4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Motor protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium berghei
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
1NGCA 4FOIA 4H0XB 1U6ZA 4BVPA 4BRFA 2YJFA 2E20A 1RDWX 4RTFD 3S41A 2P9SA 3VGKA 4FOEA 3H6EA 4MO4A 4NB4A 3QDKA 1BDGA 2A3ZA 5BRDA 5JLHA 1R59O 3CERA 5AZJB 3GL1A 2PBDA 3CI5A 4BR5A 2E88A 3BF1A 2P9IA 3LDOA 3SMPA 4FWPA 3ULEA 4BRGA 5ADXA 3EL2A 1YVNA 3UKRB 2GTDA 4BR9A 1J6ZA 3L0QA 3CQXA 2Q2RA 2HF4A 4BQZA 4K42A 3AAQA 4BR0A 3FR0A 5AQJA 2D1KA 4ISEA 3I8BA 4DHYA 4K43A 4BGBA 2E1YA 3VEXA 4FWNA 3EO3A 4JNEA 3ZX2A 2ZWHA 1TUUA 3SLCA 2I7NA 4A61A 4BC2A 2GWJA 3HM8A 1HKBA 3CJBA 2D0PA 3ZX3A 2Q31A 3FE1A 5JLFA 1G99A 2WUSA 3CJCA 4MO5A 4YDUA 5AQSA 5FPMA 5EXWA 1NGAA 4AM7A 2E2PA 4BRNA 1GLJO 4BRDA 3FZHA 5EX5A 4E1JA 2OANA 3SJHA 4CZEA 4EHTA 3IUCA 1ZXOA 2QM1A 2P9NB 1ESVA 4XH4A 3VEWA 4IWVA 1HKGA 4K41A 4BC4A 1HPMA 2YHXA 3HTVA 4M7YA 5AQQA 2GEMA 3IDHA 4FSVA 4IJNA 3EZWA 2V7YA 2P9KA 3FZKA 4A2AA 2BUPA 3EN9A 4FL9A 5EVZA 2NLXA 2CGJA 4DB3A 4BG9A 4WQ5C 3QB0A 1WOQA 3WXIA 1IG8A 1HKCA 3ATVA 3QICA 4XH5A 3DXMA 4H5NA 1K8KA 3GOIA 4H0YB 4O8KA 4CZGA 2YHYA 5AZIA 3LM2A 1X3MA 2CH5A 3U8XA 2VWBA 3A0IX 3WEEA 4FO0A 1DEJA 4PL8A 4M63C 1BWFO 3H45C 5AQIA 3G25A 4BQLA 3IFRA 4AM6A 2A40A 4MLHA 1MDUB 3TU5A 4F9OA 5AQYA 3FZMA 3I33A 4QS9A 1GLDG 4O5FA 5E84A 3QBWA 1KAZA 1P8ZA 5EOYA 3LDQA 5AQVA 2E2OA 5KPTA 4BRLA 5JICA 1BO5O 3HZ6A 2P9KB 4BRHA 3HSCA 3BEXA 5EY4A 1TYQA 3GG4A 3AAPA 2HF3A 5AQMA 1QQMA 2A42A 4FWQA 1QHAA 3KVGA 4B1VA 4B1UB 3A8YA 3UKUB 3A5NC 2QWQA 1LOTB 2GELA 1MWMA 1TUYA 1BA1A 4WQ4A 2AP1A 1NGIA 1BOTO 4QS7A 3MN9A 3H46O 1WUAA 1H1VA 2J4RA 3H1QA 4B1YB 3VGLA 3MN5A 2ASOA 4J8FA 4CZFA 3O6WA 3O8MA 4JHDB 1GLBG 1GLEG 1DKGD 1NGDA 3O08A 5BREA 3BUZB 4NO7A 2FSNA 5KPZA 1ATRA 1KXPA 4IO8A 3VEYA 1NM1A 3QMLA 4BC5A 4B9QA 3AY9A 2ZGYA 4WYBA 5AQXA 3J8AA 2YCHA 1ATNA 4DCHA 3WQTA 3RSEA 4JD2B 2F9WA 1QZ5A 3DXKA 4XH1A 4FPAA 1HJOA 1GLCG 4CZMA 1NGHA 4JN4A 1Q18A 2YJEA 5BRHA 3M1FA 4I6MA 1MA9B 5AFUH 4ISGA 3W0LA 4HWIA 1BA0A 1HUXA 2D4WA 2QWPA 1ZBSA 2CGLA 3CHWA 1QZ6A 2Q0RA 3MN6A 5KPRA 3WQUA 4CZLA 4BRKA 3U9DA 2P9SB 3M6GA 2NRHA 3CJAA 4MLEA 3UE5A 2ZGZA 4FWKA 4BVOA 5FPDA 5LY3A 1JCGA 3CJ7A 5AQWA 3VETA 5AFUA 2FF6A 2P9UA 1V4SA 2P9IB 4H0PA 3ULEB 4A62A 3TPQA 3LDPA 3D2EA 5BPNA 1E4GT 3LM9A 1YXQA 3DJCA 4FWLA 3H1VX 1QQNA 3RSEB 3O1WA 1GLAG 4BRCA 1E4FT 1SAZA 3BP8A 3FGUA 3DXKB 3QFUA 5CE3A 3FZLA 4IZ9A 5KQ8A 4CZJA 3U9ZA 1BG3A 3VEOA 4PKHA 1D4XA 1X9JA 2GWKA 1KAXA 3CJ9A 2FLOA 3VERA 3O1BA 4EFHA 2P9PA 4CJ7A 1XUPO 2HOEA 4CBWA 3ENOA 5FPEA 3CQYA 3ZETA 1CZAN 2DPNA 3QFPA 2IVNA 2P9LA 3A5LC 4FWRA 3EKSA 1U2VA 4BC3A 3F9MA 4BRIA 3FLCO 3MK6A 3MCPA 3LDNA 3DAWA 5TKYA 3WUHA 3B8AX 4Y0WA 1T44A 1RGIA 4WQ5A 4GNIA 2BTFA 3W3DA 2ASPA 3ENHA 2FXUA 5AZJA 3A5OC 4H5TA 4ISFA 2GUPA 4L3QA 3SK3A 1YUWA 5LJVA 4CD1A 1S3XA 4IXCA 3DXMB 2FF3B 3BF3A 4QS8A 1K8KB 4DQ8A 1YAGA 3HBTA 1ATSA 5AZIB 2Q1NA 2ITMA 2YI1A 3D7EO 3WXLA 4CI6A 3ZEUA 4H5RA 3WEEB 5JMVA 3GE1A 5BPMA 5LJWA 2P9PB 2QWOA 5I9EB 4BG8A 5AQFA 4CZKA 3JS6A 2Q0UA 4BRPA 3U4LA 4BR7A 5BPLA 4FPBA 3GBTA 2P9LB 2EWSA 1U2VB 4BRAA 3JXUA 5AQGA 3VENA 1BU6O 2E2QA 2CH6A 4H5WA 4H0OA 5KQDA 5BN9A 3GDQA 2KHOA 4BR4A 4KBOA 4YDUC 3KHYA 5AQUA 3VF2A 4BRMA 1NWKA 5AQRA 2P9NA 2FSKA 1HX1A 5AR0A 2NZTA 3R6MA 1TYQB 5F1XA 1NGJA 3FFKB 3KZBA 1NGBA 3D2FA 3ATUA 1MWKA 1EQYA 4H0TB 2V52B 2QWRA 1NGFA 1NBWA 3SMSA 1T6DA 3C7NA 5AQLA 4EHUA 4M7XA 4HTLA 1NGGA 3ZEUB 1SQKA 4GY2B 5AQKA 1Z05A 2FSJA 3P4IA 2QW9A 4BGAA 4BR2A 4CZIA 1X3NA 1ZC6A 4JAXA 3H3NO 4PKIA 4CBXA 4B1ZA 1GLFO 1JCEA 2E2NA 2Q97A 2YHWA 2D0OA 4XEIA 5F0XA 1NMDA 2V7ZA 2QWNA 1LCUA 3HI0A 3M3ZA 4IJAA 4BROA 2QWLA 2A6AA 5BR9A 3LL3A 3VEVA 5AQOA 4EIAA 1RFQA 3EKUA 5FPNA 4CZHA 2IIRA 4FWOA 5E26A 4I6MB 3VF4A 3D2FB 3O5BA 3VESA 4FWSA 1DGKN 5BRFA 3DWLA 3QBXA 1C0FA 3WXJA 2A41A 1T6CA 2IVPA 5AQPA 4A2BA 2W41A 3VF6A 5AQHA 4FWMA 3C7NB 4H0VB 5B8HA 3VOVA 3VPZA 4LC9B 4C23A 2H3GX 1C0GA 3ID8A 2I7PA 3UKUA 4Z94A 4CBUA 4BREA 3IMXA 2QWMA 4RCHA 3R9PA 4BRQA 2Q36A 3CETA 4H5VA 2AA4A 3L6QA 1V4TA 2VCPA 3MN7A 4B1XB 2P9UB 1S22A 3ZX0A 1GLLO 1QQOA 4WQ4C 2PAVA 2W40A 1XC3A 3D2EB 2HMPA 3MMVA 5F2RA 3O80A 1NGEA 2CGKA 2ZF5O 3LDLA 2V51B 3WXKA 3FZFA 1KAYA 4JHDA 5AQTA 1JCFA 2IVOA 4K25A 4CD3A 5AQZA 3UKRA 1SZ2A 3C0BA 4H03B 1XQSC 2F9TA 3CIPA 3AARA 1Y64A 3O4WA 3OHRA 1Z6RA 3MDQA 4RWTA 2UYTA 2E8AA 1NLVA 3A5MC 3CJ1A 3UB5A 1HLUA 5ELZA 4PKGA 4JD2A 2ASMA 3R8EA 5BN8A 2E1ZA 5AQNA 1IJJA 2QXLA 3WT0A 4EAHD 3VGMA 3ZETB 2A5XA 3H3OB 1BUPA 4PL7A 3VEZA 2VYPA 1OKJA 5ADXH 4B1WB 3L4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWCA 1U6ZA 4BRFA 2YJFA 4CESA 1RDWX 4RTFD 3AA4A 1TK8A 3AVJA 3E9LA 3VGKA 3ZSRA 2HHVA 3H6EA 4B3MK 4MO4A 4NB4A 1OVYA 3QDKA 1BDGA 3VQBA 1JLEA 5MLCQ 2A3ZA 5JLHA 1R59O 1TGOA 4WFAL 4BR5A 4BEBA 4BDYA 3BF1A 4LSLA 4FWPA 5ADXA 4DG1A 3PUFA 3UKRB 3S3MA 4BR9A 3NH2A 4MFBA 1N8RO 4CEBA 1YTAA 4Z4EA 4BQZA 3ZT1A 1W9HA 3FR0A 3RRGA 4CE9A 1ZBIA 1REVA 4LF9K 4FWNA 1TUUA 3SLCA 4A61A 3HM8A 3AO2A 3CJBA 5HROA 5EXWA 4AM7A 4J2EA 2ZQBA 3FZHA 4JYAK 4E1JA 2DFEA 3QETA 2NRZA 1JLFA 4OX9K 1ZXOA 4OPHA 2P9NB 1ESVA 4KHSA 3SQ0A 1CLQA 3ULDA 1NK4A 4WCEL 4O8UA 4B8AB 3PIPL 4FL9A 2CGJA 4DTOA 4DB3A 1RCHA 1Q81O 2HHIA 4Y1DA 2HHXA 1WSGA 4XH5A 2O8DA 4E1NA 3DM2A 1K8KA 2GUIA 1OVQA 4O8KA 4FJ7A 2YHYA 5AZIA 4WFNL 4DV1K 1VSEA 3THWB 3CFPA 3C6TA 2CH5A 1VQNN 3U8XA 1VQ6N 2ATQA 1W97L 2VWBA 3A0IX 4CEDA 3OYHA 2O4IA 3WEEA 2O8FA 3OYKA 1VQPN 3NGYA 1WNSA 1B92A 2X78A 2I5JA 3IFRA 4AM6A 2A40A 2BANA 1HYSA 1T7PA 4RW6A 3T1YK 3HO1A 1KAZA 4J2BA 3VTHA 3SYZA 4CJ5A 1Q9XA 5AQVA 5KPTA 1KD1O 2WTUA 4DV7K 4FZXC 5CR4A 1K8AO 3HZ6A 3HJFA 3OW2M 3KLHA 4CHNA 3ZSYA 3AVBA 1GOAA 5SZTA 1Z26A 5AQMA 4CW7B 1BCOA 3KVGA 2O8DB 1S1XA 4KREA 3P1GA 3UKUB 5C25A 1U4BA 4FJ8A 2QWQA 1MWMA 1TUYA 1BA1A 2AP1A 1CZ9A 1NGIA 1BOTO 4B9TA 1YI2N 4R5PA 3J80O 2FC0A 3L8BA 1NK5A 1RT7A 4C8OA 1RILA 1WUAA 4AHSA 4FJJA 3KD1E 4J8FA 4W5TA 4DU4A 3SPYA 1GLEG 2VGNA 1NGDA 2BH1A 3SUOA 1ASWA 4KTQA 2DY4A 1ATRA 1KXPA 4ZHRA 4HUEA 3VEYA 3PY8A 1NM1A 3QMLA 1WLJA 3AVLA 3AY9A 1B9DA 3OS1A 2W6KA 5AQXA 4FJNA 5LMUK 3WQTA 5DM7L 3OS2A 2F9WA 1QZ5A 1C1BA 3K59A 1X9MA 4DQRA 4JKBA 4CJQA 2JGUA 3KK3A 4KHYA 4DQQA 1Q18A 4FM1A 5BRHA 4F2RA 4GVEA 3J7ZO 4BDPA 4ISGA 4JEPA 4HWIA 1HUXA 2QWPA 4IBNA 1W7AA 1WSFA 3CHWA 3VQ5A 4J2DA 2P5GA 2HMIA 3LAKA 1A5VA 2NRXA 2ZD1A 4MLEA 3MXIA 4BVOA 3O9RA 4DQIA 2JWKA 4HCBA 1NKEA 5AFUA 3K9JA 3L2QA 3QEIA 4CJRA 3HRGA 3NDKA 3TPQA 3LDPA 2YV0X 1HNZK 3DLLL 3AVCA 1WSJA 3CF5L 3OBWA 3DJCA 3J81O 4YOVA 3LWLA 2HHQA 4BECA 1CZBA 4E3SA 5CY4A 3H1VX 1QQNA 4NLBA 1VSLA 4NXMK 3QLHA 3SBTA 4C1NK 1SL2A 1BG3A 4PKHA 4M3UA 3JSMA 4E7JA 2IOCA 4N41A 4PUOA 4FW1A 3VQCA 3NF7A 2OYQA 3NAEA 3V1RA 2JLEA 5FPEA 3CCVN 1VK0A 4UQGA 1BL3A 4A57A 4FWRA 4BC3A 4BRIA 3FLCO 1VQMN 1DTQA 5TKYA 2FBTA 1F21A 1OH6A 1GOBA 1YITN 1T44A 3SQ1A 2ASPA 3ENHA 2FXUA 5AZJA 4L3QA 3SK3A 4LD0A 1TKDA 2FF3B 3ZT3A 2VQEK 4DQ8A 1YAGA 3BY5A 2OZMA 4IFYA 4B9SA 4JKGA 3HPHA 3V1OA 4CI6A 3ZEUA 4H5RA 5JMVA 3GE1A 3CM6A 2FBXA 3WNGA 5AQFA 2Q0UA 3OVNA 3U4LA 3TARA 4DWIA 4CJLA 4BR7A 5BPLA 4N76A 2G8UA 1IH7A 2EWSA 4FLZA 2CH6A 5BN9A 3M5RA 1QHTA 3QIPA 3AGKA 3F5TA 3OYLA 3VF2A 1NWKA 2X6NA 1KC8O 2QEXN 4R79A 3H08A 1NGBA 4FZYA 3ATUA 4ILHA 1EQYA 3ENBA 1JLBA 1JLCA 1DLOA 1U48A 3TTFA 1WSIA 1NGFA 3C7NA 1EKEA 4EHUA 4HTLA 4B8CA 1VAZA 3ZEUB 4GY2B 5AQKA 4W5QA 4LF7K 4CZIA 1NJIO 4CBXA 4NCBA 4XEIA 2YHWA 2Q3SA 2V7ZA 3JYTA 2BGGA 5KGXA 1T3VA 1LCUA 3HI0A 4CEEA 4CHPA 4CGFA 4FJHA 4DR4K 4C8MA 4JI2K 1XMQK 1RT4A 4I2QA 5CZ1A 4Y1CA 5FPNA 4OGCA 3KK2A 2IIRA 5JENA 4O0JA 4DQSA 1VSIA 5E26A 3DRSA 3VF4A 4WF9L 2XRIA 3WNFA 3G0ZA 3ZSVA 3DI6A 1O1WA 3DWLA 1OH8A 3VN5A 4F8RA 3E01A 3CCLN 2RKIA 1C0UA 2W41A 5AQHA 3VF6A 1S5JA 4IG3A 3C7NB 4H0VB 5B8HA 1YF5L 3ZLJA 1VSFA 1C0GA 2I7PA 2Z1IA 4Z94A 2KZMA 4BWJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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