4BWL | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	299
structure length	299
Chain Sequence	HHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVANIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title	The Reaction Mechanism of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Revealed by a Combination of Crystallography, Qm/Mm Simulation and Mutagenesis. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	114
structure length	299
sequence length	299
chains with identical sequence	B, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2013-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bwlA00

5LNVA 5FF3A 6ALDA 4IMGA 3SI9A 4NJGA 4Y9AA 3LV6A 3BPWA 4FX8A 1Q6LA 3R13A 4CNNA 1Q6RA 1KV8A 5LZLA 3QM3A 3B0UX 3QH2A 3OVPA 2E6DA 1WV2A 3N2MA 3MBFA 3A24A 1VRDA 2ZTKA 4E38A 2Y70A 3THAA 4O52A 4O54A 3W7NA 3W1LA 4IGHA 3R5EA 2CLLA 2GVJA 3GKFA 3NPVA 1B3OA 3CIWA 1XUUA 1QWGA 2QJIA 1S3HA 3M43A 3NO5A 1SW0A 5AC8A 2ZFAA 4KKXA 5D2VA 4RZ5A 4XTIA 4PH6A 3ZFHA 1H7RA 1LLZA 3BARA 1XM3A 4Y6GA 2QCGA 3WJYA 3BW3A 5C2XA 1SO6A 3KVLA 3S5NA 4WX2A 4JX6A 2B0MA 2PRLA 1ZALA 2Y62A 2WO5A 5DXXA 2X1TA 3LCXA 2WNZA 5K4XA 4OV4A 1TYGA 4MY9A 5G4EA 4LVFA 4UFHA 1GVQA 1AL8A 2YW4A 3LCIA 1QFEA 1SZFA 3LOTA 2YYTA 1AW2A 2Y7EA 3QFEA 3V75A 3IIZA 1IIGA 1PHWA 3W70A 1OFRA 2GQ9A 3W87A 2V0TA 4JTSA 1FBAA 3GAYA 4JIPA 2FJKA 1NSJA 3NQGA 2H8XA 4GE8A 3DBPA 1ME7A 4N4PA 5CPNA 3QEZA 1DV7A 1LBMA 3MYOA 2HMCA 3W2JA 3L0KA 4JX5A 4AMAA 1OX4B 1TQXA 1X6UA 2ZBTA 4WQ6A 1RD5A 2ZRVA 1OX5A 3DZ1A 2W79A 1Y0EA 5IBXA 2NZLA 3B0VC 2RHGA 3TV8A 3TMLA 4WY0B 2BZNA 1ZY9A 4R34A 4UFLA 1B4KA 3L68A 4HHPA 3P62A 3LXCA 4O4VA 2TYSA 1F7BA 1GEQA 3B06A 3TR2A 3IGSA 3TNOA 3HBLA 2DZSA 5DCEA 3NVTA 3GZ3A 2VOMA 2VFEA 4HNUA 3LGEA 3TC7A 1FXPA 4C1KA 1O4UA 3W1AA 4CCEA 5MHBA 3EWZA 5CKSA 1Q45A 3I6RA 5AC7A 2Y85A 2ISVA 5F1UA 3MHUA 1TRIA 1YLVA 4AWUA 3G1HA 3CB8A 4JDYA 4DELA 1KW1A 1F6KA 1KTNA 7TIMA 1AW1A 2BSLA 3M1ZA 1GG0A 2CU0A 4A29A 2R14A 4OE7A 4AAJA 2EGZA 5D02A 1EP2A 1OYCA 5LSMA 1MEWA 2W6RA 4E2BA 4LRTA 3I7QA 2FQIA 3G1SA 1JRCA 4WZHA 1R2TA 1I2PA 2ZRZA 1GOXA 1H51A 2YXGA 2J9XA 4JX4A 3I7SA 2RH9A 4FNTA 3TFXA 1FWTA 3BV4A 4N9DA 1AMKA 2DORA 4JS3A 2VKZG 4ZZ9A 2GVGA 3LCHA 3G0SA 4EF8A 2WNNA 3T78A 4BWLC 2X1SA 1LTDA 1SO4A 1XKYA 3NQ6A 5I3FA 2CLOA 3W2NA 1WX0A 5D04C 4ZQOA 1B9BA 2QCDA 3HG3A 2V81A 3GR8A 3UY7A 5LGXA 4JYEA 1KM3A 1O5KA 1G4TA 3TXVA 1Z44A 1EEPA 3UWZA 1X1OA 4UIOA 1EIXA 1T96A 4P61A 1W1ZA 4NNCA 3L5LA 5K9XA 4LT9A 1IXNA 1I2NA 3S5YA 3PBUA 1HFBA 4RLIA 2E68A 3N9SA 2LLEA 3IV3A 3MHFA 3HB9A 1HO4A 4OBTA 1VPXA 1XUZA 3DHDA 1B57A 1GPWA 2P10A 1J2WA 1H61A 2E1DA 4QNEA 2V9DA 4ONVA 5EPDA 4HSOA 2A5HA 3SZ8A 3W9ZA 1VHCA 3W73A 4UFJA 3S1XA 3HG2A 1UUOA 4JNMA 1R46A 3IVUA 2V30A 3UXDA 4TIMA 3EWYA 3NNTA 2P1FA 5LNRA 3W7LA 1XL9A 3S1VA 5E93A 4UR7A 5CSRA 3UQNA 3BLFA 2E6YA 1XCFA 3ZS4A 1GQNA 4A21A 4JN6A 2GJLA 4HSNA 1F5ZA 3GDLA 2VELA 2DZUA 4JTKA 3P60A 4EVZA 2WKJA 1ZCOA 5AHEA 2A7NA 4O8RA 1O95A 3E0IA 1FWSA 1OFDA 2Y7DA 1JR1A 1RPXA 3W22A 5FEWA 3BG9A 4YXGA 3MP5A 1FWRA 3G8RA 4LW7A 1D9EA 4ML9A 4K7VA 4JIQA 4RZ6A 2ZRYA 3SIZA 2QCLA 4N2YA 1TPEA 3QPYA 2Y63A 2FPTA 5CZJA 5HWMA 3EX6A 3G24A 2Z0IA 2QKFA 1CI1A 3NAVA 2CLEA 2UV8G 1S5VA 3CU2A 4BFAA 2QCNA 1FDJA 1R2SA 2ZA2A 2C0AA 3LXAA 4QNWA 5K2ZA 3GNDA 3W7MA 4CQAA 4O1DA 1TQJA 3DFNA 3MBDA 4AB4A 1AG1O 3BW2A 4J9JA 2V2CA 3ABOA 1L6SA 2ZRXA 4OT7A 5G1TA 4NUWA 4BF9A 4GUFA 4AHOA 1WXJA 1O5XA 3W71A 4LTSA 5EA9A 1IGSA 1OYAA 1ICQA 1TREA 1GZGA 1W5OA 1H7NA 5FF2A 4UNLA 3GX9A 1XI3A 3TSBA 2V82A 4WOZA 3PBVA 4OWGA 2H6RA 1PS9A 3LTPA 1W3IA 3N19B 3DFSA 5DCDA 1KFJA 3LXBA 3IGUA 2YR1A 5FI8A 4AHPA 2C18A 1FUYA 1F6PA 3L0NA 5AB3A 5HULA 1YYAA 4ZQCA 1FDZA 4GXMA 1DL3A 3DU0A 4IUOA 6TIMA 2QUUA 3TAKA 3CM4A 4GUJA 3C4UA 3DAQA 3SFKA 2QCEA 3PG9A 1VH7A 4DO6A 3IVTA 1IXOA 2CFFA 1DJNA 3O16A 3W2UA 1SZEA 2ZA3A 1Q6QA 2R91A 4RZ4A 3S1WA 3CLMA 1MEHA 3LHWA 1UCWA 3L67A 3QMTA 1QAPA 2QEZA 4UTJA 3NQ2A 1KTCA 5D37A 1P0KA 3LHTA 4M6PA 2YFOA 5CG7A 4JTGA 3W74A 5CZSA 5KINA 4PL1A 4ALDA 1OFOA 2B7QA 1KFCA 3G18A 3SY5A 3A22A 3PULA 3M5VA 3SGZA 3P8IA 5E0KA 4QIUA 5KSWA 4PODA 2E09A 1A50A 4O11A 1K03A 1NF0A 1H7OA 3LHZA 1BWLA 4RCXA 1BWKA 3VFLA 4JTIA 3W7DA 1EA0A 2YYUA 2Z6IA 1P5BA 3OA3A 2A1YA 5CSSA 4ZQRA 1A5AA 4L4LA 1SQ7A 3W86A 2X30A 1EX5A 2HTMA 4K7YA 3PG8A 3A5VA 5HR6A 1WOBA 3H54A 3NEVA 2NUWA 3O63A 1ZAIA 3P74A 5G5IA 3W7OA 2Y89A 4IXHA 2GPTA 1GYLA 1FDYA 4XBKA 3ZWSA 4RXGA 1EB3A 5G1YA 4IXXA 2WJZA 3EX1A 3MWAA 5HNRA 3TUUA 3OHIA 3U8GA 2A6NA 2BWGA 3R8RA 3DI0A 1RQHA 1YTDA 1F05A 2OMAA 5KZEA 5C54A 1A5CA 5U7SA 4ORIA 3W3OA 3GLCA 3UWYA 1YDVA 3THQA 3G0UA 1K8ZA 3DGRA 3Q94A 4MJMA 2YPIA 3NQCA 4GC4A 3ZR4A 3UNDA 4AWTA 1UJPA 2Y7FA 5I3HA 1Q6OA 1OX4A 2OX1A 4TR9A 3FLUA 1W0MA 1SW7A 3VNDA 1TV5A 3EKLA 1KM5A 5D05A 1HG3A 1S5TA 5AC6A 3DXIA 1YDNA 1DBTA 3CTLA 3E12A 4FX6M 3PF3A 1MEIA 4WY0A 5HUPA 4UR8A 1BEUA 4XKYB 3GDMA 3STCA 3TMQA 1OFBA 1KFEA 3KXQA 4JTFA 2A21A 3GAKA 2PURA 4CLMA 4IPIA 2OJPA 3NQ7A 1HL2A 4U28A 3UXAA 1J4EA 1RR2A 3RMJA 1WAUA 4LY8A 4JICA 1LROA 1Q3NA 4ADSA 1D3HA 3B05A 3TU9A 3KVJA 4M7TA 2ZZ4A 5AOUA 2Y88A 3VE9A 3W7QA 4PFMA 1XFBA 2C3ZA 1V7YA 3W2MA 1A5SA 2GUUA 1LM1A 2H8ZA 3Q58A 2WQPA 3HQ1A 4LS2A 4A2SA 4GUGA 1G7UA 1LRNA 2ISWA 3GXTA 5AN7A 1SZNA 2J88A 4EOUA 2O7QA 3G3MA 3W7IA 2C15A 3PUDA 4FXSA 5G2HA 2VFHA 1L2UA 4Q32A 3SSJA 3E96A 3OIXA 4UTHA 2NWSA 1CX9A 2A0NA 3FIGA 4HN4A 4MZ8A 3OVQA 3IGXA 3QJAA 1JJKA 4WOQA 4Z0SA 1VCGA 1K8XA 3W72A 4UTTC 3NQAA 1QDSA 3C2FA 4MY8A 1CW2A 3PM6A 1TPH1 4TX9A 4NJKA 4AF0B 4AHQA 2XN2A 4MOZA 1QNVA 2AAMA 4MUZA 3FYOA 5D2WA 2YW3A 3DFPA 5LNUA 2NX3A 2WOQA 3G1VA 3EXTA 1X1ZA 2A2IA 3G1YA 4OV9A 4ORMA 2E77A 3ANYA 3V1PA 4PCFA 1QOPA 3VKJA 1LYXA 1M7PA 4U4MA 4O1BA 2A6LA 1OHLA 4LUIA 1I2OA 1TPUA 1FY6A 4DBDA 3C61A 2EF9A 3QSTA 1TPWA 4LOCA 3S1UA 1T0OA 1TB3A 4Y90A 3AJXA 1KM1A 2VFIA 5K7JA 2YX0A 5G2WA 4N9CA 1H50A 2XN0A 1I8JA 2F7FA 5F2IA 3KVMA 1L6WA 2RKXA 4O28A 2CZDA 1SR9A 3LI1A 2I14A 4Z1DA 3VCRA 1ONRA 1XC4A 1DHPA 4N6FA 1TJRA 3HG4A 3K30A 2J9YA 4O57A 5FEPA 1UASA 3QMSA 1NEYA 4GUHA 2ALDA 3FFSA 4O12A 2OT0A 3MI6A 3W2KA 3NDOA 1WBJA 4MFDA 1VR6A 1PE1A 1RVGA 4I7WA 5KZMA 1K3UA 5D38A 4DO5A 1UBSA 2EHHA 4I7UA 4IX2A 2E6AA 3WFAA 1OF6A 3NM1A 3P8JA 4MZYA 2O7SA 5LGZA 3E02A 4H3DA 1H7XA 1H1ZA 5KZDA 2ZCGA 3NGJA 5CGQA 2OT1A 1VLIA 1W56A 5KTLA 2QF7A 3SECA 3O06A 3TJLA 5LKYA 4D2JA 4LVAA 4Z1CA 3S8HA 2QJHA 1VC4A 1SSGA 3W1XA 1KBJA 1QO2A 1OFQA 2CZ5A 2NUYA 3DFTA 4O19A 4O16A 5DN1A 3C56A 2Y7GA 3KFTA 3LRLA 1LORA 4Z0JA 4UMCA 4LS0A 3R2GA 4XZ9A 2QCMA 2BX7A 2ZRUA 3UWVA 4Q4KA 1SSDA 3VI2A 5LNWA 2FB3A 1OX6A 3LLDA 1W37A 5F4XA 2FFCA 3LM7A 5I3KA 2J24A 1EP1A 5BNKA 1VQTA 4BI5A 3I65A 5D2XA 1K7XA 3W6YA 3DFOA 3RLUA 4JTLA 4JYDA 4E2DA 2VXNA 1TMHA 4XUGA 3T7VA 2RFGA 4HKPA 4JTTA 4XQ6A 2HS6A 5L9FA 5FF7A 2G5WA 4MLRA 1QR7A 4DXVA 1WYIA 5BW6A 4FNSA 3W1PA 1GG1A 4IMFA 3CT7A 3W2LA 2C13A 4ZVJA 2JK2A 3FKRA 3DHFA 1FCQA 4LVDA 4LRSA 1XDMA 3GK0A 3RFAA 1VLWA 1X8FA 3PSVA 1X7FA 1C9DA 4O17A 2C1HA 3G0XA 4GNJA 3KOFA 3S0CA 4AXKA 2QCHA 4IJBA 1SFLA 3A23A 2NWRA 3PB0A 4HNVA 1JCLA 2DJXA 3HPZA 4ZQMA 1K7FA 4OHQA 1LDCA 2J27A 2CWNA 3W84A 2FPVA 3OEXA 1OFAA 3KAOA 4CQ8A 3GYEA 3NXFA 3W1QA 1TTPA 5BRBA 3F4NA 1P1XA 4R33A 5D2TA 3PR2A 4N4QA 1NFBA 1QPRA 3PBYA 4HNNA 2JKPA 4XTDA 2DZTA 4IMCA 5CZTA 4RXFA 3G3DA 3TSDA 3HGJA 1QMLA 1EUAA 1ME8A 1TPFA 3TH6A 2Q3RA 4RKAA 1W31A 1FXQA 2CLFA 1P4CA 4PEKA 4JYFA 1SUXA 4YWIA 4S2CA 3JS3A 4LU0A 1OFPA 4UFMA 5HUOA 3TIMA 1NAL1 4CQ9A 4IWWA 3KX6A 5EY5A 5KMYA 2QUVA 3QW3A 3Q37A 2EAWA 2YDAA 4UMAA 3QMRA 4IPJA 4NZJA 2E5BA 4CNOA 4MYXA 3G1DA 1W5PA 3F4WA 2XFWA 3C52A 1PV8A 3RNDA 1QPNA 3LI0A 2CLMA 3W83A 1XXXA 4IX0A 3W75A 1RQBA 5G4WA 3W1TA 3IIXA 1I2QA 1T8XA 3NA8A 4NXSA 4FO4A 3SW6A 1H7PA 5AHLA 2GQAA 3LDVA 2QCCA 4ZL1A 4TO8A 4Y8FA 2Y6ZA 1EWEA 4JEQA 2BXVA 3BLIA 4LV4A 4FIRA 3BO9A 1XBVA 1E51A 3NPXA 3O1NA 4XBSA 2J6XA 4MZ1A 1EP3A 1H1YA 3QQ1A 3TQVA 3TFCA 1N55A 5AHNA 1FCBA 2Z6JA 3O6YX 3M47A 2G96A 2NXHA 4XKYA 4LC8A 3UWQA 3NR0A 3RU6A 2G97A 3STGA 2HS8A 3HPXA 1H62A 2R8WA 1WA3A 4HPXA 4A3UA 1F2JA 2V5LA 3M5ZA 3OVRA 4NT0A 5D33A 3P5ZA 1JRBA 5H91A 1M5WA 2QAFA 3G22A 5F2MA 1YXDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BWLA

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