4CEEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceeA00
4N56A 3VQ4A 1RDDA 3NGYA 4DLEA 4G1QA 1KLNA 2PYJA 3VQ7A 5SZTA 1S9GA 2IOCA 3DYAA 4YFUA 1L3SA 4CF9A 2OPPA 4LH4A 5J1EA 3UIQA 3CQ8A 2OZSA 4ID1A 4CGFA 3L2RA 3NGIA 1WSFA 3QERA 3KLIA 1KFSA 4DSLA 4PQUA 4AHTA 2LSNA 4KFBA 1U04A 3MECA 4CJVA 4CK2A 4E7KA 4CCHA 1Y97A 1S1VA 3B6OA 2BDPA 4DTOA 1LAVA 3HL8A 3CM6A 2Q3SA 4DQSA 3MEDA 3AA5X 1EETA 4FYDA 1TAUA 3LP1A 5D3GA 3AO3A 4CHZA 3QO9A 4BE0A 3T3FA 5JS1A 4I2QA 3QEVA 2QKBA 1NKEA 2W42A 4GMJB 4CF0A 1DLOA 1X9WA 4KRFA 2YHBA 5I3UA 3SYZA 2VWKA 4KHUA 3NH1A 1TK0A 3HPGA 3SQ1A 4ELTA 1HMVA 1I39A 4FZXC 2ATQA 2XRIA 3OYCA 4CEFA 3CG7A 2YHAA 1SV5A 3P83D 4CEZA 1TKTA 1KSPA 1U49A 1NOZA 3NDKA 3O4NA 4CIGA 1U48A 4BACA 4EZ6A 2HW3A 3K57A 3TI0A 2X6NA 1FXXA 2DTUA 3SUNA 1NKBA 1C1BA 4LSLA 1JL1A 3SPZA 1ZBLA 4IFYA 4OJRA 2QKKA 4OGEA 4HCCA 3MEGA 1R0AA 4FJIA 4KV8A 4CECA 4IKFA 3AVIA 3I0RA 4JRQA 1TGOA 4CE9A 3AO4A 1YTAA 4XIUA 3V6DA 1NKCA 2ZQBA 1NJXA 1C0TA 1C0UA 4EP4A 2XY5A 4HUEA 1C0MA 4B8AB 3T19A 4CHYA 1WSGA 1QTMA 1KTQA 3CFRA 1CXUA 2G8KA 4J2AA 1CZBA 4OKKA 4CJUA 2O4IA 4IG0A 4B9NA 2KTQA 3OS2A 3TR8A 4Z4HA 2G8FA 3DRRA 4DTPA 3TAQA 4KI6A 4CEQA 3SUQA 5HRPA 3QNOA 3ZT0A 2FBXA 5J2QA 3NAEA 1QSLA 4K8XA 2JLEA 5K14A 1T03A 2X74A 3RMCA 4BDPA 3ZT2A 4CF8A 2D0AA 3AVBA 1RBRA 3FFIA 3DLHA 1JLBA 4CJQA 2FBVA 1GOAA 1QHTA 4B9TA 3S3NA 2KZZA 3OYEA 4JS5A 3DI6A 4O44A 4FJ5A 2G8HA 2XO7A 2KZMA 3VA0A 3DLEA 1LV5A 2OA8A 1SKSA 3JYTA 4E89A 5KI6A 4F2SA 3BDPA 3SUPA 3RMDA 2FBYA 5CYMA 1RBSA 4CHPA 4C8OA 2HHUA 3G0ZA 3MXIA 1D5AA 3HJFA 1JLQA 3V81A 4E7HA 3AVNA 1O1WA 4CFCA 1KFDA 3O3FA 4OLBA 4DTXA 3CFPA 1EP4A 1RILA 2P1JA 4AH9A 1RTJA 4W5RA 3O3HA 4FJ8A 3ZT3A 4C8KA 1RT1A 2Y1JA 4DSIA 1W9HA 4M3YA 3ASMA 2BGGA 3ZSOA 4FJHA 4AHSA 1NJWA 4CJLA 3OYAA 4E1NA 4CJSA 4EZ9A 1NK9A 1RBVA 1S1WA 4BWMA 1A5XA 2GV9A 1DTQA 3WNGA 4DMNA 1JLEA 4Z4CA 4CIEA 1RCHA 3V9UA 3P1GA 4M41A 4DTJA 1VSJA 4E7JA 1TKDA 3L2QA 1TKZA 4BE1A 2GUIA 2VG5A 4Z0UA 4M3TA 1ZBFA 3TAMA 1LAWA 5HRSA 3VA3A 1EKEA 3VQ8A 3KD1E 3M8SA 3AO1A 3SCXA 1NK7A 3HSTB 4FJ9A 2OZMA 5HP1A 2D5RA 1X9SA 1VSDA 5CYQA 3LPTA 3ZSQA 1Z26A 3WNHA 3LAMA 3OYFA 3EYZA 2KFNA 1VSEA 2E4LA 1XHZA 4KTWA 4O55A 4KI4A 4FK4A 1VRTA 4HVJA 2X6SA 3MEEA 4KHSA 3PX4A 1SKRA 4J2DA 3MXMA 5HRNA 3NF6A 3L2WA 3ITHA 1BQNA 1GOCA 3G10A 4FXDA 3HT3A 2FBTA 3AVJA 4PUOA 2KFZA 2A1RA 4CJ3A 4KO0A 3NCIA 1HPZA 3S9HA 1JLGA 3AO5A 1BGXT 4DQQA 1J5OA 4DTUA 3OJUA 1KRPA 1IKXA 1BCMA 1D9DA 4KHNA 1XHXA 1VSKA 4CEAA 4DSEA 4H4MA 4H8KA 3LP3A 3OYNA 5J2PA 2DFHA 1UWBA 1S5JA 4CJKA 1S6PA 1NK8A 4B9UA 1VSMA 1KLMA 1JLFA 1VSHA 4ID5A 4AILC 5T7BA 4N76A 5KGXA 1SL2A 3ISNC 4CFAA 3DOKA 4FLUA 3OYHA 3RRHA 4Q0BA 3KKSA 2FC0A 1RT6A 1RTHA 1F21A 3KK1A 3LPUA 3E01A 3LP2A 4KKOA 4Y1DA 4N5SA 1XI1A 4I9QA 4Z4GA 4N47A 3SJJA 3PX0A 1XWLA 4E3SA 4RW9A 4QCLA 3ZSZA 4CEOA 1UAXA 4AHVA 3KLEA 1BISA 4NYNA 1C1CA 1HYVA 3ZT1A 3S3OA 4IBNA 4DU3A 1QSSA 3C94A 4HTUA 4K8ZA 2F8SA 1QS4A 3AVAA 5HRRA 5I42A 3M8PA 4CIFA 3AVMA 3LDSA 2P5OA 1NJYA 5DK5A 3VQBA 5CZ2A 3ULDA 5KGWA 4FJKA 4J2EA 2QK9A 4LSNA 4NYFA 2G8UA 3TWHA 2G8VA 3L3VA 4E19A 4RG8A 3PV8A 4Z4EA 1KCFA 1WAFA 5KTQA 1T05A 1NJZA 4DSFA 2Z1GA 3L2VA 1HJRA 1RBTA 4FM0A 4M42A 1J9AA 1S6QA 1B9DA 4DU4A 1IKVA 3RMBA 3ZSYA 1NK0A 4B9LA 4M3UA 3CFOA 3ZSVA 3D0PA 1NK4A 1IKYA 3SQ0A 3AVFA 3KLFA 4W5TA 1JLAA 4CGJA 1JLCA 1HYZA 4IDKA 1ASVA 2PYLA 1N6QA 1JXBA 2D0BA 4CHNA 2Z1JA 4OPKA 4DTMA 3MXJA 3VQEA 4CJ4A 3L8BA 3PO4A 4DFMA 4MQ3A 3TABA 2VG6A 3QIPA 2RPIA 4HUGA 5EU7A 1NK5A 4HUFA 3QEWA 1A5WA 5SWMA 4FM2A 3AVCA 3SZ2A 3SNNA 4E1MA 1RT5A 1L3VA 3TAFA 1N5YA 1HRHA 3K59A 3OJSA 3HP6A 4DF4A 3A2FA 1L3UA 3LP0A 1RT4A 4IFVA 3QEPA 3PY8A 3AA4A 3PO5A 2HHSA 4CFDA 3VQCA 3OYIA 1U47A 4I7FA 3QNNA 2KW4A 1TK5A 1QE1A 2NUBA 3F73A 3LWMA 2B6AA 1S1UA 3LANA 4YNQA 4F3OA 2HNDA 1EXQA 4DS4A 5FRNA 1CLQA 3VQPA 3K58A 3OYJA 1TL3A 4DFKA 4QOZB 1BL3A 2BE2A 4CEDA 3EZ5A 1RDCA 3L3UA 4CJPA 4FJGA 3IRXA 3VQ6A 3P5JA 4EP5A 4KHQA 3AA3A 2DFFA 4B9SA 3HYFA 4MFBA 5J2NA 3TAPA 2YNHA 4OKEA 3ZSRA 4FM1A 1G15A 4DTRA 3HPOA 3U3YA 1UA0A 4DSKA 2BANA 1IO2A 3BGRA 3OVNA 4FLTA 5J2MA 1U45A 3QIOA 3QETA 3DRSA 3DM2A 3QEIA 2WONA 4DTNA 3THVA 3ALYA 3AO2A 3OYGA 3V9XA 4C8LA 4FJNA 1BHLA 2B5JA 1ITGA 1FK9A 1RTIA 3K5LA 2P51A 4FLVA 4ZTJA 2HHXA 3SUOA 3V1QA 1RBUA 3QEXA 4JRPA 1ZBHA 4M3RA 4DLGA 4L8RB 4FJXA 3NH0A 3OYDA 3IS9A 1TKXA 3NF8A 4JS4A 4B9MA 2OYQA 1WSEA 3MAQA 2G8IA 4O5BA 4AHCA 4KB0A 1X9MA 1VK0A 3NGZA 2HVHA 3V9ZA 1BIUA 3CYMA 1S1XA 1J53A 1TVRA 1CXQA 4GVMA 1BCOA 3C6TA 3I0SA 4ICLA 3K5OA 4CK3A 3LZIA 3SQ4A 5JS2A 4F2RA 1HQUA 1ASUA 1Z25A 3DMJA 3NF9A 4OGCA 3ZCMA 1B9FA 3PX6A 4CGDA 3KK3A 4OPJA 1TL1A 3DLKA 1Q9XA 2EHGA 3LWLA 1RT2A 2HNYA 4J2BA 4CJRA 1NOYA 2B4JA 3K5MA 4FW1A 4RW4A 1SUQA 1VSLA 4KTQA 2YNFA 4B08A 4Q5VA 4FLWA 1REVA 4O0JA 1L5UA 3HM9A 3IAYA 4CK1A 2GBZA 5DMRA 2HHTA 4Z4FA 2E6LA 3H08A 3DLGA 3SV3A 4DSJA 3D45A 4KREA 2HNZA 1QQCA 1X1PA 4QAGA 1W0HA 2RKIA 2HMIA 3AVKA 4F8RA 4PY5A 1WSJA 2RF2A 2P5GA 5FDLA 3U6FA 4M3XA 3T1AA 3NHGA 1MU2A 4O0IA 1T7PA 1UOCA 4FZYA 4CGGA 1WAJA 4CJEA 2VWJA 2YNIA 1FKPA 3TAGA 1RT3A 4IG3A 3M8QA 4ZTFA 4FZZA 3NBPA 4CGIA 4E7IA 1IH7A 1SL1A 1SKWA 2HB5A 3KLGA 3VQDA 5HLFA 1WLJA 2A1SA 4CJFA 1UA1A 3VN5A 3I8DA 4M3WA 5C25A 3OS0A 2Z1HA 3C95A 3QINA 2IDOA 3ZT4A 4FVMA 3NF7A 3OS1A 4LY7A 4DWIA 3OYBA 4FW2A 3HPHA 1YVUA 2OPSA 1L3TA 1LWCA 5C24A 3K2PA 3LZJA 3C6UA 4W5OA 3SQ2A 3SI6A 4Y1CA 4FJLA 2VG7A 1J54A 3AV9A 4GW6A 4RW8A 4CFBA 4UQGA 3OYLA 4PWDA 1C6VA 4RW6A 4CHOA 3QLHA 2RN2A 3V9SA 4H4OA 3KTQA 1BI4A 1RDBA 3LALA 2JGUA 2XHBA 1WN7A 2ZE2A 1GOBA 3AVHA 3O3GA 1JXEA 3ZSWA 3DLRA 3V9WA 1B92A 1RDAA 5KRTA 3NE6A 4KB1A 2F96A 3VQ9A 2YNGA 4KTZA 4DQPA 1WNSA 3B6PA 1XC9A 3EY1A 1RNHA 4CJTA 4B9VA 5FRMA 3HP9A 4PA1A 2E6MA 3RR7A 4HCBA 5HBMA 3M8RA 3ZSXA 1K6YA 2O4GA 4CJ5A 4DU1A 4B3OA 2XY8A 3OY9A 3HVTA 4BDYA 4RW7A 1HNIA 4CHQA 2DY4A 3DRPA 2F8TA 4AHUA 4HHTA 4R5PA 3PUFA 4CF1A 2XY7A 1ZBIA 4DTSA 4W5QA 1BIZA 1HQEA 1YT3A 5FROA 4FJMA 1WSIA 1S9EA 1NK6A 4TSXA 1CZ9A 5CY4A 4C8NA 3RR8A 1HYSA 4FLZA 1ZBUA 2DFEA 2IGIA 1KVBA 3CM5A 4BDZA 2HVIA 4JLHA 1U4BA 3KD5E 3HK2A 4B8CA 3V1RA 4M45A 2D0CA 4ELUA 1RT7A 3SV4A 3L2UA 3LAKA 4F4KA 1VSFA 3DOLA 3KIOA 3O4QA 2R7YA 1ZYQA 1Q9YA 1JL2A 2G8WA 3V4IA 3TARA 3RRGA 4I2PA 3VQAA 4N41A 4KAZA 4Z4IA 2HHQA 3AA2A 3S3MA 4ELVA 2YKMA 3VQ5A 4KHWA 4DF8A 3RTVA 1A5VA 5C42A 1D9FA 4F3TA 1BI4B 1IKWA 1S1TA 3KJVA 3HO1A 4DFJA 4DFPA 1YTUA 1C1AA 4DS5A 1IG9A 4KPYA 2PZSA 1TK8A 2HHWA 4BE2A 1SL0A 4KHYA 3NFAA 2OPQA 4WE1A 3TAEA 3OYKA 4FK0A 4W5NA 4I9LA 4LD0A 1BQMA 3U3GA 3AVLA 1LWFA 1TV6A 3WNFA 4NCBA 4M3ZA 1ASWA 2ETJA 4AHRA 5KRSA 3KLHA 2Y1IA 4E0DA 4OLAA 1VRUA 4NCGA 2PY5A 4DG1A 4ZHRA 4NCAA 4CJWA 1KVAA 2WOMA 3V1OA 1LW2A 4FK2A 2EX3A 2QXFA 1LW0A 3OYMA 2Z1IA 4E7LA 4DQRA 2YKNA 2XY6A 3HVRA 3HXMA 1WSHA 1LWEA 3AVGA 5CZ1A 3SPYA 1KVCA 2HHVA 4O4GA 4CEEA 3JSMA 2OPRA 4OKJA 1RTDA 4LH5A 4BWJA 2IAJA 2YV0X 3RWUA 4C8MA 4CESA 2X78A 3NH2A 3KK2A 4DQIA 4FJ7A 3VQQA 1FKOA 3F9KA 1DTTA 4FLYA 1VSIA 4OVLA 4CEBA 3KKRA 1TAQA 4FCYA 1Q8IA 1HNVA 4FLXA 3DLBA 3IG1A 1I3AA 1QSYA 2AJQA 2KQ2A 4FJJA 2I5JA 1JKHA 2ITGA 2IS3A 3QESA 2ZD1A 3TANA 3K5NA 1EX4A 4CGHA 5HROA 2IC3A 4CF2A 3RMAA 1D8YA 5E41A 3WNEA 1T8EA 4CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CERA 1S9GA 3DYAA 3EKUA 4FWRA 5ADXH 3T1YK 2OPPA 5J1EA 1W2BM 4OPAA 3JS6A 4ID1A 3L2RA 1KFSA 3KLIA 3P39A 3MECA 2VCPA 4LFCK 4BRKA 2Q3SA 3MEDA 3AA5X 3LP1A 4BE0A 3QO9A 2PFUA 3VF6A 2W42A 4H5VA 5EX5A 1X9WA 5I3UA 2A42A 1HMVA 3MDQA 5EOYA 1R59O 2E2PA 4CEFA 5A2QO 1WB9A 1S3XA 1U48A 3O8MA 2HW3A 3K57A 4JN4A 1C1BA 2GWKA 1JL1A 3SPZA 1QZ5A 3MEGA 1R0AA 4FJIA 5LJVA 3I0RA 3V6DA 4XIUA 1NKCA 1NJXA 1C0TA 1C0UA 2NRRA 3O9TA 3WXIA 1C0MA 3T19A 3DXMA 1QTMA 4B9NA 3TR8A 3I55N 4Z4HA 4DTPA 3SUQA 3QNOA 3I56N 1QSLA 4CI6A 4WFAL 3HI0A 4JK7A 3RMCA 1QQMA 4CF8A 3A8YA 3AVBA 1IG8A 1RBRA 3DLHA 1JLBA 2FBVA 1QHTA 2W6KA 2UXBK 4JI6K 2XO7A 5AQPA 4JKHA 3Q7CA 3RMDA 2FBYA 5CYMA 4CHPA 3MXIA 3DAWA 4DTXA 2P9IA 1EP4A 1RILA 2P1JA 3C0BA 1RTJA 3O3HA 3LL3A 3ZT3A 4C8KA 1RT1A 2GELA 4DSIA 3ZSOA 3OYAA 4CJSA 1NGHA 5KQDA 1U6ZA 3LDQA 4BWMA 4CIEA 3V9UA 4BR5A 4M7YA 2GUIA 2Q31A 4BY9C 4M3TA 3VA3A 4ISFA 1X3NA 3SCXA 2OZMA 1X9SA 1GLAG 3LPTA 3EYZA 3VEWA 2KFNA 1VSEA 3HOSA 1XHZA 1KC8O 4FK4A 1VRTA 4IXCA 3CCEN 4B3MK 2X6SA 3MEEA 3ULEA 3NF6A 3ITHA 1YAGA 4JKCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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