4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
4IG3A 3SV3A 3H08A 3ZT1A 1L5UA 4N47A 4I9LA 1L3TA 4O44A 4W5QA 3OS2A 3ZT3A 1ASWA 1U48A 3F73A 4IDKA 3U6FA 4OLAA 3CFRA 4CGIA 5KGXA 1LAWA 3L2QA 3PX6A 3ISNC 2Q3SA 2XY8A 2YNGA 4O0IA 4DSLA 3NF8A 2KQ2A 4CE9A 3CQ8A 2XO7A 3TAQA 1HYVA 1FKOA 3AVBA 1RTIA 1ZYQA 4OKJA 4CEEA 1FK9A 1LWEA 1B9DA 4BE0A 3QEWA 1XC9A 3PY8A 1ASUA 3L3UA 4CHZA 3QERA 4I9QA 3AO5A 3CM6A 4Y1DA 3LP0A 5HRSA 2RPIA 3G0ZA 5C42A 5FDLA 3KD5E 2RKIA 3KD1E 4FJLA 3SYZA 3UIQA 2D0AA 4OKKA 3K5NA 3SNNA 4ELTA 4IFVA 4FK4A 1CZ9A 3C95A 2F8SA 3OS1A 2PYJA 3ALYA 1QQCA 1NK6A 3OYDA 3T1AA 4CGDA 3V9UA 4J2EA 3OYGA 2Y1JA 3SQ2A 1C6VA 1BL3A 1RBSA 5J2QA 1HYZA 1LWCA 3KKRA 4CFBA 3O3HA 3WNHA 3WNEA 3MAQA 1A5VA 4AILC 2DY4A 4O4GA 1D5AA 2BE2A 4B08A 3DLGA 4DTUA 1ZBLA 4B9NA 4ELUA 4DTMA 3SPYA 1VSMA 4CFAA 3WNGA 4BDYA 2E6LA 2WONA 1A5WA 4MFBA 1KFDA 1TL3A 1YTAA 4EP4A 1HNIA 3HXMA 3TAEA 4QAGA 3LAMA 1CXUA 4C8KA 3T19A 4HVJA 1JXEA 4CIFA 3OJSA 3K58A 3SUQA 1B9FA 4KTZA 1X9SA 3HSTB 1SKRA 4KAZA 3TAGA 1J9AA 3KTQA 4FW1A 2F96A 2ZE2A 4KTWA 3AA3A 3TANA 1NK4A 5J2PA 3AO4A 1ASVA 1KRPA 4CESA 3AVKA 4XIUA 4OVLA 1RTHA 5HROA 3AA4A 4FJIA 4DF4A 4FJ5A 2HVIA 4L8RB 4CJ3A 4OPJA 1UA1A 3NGYA 1VRUA 4FW2A 1WSHA 1B92A 1FKPA 3CYMA 4FZZA 1MU2A 4IFYA 4DG1A 3O3FA 1NK7A 1VSEA 1BIUA 2IAJA 2P1JA 4CECA 4DTOA 3OVNA 2XY7A 1TV6A 2PZSA 1KTQA 1BHLA 4FJGA 1NK8A 1TKXA 1LV5A 5KGWA 3OYAA 3QEXA 1NK9A 5CY4A 3ZT2A 4AHCA 4OKEA 4B9MA 1HJRA 4KB0A 1C1BA 3BGRA 1TK5A 3AO3A 1NOZA 1SL0A 2FBTA 1KCFA 1UA0A 2ATQA 3L2RA 2YNFA 4W5OA 3ULDA 1RT2A 4PQUA 1JLAA 4DFJA 3VQCA 4KI4A 3SPZA 4CJFA 1VSLA 2OPPA 1F21A 3E01A 4H8KA 5KTQA 1WLJA 1IH7A 2RN2A 3LP2A 1RT7A 1WSJA 3SCXA 2O4IA 2G8FA 3ZSRA 4M3UA 1XWLA 4B9LA 4CIEA 3DLEA 1RBVA 3V1RA 3AA5X 1TKDA 4DU3A 5K14A 4CGFA 4FZYA 3HL8A 1GOBA 3SQ0A 4DQPA 4PY5A 4CHQA 4CEFA 2G8KA 4Y1CA 1GOAA 3NF6A 1WSIA 3NBPA 4M45A 4DTSA 1BQMA 5HRNA 3V9ZA 4CHYA 1U47A 2G8WA 2D0BA 3DI6A 3IAYA 4F3OA 4FJKA 2HNDA 3V4IA 3RR8A 1IO2A 3VQPA 3MEEA 1RT3A 1QTMA 5SZTA 4N76A 1BCMA 3O3GA 1SL1A 4Q5VA 1IKVA 1RTDA 2D5RA 3FFIA 4NCAA 4M3XA 2Z1IA 4Q0BA 2DTUA 4LH4A 1NK5A 5CYQA 3EYZA 3PX4A 4OPKA 4FJNA 3D0PA 3V81A 4BDPA 4NCGA 5EU7A 1SL2A 1BI4B 4R5PA 3NH2A 4FM2A 2X78A 5JS2A 1U49A 2YNHA 2G8VA 4DTPA 4FLXA 1ZBUA 1KLMA 3MXIA 3HVTA 4DLGA 4DQQA 2IGIA 4M3TA 4CJ5A 2IC3A 4OGEA 4CGGA 1C0MA 1RDCA 1RILA 3K5LA 4HHTA 4DFMA 3SJJA 3AVGA 1J53A 3RMDA 2EHGA 5SWMA 3TAFA 4AHRA 3S3OA 3LWLA 4FM1A 1QS4A 2Z1HA 4KFBA 1TL1A 4G1QA 4Z4EA 4E3SA 2OZMA 4IKFA 4JRQA 3SI6A 1HYSA 4CJSA 3NGIA 4DTRA 2B5JA 3KIOA 1RDDA 4Z4GA 3K59A 4BWMA 3M8RA 3OJUA 3DLHA 2OYQA 3M8SA 3AO2A 3OYHA 2HHTA 1ITGA 1KLNA 1HRHA 4GVMA 3VQ4A 3NHGA 3VA3A 1KVBA 1Q8IA 1LAVA 4UQGA 3V9SA 1I39A 4AHTA 3DOLA 4IBNA 4CEBA 4E19A 3LDSA 5CYMA 5HLFA 1S1TA 3AO1A 3KLIA 4CF9A 4NYFA 4KKOA 4ID5A 1IKWA 3LANA 4HCBA 4BDZA 3TARA 3HK2A 1WN7A 3U3GA 3DM2A 3OS0A 2QK9A 1VK0A 4FZXC 4OJRA 1X9MA 4BE2A 2FC0A 3NF9A 4DS5A 4HCCA 1U04A 1J54A 3TAPA 3HYFA 3AVIA 3OYBA 3HPHA 3IRXA 1SKWA 4Z0UA 3RRHA 1QSYA 1T05A 3RMCA 1S6QA 3CG7A 2B6AA 4CGJA 4C8LA 2ETJA 2KW4A 3AVFA 1UAXA 3NAEA 4CHPA 3S9HA 2E4LA 3CM5A 3KLFA 1BISA 1TVRA 3S3NA 3KK3A 4DQRA 2P51A 4O5BA 4CK3A 3HP6A 4HUGA 4FXDA 3VQ5A 4KREA 4I7FA 4KHNA 1SKSA 4DU4A 3DOKA 4HUEA 3PO4A 3HM9A 1LWFA 1QHTA 3U3YA 3SQ4A 4KHQA 2DFEA 2HHUA 3DRSA 5D3GA 1JLBA 2VG7A 3QIOA 4RW4A 3MXMA 1D9DA 2QKKA 4F2RA 2YHBA 4K8XA 3OYCA 5KI6A 1C0UA 5C24A 2D0CA 1VSHA 4E89A 4CJQA 1NKEA 2LSNA 2EX3A 3CFPA 4E7KA 3EY1A 1ZBFA 3MECA 1NOYA 1VSKA 1UWBA 3ZSXA 3ZSVA 2Z1GA 4ZTFA 4CEDA 4KB1A 1EETA 2JGUA 3HP9A 4NYNA 2ITGA 3V9WA 1NK0A 4B9UA 3K5OA 3LAKA 5J1EA 4CEOA 1S6PA 3KLGA 4DQIA 3VQ9A 4CJPA 3HO1A 3AVAA 4CGHA 4DTXA 1JKHA 4B9TA 3P83D 1DTTA 2QXFA 1TAUA 4GW6A 4LY7A 2HMIA 3OY9A 2HHVA 3DRPA 2O4GA 1HPZA 1BCOA 2A1SA 2X6SA 4H4OA 5FRMA 3HPGA 4KRFA 2KZZA 3T3FA 2GUIA 4HTUA 1Q9XA 3SUPA 4KHSA 3AVNA 3QINA 4I2PA 3TWHA 4DWIA 4OLBA 1S9EA 2KTQA 3I0RA 5KRTA 4WE1A 2JLEA 1SUQA 1DTQA 3P1GA 2AJQA 1R0AA 3L2WA 4LH5A 1S5JA 4JRPA 2HHSA 4KHUA 1NKBA 3QETA 4CJEA 4Z4FA 2DFFA 3AV9A 4CJ4A 3OYMA 3RMAA 4CJKA 3DLKA 4CJTA 4DS4A 3JSMA 4CEZA 1JLGA 4AHUA 3HT3A 4AH9A 4OGCA 3L2UA 2GBZA 1VSJA 3O4NA 1KSPA 4Z4IA 1RDAA 4LSLA 2BGGA 4FJMA 1TAQA 1QSLA 2OPRA 4RW6A 2FBYA 3OYLA 3PV8A 4PWDA 3PX0A 2XY6A 1EP4A 4FVMA 1BI4A 1NJZA 3V1QA 4N56A 1C1CA 3HVRA 3LPTA 4E1MA 1BIZA 1CZBA 2ZQBA 1YTUA 2HVHA 3OYNA 3ZSZA 3KK1A 1FXXA 3VA0A 3AVJA 4CF1A 3QNOA 3RWUA 1C0TA 4Z4HA 5FRNA 2KFNA 3F9KA 2PY5A 3AVHA 2OA8A 4FLUA 3DLBA 1WSEA 3BDPA 1JLQA 4W5RA 3JYTA 4Z4CA 3C94A 2P5OA 3MEDA 3KLHA 1A5XA 1Q9YA 2KZMA 3QESA 2IDOA 3G10A 1IKYA 1L3SA 4KHYA 3TAMA 4KO0A 4RW9A 5HRRA 2Z1JA 1YT3A 4DLEA 3THVA 1N6QA 3SUNA 5T7BA 3VQ6A 3ZSWA 2GV9A 4DU1A 4ZHRA 1J5OA 3QNNA 1ZBHA 4CJVA 4FLVA 1RTJA 5JS1A 3O4QA 3K5MA 2OZSA 1C1AA 3LALA 3K2PA 4MQ3A 2VWJA 2X74A 2WOMA 3AVMA 2YKMA 3ITHA 3LWMA 4DFPA 2Y1IA 4CK2A 1W9HA 5FROA 4B8CA 3NDKA 1L3UA 2HNYA 4LSNA 1JL1A 1I3AA 1O1WA 1RT6A 3MEGA 4FLTA 4E7JA 5CZ1A 4DSJA 1T8EA 1DLOA 5C25A 3QEVA 4E0DA 4M41A 1JLFA 4K8ZA 4B8AB 4DSEA 3NE6A 4FJ7A 4QCLA 4DF8A 1NJWA 1L3VA 4FLYA 1XHXA 4FJ8A 2BDPA 2QKBA 1RT1A 4DTJA 3PUFA 1BQNA 4H4MA 2IOCA 1T03A 4DTNA 5HP1A 1VSFA 3SZ2A 2OPQA 4O55A 4DQSA 1G15A 2IS3A 3AVCA 2X6NA 3AVLA 5KRSA 1Z26A 3SQ1A 3QLHA 3VQEA 4CK1A 3A2FA 1TKZA 3NGZA 4CIGA 2B4JA 4E1NA 4RW8A 3QEIA 1JXBA 1RCHA 4DMNA 1EKEA 4YFUA 1EXQA 3NFAA 3AA2A 4CFDA 4IG0A 4YNQA 2VG5A 1TK0A 1UOCA 1T7PA 4FM0A 4BE1A 4W5NA 3HPOA 3LZJA 1X9WA 4ELVA 4NCBA 3RMBA 2G8UA 1HQEA 3RR7A 3I0SA 3VQ8A 1LW0A 1JLCA 4M3YA 1HQUA 4M3WA 3NF7A 4O0JA 1K6YA 4J2AA 2VG6A 3ZSOA 1RBUA 5DMRA 1RBTA 4C8MA 4J2DA 2KFZA 3B6PA 4FJXA 4BWJA 2XHBA 4HUFA 4M42A 4CF8A 4F8RA 3M8QA 4CJUA 1IG9A 3OYKA 5E41A 1D8YA 3PO5A 3I8DA 3VQQA 4JS4A 4FLWA 2RF2A 3QO9A 4F2SA 3KJVA 1NJXA 4FYDA 4CEQA 3WNFA 3RRGA 1SV5A 3C6UA 4E7IA 1S1VA 1WSFA 4C8NA 1NKCA 4F4KA 2YKNA 4RG8A 5DK5A 1VSIA 2VWKA 1S1WA 4PA1A 3TR8A 2I5JA 4E7LA 4JLHA 2G8IA 4DSFA 4AHSA 4C8OA 4AHVA 4CJWA 4N41A 3S3MA 3NH0A 2YHAA 4DSIA 3KKSA 1S1XA 4F3TA 4W5TA 3ZCMA 1Z25A 3VQDA 2HHQA 3ZT4A 3LP1A 3NCIA 1REVA 4B3OA 3IS9A 1JL2A 3HJFA 1S1UA 4FLZA 2XRIA 1KVCA 1WNSA 3OYEA 4CJRA 3TI0A 2ZD1A 4ID1A 5HRPA 3TABA 3SUOA 1KVAA 1QE1A 1GOCA 1YVUA 2FBXA 2HNZA 4EP5A 3EZ5A 4BACA 1WSGA 1U4BA 4EZ6A 3QIPA 4KI6A 1ZBIA 4FK0A 4I2QA 4CFCA 3K57A 4FCYA 2DFHA 3VQ7A 3V6DA 1Y97A 4CEAA 4CHOA 4KTQA 3V1OA 1HNVA 2OPSA 4QOZB 4CERA 1N5YA 3VQBA 1JLEA 3VN5A 2PYLA 1RNHA 1TGOA 1X1PA 3ZSQA 5I42A 3QEPA 4LD0A 3KLEA 2W42A 3L3VA 3DMJA 3LZIA 4CF0A 2A1RA 4FJ9A 1VRTA 3C6TA 4CF2A 3DYAA 4CHNA 4N5SA 3RTVA 4B9SA 3MXJA 3KK2A 4KPYA 1XHZA 3CFOA 4CJLA 3ASMA 3OYJA 2FBVA 3OYIA 4CCHA 1IKXA 5HBMA 4J2BA 1WAFA 2P5GA 2HHWA 3D45A 3OYFA 1RT4A 2BANA 3DLRA 3L8BA 4EZ9A 3DRRA 4DFKA 3ZSYA 3LPUA 1S9GA 4FJHA 3P5JA 1D9FA 1WAJA 1W0HA 3M8PA 4RW7A 3VQAA 4JS5A 1U45A 4B9VA 4KHWA 1HMVA 3NH1A 1QSSA 1EX4A 1RBRA 2R7YA 4DSKA 2G8HA 4FK2A 1NJYA 4KV8A 2HB5A 1CXQA 3L2VA 3ZT0A 2YNIA 5I3UA 4ZTJA 5J2NA 4GMJB 4E7HA 2F8TA 1XI1A 4PUOA 5CZ2A 1TK8A 2XY5A 3V9XA 3B6OA 3LP3A 1VSDA 5J2MA 4M3ZA 4TSXA 2YV0X 2NUBA 1RDBA 4ICLA 2HHXA 2HW3A 1CLQA 4FJJA 1KFSA 1TKTA 1LW2A 1RT5A 2E6MA 1BGXT 3IG1A 4M3RA 3SV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IG3A 3O9RA 3SV3A 4I9LA 5HOOA 3ATVA 3F73A 4ISEA 2W6LA 3CFRA 2JWLA 2Q3SA 5LL6Z 4LF8K 5LJVA 4DSLA 3NF8A 2O8EA 4CE9A 1ZC6A 1HYVA 1FKOA 3AVBA 4H0YB 1RTIA 1QHAA 4FWNA 3PY8A 1XC9A 1B9DA 2EWSA 1ASUA 4IFEA 1N8RO 3CC2N 3LP0A 5HRSA 2RPIA 3LM2A 1WB9A 1XNRK 5IT9O 2E1YA 3UIQA 1P90A 4ELTA 3T1HK 3C95A 4RTFD 2PYJA 3J80O 3FR0A 3HOTA 5AQFA 3SQ2A 4FJLA 3CJ9A 3WNEA 4EAHD 1A5VA 4BRHA 5C2FA 4B9NA 3D7EO 2UUCK 4X66K 1VQ4N 5AQWA 2E6LA 2WONA 1A5WA 4MFBA 2OTLN 3ENHA 4C8KA 3T19A 4HVJA 3E9LA 3K58A 3OJSA 1B9FA 3KTQA 1RDUA 3THWB 3CERA 3AA3A 3I33A 1NK4A 4MDAA 1KRPA 3AVKA 5HROA 3PIOL 1J5EK 3THXA 4FJIA 1T44A 4DV2K 4OPJA 1VRUA 3LDLA 2P9SA 3CYMA 1NK7A 3G71N 2P1JA 4FWRA 1W97L 5AQVA 1BHLA 1T6DA 4FJGA 5AQHA 3EEQA 1TKXA 3QEXA 1MWKA 3DAWA 1BO5O 5CY4A 4JI4K 2YI1A 4OKEA 4KB0A 3BGRA 5AZIB 2FBTA 1KCFA 2ATQA 3L2RA 3ULDA 3NVMA 4WQ4A 1JLAA 5AQIA 3CCSN 2A6AA 4CJFA 1R59O 4B9LA 3WEEA 5LMNK 3HZ6A 4IJNA 4CGFA 4CZLA 1GOBA 1IJJA 4H5RA 4CHQA 4E1JA 4Y1CA 1GOAA 4NXNK 4M45A 1WSIA 2JWKA 3GDQA 3CJ1A 1NGAA 4OPHA 3DI6A 2HNDA 2GTDA 3V4IA 1IO2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IG3 A;  3O9R A;  3SV3 A;  4I9L A;  5HOO A;  3ATV A;  3F73 A;  4ISE A;  2W6L A;  3CFR A;  2JWL A;  2Q3S A;  5LL6 Z;  4LF8 K;  5LJV A;  4DSL A;  3NF8 A;  2O8E A;  4CE9 A;  1ZC6 A;  1HYV A;  1FKO A;  3AVB A;  4H0Y B;  1RTI A;  1QHA A;  4FWN A;  3PY8 A;  1XC9 A;  1B9D A;  2EWS A;  1ASU A;  4IFE A;  1N8R O;  3CC2 N;  3LP0 A;  5HRS A;  2RPI A;  3LM2 A;  1WB9 A;  1XNR K;  5IT9 O;  2E1Y A;  3UIQ A;  1P90 A;  4ELT A;  3T1H K;  3C95 A;  4RTF D;  2PYJ A;  3J80 O;  3FR0 A;  3HOT A;  5AQF A;  3SQ2 A;  4FJL A;  3CJ9 A;  3WNE A;  4EAH D;  1A5V A;  4BRH A;  5C2F A;  4B9N A;  3D7E O;  2UUC K;  4X66 K;  1VQ4 N;  5AQW A;  2E6L A;  2WON A;  1A5W A;  4MFB A;  2OTL N;  3ENH A;  4C8K A;  3T19 A;  4HVJ A;  3E9L A;  3K58 A;  3OJS A;  1B9F A;  3KTQ A;  1RDU A;  3THW B;  3CER A;  3AA3 A;  3I33 A;  1NK4 A;  4MDA A;  1KRP A;  3AVK A;  5HRO A;  3PIO L;  1J5E K;  3THX A;  4FJI A;  1T44 A;  4DV2 K;  4OPJ A;  1VRU A;  3LDL A;  2P9S A;  3CYM A;  1NK7 A;  3G71 N;  2P1J A;  4FWR A;  1W97 L;  5AQV A;  1BHL A;  1T6D A;  4FJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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