4CEBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cebA00
4AHUA 1ASVA 3MEEA 3T19A 4BDZA 3TAFA 1FK9A 1YVUA 3CFOA 3QERA 2ITGA 5I42A 1X9MA 1W0HA 4BDYA 1C1AA 1KVAA 1U48A 2OA8A 3MECA 3KIOA 5CZ1A 4W5QA 4N5SA 3BDPA 4RW6A 4KREA 3I0RA 1SUQA 3V4IA 4KHQA 3EZ5A 1X9SA 3QESA 3VQBA 3G0ZA 4RW9A 5EU7A 2BE2A 3HYFA 1I39A 3WNGA 1BI4B 3ASMA 2VWJA 4FJXA 3OJUA 1NKCA 5FRNA 3NGZA 1KLNA 2FBVA 3ZT4A 4CFAA 3V9WA 4DSLA 2Q3SA 4RG8A 5J2QA 1VSEA 2R7YA 2RKIA 1S1TA 1JLBA 2JGUA 1HQEA 3DLGA 4DTRA 1JLEA 3WNEA 3HO1A 1HNIA 4CGIA 3QEXA 4CEQA 4LY7A 1BQNA 1KFSA 4I2PA 4KTZA 1F21A 1LWEA 3RRGA 1IKXA 3SCXA 1SL0A 2QKBA 4B3OA 1ZBUA 3L3VA 3VQQA 1NJZA 4AHVA 1B92A 1S1VA 4OGCA 5KGWA 3WNFA 4AHTA 4DQRA 4HCCA 2HHVA 1W9HA 1QSLA 2E6MA 3SUPA 4NYFA 4QAGA 4DMNA 3KLGA 4FJLA 4K8XA 1RBRA 1J54A 4RW8A 3LWMA 3RMAA 2YNGA 3SNNA 2KTQA 3SUQA 2FBXA 4CEZA 1HYZA 1RT6A 4JS5A 1D9DA 2G8IA 4CHPA 1KVCA 2ATQA 4CEEA 1BL3A 4Y1CA 4CGFA 5FROA 1RT4A 4CJTA 1BISA 2HW3A 3AO1A 1CLQA 3QNNA 3SI6A 1WSEA 2WONA 3PO5A 3TI0A 2W42A 5HRSA 5J2PA 4M3XA 4DTUA 3OYNA 1NOYA 4CHNA 1S1WA 1RDBA 1S5JA 4CJPA 3M8SA 3DRSA 3OVNA 3CFPA 3MXIA 2G8KA 4FXDA 1U45A 3AVLA 4KHUA 1QSYA 3S9HA 1NOZA 3TARA 2ZQBA 5KGXA 4BDPA 1WLJA 3NE6A 3PUFA 3ALYA 3ITHA 3OYHA 4FVMA 4E7JA 3LDSA 4DQPA 4DWIA 4YNQA 1BI4A 4M3WA 1ITGA 4CEBA 4DG1A 1IKVA 3ZCMA 4AILC 3U6FA 1RT2A 1RTHA 1C6VA 1BIZA 2BGGA 3DLBA 4PA1A 2G8HA 3OYBA 1DLOA 2HNZA 3VQDA 4M3RA 3PX4A 5HLFA 4B9VA 4Y1DA 4J2DA 4CJEA 3VA0A 2HHTA 4CJ3A 4CHOA 1RBVA 4CHYA 4YFUA 3RTVA 4ZHRA 3F73A 1EXQA 2OPSA 2D0CA 3AVNA 3O4QA 4IG0A 4DSFA 3DYAA 2PY5A 3ZT0A 3SUOA 3TABA 3OS2A 4ZTFA 4ID5A 1IH7A 3ZSRA 2BDPA 3HL8A 2G8UA 4EZ6A 3TAPA 3P5JA 1J5OA 3AVAA 3D45A 1KSPA 3VQ9A 2YHAA 3JSMA 4FCYA 4DS5A 1EETA 4HTUA 2NUBA 3MEGA 4OGEA 4H4OA 1I3AA 4JLHA 4CK1A 4CFBA 4DQSA 4F4KA 3QLHA 3K5NA 2X74A 4FJMA 3IAYA 4CGDA 2HHQA 4CGJA 4CGHA 4CK3A 3U3YA 1N6QA 3SZ2A 2P5GA 5SWMA 4CE9A 4OPKA 1RTDA 4DF8A 2HHUA 3CM5A 1S1UA 1JKHA 1WSFA 4EP5A 4AHRA 4FYDA 1RBTA 3LALA 3QEWA 2PZSA 3AA4A 3PY8A 4FZZA 4DFKA 1UA0A 1T7PA 3KLHA 4FK2A 2IGIA 1HQUA 3IRXA 4DFPA 4F3OA 4FM0A 4O4GA 1REVA 3HPGA 4W5TA 1ZBFA 1WSHA 3DLRA 3HT3A 4CEAA 4DTXA 1CZ9A 1C0TA 1TKXA 4Z4IA 1Q9XA 4KB0A 1FKOA 1VSLA 3C6UA 3K58A 3EYZA 2WOMA 2HNDA 2G8FA 4DFJA 4L8RB 4Z4FA 4DF4A 2KZZA 1SL1A 4O55A 3K5MA 4E7LA 1IKYA 3CFRA 4ZTJA 2OPPA 3VQ8A 2GBZA 3KLFA 3BGRA 2FBTA 2HNYA 2RF2A 1NJXA 1LWCA 5T7BA 1YTUA 2YV0X 3THVA 3SJJA 3VQ4A 4DTMA 1CXQA 4AHSA 3H08A 3WNHA 1XI1A 3HK2A 2E6LA 2DY4A 4DTJA 4FM1A 3SQ4A 1UA1A 4CGGA 1TL1A 3LP2A 4FLZA 1RBSA 3VN5A 3AV9A 2KFZA 1XHXA 1A5VA 3KJVA 4CJFA 4KI6A 3NF8A 4OPJA 1L3VA 3G10A 3V9XA 3V81A 5JS2A 4O5BA 1BIUA 3AA3A 3TAMA 4FLVA 1Z26A 2A1SA 4CF9A 3OYJA 4FJKA 2GUIA 4BWMA 1RDDA 4CHQA 2YHBA 4DTOA 1U04A 1VSFA 2Y1JA 4PWDA 4QCLA 3NF9A 5K14A 2F8TA 1RILA 2YKNA 1JLCA 3OJSA 1TGOA 4BE2A 1RCHA 2G8VA 4O0JA 4F2RA 1S1XA 1CZBA 2OZSA 1FKPA 4E0DA 2AJQA 4RW7A 4B8AB 5J2MA 3KD1E 4OLBA 2XO7A 2G8WA 1CXUA 3O4NA 4Z4HA 3SUNA 4W5NA 2FBYA 5C42A 1TKDA 4B9UA 4KFBA 3AO5A 1UOCA 2Z1JA 2DFHA 3SQ2A 4PQUA 1C0UA 3NBPA 1WSIA 1SKRA 1BQMA 1GOBA 1WSJA 4HUFA 1L3SA 1WSGA 4FJ7A 3JYTA 1RTIA 1NK9A 4NCBA 2DFEA 3AO3A 3L2QA 4OKEA 3PX0A 1XHZA 4KRFA 1Z25A 3ZT2A 4FW2A 3SPZA 4KTQA 2HHSA 1SKWA 4CECA 1X9WA 3ZSOA 2F8SA 1BCMA 4Q5VA 4OJRA 3ZSXA 5CZ2A 1HYVA 4DSEA 3VQAA 4JRPA 3KKSA 3C94A 4E7HA 1EX4A 2HHXA 3T1AA 3EY1A 1LAVA 4DSKA 1K6YA 3K57A 2X78A 1BHLA 1WN7A 4C8MA 1QS4A 2BANA 1NK5A 4KHSA 3RR8A 3OS0A 5CYMA 3LZIA 1BCOA 1RDAA 4CJKA 3NH1A 1YT3A 3TWHA 4DSIA 4IKFA 4E89A 3OYMA 3OYAA 1JXBA 3QEPA 3HJFA 4HVJA 4DTNA 4FJ9A 2KFNA 4BACA 4DQIA 2OZMA 1KVBA 1JLAA 3L2RA 3DLKA 4FZYA 1KLMA 4NCAA 4M42A 2O4IA 4IFVA 2I5JA 4N41A 3T3FA 5HROA 1JLQA 3RWUA 2B6AA 4CIFA 3K59A 1XWLA 4H8KA 1J9AA 1TKTA 4ID1A 1X1PA 5CY4A 2JLEA 2YNIA 3S3OA 1ZBLA 3KTQA 3MXMA 1KRPA 3VQEA 1HMVA 4FJNA 1S9GA 3LP0A 4E1MA 1Q9YA 1SKSA 4E7IA 2PYLA 4ELVA 4Z4EA 2B4JA 5CYQA 3V1QA 1KTQA 1YTAA 4G1QA 4IG3A 4OVLA 4E1NA 1FXXA 4N76A 3NH0A 1QTMA 3AVHA 3AVKA 1HYSA 1WNSA 4FJHA 2DFFA 4B9LA 4IDKA 5HP1A 3CM6A 3QNOA 2Z1HA 4KV8A 2D0BA 3MXJA 3DMJA 3PV8A 1RT3A 5KRTA 4WE1A 4ELUA 3NGYA 2VG6A 5I3UA 4K8ZA 5KI6A 2OYQA 4BE1A 3B6PA 1VSKA 4I7FA 2VWKA 4HUGA 1Q8IA 4DTPA 2GV9A 2QXFA 1KCFA 1TV6A 1T03A 3ZT3A 4C8LA 4FK0A 1KFDA 2HMIA 5JS1A 1VSJA 3AA2A 3HVRA 3NF7A 3QO9A 3CQ8A 1NK4A 3DLEA 4F8RA 1NK6A 3AO4A 4KAZA 2IC3A 3AVFA 1RBUA 4CEOA 3L2UA 4DTSA 1T05A 1LW2A 1UAXA 1U47A 4ELTA 2KW4A 4GW6A 1JLGA 1L3UA 1J53A 1TK8A 4CJVA 4W5RA 4DFMA 1D9FA 2IDOA 1GOCA 4OKJA 3I0SA 3O3FA 2PYJA 3DM2A 4MFBA 2RN2A 3TANA 1IKWA 2HHWA 5HRNA 3K2PA 5DMRA 1C1CA 3KLIA 4CJRA 4HCBA 3ZSZA 1SL2A 4C8NA 4B9TA 4JS4A 2ZD1A 4CEFA 4E3SA 3ZSQA 1HJRA 3VQCA 1LV5A 1TK5A 4C8KA 1S9EA 2LSNA 3DI6A 3DOLA 1U4BA 1S6PA 1LAWA 3VA3A 2A1RA 4I9QA 3NF6A 3HP9A 1ZBIA 3MAQA 4I9LA 2YKMA 3C95A 3V1RA 1ZYQA 3HPHA 3ZT1A 5KRSA 3FFIA 1L5UA 5DK5A 5KTQA 3LWLA 5D3GA 4BWJA 2ETJA 4NCGA 3VQPA 3NAEA 5C25A 3VQ5A 3VQ7A 4B08A 4FLTA 4GMJB 3L2WA 3KD5E 2P5OA 3LPTA 3AVCA 3ZSYA 3OS1A 1JL1A 4KTWA 3DOKA 1MU2A 1RT1A 2OPQA 2YNHA 3QIOA 1NK7A 3AVGA 3NFAA 3SPYA 3I8DA 4FM2A 2X6SA 4OLAA 4J2AA 1TK0A 4KB1A 4MQ3A 2FC0A 3F9KA 4KI4A 2F96A 4BE0A 1U49A 4LH5A 3L8BA 1R0AA 4FJGA 4CIGA 3ULDA 1D5AA 1RDCA 3OYEA 3K5OA 4DU3A 1C1BA 2D5RA 3LP3A 1NKBA 3AVIA 4B9SA 3KK2A 4O0IA 3RMDA 1D8YA 5C24A 5HRRA 1EKEA 2HVHA 2KZMA 3OYFA 2O4GA 2XY8A 3S3NA 1HRHA 1QHTA 3V6DA 4CFCA 4FLWA 3V9ZA 4CCHA 1TVRA 4CJWA 3OYCA 4FLYA 3UIQA 3P83D 4H4MA 1TKZA 3M8RA 3ZSVA 1L3TA 4M3YA 1HNVA 2X6NA 3HVTA 3P1GA 4GVMA 1SV5A 1RT7A 2P1JA 5FDLA 3HP6A 4F3TA 3NHGA 3KK3A 2Y1IA 4R5PA 3LAKA 4QOZB 4CIEA 2IOCA 5J2NA 4FJ5A 4CJ5A 3LP1A 1XC9A 4FZXC 3OYDA 4N47A 5SZTA 1TAUA 1T8EA 4KHNA 5HBMA 3U3GA 1ASWA 4CJUA 2EX3A 4E19A 4CJQA 3NGIA 1RT5A 4CEDA 4KO0A 4Z4CA 4M3ZA 2XHBA 3HSTB 3LZJA 4RW4A 3QEVA 2HB5A 3TAQA 3IS9A 5J1EA 3M8PA 4AH9A 1QQCA 4F2SA 2ZE2A 3OYIA 2VG7A 3DRPA 4O44A 1NK8A 2XY6A 3DRRA 1QE1A 3PX6A 4PY5A 4W5OA 1C0MA 3OY9A 4FLUA 3SV3A 3QETA 1O1WA 4IFYA 3HXMA 4DSJA 2VG5A 1TAQA 4B9NA 1S6QA 4J2EA 1RTJA 3LAMA 1JXEA 3V1OA 1G15A 4B8CA 1LW0A 2OPRA 2XRIA 1VSIA 3QINA 4EP4A 4XIUA 2HVIA 3O3GA 4AHCA 3V9SA 2B5JA 3IG1A 3V9UA 1VRTA 2Z1GA 4JRQA 4Z4GA 3KK1A 4Z0UA 3D0PA 4DLEA 4I2QA 3QEIA 4PUOA 4FLXA 4KPYA 4E7KA 1NKEA 4J2BA 4FK4A 4CF8A 2IAJA 3OYGA 1NK0A 1VSHA 1DTQA 3AVBA 3RRHA 4Q0BA 3NDKA 3RMBA 4CF2A 4DQQA 3AVJA 1VSMA 4HUEA 3ZSWA 3SQ1A 2XY7A 4N56A 5FRMA 1TL3A 1NJWA 5HRPA 4FJJA 3S3MA 4TSXA 3ISNC 4ICLA 3LPUA 1A5XA 1IO2A 1WAJA 1A5WA 3QIPA 2QK9A 1N5YA 4FJIA 1DTTA 2D0AA 4DS4A 4KHYA 4CHZA 1VRUA 3HM9A 4M45A 4M41A 3L2VA 3VQ6A 1EP4A 1UWBA 4KKOA 2E4LA 4M3TA 4CESA 4UQGA 3AVMA 1B9FA 1ZBHA 3E01A 4CF0A 3SQ0A 3AO2A 4CJ4A 1BGXT 4EZ9A 4DU1A 4LH4A 1IG9A 3TR8A 3L3UA 3RMCA 4CERA 2QKKA 4FJ8A 1JLFA 2EHGA 3MEDA 4IBNA 4DLGA 4FW1A 4CK2A 3RR7A 3PO4A 3AA5X 4C8OA 3B6OA 3TAGA 4CF1A 4LSNA 4OKKA 3KKRA 4NYNA 4KHWA 3KLEA 5E41A 3CYMA 4B9MA 2Z1IA 2IS3A 4LD0A 3A2FA 3NH2A 1HPZA 4CJLA 3K5LA 4DU4A 1LWFA 3SV4A 4CFDA 3OYLA 3C6TA 3TAEA 1RNHA 3CG7A 1Y97A 3O3HA 2XY5A 2YNFA 3M8QA 2KQ2A 3OYKA 3NCIA 1ASUA 1WAFA 3LANA 1JL2A 4LSLA 3HPOA 1NJYA 2DTUA 1QSSA 4HHTA 1GOAA 4M3UA 1VK0A 1B9DA 3DLHA 2P51A 2RPIA 1VSDA 4CJSA 3SYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUAK 5AZIA 3MEEA 3VENA 4BRGA 1HNWK 1X9MA 3CJBA 1U48A 1C1AA 1KVAA 4WF9L 3KIOA 5CZ1A 3BDPA 4RW6A 3I0RA 1SUQA 3EZ5A 3VQBA 4A5BA 3G0ZA 3MN5A 2UXDK 2BE2A 1I39A 3ASMA 3OJUA 3U8XA 3NGZA 2FBVA 3FZFA 3LDNA 4CFAA 5J2QA 2ASOA 4BRPA 5GADP 3FE1A 2Q36A 3HO1A 3QEXA 4CZMA 1HLUA 4LY7A 2P9LA 1BQNA 3LDLA 4KTZA 3BY5A 4DV3K 3VTIA 3L3VA 2AP1A 1B92A 1S1VA 4OGCA 4WFNL 2E6MA 3SUPA 4JK9A 4NYFA 3H3OB 1J54A 3LWMA 2YNGA 2KTQA 3GDQA 3ATUA 4CEZA 2QW9A 3DWLA 1KVCA 2ATQA 4CEEA 4CGFA 2Q0RA 1R59O 4CJTA 1BISA 2WONA 3TI0A 5HRSA 5J2PA 4M3XA 5C0YA 1OH5A 4LF9K 3DRSA 3MXIA 1P90A 1U45A 5AQNA 1NOZA 3TARA 3C6HA 3PSFA 1WLJA 2HHVA 4OO1J 4E7JA 1BI4A 4DG1A 1RFQA 1RTHA 4FWRA 1C6VA 2BGGA 3EKSA 4JKHA 3VQDA 4M3RA 3PIOL 3PX4A 4B9VA 5C15A 4CHYA 3F73A 2HHHK 3P39A 4BRQA 2OPSA 3O4QA 3ZT0A 4F9OA 4ZTFA 4ID5A 1Z6RA 3ZSRA 2G8UA 1FW6A 3QFUA 4WFAL 3KWIA 4MDBA 1EETA 4HTUA 1OVQA 4H4OA 4CK1A 4F4KA 3K5NA 3A5NC 2NRZA 4CGJA 3U3YA 5SWMA 1S1UA 2P9UA 2PZSA 3AA4A 1YHQN 3U9DA 4CZJA 4X62K 4DFPA 4LF7K 3K9JA 5IT9O 3TSUA 3HPGA 4QS9A 4EHTA 5AFUH 1WSHA 3DLRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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