4BRAA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 114
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4braA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4braA02
3DAWA 1NGGA 4BC4A 2F9WA 3VPZA 1IJJA 3MN5A 4HTLA 4AM7A 4WQ4C 4IJAA 2Q97A 2NLXA 3LDNA 3MN6A 4FOIA 5AFUA 5KPRA 2QWRA 2V7ZA 1RGIA 3WXJA 4BRIA 3M3ZA 1RFQA 4JN4A 3CQYA 5JICA 4FWLA 2CGJA 4BRGA 1NBWA 4BQLA 1ATSA 3AY9A 4BGAA 4ISGA 1JCGA 3EN9A 3QB0A 3EL2A 2A42A 3H1QA 2P9LB 4ISFA 2P9KA 4XH1A 4CBUA 2HF3A 4JNEA 1X3NA 3ENOA 4BRLA 1NGBA 1LOTB 2Q0UA 3BF1A 2WUSA 4FO0A 4Z94A 4FOEA 5B8HA 4XH5A 5KPTA 2GWJA 3H3NO 3D2FB 4FPBA 1T6DA 4BVPA 1BO5O 3CJCA 1GLFO 2VYPA 2IVPA 3ATUA 3FGUA 4GY2B 3QICA 2Q36A 1X3MA 3VERA 3S41A 3CHWA 4XEIA 5EVZA 1ZC6A 3LL3A 3VENA 1NLVA 1XC3A 3DXKA 1S22A 2P9PB 4QS9A 2E8AA 3CETA 2QWLA 4PKHA 3W3DA 3VESA 3UB5A 2QM1A 4FWPA 4BC5A 4BVOA 2AP1A 3C0BA 3QBWA 4BG9A 4CZFA 3ENHA 4FWOA 2FSJA 2ASPA 5BRFA 5JMVA 2P9NB 3W0LA 4NO7A 4H0PA 1QQNA 3H1VX 4BROA 1GLJO 2I7PA 4CZEA 3O6WA 4BRHA 2HOEA 3O1BA 4FL9A 5FPDA 4K41A 3HM8A 4B1YB 3WXIA 1XQSC 3O08A 1BA0A 5AQHA 1GLBG 2E1ZA 1BWFO 5EOYA 3VEZA 4QS7A 1ATRA 2YI1A 2A3ZA 3WT0A 1MA9B 4CZIA 1RDWX 2PAVA 4BRCA 3R6MA 4M7XA 1KAYA 2AA4A 4CZMA 4ISEA 5AQQA 3UKUB 2Q1NA 1HLUA 4FWRA 1YUWA 4B1WB 4Y0WA 5BN8A 1TYQA 3RSEA 1NM1A 3MN7A 3FLCO 2E2OA 5LJWA 5AZIA 1HKCA 1IG8A 2QWMA 2ZGYA 4FSVA 2D1KA 3WXKA 2FXUA 2I7NA 3H6EA 4IWVA 2FSKA 1HKGA 3HBTA 1KAXA 4FWSA 5ADXH 1X9JA 1Y64A 4H0VB 3QBXA 3LDPA 1ATNA 2Q2RA 1D4XA 4C23A 2VWBA 2P9SB 3ZEUB 1R59O 2J4RA 4CI6A 1U6ZA 3HI0A 4A2BA 1KXPA 3BF3A 1E4FT 4F9OA 3I33A 1GLEG 4BRQA 3WQUA 3A0IX 4IXCA 2V51B 1NGAA 1U2VB 5BRHA 2IIRA 4NB4A 3DXMA 3KVGA 3C7NA 2FF3B 1TUYA 3JXUA 2DPNA 2CH5A 2A6AA 4H5NA 1HUXA 3ZX3A 4XH4A 3BP8A 4O8KA 3VOVA 5BR9A 1K8KA 3KZBA 3U4LA 4H5VA 4BR4A 2D0OA 1KAZA 2UYTA 4JHDB 1T6CA 5TKYA 3UKRA 3QDKA 2PBDA 4BRMA 2P9UA 1NGHA 5F2RA 3HSCA 4BQZA 4BRAA 2QXLA 3MDQA 2P9IB 1C0FA 3L4IA 1J6ZA 3ZX2A 5E84A 3I8BA 3LDLA 1YVNA 1DKGD 3SLCA 4CBXA 3SK3A 3GBTA 5CE3A 4K42A 5JLFA 3FZHA 4BRKA 5KPZA 3ULEB 5AZJA 5AQFA 3LDQA 2Q31A 2CH6A 3EKSA 1GLAG 3U9ZA 4H5TA 4RWTA 4DB3A 4EHTA 5BPNA 3D7EO 4DQ8A 3VEVA 1E4GT 1NGIA 3D2EB 3QMLA 1QQOA 3ZETB 4I6MB 3CJ9A 4JAXA 5AQUA 3LDOA 3O80A 2ASOA 1BG3A 2ASMA 3R8EA 1G99A 5AQTA 3FZKA 2FSNA 1MWKA 1NGFA 3ID8A 1HPMA 4HWIA 4FWKA 4IJNA 5AQKA 3SJHA 4CZHA 5BN9A 4MLHA 5ELZA 1OKJA 4CJ7A 2GTDA 3IFRA 4WQ5A 1WUAA 3VF6A 5LY3A 3ATVA 1JCEA 3WEEB 1GLLO 3O4WA 2P9LA 3VEWA 3KHYA 1XUPO 1ESVA 3A5NC 2GELA 1LCUA 4EHUA 3L6QA 3HZ6A 2FF6A 4B9QA 2E20A 4JD2B 3GG4A 5BRDA 4H5RA 1GLCG 5AQLA 5F1XA 5AQYA 3U9DA 2E2PA 2GUPA 3H3OB 3VEOA 3CI5A 1SAZA 3CERA 2H3GX 4BG8A 3D2FA 3B8AX 2GEMA 1Z05A 1NWKA 5AQRA 4H0TB 5F0XA 4A2AA 3U8XA 4KBOA 4FWMA 5BPLA 2YJEA 5BPMA 2NZTA 2YHXA 3CJ7A 4CZKA 4FWQA 2NRHA 4PKGA 5AQIA 4H0OA 1GLDG 2A40A 3EO3A 3J8AA 4IO8A 4BR0A 4CZGA 2P9PA 1HJOA 3CQXA 3IUCA 4MO5A 1NGDA 2P9KB 1YXQA 4DCHA 4BREA 5ADXA 3A5OC 2YJFA 3AAPA 3H45C 4RCHA 4H0XB 1P8ZA 2FLOA 2P9NA 1V4SA 2ZWHA 1QQMA 3TPQA 3F9MA 4BR7A 5JLHA 3MCPA 5FPMA 2EWSA 2CGKA 4BR9A 3WQTA 5BREA 3GL1A 3VF2A 4LC9B 3EKUA 1Z6RA 1DGKN 3FZLA 3TU5A 3O8MA 4RTFD 4B1XB 4WYBA 3VGLA 2QWNA 3CIPA 1BOTO 4FPAA 2QWQA 4L3QA 4PKIA 4J8FA 4WQ4A 5I9EB 2E2QA 3AARA 1HX1A 3DXKB 2YHWA 4B1UB 4YDUA 1BU6O 3DJCA 3R9PA 3UKUA 3MK6A 1H1VA 2E88A 3G25A 5AQVA 1BUPA 5AFUH 2IVOA 4YDUC 3AAQA 4BR5A 3H46O 4GNIA 5FPNA 1ZBSA 5AQWA 1NMDA 5AQZA 5AQOA 4CD1A 2HF4A 4BRDA 1MDUB 2QW9A 2VCPA 1Q18A 1S3XA 3LM9A 1QZ5A 5AQXA 1QZ6A 2Q0RA 3IDHA 4H5WA 3IMXA 2QWPA 3OHRA 2F9TA 5AQPA 1T44A 2E2NA 1NGJA 4FWNA 5AQJA 2BUPA 3GOIA 2BTFA 4EAHD 2CGLA 3QFUA 5KQ8A 4EIAA 1EQYA 2P9SA 3ZEUA 3A5LC 3UE5A 2W41A 5AQGA 3FE1A 4K25A 4CZJA 5AQMA 1QHAA 3ZX0A 1U2VA 3VETA 5AQSA 4BRFA 4M63C 4DHYA 1YAGA 3MN9A 1WOQA 1HKBA 4PL7A 4H03B 3FZFA 1TYQB 2YHYA 3RSEB 3WUHA 3A8YA 2E1YA 2D0PA 3A5MC 3M1FA 1NGEA 4BR2A 5AZIB 4WQ5C 4BRNA 1V4TA 4JHDA 5EX5A 2YCHA 3CJAA 4MO4A 5AR0A 2V52B 2OANA 4PL8A 2QWOA 4MLEA 2D4WA 1NGCA 1TUUA 5AQNA 1DEJA 3GDQA 1BA1A 3VEXA 3FR0A 3BUZB 1CZAN 2P9IA 2W40A 4EFHA 5FPEA 5EXWA 3JS6A 2A5XA 2A41A 2KHOA 3CJ1A 3VGKA 5LJVA 3WXLA 4O5FA 1C0GA 2V7YA 4H0YB 3O1WA 3ULEA 4K43A 3M6GA 3VEYA 2HMPA 1BDGA 4CZLA 4QS8A 3DXMB 4B1VA 4A61A 3C7NB 4AM6A 3EZWA 5KQDA 3L0QA 3D2EA 3BEXA 2ZF5O 3O5BA 3ZETA 4I6MA 1K8KB 4CBWA 3DWLA 4IZ9A 2IVNA 2ZGZA 4B1ZA 3UKRB 2P9UB 3LM2A 3FZMA 3GE1A 3VGMA 3SMPA 3SMSA 1ZXOA 3FFKB 3WEEA 3QFPA 4BGBA 1SZ2A 4M7YA 4A62A 5EY4A 3CJBA 3P4IA 1SQKA 4BC3A 4E1JA 3MMVA 4JD2A 1JCFA 2GWKA 3HTVA 5E26A 1MWMA 4BC2A 4CD3A 5AZJB 3VF4A 4BRPA 2ITMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ITGA 3VN5A 4DR2K 5KPRA 3CFOA 3CD6N 3WXJA 3CQYA 3CM5A 3P1GA 2CGJA 2IC3A 3AVFA 4OO1J 3FFIA 2NRRA 1JCGA 3QB0A 3TARA 3SV3A 2YX6A 4JKGB 2P9LB 4ISFA 1KVAA 4OKEA 1TAQA 1XHXA 3O9TA 3P5JA 5FRNA 4JNEA 3EEQA 3TI0A 1DLOA 3LP1A 2UUBK 1HNVA 2D0BA 4FO0A 4EP4A 4GVMA 5B8HA 4XH5A 3OBWA 5KPTA 4YOTA 4LFBK 4WF9L 3J80O 2NRWA 4FPBA 1DT9A 1T6DA 1BIUA 4CGDA 1SS6A 2ATQA 3V1QA 3CF5L 1N33K 1VQ6N 4IOAL 1KVBA 5GADP 1HNXK 4XEIA 4DF8A 4KHSA 3LL3A 4FVUA 1NLVA 4F4KA 1S22A 4CF2A 3W3DA 3K0SA 1KLMA 4BVOA 4GKKK 1IKYA 3T1AA 4CVNE 3C0BA 1IO2A 3QBWA 2UUCK 1EWQA 3OYDA 4CHZA 4E19A 3OYNA 3ZSYA 4DR1K 1QQNA 1ZBHA 1GLJO 4CJLA 4CZEA 3SCXA 4W5OA 4BRHA 4AHRA 3M5RA 5KTQA 3CPWM 1T03A 2ZJQL 3TWHA 3TAQA 3DYAA 3OYCA 2E1ZA 4GV9A 4FZYA 1BWFO 5EOYA 3L8BA 1ATRA 4E3SA 4B9MA 1IBLK 3WT0A 1MA9B 4NCBA 1RDWX 1REVA 2Z1GA 4CCHA 4BRCA 4JKDA 4JI3K 2AA4A 4EZ9A 1BCMA 3UKUB 4JEPA 3OBYA 3TAGA 4C1NI 1HLUA 1YUWA 1B9FA 3TABA 4C8MA 1QQCA 1NM1A 3L3UA 3I0SA 2HHHK 4PY5A 2KFZA 5LJWA 1KSPA 4CE9A 1IG8A 1WN7A 2ZGYA 3G71N 2NRVA 1SKRA 2HHTA 4O0JA 4ZTJA 3K5MA 1T7PA 4DFKA 1J53A 3QEWA 1Y64A 1SKSA 2LSNA 3C94A 4E1MA 3THWB 3ZSQA 1E3MA 1D9DA 4F9OA 3I33A 1VSLA 3CFPA 3A0IX 3U3GA 1NGAA 2IIRA 2O4GA 3PUFA 5CYMA 4W5RA 2OPPA 3KLGA 3C7NA 1KVCA 2FF3B 1RBRA 1HNZK 4O55A 4DFPA 1JKHA 4XH4A 3CMAN 1KTQA 4O8KA 3VQ8A 2GBZA 4BR4A 4DSJA 1QSYA 1T6CA 3QDKA 4BRMA 3VQDA 5F2RA 4BQZA 2UUAK 2WFBA 4CGFA 1TK0A 4LSLA 4BRAA 2QXLA 4DS5A 4AH9A 4JI5K 4ILGB 3V9SA 1YVNA 3OYJA 2HVIA 4ILJA 4CBXA 2YNFA 3SK3A 4KHQA 5KPZA 4J2DA 3PX4A 5D3GA 3P83D 4DSEA 1GLAG 4H5TA 4EHTA 3LAMA 4QOZB 3KLIA 4M3ZA 4LY7A 4JK7A 3TTDA 1OH8A 1FKPA 3KKRA 1QQOA 2ZJPL 5KI6A 2ASOA 1BG3A 3QERA 1G99A 5AQTA 2FSNA 2QA4N 4UY8O 2VG6A 3KK2A 5AQKA 1NGFA 3ID8A 4DV7K 4FWKA 1VSFA 1HNIA 1U4BA 3O3GA 4DFMA 4LF7K 4WQ5A 3IFRA 1RT7A 4IEIA 3QIPA 1GLLO 3KHYA 4ELTA 4GMJB 3MX5A 4DU4A 3HJFA 3L2QA 1LCUA 1UOCA 1K73O 1L3TA 3L6QA 3HZ6A 4YOUA 3ZCMA 4OPKA 4J2AA 2HHSA 1VHXA 1GLCG 5AQLA 5F1XA 4YOVA 4JK9A 2E2PA 1HMVA 2QTDA 3H3OB 3T69A 3VEOA 3CERA 3D2FA 3HL8A 3PY8A 3PLAA 5CYQA 5F0XA 5TKWA 3IAYA 4B08A 3OS1A 3U8XA 4KBOA 4JRQA 2YNIA 5C24A 5BPMA 1XMQK 4CZKA 4FWQA 4LFCK 3MXMA 3V9WA 2Y1IA 2PYLA 2A40A 1F21A 4QAGA 3PX6A 2DY4A 2ITGA 2JGUA 4IO8A 4C8NA 1EO1A 2KKZA 4YFUA 3S3OA 1XC9A 3BDPA 5KRTA 1NGDA 5C42A 1YXQA 4DCHA 3H45C 1U48A 3LWMA 4DQSA 3QIOA 3TAMA 4LH4A 3AGKA 3K9KA 2ZWHA 3F9MA 4BR7A 4G9ZA 3MCPA 1RDAA 2CGKA 4BR9A 4DQPA 5FRMA 1TAUA 4CF1A 3LP2A 2O8BA 3C6AA 1ASWA 4YY3K 2OYQA 4OPHA 4F8RA 3O8MA 4RTFD 4FJXA 4FLYA 4Z4FA 1BOTO 4L3QA 3D45A 2E2QA 2X78A 4JRPA 1YTAA 4JKBA 4YDUA 4CIEA 5GINA 2OZSA 4F2SA 3HXMA 5AFUH 2IVOA 4GNIA 4IG3A 2VQFK 4JI6K 4DU1A 1HR0K 1KRPA 4YORA 4LFAK 1T3VA 3HPGA 1MDUB 2QW9A 3AO3A 1QZ5A 1A5WA 4GW6A 3IMXA 3TSUA 5J2MA 1KFSA 2BTFA 5C0YA 3C6HA 4OJRA 4AHTA 3QFUA 4HHTA 4BE2A 3RR8A 4N76A 3FE1A 4K25A 4M45A 3SV4A 1WNSA 1QHAA 3HRGA 4CJQA 2KFNA 3VETA 3O3HA 5AQSA 4BRFA 4H4OA 2KZMA 4PQUA 1BCOA 4DV3K 1WOQA 2DFFA 3ZSOA 4DQIA 1Y97A 1TYQB 1RTDA 3RSEB 2D0PA 3CMEN 2B6AA 4IFYA 1NGEA 4CECA 4DTXA 3P38A 4HUEA 4WQ5C 1NK5A 3F9KA 5EX5A 3CJAA 3JAMO 1LWEA 4EZ6A 2D4WA 2VGMA 4CF8A 3DMJA 3QLHA 4E1NA 4HUGA 3I56N 4CEFA 3LDSA 4FCYA 1CZAN 1LAVA 3JS6A 4ID5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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