4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
3LP2A 3CFPA 4BDZA 1TKZA 1CLQA 3HVTA 3V81A 4BWMA 1UA1A 1WSIA 4AILC 3TAMA 4O0IA 1KVCA 3PO4A 4PQUA 3AVAA 3RR7A 2VG5A 4NYFA 4RW6A 3L2RA 2XRIA 2WOMA 4M3UA 3NBPA 4J2BA 3ZT3A 2PZSA 4NYNA 2HHSA 4KO0A 1S5JA 2JLEA 1LAVA 3HYFA 4RW4A 1BCOA 2O4GA 3RMBA 2OYQA 4OLAA 4E1MA 3B6OA 3PV8A 1JLAA 1IH7A 3AVJA 3QO9A 5K14A 4B08A 3G10A 4Z4CA 3P5JA 4DLEA 3NF8A 1KVAA 2FBVA 3KTQA 4OJRA 3OYEA 4J2DA 5EU7A 1QE1A 3U6FA 5JS2A 4N5SA 3DLRA 5C42A 4FCYA 3F9KA 3VQEA 3OYKA 2ITGA 4FLVA 2G8FA 3HPGA 3NF7A 5KGXA 1HRHA 3KD5E 5DMRA 3WNHA 4DTSA 5I42A 4IFYA 3O4QA 4C8KA 5JS1A 4R5PA 2A1RA 1W0HA 3AVHA 4O0JA 4M45A 4CF1A 4CF2A 4FJJA 3SUPA 1REVA 3L2WA 4FVMA 4DU4A 4PWDA 3ZSOA 4I9LA 2YNGA 3OYCA 2P51A 1A5VA 3P83D 1HYVA 5C24A 1NK7A 1IG9A 1I3AA 3CM6A 1XWLA 3DLGA 1HYZA 3DRSA 3ZSQA 4DQQA 3SCXA 1NOZA 4ZTJA 4E7HA 3RMDA 4KI4A 4CEAA 2F8TA 3DI6A 2PYLA 3QLHA 4I2QA 4HUEA 1J53A 1LW0A 4DTUA 4FYDA 3DOKA 4KTZA 4LY7A 4BE0A 3U3YA 3SPYA 3OYNA 4DSKA 4M3TA 1RT3A 5J2MA 4DSEA 4HVJA 4N56A 3THVA 1VSJA 3V9WA 3RRHA 2YNFA 1ASUA 2X74A 3MEGA 4FJ8A 1DTQA 3HP9A 4DMNA 4W5QA 2Z1JA 4DSLA 2HVHA 4KFBA 2BDPA 2DTUA 4ZTFA 1BQNA 4ID5A 4HCCA 1Q9YA 4GVMA 4N47A 4E19A 1RT6A 1RT5A 3TWHA 4M3YA 4GMJB 1L3UA 1ZBIA 1BHLA 4CIFA 1QSSA 4M3ZA 3EY1A 1U45A 1RBSA 1UA0A 3CM5A 1HNIA 1JLQA 2D0BA 4CGDA 2OA8A 4DLGA 3ITHA 1BISA 1TKTA 1ZBUA 3OYMA 2I5JA 2BE2A 5HRPA 4JRPA 3SI6A 1NK0A 1VRUA 4KV8A 2DFHA 3RRGA 4IKFA 1RBUA 3AO5A 3AVKA 1RDCA 3LP0A 3ZSVA 3TAGA 1KFDA 1UAXA 4AHVA 3ZCMA 4CJFA 4E7IA 4Z4IA 4CK3A 4BACA 3M8PA 3TAFA 3S3OA 3NH2A 3VQ7A 1MU2A 2FBYA 1TV6A 3M8QA 3C94A 3LPTA 2RF2A 4LH5A 2NUBA 4BWJA 4B8CA 4DSFA 3KJVA 4QOZB 3OYAA 1ZBLA 1O1WA 1Q8IA 3NH1A 4FXDA 1VSIA 4CJSA 1X9WA 3C95A 1KTQA 1VSMA 1D9FA 4UQGA 4H8KA 5HRNA 3KLHA 4CJ4A 2VWJA 1C0MA 1YTAA 3AVGA 3DLEA 1JXEA 1C1BA 3OY9A 2ZQBA 1DTTA 3LAMA 5HROA 4B9NA 4HTUA 1HJRA 3ALYA 1RT4A 2YNIA 1B9FA 1RILA 1JLGA 3I0RA 4KKOA 4QAGA 3IAYA 1C0UA 1IKWA 4CGGA 1YT3A 3L8BA 2HW3A 2HHXA 1VSHA 1YTUA 4DTMA 1BIUA 4H4MA 1S1UA 3AA2A 1QHTA 4KREA 1ZBFA 3PX4A 3T1AA 3JSMA 1L5UA 3TARA 1NK4A 1CZ9A 2IAJA 3CG7A 3MXJA 3VQ6A 3OYIA 4OPKA 4E0DA 4GW6A 4W5NA 1ASWA 4K8ZA 1J5OA 4DU1A 4K8XA 1ZBHA 4O5BA 2KW4A 1SKRA 4CHQA 2HMIA 4CJLA 4MFBA 3HJFA 3S9HA 4DS5A 5J2QA 3OS2A 3SPZA 2PY5A 4BDYA 4FK2A 4RW8A 4CECA 4KPYA 4CJPA 4LSNA 5FROA 2IC3A 3OYHA 1ITGA 3CFOA 5DK5A 1T8EA 4DFKA 4CJWA 4ICLA 4LH4A 3DLKA 1NJZA 5HRRA 4Z4HA 1B9DA 2GBZA 3C6TA 1BCMA 4E7LA 4Z0UA 4ELTA 3SUOA 4DQIA 4FJ5A 3AVNA 3QNNA 5HLFA 4CEZA 1K6YA 3H08A 4B3OA 3IRXA 1TVRA 1W9HA 2Y1JA 3SZ2A 3LALA 2F8SA 1X1PA 1EXQA 1FK9A 1S1WA 3T3FA 1S6QA 3A2FA 1WAFA 3NCIA 4CHOA 4Z4EA 2RPIA 4KHWA 4CCHA 4DQSA 2XY7A 4CEQA 3NGZA 2RKIA 3AVLA 3U3GA 3VQ9A 3O3HA 2B4JA 4CJ3A 1EP4A 1NOYA 1T05A 1JL1A 3L3UA 3DLBA 3QINA 1KCFA 5HBMA 3NE6A 4FM0A 4DSIA 3AVMA 1RDDA 2OZMA 2GV9A 3AA5X 3OYBA 1SL1A 4JS4A 2P5OA 1FKPA 1VK0A 3MECA 4BE1A 5I3UA 2ZD1A 3HM9A 3AO1A 4XIUA 3LDSA 4EP4A 4FK0A 4KHNA 2AJQA 4FLZA 3SJJA 5CZ2A 3QERA 2DY4A 3LPUA 4CHPA 2YKNA 3IG1A 4KI6A 2HB5A 1RBVA 4LSLA 4HUGA 1KLNA 3KKSA 3QIPA 4AHUA 1TK8A 2D5RA 2R7YA 2P5GA 3LWLA 1D8YA 3KD1E 2BGGA 3V1QA 2Q3SA 4OGCA 4CFDA 1JLFA 4Y1CA 5HP1A 4OKKA 2Z1IA 3KK3A 1QQCA 2IOCA 3TANA 3ULDA 1I39A 4RW9A 1D9DA 2PYJA 1RBTA 4ZHRA 5KTQA 4FK4A 4Z4GA 5E41A 4M41A 2G8VA 3ZSZA 4CESA 4C8MA 3B6PA 4DFPA 3QEVA 4AHRA 4RW7A 3LZIA 5J2PA 3VQDA 4CJKA 3UIQA 1D5AA 3HP6A 3MAQA 4DWIA 2KTQA 2ATQA 1B92A 3SUNA 4CFBA 3ZSWA 1NKEA 1WSJA 3NF6A 2FBXA 5FDLA 2G8HA 1VSLA 2HHTA 4IBNA 4KHYA 1X9SA 1U48A 2IS3A 3V9ZA 4CEDA 1TKXA 1IKYA 1SUQA 3EZ5A 1VSFA 2HNZA 4O4GA 3ZT0A 3D0PA 3RMCA 2B5JA 1GOBA 3BGRA 3V9XA 3DRRA 3I0SA 1LWEA 1S9GA 4CEOA 3V6DA 4G1QA 4CK1A 4CF9A 4HCBA 1LWFA 1RNHA 4O55A 3RWUA 1HPZA 1J9AA 1SL0A 1QSYA 3PY8A 3HSTB 1KVBA 1LAWA 3HPHA 1WSGA 3NFAA 4I2PA 3S3NA 3MXIA 2E6MA 1RBRA 4FLWA 3SYZA 4DTXA 2G8KA 2VG7A 1BIZA 1RTJA 4IG3A 3VN5A 3OYFA 3LZJA 4JS5A 4ELUA 2B6AA 2HNDA 3DOLA 4EZ6A 2HVIA 2ZE2A 5CZ1A 4O44A 4OKEA 2P1JA 1VSKA 3LP1A 2W42A 4DFMA 3PX6A 3QESA 3SV4A 3S3MA 1TGOA 1TAUA 1NJXA 4FM1A 3QEPA 4CK2A 2Y1IA 1EX4A 3K2PA 1Y97A 3AO2A 4CGIA 5C25A 4CHYA 3OYLA 1KSPA 4DSJA 3HT3A 4F3OA 1J54A 1TAQA 3ZT4A 4YFUA 1HQUA 4FW2A 3VA0A 1WN7A 4B9SA 4DFJA 4J2AA 3DM2A 5HRSA 4J2EA 4B9LA 1TK5A 4H4OA 2F96A 4Z4FA 3MXMA 3AA3A 2XO7A 1LW2A 3SNNA 1IO2A 1HNVA 3F73A 1NKBA 3NGIA 4CJUA 3V4IA 3OS1A 4E7KA 4N76A 3L2UA 3AVFA 1SKWA 1A5WA 2EHGA 1TKDA 3VQCA 3AA4A 3ZSXA 4KTQA 4FZYA 4NCAA 3OJSA 1NK8A 4FJMA 4DU3A 3PO5A 2WONA 4ID1A 3V1RA 2QXFA 4YNQA 4OKJA 3VQBA 3I8DA 4I7FA 1A5XA 1KRPA 4KHUA 3K5LA 4FJNA 4EP5A 4CERA 3NF9A 3V1OA 3NH0A 1BI4A 3HXMA 4B9VA 3AVCA 3ZT1A 3KLFA 1WNSA 1Z25A 1WLJA 1RDAA 4M3XA 4M3WA 1RT1A 3SQ4A 3K5NA 3WNFA 4NCBA 2KQ2A 1EKEA 3NHGA 1GOAA 4CGFA 2YNHA 4CJVA 1N5YA 1UWBA 4BDPA 4KB1A 2KZMA 1HMVA 4Y1DA 3K58A 1L3TA 2O4IA 1T7PA 4C8LA 4JLHA 2VWKA 2QKKA 5FRNA 3WNEA 3ZSYA 3HPOA 4WE1A 4CIGA 2YKMA 1CZBA 1JKHA 4B8AB 2DFFA 5J2NA 1S1VA 1S1XA 2YHAA 3FFIA 1XHZA 4FJ9A 3VA3A 3HK2A 3M8SA 4CJEA 3TAPA 2A1SA 1NJYA 3SQ0A 1SL2A 1NK5A 5FRMA 1BQMA 4M3RA 1VSDA 2LSNA 5SWMA 3TR8A 2ETJA 5SZTA 4Q5VA 3L2QA 2XY6A 4PUOA 1RTIA 1UOCA 2YV0X 3AO3A 3JYTA 3PX0A 3RMAA 2G8WA 4BE2A 4DQRA 4DTRA 3EYZA 4IG0A 4C8OA 1JLCA 3OJUA 3OYJA 1Q9XA 2OPSA 2XY5A 1U4BA 1BL3A 5CY4A 3G0ZA 2HHVA 1T03A 4CGJA 4FLTA 3TI0A 2OPQA 4W5TA 4ELVA 4TSXA 3T19A 4AHSA 2G8UA 4CIEA 3K5OA 3SV3A 4FZXC 4DS4A 3HVRA 3AVIA 4CGHA 2EX3A 1IKVA 1HQEA 1QTMA 1LWCA 3BDPA 2BANA 4E7JA 3QEIA 3LANA 1RT2A 3DRPA 2DFEA 4PY5A 3DMJA 4NCGA 4B9UA 1CXUA 4B9MA 4DTNA 4FLXA 4FJXA 4CJTA 2G8IA 3NDKA 3LP3A 1QSLA 2HHWA 1L3VA 2E4LA 1C0TA 4IFVA 3VQ8A 3LWMA 5KRTA 3ZT2A 3M8RA 3PUFA 3AVBA 4DF8A 1ZYQA 2YHBA 5T7BA 2VG6A 2Z1HA 3DLHA 3KLEA 4F3TA 3CFRA 4EZ9A 3K5MA 4FZZA 2HHQA 3SQ1A 3VQ4A 4DTJA 3KK1A 2X6NA 4FLUA 2FBTA 4B9TA 3L3VA 2Z1GA 3QNOA 2HHUA 4F2RA 3QETA 3SUQA 2QK9A 1N6QA 4F4KA 2OZSA 4OLBA 3VQPA 1QS4A 1U47A 5D3GA 3O4NA 4AHCA 1C1AA 4C8NA 1SKSA 4KB0A 1TL3A 2KFNA 1VSEA 1SV5A 1WSEA 4FJHA 4FJKA 1WAJA 1F21A 1JLBA 3ASMA 1TK0A 2QKBA 4CFAA 4FM2A 1RTDA 4DTPA 1FKOA 1R0AA 4FJLA 1C1CA 3V9SA 1S6PA 3K57A 1BI4B 3OYDA 3DYAA 4E1NA 1WSFA 1XHXA 4FJGA 3D45A 4KRFA 2E6LA 4KAZA 3VQAA 4I9QA 1CXQA 3VQ5A 3O3FA 3KIOA 4CJ5A 1VRTA 2D0AA 3CYMA 2IDOA 3QIOA 4IDKA 5KI6A 3WNGA 4CHNA 3O3GA 2GUIA 1S9EA 3OVNA 4MQ3A 1S1TA 3K59A 1KFSA 1NK6A 4FJIA 4FW1A 1GOCA 3RTVA 1LV5A 4FLYA 2HNYA 4RG8A 4CHZA 4CEEA 4L8RB 4CF8A 3TAQA 2X78A 1BGXT 4CEBA 3HL8A 2KFZA 1RCHA 2OPPA 3IS9A 4DTOA 3NAEA 4PA1A 4CF0A 4QCLA 1IKXA 1RT7A 2X6SA 3QEWA 3ZSRA 1G15A 5J1EA 3OYGA 3MEDA 4HHTA 3KKRA 4AH9A 4LD0A 1TL1A 1Z26A 4E3SA 1KLMA 4M42A 4KTWA 3LAKA 4DQPA 2XY8A 1RDBA 2JGUA 5CYQA 1JXBA 4OPJA 1C6VA 2OPRA 4HUFA 3E01A 4DF4A 3NGYA 3V9UA 4CJQA 3C6UA 1HYSA 1JL2A 3KLIA 1U49A 3OS0A 4F2SA 1FXXA 4CEFA 1L3SA 5KRSA 2KZZA 4W5RA 2XHBA 4OVLA 2FC0A 4F8RA 4OGEA 4KHSA 1JLEA 3TABA 1EETA 1U04A 3L2VA 1NK9A 4CE9A 1WSHA 3CQ8A 3TAEA 4DG1A 4FJ7A 4Q0BA 4E89A 3HO1A 4AHTA 1XI1A 3P1GA 1DLOA 5CYMA 3VQQA 4CFCA 1XC9A 3SQ2A 1X9MA 1NKCA 2RN2A 4CJRA 3RR8A 4W5OA 1YVUA 3ISNC 5KGWA 2IGIA 3KK2A 3KLGA 4KHQA 1ASVA 1NJWA 3MEEA 2D0CA 3AO4A 3QEXA 4JRQA 1RTHA 3AV9A 4N41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U2VA 3MX5A 4KH4A 3PO4A 4YOYA 2VQFK 3RR7A 2VG5A 2HBMA 1ZBSA 4M3UA 2PZSA 4NYNA 4GVEA 1S5JA 4RW4A 1RDWX 2OYQA 2OZSA 2PFUA 2P9PA 1IH7A 3QO9A 4FOIA 3C6HA 4B08A 4Z4CA 3WXIA 2ZJRL 1LOTB 5EU7A 1QE1A 2CH6A 5KPZA 3U6FA 4FCYA 4YDUC 2ITGA 4FLVA 2F9WA 1HRHA 3LDOA 3KD5E 3WNHA 5I42A 4IFYA 4R5PA 4O8UA 3THYA 3AVHA 4O0JA 4MDAA 4DU4A 5AQVA 3ZSOA 1K8KA 4JI0K 1NGJA 1QSYA 2P9IA 3RMDA 2D4WA 4CEAA 4I2QA 1J53A 4DTUA 3ENOA 3U3YA 2CGJA 4LY7A 4G9ZA 3PIOL 4DSEA 3MN7A 3QFUA 1NG9A 1ASUA 3MEGA 3HP9A 2V7ZA 4DSLA 2HVHA 5IWAK 4GVMA 1T3VA 4N47A 4BC3A 1RT6A 3TWHA 1BHLA 1QSSA 3EY1A 2NNWA 1RBSA 1U45A 2OA8A 3M3ZA 4CGDA 3H3NO 4DLGA 3ITHA 1TKTA 1ZBUA 4B3SK 5HRPA 4JRPA 3SI6A 3RRGA 1RBUA 3AVKA 3ZSVA 1RDCA 4FJNA 1UAXA 4BG9A 4E7IA 4JK9A 3VGMA 1BO5O 3PLAA 2KLAA 3M8QA 3C94A 4BWJA 3VEZA 5A2QO 3NH1A 4CJSA 3C95A 1KTQA 3CJBA 4C23A 4ILHA 4H8KA 3CCRN 2VWJA 1C0MA 1YTAA 3AVGA 1BA1A 1HPMA 1C1BA 4B9NA 4IO8A 2P9UB 3ALYA 3I0RA 4KKOA 2QWLA 4DR1K 2P9KB 4FWSA 1YHQN 1S1UA 1BOTO 3AA2A 4KREA 4A2BA 1BWFO 3FZMA 3TARA 2HHQA 1CZ9A 2IAJA 3VQ6A 4OPKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1U2V A;  3MX5 A;  4KH4 A;  3PO4 A;  4YOY A;  2VQF K;  3RR7 A;  2VG5 A;  2HBM A;  1ZBS A;  4M3U A;  2PZS A;  4NYN A;  4GVE A;  1S5J A;  4RW4 A;  1RDW X;  2OYQ A;  2OZS A;  2PFU A;  2P9P A;  1IH7 A;  3QO9 A;  4FOI A;  3C6H A;  4B08 A;  4Z4C A;  3WXI A;  2ZJR L;  1LOT B;  5EU7 A;  1QE1 A;  2CH6 A;  5KPZ A;  3U6F A;  4FCY A;  4YDU C;  2ITG A;  4FLV A;  2F9W A;  1HRH A;  3LDO A;  3KD5 E;  3WNH A;  5I42 A;  4IFY A;  4R5P A;  4O8U A;  3THY A;  3AVH A;  4O0J A;  4MDA A;  4DU4 A;  5AQV A;  3ZSO A;  1K8K A;  4JI0 K;  1NGJ A;  1QSY A;  2P9I A;  3RMD A;  2D4W A;  4CEA A;  4I2Q A;  1J53 A;  4DTU A;  3ENO A;  3U3Y A;  2CGJ A;  4LY7 A;  4G9Z A;  3PIO L;  4DSE A;  3MN7 A;  3QFU A;  1NG9 A;  1ASU A;  3MEG A;  3HP9 A;  2V7Z A;  4DSL A;  2HVH A;  5IWA K;  4GVM A;  1T3V A;  4N47 A;  4BC3 A;  1RT6 A;  3TWH A;  1BHL A;  1QSS A;  3EY1 A;  2NNW A;  1RBS A;  1U45 A;  2OA8 A;  3M3Z A;  4CGD A;  3H3N O;  4DLG A;  3ITH A;  1TKT A;  1ZBU A;  4B3S K;  5HRP A;  4JRP A;  3SI6 A;  3RRG A;  1RBU A;  3AVK A;  3ZSV A;  1RDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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