4BRKA

Legionella pneumophila ntpdase1 n302y variant crystal form iii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISYLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 124
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brkA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brkA02
4LC9B 1BU6O 1NGJA 3ZX0A 5F1XA 3LM2A 3UKUA 4BRHA 5BRDA 4IXCA 2QXLA 3CQXA 4WQ4A 3O80A 5CE3A 5ELZA 1NGCA 3L4IA 1T6CA 3D2EB 4FWNA 2YJEA 4BR2A 1K8KA 2GWJA 4IWVA 4PL7A 1TUYA 4QS8A 1HLUA 4FWQA 3FZMA 1T44A 4H0OA 4NB4A 1GLBG 5E84A 3ZEUA 4CZJA 4BQZA 2P9UB 4BQLA 2YJFA 4FOIA 1S3XA 2P9LB 4BC3A 4PKHA 1ZBSA 3UE5A 2IVOA 3CHWA 4RTFD 3GDQA 4HWIA 1MWMA 2QW9A 1ESVA 3SLCA 4KBOA 5EY4A 2P9NA 3CJ9A 4K41A 3QFUA 3VEWA 3HSCA 5AQFA 5AQPA 4H5VA 5KPTA 4IO8A 3IMXA 1HKBA 2F9TA 3A5MC 4CBWA 3RSEA 1QHAA 3A0IX 5AQIA 1DEJA 5AFUA 4BC2A 3QBXA 3KZBA 2YHYA 3CJCA 2AP1A 3DAWA 5AQOA 5AQNA 3BEXA 1NGAA 3D2FA 4C23A 3SMPA 5AR0A 2A6AA 3DJCA 4J8FA 5AZJA 2GTDA 3MMVA 1SQKA 4BRAA 3O08A 2QWQA 3I8BA 3ZX2A 3MCPA 1V4TA 2NRHA 3L6QA 3VOVA 1ATRA 1ATNA 4FWRA 3VERA 4EHUA 1V4SA 1QZ6A 1WUAA 2Q31A 4B1YB 4RWTA 5ADXH 3LDQA 3TU5A 2IVPA 3FZHA 3MK6A 3IFRA 1TYQB 5KQ8A 3O6WA 4JD2B 4H0XB 3VENA 1J6ZA 1GLDG 3BF1A 3JS6A 3R8EA 3CERA 1CZAN 3AARA 2Q0UA 2VWBA 3ZETB 3QFPA 1HKCA 4BRDA 1H1VA 5AFUH 3EO3A 1XUPO 3MN6A 2D0PA 3FFKB 3H3NO 2A42A 2KHOA 1KXPA 4BGAA 3DXKA 2E2NA 4B1WB 3HI0A 1YXQA 1BA0A 5FPDA 4H5RA 3CJBA 5EX5A 1NM1A 4JHDA 1DKGD 4M7XA 4CJ7A 2CGKA 4CD3A 2QWNA 4CZMA 3J8AA 3W0LA 4EHTA 2NLXA 5JLHA 4XH4A 4DQ8A 2YCHA 4FWOA 1BUPA 2J4RA 5AQSA 1OKJA 3ID8A 3KVGA 5KQDA 4BRNA 3UKRA 3WXIA 4CZEA 1NGBA 5AQUA 4BR0A 2CGLA 3FLCO 4FL9A 4XH1A 1NMDA 3GBTA 4BVPA 2ZWHA 3SMSA 2GWKA 3ENHA 4H03B 3ULEA 3C0BA 2P9KB 1SAZA 2EWSA 2Q36A 1R59O 2E8AA 5AQMA 3VGLA 3FE1A 4WYBA 2E2PA 4K42A 5BRFA 3HZ6A 4QS7A 5AQGA 3VF6A 5BN9A 3TPQA 3DXMB 4BR5A 4EIAA 2ASOA 5BN8A 2FF3B 2YHXA 1RDWX 4A62A 3BF3A 3VF4A 4XEIA 4CD1A 3LM9A 2P9SA 4H0TB 5FPEA 1NGHA 2FLOA 4FPAA 3LDOA 5AQJA 1NGIA 3BUZB 3QMLA 4MLEA 5F2RA 4CBXA 1BWFO 1NGEA 4AM6A 2ASPA 5BPMA 2CH5A 2FSKA 4B9QA 3QDKA 3VESA 4ISEA 3MN9A 3H1VX 5AZIA 3W3DA 5BREA 4BRPA 5KPZA 4BRCA 3ATUA 4CBUA 1BDGA 3A5LC 1HPMA 1NGDA 3C7NA 5JICA 1Z6RA 1Y64A 4YDUA 4MO5A 2CGJA 4M63C 2Q97A 2V52B 4O8KA 3A8YA 4BG8A 5LJWA 4CZIA 4FWPA 1NGFA 4WQ5A 3WXJA 2P9IA 1U2VB 5FPNA 3WQUA 3VEZA 1KAZA 2QM1A 1RGIA 2HF4A 4JNEA 1SZ2A 1KAXA 4CZFA 4BRQA 2E2QA 1LOTB 1GLEG 2YHWA 1RFQA 2V7YA 4CZKA 2OANA 3EN9A 2W41A 1GLLO 5BRHA 3H3OB 4B1ZA 4I6MA 3FZLA 2ITMA 4B1VA 3WEEA 2ZGZA 4FWSA 2V51B 3QICA 4XH5A 4EAHD 1KAYA 4PKGA 3UKUB 2E2OA 2QWPA 1GLAG 2I7PA 3LDPA 3D2EA 1BG3A 2VYPA 1K8KB 1XC3A 2ZGYA 3H6EA 3EL2A 4CZHA 4WQ4C 3FZKA 1T6DA 2Q2RA 1E4GT 1GLJO 3O4WA 3VGKA 4JAXA 2GEMA 3ZEUB 4BGBA 4IJAA 2P9UA 2I7NA 2P9LA 3L0QA 1C0GA 5B8HA 3SJHA 3HM8A 3FZFA 2P9NB 1TUUA 2HF3A 3B8AX 4H0PA 3U8XA 5AQRA 4FSVA 3R9PA 1G99A 1NGGA 1QQMA 4IJNA 3MN5A 1WOQA 4BRLA 2QWLA 3KHYA 3WXKA 1E4FT 3RSEB 4DHYA 5BR9A 4ISFA 5EOYA 1IJJA 4YDUC 3IUCA 1X3NA 1JCGA 1XQSC 4PKIA 3VEXA 3D2FB 1BOTO 4BG9A 5AZJB 3SK3A 3O1WA 2P9PA 3OHRA 3O8MA 2GUPA 3H1QA 3M6GA 3MN7A 3A5OC 1GLFO 5BPLA 5LY3A 5AQKA 4BRKA 2E88A 3FGUA 4H5WA 4JN4A 2WUSA 3CIPA 3WQTA 5AQHA 1JCFA 3P4IA 1HX1A 3CI5A 1TYQA 4B1XB 4JD2A 3H45C 2FF6A 2IVNA 4FWLA 1HUXA 4BR9A 4B1UB 4A61A 3LDNA 2IIRA 3G25A 3GOIA 5AQTA 3VETA 4BR4A 4H5NA 3I33A 3CJAA 3ZETA 3BP8A 3QBWA 4BROA 4H0YB 4BREA 4DCHA 3F9MA 1NWKA 1QQOA 1NBWA 2Q0RA 5FPMA 2Q1NA 5I9EB 3DXKB 1HJOA 1X9JA 5LJVA 2PAVA 4A2BA 4K43A 5ADXA 3WT0A 4JHDB 4Z94A 3GG4A 2PBDA 3GE1A 1LCUA 4BRFA 2ASMA 3DWLA 4EFHA 4BC5A 1NLVA 1ATSA 2FSNA 3QB0A 2V7ZA 3LL3A 4M7YA 4RCHA 3VF2A 1ZC6A 3CETA 4L3QA 4MLHA 2D4WA 1ZXOA 3IDHA 5AQWA 1IG8A 2NZTA 3AAPA 2H3GX 4MO4A 3UKRB 5AQLA 4K25A 1JCEA 1BA1A 4CI6A 4F9OA 1X3MA 2A3ZA 3U9DA 1YVNA 2QWRA 2CH6A 1U6ZA 2QWMA 2P9PB 3EZWA 3ULEB 3WXLA 2P9KA 2A5XA 2BTFA 3VGMA 3VEOA 5TKYA 3AY9A 4H0VB 1MA9B 3U9ZA 3D7EO 5F0XA 3DXMA 3UB5A 1HKGA 3HTVA 3FR0A 2P9SB 1BO5O 2F9WA 4HTLA 4FO0A 3MDQA 3M1FA 1YUWA 1D4XA 2ZF5O 2D1KA 5KPRA 2A40A 3JXUA 4BRGA 1EQYA 3VEVA 1P8ZA 4A2AA 3HBTA 5AZIB 5AQVA 4E1JA 4AM7A 2A41A 3EKUA 5AQZA 2AA4A 3C7NB 3R6MA 2QWOA 4NO7A 3U4LA 5AQYA 3EKSA 4BC4A 3ATVA 3H46O 2BUPA 4QS9A 2UYTA 5JMVA 2E1ZA 2E20A 3M3ZA 3S41A 2YI1A 5EVZA 3A5NC 4FWMA 4GNIA 3CQYA 4FWKA 2DPNA 3WUHA 1MWKA 2HOEA 2P9IB 1Z05A 4Y0WA 4ISGA 4PL8A 5AQQA 5BPNA 1U2VA 3ENOA 3LDLA 4GY2B 5EXWA 3CJ7A 1C0FA 4CZGA 2HMPA 4BR7A 1GLCG 2D0OA 5JLFA 2VCPA 1DGKN 3AAQA 4BRIA 2FXUA 3VEYA 4WQ5C 2FSJA 3CJ1A 4FOEA 4FPBA 3GL1A 1S22A 1YAGA 1MDUB 4H5TA 4O5FA 3VPZA 4DB3A 2GELA 1QZ5A 4BVOA 2W40A 4I6MB 5AQXA 1Q18A 5E26A 3WEEB 4IZ9A 4BRMA 3O1BA 3ZX3A 4CZLA 1QQNA 3O5BA 2E1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4HA 4JLHA 1NGJA 2AJQA 1JKHA 3ZX0A 1RBSA 1E3MA 4X66K 4YORA 3J7AP 4PA1A 4DTJA 4NLBA 3D2EB 4FCYA 3OS0A 1HNXK 4CHOA 2LSNA 3AA3A 4B9UA 2YNHA 4PL7A 3TTDA 4DV4K 1T44A 3E01A 1GLBG 5E84A 3ZEUA 3LALA 4LF4K 4BQZA 2WOMA 4BQLA 2FC0A 4F4KA 5GADP 2IVOA 3O9RA 1MWMA 1ESVA 2RKIA 1N5YA 3V81A 1KCFA 4BE1A 1HPZA 4E3SA 4B3SK 3AA5X 4LF9K 3NF8A 1MU2A 4H5VA 4WE1A 5KPTA 3THWB 4IO8A 3RWUA 1VQ4N 1QHAA 1REVA 1DEJA 2YHYA 4FJ5A 1L3SA 3G0ZA 2IOCA 3DAWA 5AQOA 4ZTFA 3OYNA 5AQNA 3BEXA 3SMPA 2VWJA 3DJCA 4J8FA 1TGOA 2VGNA 3L3VA 2GTDA 3BZKA 5K14A 2NRHA 2DTUA 3VERA 1KFSA 3AVNA 1V4SA 3MXMA 3LDQA 5KRSA 3TU5A 3D6RA 4M42A 1TYQB 4H0XB 2EX3A 4FK4A 3BF1A 5JVHL 3CERA 3IS9A 1LAVA 2Q0UA 5C2FA 4CJSA 2IGIA 4IFEA 2FBXA 5SZTA 4QAGA 2NRRA 3MN6A 4V19S 2D0PA 2A42A 4E7LA 1KXPA 1NJYA 4WCEL 3OJUA 3IAYA 2E2NA 3SUOA 2HHSA 4CIFA 4FLZA 3J80O 1NJWA 1NM1A 4C8NA 4DTOA 3CYMA 1C0TA 2W42A 5M1FA 1XWLA 3QESA 3DRPA 3O9SA 4W5QA 1ZYQA 3PLAA 3E66A 3EYZA 1KVAA 3TANA 4BRNA 4EZ9A 3MEDA 5EU7A 4CZEA 3TABA 2KFZA 2JWLA 4NXMK 1NKBA 2CGLA 4DSLA 3FLCO 4KHWA 4AHCA 4XH1A 3I0SA 4HUEA 4E89A 1C1CA 1RT7A 4DLEA 4AHRA 3C0BA 2EWSA 2WTUA 4DV1K 3TAGA 3FE1A 3V9ZA 4JI7K 3S3MA 3NF7A 5BRFA 4QS7A 1YIJN 1CZ9A 2NUBA 5AQGA 3VF6A 3TPQA 1TKZA 3AA4A 4EIAA 4KFBA 3LZIA 2QA4N 1RDWX 4DWIA 4A5AA 3T69A 5FPEA 2E4LA 3V1OA 2FLOA 1RBRA 1XC9A 1NOYA 4ZTJA 1NK5A 2ATQA 4C8KA 4ELVA 3VESA 2B4JA 3H1VX 3W3DA 2UU9K 2O8FB 2QXFA 5KPZA 3ZSWA 3AVHA 1LAWA 3A5LC 3VQBA 4CBUA 3M8SA 1NGDA 4Z4GA 4KH4A 4YDUA 1RBTA 2CGJA 1J9AA 1VQNN 4O8KA 4DSJA 3IRXA 4FWPA 1A5XA 3WQUA 4JRQA 3CCLN 3KWGA 3VEZA 3OYDA 1S1TA 2HF4A 1LW2A 2O8DB 3ID6A 1BCMA 1YVUA 1TAQA 3AV9A 1LOTB 1GLEG 3SQ0A 1VQ9N 3AVLA 3KKRA 2HVIA 3SUPA 2W41A 2IS3A 3VTIA 4E19A 5BRHA 4B1ZA 2ITMA 1Y97A 2HNDA 2ZGZA 4FWSA 2V51B 4EAHD 4CFDA 4CGIA 3UKUB 4DS5A 4WF9L 4C1NI 2P51A 2UXBK 1GLAG 2XY5A 3EE8A 4JYAK 1Z26A 4RW4A 2VYPA 1T3VA 1NK6A 1VQKN 3EL2A 4WQ4C 1T6DA 1E4GT 1S6PA 2D0BA 3VGKA 1Q86O 3ZSVA 1L3TA 3MXIA 3S3OA 2P9UA 4X65K 5I42A 4A5BA 1C0GA 3K0SA 2IDOA 3RRHA 1KLNA 3FZFA 4KTWA 1VHXA 2P9NB 1B92A 1BHLA 3FFIA 4LF5K 3G6EN 3U8XA 2BANA 3V4IA 1EKEA 1QQCA 4W5NA 2WFBA 3QIPA 3R9PA 3RRGA 2UUBK 3SUQA 2QWLA 1CZBA 3KHYA 3WXKA 4Z4CA 4DR5K 1LWCA 1JLCA 3E9LA 1RTDA 2HBMA 4FW2A 1IJJA 4CGJA 4YDUC 4B9VA 3IUCA 4AHTA 1XQSC 5MLCQ 1YTUA 3D2FB 2E6LA 5C25A 4FW1A 3SK3A 4UQGA 3OHRA 1JXEA 3M6GA 1SS6A 1K9MO 3MN7A 2HNZA 3A5OC 5BPLA 1DLOA 4IEIA 5AQKA 4FJMA 4BRKA 2E88A 4K8XA 3FGUA 4H5WA 3KLEA 2ZM6K 2WUSA 1KD1O 4CEQA 1BIUA 4KTZA 2G8KA 5DMRA 1OH8A 1KFDA 4A61A 4HVJA 2KW4A 4H4MA 4CEZA 2YX6A 3QEIA 4H5NA 1YI2N 2KQ2A 3CJAA 3BP8A 1TK8A 3NF9A 4ZHRA 3CCUN 4ID1A 4CHZA 3SQ4A 4AHSA 4M45A 4E7KA 3M8RA 3AVAA 4O0JA 4DR7K 3U3GA 1X9SA 1S1XA 4O55A 5FROA 4KB1A 2IC3A 4XIUA 4A2BA 1BI4A 5ADXA 4KREA 4KHYA 3ZSXA 4BC5A 4DMNA 3QB0A 3LL3A 2OTLN 4RCHA 4KO0A 3VF2A 1ZC6A 3AVMA 3DOKA 3J7YP 3SZ2A 1JLAA 3QLHA 5AQWA 2NRVA 4LD0A 3VMFB 4U67L 1WLJA 3UKRB 1Q9XA 4K25A 1QVFM 1JCEA 3CM5A 3U9DA 2QWRA 3KD5E 4DTNA 3CCQN 3TAEA 2P9PB 1UA0A 3ULEB 3OYJA 1HNWK 3TSPA 4DQSA 2A5XA 3QNOA 2G8HA 5TKYA 2QEXN 3L8BA 4DU4A 1N6QA 3BGRA 3HOTA 1QVGM 3VQ5A 5F0XA 3DXMA 1HKGA 4DTSA 1VSDA 3C95A 4FO0A 3MXJA 4FK2A 2RHKA 3NBPA 4DQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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