4CF2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf2A00
4B9MA 3RMCA 4KTQA 2XY8A 3QEVA 4BDZA 4FLZA 1RDBA 3P1GA 1YVUA 4CFCA 5KGXA 2O4GA 4BDPA 4CEAA 3NH0A 3ZSVA 3HYFA 3DLRA 3VQ6A 1NKCA 1RTDA 5CZ2A 3VQBA 1N6QA 4CHNA 1C1CA 1LAWA 3OYHA 1Z25A 2P5OA 4M3ZA 3AA5X 1S1VA 4CJ3A 4CF0A 3K5MA 2G8UA 3AVKA 1U49A 3SYZA 1KCFA 1RBRA 3AVJA 4I7FA 4N56A 3OS1A 3PX0A 1KVAA 3EY1A 3AA3A 3TAFA 1SKSA 2XRIA 3MEGA 1ZBFA 2PY5A 4E0DA 1B9FA 1GOBA 3HVTA 1VRUA 3OYBA 2OZSA 3K5NA 1NK9A 3HK2A 4F3TA 4Q0BA 4OKEA 3AVCA 1BIZA 2ZE2A 2EHGA 2FBXA 3SV3A 2BDPA 1I3AA 3SV4A 2KZZA 1BCMA 1C0UA 3QEPA 3MAQA 1WSGA 1REVA 3C6UA 1TGOA 4HHTA 1B9DA 3WNGA 1RCHA 3V9SA 2QK9A 4E7JA 4PWDA 3PV8A 1JKHA 4BE0A 1BQNA 3AA4A 1TK0A 1HMVA 4IFYA 1C0MA 2X6SA 4ICLA 2JLEA 4N47A 1LWFA 4Z0UA 3L2WA 2KZMA 4CGHA 5HRPA 3LANA 3DLKA 4OPKA 4DF8A 3IS9A 3THVA 1XI1A 1YTAA 4AHUA 3DLHA 1LV5A 3QESA 4I9QA 3G0ZA 3OYIA 4FLYA 2FBTA 4CGFA 1RT6A 2PZSA 4RW6A 4I9LA 2FC0A 4KO0A 5HRRA 4B9TA 3LP2A 4DTNA 4DFJA 3SI6A 5DK5A 1J9AA 1VSHA 3HM9A 3LZJA 4CHPA 5KI6A 1RBSA 1BI4B 3ASMA 3CM5A 4R5PA 3OYDA 1NK8A 3TI0A 1NK0A 2PYJA 3OYMA 4DTXA 3VQDA 1RBVA 4AHTA 4CJWA 3VQ8A 1Q9XA 1CLQA 1RT7A 3D0PA 3RMDA 1U4BA 4KRFA 3MECA 3VA3A 3L3VA 3KLGA 1KRPA 2QKKA 2HHSA 3KD5E 3LPUA 4OKKA 1B92A 3OJUA 3EZ5A 4FW2A 3SJJA 4AHRA 2VG5A 1WSIA 4CERA 4DS5A 1TV6A 3WNHA 3L8BA 3U3YA 1EP4A 2GUIA 3HVRA 3ZSWA 4M3WA 1ASWA 3O4QA 2OPSA 2HHUA 4LH4A 1CZBA 3HPOA 4C8MA 2YNGA 4M41A 4FLUA 2KFNA 4FW1A 1N5YA 3RR8A 2F8TA 1BISA 4OLBA 3KK2A 4QCLA 4IKFA 4CHZA 4W5OA 1LWEA 4GVMA 3NF7A 2I5JA 4B08A 3K58A 3TWHA 4B9UA 4QOZB 4DFKA 4CK1A 4BE2A 4DQIA 3WNFA 4CESA 3JYTA 1WSEA 1QTMA 3TAMA 1KVCA 1L3TA 4OJRA 1RT5A 1BHLA 4F3OA 3C6TA 1NK6A 4PY5A 1W0HA 4FXDA 3ALYA 2GBZA 4FYDA 1JXBA 2YNIA 3SQ2A 4OPJA 4J2EA 3KKRA 4JRPA 4RG8A 4LD0A 1A5WA 2QXFA 2IC3A 4CGJA 3NF8A 4DTPA 3S3OA 1S1TA 4FLXA 1NJWA 4O5BA 3LWLA 3KIOA 3QIPA 3TANA 4ID1A 4CJQA 3ZT1A 2BE2A 4CHYA 3F73A 4FZYA 3NE6A 3OYNA 4CJ4A 3SUNA 4AH9A 2IOCA 4IDKA 1S5JA 3U6FA 2HVIA 3NF6A 1NK5A 1DTTA 4CJUA 1QSLA 3M8PA 4DTRA 2IAJA 3AO3A 3ZCMA 5J2QA 1O1WA 4W5TA 4B9VA 1SKRA 3OYFA 5KRSA 3QO9A 4Z4CA 1UA1A 4NCGA 4CK2A 1X9MA 4RW9A 4OLAA 3I8DA 4KHWA 2HHQA 2KQ2A 3AVLA 3DRSA 1HNIA 1VSIA 3VQPA 4CGIA 2P5GA 2OPQA 4FJ5A 1YT3A 4DSIA 2OPRA 4CJTA 3PY8A 2HHTA 2P51A 2KTQA 4FZZA 2WONA 3LP1A 3QIOA 4DTJA 1BL3A 1VK0A 1DLOA 3SQ4A 1L5UA 1NK4A 4JS5A 4FLTA 1BIUA 4O4GA 1HJRA 4J2BA 2DFHA 1HQEA 1S1WA 3NBPA 4LY7A 3TAGA 3MXMA 4G1QA 2RN2A 4DSFA 4M3RA 3RMBA 2F8SA 3V9WA 3V81A 3TABA 4NYFA 3RTVA 5EU7A 1D5AA 2XHBA 4DSKA 3HL8A 3B6PA 2PYLA 2YNHA 1LW2A 1RT1A 3AVHA 4BACA 1T7PA 1JXEA 3RR7A 3RWUA 2HNZA 3ZT3A 4B8AB 3VQ4A 2HMIA 3HO1A 2VG6A 1KLMA 4NYNA 3QEXA 1R0AA 3V6DA 3O3GA 4B3OA 4DS4A 3DLEA 3T1AA 3CG7A 1J53A 3ZSYA 3KLEA 4N76A 3DM2A 1KFDA 1GOCA 4CJKA 3S3MA 5KRTA 2DFFA 1UWBA 1C1BA 1WSJA 4KB1A 1BI4A 1NOYA 4FK0A 3K2PA 1TVRA 4OVLA 3CFPA 1ASUA 1S9GA 2XY6A 3LALA 3SUQA 1HPZA 1UOCA 4FLWA 3NAEA 4W5RA 3S3NA 3LP0A 3KK3A 1RILA 1VSDA 1JLAA 4O44A 2R7YA 3AVIA 2Y1IA 1Q8IA 3DOLA 3AO4A 1XWLA 4HCCA 4KHSA 4KFBA 4LSLA 4CJEA 5E41A 1IKVA 3NH2A 1TK8A 3KK1A 4M42A 3ZSQA 1WNSA 2D0CA 1IO2A 3PO4A 1RNHA 1QE1A 4AHCA 4BWMA 3AVGA 3HP6A 3RRHA 1T03A 4Z4EA 4DG1A 3HP9A 4PA1A 3SQ0A 3VQ9A 5J2MA 4C8LA 2B6AA 4GMJB 4CIGA 4DU3A 4I2QA 4EZ9A 4DMNA 4E7KA 5I42A 3M8RA 5FDLA 4E1NA 4JRQA 3KLIA 1G15A 4O0IA 1VRTA 4DFPA 4DF4A 4B9NA 5J1EA 3DYAA 3K5OA 1RBTA 4CEEA 1SL0A 3IG1A 3PUFA 3QNOA 2HHWA 3NGYA 3OYJA 4C8OA 4H8KA 2Z1JA 3CQ8A 4RW4A 4B8CA 3RRGA 3V4IA 2W42A 1QHTA 2ATQA 2D0BA 3OY9A 4ELUA 4KTZA 1WAJA 1TKZA 1RTJA 1RTIA 1ZYQA 1ZBLA 3ITHA 4KI4A 1L3SA 2HHXA 4CJFA 2X6NA 2Y1JA 2ETJA 3OYKA 4KTWA 4UQGA 1NOZA 1IKXA 3AVBA 4CEDA 4N41A 1LW0A 4KKOA 1NK7A 3QEIA 2B5JA 2HVHA 4DLGA 3PO5A 1JL1A 4PUOA 1JLCA 1TL1A 1WSHA 4CJLA 5KTQA 1SL1A 4EP5A 3K59A 3LAKA 3HSTB 2AJQA 1VSFA 4FM0A 4FJIA 1IKYA 2HW3A 1EETA 3M8SA 4M45A 4H4OA 4CIEA 2OPPA 2WOMA 3AA2A 3CM6A 3F9KA 1JLFA 4CJPA 4AILC 2RPIA 3EYZA 1IG9A 3LDSA 5DMRA 2IGIA 3NGZA 3DRRA 2HHVA 2QKBA 1EXQA 4KHQA 3DI6A 1GOAA 3DRPA 2KW4A 3HXMA 4DTSA 1VSKA 2E6MA 1D8YA 1VSMA 3AO5A 4M3TA 3OYCA 2DY4A 4CJ5A 2YKMA 2XY5A 5C25A 3SQ1A 1T8EA 1JL2A 1Z26A 1RT3A 4O55A 3CFRA 4MQ3A 4CEQA 3TAQA 3D45A 1X1PA 3P83D 1ZBHA 2G8VA 3MEEA 1TAUA 3OYAA 2ZD1A 2YV0X 1X9SA 2X74A 1CZ9A 1DTQA 3L2RA 1CXQA 4E19A 4DTOA 1C0TA 1QSSA 1HNVA 3MXIA 4BWJA 4IG0A 4OGEA 4CFDA 4FM1A 4E89A 4CE9A 3CFOA 3O4NA 3RMAA 5J2PA 3AVMA 2D5RA 2Q3SA 4DQPA 3E01A 5FROA 4J2DA 5K14A 1NJZA 4FJXA 4FK2A 4W5QA 1SUQA 4RW7A 4ELTA 4Z4IA 3QEWA 4N5SA 3OS0A 1RDDA 3UIQA 1HRHA 2O4IA 5J2NA 4NCAA 1WAFA 5JS2A 4FM2A 1NJXA 1BQMA 1VSJA 3T19A 1RBUA 3VA0A 5SWMA 4F2SA 3OYGA 3LPTA 2HB5A 2NUBA 1TKXA 3NHGA 4PQUA 4EP4A 3DLGA 4F2RA 1TKTA 4Z4FA 3BDPA 2YHAA 5HRSA 4B9SA 2DFEA 3VQCA 1TK5A 4CEFA 3ZT2A 5HBMA 2XY7A 3V1QA 3LZIA 1JLEA 2LSNA 3FFIA 5C24A 3DOKA 3OS2A 2G8WA 4KREA 4CK3A 3NCIA 2RF2A 1LWCA 4K8XA 4HVJA 2IDOA 3G10A 4CFAA 5HROA 1ZBUA 3L2QA 3DMJA 4MFBA 1U47A 4C8NA 2KFZA 2IS3A 4I2PA 4DSLA 4LSNA 3ZSRA 3BGRA 3SPYA 4DQQA 4Y1CA 5FRMA 4CECA 3LP3A 1D9FA 4KB0A 4DSJA 4BE1A 4F4KA 1WN7A 1UAXA 4DFMA 4FK4A 4E7IA 2VG7A 4NCBA 4CEBA 5CZ1A 4CIFA 3QLHA 1IKWA 5I3UA 2HNYA 1FK9A 4TSXA 4FCYA 2F96A 3U3GA 4HCBA 2YHBA 1XHXA 4CFBA 3V9UA 5FRNA 2FBYA 4FJNA 3VQEA 3JSMA 1QS4A 1I39A 4CGDA 3HT3A 2Z1GA 4CF8A 4KI6A 4ZTJA 4IFVA 3SPZA 4BDYA 3KTQA 3ISNC 3WNEA 3V1OA 3AVAA 2E6LA 5JS1A 3SZ2A 2VWKA 4FJ9A 3TAEA 1C1AA 4CJRA 1S6QA 4H4MA 2HNDA 4QAGA 3HPHA 1L3UA 3NGIA 1FKOA 1JLQA 3CYMA 1KSPA 3KLFA 1BCOA 5CYMA 3L2UA 5C42A 3T3FA 4L8RB 4FJ7A 4Z4GA 2GV9A 1RDCA 2EX3A 4HUFA 2OA8A 1ITGA 1LAVA 1VSLA 2Z1IA 3OYEA 3ULDA 1NKEA 4AHVA 3AO1A 4EZ6A 3SCXA 4XIUA 2G8FA 3H08A 3SNNA 4DTMA 3B6OA 1HYVA 1C6VA 4IBNA 2FBVA 3QETA 4M3XA 1L3VA 4FJKA 1ASVA 2OYQA 3MXJA 4WE1A 3PX4A 2XO7A 4HUEA 3V9ZA 4ZHRA 3VQ5A 1VSEA 3MEDA 3OJSA 3AO2A 3KJVA 1EX4A 1KLNA 4CHOA 3ZSOA 1Y97A 4FLVA 5CY4A 4OGCA 2G8KA 4DU1A 4ELVA 1MU2A 4E1MA 2P1JA 4CF9A 2RKIA 3LWMA 1U45A 1HYZA 1K6YA 3O3HA 2YNFA 5SZTA 4FZXC 1U48A 1D9DA 4FJJA 1T05A 3TAPA 3L3UA 3QINA 4M3UA 2JGUA 3QNNA 4O0JA 1TL3A 1UA0A 1J5OA 4DQSA 4E7LA 3AVFA 3SUOA 2G8IA 4F8RA 4CCHA 3M8QA 2BGGA 1S9EA 4E3SA 1WLJA 4CEZA 2D0AA 1QSYA 3ZSZA 1IH7A 3KKSA 1QQCA 1YTUA 3C94A 5KGWA 3VQQA 4CF2A 2X78A 5HLFA 1W9HA 1S6PA 4JS4A 3V1RA 1Q9YA 3IRXA 3LAMA 3P5JA 3TR8A 1RDAA 4CJVA 5HRNA 4YNQA 1NKBA 1KFSA 4FJLA 1A5XA 4J2AA 4CEOA 2E4LA 4YFUA 4OKJA 1KTQA 3QERA 4ID5A 4CHQA 1FKPA 5CYQA 1XC9A 4K8ZA 3V9XA 4KV8A 3ZSXA 3I0RA 4KHYA 1EKEA 4Z4HA 1F21A 1S1XA 1SV5A 2G8HA 4KPYA 1NJYA 3AVNA 3IAYA 4KHUA 1HQUA 4FVMA 4DSEA 3A2FA 3VQAA 2ITGA 3KD1E 1CXUA 3SUPA 4ZTFA 3O3FA 2VWJA 3VQ7A 4E7HA 1RTHA 4FJMA 3I0SA 1RT2A 5HP1A 5T7BA 4LH5A 4IG3A 3VN5A 2A1RA 1KVBA 1JLBA 3HPGA 1HYSA 4W5NA 4HTUA 1SL2A 4DTUA 4C8KA 4CGGA 3DLBA 1XHZA 4FJGA 1ZBIA 1WSFA 1S1UA 3NFAA 1J54A 4KHNA 4FJ8A 1A5VA 1RT4A 4DQRA 3ZT0A 4JLHA 3TARA 1BGXT 1SKWA 5D3GA 3HJFA 1U04A 4HUGA 4DLEA 1FXXA 4GW6A 3L2VA 1JLGA 1TAQA 4CF1A 3OVNA 4Y1DA 2YKNA 4M3YA 4DWIA 3PX6A 2ZQBA 2B4JA 2Z1HA 3NF9A 4RW8A 4DU4A 3KLHA 3NH1A 3K57A 1X9WA 2A1SA 3AV9A 3OYLA 3ZT4A 3S9HA 2OZMA 2DTUA 4FJHA 3K5LA 1TKDA 4CJSA 4Q5VA 3C95A 4KAZA 2BANA 4B9LA 3NDKA 4AHSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRRA 3MX5A 3N4PA 4H5WA 4FLZA 1NG9A 4CFCA 5KGXA 3DLRA 3VQ6A 3S41A 1V4SA 3AA5X 2HSTA 3AVJA 4I7FA 1KVAA 1SKSA 2XRIA 3L6QA 3MEGA 3A5MC 3C0BA 3HVTA 3PIOL 2OZSA 3K5NA 4F3TA 4Q0BA 4OKEA 3AARA 3CC4N 4NXMK 4A2AA 2YI1A 3CIPA 4YOVA 2FBXA 3TTFA 2BUPA 5H1SQ 4RCHA 2IVOA 4BRPA 1QQOA 1B9DA 1RCHA 3MN9A 3PV8A 2O8CB 1C0MA 4OPKA 4DF8A 2E1ZA 4LF8K 2QI2A 5GINA 4JKDA 3CXCM 3QESA 3G0ZA 5AQJA 1RT6A 4RW6A 4BC5A 5AQQA 4DTNA 4DFJA 3SI6A 5C2FA 1BI4B 3OYDA 4AHTA 3VQ8A 4XH1A 1CLQA 3RMDA 3SJHA 1U4BA 3H1VX 3VA3A 1YHQN 2P9SB 3KLGA 5LL6Z 2HHSA 4H0PA 1DT9A 3OJUA 3VEWA 3EZ5A 1WSIA 4CERA 1TV6A 4IJNA 3WNHA 2GUIA 5AQNA 3LL3A 3O9TA 4BR5A 1ASWA 3M6GA 3O9SA 2OPSA 2HBKA 3THXA 2QTDA 4C8MA 3IDHA 5KQDA 4M41A 2KLAA 4DV6K 2FF6A 4W5OA 3NF7A 2P9NB 1OVQA 4BE2A 4BRCA 4DQIA 3J7ZO 4CESA 4J8FA 3JYTA 4DV7K 1L3TA 4B3RK 4WFNL 4DHYA 4F3OA 4LF6K 4FXDA 1KAZA 2NRVA 3ULEA 2GBZA 4BRLA 2YNIA 4OPJA 2O8BB 1NWKA 4JRPA 3P31A 4RG8A 2ZWHA 2QXFA 1YI2N 4CGJA 4JV5K 1S1TA 3LWLA 2WC9A 4ID1A 3F73A 3FLCO 3VEZA 4AH9A 4IDKA 5FLXO 1BDGA 3O1WA 3LDNA 3I56N 1NK5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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