4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
1JLFA 3AO3A 1RT1A 4DTRA 1G15A 1KCFA 5J2PA 3QEPA 4KI4A 5HRNA 1LW0A 3AA2A 3M8SA 2O4IA 4CFAA 4CJTA 4KB0A 1T8EA 2OPRA 3KKRA 1EKEA 3VQBA 4OKJA 4CJFA 3RR8A 4ELVA 1ZBIA 1LWCA 4EP5A 4BWMA 3SNNA 1JKHA 3WNEA 4R5PA 5HP1A 4J2DA 1EX4A 4CHQA 4BDPA 3ULDA 2I5JA 3OJSA 1WN7A 4MFBA 4FLUA 3CM5A 3RRGA 4B9LA 1Z25A 2D5RA 2IGIA 2NUBA 2XY6A 1J53A 4IFYA 4CE9A 4DQSA 4DSFA 2HB5A 2B5JA 4E7JA 3V1RA 3O4NA 3DRRA 4LY7A 2GBZA 2HNDA 4RW7A 4H4OA 4O0JA 3ZSXA 3ZSYA 3SQ1A 3S3OA 2HHXA 5I3UA 1C0UA 4AHTA 1RTHA 4M45A 3ASMA 2P51A 4FLXA 4O44A 3VA3A 3TI0A 5KGXA 2QK9A 4CIGA 4FK2A 4CFBA 4KHUA 4FVMA 3AVAA 1D9DA 4J2EA 4CESA 4F2SA 2YHAA 3PX0A 3TR8A 3V9WA 3VQDA 5HRRA 2XHBA 4KHYA 3EZ5A 4DTUA 1HMVA 3AVMA 2WONA 4ID5A 3ZT3A 1TVRA 3S3NA 1UA1A 3LAMA 1N6QA 5HRPA 3AA4A 3RMAA 3OYMA 2DFHA 1BQMA 3NH2A 3K59A 1HQUA 1NOYA 4FJ7A 1LWFA 2E6LA 3C95A 1QQCA 1VRUA 4FK4A 2ZE2A 3HP6A 3QO9A 4LD0A 4DWIA 5C42A 1TKDA 4DSIA 1HRHA 4FYDA 4DU3A 1QTMA 3HXMA 3OYKA 2FBXA 4H4MA 4Y1DA 3ISNC 1ZBFA 4I9LA 3V1OA 3QESA 2HHTA 2YNFA 5SZTA 4CJUA 4DQIA 5KI6A 4Q5VA 4FJNA 3AA5X 1QHTA 4CF9A 4ICLA 4FLVA 4O5BA 1RT2A 3AVHA 3QNNA 4KREA 1UA0A 3F9KA 3L3UA 3K57A 3FFIA 3RMBA 3AVNA 2E6MA 1RTJA 4KAZA 4KB1A 3HSTB 3VQPA 1RBTA 3QEIA 4CEBA 1QSSA 1D9FA 4E0DA 4FK0A 4PY5A 4F3OA 3HP9A 2ETJA 4NYFA 4BDZA 4M41A 2X78A 4AILC 5KTQA 1NK5A 4QOZB 2FBTA 3M8QA 2YKMA 3QIOA 3TARA 1KVAA 4Z4CA 4CF1A 1DLOA 2WOMA 4CHNA 2DFEA 3HM9A 1ZBUA 3HK2A 4DFJA 3OVNA 1TGOA 4E7HA 3V81A 3OYGA 2Q3SA 4Z4EA 2KFZA 3L2RA 3CFOA 4DS4A 4CGDA 2YNHA 4DG1A 3JSMA 4O55A 2Z1JA 3QETA 4DSJA 3AVJA 3OYFA 3TABA 1NJYA 2F96A 4DQPA 3AVFA 4YNQA 3LZIA 3SUPA 3T3FA 2DFFA 4CJEA 5D3GA 4DMNA 1QSLA 2XO7A 2RPIA 1IO2A 4CK1A 3OS0A 3SV4A 3KD5E 4FW2A 4LH4A 2IOCA 4M42A 4CJKA 3O3GA 1TKXA 2R7YA 1CXUA 3U3YA 2HNZA 3S3MA 2PYLA 1WNSA 1W9HA 5DK5A 1T7PA 4FJJA 1S5JA 4B3OA 1HYVA 1RBVA 1XC9A 3B6PA 3D0PA 3LANA 3S9HA 4PWDA 3L2VA 3SCXA 2FC0A 3QINA 3K5MA 4UQGA 4HHTA 3AA3A 3LPUA 4OKEA 4B8CA 2VWJA 3QEXA 4C8OA 3KJVA 2Y1JA 3I0SA 2X74A 4LSLA 1EETA 3DI6A 4AHSA 3SQ4A 1QSYA 3C94A 5EU7A 1RBUA 4DSLA 3K5LA 4BACA 2HHUA 1HNIA 1RCHA 4OPKA 3SJJA 4M3XA 4CIFA 5CYMA 3KK3A 4B9TA 3OS2A 3I8DA 1SKSA 4CCHA 3DYAA 3TAPA 4Z0UA 4GW6A 3G10A 5CZ2A 3OJUA 4IDKA 1N5YA 2IAJA 4KI6A 1KTQA 3QNOA 1S9EA 4FJ8A 1B92A 1LAVA 3MECA 1ASVA 4KTWA 4E1NA 1EP4A 4HUGA 1ASWA 5KRTA 1WSHA 3D45A 1L3SA 2BE2A 4C8MA 5K14A 1C1CA 4FM1A 3SUOA 2Z1HA 3MEGA 2VG6A 4IG0A 3VQQA 4DSEA 4KKOA 1YTAA 3T19A 3QIPA 1UAXA 1X1PA 1R0AA 3KLGA 3B6OA 1JXBA 1KVCA 2KTQA 4E7IA 3ZT0A 5HROA 5FRMA 1HQEA 3AO4A 5JS2A 3IS9A 4KTQA 4CEQA 4H8KA 4I9QA 2RF2A 1XHXA 3IRXA 4FJIA 2HVIA 2EHGA 1RILA 5KGWA 3ZT4A 1BI4B 3OYEA 3OYIA 4E1MA 4OGCA 4KHNA 4FJLA 1SV5A 1JL1A 3VQ9A 2QXFA 3P5JA 4CFDA 4CK3A 2G8VA 2HHQA 2XRIA 5KRSA 1Q9XA 3BDPA 1GOCA 2X6NA 4OGEA 5J1EA 3ZT1A 1XWLA 3OYJA 2GV9A 3DRSA 2JLEA 2F8SA 4PUOA 2IDOA 1SL1A 1SL0A 2BANA 2VG7A 1VSHA 2VG5A 4IBNA 4AHUA 1VSIA 1RT5A 4NCGA 3L2WA 4DTJA 1X9WA 1RNHA 3HJFA 1ASUA 3T1AA 4CHZA 4EP4A 4YFUA 4DTPA 3V4IA 3THVA 1BISA 4CERA 3C6TA 2HMIA 1IKYA 1JLQA 3ITHA 2HNYA 4DQRA 1UWBA 4AHCA 3KK2A 3LWMA 3V9UA 3LWLA 4GVMA 4F4KA 4DSKA 1S1TA 3AVKA 1RT3A 3KLFA 1KRPA 3EYZA 3DMJA 3ALYA 1WAJA 3KIOA 1D5AA 3DRPA 3VQ8A 4B08A 1TKTA 4DLEA 4DTXA 4N47A 3KK1A 4RW4A 3ZSOA 3VA0A 4O0IA 4KHWA 2X6SA 1KFSA 3ZSVA 3OS1A 3TWHA 3MAQA 2Z1GA 2RN2A 1JLAA 4CEEA 1T03A 4CJPA 4FZYA 1VSLA 3ZT2A 4W5OA 4DS5A 4CJ3A 4HCCA 4E89A 4CF8A 4C8LA 1T05A 4FCYA 1VSFA 5DMRA 2OPQA 1SKWA 3AVCA 3C6UA 3AVBA 4HVJA 3RMDA 3O4QA 3OYBA 4ELUA 4DTSA 4FJHA 2YHBA 4JS4A 3PV8A 3RRHA 3KTQA 1TL1A 1L3TA 2JGUA 3MEDA 2OZSA 4CJ4A 1U4BA 1BL3A 3LP0A 1RDAA 1NK6A 4HCBA 4F2RA 3SV3A 1NK8A 2XY7A 1YTUA 1LAWA 1BGXT 1KVBA 1RDDA 2G8KA 3NBPA 1S6PA 4CGFA 2OYQA 1REVA 2ZQBA 3AVLA 2RKIA 3WNFA 4AH9A 3TAGA 4FJ5A 4N76A 4JRQA 4K8ZA 1ITGA 1S1UA 3LALA 3P1GA 3NHGA 4E7KA 4CGJA 4DTMA 4ZTFA 2BGGA 3PY8A 3HPOA 1QS4A 1C1BA 1WSJA 4F8RA 1A5VA 3L2QA 4B9NA 4ID1A 4JS5A 2XY5A 1FXXA 2KFNA 1IKXA 4KFBA 3QEWA 3OYCA 4J2BA 4I2PA 1NK4A 1KLMA 3SZ2A 4DU1A 1TL3A 1RBSA 3AO5A 4DF4A 3KLHA 3P83D 1X9SA 3BGRA 3NH1A 1NK9A 3RR7A 1RTIA 3OYDA 1WSGA 3DLEA 1VSJA 1YVUA 2D0BA 5CZ1A 3M8PA 3NCIA 1ZBLA 4DU4A 3SUNA 3HO1A 4N41A 3LPTA 4FZZA 3LP1A 4FJMA 2IS3A 1X9MA 4EZ6A 2Y1IA 3SQ0A 1Y97A 4KTZA 4CF2A 3NAEA 4Z4HA 4I7FA 5HRSA 3NH0A 4DFKA 1IG9A 4CIEA 2G8HA 2G8IA 4L8RB 3TAQA 1I3AA 1HJRA 1Z26A 5C25A 4CJRA 5T7BA 4CF0A 4Q0BA 4ZHRA 4BWJA 4HTUA 5J2QA 1XHZA 4CJQA 3TAMA 1SUQA 4FXDA 4W5TA 5JS1A 1WSFA 4W5QA 2KZMA 2PYJA 4FW1A 1S1XA 1K6YA 3DLKA 1KLNA 1UOCA 5SWMA 3DLHA 3LAKA 3NF6A 3AO1A 3PO5A 3V9ZA 4GMJB 3VQ4A 4CGIA 1A5WA 3SI6A 1ZBHA 4CFCA 3NF8A 1D8YA 4XIUA 4BDYA 3NGYA 1BIZA 2G8UA 3CFRA 4KV8A 3K5NA 4FLZA 4DFPA 3SQ2A 4DFMA 3SUQA 2FBYA 4IKFA 3NGIA 4OVLA 1XI1A 4BE2A 2OA8A 3OYAA 4B9UA 1RT4A 1DTTA 4FJ9A 5C24A 1U45A 1CLQA 1C0MA 1HYZA 1U04A 3SPZA 1B9DA 1BCMA 4Z4FA 4HUEA 4KHSA 1HPZA 4M3ZA 3M8RA 1BIUA 1NKCA 4B8AB 1GOBA 4Z4GA 3K5OA 2A1SA 1S1VA 3SPYA 2G8WA 3PX6A 1C6VA 1VSDA 3A2FA 4FLTA 1VSKA 2ATQA 1RDBA 4HUFA 1J9AA 1JLEA 2P5GA 1S1WA 4CGHA 1BQNA 4CEDA 3RWUA 4QAGA 3AV9A 4E3SA 4J2AA 2F8TA 5FROA 1VSEA 1C1AA 3CG7A 5FDLA 4B9MA 1JL2A 4E19A 1FKPA 4IFVA 1KFDA 1QE1A 3DLBA 3K2PA 1CZ9A 1RDCA 4G1QA 3LZJA 1F21A 4PA1A 1A5XA 5CY4A 5J2NA 3ZSWA 3KD1E 3V6DA 4FJGA 1FK9A 1MU2A 4K8XA 3L2UA 2QKKA 4RW9A 4O4GA 3IG1A 1S6QA 4B9VA 1Q8IA 3VQCA 1WAFA 3ZCMA 5I42A 4WE1A 1EXQA 2A1RA 4JLHA 3MXIA 3NF9A 4N56A 2DTUA 4CHPA 3LP3A 3QEVA 2HHWA 4RW6A 1WSEA 3HT3A 3U3GA 3CQ8A 1NKBA 4C8KA 1VK0A 2OZMA 1RTDA 1RBRA 3RTVA 3PX4A 1NJZA 1JLGA 4NCBA 3VQEA 2P5OA 4M3TA 1YT3A 2GUIA 3VN5A 3L8BA 3H08A 1TKZA 4BE0A 4CEFA 3OYNA 2YV0X 4E7LA 4M3YA 2B6AA 1HNVA 3VQ6A 3VQAA 4B9SA 3VQ5A 3TAEA 4KRFA 4OLAA 4N5SA 4OJRA 4KHQA 1JLCA 1KSPA 3E01A 3V9XA 1NOZA 3JYTA 3NE6A 3QLHA 1VRTA 4DQQA 4OLBA 3LP2A 2P1JA 3MEEA 4CJSA 2E4LA 3OY9A 5FRNA 4OKKA 1NK0A 3OYHA 1DTQA 2XY8A 1SL2A 1CZBA 1S9GA 4BE1A 3HPHA 4CECA 4Z4IA 1L5UA 3AVGA 4NYNA 2KZZA 4CK2A 3HL8A 4RG8A 1IKVA 3F73A 2KW4A 2LSNA 2ZD1A 2KQ2A 4OPJA 3VQ7A 3O3FA 3RMCA 3PUFA 1LV5A 1LW2A 1C0TA 4FZXC 3G0ZA 4FM2A 1NJXA 3CYMA 5J2MA 4FLWA 3AO2A 4AHRA 4C8NA 4ELTA 1BCOA 1TK8A 3MXJA 4LSNA 3V9SA 1HYSA 1U48A 4CJWA 2HHVA 1NJWA 3HVTA 1BI4A 2ITGA 5CYQA 1J54A 4EZ9A 3UIQA 1RT7A 4M3WA 4DTNA 1FKOA 3KKSA 3L3VA 4AHVA 3IAYA 3PO4A 2O4GA 1TK0A 4M3RA 2HHSA 2FBVA 5HBMA 1BHLA 4QCLA 3SYZA 4MQ3A 4CEAA 4FJKA 2YNIA 4F3TA 1TAQA 3AVIA 4FJXA 1O1WA 1W0HA 3U6FA 3OYLA 3DOKA 3DLGA 2YKNA 1JLBA 1Q9YA 5E41A 4KPYA 1I39A 3DOLA 4LH5A 3V1QA 1L3UA 2G8FA 2EX3A 1LWEA 4TSXA 3QERA 3CM6A 1WSIA 2D0CA 2W42A 3ZSZA 2BDPA 3CFPA 4NCAA 5HLFA 2OPPA 3HVRA 3HYFA 4PQUA 4ZTJA 1U49A 3K58A 2Z1IA 3TANA 4CEOA 4W5NA 4FLYA 4CJ5A 3I0RA 4I2QA 3NGZA 4CHOA 3NDKA 4FM0A 4KO0A 3NFAA 1J5OA 4CEZA 4JRPA 1JXEA 3HPGA 1B9FA 1IKWA 4RW8A 4CGGA 3O3HA 1TAUA 2AJQA 1TK5A 4Y1CA 2HVHA 2B4JA 2D0AA 3LDSA 1IH7A 2VWKA 1GOAA 3DLRA 3KLEA 4CJLA 1NKEA 3ZSRA 2IC3A 3DM2A 2PY5A 2DY4A 4DF8A 3EY1A 4DTOA 2YNGA 3WNGA 4CJVA 1RT6A 1TV6A 3TAFA 1U47A 1NK7A 4DLGA 2QKBA 4M3UA 3WNHA 4W5RA 1CXQA 3KLIA 3ZSQA 4IG3A 1VSMA 1WLJA 4CHYA 2OPSA 3MXMA 1ZYQA 1SKRA 1L3VA 2HW3A 2PZSA 3NF7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J2PA 2H3GX 3LM9A 3AA2A 3D2EB 2A41A 3RR8A 4FOIA 3SNNA 3TTFA 1EWRA 5HP1A 1EX4A 3OJSA 1WN7A 4MFBA 4X66K 4B9LA 2NRZA 2D5RA 2NUBA 2XY6A 1IBKK 4IFYA 3HBTA 4PKGA 3O4NA 2HBMA 3D6RA 2GBZA 2HNDA 4H4OA 2HHXA 3K9KA 1QQNA 4DV0K 3ULEB 1M90O 1BO5O 4M45A 2KHOA 4JI3K 4FVMA 2FSJA 1VQKN 4CESA 2YHAA 1I94K 3VQDA 5HRRA 5ADXH 5C2DA 4YOVA 3ZT3A 3AA4A 4NO7A 3SK3A 1K8AO 1BQMA 4C23A 3K59A 3PSFA 1NOYA 1LWFA 1NWKA 4BR9A 5KPTA 1TKDA 3CJAA 2QA4N 4H4MA 4Y1DA 3ISNC 1ZBFA 4GNIA 3V1OA 3KWIA 1YI2N 4IFEA 3CCMN 1NU0A 4CBUA 4AF1A 3EL2A 4ICLA 4KREA 3AVHA 3U4LA 2WFBA 2CGKA 3UKUA 2UYTA 4FSVA 1RBTA 3QEIA 4E0DA 3LDNA 3HP9A 4DR2K 1TUUA 4NYFA 5AQFA 4BDZA 2X78A 4QOZB 2FBTA 2YKMA 1YAGA 1KVAA 4CF1A 4CHNA 3HK2A 2DFEA 3DWLA 4DFJA 1KC8O 3N4QA 4U67L 4FL9A 3CFOA 4FO0A 4DSJA 3W3DA 5C12A 1J5EK 4BC3A 1VQ5N 3VEWA 4DQPA 3UE5A 4FOEA 3LZIA 2DFFA 4FW2A 1HUXA 4M42A 5GADP 2R7YA 4K43A 2PYLA 4FJJA 3F5TA 5AZJA 3S9HA 4L3QA 1GLCG 4A62A 4HCBA 4HHTA 3QEXA 5M1FA 4B8CA 2QTDA 3KJVA 3Q7BA 1QQMA 4AHSA 5AFUH 1EETA 4JK7A 5EU7A 1RBUA 4DSLA 3K5LA 3B8AX 1YVNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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