4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
2VCPA 3VGLA 5F2RA 1GLAG 2YI1A 1DKGD 4EFHA 4BROA 2E1YA 3CJBA 4K41A 1RFQA 2PBDA 1KAZA 5AQFA 1LOTB 3WEEB 3CI5A 3FZKA 3LDOA 3WUHA 3WXIA 3B8AX 5AZIB 2HF3A 3QICA 1K8KB 1V4TA 4H0XB 2D4WA 2V7YA 4I6MA 3GL1A 2P9LB 3VETA 5AQXA 2BTFA 3VGMA 2F9TA 1BG3A 1QQOA 2GUPA 4FWQA 1HLUA 5BREA 3H3OB 2I7PA 1NMDA 1GLDG 3CERA 2A40A 3LDPA 4CZJA 1XUPO 4O8KA 4BC4A 3VPZA 2P9UA 4LC9B 4BRPA 1NWKA 3L6QA 1V4SA 3IUCA 1NGEA 1J6ZA 4NO7A 2FSKA 1BOTO 3FZMA 4WQ5A 1C0FA 4H0TB 3L4IA 3OHRA 5EY4A 1QZ6A 3MCPA 3UKRA 2KHOA 4PKIA 1CZAN 3QBWA 4BRAA 1BU6O 3FLCO 3A0IX 5AZJA 3G25A 4JHDA 4F9OA 5AQSA 1SQKA 1KAXA 3VF6A 3VOVA 5BR9A 5EVZA 4BGAA 4EHUA 5FPNA 1XC3A 3CQYA 1HUXA 5ELZA 5BPLA 1NGGA 4BR2A 4BQLA 4PKHA 3CJ7A 4CZFA 3DXMA 4BR4A 4BVOA 2YHXA 4GY2B 5EXWA 4HTLA 1GLJO 3CETA 2Q36A 4CD1A 2QWNA 3D2EA 4WQ5C 4BRQA 5ADXA 3QFUA 3KZBA 4CZGA 1BO5O 4H0VB 1JCGA 4FWRA 4CZHA 1TYQA 1YVNA 1HKGA 1QHAA 5BN9A 4BQZA 3M3ZA 3A5OC 4ISFA 5FPMA 3W3DA 4CBXA 2IVOA 3O5BA 1ZBSA 2V7ZA 4FPAA 5LJVA 3ULEA 3WT0A 1RGIA 2E8AA 2GWJA 4JD2A 3H3NO 4BRLA 3GOIA 3FR0A 3VEOA 3U8XA 1NGJA 3H1VX 3VF4A 3C7NA 1S3XA 2QWRA 5LY3A 1S22A 3MDQA 3D2FB 3LDLA 5JLHA 4RWTA 3BP8A 4PKGA 2ZWHA 2E2NA 3EKUA 3ZETA 1BDGA 1IG8A 5AQLA 3C0BA 3LM9A 3WQTA 2P9KA 1X9JA 2EWSA 2ASMA 3SMPA 1OKJA 2D0OA 4C23A 1ATRA 2GELA 2J4RA 3EN9A 3UKUA 2ASOA 2E20A 1DEJA 2P9NB 1GLLO 3M6GA 4H5WA 2PAVA 1NLVA 2VWBA 4QS8A 2YHYA 3ZEUA 4AM7A 5AQTA 5AQUA 1HKBA 4E1JA 4B1VA 1TUYA 3JS6A 4JN4A 4EIAA 3ZX0A 3CJAA 4AM6A 3O8MA 5F1XA 4B1ZA 1SZ2A 4BG8A 3SJHA 1RDWX 2F9WA 2H3GX 4M7XA 5EOYA 4A61A 2CH5A 4MLHA 3DXKA 3HSCA 1JCEA 1KAYA 3LDQA 3S41A 2WUSA 5AQYA 5AQJA 3D7EO 4J8FA 5AQWA 3QMLA 4I6MB 4H5RA 4DQ8A 4MO4A 3U4LA 3WEEA 1ZXOA 2E88A 3LM2A 4HWIA 4A2AA 1NGIA 1DGKN 4K43A 1BWFO 3LL3A 4H5TA 4BRIA 4H5NA 4FWPA 2DPNA 4H03B 3WXKA 3VEVA 2ZGZA 3VERA 4B1XB 2P9UB 2E2OA 1QQMA 1C0GA 1KXPA 5JMVA 1R59O 2FLOA 3ATUA 5JICA 4XH4A 4IJNA 3IMXA 3DAWA 4BR5A 1Y64A 3MN6A 3EL2A 3VEWA 4BRKA 1Z05A 2A5XA 1GLCG 4CZIA 4BG9A 3I8BA 4H5VA 3EZWA 4YDUA 2ITMA 5AZJB 3KVGA 1TUUA 4FWSA 2GWKA 2IIRA 4JHDB 1NGDA 3P4IA 3BF1A 2IVPA 3VESA 4ISGA 4GNIA 1SAZA 3FZHA 5I9EB 3O08A 3ID8A 3R8EA 5BRFA 2YHWA 4NB4A 2P9PA 4BRNA 4BVPA 4CZKA 3CJCA 1MWMA 3DXMB 3F9MA 1GLFO 3VEXA 5AFUH 4MLEA 5KPZA 5JLFA 1ESVA 3D2EB 3MN5A 2QWLA 2YJFA 4IO8A 1Z6RA 5E84A 1IJJA 3WXJA 4CZMA 4CZLA 3CQXA 1TYQB 2D0PA 3ZX3A 3VEZA 3ATVA 4FWNA 4IWVA 4YDUC 4QS9A 4Z94A 3ULEB 5AR0A 4A62A 2FF3B 3H45C 4H0OA 5ADXH 4JD2B 3BF3A 3GG4A 3ENHA 4CBUA 5LJWA 3HTVA 1D4XA 3DJCA 5BN8A 3C7NB 3SLCA 3TU5A 4B1UB 4XH1A 2NLXA 1MA9B 1XQSC 2CGJA 5TKYA 2ASPA 4M63C 4BRDA 4Y0WA 2ZGYA 4PL7A 3JXUA 4K42A 3CJ1A 3HZ6A 3ZETB 1U2VB 2Q97A 2VYPA 5KPTA 3KHYA 5FPEA 3AAQA 2P9KB 4BC2A 5KQDA 3O1WA 4O5FA 2E2QA 2Q0RA 1MWKA 3IFRA 3VGKA 3UKUB 4BRGA 5BPNA 1BUPA 4BRFA 3R6MA 3QDKA 2GEMA 3ENOA 3FZFA 2E2PA 1YAGA 2CH6A 2FF6A 2Q0UA 3ZEUB 2HOEA 4EAHD 1G99A 5E26A 4QS7A 2YCHA 3TPQA 5KPRA 5EX5A 3J8AA 2P9SA 2QWMA 2YJEA 1NBWA 1HPMA 4FWMA 2P9NA 3HI0A 4XH5A 1E4GT 2QW9A 2P9IA 3RSEA 4WQ4A 1T6DA 5AQOA 5F0XA 1HJOA 2FSNA 3FFKB 3ZX2A 3DXKB 1JCFA 3U9ZA 1U6ZA 1X3NA 1HKCA 1NGHA 2Q1NA 3VF2A 3GBTA 3EKSA 3I33A 3R9PA 3H6EA 4CBWA 1EQYA 2CGKA 1T6CA 5AZIA 5AQRA 5AQNA 2Q31A 4FSVA 3MK6A 1GLEG 1ATNA 1K8KA 1Q18A 3CIPA 3QB0A 4FWKA 3W0LA 5BPMA 2V52B 4B9QA 4IXCA 2FXUA 4FOIA 5AQKA 4DHYA 4DCHA 3AY9A 3O1BA 2P9LA 3BUZB 3UE5A 4BR7A 1T44A 3UB5A 2CGLA 2E1ZA 4WQ4C 4BC3A 3UKRB 1LCUA 4H0YB 2W41A 4BREA 3MN9A 1NM1A 1E4FT 1WUAA 4FL9A 4XEIA 3U9DA 3HM8A 3A5LC 4IJAA 5FPDA 4MO5A 2Q2RA 4H0PA 4BRHA 2QM1A 5BRHA 3GE1A 2IVNA 3DWLA 2BUPA 1NGAA 4FO0A 4CJ7A 5CE3A 2P9PB 2FSJA 4DB3A 2AA4A 2D1KA 3M1FA 4CI6A 2HMPA 3VEYA 5BRDA 2I7NA 3FZLA 5AFUA 2QWPA 3BEXA 4BGBA 2AP1A 5AQQA 4BR0A 3GDQA 3MN7A 2QWQA 3QFPA 4EHTA 1QQNA 4JNEA 3A5NC 2ZF5O 1ZC6A 3AAPA 3LDNA 3O4WA 3FE1A 2OANA 4L3QA 1NGBA 3QBXA 4CD3A 4K25A 4FWLA 3WXLA 2NZTA 3H1QA 4BRCA 2QXLA 2A41A 4FOEA 3L0QA 5AQIA 1P8ZA 3H46O 1YXQA 1BA0A 5AQGA 1QZ5A 3CJ9A 1BA1A 3A8YA 4IZ9A 4A2BA 1GLBG 5AQPA 2UYTA 4BR9A 1HX1A 3MMVA 2V51B 2A6AA 1NGCA 3D2FA 2QWOA 3CHWA 2A3ZA 3SMSA 2GTDA 3SK3A 4FWOA 3A5MC 4B1WB 4PL8A 4KBOA 4B1YB 1MDUB 3O6WA 1U2VA 3AARA 2NRHA 4JAXA 1ATSA 4CZEA 1H1VA 1WOQA 3HBTA 3IDHA 4ISEA 1NGFA 5AQVA 4M7YA 4BC5A 3WQUA 5B8HA 4RTFD 3EO3A 2P9SB 1YUWA 4BRMA 3O80A 3VENA 5AQHA 2A42A 4WYBA 5KQ8A 5AQMA 3FGUA 2P9IB 2W40A 2HF4A 4FPBA 3RSEB 1X3MA 5AQZA 4RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSRA 2P5GA 1JLEA 1KSPA 3AV9A 2YI1A 1VRUA 4WCEL 4FJXA 4BROA 3MXMA 1RDAA 5AQFA 1XNQK 1ZBHA 3ZSXA 3E9PA 5AZIB 5J2PA 5HL7L 1BHLA 4C8LA 3QICA 4DV6K 1V4TA 3PIOL 2IC3A 3E9OA 1HNVA 1F21A 4DQIA 1L3UA 1VQNN 2V7YA 3SQ1A 3VETA 3K2PA 2BTFA 4BDZA 2GUPA 2R7YA 5BREA 3ISNC 3H3OB 4U7BA 4O8KA 1NWKA 4E89A 3IUCA 4IOAL 1J6ZA 4NO7A 1YT3A 3OYNA 4FK4A 1C0FA 3O9SA 5EY4A 1JLAA 3OYIA 1QSYA 4JRPA 2ATQA 4PKIA 3QBWA 5M1QA 4E7HA 3RWUA 4NYFA 4Y1DA 4F9OA 5AQSA 4DV7K 1NK6A 1K6YA 4KHUA 1FJGK 5EVZA 4BWJA 4CJRA 3RMCA 4BDPA 4JI2K 1T3VA 2HHWA 5BPLA 4FVMA 5C10A 4CIGA 3K5OA 4CZFA 3DXMA 2OA8A 3ZT3A 4BVOA 4V19S 4LY7A 2Q36A 3IRXA 4C1NK 3SCXA 2OZMA 4KHQA 3TAPA 3EY1A 3PV8A 1JCGA 5CR4A 3SUOA 3SNNA 1QHAA 3CCVN 4ISFA 1WAFA 3K9KA 5LJVA 4FPAA 5HP1A 3GOIA 1QHTA 4CHPA 3VEOA 3NDKA 4IKFA 1S3XA 4JI4K 3SUPA 1VSEA 2P1JA 3K58A 4OX9K 3D2FB 3LDLA 4RWTA 1EETA 3BZCA 2G8VA 3AA3A 4LF4K 4DKWA 4Y1CA 3C95A 3ZETA 5DMRA 1IG8A 3C0BA 3LM9A 3RR8A 5C24A 5J2QA 2EWSA 4I9LA 3RVCA 4CHZA 2ZJPL 1NNEA 2FBXA 1L3TA 4PQUA 4OPAA 2ASOA 1Q81O 1DEJA 4H5WA 1VQLN 4KV8A 3K57A 4F2SA 5AQTA 3E9LA 5AQUA 1JLBA 3T19A 1B9FA 4E1JA 4B1VA 4JN4A 4O5BA 3KLEA 4NLBA 3A2FA 4EP4A 1SZ2A 3L2VA 3SJHA 2HHQA 2F9WA 1VQ6N 4M7XA 4A61A 1KFSA 4W5NA 3DXKA 2XO7A 1JCEA 3LDQA 3S41A 4ELTA 5AQYA 3U3GA 4C8MA 2VWKA 4DQ8A 3U4LA 4CGHA 3WEEA 4HWIA 4A2AA 4LFAK 4K43A 2YKNA 4H5TA 3TWHA 4RW8A 3LAKA 4WE1A 3IAYA 2O8CB 1X9MA 4CJVA 3NF7A 1VQON 3SV4A 1C1AA 2ITGA 4JYAK 4W5QA 2NRRA 3OBWA 3P5JA 3CFPA 4OJRA 1L3SA 2FLOA 3ZSOA 4CCHA 3DOKA 4IJNA 4YHHK 3CQ8A 2E4LA 3C94A 1W97L 1LW2A 1Y64A 1U45A 5CZ1A 2NRZA 2NRWA 4BG9A 3KK2A 2O4IA 4H5VA 2QA4N 3CC7N 4JHDB 2A1RA 5M1KA 2G8WA 3BF1A 4JS4A 1YVUA 3THYA 3TABA 2XRIA 1RBRA 1WSEA 3CJCA 4CZKA 2UU9K 3DLGA 1GLFO 4MLEA 4IEIA 2O8BA 4KH6A 5M1FA 3JAMO 4NXNK 4CECA 1WAJA 4IO8A 1S1VA 4LH5A 5E84A 4KB1A 4B8CA 5LMNK 3PSIA 1K73O 3I8DA 1SS6A 3VEZA 4FWNA 5MLCQ 1ASWA 2X74A 4QS9A 5AR0A 3CMAN 4H0OA 3T69A 4AF1A 4CBUA 5LMUK 3F2KA 1N6QA 1XHZA 4DG1A 3NHGA 4UY8O 4CESA 1YJWN 1UA1A 3NF9A 5TKYA 4PL7A 1LWEA 1U2VB 1YJNN 2Q97A 2VYPA 4B9NA 2RN2A 3AAQA 4I9QA 3MX5A 2VQEK 4OLBA 5KQDA 4KO0A 3O1WA 3DI6A 3IFRA 4KTZA 3I55N 3IG1A 2HVHA 3ENOA 3FZFA 2E2PA 2BANA 3C65A 4EAHD 1G99A 5E26A 3ENBA 4CJPA 4I7FA 2WONA 3SBGA 3O9UA 3MXIA 3J8AA 1S5JA 2QWMA 4LFBK 1HNIA 4KPYA 1HPMA 2P9NA 2UUCK 5KGXA 1JLGA 3OBYA 2QW9A 4AHTA 4CIEA 3ZX2A 1Y97A 3ZYYX 3OYKA 4YOYA 4J2BA 4H4MA 4FLVA 1HKCA 1NGHA 3TAGA 3VF2A 3SQ2A 3I33A 2DTUA 3FFIA 3CC4N 4N47A 2CGKA 3EE8A 1T6CA 5AZIA 4JI8K 3MECA 1JJ2M 5IWAK 4F8RA 1ATNA 1Q18A 2V52B 3J81O 4B9QA 5AQKA 1NK8A 4BE1A 3QEIA 1HMVA 4DTXA 1NJXA 3O1BA 3UE5A 2YNHA 3AVMA 4LF9K 2UXCK 4LD0A 1T44A 3UB5A 2CGLA 1N36K 1J54A 4CJFA 4WQ4C 4H0YB 3AVLA 3V81A 4CERA 2WBNA 3U9DA 5HRPA 1QSSA 3C6AA 1VSJA 2ZQBA 2Q2RA 4BRHA 2QM1A 4JI6K 3GE1A 4CF0A 3DWLA 3KLHA 3OYHA 2O8DB 4CJ7A 3QEWA 2FSJA 4DB3A 4JV5K 1T7PA 4A5AA 4DTOA 2YHAA 1RDBA 3EE9A 3OJUA 5AFUA 4BGBA 4E7JA 3PX4A 4EHTA 1QQNA 1YIJN 4FM1A 3T3FA 3O4WA 2OANA 4L3QA 1FK9A 3D45A 1Q9XA 2UUAK 5BR8K 3QBXA 3PIPL 4CW7B 4CD3A 4K25A 1QS4A 2BH1A 4CJQA 3OYBA 5FRMA 4KH4A 1YF5L 3ID6A 4M42A 1YXQA 4RW6A 3VMFB 3S3NA 3A8YA 2ZM6K 4A2BA 3Q7CA 5AQPA 4HCBA 4BR9A 2RKIA 3MMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1KVA A;  4CJE A;  3AO3 A;  2D5R A;  1TL3 A;  2JGU A;  3HYF A;  4FZZ A;  3SZ2 A;  2Q0R A;  3O4N A;  4BRG A;  4X66 K;  4HUF A;  4KKO A;  1RT1 A;  4BRF A;  3NAE A;  3R6M A;  3QDK A;  2FF6 A;  5HBM A;  3CM5 A;  2Q0U A;  2HOE A;  1NK0 A;  4CJU A;  4QS7 A;  2YCH A;  3QEP A;  3WXM B;  5EX5 A;  3I56 N;  5M1N A;  3BZK A;  1RT6 A;  4Q0B A;  2F8T A;  4X64 K;  4KH5 A;  1XMQ K;  5K14 A;  3HI0 A;  3NF6 A;  1E4G T;  3RMB A;  5F0X A;  1T6D A;  3N4Q A;  4E0D A;  2FSN A;  3P38 A;  3DXK B;  3M8R A;  1BI4 B;  4DV2 K;  3AA5 X;  1A5V A;  4BE0 A;  3OYF A;  1LV5 A;  3EYZ A;  1VQ5 N;  3K9J A;  2Q31 A;  3MK6 A;  1GLE G;  1TAU A;  2HMI A;  1WSI A;  3AO2 A;  3QB0 A;  4CGF A;  5H1S Q;  4IXC A;  3ZT4 A;  1T8E A;  1O1W A;  3U3Y A;  5SZT A;  4BR7 A;  4JKF A;  3H08 A;  1LCU A;  2W41 A;  1TAQ A;  3MN9 A;  4HHT A;  4CK3 A;  3E01 A;  1IBL K;  4RG8 A;  4IJA A;  4DTR A;  5FPD A;  4MO5 A;  4DTP A;  4H0P A;  2OYQ A;  4DR7 K;  1NGA A;  3THY B;  1HRH A;  3NGZ A;  1I3A A;  3DOL A;  2AA4 A;  2D1K A;  4CI6 A;  4DUY K;  3VQD A;  3VEY A;  3HVR A;  2O8B B;  3CD6 N;  1C0T A;  4CF8 A;  4OKK A;  2AP1 A;  5AQQ A;  4BR0 A;  2FBY A;  3GDQ A;  3MN7 A;  3QFP A;  4FLY A;  1A5X A;  3PY8 A;  4E19 A;  4B3R K;  3DLH A;  1TKX A;  4DLG A;  2EX3 A;  3LDN A;  3I0S A;  5GIP A;  4JEP A;  3WXL A;  3MXJ A;  4PWD A;  3SPY A;  2A41 A;  4FOE A;  2F7T A;  1YTU A;  1P8Z A;  4DSK A;  3NVK A;  3AVA A;  1BA0 A;  2EHG A;  1HNX K;  1D9D A;  3KWI A;  1QZ5 A;  2HHX A;  3CJ9 A;  1N34 K;  1BA1 A;  1D5A A;  2A1S A;  1GLB G;  3OYG A;  1HX1 A;  3ZSQ A;  4CE9 A;  3DRR A;  1FKO A;  2A3Z A;  3SMS A;  4A5B A;  2DY4 A;  2GTD A;  1QVF M;  1UOC A;  1RNH A;  2QXF A;  1U2V A;  1Q9Y A;  2NRH A;  4JAX A;  4CEO A;  1CZB A;  4CZE A;  1WOQ A;  4ISE A;  1NGF A;  4RTF D;  4XIU A;  1YUW A;  4EZ9 A;  1Z26 A;  4JK7 A;  4WFB L;  1BQN A;  3MAQ A;  4Z4H A;  4CJL A;  5HOO A;  4OVL A;  4CGG A;  1IKV A;  3RRG A;  1JLC A;  1BL3 A;  3ULD A;  4KI6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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