4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
2HF4A 5AQVA 1C0GA 4CZFA 3FZLA 1GLEG 3VPZA 1EQYA 4H5NA 4RTFD 5TKYA 4H03B 5BPLA 1WUAA 3U9DA 4K43A 3DXKA 3AARA 5F1XA 2FLOA 3FR0A 4M7YA 5EY4A 2FF3B 3GDQA 2Q0RA 1JCEA 3KVGA 3JXUA 4F9OA 1DKGD 3FZMA 4CD1A 3LDPA 4M7XA 3CQXA 1T6CA 2Q2RA 4BG9A 3O5BA 3SMSA 3CI5A 2NLXA 4CZIA 1X3NA 3FZFA 4DB3A 3ATVA 1BG3A 4BRHA 4L3QA 3O6WA 3DXMB 4BRPA 3C7NA 2ASOA 2P9UA 3DAWA 1GLCG 5AQIA 4BC3A 2GTDA 3UKRA 1ATRA 4BRGA 2P9PA 1RDWX 2D1KA 3FGUA 3FE1A 2GUPA 1BUPA 1ZBSA 2I7PA 5AQGA 3WQUA 3A0IX 3A5MC 5FPEA 2PBDA 1BOTO 3WXKA 3UKUA 5AQKA 3H1VX 2D0PA 4YDUA 5F2RA 5AQTA 3D2EA 4O5FA 3LDLA 1HLUA 3VETA 1GLBG 2Q36A 5ELZA 4BRNA 2IVOA 4H5WA 5AR0A 3VF2A 5KQ8A 3CETA 1Z6RA 4BVOA 2FXUA 2E1YA 5AQXA 3QFUA 4WYBA 5KPRA 3EKUA 3BUZB 3CJ7A 5JLHA 2BUPA 1GLLO 2A40A 3O4WA 1NGCA 3O1BA 3ZETB 4FWKA 3VEXA 1NGAA 1X3MA 4NB4A 3G25A 3HBTA 5LJWA 1U2VB 3MN9A 3W3DA 4EHUA 5EOYA 5EXWA 4FWLA 4BR2A 3WQTA 3AAQA 3MCPA 5KPTA 4WQ4C 5E26A 5BN8A 4IJAA 4IXCA 2FSNA 3R8EA 2V52B 4Y0WA 1XQSC 3LM2A 3VERA 4IJNA 4JNEA 3DXMA 3H46O 2Q0UA 2IVPA 5KPZA 3GBTA 4MLHA 1GLJO 3DJCA 3H3NO 4MO5A 4BRIA 4FWPA 4K41A 4BVPA 5AQSA 1TYQB 2E2PA 3KZBA 4JN4A 3L0QA 2ITMA 3CJ9A 5AZJB 1HKCA 3UB5A 4A62A 2CGLA 3IMXA 4FOEA 4BR4A 1HX1A 4MLEA 4CBUA 4DHYA 2J4RA 3MN6A 3MN5A 1GLFO 1JCGA 4H5VA 4JHDB 2GEMA 5AQNA 2P9NB 1T44A 4JAXA 4A2BA 5BRHA 3VEOA 4ISEA 3H45C 5FPDA 4B1VA 2CGJA 5AQPA 1MWMA 1NGIA 3LDQA 3ZETA 3O80A 2YHXA 3HI0A 5BRDA 3WXIA 1BDGA 3IUCA 4WQ5C 2YJFA 4PKHA 4RCHA 5AFUH 2D4WA 3U8XA 4CZGA 1DEJA 1NBWA 4QS9A 5ADXA 3S41A 2QW9A 4PKGA 2P9LB 2V7YA 3I8BA 1NGEA 3CJ1A 2P9SB 3JS6A 3QDKA 4DQ8A 3QMLA 3VGMA 5AQWA 4C23A 2YHWA 4I6MB 1RGIA 1MWKA 5AZIA 5AQFA 2VYPA 1T6DA 2QWMA 1JCFA 4BRLA 1NGHA 1C0FA 2QWLA 2A41A 3ULEB 2WUSA 2GWJA 4HWIA 4FWSA 1LOTB 3VEWA 5AZJA 4H5TA 2YJEA 3QICA 3EZWA 5AQUA 5EVZA 3ENOA 2P9KB 3TU5A 1IG8A 2PAVA 4QS7A 4A61A 4FO0A 4FWRA 2P9NA 3W0LA 1ESVA 4BRQA 5BR9A 4CZLA 3WXLA 2EWSA 1ATSA 4GY2B 2YHYA 3EKSA 2P9IB 5BN9A 3FLCO 1Y64A 4EIAA 1H1VA 2QWRA 2VWBA 3MMVA 1TUUA 1DGKN 2AP1A 2QWOA 1D4XA 1HKBA 3DWLA 4NO7A 4B1UB 5LJVA 4RWTA 1BA1A 3AAPA 1R59O 2E1ZA 4FWOA 1E4FT 4M63C 1P8ZA 1S3XA 1YVNA 4BR0A 5ADXH 1YUWA 3EL2A 3VF6A 1S22A 2QWQA 3H3OB 2P9SA 4CI6A 2KHOA 3TPQA 4AM7A 5AQHA 1YAGA 3ZEUB 2E88A 2QM1A 2QXLA 1QZ6A 4I6MA 4ISFA 2CH6A 4YDUC 4B1YB 3CQYA 1ATNA 1NGGA 1NM1A 3FZKA 3KHYA 2AA4A 3QBWA 5B8HA 3OHRA 3VENA 2HMPA 2NRHA 4PL7A 4BREA 4CZMA 3ULEA 5JMVA 1NGBA 4H0XB 1KAYA 2IIRA 1V4TA 3D2FB 4CZHA 4QS8A 4IZ9A 3RSEB 2P9KA 3GG4A 4KBOA 4XH1A 3ZX0A 3WEEB 3M3ZA 1HKGA 1HPMA 3P4IA 3GOIA 3ZX2A 4BR5A 3VESA 4BGAA 5F0XA 2YCHA 1GLDG 2P9IA 3FZHA 4FWMA 4AM6A 3R9PA 3A8YA 4EHTA 3C7NB 5BREA 4H5RA 3CJAA 2P9UB 4EFHA 1NWKA 3B8AX 1WOQA 4XEIA 1X9JA 2ZGZA 1G99A 2E2OA 4FPBA 3J8AA 3UKRB 1LCUA 4BRFA 2P9PB 2QWNA 3VEVA 2CH5A 1U2VA 1HUXA 2ASMA 3LL3A 2ZGYA 1QQOA 4PKIA 4H0YB 4Z94A 1NGJA 3HSCA 3MDQA 5CE3A 1RFQA 3D2EB 3MK6A 4H0TB 3CIPA 5AQLA 3ZEUA 3EN9A 3WT0A 2V7ZA 5AQJA 5BPNA 4FSVA 2A5XA 4IO8A 5LY3A 5EX5A 1J6ZA 4FOIA 4BQZA 3QFPA 5AQRA 3UE5A 2ASPA 3IDHA 4H0OA 2H3GX 4CZKA 4B1ZA 2A42A 2E20A 2FF6A 4BC5A 1K8KB 4FL9A 1HJOA 4MO4A 3D2FA 3VGLA 1SQKA 1QZ5A 3RSEA 5AQQA 3U9ZA 4B9QA 1NGDA 1XUPO 3O08A 1OKJA 1TYQA 3VEYA 3WEEA 1GLAG 4XH4A 3HM8A 1CZAN 1TUYA 4O8KA 4BRDA 2IVNA 4JD2B 3HTVA 4E1JA 1NLVA 2VCPA 1SAZA 2FSJA 5JLFA 3BF1A 5FPMA 3R6MA 4JHDA 4BROA 1KXPA 3GE1A 3I33A 3CJBA 4CD3A 4K42A 5KQDA 1BU6O 2E8AA 2HOEA 3CJCA 2F9TA 4WQ4A 2HF3A 2FSKA 3SLCA 4BRAA 4BRKA 4LC9B 1KAXA 2V51B 1NGFA 3VOVA 3C0BA 3A5LC 4B1XB 5AQZA 4H0PA 3A5NC 2GELA 2Q1NA 2UYTA 4CJ7A 3AY9A 3D7EO 2Q31A 2YI1A 3LM9A 2A3ZA 3L6QA 2P9LA 2W40A 1YXQA 3SJHA 2BTFA 4BRCA 1NMDA 4CZEA 4EAHD 2DPNA 5AQMA 1ZC6A 4BC2A 1XC3A 2I7NA 4BC4A 3QBXA 2NZTA 3ENHA 3O8MA 4H0VB 3FFKB 1Z05A 3BF3A 1K8KA 4BGBA 2QWPA 3M1FA 4CZJA 1U6ZA 4FWQA 1QHAA 3ATUA 2W41A 3EO3A 2E2QA 3SK3A 4BG8A 4BR7A 3BEXA 2A6AA 3DXKB 5AFUA 5BRFA 2CGKA 3A5OC 4HTLA 3M6GA 4J8FA 4CBXA 1E4GT 4GNIA 4JD2A 4K25A 1Q18A 2Q97A 3L4IA 1BWFO 4FWNA 3SMPA 3GL1A 3LDOA 4FPAA 1MDUB 4BR9A 3H6EA 3VF4A 2OANA 5AQOA 5BPMA 3ZX3A 3CERA 1QQMA 3VGKA 1IJJA 4WQ5A 3H1QA 4DCHA 3ID8A 4IWVA 4B1WB 5I9EB 2ZWHA 5AZIB 1ZXOA 1MA9B 3F9MA 3WUHA 5AQYA 3WXJA 4BRMA 5E84A 4BQLA 2D0OA 5JICA 4CBWA 3CHWA 4PL8A 1SZ2A 3IFRA 3LDNA 3HZ6A 2F9WA 5FPNA 1QQNA 1KAZA 1BO5O 3VEZA 2GWKA 4XH5A 3O1WA 4A2AA 3UKUB 3BP8A 2E2NA 3U4LA 4ISGA 1BA0A 3QB0A 1V4SA 2ZF5O 3MN7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUPA 1NOYA 2OPPA 3G0ZA 4CESA 2G8FA 1BISA 4JK9A 3LWLA 4H5NA 1RT5A 4CJLA 3C65A 5KRTA 5DM6L 1WUAA 4K43A 5HRNA 3DXKA 4DQQA 4NCBA 4AHSA 5F1XA 3I0RA 3AA5X 3KK3A 2FF3B 3GDQA 3ZT2A 2Q0RA 1JCEA 3V9ZA 1Q7YO 2FC0A 3JXUA 3FFIA 2ZD1A 4CD1A 3LDPA 4M7XA 1EXQA 3BGRA 4JI2K 1BQNA 3O5BA 4BG9A 2HBJA 3FZFA 3ATVA 1BG3A 4W5RA 3DM2A 1XNQK 3O6WA 3DXMB 3C7NA 1LW0A 2P9UA 3TSQA 1GLCG 4C1NI 4HCCA 4BC3A 3NF7A 1YTAA 3P31A 1S9EA 2OTLN 1HQEA 2X6SA 3FE1A 2GUPA 4HUFA 1BUPA 1ZBSA 5GINA 5AQGA 3WQUA 2PBDA 1BOTO 3WXKA 1HNWK 1F21A 3UKUA 5CR4A 3QEWA 2D0PA 2YNFA 2PFUA 5F2RA 1TK8A 3LDLA 4JKGB 1RTIA 1GLBG 1RBTA 3VETA 5KQ8A 5JVGL 3CETA 3SQ1A 3THXA 1VQON 2R7YA 5AQXA 4HUGA 3QFUA 1BQMA 3L8BA 4JKBA 5KPRA 3K5LA 3VQ8A 3QETA 4DTNA 1GLLO 3SNNA 1NGCA 1N33K 4CERA 4NB4A 3HBTA 3K5NA 3LWMA 3W3DA 1Q81O 1TK5A 3TWHA 1NU0A 4CFAA 1WSHA 3QO9A 3AAQA 3MCPA 3WQTA 4CJEA 4CJKA 4LFAK 5KPTA 3CCRN 4AHUA 4OKJA 4I2PA 4Y0WA 1HYZA 4K8XA 5H1SQ 4JNEA 1SUQA 3H46O 3NE6A 4R79A 1VQLN 2IVPA 5KPZA 4I9QA 1YIJN 4AHVA 3KWGA 3VQCA 4IG0A 3H3NO 5HP1A 3HK2A 4MO5A 4DF8A 2F8TA 4K41A 1I94K 1XHXA 4WF9L 2UXDK 4JEPA 2ITMA 3L0QA 3CCLN 1HKCA 1QTMA 4X66K 3UB5A 4CHPA 4FOEA 4BR4A 4CK2A 4DHYA 2DFEA 1Q86O 3OY9A 3M8RA 1FXXA 4LH5A 2P9NB 5BRHA 2Y1JA 1U47A 1N36K 2GX9A 4Y1CA 1Q9XA 1L3SA 3VQDA 3HVTA 1NGIA 3LDQA 3ZETA 3VQ4A 3ZSOA 3MXMA 4CIEA 1Y97A 4KHYA 1RDDA 3TABA 3WXIA 1HRHA 1FKPA 4DF4A 4WQ5C 5HROA 4B9VA 3U8XA 4CFDA 4CZGA 4JI1K 2QTDA 3H08A 5ADXA 3LAMA 1HPZA 1NGEA 1IBMK 2ZE2A 4Q0BA 1G15A 3ZT0A 2DFFA 2YHWA 5AZIA 4JV5K 2VYPA 3ZCMA 2QWMA 1HJRA 1NGHA 2Z1IA 5GADP 3SV4A 2QWLA 5J1EA 4J2EA 1JLEA 4ZTJA 3ULEB 3DRRA 3OVNA 4O5BA 4JKFA 3SAHA 1WAFA 4CEFA 2QK9A 3QICA 3EZWA 5EVZA 3SAFA 1IG8A 2PAVA 1KFDA 3KWIA 4FWRA 3LP2A 4FW2A 3W0LA 1ESVA 4BRQA 5BR9A 2E4LA 2O4IA 1ATSA 4JKCA 3O3GA 4AILC 3EKSA 1VSIA 1Y64A 1Z25A 2LSNA 1H1VA 2QWRA 4H4MA 3ZLJA 4ZTFA 1N32K 2HHTA 1TUUA 1W97L 4G1QA 1DGKN 4AHTA 4O0JA 2AP1A 1D4XA 1N8RO 1HKBA 4B1UB 4Q5VA 3DOKA 1BA1A 1GOBA 2E1ZA 5FRMA 3AGRA 3DLKA 1S6PA 3DI6A 3OYAA 4BR0A 3HPHA 5C2FA 1ZBIA 3EL2A 4YOUA 3VF6A 3Q7CA 3H3OB 1KSPA 4CI6A 1IKYA 1YAGA 2QM1A 2PYJA 1KFSA 3PO5A 3HPGA 4N41A 4OVLA 1ATNA 1D5AA 3FZKA 3KHYA 4PL7A 4BREA 4Z4HA 3MECA 1J5EK 5AJ3K 3AVMA 3MEEA 3EEQA 1V4TA 3D2FB 3M8QA 4CZHA 4IZ9A 1JLBA 4G9ZA 1B9FA 4OO1J 3NDKA 4GKJK 4KBOA 1TL3A 1TVRA 2FBYA 4CGFA 1HKGA 3HP6A 4E7HA 4BR5A 3R3LA 2IC3A 4GKKK 4PWDA 5F0XA 1ZBHA 1RT4A 1RT2A 1C1BA 2GBZA 4CF2A 1T8EA 2YV0X 1NKBA 4DSKA 4H5RA 4DS4A 4PUOA 4DSFA 1NWKA 4XEIA 3AGKA 3SAGA 3J7ZO 4LD0A 1TV6A 3UKRB 3VA3A 3J8AA 1UOCA 1N6QA 2P9PB 3VEVA 4K0KK 2CH5A 4FLVA 4PKIA 2VWKA 4Z94A 2X78A 2BH1A 1GOAA 4CEAA 1CZBA 3CIPA 3SQ2A 5AQLA 3EN9A 3WT0A 2V7ZA 4M41A 3TAFA 4CJFA 1VRUA 1LWCA 1J6ZA 1EX4A 3V1QA 2KZZA 3OYLA 3IS9A 3KIOA 2HW3A 4HVJA 4BDPA 4B1ZA 2FF6A 3NMUA 3ULDA 4ZHRA 3ITHA 5TKWA 3RSEA 3U9ZA 4B9QA 1LV5A 1NGDA 4FJ5A 4KI4A 1XUPO 2VWJA 1TYQA 3VEYA 3HM8A 1CZAN 4F2RA 2HNDA 3VQEA 4CHNA 2VCPA 4RW6A 3BF1A 3PX6A 3J7YP 4JHDA 1BIUA 3RTVA 1KXPA 2XRIA 4DUYK 3CJBA 4CJ5A 5KQDA 2Q3SA 4CHZA 3S3OA 3ZSZA 1WLJA 4B9MA 4KHSA 5GAHP 5I3UA 5C2DA 3QIPA 4BDZA 4CF8A 3J80O 3NH1A 2HF3A 3MWTA 3SLCA 2VQFK 4NCGA 1VQ4N 2QEXN 5KI6A 4BWJA 3A5LC 4B1XB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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