4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3T7ZA 5GIOA 3SIVB 1NT2B 3NVMA 3GQXA 5GIPA 3ICXA 3PLAA 3SIUB 3NVIA 4BY9C 2NNWA 5GINA 2OZBB 3NVKA 3ID6A 3GQUA 3NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0OA 5TKYA 4JI0K 4WQ5C 1XI1A 2K0NA 1B9FA 4KH5A 3CX9A 2FXUA 4LUFA 5AQHA 3O8MA 3VEVA 1EKEA 4CGHA 4K43A 1W0HA 3QBWA 4CFBA 4BRIA 3HI0A 3THYB 4KI4A 4LF6K 4BR4A 1NK9A 4BG9A 3QDKA 2F9TA 2IIRA 4O0JA 3VA0A 3QINA 5IJFA 5J2PA 5E26A 3RSEB 3I8DA 1YIJN 4LH5A 4ILGB 3L0QA 4CHYA 3H6EA 4DS4A 3L4IA 5BRHA 4FLYA 4JV5K 3ZT1A 2BXPA 2CGKA 4CD3A 4CJ7A 2P5GA 1T44A 4F8RA 3G6EN 2RKIA 4BR7A 4C23A 1Q82O 2G8KA 3VENA 2KKZA 5ADXH 2BXQA 4DQIA 1ASWA 3TSQA 4B3OA 3ECPA 3WUHA 4DSLA 4ELUA 4M70B 5AQWA 3B8AX 3DYAA 3C95A 3ZYYX 4CJLA 5E84A 3M8PA 4B8AB 4KTQA 4LA0A 1BUPA 1KAYA 4ZBKA 4H4MA 1SKWA 3SAHA 2IVNA 4JK8A 4LF8K 3DJCA 3E66A 4WQ5A 4ZTFA 1TK8A 1VSEA 1UAXA 4DKWA 3SQ0A 1TUYA 4AF1A 3OYAA 2BXAA 4OKEA 4G01A 4Z69A 2HBJA 2WUSA 3FLCO 3LALA 3RVCA 1NKCA 2Z8KA 2W6LA 3PO5A 3NVMA 3HVTA 1FOUA 3OY9A 2GUTA 3NVIA 1IKWA 3I8BA 4W5NA 5FRMA 1NJWA 3E9LA 3M8QA 3WXJA 1U4BA 2OYQA 4DTJA 4CECA 3MHSB 3MN5A 3L2QA 3CG7A 3VESA 4LD0A 1W97L 3HOTA 2HHTA 5AQMA 1BISA 1ATNA 4NCBA 1RTJA 5AQSA 2IGIA 1K9MO 5JMVA 5J1EA 3VN5A 1JCGA 1C1AA 2JGUA 1D5AA 4DU4A 2F4VK 4KH4A 3MX2A 1QQNA 1S1UA 2FF3B 4CEEA 3LPTA 4ID5A 2BE2A 4BGAA 3H1QA 3DXMA 2NRXA 3NFAA 2FLOA 2P9SA 3L6QA 3S9HA 2DG5A 5KQ8A 4OPKA 4JKGA 4UQGA 4R5PA 3U3YA 1IBKK 4PKGA 4E7HA 1FKOA 1QZ6A 1VRUA 4J2BA 2P51A 2OPQA 1CZ9A 3HSTB 4KHWA 4Z4CA 1VQMN 1KRPA 1HNXK 3CCJN 3PY8A 3LAKA 4K8XA 1A5VA 4BDZA 3VTIA 1S1WA 3J81O 1NMNA 1RDDA 1OH7A 4KH6A 3D2EA 4FK2A 3HK2A 2OPSA 3TAFA 4J2AA 4Z4FA 4B9QA 3PSFA 5I3UA 5BPMA 2HHHK 2Z1IA 4DF8A 3L8BA 4L8RB 4DR4K 4E3SA 3VQBA 4FJ7A 3CCUN 2EFEA 4FM0A 3SNNA 4UY8O 1ITGA 1KLMA 3SV3A 1EWRA 3KJVA 1NGJA 3IS9A 4M3UA 3EEQA 1RT5A 2YNIA 4AHVA 4FVUA 2X6SA 3P39A 1XNRK 1C1BA 2PY5A 1LAVA 1QSLA 4Y0WA 5C42A 4Z94A 2KLAA 4L8UA 2QKBA 3M99C 1RBTA 3SQ2A 1KVCA 4H0TB 4N3ZA 4CEBA 2XMOA 2HMIA 5F2RA 1XMOK 3J8AA 1Y64A 2XVQA 4LSLA 5AQOA 3AVLA 4QS8A 2OT3A 2HF3A 5AQPA 2I5JA 3AVKA 4M3RA 2I2ZA 5DM6L 4BACA 4IJNA 4IZ9A 2VGNA 3CJ7A 1W2BM 1D4XA 5LL6Z 3NH0A 3JSMA 3HYFA 1IO2A 4KRFA 4HUEA 3QEVA 1SAZA 2QMCA 1GLLO 2P9UA 4WYBA 5TKWA 3VEYA 4DV5K 4H03B 4O8UA 3SBTA 3LL3A 4OKKA 4FM1A 2IVPA 3TSPA 1RDCA 2V36A 3VQAA 1QQCA 5EVZA 5JLFA 2G8HA 4DQSA 1XWLA 3M6GA 2GUPA 1RTHA 3GQUA 1ATRA 5M1NA 3CC2N 4FIPB 5J2MA 3DLGA 2LSNA 1C6VA 2DYMA 1HUXA 3NGZA 4K71A 4N41A 4H5RA 2PYLA 3CJBA 4KV8A 5BPKA 1IKXA 1RFQA 4CJTA 5HRNA 3FZMA 2B6AA 1U47A 3V9ZA 2UYTA 4CFAA 3I55N 1J7EA 1J9AA 4AH9A 1GLFO 1RT4A 4FW1A 3TU5A 1E7IA 3QEXA 3P1GA 4B8CA 2BXCA 1EWQA 4CJPA 2Q0UA 2EX3A 4OKJA 3S3OA 1QS4A 3E1YA 4DMNA 1KDXA 1HNZK 2YX6A 5KPRA 1BU6O 1E7GA 4QOZB 3FGUA 1BIUA 2GEMA 4YOYA 3VQ8A 2O8BB 3A5LC 1ZYQA 2FSJA 3P83D 4GY2B 4YOXA 1WLJA 3BF1A 3FWCC 3M8SA 3OHRA 2HHVA 1QZ5A 5AFUH 3SYZA 1IJJA 4BWMA 3J7ZO 3EE8A 3C6HA 5FPNA 1BL3A 1UA0A 3KK2A 2DFEA 4BE0A 4FL9A 3EY1A 2ZGYA 1JCFA 3WEEA 1RBSA 4EHTA 5I9EB 4NB4A 2E0YA 1V4SA 4O0IA 2NNWA 1YT3A 1YJWN 4KB0A 3HM9A 2ROHA 5AQFA 3S3MA 3ZT3A 1GLDG 3ZSYA 1E3MA 3IRXA 4NAWB 2EFDA 5IJEA 1KAZA 4PKHA 5J2QA 1VQKN 3C0BA 3NGYA 4YOUA 3THXB 3NMUA 3DRPA 1RCHA 1MIYA 4JI6K 4OR0A 1LOTB 4EMXA 3RMBA 4YNQA 1N33K 2ZJRL 4E1JA 2O8FB 3JQZA 3LDNA 4FYDA 4CHZA 4MFBA 3L3UA 4E99A 4B1UB 4Y1CA 1TGOA 3T3FA 1MM8A 3TWHA 1J54A 2D4WA 2JWLA 2W41A 5HBMA 3UIVA 4BC4A 3SAGA 5AQKA 4IWVA 3AVJA 1WUAA 1BGXT 4M45A 1QQOA 4E7LA 3LDLA 4CBUA 3KKSA 4BWJA 5HRPA 3GG4A 1BWFO 2BXNA 2KBZA 1Z05A 5GAHP 4YFUA 1BM0A 1RDUA 1HK5A 2JWKA 4BR5A 3FZFA 1QQMA 4PKIA 5HRSA 4M3WA 1KQSM 3QNNA 1S6PA 2ZD1A 4BG8A 1NK0A 1EO1A 1VQNN 1BQMA 1NK5A 1WSJA 3AVNA 4DFKA 3WQUA 2XVVA 4W5OA 1FW6A 5AQGA 4TQ1A 4GVMA 3NBPA 4JI8K 3HP9A 2WBNA 4ZC6A 1RILA 3OJSA 3CFPA 4FJHA 4KREA 3O1WA 4FK5B 1I3AA 3D2FB 2J4RA 3CM6A 5IJ5A 3MWPA 5BPLA 5AQZA 3KLGA 1VQ9N 3VA3A 3O9SA 3KIOA 1HK2A 3AA3A 4LUHA 2XY5A 3TPQA 1SL0A 2BXKA 1IG8A 4A5BA 1JLFA 2FBXA 3AO1A 2VCPA 1KD1O 2PBDA 2Y1JA 2DBUA 1HKBA 3THWA 4GV9A 3ZEUA 1BHLA 3LWLA 4AM7A 1KCFA 2WONA 3CQ8A 3VQ5A 4BC2A 2Q3SA 3TDLA 2P9LB 4EP4A 4ZBQA 3VEXA 2A42A 3T1AA 3OBYA 1M90O 3J7AP 3AVFA 5AQRA 2EWSA 4S1YA 5C2FA 3O08A 4ISGA 3VQ6A 1SS6A 3MXJA 3ZCMA 2AP1A 3ZT0A 4CGJA 2FSNA 2VWKA 4XIUA 1WSEA 5C15A 1P8ZA 1DKGD 2QWLA 4GW6A 4K41A 2ZGZA 1MIWA 2BDPA 1Z26A 4R79A 4N0FD 1GLAG 1RT3A 2KHOA 4I2PA 5C2DA 3RR7A 1OH6A 1Q86O 3C7NA 3CETA 4HUGA 2I7PA 4JKAA 3SPZA 1C0FA 1KFDA 4DQQA 3U6FA 2ASPA 4BRDA 4IO8A 2QWOA 2OANA 3O3FA 3ITHA 4OTTA 5LJVA 3AVAA 3KKRA 1TYQA 1KFSA 1KVBA 1O1WA 2GUIA 4CFDA 4X66K 1WAFA 1TKDA 3GE1A 4DUZK 4DB3A 3TARA 4DV2K 3RRHA 2B5JA 1FXXA 3HTVA 3CCRN 3R9PA 4A59A 4CK1A 2LXTA 5SWMA 4JKDA 2HSTA 4Z9OA 3OYCA 4CVNE 2FC0A 5GIPA 2Z1JA 3RR8A 4E7JA 5DBYA 4HTLA 4CFCA 3GBTA 3K5NA 3MEDA 1LNSA 3VF6A 2FSKA 4I2QA 4WFAL 5DM7L 2HMPA 3C94A 4MDBA 5EY4A 4X62K 1IH7A 3VQPA 4EHUA 1QSYA 5BN8A 5CHIA 2BXGA 4GG2A 4V19S 4BVPA 1UORA 5JLHA 3TSUA 4A57A 3SBGA 4JNEA 5LJWA 3CQXA 1HYSA 4IG0A 1NLVA 5CZ1A 4NCAA 3H45C 4CJWA 2QEXN 1RT2A 1C0UA 4BR9A 4JKHA 2NRVA 2VG6A 1HPMA 2ASOA 2YNFA 3AO4A 4Z4IA 4AM6A 1ATSA 3L2RA 4FOIA 1X3MA 4AQYK 3KD5E 2ITGA 1BDGA 4F3TA 4LB2A 3QBXA 3MN7A 5AQXA 4LSNA 2Q2RA 3ENBA 4FJLA 4JK9A 4H0XB 4RW4A 1ZBLA 3ZSOA 5AQTA 1TL1A 2Q97A 5BRFA 3DM2A 1QHTA 4WFNL 4J8FA 3KLIA 4O5FA 3HL8A 3ZETA 1SKRA 4JI4K 3M8RA 4DR2K 3P38A 4GVEA 2O8CA 1E4FT 1SL2A 5I42A 2KWFA 3VQEA 3ULDA 4CJ3A 3SAFA 2YHBA 1SB0A 4TSXA 5GIOA 1K6YA 5DMRA 3RRGA 2AGHB 3UKRA 3AA2A 4OJRA 1TF0A 3K5OA 3LANA 4XH4A 3ICXA 1YJ9N 2YDFA 3MN6A 4WF9L 2QWPA 4HGMB 2E6LA 2LQIA 2A1RA 4KPYA 4DV0K 2HBLA 3KD1E 2KFZA 2HW3A 4FWKA 4OVLA 5E41A 1JLEA 2A40A 3OA9A 4KFBA 3FR0A 1A5XA 4QCLA 3DLKA 3LDOA 3ULEA 2QI2A 2G8VA 1T05A 3EN9A 3PUFA 2YKNA 2F9WA 4FPAA 3GDQA 4DSIA 4H5WA 4KB1A 4B9VA 3AA4A 1I39A 1NM1A 3UKUA 3KK1A 2E88A 5M1FA 4GV3A 1U2VA 4IFEA 1N8RO 2BXOA 1ZBFA 3ZT2A 1VRTA 4K42A 2VWJA 1U48A 4B3MK 2CH6A 2V7YA 3FFIA 2OTLN 3OYKA 4IOXA 2NRZA 2A1SA 3DXMB 3SJJA 2P9SB 3A2FA 3S3NA 1WAJA 3CJ9A 2HHUA 4JKGB 1KVAA 3DMJA 4MLHA 5FPEA 3K9JA 4H5NA 3O80A 4M3ZA 2ASMA 4DS5A 4YOWA 1YITN 2NRTA 4CHQA 3PIPL 3R3LA 1S72N 2BXFA 1NGAA 3D2EB 3B6PA 3SZ2A 4DTSA 1O9XA 2ZF5O 4CIFA 3MK6A 3ZSWA 3WNGA 4BR2A 5GAGP 3ATUA 3V1QA 1QSSA 2QXFA 4DSFA 1WOQA 5H1SQ 2IVOA 4G1QA 4DUYK 5MLCQ 2EFHA 2NZTA 1NGFA 2XW0A 3NCIA 3KVGA 2DYOA 1JKHA 4IOCL 4AHCA 4CJUA 4FO0A 4GKJK 2ZJQL 2XSIA 3HPHA 1RGIA 3NGIA 2HOEA 2E2QA 3QB0A 3I0RA 3VEZA 3OS2A 3ZSXA 3Q7BA 4ZTJA 1KC8O 1VSJA 4H0VB 1L5UA 2BGGA 1O13A 2LOQA 4PL8A 5BR9A 1TKZA 5DK5A 4DLGA 2E6MA 2QM6A 4IFYA 4CJKA 1T6CA 5IFOA 2YCHA 1TK5A 4JHDB 4XH5A 4K8ZA 4DU3A 4N47A 1VQLN 3A8YA 3G9KD 5FPMA 3EO3A 4PL7A 4DU1A 4BRPA 4GDKB 4B9NA 2OTJN 3AVBA 1LCUA 3IDHA 1RBRA 5AQYA 3SIUB 2YHAA 5AZJA 3CPWM 2YJEA 3IG1A 3DXKA 4JLHA 1HK1A 1S1VA 1ASUA 2CH5A 1S9EA 3MEGA 2QW9A 3NF9A 2P9UB 3KLHA 3GA9L 4YDUA 2DFFA 1BA1A 3AO2A 3HXMA 1TL3A 4BRLA 3CJCA 4JAXA 4CK3A 4DTXA 1T7PA 3CXCM 2XY8A 1JLAA 5AQNA 4FJJA 4ISFA 3ZT4A 4H0OA 1VQ5N 4B9TA 3ZX0A 2BX8A 4B08A 2QWMA 4C8NA 2OZBB 4FPBA 3I56N 1YHQN 3BF3A 4Z4GA 4LF9K 4ZHRA 3WXLA 1VK0A 3F5TA 5FDLA 5IT9O 4H4OA 3O4WA 4N5SA 1S22A 4O5BA 4X64K 4DG1A 4IFVA 2F8SA 4PA1A 5FROA 4F2RA 4FK0A 2D0CA 1VSFA 3O5BA 1WN7A 3A5MC 1ZC6A 4RG8A 3LAMA 4JS5A 3L2VA 2ITMA 4JI7K 1GOBA 1WBDA 1VQON 4U67L 1RDBA 4HHTA 3LU7A 4AILC 4CF0A 4JI2K 4F9OA 4XEIA 4O55A 1SQKA 3J80O 3VQIA 3SUNA 3C6AA 4KTWA 1HNIA 2WOMA 2GV9A 1LWCA 4QAGA 4QS7A 1N6QA 3V03A 3HJFA 4CF8A 1JXBA 3VOVA 1T8EA 4FLUA 3TAMA 1YXQA 3CJAA 4I9OA 4JD2A 4WCEL 4DTOA 4D7XA 2E1ZA 4F5SA 4BRHA 4NYFA 2RPIA 3WEEB 1HK4A 3CCVN 4H5TA 1YF5L 5J2NA 1LWFA 4DR6K 4FLZA 4EAHD 3CFOA 1S5JA 1F21A 4E19A 2E20A 2Q36A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  5GIO A;  3SIV B;  1NT2 B;  3NVM A;  3GQX A;  5GIP A;  3ICX A;  3PLA A;  3SIU B;  3NVI A;  4BY9 C;  2NNW A;  5GIN A;  2OZB B;  3NVK A;  3ID6 A;  3GQU A;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D0O A;  5TKY A;  4JI0 K;  4WQ5 C;  1XI1 A;  2K0N A;  1B9F A;  4KH5 A;  3CX9 A;  2FXU A;  4LUF A;  5AQH A;  3O8M A;  3VEV A;  1EKE A;  4CGH A;  4K43 A;  1W0H A;  3QBW A;  4CFB A;  4BRI A;  3HI0 A;  3THY B;  4KI4 A;  4LF6 K;  4BR4 A;  1NK9 A;  4BG9 A;  3QDK A;  2F9T A;  2IIR A;  4O0J A;  3VA0 A;  3QIN A;  5IJF A;  5J2P A;  5E26 A;  3RSE B;  3I8D A;  1YIJ N;  4LH5 A;  4ILG B;  3L0Q A;  4CHY A;  3H6E A;  4DS4 A;  3L4I A;  5BRH A;  4FLY A;  4JV5 K;  3ZT1 A;  2BXP A;  2CGK A;  4CD3 A;  4CJ7 A;  2P5G A;  1T44 A;  4F8R A;  3G6E N;  2RKI A;  4BR7 A;  4C23 A;  1Q82 O;  2G8K A;  3VEN A;  2KKZ A;  5ADX H;  2BXQ A;  4DQI A;  1ASW A;  3TSQ A;  4B3O A;  3ECP A;  3WUH A;  4DSL A;  4ELU A;  4M70 B;  5AQW A;  3B8A X;  3DYA A;  3C95 A;  3ZYY X;  4CJL A;  5E84 A;  3M8P A;  4B8A B;  4KTQ A;  4LA0 A;  1BUP A;  1KAY A;  4ZBK A;  4H4M A;  1SKW A;  3SAH A;  2IVN A;  4JK8 A;  4LF8 K;  3DJC A;  3E66 A;  4WQ5 A;  4ZTF A;  1TK8 A;  1VSE A;  1UAX A;  4DKW A;  3SQ0 A;  1TUY A;  4AF1 A;  3OYA A;  2BXA A;  4OKE A;  4G01 A; 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