4BRHA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg and thiamine phosphovanadate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic snapshots along the reaction pathway of nucleoside triphosphate diphosphohydrolases.
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brhA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brhA02
4DCHA 2GUPA 2F9WA 5B8HA 5AQZA 3LL3A 4BROA 4XH1A 2V7YA 2YI1A 3ZX2A 3FZFA 3I8BA 2BUPA 3O6WA 4CZEA 2D1KA 2E2PA 3A8YA 3GG4A 4BR2A 3QBXA 3BF1A 2AA4A 3EKSA 5AFUH 4QS7A 1P8ZA 4DHYA 1QQNA 1BU6O 3WEEB 3VGMA 3LM9A 4FWNA 3D2FA 2YCHA 4IZ9A 4BC4A 3GOIA 4QS9A 1NWKA 4BG8A 3ID8A 4H0OA 1QZ6A 5AZJA 5KPZA 3O08A 4IJNA 2ASPA 4JD2B 4WQ5C 2J4RA 1EQYA 2P9KB 3H3OB 1NGFA 3M1FA 4PKGA 3LDNA 4RCHA 5FPEA 5ADXA 4FO0A 3CJAA 4IWVA 2Q36A 4I6MB 1E4FT 4O5FA 1NGHA 3L4IA 1TYQA 4FOEA 3J8AA 3M3ZA 1C0FA 2QWOA 4E1JA 2FLOA 4LC9B 4CZLA 4XH5A 1ATNA 4BQLA 1BO5O 2NZTA 3UKRB 5AQGA 3WXKA 2IVPA 2QXLA 3R9PA 4FWRA 1MDUB 1YUWA 1S22A 4B1UB 1ZC6A 2Q0RA 1HKGA 1G99A 4NO7A 4BREA 3JXUA 5AZIB 3W3DA 4CBXA 3S41A 3D2EB 4FWLA 1HKBA 2CGLA 2ZGYA 1QQMA 4CZIA 3BUZB 3IDHA 4GNIA 4BG9A 3MN9A 4BR4A 5BN8A 4PL8A 5EXWA 1T6DA 4B1VA 1HJOA 2W41A 4EIAA 2A3ZA 4B1YB 5BN9A 3IMXA 5F2RA 3VF2A 3DXKB 2P9PA 3UE5A 2P9NA 2ITMA 2GEMA 4ISFA 3UB5A 3UKUA 2E88A 5AQLA 3VEVA 1V4TA 5AQTA 4FPAA 2E2QA 3DAWA 1V4SA 5AQNA 1LOTB 3DWLA 4BRHA 1GLLO 1NBWA 4JAXA 1D4XA 4DQ8A 1Q18A 2VWBA 1ATRA 4JHDA 1K8KA 4C23A 1RFQA 4PKIA 3WXLA 3MMVA 3FZLA 1BOTO 3W0LA 3QFPA 4FWPA 4JN4A 4BRFA 4ISGA 3D7EO 3ULEA 3LDLA 4BR7A 3C7NA 2GELA 3H6EA 5F0XA 2E20A 4FWKA 3IFRA 3GE1A 1NGIA 1NGGA 4H03B 3GDQA 1BUPA 3H46O 4BGAA 3VEXA 1GLEG 2P9LA 3CHWA 3VEOA 3H3NO 4K41A 5JLFA 3C0BA 3VEYA 2NRHA 4CD1A 4H5VA 3TU5A 1HUXA 3RSEA 1U2VB 4BC2A 1WUAA 4NB4A 2VCPA 4BRMA 4CI6A 5F1XA 3SMPA 5EOYA 3ATVA 2P9UA 3QICA 4A62A 1BA0A 1SZ2A 5AQXA 5AFUA 1Z6RA 4CZHA 5KPTA 3A5LC 3HBTA 3A5MC 5AQUA 1XUPO 3ZEUB 5AZJB 3U4LA 5FPDA 2QWQA 3H1QA 2ASOA 2ZWHA 3HM8A 3MCPA 5AQPA 1SAZA 3CQXA 2D0OA 5FPMA 1XC3A 2FSJA 4M7YA 1NGEA 5AQQA 2BTFA 2YHXA 4WQ4A 2WUSA 3CETA 3MDQA 3FZMA 4BVPA 3O4WA 1TYQB 4B1ZA 5AQFA 3BP8A 5AQKA 3L6QA 2HF3A 1IJJA 2QM1A 2QW9A 4EFHA 3MN7A 4BRKA 5BRFA 1YVNA 2GWKA 2P9SB 3AY9A 1TUYA 4CZGA 4BR5A 4CBUA 5JLHA 1HLUA 2A40A 1BDGA 2ZGZA 2V51B 1Y64A 3BEXA 4BRPA 3KZBA 3MN6A 2CH5A 4Y0WA 4B1XB 3BF3A 3KHYA 2KHOA 2PAVA 2Q2RA 4BRAA 4CD3A 5FPNA 5EY4A 1RDWX 3CJ7A 5ADXH 3MK6A 2V7ZA 2I7PA 2OANA 1YAGA 3AARA 2P9KA 3FZKA 3VESA 3O5BA 5BRHA 2IVNA 1GLCG 2GWJA 1JCGA 3GBTA 2QWLA 5JMVA 3WQTA 1X3MA 4Z94A 4BGBA 5LY3A 3I33A 2E1YA 4BC3A 4IO8A 5LJVA 2P9NB 3CJ9A 3ZX3A 5AQWA 1TUUA 3VPZA 1YXQA 4MLHA 3EL2A 4BR0A 1S3XA 3UKRA 1DGKN 3R6MA 3LDQA 2FSNA 4CZKA 3DXMB 4FWQA 4H5TA 4CJ7A 1OKJA 5BR9A 4FOIA 4BRLA 2VYPA 2CGKA 5JICA 2ASMA 4KBOA 1H1VA 1NLVA 1ATSA 3D2EA 3CIPA 1NGJA 2YHYA 3A0IX 4H5NA 1QHAA 1ZBSA 2A5XA 2QWMA 1K8KB 4A2AA 3QBWA 4EAHD 3WXJA 2HOEA 2E1ZA 5EX5A 4BVOA 2ZF5O 3U9ZA 3HSCA 2EWSA 4CZFA 5BPMA 4H0XB 3DXKA 2Q0UA 3OHRA 3SJHA 3VGLA 4RWTA 1J6ZA 4BRNA 3R8EA 2HMPA 3ENHA 3H1VX 4H5RA 3HZ6A 3CJBA 3JS6A 2P9IB 4YDUA 2IVOA 1GLBG 2E8AA 2P9LB 3QFUA 3VETA 3VF4A 2CH6A 4MO5A 4B1WB 3CI5A 2FF3B 4GY2B 1XQSC 2GTDA 4IJAA 2FF6A 5BREA 1R59O 1GLAG 2I7NA 5ELZA 5BPNA 3WUHA 5AQVA 1MA9B 1NGBA 1ESVA 1SQKA 2FSKA 1IG8A 5EVZA 3U8XA 3VGKA 4M63C 4AM6A 4BC5A 2D4WA 5LJWA 3D2FB 3EKUA 3QB0A 1E4GT 4BRQA 3HI0A 3KVGA 1MWMA 5BPLA 3FE1A 3ZETA 2H3GX 2PBDA 4PKHA 1X9JA 3VEZA 4HTLA 4XEIA 3VERA 1U2VA 4FL9A 4J8FA 2HF4A 3P4IA 4HWIA 3O8MA 4XH4A 1U6ZA 4A2BA 5BRDA 3EZWA 5AQIA 1NGAA 3VEWA 2IIRA 3WT0A 1LCUA 3U9DA 3WEEA 3CJ1A 3O1WA 2QWPA 3CERA 2DPNA 5AQJA 3DJCA 3ZEUA 1DEJA 1BA1A 1MWKA 1NM1A 4H5WA 4AM7A 4FWOA 1KAYA 1NMDA 3LDOA 2A41A 2F9TA 2A6AA 2UYTA 3AAPA 4FPBA 4JD2A 5KQDA 1NGCA 2W40A 1GLJO 5AQRA 3CJCA 4FSVA 3FGUA 4QS8A 2YJFA 5KQ8A 3H45C 4I6MA 2P9PB 2E2NA 2P9SA 4F9OA 3WXIA 3L0QA 3A5OC 2D0PA 1KAZA 2E2OA 3O1BA 5AQYA 4BQZA 1NGDA 3UKUB 4BRDA 1ZXOA 3SK3A 1HX1A 3VENA 4YDUC 4CZJA 1JCEA 4WYBA 4CZMA 3FLCO 5E84A 4WQ5A 2Q1NA 4M7XA 3FZHA 3LM2A 4BRIA 3LDPA 4A61A 1KAXA 5AZIA 1HPMA 1QZ5A 3FFKB 3SLCA 4PL7A 4K43A 3HTVA 4H0PA 1QQOA 3VOVA 4BRGA 4JHDB 1BWFO 3B8AX 3EN9A 2QWNA 4MLEA 3M6GA 4MO4A 4B9QA 5AR0A 4FWSA 2A42A 5E26A 3ENOA 3ULEB 1HKCA 3TPQA 3AAQA 1RGIA 2YJEA 3C7NB 3DXMA 2NLXA 3F9MA 2AP1A 3QMLA 4JNEA 2V52B 3ZX0A 3WQUA 3GL1A 1T6CA 4EHUA 5I9EB 3IUCA 4H0TB 3CQYA 4EHTA 1T44A 2Q97A 4BRCA 4H0VB 3G25A 1GLFO 3RSEB 2CGJA 5CE3A 3ATUA 1DKGD 2Q31A 3EO3A 1BG3A 5KPRA 4CBWA 4BR9A 2YHWA 4RTFD 4WQ4C 4K25A 1KXPA 4IXCA 2P9UB 3FR0A 5AQHA 2FXUA 1WOQA 1X3NA 4H0YB 1GLDG 4O8KA 2P9IA 3A5NC 3MN5A 4FWMA 4K42A 1Z05A 5TKYA 3SMSA 5AQOA 4L3QA 5AQMA 4ISEA 1JCFA 2QWRA 3VF6A 3ZETB 4DB3A 1C0GA 3QDKA 3O80A 5AQSA 1CZAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DCHA 3DLGA 2GUPA 4JK8A 4IDKA 4OPJA 5GINA 2V7YA 2O8FB 4CZEA 1KTQA 3DLLL 3OS0A 2FBVA 1QSSA 3EKSA 5AFUH 3DLRA 3AVIA 3B6OA 3MXIA 4KB1A 4FJNA 4KHQA 4GW6A 4DHYA 3SAGA 3WEEB 3N4QA 1K6YA 2A1SA 3PY8A 2G8VA 4FWNA 4B08A 2YCHA 4CGJA 2HHXA 1RILA 3AVFA 4HUFA 3F73A 3V9XA 3CCMN 5CY4A 3O4NA 2DFFA 1B9DA 2G8IA 5HRPA 1QZ6A 4O0JA 5AZJA 4DQSA 2ASPA 4G1QA 4JD2B 4DF8A 2J4RA 4JYAK 1EQYA 3NH2A 1JKHA 1RDUA 1NGFA 3M1FA 3LDNA 4RCHA 2F4VK 3CJAA 2D5RA 4R5PA 3QEPA 4I6MB 1OH5A 4V19S 3J8AA 4CFBA 2O4GA 3V1RA 3KLEA 4GV9A 4CJSA 3UKRB 5AQGA 3LZJA 2IVPA 2QXLA 1L5UA 3T7ZA 3NF8A 3SAFA 1ZC6A 2Q0RA 4NO7A 3JXUA 3ZT2A 1NK6A 3RWUA 2O8DB 2BANA 3NF9A 4FWLA 2ZGYA 1JXEA 3BUZB 1VSJA 2ZQBA 4BG9A 1SKSA 3D45A 5BN8A 3I55N 2YHAA 1HJOA 4JLHA 2O8CA 4DV2K 2QA4N 3IMXA 5F2RA 3DXKB 4CHQA 2P9PA 1BISA 4ID5A 3UE5A 2G8HA 2GEMA 3M8PA 4KI4A 4MDBA 4ELTA 5AQLA 1CZBA 1UOCA 1UWBA 1HNWK 1BCOA 3TARA 5HLFA 1GLLO 3OYKA 1NBWA 2IC3A 3D6RA 4JAXA 1D4XA 1JLAA 3R1XA 4JHDA 3CCJN 2Z1HA 3RRGA 1VK0A 2OPPA 3AO4A 3MMVA 2WOMA 3QFPA 3O9UA 2XHBA 2X78A 4JN4A 3V1OA 5GADP 2HMIA 3IKMA 3EEQA 3ZSWA 1OH7A 1I3AA 3K5OA 1TL1A 4BGAA 2D0AA 3LALA 3VQ7A 1GLEG 3SQ0A 4CGFA 5JLFA 2PY5A 4KRFA 1S1XA 3SNNA 4W5RA 3RSEA 3PSIA 1WUAA 4NB4A 5C10A 2YHBA 4CI6A 3ZSXA 3OS2A 3SV4A 3KK2A 2QI2A 2W6KA 2KFNA 1ZBLA 3AVLA 2XY7A 3KTQA 4DFJA 3OYIA 1Z6RA 1RDDA 3A5LC 4B8AB 3I56N 1XUPO 3PV8A 3A2FA 4A5AA 3OYBA 2KLAA 3HOTA 4DR2K 5HL7L 4CERA 5FPMA 2NNWA 4M7YA 1NGEA 3CETA 3MDQA 3BY5A 4BVPA 4M3ZA 1QSLA 1VSKA 4CK2A 4AF1A 5DM6L 4CF1A 3SI6A 1YVNA 3AY9A 1TUYA 4LH5A 4CZGA 2FBYA 4BR5A 2ZGZA 3OBYA 4F2SA 1Y64A 3MN6A 4CJ3A 4B1XB 3NE6A 1DTTA 1N5YA 3T19A 2XO7A 1B92A 5FPNA 1F21A 1RDWX 5ADXH 4DTRA 1BCMA 1YJNN 1YAGA 3AARA 1YI2N 2NRXA 3VESA 3MAQA 5BRHA 1BI4B 3VQPA 3NVKA 4CJVA 4LSLA 3QEWA 3MEEA 1XNRK 4Z94A 4N41A 4CJ5A 3I33A 2RHKA 4CGDA 5AQWA 1S1WA 4M3RA 1VQPN 4J2DA 4E19A 1S3XA 2HSTA 3LDQA 4CZKA 4CJQA 1WAFA 4CFDA 3KD1E 4CEDA 2VYPA 4MQ3A 5JICA 2ASMA 2HVHA 3KIOA 1VSLA 1N34K 3D2EA 3CIPA 4H5NA 4W5OA 3HP9A 4FCYA 4A2AA 3QBWA 2HHUA 5EX5A 2ZF5O 4GVMA 1HNXK 1SKRA 3HVRA 1J6ZA 4JI1K 4E7IA 2OCEA 3CJBA 3JS6A 1LV5A 2P9IB 4H4MA 4DS5A 2YNHA 3N4PA 4ELUA 4DR5K 1K73O 1Q81O 2P9LB 1RCHA 3VN5A 1U48A 3VETA 2CH6A 1LW2A 4B1WB 4GY2B 1QVGM 1TAQA 2GTDA 1LW0A 4DLGA 4ID1A 2FF6A 1NK0A 1GLAG 2I7NA 3KLHA 1HJRA 5DMRA 5BPNA 5AQVA 4O8UA 4E7LA 1SQKA 2BH1A 3AVAA 4YHHK 3K59A 4M63C 2UXBK 4ILJA 1RT1A 2D4WA 5LJWA 1W0HA 3D2FB 1S5JA 1T05A 1ZBUA 2W6LA 4N56A 1EO1A 4O0IA 4PKHA 1X9JA 4N47A 3HJFA 3QETA 4FLTA 1U2VA 2DTUA 4J8FA 3K5NA 3SYZA 1J9AA 4A2BA 2Z1JA 3DRSA 4AILC 3THXA 1YJ9N 3VEWA 2IIRA 3S3MA 4KTQA 3PLAA 3U9DA 3THYB 2QWPA 2DPNA 5MLCQ 3DJCA 3ZEUA 4CJPA 4KHSA 5FRMA 4H5WA 2NRRA 4CIEA 3CFOA 4PA1A 2A41A 1BIZA 1C1AA 5HRSA 5EU7A 1JLQA 4AH9A 4FSVA 4QS8A 3CCVN 2YJFA 5KQ8A 4C8KA 3K57A 5J2MA 4F9OA 3WXIA 3L0QA 4PHTX 2WONA 2D0PA 3KLGA 2G8UA 1EWRA 2E2OA 4B3SK 1BL3A 3UKUB 1ZXOA 2Q3SA 3SQ2A 1VQKN 4IKFA 1JCEA 1VQLN 5E84A 4Z4EA 2Q1NA 4JK7A 3LM2A 3HP6A 3LDPA 1KAXA 2OPQA 3CD6N 5AJ3K 5AZIA 1N36K 3HTVA 1HQUA 4H0PA 3NGIA 3OYDA 3MX2A 3B8AX 4E3SA 2ZJRL 4B9QA 4NCBA 5AR0A 5FLXO 2A42A 4JI6K 4DV3K 3M8QA 3CCLN 3DMJA 3TPQA 4DTJA 3AAQA 1RGIA 1WN7A 3DXMA 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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