4BR7A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form i, open, ampnp complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 116
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br7A02
3VEYA 2FSJA 1S22A 3ZETA 2A5XA 4FPAA 3MK6A 1TUUA 3FFKB 5AQKA 1QZ6A 3GL1A 4FWKA 3H3OB 5KPRA 1JCFA 3G25A 1NWKA 4FOIA 2I7PA 3EKUA 3FGUA 1U2VB 3A8YA 3IFRA 4B9QA 4FWLA 3O8MA 3QICA 4EHUA 1YXQA 3WQUA 2YHWA 3FE1A 5AQIA 5ADXH 1J6ZA 3HTVA 4WQ5C 1NGAA 3O80A 4CZFA 1S3XA 3AAQA 3VERA 2VYPA 3GG4A 3SJHA 4FWMA 3ULEB 3FZFA 5LJVA 3ZEUB 3W3DA 1GLDG 1YVNA 2QWOA 1SQKA 3C0BA 3O4WA 2VCPA 1ZXOA 2A3ZA 5KPZA 4K41A 4BRCA 4FWSA 4BRNA 1NLVA 2E1ZA 3BUZB 2Q31A 3MN5A 4BRQA 2ZWHA 2P9UB 3C7NA 3O6WA 5ELZA 1EQYA 2E20A 4MLEA 3W0LA 3D2EB 1NGCA 5AZJA 3P4IA 1TUYA 4EAHD 3U4LA 4J8FA 5E84A 3M3ZA 5AZIA 1MWKA 3FZLA 3ENOA 2PAVA 1QHAA 3WXLA 1K8KB 3DAWA 1V4TA 2F9WA 4PL7A 1NGGA 5AQPA 2ASOA 3I8BA 2V7ZA 2YHYA 4RWTA 2Q1NA 3ATUA 3CJBA 5BPNA 5AQLA 3WEEA 1P8ZA 3EO3A 3HSCA 4DHYA 2AA4A 5FPEA 4CZKA 4ISFA 2GUPA 5BRHA 4H5WA 3QB0A 1XQSC 3ZETB 1T6DA 3KVGA 3A5MC 4BG9A 1KAYA 4H0YB 3VF4A 4YDUA 5AQJA 1BG3A 4I6MB 2J4RA 4ISGA 4WQ4C 2CH6A 3IDHA 1H1VA 5BN9A 4BRAA 2NZTA 1HPMA 2YI1A 2Q0UA 4BRPA 3MN9A 1HJOA 5EVZA 3WXIA 5FPDA 4B1ZA 3O1BA 3EL2A 4CZJA 2ITMA 2CGJA 4FPBA 1MWMA 4M7YA 3VPZA 4BRDA 3IUCA 3QMLA 3LDOA 3FZMA 3L4IA 5AQRA 4Y0WA 5EY4A 5AQMA 2DPNA 4BRGA 3GOIA 1NGIA 2E1YA 1C0FA 4CD3A 5KQ8A 3VGLA 2HF3A 5FPMA 3C7NB 3DXMA 4YDUC 3VF2A 5BRDA 2P9SA 3HM8A 4CBXA 3SK3A 4FWNA 2QM1A 3VGKA 1NGJA 2F9TA 4K42A 4B1YB 1R59O 4FWQA 3QBXA 3LM9A 1X9JA 1KAZA 4MLHA 4BROA 3VEWA 4AM6A 5FPNA 5AZIB 1NGEA 2Q97A 3CJ1A 3H45C 1NMDA 4IO8A 3VETA 1TYQA 2ZGYA 3LDQA 1ATSA 3UKRA 3CQXA 3ZX3A 1NBWA 2IIRA 4PL8A 3WEEB 2GEMA 3O1WA 4A2BA 1Y64A 4ISEA 2OANA 1BOTO 3WUHA 2YJFA 3VF6A 3QBWA 1Z05A 3EKSA 3ID8A 4H0OA 4L3QA 4B1VA 3ENHA 1DGKN 1QQMA 2QWMA 3KZBA 3H46O 2HF4A 3TPQA 3JS6A 3IMXA 3U9DA 5BRFA 4FO0A 5F1XA 4RTFD 4IXCA 3ZX2A 4IJNA 3M1FA 4WYBA 1BU6O 2A42A 4BRFA 3CETA 3UE5A 3ZX0A 1DKGD 2D0OA 3DWLA 4M7XA 2ZF5O 4DCHA 3RSEA 2E2QA 1IG8A 3SLCA 4WQ4A 2GTDA 4K25A 4JN4A 2P9NA 4A2AA 4CJ7A 3U8XA 4CZIA 1LCUA 5AFUA 3S41A 3VEXA 1HKCA 3CI5A 3OHRA 3VEOA 4CZGA 2QWRA 3DXMB 2P9SB 1GLBG 3LDPA 3A5LC 4K43A 2P9PA 5BR9A 5F0XA 4CZEA 1E4GT 3JXUA 3L0QA 5CE3A 2E2NA 2YHXA 1HUXA 2QWLA 4GNIA 2YJEA 1SZ2A 5AQGA 4BRLA 1U6ZA 3LDLA 3EZWA 2P9KA 1TYQB 3CHWA 5AQTA 3UKRB 2BTFA 2E8AA 4H5RA 1V4SA 3QFUA 5AQZA 1GLFO 1GLEG 3MMVA 4QS7A 4JD2A 4H0XB 1WOQA 5AQWA 2W40A 4BC4A 2D4WA 4IWVA 3CJ9A 1HX1A 3SMSA 5TKYA 2E2OA 1Q18A 3CJ7A 5AQHA 1E4FT 3H6EA 3GBTA 2CGLA 4CBUA 5JICA 1GLCG 4XH4A 4KBOA 2EWSA 1SAZA 3WT0A 3AY9A 3O5BA 3QDKA 3MDQA 4O5FA 2GWKA 3MCPA 1YUWA 4BQZA 4CI6A 1T44A 4GY2B 3VEZA 4HWIA 2I7NA 3BF3A 4EFHA 4AM7A 4CZMA 2HMPA 2A40A 3FZKA 3I33A 2UYTA 1ATNA 3LDNA 2P9UA 3RSEB 4BR2A 4NB4A 1GLAG 2ASPA 5AQXA 2IVNA 3H1QA 1HLUA 3FZHA 1C0GA 2P9NB 5AZJB 2Q0RA 3CJAA 3R9PA 4CD1A 4FSVA 2PBDA 1YAGA 1QZ5A 4BRKA 2YCHA 2Q2RA 3VOVA 1JCGA 1BWFO 5EX5A 1KAXA 1K8KA 4BR7A 1Z6RA 4BVPA 4B1WB 4BC2A 4E1JA 3U9ZA 5BPLA 4PKIA 2IVPA 2P9PB 4H0PA 5LY3A 2IVOA 2QWPA 4BR5A 2W41A 4IJAA 3HBTA 5B8HA 2FF6A 2GELA 1QQOA 4JHDA 3B8AX 3HI0A 3LM2A 5I9EB 2E88A 2FSNA 4JAXA 2P9KB 3SMPA 4BRHA 3WQTA 4I6MA 5AR0A 1KXPA 3VGMA 5KQDA 1RDWX 1RGIA 4PKHA 3WXKA 5BREA 3BF1A 4DQ8A 4JD2B 1ZC6A 2P9LA 2V7YA 3FLCO 4HTLA 5JLHA 1ESVA 1IJJA 4XH1A 5ADXA 1NGHA 3DXKA 3VENA 3ATVA 4BR4A 3BEXA 3KHYA 4FWOA 1GLJO 4FWPA 2AP1A 2QWNA 3AARA 4XH5A 5AFUH 2P9IA 4B1XB 3R6MA 2CGKA 1LOTB 1QQNA 2VWBA 3GE1A 5AQUA 3A0IX 3UB5A 3J8AA 5EXWA 4C23A 5BN8A 3A5NC 1ATRA 3HZ6A 4BQLA 4BR9A 4BC5A 5JMVA 3DJCA 5KPTA 3D2FA 1NM1A 3O08A 4LC9B 3BP8A 3CERA 4H5VA 4XEIA 3R8EA 5JLFA 4PKGA 4A61A 5AQFA 2FF3B 1JCEA 1NGDA 1NGBA 1X3MA 5F2RA 1MDUB 3GDQA 1T6CA 2Q36A 4BVOA 1HKBA 3UKUA 1G99A 5AQSA 4CZHA 4H0VB 4A62A 2D1KA 4O8KA 3MN7A 1WUAA 3MN6A 2E2PA 4FOEA 1BDGA 4BRIA 4DB3A 4BC3A 3FR0A 3H3NO 2ZGZA 5BPMA 1U2VA 5LJWA 2FXUA 4RCHA 2QW9A 3CIPA 3QFPA 4F9OA 2ASMA 2HOEA 3WXJA 2A41A 5EOYA 4QS9A 3VESA 1BA0A 1CZAN 4JHDB 2D0PA 2GWJA 4BR0A 4MO4A 3CJCA 1MA9B 1BA1A 3ULEA 4H0TB 3ZEUA 4BG8A 2A6AA 2QWQA 1HKGA 3AAPA 4BGBA 5E26A 4FL9A 4H5NA 2P9LB 1GLLO 4QS8A 5AQNA 1BO5O 5AQYA 1D4XA 3DXKB 2WUSA 1XC3A 4BGAA 1X3NA 1DEJA 1ZBSA 1BUPA 2NLXA 4B1UB 2KHOA 5AQQA 4BRMA 4CZLA 3D2EA 2V52B 5AQVA 4FWRA 2P9IB 4M63C 4MO5A 4Z94A 3M6GA 4BREA 2NRHA 4WQ5A 3D7EO 4EHTA 3VEVA 3A5OC 4JNEA 4H03B 3D2FB 4IZ9A 1XUPO 4NO7A 2V51B 3F9MA 3H1VX 2FLOA 2CH5A 3TU5A 2H3GX 3EN9A 2QXLA 1NGFA 2FSKA 1OKJA 5AQOA 3UKUB 1RFQA 3L6QA 4H5TA 4CBWA 3LL3A 2BUPA 4EIAA 3CQYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FDLA 2FSJA 2JWKA 3PSFA 3ZETA 2A5XA 3HYFA 4E7JA 4E1NA 3V9WA 5AQKA 4FWKA 5KPRA 1JCFA 3EKUA 5C24A 3ISNC 3AVHA 3FGUA 3IFRA 1EX4A 4FWLA 4KI6A 1SL1A 1J5EK 2YHWA 5HRNA 4DQPA 3TAQA 1YVUA 5JS2A 3PO5A 1SV5A 4CECA 3K5LA 4MQ3A 3SJHA 3ULEB 4DV1K 3SYZA 5LJVA 5KTQA 3ZT0A 3ZEUB 3W3DA 3CCQN 4Z4EA 1RBUA 4YOXA 4BDZA 1TGOA 2VCPA 4DKWA 4DQIA 5CR4A 4BRCA 4IEEA 1LWCA 2E1ZA 2O4GA 2PFUA 3C7NA 4C8KA 2BDPA 2E20A 3D2EB 4EZ6A 1ZBFA 3THYB 1VSKA 3P4IA 4B3OA 1ZBHA 4Z4HA 3AV9A 5E84A 3M3ZA 3OS1A 1U47A 2PAVA 1QHAA 3K2PA 3DAWA 1N36K 2ASOA 3K9JA 4E7HA 3I8BA 4IOAL 4CFCA 3EO3A 3B6PA 4ISFA 1JXEA 3QB0A 3J81O 1QSSA 2WONA 3A5MC 4H0YB 4YDUA 5AQJA 4ISGA 1UAXA 1HRHA 5J2MA 2HMIA 2WFBA 2HHSA 1VQ9N 1H1VA 3AVNA 3C94A 3V6DA 4IFVA 4BRAA 2NZTA 4BRPA 3MN9A 1C0MA 4DUYK 4M41A 4JS5A 2G8WA 5LL6Z 4M3TA 1IBKK 1MWMA 3OA9A 3IUCA 4WFBL 3J7YP 3ZSOA 3LDOA 3FZMA 3L4IA 4FJNA 5AQMA 5GAEP 3DRRA 3ITHA 1C0FA 4CK3A 5KQ8A 2WOMA 3VGLA 5FPMA 3QEXA 1L3VA 3DXMA 4CBXA 4CGHA 3AA3A 1NGJA 4K42A 5HRPA 1T7PA 2OPQA 4YFUA 1X9JA 1KAZA 3OYGA 3CPWM 1KFDA 3CMAN 3CJ1A 1RT4A 1NMDA 4O5BA 2UXCK 1TYQA 2BE2A 3IAYA 3NDKA 4CJSA 4RG8A 3QETA 4IG0A 3QESA 4A2BA 1Y64A 4ISEA 1BL3A 4B9LA 3EY1A 3CCEN 1VRTA 1HYVA 1DGKN 2D0AA 2QWMA 2WC9A 1NNEA 4BY9C 2QEXN 1FW6A 2FC0A 4AHUA 4J2EA 4C8OA 4YOWA 5BRFA 2P1JA 5F1XA 4RTFD 4YY3K 3MXIA 4IXCA 3ZX2A 2PYJA 1G15A 1KD1O 3LPUA 3CETA 1ASWA 1WAFA 3MX5A 1XHZA 1D9DA 4M7XA 2W42A 4HUGA 4CJKA 3WNGA 3DLLL 4IBNA 3SLCA 2GTDA 1C1CA 4CIEA 3SV4A 3M8QA 3QEWA 4KPYA 2OCEA 4U7BA 1LCUA 4JI6K 1RT3A 4F4KA 3TARA 3KKSA 1RT5A 3S41A 3VEXA 1HKCA 2OTJN 4E7IA 2HBKA 3KK7A 4FCYA 2YV0X 4DV3K 4LFBK 3LDPA 4K43A 4BE0A 3JXUA 2YNFA 3QO9A 1D8YA 2P5GA 1HUXA 5A2QO 4CF2A 2GV9A 5AQGA 3AVMA 1U6ZA 1VQ7N 4ILHA 3CHWA 1YHQN 3TR8A 1XHXA 3UKRB 3LALA 3EYZA 1QS4A 2E8AA 1XI1A 1GLFO 3AO2A 3MMVA 3U6FA 1VSHA 2G8VA 4QS7A 4FJ7A 4RW4A 5AQWA 4BC4A 4NLCA 4B9TA 2E2OA 3BY5A 2Z1IA 3GBTA 4CBUA 1OH8A 1GLCG 3TAEA 4HCCA 4CFBA 4AHCA 3K59A 3ZSRA 3SCXA 3TABA 1KRPA 1T44A 2Z1GA 1TAUA 3T1AA 3BF3A 3QIOA 2HMPA 1VQON 1NJXA 3VQCA 3LDNA 2XY6A 4DV0K 4NB4A 4FJXA 3OBWA 4ID1A 3KKRA 2ZJRL 5AQXA 2DTUA 2P9NB 3CJAA 2B5JA 3QEPA 2PBDA 4CFDA 4C1NK 4M45A 2FBXA 1S6PA 4M42A 5M1OA 3QINA 3O9UA 4CHNA 5CZ1A 4MDAA 1IKYA 1IO2A 4YORA 4E1JA 3PV8A 3OW2M 4W5NA 3LP1A 2RKIA 3HXMA 4CW7B 4LF4K 4B9SA 5KGWA 4DTMA 1B92A 3OYCA 3NVMA 4DV5K 2QXFA 4JHDA 3MEDA 3LM2A 5I9EB 3IS9A 4NXMK 4IO9L 1RDWX 1RGIA 3IKMA 1RBTA 3KLGA 4GV3A 1X9WA 1ZC6A 2V7YA 4HTLA 1TK5A 4J2AA 1WAJA 3KHYA 1RT2A 5HLFA 2VWKA 3OTOK 4FWOA 4FLVA 3L3UA 5AFUH 2P5OA 4FJ5A 4CJTA 4B9UA 3A0IX 5EXWA 1ATRA 4W5RA 1Z26A 4DF8A 3THXB 5HRRA 3L3VA 3HJFA 5M1PA 1VRUA 2JGUA 5KPTA 1NM1A 5HOOA 4LC9B 4CHYA 4BWJA 2YX6A 1LWEA 4A61A 3V4IA 1HQUA 2IGIA 3CPEA 2HW3A 1O1WA 4CZHA 2D1KA 4DB3A 1JL1A 2E2PA 4DR7K 3SAFA 3FR0A 3K9KA 3H3NO 2EX3A 3MCAB 2FXUA 3D6RA 4CESA 4CGIA 4DFJA 4CK1A 3D0PA 3VN5A 5E41A 1A5VA 3QFPA 1DT9A 1Z25A 2HOEA 5BREA 4X65K 3P31A 5C0YA 1MA9B 4LH4A 3AVLA 4CJEA 4CEEA 3G0ZA 3CD6N 4OGCA 2PY5A 1IV0A 1HKGA 5E26A 4OPAA 2JLEA 5KRTA 3ZSVA 4FJKA 1M90O 4QCLA 4DSLA 2ETJA 3F5TA 1NKCA 1TL3A 3TAGA 1FKPA 4CHOA 4DTXA 1XC3A 3RR7A 4V19S 1VSJA 1BI4B 1S6QA 1S1VA 4LSNA 3V1RA 2NLXA 2KHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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