4CGGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cggA00
1X1PA 1EP4A 4FLVA 1C0MA 1S1TA 3AO1A 3VQCA 1CZBA 1KLMA 3LP1A 4CECA 1JLGA 1S6PA 2LSNA 3NH0A 4DU4A 3THVA 3PY8A 3ZT1A 1UAXA 4FM0A 1RDBA 3QEIA 4KV8A 3VA3A 5CZ1A 2YNHA 4CHPA 4HUGA 3K5OA 1L3SA 1ZYQA 4KREA 3LP3A 3QLHA 1VSHA 4FJLA 4C8OA 1C1BA 4E7KA 3K59A 3ZSRA 3QEXA 4M42A 3O4QA 2VG6A 3U3GA 4E7JA 1D9FA 3VN5A 4DTOA 4TSXA 4CCHA 4J2AA 1B9FA 4CGFA 4NYFA 4EZ9A 3QERA 1N5YA 2PYJA 1O1WA 1A5VA 4Z4GA 3PX0A 3CM6A 4BE0A 1HYVA 4E1MA 1Z26A 1U48A 3HL8A 4CF1A 3CM5A 1S1VA 2I5JA 4Q5VA 2E6LA 3VQ7A 4I2QA 1NKBA 2XO7A 1TVRA 4KI4A 3SUPA 3OYAA 2FBXA 3RMDA 1HNVA 1XHXA 4DSEA 1ITGA 5J2NA 1SL1A 2VG7A 3NCIA 4M3RA 3V9UA 4EP4A 4CHNA 3KD1E 4H4MA 4FJJA 3QO9A 5HBMA 1NOYA 2OZSA 1LWEA 4KFBA 4O4GA 1JXEA 4LSLA 1L3UA 4M3UA 4DTPA 3CFRA 3G10A 2PY5A 1ZBLA 2WOMA 2XY5A 3AA5X 3KTQA 4FM2A 3BGRA 1T8EA 3KD5E 2QKKA 4JS4A 1VRUA 4KB1A 4CESA 4N56A 1KRPA 1QHTA 1L5UA 4O55A 4DLGA 3V1QA 2YHAA 1NK4A 1VSKA 4PWDA 4BDYA 3KLEA 4WE1A 1TAQA 1TKDA 3AO4A 4BWJA 1IG9A 3RMBA 2FBTA 2G8FA 1RT2A 3P83D 3V9XA 2OA8A 1NK5A 4CEOA 4ICLA 2G8HA 3OYHA 3ISNC 3WNEA 3SI6A 2P51A 2X74A 3TR8A 4ID5A 4E7HA 3VQEA 4LH4A 3JYTA 3S3MA 2ETJA 3NGYA 4CJ3A 1YT3A 3U6FA 2BDPA 1BL3A 3RR7A 3DOKA 2ATQA 5KI6A 2OPSA 4W5RA 1DTQA 3C94A 3MXMA 1U45A 2PZSA 4FK4A 2HVHA 1QSYA 4FJXA 3PO4A 3NBPA 4H8KA 1RBVA 5KRTA 3K5NA 3ULDA 1UOCA 5E41A 3V9SA 5HP1A 4DSKA 3SYZA 4DLEA 4IKFA 4MQ3A 4JLHA 4Z4HA 4CEZA 1C0TA 3CYMA 4LSNA 4DS4A 2HMIA 3F9KA 5FDLA 3OYNA 1TK0A 4RG8A 2RPIA 2QKBA 1F21A 5I3UA 1LAVA 1JLFA 2DFEA 2VG5A 3LALA 4OKKA 1BCMA 4BWMA 3LWMA 1WSHA 2YNIA 3SNNA 1QTMA 3K5MA 3HPHA 4DU3A 1KFDA 2F8SA 1DLOA 2FBYA 4JRQA 4DQSA 2KFZA 1JXBA 1HYZA 2A1RA 4CJEA 3AVHA 1HNIA 1VSJA 1SKRA 4YNQA 3EYZA 2D0CA 3K2PA 1ZBUA 1SL0A 4L8RB 1BIZA 2DTUA 3ZT4A 1TK8A 3QNOA 4IFVA 1TKXA 4KHSA 2ZQBA 3LZIA 3AVMA 4DQPA 3OS2A 3TARA 1J5OA 3HO1A 1WNSA 5DMRA 2YHBA 4DF4A 4ELTA 3PO5A 2OPRA 3RR8A 4DG1A 4BDPA 1NKEA 3V81A 3TI0A 2YV0X 4HVJA 4ZTFA 5KGXA 3I8DA 1D9DA 3DLHA 4GMJB 4MFBA 3OYLA 1CZ9A 4DTRA 1WN7A 3SCXA 1R0AA 4IFYA 3CQ8A 4B8CA 3AVCA 4CEFA 3RTVA 3DLBA 1RTIA 1WSIA 3PUFA 1B92A 4W5NA 4O0JA 3ZSXA 2E6MA 3OYKA 1SUQA 4AHRA 4PQUA 3NFAA 1TKTA 4O5BA 4CE9A 3OYJA 4FLWA 4K8ZA 2XY6A 1Z25A 5CYMA 3OYGA 5K14A 4DTNA 2RN2A 3NF7A 4CK2A 3F73A 4B9UA 5HRPA 3DOLA 5CYQA 1S5JA 3QNNA 1VSFA 4FJNA 3VQDA 4IG0A 4DS5A 4FW1A 1GOAA 1XI1A 2FC0A 1VSMA 1RDDA 3P1GA 1S9GA 1SL2A 2KZZA 4C8MA 1KFSA 4I9QA 1ZBIA 3HK2A 3QIPA 2IOCA 4AHSA 2B4JA 2OPPA 3NGZA 3RRHA 4KHUA 4KTZA 1FXXA 1X9MA 3VQAA 1EXQA 1JLCA 3DI6A 4KHYA 2HHQA 4RW4A 1BI4B 4N47A 4DTSA 1U47A 4PA1A 3O4NA 3O3HA 5HROA 4E3SA 4FJGA 5FRMA 4B08A 4CJQA 4QCLA 3V1RA 3VQ4A 2X6NA 4Z4EA 5T7BA 3QIOA 4B9VA 1TAUA 3OS1A 3OJSA 1JLQA 3AVAA 3NAEA 2F8TA 1RDCA 4OPJA 3TAPA 2P5GA 2D5RA 2X6SA 5JS2A 2Q3SA 1RBRA 1RTHA 2BE2A 4NCGA 4CFAA 3SQ4A 3I0SA 4OKJA 1RT6A 1BHLA 3DYAA 1BCOA 2XRIA 4CIEA 3WNGA 2Z1JA 4FK0A 4DTXA 1SKSA 3MXJA 4CHYA 3EY1A 3OY9A 3NHGA 2HHVA 1GOBA 4CJSA 4CJTA 1CLQA 3AA4A 4N5SA 1ASWA 1RBUA 1YTUA 1S9EA 4AHTA 1NK8A 1KVCA 1FKPA 1LW0A 5KRSA 3O3FA 5SZTA 3IAYA 2YNFA 3A2FA 3ZSYA 3PX6A 1XHZA 4DTUA 1TL1A 2HB5A 3KLHA 3SZ2A 1W0HA 4ZTJA 4F8RA 4CGJA 4CK1A 1C1AA 1RILA 1ZBFA 3TANA 4CERA 1XC9A 3ITHA 4XIUA 4F2RA 3KLIA 5JS1A 3M8PA 4HCBA 4F3TA 1REVA 4OGCA 1IO2A 4CFCA 4CJ4A 3SUOA 2QK9A 3TAGA 4CEAA 1B9DA 1BQMA 1WAJA 1J9AA 4Y1CA 4FJMA 4DFMA 4OLAA 4CFBA 4DSLA 3SUNA 3S3OA 4FLXA 1SKWA 4BDZA 4CF2A 3U3YA 2B5JA 5J2PA 3AO3A 3QINA 4CK3A 4M41A 3HM9A 4E0DA 1SV5A 1WSGA 3H08A 4DSJA 2KTQA 4ZHRA 2HVIA 1DTTA 3ZCMA 2Y1IA 2XY7A 4PUOA 4AH9A 3OS0A 4M3TA 3C6TA 4M3WA 3VA0A 4NYNA 4CIFA 3QETA 4KB0A 3NF8A 3PV8A 1LW2A 1BGXT 3OYFA 4JRPA 2HHWA 4CJWA 1TV6A 2IGIA 4CEBA 3ZSWA 4CFDA 2XHBA 3AVKA 3HPOA 4HTUA 4KRFA 4C8LA 3C95A 3S9HA 1TKZA 1VK0A 3HJFA 1T03A 1JL1A 2A1SA 4K8XA 5HRNA 4AILC 1ZBHA 3CFOA 5KGWA 4CHQA 4J2EA 1WSJA 4KPYA 2D0AA 5EU7A 1NK0A 3HVTA 3DLKA 1X9SA 3ASMA 4LD0A 1NJZA 3MECA 1D8YA 1IKYA 1RT1A 3AA2A 5I42A 1KVAA 1NK9A 3SPYA 1U49A 3ZSOA 4HUEA 4BE2A 4FZXC 4GW6A 4RW6A 3KLGA 4DSIA 4W5QA 2ITGA 1BIUA 4FJ8A 4BE1A 1RTDA 2KFNA 1RNHA 3DRRA 5DK5A 1S1WA 1L3VA 2QXFA 2DFFA 4CJPA 4JS5A 3CFPA 3NGIA 5FROA 2EX3A 3HYFA 4OGEA 4FVMA 4BACA 4IG3A 4R5PA 3OYDA 3VQ8A 4CF8A 2FBVA 3JSMA 4W5TA 4DQRA 4RW8A 3HP9A 2HW3A 4B9MA 1HRHA 2G8VA 1G15A 1JLAA 1QSLA 2O4IA 2HHXA 3OYIA 1C0UA 3MXIA 2RKIA 3HVRA 1J54A 3MEGA 4OLBA 3DLGA 1LWFA 3RMCA 1VSDA 1WAFA 5D3GA 4M3ZA 3SQ0A 1HMVA 2NUBA 3ZSVA 3L8BA 4KAZA 3HT3A 2HNZA 3UIQA 3ZSQA 2WONA 2GUIA 4FLUA 1KSPA 2HHTA 3LAMA 3SJJA 1VSIA 2Z1HA 2G8KA 4FLZA 4FLYA 4E19A 2DFHA 3KK3A 3L2VA 4DWIA 3VQQA 3AO2A 1QE1A 3AVLA 3NDKA 3D0PA 2G8WA 2HHSA 3E01A 1FK9A 4UQGA 2ZE2A 4C8NA 4EP5A 3P5JA 3IG1A 1EKEA 1J53A 4E89A 4LY7A 3OJUA 3T19A 3CG7A 3RMAA 3QEVA 4F4KA 1EX4A 4NCBA 1KTQA 1CXUA 1HPZA 1U04A 4FXDA 3HSTB 1NK7A 1RTJA 2HNDA 1IH7A 2P1JA 4HUFA 3K58A 4FZYA 4KTQA 4KHWA 1NOZA 3K5LA 3BDPA 1WSFA 1JKHA 4B9TA 4CGGA 4PY5A 3AVNA 4CJKA 4DU1A 4FCYA 3ZT3A 4KHNA 1XWLA 1RBTA 3NF6A 4DMNA 4Z4FA 4KTWA 4YFUA 5SWMA 1N6QA 1A5WA 5J2MA 4M3XA 4KHQA 4DQQA 1IKXA 3IRXA 4FYDA 2DY4A 3L2RA 3T3FA 4LH5A 3RWUA 3TAFA 2JLEA 5C42A 4B9NA 2KQ2A 3V6DA 4I2PA 2IDOA 3B6PA 3MEEA 1HJRA 1KCFA 1TL3A 1IKWA 3B6OA 3V4IA 1C6VA 2OZMA 4CJUA 1TGOA 1RCHA 4CF0A 5HRRA 1VSLA 1QSSA 4FZZA 3ZSZA 4B3OA 4QAGA 4DSFA 3ALYA 1T7PA 3LDSA 1BI4A 3M8RA 1UA1A 4DQIA 4C8KA 3DM2A 1TK5A 3EZ5A 3L2QA 3AVFA 1K6YA 5CZ2A 4N41A 3L3UA 4KKOA 3NE6A 2YKMA 2KZMA 4CJVA 3DLEA 4FJ9A 5J1EA 3AO5A 1A5XA 2XY8A 5J2QA 2VWJA 1RBSA 4I7FA 5HRSA 4Y1DA 3VQ5A 3L2UA 2Y1JA 2GV9A 3G0ZA 3K57A 1WSEA 3HP6A 1GOCA 2G8IA 4E1NA 3QEWA 2F96A 4AHUA 1LAWA 4B8AB 1Q9XA 1HQEA 3LWLA 1IKVA 4Z4IA 3M8SA 4FJHA 4E7IA 1NJYA 4N76A 4CEDA 3OVNA 4CJRA 4M3YA 3S3NA 1I39A 2VWKA 4CJ5A 4DFKA 3DMJA 3MEDA 4DTMA 3KLFA 1KLNA 4FJIA 2OYQA 2BGGA 2HHUA 4OPKA 4CGDA 4HHTA 1S6QA 3RRGA 4ID1A 4NCAA 4OJRA 1BQNA 4RW9A 1QQCA 5HLFA 4ELVA 4Z0UA 1X9WA 2IAJA 1RDAA 3AVIA 3KKRA 4GVMA 1LWCA 1HQUA 4M45A 4CHOA 3T1AA 4E7LA 3PX4A 1ASVA 3QEPA 3D45A 3L3VA 4Z4CA 1NJWA 1HYSA 1T05A 3DRSA 1VRTA 1Q8IA 2R7YA 4OVLA 3FFIA 5C24A 4AHCA 3O3GA 4F3OA 1Y97A 2IS3A 3VQ6A 3VQPA 3QESA 3DRPA 3KK1A 3KK2A 3C6UA 3HXMA 1JLBA 4FJKA 3L2WA 4CEQA 1KVBA 2JGUA 3V1OA 1NK6A 2D0BA 2Z1IA 2KW4A 2YKNA 3MAQA 1NJXA 1JL2A 2BANA 1JLEA 1S1XA 4CHZA 5C25A 1RT7A 3AVJA 1I3AA 3AA3A 3HPGA 3NH2A 2EHGA 4OKEA 4CF9A 2W42A 4DFJA 3DLRA 4DF8A 3M8QA 2Z1GA 4J2BA 3TAMA 2X78A 4FW2A 4CGIA 3LP2A 2B6AA 3IS9A 4CGHA 4B9LA 4IBNA 2AJQA 1RT4A 3LP0A 4B9SA 1RT3A 1LV5A 3LPTA 4G1QA 3KIOA 3LAKA 3TAQA 1CXQA 2GBZA 4AHVA 2PYLA 3V9ZA 3KKSA 1ASUA 1NKCA 4O0IA 2OPQA 2HNYA 4QOZB 4FLTA 3LZJA 2O4GA 2YNGA 1WLJA 4RW7A 3I0RA 4KO0A 3LPUA 5FRNA 3VQBA 1C1CA 3ZT0A 4FM1A 3SQ2A 1D5AA 4CEEA 3OYEA 1U4BA 3KJVA 4J2DA 4FJ7A 1RT5A 3NH1A 4KI6A 5KTQA 3WNFA 1QS4A 2RF2A 3TAEA 1MU2A 3OYBA 3SPZA 3SUQA 3ZT2A 1EETA 3TWHA 3SQ1A 2P5OA 1Q9YA 4FJ5A 1VSEA 4FK2A 4HCCA 4F2SA 1W9HA 4ELUA 4CJFA 4O44A 4Q0BA 3AVBA 3OYMA 2IC3A 3OYCA 3WNHA 4DFPA 4EZ6A 3VQ9A 4I9LA 3TABA 1UA0A 3SV4A 1UWBA 3SV3A 3NF9A 1YTAA 4IDKA 3AVGA 4CJLA 1FKOA 1L3TA 1S1UA 2G8UA 3AV9A 2ZD1A 3LANA 2E4LA 4W5OA 3V9WA 4DTJA 1YVUA 5CY4A 4H4OA 1BISA 4CIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X1PA 2F9WA 1S1TA 3NH0A 2G8IA 2LSNA 3THVA 1NGJA 2NRXA 2BH1A 1RDBA 3K5OA 1ZYQA 3LP3A 3QLHA 1C1BA 1NGCA 3K59A 3ZSRA 3O4QA 1D9FA 4CCHA 3VN5A 4DTOA 4JEPA 2E8AA 4TSXA 4A59A 4CGFA 2P9NB 4FWQA 1O1WA 4FVUA 1U48A 4CF1A 1S1VA 2I5JA 4Q5VA 2E6LA 2YHWA 2XO7A 4KI4A 2GWJA 3OYAA 1HNVA 1XHXA 1ITGA 4M3RA 3V9UA 4EP4A 3KD1E 1YJ9N 4XEIA 5HBMA 2OZSA 1LWEA 1OVYA 1N8RO 3G10A 2WOMA 3CCQN 2FLOA 4BREA 1VQPN 3V1QA 5BPMA 1VSKA 4BRHA 4A57A 1XMQK 4NXNK 4BDYA 4AQYK 4WE1A 3AO4A 3QBXA 4BWJA 3RMBA 3L0QA 2OA8A 1X3NA 4CD3A 2G8HA 1H1VA 1XQSC 1JJ2M 3TR8A 4ID5A 4E7HA 4BG8A 4LH4A 3NGYA 3U6FA 4CJ3A 3FZKA 4MDBA 3ULEB 4B3RK 1Q7YO 3NBPA 3ULDA 5KRTA 5HP1A 1UOCA 3AGRA 5AQKA 5E41A 3V9SA 4DLEA 4EHUA 3DXKB 2W6LA 4Z4HA 2QA4N 2IVPA 1C0TA 4LSNA 4DS4A 3IMXA 2RPIA 1LAVA 2A41A 2DFEA 4BWMA 1KAXA 4FWPA 4BRNA 1KFDA 5BPLA 2FBYA 2Q97A 1JXBA 3CCJN 1IBLK 1BDGA 4CJEA 4FWLA 3E1YA 1VSJA 4BR2A 3W3DA 1HNWK 3WQTA 3EYZA 2D0CA 1SL0A 5A2QO 3HOSA 2FSNA 4IFVA 4DV6K 3OA9A 3OS2A 3HO1A 4WQ4C 1WNSA 5DMRA 2VQFK 3RR8A 3GDQA 2O8DA 3WT0A 3V81A 3TI0A 2YV0X 4B3TK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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