4CGDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgdA00
2HB5A 4KHYA 3OYHA 3K2PA 4TSXA 4AHUA 2RPIA 3SPYA 1XC9A 3TAPA 4C8OA 4CF2A 2DFHA 3DLGA 4ZHRA 2R7YA 2XY6A 3DM2A 3O3GA 4LH4A 4IFVA 4CJWA 2YKMA 3VQ8A 1C1BA 2RKIA 5DK5A 2FBYA 3AA5X 3HVTA 4O0IA 3PO5A 1LWFA 1J9AA 4CJEA 3CYMA 4JLHA 4JRQA 1BQNA 1QTMA 1YTUA 3NDKA 3ISNC 1W9HA 3OYIA 1BHLA 4F2RA 4QAGA 4BWMA 5KGWA 1VSIA 1K6YA 4DTRA 4B9NA 2XRIA 4IFYA 4DQRA 1NOZA 2QXFA 3QNOA 1TVRA 1S1UA 2E6LA 4CECA 2D0BA 5C42A 3SYZA 3V9XA 4JS5A 4RW4A 1RT4A 1NJYA 1UA1A 1NJXA 4BWJA 4CF9A 3CQ8A 5HRRA 1SV5A 2GUIA 1NK0A 3LAKA 4G1QA 4DFPA 4PA1A 1DTQA 2KZMA 2AJQA 1ZYQA 3P1GA 3QEVA 1N6QA 3E01A 2HVIA 1YTAA 1RTJA 3MEGA 5C24A 2KFZA 1J5OA 4DU1A 3OYMA 3EYZA 4FJLA 3LPTA 2X74A 2OPRA 2IAJA 4M42A 4DSLA 4CEZA 1VSEA 2HHXA 4FLVA 4FLUA 1C0TA 1RBRA 3ZSQA 1SL2A 3PY8A 1VRTA 4FCYA 4FM2A 5JS1A 2HNDA 4OGCA 4C8KA 3KJVA 1L3SA 1VSKA 4WE1A 5E41A 3O4QA 1NK5A 2G8IA 1ASVA 3AO4A 3RMCA 4H4MA 4LSLA 4DFJA 1KSPA 3NE6A 1X1PA 1REVA 2HHQA 4FM1A 4CJKA 5J2PA 1RBUA 1TV6A 5J2QA 1X9SA 1U48A 3WNGA 4Q0BA 3VQPA 2XY7A 4KI6A 1TL3A 4FW1A 1UWBA 1NK9A 3NF8A 1DTTA 4YFUA 1VSDA 2WONA 2IOCA 4CE9A 4CCHA 4BE1A 1ZBUA 3KK3A 1WNSA 4FJ9A 1KFDA 3S3MA 1EKEA 4ZTJA 3PUFA 4IG0A 1B9DA 4PWDA 4CJRA 5K14A 3D45A 4E7KA 2YNIA 1LAWA 2EHGA 4I7FA 4CF8A 4BDZA 1BIZA 4CFDA 4M3TA 4M41A 4C8MA 2Z1GA 4KFBA 4FLZA 3RMBA 2ITGA 4CEQA 3I0SA 4CJUA 4Q5VA 4CHPA 4KPYA 3DLEA 4LY7A 1S1WA 3AVJA 1FKPA 4FLYA 1Q9XA 2YHBA 3SUNA 4ZTFA 3MAQA 3C94A 4B3OA 3KK1A 1RT3A 1C0MA 2P51A 3NH2A 3P5JA 2YHAA 2Y1IA 1B9FA 4CESA 4B9TA 3RTVA 1LW2A 1TK8A 3IAYA 3BGRA 4AHRA 1JXEA 4CJ5A 3QO9A 4CHNA 3SQ4A 3U3YA 2XO7A 3AVGA 3OY9A 4CJTA 3K57A 2F8SA 3CG7A 2JLEA 4IG3A 4OKJA 3OJUA 3KK2A 4DLGA 4HUEA 3QIOA 2QKKA 3NH0A 2WOMA 3AA4A 3M8PA 1NK6A 4E0DA 2ATQA 3AVMA 1A5XA 3AA3A 5SWMA 3KLFA 2Z1IA 1U47A 4FXDA 4N76A 3M8RA 1HYSA 4CGHA 1LWEA 4OLAA 2KFNA 1RBVA 3L3VA 4GVMA 3TAMA 1JLAA 4CEAA 3QEIA 3SUOA 3K5MA 1VRUA 1ITGA 5FRMA 1JXBA 3ZSRA 3LAMA 5KTQA 1L3UA 4H4OA 4QCLA 2RF2A 4XIUA 4CHOA 4ELVA 5T7BA 3BDPA 1CXUA 1BCMA 1WN7A 3HP9A 3M8SA 4M3WA 1HQUA 1F21A 2KW4A 4N41A 3ZT2A 2HNZA 3JYTA 4F2SA 4DQQA 1GOBA 1IKYA 4LD0A 4AHCA 3ULDA 3LZIA 3QESA 4FK4A 3RRGA 3AO1A 3VA0A 1KLMA 4OPJA 3RR7A 4O44A 2HHVA 3CM6A 1CZ9A 4CEEA 1TK0A 3VQ4A 3QLHA 1WSEA 1BQMA 1J53A 4DSJA 4FJNA 2HHSA 1UA0A 3V81A 3HYFA 1S6QA 1JLBA 1JLQA 3SI6A 3O4NA 3KKRA 4RW9A 2A1SA 5FDLA 4NCGA 1S1TA 3VQ5A 5J2MA 4CK3A 1FXXA 1UOCA 2BANA 3AO5A 4FJJA 4B9MA 4FJKA 3L2WA 3MEDA 1RNHA 2FBXA 1LWCA 3AVLA 4RW7A 4BDYA 5J2NA 4DF4A 3MXIA 5JS2A 4OGEA 2YNGA 2JGUA 4B08A 4CFBA 3LZJA 3B6OA 1S9EA 4CFCA 1IKVA 3SV3A 4J2DA 2Y1JA 2HMIA 4M3XA 3AVFA 3QETA 1L3VA 3DRPA 2DFEA 4GW6A 3VQDA 4DQSA 4B9VA 1WAJA 4NCBA 3LWLA 4M3YA 4DTOA 4DTSA 4W5TA 1X9MA 3VQCA 2PYLA 1QE1A 3KD1E 4CGJA 3NGZA 1RILA 1C0UA 1FKOA 1WSFA 4CFAA 3RMDA 3TARA 4KB1A 2KZZA 1RDAA 4HUFA 3TAQA 1SKRA 2HW3A 3JSMA 4Z4CA 4OPKA 4EP5A 3M8QA 4DLEA 4CJQA 2B6AA 1U45A 1T8EA 1BIUA 4N47A 3OYNA 3ZT4A 4DF8A 4FK2A 4DTNA 4KO0A 1NOYA 3C6TA 3KLHA 3OYBA 4W5NA 1D5AA 4CGFA 3I8DA 4BDPA 2OPPA 2X6SA 3L2RA 4CF1A 4KHSA 4KHWA 2G8UA 3V9WA 4CGIA 4FJ5A 1KTQA 3LANA 4CHZA 1NK8A 4NYNA 3LP2A 1NKBA 4B9UA 4FJGA 4CK2A 4HCBA 3H08A 3VQAA 4EZ6A 3MXJA 2P5OA 1YVUA 1S9GA 3LPUA 4CJSA 2OZMA 1HYVA 4DG1A 3U6FA 1XI1A 3ZSVA 1NK4A 1ZBIA 1RT5A 2NUBA 1EXQA 1RTDA 4JRPA 2DTUA 1X9WA 4W5RA 4OKEA 4CHQA 3OYFA 4CJVA 4KTQA 2PZSA 1U04A 1SL0A 4AHVA 4O55A 3DLHA 3G10A 1A5WA 1BI4A 5CYQA 3ZCMA 3EY1A 1KLNA 2G8HA 2IDOA 5CZ2A 4E1MA 1NJZA 2OZSA 4NYFA 4DMNA 3L2QA 3D0PA 3DRSA 4DFMA 3PO4A 3ZSXA 3T19A 1Q9YA 4M45A 3LDSA 2PY5A 2KTQA 1ASUA 4KV8A 1QSLA 2DY4A 1JLCA 4ICLA 3WNHA 4DU3A 3DLBA 4NCAA 2B4JA 4Y1DA 3EZ5A 4DQPA 1C1CA 5CYMA 3TR8A 3OYJA 3TAGA 4I2PA 3QEWA 4J2BA 4CEFA 3QIPA 5HRNA 3AO2A 2ZE2A 1TKXA 3HSTB 1HRHA 4CIEA 1N5YA 4RW8A 2F96A 5HRSA 2G8KA 3NF6A 1HNVA 4F8RA 1QQCA 4FZXC 4HCCA 1GOCA 1LW0A 4W5OA 3V9SA 3K5OA 3NF7A 2B5JA 5FRNA 2VWKA 1JL2A 3VQ9A 3RR8A 4R5PA 3OYGA 3QERA 4AILC 1RDCA 3VA3A 1RBSA 1NK7A 3B6PA 1VK0A 1TK5A 5CY4A 5C25A 1HQEA 3CFPA 5CZ1A 4B8AB 1T03A 4DSKA 1FK9A 1VSHA 4CF0A 1VSJA 3SQ0A 2GBZA 4DTJA 4FJXA 3IS9A 3SCXA 3LP3A 4KHQA 3AA2A 1QSSA 3F73A 3SNNA 1WAFA 3I0RA 4JS4A 4CEDA 1WSJA 3VQBA 4HUGA 2X78A 5SZTA 3C95A 4FM0A 4FJHA 2OA8A 1BL3A 1Q8IA 1CLQA 2BE2A 2VG5A 3AO3A 3V4IA 4FYDA 3AVHA 2O4IA 1S6PA 5D3GA 3FFIA 2OPQA 1XHXA 1VSMA 3HK2A 3OS1A 2VWJA 1KRPA 1EP4A 4ELTA 4KHNA 3UIQA 1BI4B 3T3FA 2G8WA 1TGOA 1YT3A 3T1AA 4FZYA 4I9LA 1WSIA 4CJPA 1RT7A 4FW2A 4E1NA 3ZSZA 1VSLA 3ASMA 4MFBA 2ZD1A 3DI6A 3SV4A 1HPZA 4E3SA 2E6MA 1IH7A 3K58A 1A5VA 3AVAA 2G8VA 4DSEA 3CM5A 4AH9A 1WLJA 4L8RB 4M3UA 3IRXA 4KRFA 3OVNA 1CXQA 1SL1A 5EU7A 4DSIA 3THVA 4FZZA 1TAQA 1HNIA 2KQ2A 4DWIA 3V1OA 4N5SA 4C8LA 4CGDA 1ASWA 2D5RA 2XY8A 4O5BA 4KB0A 3SZ2A 2IS3A 1O1WA 4KTWA 1WSHA 3ZT3A 4KTZA 4MQ3A 1NKCA 2BDPA 4I9QA 2BGGA 4Y1CA 3HO1A 1IKXA 2GV9A 4BE2A 3S3OA 1IO2A 1HMVA 4DTPA 2VG7A 1TAUA 2FBVA 4IKFA 3QEXA 4EP4A 1CZBA 3HM9A 3MXMA 3KTQA 4FVMA 3WNFA 1ZBFA 3SPZA 3OYLA 4DFKA 4DQIA 5J1EA 3S3NA 1RTHA 1SKSA 1KFSA 1KVBA 2Z1HA 3SUQA 3NBPA 1RCHA 3NHGA 4CIGA 1W0HA 4IBNA 1KVCA 4H8KA 1HYZA 1JKHA 4BE0A 3KLGA 1U4BA 2HHTA 1RDDA 3K5LA 4E7IA 3HL8A 1JLEA 4CIFA 2YNHA 4DTMA 4E89A 3VQ7A 1S1VA 2D0CA 1D9DA 4FJIA 3PX4A 4RG8A 5KRTA 1QS4A 2F8TA 3SQ2A 1GOAA 5KGXA 4UQGA 1Y97A 1RDBA 4PQUA 5HLFA 3LWMA 1L3TA 4DS4A 1ZBHA 3NFAA 4HHTA 1JLFA 3P83D 3L8BA 2W42A 4FLXA 3PX6A 5DMRA 2HNYA 4OLBA 4RW6A 2QK9A 3AVCA 3G0ZA 5HRPA 2HHUA 4Z0UA 4CGGA 2X6NA 3AV9A 2VG6A 2XY5A 5I3UA 1BGXT 3OJSA 1SUQA 1KCFA 5FROA 1KVAA 4KAZA 2DFFA 1U49A 3SUPA 5KI6A 1TKZA 3F9KA 2PYJA 1UAXA 4I2QA 3KIOA 4ID1A 1I3AA 1NJWA 4Z4FA 1S1XA 3VN5A 4LSNA 4GMJB 3K59A 4KREA 1EETA 5I42A 4AHTA 4K8XA 2FBTA 1XHZA 4W5QA 3DRRA 4Z4HA 4FJ8A 3U3GA 4J2AA 3NH1A 1BISA 3CFRA 2HVHA 1J54A 1Z26A 3ZSWA 1RT2A 1C6VA 1NKEA 3PX0A 4CEBA 4PUOA 4O4GA 1BCOA 4CJ4A 5HP1A 4DS5A 1C1AA 2FC0A 2D0AA 4PY5A 4Z4EA 3KLEA 3ALYA 3HP6A 4FK0A 3C6UA 3NGYA 3L2UA 4DSFA 1EX4A 4OVLA 1DLOA 2P5GA 4C8NA 3TAFA 3NCIA 1RTIA 3PV8A 3QEPA 3KD5E 3QINA 3ZSYA 4DU4A 4M3ZA 3AVKA 2E4LA 4Z4GA 3KKSA 4IDKA 2Q3SA 3HJFA 2RN2A 3VQEA 4E7HA 3V6DA 1Z25A 3DYAA 3DMJA 3V9UA 4QOZB 4CJ3A 4OJRA 1T05A 4B9SA 3K5NA 4E19A 1D9FA 3DOKA 1HJRA 1RT6A 3TWHA 2XHBA 4HTUA 5KRSA 3MEEA 3OYCA 1L5UA 3QNNA 2YNFA 3CFOA 3AVIA 1IKWA 3TI0A 1LV5A 3OYDA 4FJ7A 3TANA 4K8ZA 1G15A 1JLGA 1TKTA 3HPHA 3A2FA 4E7JA 1TL1A 3KLIA 4CK1A 3TABA 1RBTA 3OYKA 3OYAA 3LP0A 4KKOA 2A1RA 1T7PA 5HBMA 3HPGA 4N56A 4FJMA 5HROA 3NGIA 3NF9A 3VQ6A 3TAEA 3ZSOA 3LALA 2HHWA 4F3TA 3DLKA 4FLTA 2LSNA 3O3HA 2ETJA 2I5JA 2IGIA 3VQQA 3OYEA 4ELUA 2QKBA 4LH5A 4CHYA 3HPOA 3V1RA 3AVNA 3LP1A 1R0AA 1I39A 4OKKA 1S5JA 4BACA 1SKWA 3RRHA 4YNQA 1XWLA 1D8YA 4F4KA 3V1QA 3HVRA 1TKDA 3HT3A 2YKNA 3DLRA 1VSFA 3L3UA 4FLWA 1RT1A 1WSGA 2YV0X 2Z1JA 1IG9A 4DTUA 4M3RA 4B8CA 3SJJA 3V9ZA 3S9HA 4CERA 3ZT1A 3AVBA 1ZBLA 3ZT0A 2G8FA 4CEOA 4F3OA 2OYQA 4DTXA 1B92A 4ID5A 3OS0A 2OPSA 3IG1A 3RWUA 2EX3A 2P1JA 3HXMA 4KHUA 4Z4IA 4CJFA 2IC3A 3ITHA 4E7LA 1MU2A 4CJLA 3RMAA 3DOLA 3MECA 4O0JA 3O3FA 1JL1A 4B9LA 2O4GA 3WNEA 1QSYA 1QHTA 2ZQBA 3L2VA 3NAEA 3OS2A 4J2EA 4AHSA 4KI4A 4HVJA 4EZ9A 3SQ1A 1LAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHUA 4J8FA 5M1NA 4IWVA 3M1FA 3NVKA 2DFHA 5BPLA 4JKBA 2XY6A 4CJWA 2ZM6K 3VQ8A 2RKIA 1M90O 2QWNA 1ZC6A 4JRQA 1QTMA 3NDKA 3OYIA 1BHLA 4F2RA 4BWMA 5EOYA 2ZF5O 2GWJA 1TVRA 1S1UA 1W7AA 4CECA 1GLLO 2D0BA 5KQ8A 2VQEK 1BWFO 4RW4A 3MWPA 4CF9A 3CQ8A 3C7NA 5LJVA 1ESVA 4IFEA 4KBOA 3U4LA 2AJQA 3P1GA 3QEVA 3E01A 1BA1A 3MEGA 5M1FA 4OX9K 2CGJA 3MCPA 3HSCA 2OPRA 1IJJA 4L3QA 4DSLA 1W97L 3CPWM 3ZSQA 3F9MA 1SL2A 1VRTA 1NGCA 2HBMA 2HNDA 1J5EK 4K25A 3RMCA 4KH5A 3NE6A 1X1PA 4FOEA 3C65A 4M63C 1TV6A 5J2QA 1X9SA 4C1NI 2XY7A 2P9NA 3C6AA 1NK9A 1DTTA 1VSDA 2WONA 2IOCA 5AJ3K 5BPMA 3QB0A 1WNSA 3BUZB 3BZKA 1EKEA 4ZTJA 4IG0A 4PKGA 1YF5L 4CJRA 4E7KA 4CFDA 2Z1GA 4KFBA 2ITGA 4CEQA 4LY7A 3AVJA 5C15A 4FLYA 2YHBA 1RT3A 1ILYA 1YHQN 1C0MA 3NH2A 3VF4A 2YHAA 4CESA 4AHRA 3SQ4A 2F8SA 3OY9A 3CG7A 2JLEA 4LFBK 4MLHA 4HUEA 3NH0A 2WOMA 5C2DA 4JYAK 1NK6A 2ATQA 3AVMA 1YJ9N 4N76A 5E26A 5LL6Z 1HYSA 4CGHA 4OLAA 4GVMA 4CEAA 3QEIA 4BR2A 1T44A 2RHKA 3LAMA 5KTQA 3EN9A 4QCLA 2RF2A 1V4SA 1TYQB 1WN7A 3HP9A 1HQUA 2KW4A 3ZT2A 3CF5L 3CERA 2HNZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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