4CFBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfbA00
5J2PA 3O4NA 4CEZA 1BISA 3K59A 4OGEA 3OYHA 3THVA 1TKTA 1ASUA 1S1WA 2Q3SA 3QIOA 1HPZA 1NKCA 4AH9A 3ASMA 4PY5A 5KI6A 4RW8A 4FXDA 2HHQA 1LWCA 1JXEA 3LALA 4W5TA 3NAEA 3F9KA 1DTTA 4E3SA 3TAPA 4LH5A 4FJ7A 4F4KA 2IAJA 2QKKA 2GUIA 1ZBIA 1D5AA 5FROA 3HSTB 3AVLA 2OA8A 3ITHA 4FVMA 4CGFA 1EETA 4ZTJA 1NKEA 3HP6A 1SKRA 4FJMA 4FJIA 5KGWA 1NJZA 3AVAA 3L3VA 1YVUA 2XY6A 4LY7A 1VSEA 3IG1A 3G10A 3DM2A 4LSNA 3NGZA 1NK5A 3RR8A 4XIUA 2ZE2A 3DMJA 1TKZA 3HP9A 4M42A 4CE9A 3HJFA 3U3YA 3I0RA 3V81A 3G0ZA 1D9FA 2D0AA 3NE6A 4DQRA 3SQ1A 4QOZB 1X1PA 2E6LA 4CEEA 3OYAA 3TAMA 2W42A 1W9HA 2OZMA 3NFAA 1JKHA 4AHCA 2RKIA 3S3MA 3KLEA 4N5SA 1T05A 2YKMA 1LW2A 3SPYA 5I42A 3ZT0A 4AILC 1Y97A 4CEDA 1WSEA 3QINA 4E19A 3DLBA 2HNYA 3LP0A 5DMRA 3PX0A 1ZBHA 3EYZA 3A2FA 3DLGA 4NCBA 3K58A 4C8NA 1VSMA 1ITGA 1WSHA 3OYKA 4DTNA 2D0CA 3LP2A 3IS9A 3OVNA 4RW4A 4IKFA 4RW9A 3CFPA 4CF8A 2P1JA 1VSIA 3OJSA 3V9WA 4CEFA 1RT1A 4FM1A 4FJJA 4N76A 3D45A 1XHXA 1TAQA 3OYJA 1BCOA 3QEVA 3RMDA 2HHSA 1HYVA 3KKSA 4F2SA 4CJLA 4J2EA 5FDLA 3AVMA 3LP3A 3VQ5A 4KI4A 1XWLA 2B4JA 4DS5A 5KRTA 2YNIA 3ZSQA 3ZT2A 4CECA 1SV5A 4JRPA 1NJXA 3KD1E 4F2RA 3B6PA 3PUFA 4HUEA 1K6YA 4G1QA 3CM5A 4JLHA 3AO1A 4Z4IA 3ISNC 2DFFA 2X74A 4CF0A 4J2AA 2WONA 4DTPA 4Q5VA 3DRPA 4W5NA 3AO4A 2HHXA 2IGIA 4FCYA 1SKWA 2B5JA 1S6QA 2FBVA 1X9SA 1CXQA 4HVJA 4KV8A 3NH2A 4B8AB 4FJ8A 1C0UA 4FLWA 1WSFA 4E1MA 3SUOA 4CJEA 1HMVA 4CFDA 4ZHRA 3NH0A 2PZSA 1S9GA 3TAEA 3PY8A 1I3AA 3RRHA 4TSXA 4W5QA 1ZYQA 5FRNA 5J2NA 4FK0A 4BE0A 3DLRA 3NF8A 4DSJA 4CFAA 3VQPA 1KTQA 3ZT4A 3VQQA 1NK9A 2FBTA 4CGHA 4M3YA 1R0AA 5KRSA 3OYLA 2GV9A 3OYNA 3L2WA 1IKYA 1EXQA 1SL1A 1ZBFA 3NDKA 3T19A 4KTWA 3KIOA 5CYQA 2Z1IA 1C1BA 3NCIA 3V1OA 1LV5A 4IBNA 1RILA 1BI4B 3EZ5A 2F8TA 1RDCA 1SUQA 4F3TA 3AVKA 3HL8A 5HRRA 1UWBA 5CZ2A 2G8KA 4CF9A 2IC3A 1TV6A 3OS1A 1WN7A 3SZ2A 4ELVA 4DU3A 5DK5A 3OYDA 3VQ7A 4B9LA 4GVMA 4CEQA 1BHLA 2FBYA 3AO5A 4ELTA 1VSJA 4GW6A 5JS1A 2G8UA 1KRPA 4DTUA 1RT4A 2IOCA 3F73A 3RMCA 4J2DA 1RDAA 2QK9A 3TI0A 4DSIA 3NF9A 3QEXA 4I7FA 3VA0A 4EZ9A 2JLEA 1GOAA 1KVAA 3ZSYA 1IG9A 4RW7A 3QLHA 4CHPA 3ALYA 4M41A 3QNOA 1RT2A 1QE1A 4BE2A 3DLEA 3DOLA 4O44A 4CFBA 1SL2A 2BGGA 4DF4A 3DI6A 3KTQA 3MECA 4FM0A 3SV3A 3LZIA 3K2PA 4OPJA 4CHNA 4OPKA 4C8KA 1J9AA 4DU4A 1C1CA 1CXUA 4CGJA 3SCXA 4E1NA 5SZTA 3PV8A 1BIUA 3L2QA 1RT7A 3AO2A 5J2MA 2B6AA 4NCGA 3DRSA 3TR8A 4B8CA 4CHQA 2XHBA 1NK0A 4B9VA 1VSDA 1RBVA 4O5BA 2R7YA 3NHGA 3PO4A 1L3UA 1SKSA 5J2QA 1NK6A 2G8VA 1JLEA 1RDBA 3HYFA 1S1VA 3ZSWA 3K5NA 4F3OA 2ETJA 5HRNA 4CIGA 4BWMA 4EP5A 4KFBA 4DTSA 1C6VA 4BDPA 4KPYA 3ULDA 4FLVA 4H4MA 4DFKA 4LD0A 4CJPA 4CEAA 3SNNA 4O0IA 2Y1IA 4IG3A 4LSLA 4CHZA 4M3WA 1HNVA 2AJQA 4O0JA 4B9SA 1X9WA 1LWFA 3AVHA 1VSFA 2XRIA 1KLNA 4Q0BA 4BACA 3BGRA 3U3GA 4Z4CA 1XHZA 4FJNA 1WSJA 4CGGA 1Q9YA 4J2BA 4DLGA 4E0DA 5EU7A 2QKBA 1NK7A 1WLJA 3HPGA 4JRQA 3L3UA 3O3GA 4DSKA 4IDKA 2OPRA 3O3FA 3TAQA 2BANA 3V9SA 4KI6A 4AHTA 3HPOA 3MEGA 2BDPA 2Z1GA 4ID1A 2YNHA 3V9UA 1T7PA 4H8KA 3L2VA 3DOKA 3MXJA 1S5JA 1LAWA 4FJKA 1D9DA 2DFEA 2Z1HA 1KVBA 4AHSA 4CEOA 4CGDA 4FJHA 1CZ9A 2P5GA 4ELUA 3IAYA 4HCBA 3ZT1A 1QS4A 3DLKA 4CF1A 3SUNA 4NYFA 1U45A 4L8RB 1FKPA 2F96A 2HHUA 4CIFA 3QEPA 1W0HA 3TABA 5C24A 1MU2A 2YHAA 3QESA 2HHVA 1A5WA 2HHTA 2OYQA 1JLBA 2D0BA 3WNGA 3TAGA 1RDDA 3S3NA 1VRTA 3SUQA 4CJVA 4M3ZA 3KLIA 3OJUA 2VG6A 3V9XA 4F8RA 3QO9A 3AVBA 3ZSOA 4JS4A 4DTMA 2G8FA 1S1XA 1KVCA 1X9MA 2ITGA 3KKRA 4DMNA 1XC9A 1T8EA 5HROA 3AA2A 3VQ9A 4OKKA 1S1UA 2RN2A 1VSLA 3TANA 4I2QA 4HUGA 5D3GA 2YHBA 3C94A 4FM2A 4FZYA 3OYGA 3AV9A 4N41A 4Z4GA 1BL3A 3K5LA 5CY4A 2D5RA 1J54A 1QHTA 1NJWA 2HMIA 4DFPA 3T3FA 1U4BA 3KJVA 1JXBA 3NBPA 2HVIA 4E89A 4YFUA 1WSGA 1U47A 3AVGA 3P1GA 4DTXA 3L2UA 2IDOA 3VQCA 2XY8A 1L3SA 4FLUA 4IFVA 3ZSXA 4I9QA 1REVA 3NGYA 1ZBLA 4KAZA 1JL1A 3JYTA 4DU1A 1TK0A 2JGUA 4H4OA 4CJ4A 2E6MA 2OZSA 4AHVA 4PUOA 4FJ9A 1RTDA 2O4IA 3KK1A 1I39A 3O3HA 1IKVA 3SQ4A 3KD5E 1NOYA 1IH7A 4QAGA 1TKXA 1VSKA 4AHUA 3T1AA 1QTMA 3RRGA 5JS2A 3RR7A 3VQ4A 3HM9A 5J1EA 3JSMA 2P5OA 2Z1JA 3L8BA 2FC0A 1JLCA 4PA1A 4RG8A 3M8PA 5HRSA 4DS4A 2PY5A 1ZBUA 4W5RA 4DF8A 4PQUA 3O4QA 4Z0UA 3IRXA 4FW2A 3HT3A 4OKJA 4CFCA 3AVJA 1DTQA 3K5OA 3HVRA 1SL0A 1WAJA 3LDSA 4FJ5A 4KO0A 3DLHA 4DQSA 4CJFA 3LWMA 3OS0A 4OLBA 4JS5A 4KHNA 1TL3A 4DSFA 4DTJA 2HW3A 3AVNA 2ZQBA 4FJLA 3VQ6A 3OY9A 2VG5A 3KK2A 3LP1A 5E41A 2HVHA 3AVCA 1FXXA 4KTZA 4CHYA 2XO7A 3V4IA 1EX4A 4DSEA 1GOBA 2BE2A 4CJ5A 1UAXA 2VWJA 3CQ8A 1A5VA 1QQCA 1VRUA 5C42A 1RT5A 4CF2A 4AHRA 3KLFA 5HLFA 4B9NA 1RT6A 4NCAA 2XY7A 2HNDA 1HQUA 2QXFA 3QEIA 2KQ2A 3HK2A 2HHWA 4DSLA 3SQ2A 1DLOA 3MXIA 2DTUA 2KTQA 4I2PA 4CK3A 5I3UA 3AVFA 1J53A 4MFBA 3MAQA 3SI6A 4LH4A 1JLGA 3EY1A 3TWHA 1ASWA 1WAFA 1IKXA 3LPTA 1NJYA 3QNNA 3BDPA 1RTIA 1TL1A 4IFYA 4DTRA 3PX6A 4KKOA 3OYEA 4NYNA 3HXMA 1JL2A 3LAKA 2YKNA 5HRPA 3VN5A 2I5JA 3OYIA 1TK8A 1UA1A 1FK9A 2HB5A 3LAMA 1CLQA 1B92A 1FKOA 2YNGA 2OPPA 3ZSVA 4CERA 2EX3A 4Z4FA 3AVIA 4BWJA 1LWEA 4ZTFA 3RTVA 4KHYA 4ICLA 3OYCA 3AA4A 4KHSA 2KW4A 3KLHA 2A1SA 1U48A 4FJGA 3WNHA 4CJKA 3RMBA 1UA0A 3E01A 5C25A 1BQMA 3SV4A 1C1AA 1RT3A 3MEDA 2HNZA 1LAVA 3HPHA 4DFJA 4DWIA 3NF7A 3QIPA 1U04A 1O1WA 2RF2A 4N56A 4B9UA 4KB1A 1BIZA 4FZXC 3CYMA 1RCHA 1IKWA 3TAFA 4C8OA 4C8MA 3WNEA 3V9ZA 3LZJA 4Y1DA 5K14A 3VQDA 4KHQA 3ZCMA 4FLXA 3AA3A 4OJRA 4DQQA 2IS3A 1BGXT 1VSHA 1HYSA 3OYMA 2LSNA 3VA3A 3OYFA 3V6DA 2ATQA 4FW1A 5FRMA 3FFIA 1Z26A 3ZSRA 4Z4EA 4CK2A 2YV0X 4E7KA 1KFSA 1C0MA 4CJRA 3K57A 4DQPA 3CM6A 4FZZA 1KCFA 4CIEA 4BE1A 3QERA 3NF6A 3VQBA 3SQ0A 3HO1A 1VK0A 3S9HA 1ASVA 4B9MA 1EKEA 5HP1A 4KRFA 3VQ8A 1EP4A 1HRHA 1RBSA 4OVLA 4HCCA 2X6SA 2DFHA 4DTOA 1B9DA 2NUBA 1HYZA 1F21A 4CEBA 1RNHA 5T7BA 1RBTA 1HJRA 2P51A 3P5JA 4KREA 3V1RA 3NH1A 1N5YA 4CJUA 5HBMA 4GMJB 4OGCA 4B9TA 1KFDA 4M3UA 4EZ6A 3MEEA 4WE1A 4E7IA 4K8ZA 1HQEA 3CG7A 1XI1A 1N6QA 1YTUA 4I9LA 3VQEA 4KHUA 1YT3A 3SYZA 3U6FA 4M3TA 3P83D 3S3OA 3B6OA 1TGOA 2FBXA 4PWDA 2KZMA 3AA5X 1B9FA 2X6NA 1QSYA 4KB0A 2KFNA 4K8XA 3ZT3A 1JLAA 3D0PA 3ZSZA 2ZD1A 4ID5A 2Y1JA 3SUPA 1L3TA 4KTQA 1GOCA 4FK4A 2EHGA 2YNFA 2XY5A 4CJQA 1L5UA 1TVRA 4CJ3A 3LPUA 2O4GA 4CJSA 1KLMA 3CFRA 4CJWA 1T03A 1NK8A 3DRRA 3M8QA 3L2RA 2X78A 5CZ1A 1JLQA 4M45A 1L3VA 3M8RA 2G8IA 1BQNA 3VQAA 3LWLA 4KHWA 1WNSA 3OS2A 2PYJA 5SWMA 1HNIA 4FK2A 4CESA 3NGIA 5CYMA 5KGXA 2WOMA 4M3RA 1YTAA 4UQGA 1JLFA 4DFMA 4HTUA 3K5MA 4BDYA 4DQIA 4HHTA 1RTHA 4E7JA 1TAUA 4IG0A 4QCLA 1WSIA 1RBRA 3PO5A 1LW0A 4FLYA 4E7LA 3CFOA 3MXMA 2OPQA 3V1QA 3WNFA 4B08A 4CHOA 3SJJA 1S6PA 3C95A 4DG1A 1CZBA 1BI4A 2A1RA 1U49A 3HVTA 1RTJA 3C6TA 3KK3A 2G8HA 4YNQA 3QETA 3I8DA 3M8SA 1TK5A 1G15A 3H08A 4N47A 3KLGA 4OKEA 4EP4A 1NKBA 4HUFA 4FLTA 5KTQA 4FLZA 3PX4A 2VWKA 4CGIA 2VG7A 4BDZA 2G8WA 3RWUA 4FYDA 2KZZA 3UIQA 4OLAA 4Y1CA 3OYBA 4CJTA 4CK1A 3RMAA 1J5OA 2PYLA 1RBUA 3DYAA 4DLEA 1NOZA 4B3OA 4O55A 2OPSA 1Q9XA 1QSLA 4FJXA 1A5XA 3AO3A 4MQ3A 4Z4HA 1TKDA 1KSPA 4E7HA 2E4LA 2GBZA 2RPIA 3C6UA 4CCHA 2KFZA 4RW6A 1Q8IA 1D8YA 1UOCA 3TARA 1BCMA 3LANA 4R5PA 1S9EA 1Z25A 3QEWA 4O4GA 4W5OA 1QSSA 4C8LA 2F8SA 1C0TA 4M3XA 1S1TA 3SPZA 1NK4A 1IO2A 3I0SA 2DY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THVA 2AP1A 4YOTA 2Q3SA 4YOYA 3D2FA 2NNWA 4AH9A 3ASMA 4PY5A 3F9KA 4LH5A 3ZEUB 2GUIA 1D5AA 3P31A 3AVLA 3ITHA 4M63C 4ZTJA 4DHYA 4LF4K 3O8MA 4GNIA 2FSKA 3AVAA 3SMSA 4LY7A 1VSEA 1U2VB 3NGZA 3CQXA 1N34K 4B9QA 2D0AA 4DQRA 2YJEA 2E6LA 4IO8A 1W9HA 3NFAA 1JKHA 1LOTB 2P9KB 5LJVA 4DV7K 1WSEA 3QINA 1E3MA 3EYZA 3DLGA 4BGAA 2F7TA 2I7PA 3H1VX 1WSHA 1SAZA 3P39A 4CF8A 2VQEK 5EXWA 4FJJA 5AQJA 1TAQA 5AJ3K 3QEVA 3RMDA 1M1KO 5GIOA 4J2EA 3VQ5A 1YJ9N 4DS5A 4JRPA 4CECA 1XNRK 1YUWA 3B6PA 3O80A 3CJCA 3WXIA 2P9NA 1N8RO 1FJGK 2OANA 4JLHA 3WEEB 2DFFA 4CF0A 4DTPA 2O8DB 1HX1A 4Q5VA 2CH6A 3THWA 3O4WA 1SKWA 1X9SA 1CXQA 4KV8A 3OTOK 1WSFA 3ZETB 5AFUH 3SMPA 1I3AA 3UB5A 5CHIA 4FK0A 2KHOA 4B3MK 3W0LA 3VQPA 1HNWK 4DKWA 1NK9A 4CGHA 5KRSA 2ZM6K 3L2WA 1IKYA 1EXQA 4FL9A 1SL1A 3KIOA 3TTFA 2QM1A 2Z1IA 2NRWA 1LV5A 4IBNA 1BI4B 1SUQA 4R79A 3HL8A 4FSVA 4H5TA 2IC3A 3WQUA 4PL8A 4Y0WA 1VQ5N 5BR9A 3OYDA 4GVMA 1VAZA 2JWLA 3AO5A 1VSJA 4DTUA 3RMCA 4J2DA 3QB0A 2FXUA 2QK9A 3NF9A 2JLEA 1GOAA 4RW7A 4M41A 2DY4A 4BE2A 3DOLA 5AQQA 5LJWA 3KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3THV A;  2AP1 A;  4YOT A;  2Q3S A;  4YOY A;  3D2F A;  2NNW A;  4AH9 A;  3ASM A;  4PY5 A;  3F9K A;  4LH5 A;  3ZEU B;  2GUI A;  1D5A A;  3P31 A;  3AVL A;  3ITH A;  4M63 C;  4ZTJ A;  4DHY A;  4LF4 K;  3O8M A;  4GNI A;  2FSK A;  3AVA A;  3SMS A;  4LY7 A;  1VSE A;  1U2V B;  3NGZ A;  3CQX A;  1N34 K;  4B9Q A;  2D0A A;  4DQR A;  2YJE A;  2E6L A;  4IO8 A;  1W9H A;  3NFA A;  1JKH A;  1LOT B;  2P9K B;  5LJV A;  4DV7 K;  1WSE A;  3QIN A;  1E3M A;  3EYZ A;  3DLG A;  4BGA A;  2F7T A;  2I7P A;  3H1V X;  1WSH A;  1SAZ A;  3P39 A;  4CF8 A;  2VQE K;  5EXW A;  4FJJ A;  5AQJ A;  1TAQ A;  5AJ3 K;  3QEV A;  3RMD A;  1M1K O;  5GIO A;  4J2E A;  3VQ5 A;  1YJ9 N;  4DS5 A;  4JRP A;  4CEC A;  1XNR K;  1YUW A;  3B6P A;  3O80 A;  3CJC A;  3WXI A;  2P9N A;  1N8R O;  1FJG K;  2OAN A;  4JLH A;  3WEE B;  2DFF A;  4CF0 A;  4DTP A;  2O8D B;  1HX1 A;  4Q5V A;  2CH6 A;  3THW A;  3O4W A;  1SKW A;  1X9S A;  1CXQ A;  4KV8 A;  3OTO K;  1WSF A;  3ZET B;  5AFU H;  3SMP A;  1I3A A;  3UB5 A;  5CHI A;  4FK0 A;  2KHO A;  4B3M K;  3W0L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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