4CFCA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfcA00
3IG1A 4M3RA 4IDKA 1BI4A 3QNNA 1HRHA 1S9EA 3HSTB 3L3VA 3SQ2A 1JLGA 1KVCA 4DFKA 2HB5A 1WSFA 3THVA 4W5OA 4FJMA 3PY8A 3OYJA 3QNOA 5KTQA 2JLEA 4DMNA 3EY1A 4HCBA 4QOZB 1BGXT 1WLJA 2E4LA 4CIFA 3AV9A 4FCYA 2QKKA 3LALA 1KFSA 1RT7A 3O3GA 3BGRA 4FK2A 2OYQA 3MXMA 1JLAA 4FM0A 4I9LA 4HUEA 1XI1A 1HYSA 4DTJA 3I0RA 4G1QA 3SUNA 2E6LA 2OA8A 4ID1A 2IAJA 4CHQA 3K58A 5HLFA 5SZTA 1JL2A 1D5AA 3MEDA 4DSEA 4EP4A 1A5VA 3CM6A 4KHYA 1J54A 1C0MA 3S3MA 4N76A 4ICLA 4C8NA 3NH1A 1ZBIA 3K5MA 4B08A 4M3XA 1UOCA 4CEFA 1C1AA 3CG7A 2HHXA 2JGUA 3KTQA 3ISNC 2BE2A 4JS5A 4AHTA 1RT1A 1WSIA 1VSIA 3LDSA 4OPJA 3FFIA 3OS0A 5KGXA 4DSFA 4DF4A 1NJXA 3TWHA 4KHSA 2HHUA 4W5QA 1EP4A 1GOAA 2KQ2A 3CYMA 4CF2A 3RWUA 5EU7A 3AVCA 2BGGA 4CIGA 1D8YA 4ELUA 3AVLA 4CEOA 1QHTA 2RF2A 3LANA 3K59A 1B92A 2KFNA 3TAPA 1NK4A 4RG8A 5DMRA 3V81A 4NCBA 4CHZA 2KFZA 4E7JA 1JLEA 2KZZA 3NGIA 4BDZA 3SYZA 4NYFA 1HPZA 5JS1A 4IKFA 5CY4A 4J2EA 1RCHA 4DQQA 4IFYA 4KFBA 1RDCA 4NYNA 3NDKA 3TI0A 4ZTFA 5CZ2A 2YKNA 2ZD1A 1RTIA 3ZT0A 3V9WA 5HP1A 4O5BA 3WNGA 4ELVA 3DRSA 1GOBA 1NKCA 4FK4A 3HL8A 3AVJA 3SI6A 1WSGA 1CZBA 3RMBA 1D9DA 1JXEA 1S9GA 1IH7A 3TAEA 1JL1A 3SJJA 2G8WA 3OYBA 3P83D 1T7PA 4KREA 3CFOA 4CFBA 3HJFA 4W5NA 4NCGA 4M41A 4CEBA 1X1PA 3ZSQA 3ZSVA 4CJEA 3I8DA 1IKWA 3V9UA 2WOMA 4FJNA 1KRPA 3ZT1A 1BI4B 1RILA 1VSDA 4W5RA 3OYEA 1U45A 2EX3A 4HHTA 3TAFA 4GMJB 1KTQA 4AHVA 1SL0A 4M3TA 4FJ8A 1TK0A 2HVHA 3CQ8A 4DTMA 5HBMA 3RMCA 3D45A 4QCLA 4KTZA 4Z4EA 2HHWA 1BCOA 3PX0A 3VQ9A 1DLOA 3AVNA 4IG3A 3KD1E 1QSYA 4CFDA 3RR7A 2F96A 3DLRA 4FJ5A 1GOCA 1WN7A 3QIOA 4CE9A 3SQ1A 1Q9XA 3QO9A 1UA1A 4KB1A 1TL1A 4FJ7A 3DLEA 2B4JA 1LWCA 1XHXA 3LPUA 4HTUA 2D0BA 2HNZA 2OPRA 1HNVA 2Y1JA 3SPZA 1NOYA 3KIOA 4C8OA 1TL3A 2DY4A 4DTUA 4FZXC 4J2AA 1ZBUA 3RMAA 3NF6A 4O0JA 3SQ4A 2HHVA 2HW3A 3ZSXA 1Z25A 1L3VA 2HNYA 3VQCA 4YNQA 4HUFA 4FLUA 1U48A 4DSKA 3QETA 5J2NA 4NCAA 3U3YA 5HRPA 2KW4A 2YV0X 2IGIA 2FC0A 3G10A 5J2PA 2KZMA 1JXBA 1RBTA 1LV5A 1RTJA 4B9MA 3V9ZA 3L2VA 2VG7A 3OYAA 3O4QA 4CJTA 4E0DA 4FK0A 3DOKA 1NK7A 4M3YA 4B8CA 4DU1A 1BQMA 4DQSA 4BE0A 4CJFA 4J2DA 4M3ZA 3VQQA 4N47A 4DS4A 4M3WA 4FVMA 3SZ2A 2EHGA 4FJ9A 1S6PA 3PV8A 2FBTA 1DTQA 3M8QA 4Z4CA 4FJJA 1HMVA 5E41A 4RW8A 4BE2A 4OLBA 1RDAA 3MAQA 3V6DA 3SUOA 1SKWA 2FBXA 3SQ0A 1TKDA 4I7FA 4DSLA 4DS5A 1VSMA 1CLQA 2X6SA 1TKZA 3AVFA 1WAJA 2Z1IA 1TKTA 2NUBA 2VG5A 4CGDA 2YHBA 1VSJA 2R7YA 2XY6A 4CGFA 1RT6A 3NAEA 1Y97A 1TV6A 2X78A 1KVBA 3DYAA 3HPGA 4O55A 1L3UA 4JLHA 4CGJA 1U4BA 2VWKA 4H4OA 3IAYA 1C0TA 1HQUA 3AVAA 3PUFA 4OGEA 4QAGA 2Q3SA 5C42A 4EZ6A 2KTQA 1RBSA 1ZBFA 4XIUA 1NK6A 3AVGA 5DK5A 1L5UA 3VA0A 1LAWA 1J9AA 4RW4A 3ZCMA 3SV4A 1A5WA 1BCMA 4Y1CA 3KJVA 3NE6A 4DWIA 4CF0A 1S1TA 1X9MA 2G8HA 1RBRA 4FJKA 4KKOA 1RDDA 4FLWA 4IG0A 1I39A 4B9NA 5SWMA 4CJUA 2P1JA 1TAQA 2D0AA 2XRIA 3V9XA 5KGWA 4DQPA 3DRRA 1WSHA 3OJSA 4CGGA 3HP6A 3OYDA 3ITHA 4EP5A 4ZTJA 1T8EA 4L8RB 4PWDA 4RW9A 1QE1A 1SL1A 4Z4IA 1TKXA 3M8RA 3VN5A 1ITGA 4CK2A 3NH0A 2BANA 1HQEA 1WSEA 3NBPA 5KRTA 3SUPA 1B9FA 1HYVA 3TAMA 1VSLA 5J2MA 3O3HA 1K6YA 4W5TA 3KLEA 4FJGA 1ZBHA 1WNSA 1FK9A 1G15A 3VQ8A 3ZT2A 3HT3A 3KK2A 3ASMA 3K5LA 3S3NA 1XHZA 1U49A 3ZT4A 1Q9YA 1KFDA 2XY8A 3D0PA 2O4IA 4F2SA 4CEZA 4H4MA 2OPQA 3K2PA 1YTUA 3JYTA 3ZSZA 3AO2A 4ZHRA 4KTQA 3AO3A 5T7BA 5JS2A 4DTOA 3ZSOA 4CHYA 4FW2A 2YHAA 3AVIA 4LD0A 5K14A 3NCIA 4F2RA 1RTHA 1KLNA 1W0HA 3LWMA 1MU2A 3CM5A 4BDPA 2B6AA 3HPHA 3VQDA 3V1QA 4CEQA 1XWLA 3LAKA 2XY7A 1HNIA 1VRTA 4FLXA 4LSNA 3BDPA 5J2QA 4CF9A 2O4GA 5CZ1A 4BDYA 2FBYA 1ASWA 5KI6A 1TK8A 2G8UA 4CJVA 1S1VA 3AO5A 4GVMA 5HRRA 2G8VA 4CF8A 1QQCA 3AVHA 4N41A 3VQ4A 4BACA 4DQIA 4CHPA 3NGZA 1UWBA 5D3GA 3LP1A 3JSMA 4CECA 1LWFA 3K57A 5FRMA 4HCCA 1TK5A 4I2PA 4KI4A 4CJ5A 3EYZA 3DLKA 4AH9A 3HXMA 3SPYA 4PA1A 4Y1DA 3WNEA 1ZYQA 3TANA 4M45A 4DSJA 4CERA 1FKPA 1UAXA 4OJRA 2XY5A 4FLTA 3KLFA 1C1BA 1RT5A 4FJHA 5FRNA 3OYLA 2Z1JA 1L3TA 2YNGA 4JRPA 5KRSA 1SKRA 1D9FA 4R5PA 3VA3A 3VQAA 1SUQA 3P1GA 4DQRA 4OKJA 3QINA 4E1MA 3VQBA 2GUIA 3H08A 1RBVA 4KV8A 2OPSA 4IBNA 4KTWA 1KVAA 3KKRA 3C95A 4FM1A 2X74A 3NHGA 3C6UA 4B8AB 1JKHA 5HRNA 3QEIA 4CIEA 4E7LA 1FXXA 3OYMA 1S6QA 3VQEA 3HVRA 4E3SA 2P5GA 3B6PA 3RTVA 3ZSYA 4Q5VA 3KK3A 5I3UA 4KAZA 1J5OA 4OGCA 2P5OA 3K5NA 2HMIA 4M3UA 4E7IA 3S9HA 1DTTA 4Z0UA 1QSLA 3LP0A 1VRUA 4FJXA 3HM9A 1UA0A 1BISA 1RBUA 1RDBA 4KI6A 1IKVA 5FROA 3V1OA 3QEPA 3VQ6A 4KHWA 3MEEA 4CFCA 2X6NA 2DTUA 3LZIA 4PY5A 1U47A 2G8KA 5C24A 4FYDA 4CHOA 2HHQA 3CFRA 2G8IA 3O4NA 1NK0A 3PX6A 3T1AA 3TARA 3OY9A 4J2BA 1VSEA 4O44A 4CEDA 3P5JA 4B9UA 3NF8A 2XHBA 3OYHA 5CYQA 4FLZA 3L2QA 4CCHA 4F4KA 4O4GA 3NFAA 4FZYA 3M8SA 1EXQA 2HHTA 4K8ZA 4C8KA 3HK2A 3IS9A 4CK1A 3NH2A 1KCFA 2AJQA 1SKSA 1REVA 4O0IA 3LWLA 4B9LA 4KO0A 3C94A 3MXIA 2P51A 1CZ9A 3RMDA 4BWMA 3NF7A 4JS4A 4KHUA 1CXUA 4WE1A 5C25A 4HVJA 3SV3A 4DTSA 1HYZA 1T03A 2HHSA 4Z4FA 1KLMA 1S1XA 3OJUA 4DLEA 4CJKA 3C6TA 4FZZA 1ASVA 4DF8A 1BIZA 3U6FA 4FJIA 1JLCA 2Z1GA 1RT4A 3MEGA 4E7KA 4OVLA 3S3OA 2QK9A 1YT3A 3DMJA 2ATQA 2GV9A 4I2QA 4MQ3A 3KLGA 3F73A 4DTXA 2RKIA 1EKEA 4DG1A 2W42A 4CHNA 1X9SA 3ZSWA 3EZ5A 1W9HA 4Q0BA 1F21A 2ETJA 2OZMA 4OKKA 4CJRA 3LZJA 4CJWA 3V9SA 3AA2A 3DM2A 1NJWA 2G8FA 3SUQA 3G0ZA 4OLAA 1EETA 1NOZA 3RRHA 1RT3A 3TABA 4KPYA 2RPIA 2HNDA 4LH4A 3AVKA 4KHQA 4DFJA 2IDOA 4ID5A 1Q8IA 3HPOA 3NGYA 4I9QA 4FJLA 3MXJA 3UIQA 4CJPA 1C6VA 3NF9A 3ULDA 3AO1A 3IRXA 3ALYA 2ITGA 3DLBA 1XC9A 1VSKA 3AA3A 4DFPA 1VK0A 4B9VA 3OYIA 3PX4A 2HVIA 4F8RA 3OYGA 4EZ9A 1T05A 3RRGA 4CFAA 3QIPA 1IKXA 5FDLA 3HP9A 3L2WA 4CJQA 3V1RA 3PO5A 4CEAA 1B9DA 2ZE2A 4LY7A 4DTPA 3OYNA 1NJYA 3L3UA 4PQUA 4N5SA 2FBVA 4FW1A 3M8PA 5J1EA 1NKEA 3L2UA 4N56A 3L2RA 4HUGA 4OPKA 1BIUA 4MFBA 2D5RA 3OYCA 2F8TA 3AO4A 2I5JA 3HVTA 5CYMA 3QEVA 3KLIA 3QESA 3HYFA 3T3FA 1TVRA 1YTAA 1BQNA 4BE1A 2PYLA 1BL3A 1QTMA 3RR8A 4F3TA 2DFEA 1IO2A 3AVBA 1RTDA 3QERA 3ZSRA 2ZQBA 3DLGA 2GBZA 2Y1IA 2PZSA 4E1NA 1JLBA 3KLHA 2A1SA 4CGIA 3KD5E 4AHRA 2YNHA 1NK5A 4OKEA 3WNHA 4ELTA 2E6MA 3DLHA 3E01A 1ZBLA 4GW6A 4Z4HA 2YNFA 1X9WA 2QXFA 4LH5A 1ASUA 4C8MA 2VWJA 1S5JA 3T19A 1NK8A 2F8SA 2IOCA 4FLVA 1KSPA 1U04A 4CK3A 3MECA 1NK9A 1QSSA 3HO1A 2YKMA 3QEWA 2Z1HA 4KRFA 3KKSA 4CJLA 2DFFA 3OS1A 1RT2A 4LSLA 4FM2A 4DFMA 3VQ5A 4B3OA 2OPPA 3DOLA 3SCXA 1VSHA 4E7HA 3OYFA 3DI6A 4E89A 4RW6A 5I42A 2OZSA 1VSFA 1YVUA 4F3OA 2B5JA 3CFPA 1EX4A 1FKOA 3B6OA 4AHUA 4DTRA 2IS3A 1NKBA 4B9SA 1N6QA 3WNFA 4CF1A 4KHNA 3LAMA 4BWJA 4DU3A 4E19A 1TGOA 4DTNA 3TAQA 3QEXA 3I0SA 3LPTA 3A2FA 4AILC 4FXDA 4CJ4A 1IG9A 1LWEA 1SV5A 4UQGA 1I3AA 4CJSA 2XO7A 4K8XA 1JLFA 2DFHA 2WONA 4RW7A 3TR8A 2PY5A 3PO4A 1JLQA 1WAFA 2RN2A 3F9KA 2BDPA 3AA5X 3VQPA 4DLGA 4IFVA 3VQ7A 1SL2A 1TAUA 1LW2A 2VG6A 3LP2A 1C0UA 1WSJA 3AA4A 1RNHA 3TAGA 1C1CA 4C8LA 1S1WA 4CESA 3KK1A 3SNNA 4B9TA 4H8KA 1A5XA 1IKYA 2IC3A 4CEEA 5HRSA 4DSIA 4PUOA 1NJZA 1L3SA 3LP3A 4KB0A 1J53A 2D0CA 1QS4A 1BHLA 4JRQA 1O1WA 1LAVA 4AHSA 2PYJA 1Z26A 3OYKA 2YNIA 1LW0A 4Z4GA 2A1RA 1N5YA 3QLHA 4TSXA 3AVMA 3O3FA 2LSNA 1S1UA 3L8BA 3OS2A 3U3GA 3DRPA 5HROA 3ZT3A 4CGHA 3OVNA 4YFUA 1HJRA 2QKBA 3K5OA 4AHCA 4M42A 1CXQA 4FLYA 4CJ3A 3V4IA 4DU4A 1R0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN5A 4M3RA 4IDKA 1JCEA 4FK4A 1HRHA 1S9EA 2ASMA 5EX5A 3SQ2A 4DCHA 4FO0A 2BUPA 4M63C 5KTQA 2JLEA 3KHYA 3J7YP 3DWLA 1BGXT 2E4LA 4FCYA 4CIFA 3LALA 3VF2A 3CJ7A 4FM0A 4IEIA 2F4VK 4DTJA 1HYSA 3I0RA 5LJVA 4H5TA 3SUNA 4B1WB 1K9MO 3K58A 4EP4A 1A5VA 1C0MA 3ZLJA 3VEZA 4C8NA 3ZX3A 1ZBIA 2O8EB 5F2RA 1VQ6N 4B08A 3CMAN 1VQKN 2HHXA 1BA1A 1YF5L 1XMQK 4DF4A 4GVEA 2HHUA 5KPTA 1EP4A 1GOAA 3CYMA 3THYB 3Q7BA 2BGGA 4CIGA 2QEXN 3AVLA 2O8BA 2P9NB 1B92A 1IV0A 3PSIA 5DMRA 3V81A 4NCBA 2UUBK 4CHZA 4E7JA 3S41A 3SYZA 4IKFA 5CY4A 5JVHL 4IFYA 4ZTFA 3O8MA 3CJ1A 4CJ7A 1K8KB 3OHRA 5BRFA 3OBWA 1Q81O 3SJJA 1IH7A 3CPEA 4KREA 3CHWA 4CFBA 4NCGA 4CJEA 1IKWA 3LDQA 3V9UA 3CCEN 4IDHA 2UU9K 1HUXA 5GAGP 4W5RA 1KTQA 4NLBA 1SL0A 1GLDG 2HVHA 4BRPA 4DTMA 4QCLA 3FZFA 3O9QA 3G6EN 5BPLA 4V19S 4FJ5A 4BG8A 4JKCA 5BRHA 1TL1A 1LWCA 1XHXA 3I55N 2D0BA 2Y1JA 2D0OA 2OPRA 1NOYA 3KIOA 4FZXC 4J2AA 3CCLN 3RMAA 2HW3A 4BRGA 1L3VA 2HNYA 4HUFA 4JKDA 3U3YA 2YV0X 3IKMA 3FZLA 3L0QA 4JK9A 3L2VA 2FF6A 4CZIA 4CJFA 1RDUA 4K43A 4B1ZA 4DS4A 4CBUA 3VEWA 3SZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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