4CD4A

The structure of gh26 beta-mannanase cjman26c from cellvibrio japonicus in complex with manifg
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
LPALIDTQATAETRALYRNLAKLRYKHLLFGHEDSLAYGVHWEGDMDRSDVRDVTGANPAVYGWELGGLELGHTANLDAVNFEKMQHWIKAGYSRGGVITISWHVFNPVSGGNSWDKTPAVHELIPGGARHATLKAYLDTFVAFNEGLADVDAQGNKHYPPIIFRPWHEHNGDWFWWGKGHASEQDYIALWRFTVHYLRDEKKLRNLIYAYSPDRSRIDMANFEAGYLYGYPGDAYVDIIGLDNYWDVGHEANTASADEQKAALTASLKQLVQIARSKGKIAALTETGNNRLTIDNFWTERLLGPISADADASEIAYVMVWRNANLAREKSEQFFAPFPGQATADDFKRFYQSEVVLFEDELPPLYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA MANNANASE, PUTATIVE, MAN26C
publication title Combined Inhibitor Free-Energy Landscape and Structural Analysis Reports on the Mannosidase Conformational Coordinate.
pubmed doi rcsb
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 145
structure length 367
sequence length 367
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02156 Glyco_hydro_26 Glycosyl hydrolase family 26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4cd4A00
1BGAA 1L0PA 3TTQA 2VL4A 1E9LA 4AZ6A 1HVXA 3WQ6A 3VDCA 4TXEA 3VGHA 2CBVA 2J8GA 3MUIA 3WNPA 3PZGA 4HTYA 3K4AA 2ZUTA 2VX4A 1E6QM 2ZWYA 3KE0A 8A3HA 1FH9A 1W2VA 3CMJA 3VIHA 1TFVA 1Q6EA 5M17A 2BHZA 3GNRA 4J3TA 4JFUA 1JYVA 4CCDA 4UOZA 3AZTA 1W91A 2G3IA 3GH7A 1R86A 5KEZA 1B3YA 5A2CA 2CESA 3GZAA 2ZUUA 4ATLA 3VKKA 4MAZA 3AS2A 2BXYA 3WBAA 1NWTA 4Q7NA 3BAYA 1AVAA 2XVGA 4C7DA 3RO8A 1JYWA 1HVQA 1CXKA 1EO7A 3VX0A 1CEOA 4GI6A 3OGRA 2W92A 1W9DM 1S46A 2VCBA 2VO5A 1NOFA 3S6TA 1ZU8A 2ZUMA 1NQ6A 4U31A 2RGMA 3EYPA 4ZXOA 1W3KA 3WUBA 2VMFA 5BWFA 3L4UA 1VJSA 3WFZA 3BLPX 1R7AA 3N12A 3CUFA 3MU7A 1PZ2A 2G3MA 2BVTA 2XM1A 2WMJA 4BA0A 1CNVA 1UD6A 5BRQA 1QI5A 4UFJA 3O6AA 5I23A 1WZLA 3BLKA 5HDRA 3KWXA 1AQ0A 1LWJA 3CZEA 2PC8A 3AS0A 4W93A 2WM0A 2UY3A 5BRPA 1JZ4A 3BAWA 1Y7VA 4DWSB 3F5KA 1CBGA 3WD3A 3WENA 2BY1A 3WF3A 1NOUA 2WKGA 1I75A 4HMEA 3LPOA 2ZOXA 1MXDA 4CD6A 2W66A 1RP8A 3O9NA 3RM8A 3NJ3A 4QLLA 2YA1A 1XH1A 3AOFA 3NUKA 3TA9A 3CGTA 1UD3A 2YL8A 1O6IA 3NSXA 3WQVA 3ZSTA 4X9YA 1B3ZA 1V03A 3IAQA 4BS0A 3VIGA 5D9NA 2VQUA 4M81A 4WSJA 4P8XA 1E0VA 3VGDA 4RE3A 1ESWA 3VD5A 4AZGA 5IDIA 3TTYA 4UTFA 1WDRA 1GQIA 4IPNB 1AQHA 1KQYA 4CKQA 4D71A 4JFTA 5CLWA 2DGAA 5A8NA 3POCA 3CUGA 3CUJA 1I1WA 4W89A 9CGTA 1UR4A 3WDHA 5CPQA 3VGGA 1K9FA 5I77A 4MNLA 2VZTA 3W27A 1D7FA 3RILA 1NP2A 3WN6A 5HPCA 2JE8A 3K1DA 3RCNA 3EDEA 3L4ZA 2JIWA 3BAKA 4U2YA 5DT7A 3VMNA 2WNWA 3SEPA 1E6RA 4MDOA 1KWGA 2FH8A 5A8MA 4AD5A 2DSWA 1BVNP 2WSKA 1NWUA 3ALFA 5DT5A 1EOKA 2PWHA 3AIQA 1GOMA 4HZ8A 4R5EA 5M5DA 2VZVA 2PI6A 3TOPA 4AZ5A 2VZOA 3K8KA 1BFNA 3OG2A 3ZM8A 4F9DA 2BY0A 1V0LA 2W4XA 1J0HA 1TA3B 4AC1X 1EQCA 4W86A 4M8UA 1GPFA 3WD4A 2WC3A 1CDGA 4F79A 4DUVA 4S3KA 4ATWA 1E3XA 3L4YA 1E56A 3MS8A 3OBAA 3RDKA 1O7AA 2ZUSA 3AJ7A 1XGZA 3KL3A 2ZUWA 1BG4A 3BXWA 2DSVA 3SCVA 4U5KA 2VVNA 2WVVB 5CZKA 3DYPA 1UUQA 4P7NA 4W7UA 1OINA 4XB3A 2XSAA 3N9KA 1R7OA 3B9EA 4CN1A 1TG7A 5BXPA 3SCTA 3VX1A 1QI3A 1J0JA 4TUFA 2AOSA 5DFAA 2J7CA 2VI0A 3WY1A 2JEQA 2VX6A 2PWFA 4ACYA 3PZVA 1UKPA 3BMWA 2ZX9A 3UG3A 3WL1A 5C8BB 1JYNA 3II1A 2DPEA 5ECUA 1GZJA 1N82A 3L4WA 1OWQA 2WC4A 2Z1SA 3HU7A 4UFHA 1E1EA 4PBGA 3VILA 1MQRA 4PYSA 3WIJA 3FHQA 1X6LA 2OSYA 3VD4A 3N1AA 3ALGA 4M29A 1MW0A 2IUZA 1BSIA 4TVCA 2VURA 1JZ6A 1DWGM 2Y8VA 4NF7A 4QLKA 2GDUA 5AC4A 2YDQA 3B8SA 3WQ8A 5DMYA 3ARUA 3VIMA 3EDJA 3EMQA 3F5LA 3TTSA 2QLYA 1XYZA 5A6BA 1VRXA 3U57A 3SCPA 4GZJA 2J8FA 2DSUA 1BHGA 2VT0A 3SUTA 1HKMA 4W8LA 4CD4A 4J3WA 4NI3A 1V02E 1CGVA 1F4AA 2J74A 3WH8A 5ABHA 4JKLA 1DWAM 5FIPA 1TE1A 2X09A 3WNOA 3MUZ1 1XD1A 2A3EA 3CHCA 3I3BA 3WBEA 3ZQ9A 5IXEA 3LPPA 3L4VA 3VIJA 1G5AA 1E73M 2NT0A 3VO0A 1FA2A 1GCYA 4BQ4A 4W7WA 3QOMA 4JHOA 4BQ3A 1J0IA 1TMQA 2VX5A 1GVYA 3VGFA 4EK7A 5LA2A 4Z2GA 1UKSA 1A3HA 3ARRA 2XGBA 1WKYA 3ZOAA 1JI1A 1FP8A 1G01A 1TVPA 1V3IA 3D3AA 2Y4SA 2D1ZA 3PZMA 3ZT5A 1VIWA 4WSKA 1V6WA 2C0HA 3RJXA 1NH6A 3WH5A 1UWIA 2ZE0A 3HJEA 4B9YA 1GVIA 1RD6A 4UR9A 4AW7A 6TAAA 1TR1A 4DWSA 1UD5A 4JFWA 1Q6FA 3DECA 2E9LA 2VRJA 4UQCA 3ARPA 1JAKA 3PN8A 3CPUA 4FLRA 1LL7A 2ZX7A 2XVNA 1V08A 3MSDA 4J7RA 1GQKA 1KR0A 2DQXA 2GK1B 5BXSA 1E43A 5D9MA 4E8DA 1CGTA 2WLZA 3OIHA 2WYSA 3FW6A 3CH9A 5FL1A 3RPMA 3ECQA 3WKZA 5AY7A 2G3NA 2XFYA 3ARSA 5HBFA 1K6AA 5I78A 4EAMA 3VDHA 3VTRA 3VIFA 1BF2A 1PIFA 2DIEA 3QR3A 4LPCA 1GW1A 1GQJA 2EBNA 2V5CA 2YLAA 2VR4A 3E1F1 2J7BA 4W5UA 3ZO9A 2V3DA 2WVTA 1JG9A 5E6YA 3AXXA 1ISYA 4WF7A 1A47A 1DEDA 1LG1A 4PTMA 5EFDA 3GXDA 4P7RA 1AQMA 4IPLA 4AYSA 1HJVA 3AQUA 1JZ7A 3EDFA 4PEEA 2D3LA 2VR5A 3AS1A 5E9AA 2OWCA 3NDYA 4V27A 4YHEA 4DWSC 1QBBA 4UFLA 3WQWA 1G0CA 1UD8A 1W3HA 2AMGA 4MNMA 2WAGA 7A3HA 3DHUA 5IHRA 3B9DA 1W32A 4DUWA 4R27A 2X2YA 4U3AA 1K9TA 2Q8XA 1V3MA 5EBAA 3G6MA 3S2CA 1QVBA 1KGUA 3AZSA 1CGWA 2BY3A 2VCAA 2CEQA 4MB5A 2QMKA 3OZOA 1TA3A 1G94A 2X0YA 4Q22A 2E40A 1JAEA 1QNOA 1B30A 1EH9A 4NZCA 3OLEA 4Z2IA 1XSIA 1CLVA 5ABEA 3JUGA 2BXZA 3WMBA 2ZX5A 1K9DA 2X1IA 2ESCA 4AISA 3ZMRA 3ARWA 3UCQA 1MFVA 3CHDA 1V0KA 1TVNA 3AICA 4PMNA 3CZJA 4P7LA 3D5HA 1BYDA 4PUEA 4RE2A 3SUWA 2WVVA 2CBIA 3GM8A 5GQBA 2XFRA 1XCXA 1QNQA 3CBWA 2JF6A 3W37A 3CLWA 4Z2KA 5LA0A 2C7FA 2VZUA 4UQBA 1UD4A 2YL5A 3ZT6A 1VJZA 1HXJA 1W9PA 2J7HA 1B3VA 1P6WA 1GOWA 5E70A 4C7GA 2VRKA 2W61A 2O9OA 3ARQA 4NRRA 5GNXA 4FF5A 3WMCA 4EKJA 2G4FA 1CLXA 2GJRA 3QHMA 4HA4A 2D20A 2XVLA 2G3JA 3N18A 4J3XA 2UWFA 2WHMA 2V3GA 4W85A 1WDSA 1XCWA 3NCOA 4D6IA 1CENA 5CGTA 2ZUVA 2WPGA 4QP0A 3WD2A 1HP4A 3N13A 3OLIA 4PMOA 4QLJA 2CKRA 3HMCA 5JBFA 4PCSA 2CHNA 1HN1A 4CUCA 3WEMA 1M53A 4PMDA 3VOCA 1VBRA 1CXLA 1B31A 1CGYA 4JKKA 4KWUA 5JBDA 3FXYA 5A95A 4CVUA 3PZQA 4CD8A 2WK2A 3VNZA 1KBBA 1UKOA 1BQCA 1KQZA 2J75A 4HPGA 4J27A 1UWTA 1GJWA 3MV01 4BF7A 3PZNA 1UKQA 1E6SM 5E0CA 4HZ7A 3IAPA 1LL4A 1TUXA 3K8LA 3ZJKA 1DWFM 3AIBA 2XHYA 4ML4A 4TVUA 3RMEA 1OSEA 4BQ5A 2V3EA 3UG4A 5AC5A 2MANA 2CYGA 2W91A 1DTUA 1JIBA 3UETA 3WNMA 3VDBA 1V02A 4GPNA 1JZ5A 2J62A 3WD1A 1HNYA 4GQRA 2XVPA 5I2UA 1B2YA 1MYRA 5I79A 1JF6A 5FD0A 3AHVA 3MO4A 1C92A 5BROA 4TTUA 3UR8A 5I3DA 3WNLA 5IHSA 1NWSA 3THDA 4LX4A 1W9XA 3AISA 2CKSA 2PWGA 2WXDM 5FL0A 1V3JA 3FHAA 1C90A 1C7TA 4JL2A 5JIWA 3NYDA 2B31A 1FHLA 2YKKA 1BGGA 2WZIA 4JHZA 2XIBA 2ZXQA 4MJ2A 5F7UA 5HPOA 1IV8A 3OGSA 4CU7A 1H09A 1E6XM 5EFFA 3T08A 4B16A 1WZAA 2GK1A 4UQDA 1NP0A 4M82A 3BSGA 1B9ZA 3IK2A 1VF8A 1XH2A 4B15A 1HIZA 1H0GA 5JBEA 1B1YA 5AYIA 3G6LA 2XYLA 1JFXA 3W6LA 3T0AA 4UFMA 1HKJA 4AWEA 2F8QA 1CPUA 1CXEA 2J25A 3AYSA 3BC9A 3VD9A 1H3GA 1HL9A 5CLTA 3WEOA 3VIKA 1JDCA 5GNYA 1VENA 2WC7A 2OYLA 4CVWA 1UD2A 1UA3A 1EOMA 1HF6A 3CZGA 1LF1A 2WBGA 1WDPA 1UQYA 1IZKA 2GDVA 5DEZA 2GUYA 4TVDA 3UG5A 4QDMA 1RP9A 3FAXA 4LYPA 3RJYA 4D6GA 3W4RA 4HOZA 1H49A 4QCEA 5IFTA 5CQ1A 1E71M 2D0HA 2QV4A 4CN6A 3SIMA 1US3A 4M80A 4LYRA 4OKDA 2W63A 2W62A 3MMDA 4AD0A 3MUY1 2JEPA 2CXGA 4U2ZA 1E5NA 3SCRA 3SCOA 2WVSA 6A3HA 3CIVA 1W2PA 5C71A 3W26A 1QHOA 3RM9A 1MW2A 2D0GA 3OA5A 1UQZA 1KXVA 2VOTA 4U5IA 2J7DA 4B3LA 1US2A 3ARTA 3WDPP 5A3HA 3WELA 3VIPA 2VZSA 2XWEA 1G9HA 4MJ4A 2VQTA 4MADA 4AZCB 3WNKA 2WLYA 2BFGA 2OYKA 2G41A 4F8XA 1DWIM 1GORA 1H11A 4PMXA 5BXTA 2J7EA 2WMFA 2JF7A 3AIVA 4OBSA 4QAWA 2A3BA 2WMGA 2X05A 4PTVA 1XSJA 4ACZB 3PZ9A 1KGXA 2DT3A 2DT2A 2QPUA 4ZXLA 4X0VA 3MANA 3DYOA 1E1FA 2YIHA 1HKIA 2J7GA 1ISWA 1E4IA 3CHFA 3W29A 3ARVA 4FK9A 3W53A 1W9UA 1PJ9A 1K9EA 4KH2A 3IJ7A 2WCAA 2QF8A 1JL8A 4UZSA 5EMYA 4PUDA 4P7OA 4QCFA 2PBOA 3W0KA 2E9BA 1UWSA 3VVGA 3GNPA 3MKKA 3GNOA 1DWJM 2YDRA 1E5JA 1C8XA 4AIOA 1BYAA 2YL9A 5A6KA 4A4AA 1EO5A 3WFLA 2CHOA 4GXPA 2BHUA 4ATDA 3CHEA 3AMDA 1ZJBA 3U7BA 2FH6A 1JF5A 2OLHA 4D6CA 3KEHA 2EPMX 1FH7A 4HA1A 1E0WA 1QI2A 3BGAA 4PTWA 2YBTA 2EPKX 2XPKA 4JFVA 1YQ2A 3SCWA 4GQQA 3POHA 3QOKA 5D8WA 3GTNA 2X0HA 3L4TA 1UR8A 1UH4A 2CBJA 4IUGA 2F2HA 1XV8A 4XX6A 1E6PA 5A2AA 4LQ1A 2O92A 1JXKA 1QHZA 1BG9A 3M07A 1W3JA 4UQEA 3A4AA 1QI0A 1GONA 1VEOA 4QFUA 2XGIA 2FGLA 5D4YA 2EPLX 1UA7A 1HJQA 3AMGA 3ZIZA 3VU2A 2VJXA 2WBKA 1X1NA 2VVSA 1FOBA 2BV9A 3BAXA 2GJPA 2J77A 1QPKA 1BYBA 1X6NA 1W3LA 4HU0A 2J79A 3W81A 1LG2A 4KRTA 5LYRA 3KZSA 4H04A 1XD0A 1KXHA 3UR7A 3LPGA 1XH0A 1ZJAA 1KR1A 1MW3A 3NDZA 2QMJA 2XG9A 1MFUA 3VGEA 4EANA 2BVYA 4FLQA 4M1RA 1PX4A 3K8MA 4AXNA 3UEQA 3N11A 3AIWA 3HN3A 1KWKA 2UY2A 1UWRA 4AZBA 4GZEA 4GI8A 4MDPA 5EB8A 3WF4A 1DWHM 5M03A 3GXIA 3WUGA 1QNPA 3AYRA 2CIPA 5DF0A 1E4LA 2PBGA 2OSXA 1IT0A 1FP9A 5A6JA 4HPHA 4RL3A 4YN5A 2NSXA 4WKFA 1VEMA 2E3ZA 3WDQA 3M6DA 4KGJA 1E15A 3QGVA 3BH4A 2D3NA 5CGMA 3M7SA 1JNDA 1LQ0A 4JKMA 5A6LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BGA A;  1L0P A;  3TTQ A;  2VL4 A;  1E9L A;  4AZ6 A;  1HVX A;  3WQ6 A;  3VDC A;  4TXE A;  3VGH A;  2CBV A;  2J8G A;  3MUI A;  3WNP A;  3PZG A;  4HTY A;  3K4A A;  2ZUT A;  2VX4 A;  1E6Q M;  2ZWY A;  3KE0 A;  8A3H A;  1FH9 A;  1W2V A;  3CMJ A;  3VIH A;  1TFV A;  1Q6E A;  5M17 A;  2BHZ A;  3GNR A;  4J3T A;  4JFU A;  1JYV A;  4CCD A;  4UOZ A;  3AZT A;  1W91 A;  2G3I A;  3GH7 A;  1R86 A;  5KEZ A;  1B3Y A;  5A2C A;  2CES A;  3GZA A;  2ZUU A;  4ATL A;  3VKK A;  4MAZ A;  3AS2 A;  2BXY A;  3WBA A;  1NWT A;  4Q7N A;  3BAY A;  1AVA A;  2XVG A;  4C7D A;  3RO8 A;  1JYW A;  1HVQ A;  1CXK A;  1EO7 A;  3VX0 A;  1CEO A;  4GI6 A;  3OGR A;  2W92 A;  1W9D M;  1S46 A;  2VCB A;  2VO5 A;  1NOF A;  3S6T A;  1ZU8 A;  2ZUM A;  1NQ6 A;  4U31 A;  2RGM A;  3EYP A;  4ZXO A;  1W3K A;  3WUB A;  2VMF A;  5BWF A;  3L4U A;  1VJS A;  3WFZ A;  3BLP X;  1R7A A;  3N12 A;  3CUF A;  3MU7 A;  1PZ2 A;  2G3M A;  2BVT A;  2XM1 A;  2WMJ A;  4BA0 A;  1CNV A;  1UD6 A;  5BRQ A;  1QI5 A;  4UFJ A;  3O6A A;  5I23 A;  1WZL A;  3BLK A;  5HDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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