 1W2BM 1YHQN 1BHLA 1CZBA 5FPDA 5HLFA 3O4NA 2E88A 3SK3A 1JKHA 4M3ZA 1WSHA 3V1QA 1HNZK 2NNWA 3SMPA 4CW7B 2QXFA 4AILC 1N33K 4RW8A 3C7NA 3AO2A 1K73O 3A5NC 3F73A 1DEJA 4KBOA 3WXKA 1NGEA 3OS0A 1I3AA 2XY8A 3HVRA 3MK6A 1Q81O 3ID8A 1XHZA 1TYQA 1OH8A 2YX6A 2Q2RA 1HKBA 3PY8A 5C2DA 2FC0A 4KH5A 2E6LA 4IZ9A 1XMOK 4HUGA 2NRXA 3PO5A 2V51B 3O3FA 2RE2A 2E8AA 4Y1CA 4CZHA 1NGGA 3HYFA 1RBVA 3AVCA 1D9FA 4RW7A 3LM9A 2P9NA 1ASWA 3WXJA 1KLMA 3F9MA 1LWEA 4W5QA 1R0AA 2Z1JA 3ZT3A 3PIOL 1Z26A 2Q3SA 3IAYA 4ILJA 2OPRA 4FK2A 4GKJK 1L3TA 3L3UA 4PY5A 3EO3A 1NK7A 2W6LA 4FWQA 3RRHA 4K41A 3VQ5A 1EWRA 4M3XA 3U3GA 4O0JA 3P4IA 4BRGA 3DRPA 4RCHA 3RSEB 4MFBA 1IBLK 1CZAN 3P39A 3OA9A 4LY7A 5BRHA 4JHDA 5FLXO 4CZFA 3VA3A 3OYBA 4AF1A 1X3NA 3O1BA 4DQIA 1S22A 3SQ0A 1C0TA 1DLOA 2IIRA 3SLCA 4H5TA 2ZWHA 2P9LB 4F2SA 4CJUA 1S9GA 2HNZA 3ENOA 4CFBA 5F1XA 3SI6A 1Q7YO 4M3TA 4K0KK 2ITMA 3D6RA 1VSJA 1G99A 1Q8IA 1L5UA 4KTWA 3VQ8A 1K9MO 3A5LC 1FW6A 3MECA 4WQ5C 4NYFA 5CHIA 3QERA 1W7AA 1HNVA 1VQNN 3U8XA 2QI2A 3AA2A 3MWTA 3NVMA 1S3XA 4H0XB 4FLUA 5AZJA 3DI6A 3C7NB 4ISFA 2QK9A 4CI6A 3DJCA 4E7KA 4FWNA 4FJLA 1BA0A 1HNXK 3THWB 1ZBUA 4EZ6A 5M1NA 1B92A 2FSNA 1XNRK 2ZJPL 3F9KA 4DTSA 1QQNA 1RFQA 1RT1A 2D0BA 3NE6A 3Q7CA 1NGBA 1GLAG 3CJAA 2P9NB 4IBNA 1KC8O 3C0BA 4EHTA 3K5MA 4FLTA 1IKWA 4FW1A 4E7IA 3HPHA 3KLHA 2JWKA 1JLQA 3MXJA 1L3SA 5CYQA 3OYFA 4E1JA 1BIZA 4CJ5A 4KHWA 1FKPA 3G10A 4LF7K 3KLFA 5C10A 1EX4A 3D2EB 1EWQA 4OKEA 4JHDB 3WNHA 4HVJA 4O5FA 3NF6A 2WTUA 3BDPA 4DF8A 4QS7A 2HBLA 2VWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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