4CGHA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cghA00
1S6PA 1T7PA 1YVUA 2VG5A 3SV4A 3KK1A 4FLXA 2JLEA 1BIZA 4RG8A 1TGOA 4CF1A 1JLCA 4K8ZA 1IKXA 4I9LA 5KRSA 4NCAA 2RN2A 3P83D 1S6QA 1QSSA 4CJWA 4FJGA 1BI4A 4CF0A 3NH0A 2FC0A 2YNGA 1XHXA 4PUOA 2EHGA 2IDOA 1WSJA 2Z1IA 4OPJA 1WSIA 3SQ1A 2A1RA 1C0MA 4E1NA 1NJYA 2WONA 3RWUA 2D0CA 1XC9A 3WNEA 1UA1A 1YTUA 3E01A 2HHWA 1Z26A 4DQQA 3SUNA 2PZSA 1RDBA 3T3FA 4NYFA 4GVMA 2HNZA 3DRRA 1N6QA 1SL1A 5I3UA 3HM9A 4CEFA 2X74A 2DY4A 3ZSWA 4O4GA 1LV5A 5K14A 4CF9A 2R7YA 1TL1A 4TSXA 4FK4A 3MAQA 1LW0A 2G8HA 1L5UA 1J5OA 4CEOA 5KI6A 2IC3A 3VN5A 4B9VA 4J2EA 4PA1A 1I3AA 4Y1DA 3PO5A 3ZT0A 3ZSYA 5J2PA 4C8MA 3EY1A 4FLZA 1D9FA 4B8CA 3AVGA 1BCMA 1JL1A 1IKVA 4CGGA 2BE2A 3SQ0A 3RR7A 3KTQA 4CJQA 4KTQA 1JLAA 3ZT1A 2HHSA 2KFNA 4CHYA 4DF4A 1ASWA 3QEWA 4JS4A 4FZXC 2HVIA 1HJRA 4CEBA 4BE1A 2YHBA 4E7JA 3L2VA 2QKKA 1HYVA 2QKBA 2HHXA 1VSKA 1RT7A 3CG7A 2DFEA 4F2SA 1O1WA 4C8NA 3ZSVA 3S3MA 1TK0A 4J2AA 3KK3A 4UQGA 3SZ2A 4Z4IA 1A5VA 1B9FA 1QHTA 1RBSA 3ZSOA 1X9SA 1RBRA 1N5YA 4CJSA 2AJQA 3L2QA 1B9DA 4ID1A 3K5MA 4ELUA 2PY5A 1C1AA 5HRRA 1RT1A 3DOLA 4FJXA 2HHVA 4F3TA 2G8VA 2KFZA 2KZZA 2P5OA 2OPRA 1HQEA 4DMNA 3VQPA 2VG7A 2XHBA 3TAQA 3TANA 1WNSA 4BDZA 4AHSA 3SUOA 1I39A 3NF8A 4HCCA 4C8OA 1NK0A 4I2PA 1DTQA 1NJWA 3ASMA 4Q5VA 2VWJA 1NK5A 1NKCA 4FK0A 1DLOA 4ID5A 1BISA 2A1SA 3KKRA 5DK5A 3KLEA 4FLUA 4E7LA 2BGGA 2X6NA 3DLRA 3NF7A 4JS5A 1RT4A 1LWFA 5HBMA 1RTHA 1VRTA 3L8BA 3CM5A 1JKHA 4DU4A 2YHAA 4DSEA 4DG1A 1QE1A 4OKKA 2KW4A 3ZCMA 3LP0A 2HW3A 3V9SA 3WNHA 3D0PA 1S5JA 3L3VA 4W5OA 3EZ5A 3O4QA 1IG9A 3VQDA 4M45A 4BDPA 4ELVA 3I8DA 4FLWA 3K5OA 2X6SA 4CEZA 1ZBLA 3V9XA 5CZ1A 3QESA 3VQQA 1EX4A 4DF8A 2G8UA 1CXUA 1VSFA 2YV0X 1CXQA 3DM2A 1TVRA 3KKSA 4KI4A 1U04A 1CLQA 1JLFA 3I0RA 4WE1A 4N47A 2XO7A 3V9UA 4HCBA 4KAZA 3TR8A 1HNIA 1RNHA 1S9EA 2Y1IA 3NH1A 3UIQA 4RW4A 4IG0A 3OS0A 3L2WA 3AO2A 4MFBA 3LWLA 3QEPA 4HUFA 3RRHA 4B08A 3K59A 3V9ZA 1BHLA 3LALA 3TARA 1TKDA 3OYJA 4B9MA 4DSLA 1TAQA 5KTQA 3HP6A 3OYEA 4KB0A 3QNOA 1RTDA 1HYZA 3M8PA 1NOZA 1EXQA 2EX3A 2W42A 3A2FA 1MU2A 3AVHA 4IFVA 5HROA 1NJZA 1FXXA 4CEEA 3SCXA 1JXEA 2P51A 1X9MA 1WSHA 1Q9XA 4R5PA 5J2QA 3OJUA 3JSMA 3G0ZA 4CGIA 1EKEA 1SUQA 1WAFA 5SZTA 1NOYA 3NF9A 1Y97A 4H4OA 4M3WA 5KGWA 4Z4FA 4FM2A 4DTMA 4DSJA 4O5BA 4M3TA 4J2BA 3PX4A 2VG6A 4KKOA 4E89A 3TAPA 3PO4A 1D5AA 3OYNA 3K5NA 4DU1A 4CFBA 1R0AA 4L8RB 2ZD1A 3DLEA 3IG1A 3AO1A 3CQ8A 3V1RA 3NGZA 3OYCA 4DWIA 3M8RA 2B5JA 3DI6A 3TAMA 2XY7A 4LSNA 3MXMA 4YFUA 3OYGA 1YT3A 3HSTB 1VSMA 1VRUA 3NF6A 4IFYA 5JS2A 4Y1CA 3AVLA 3RMBA 1T03A 5C24A 4Z4EA 3HJFA 4M3XA 3MEEA 1WSEA 2HB5A 4H4MA 3U3YA 1TKZA 1C0TA 3LP1A 2Z1HA 4QOZB 4KTWA 2F8TA 3C95A 3O3FA 4F4KA 4AH9A 3LWMA 3HXMA 3RTVA 3AA4A 1TAUA 3QNNA 1RBTA 4IBNA 3VQ7A 1L3VA 4W5NA 2OZMA 3OVNA 4EZ6A 4H8KA 3AVCA 4E7IA 3KLGA 4MQ3A 3HL8A 4FJJA 1EETA 1K6YA 3QEXA 1LWEA 5T7BA 4ZTJA 1ZBHA 1S9GA 1VSEA 2X78A 1S1XA 1WSGA 3ISNC 3LANA 4OVLA 4CEQA 4FM1A 4FYDA 4DTJA 1REVA 1LAVA 4YNQA 1NK7A 1QSLA 1A5XA 3NE6A 4F2RA 3NBPA 3KD1E 4OGEA 3AA2A 3BGRA 4CECA 3AV9A 3DOKA 1C1BA 3TAEA 4BE2A 4EP4A 1SV5A 1TKXA 3AVBA 2P5GA 4FJHA 3VQ9A 1TK5A 3LDSA 2B6AA 3HPOA 1Q9YA 4N41A 3P1GA 2HVHA 4CJUA 4FJNA 3V6DA 1S1UA 3LP2A 4CGDA 4FM0A 1RTJA 1VSHA 4FJ7A 3O3GA 5HP1A 1GOBA 3V81A 2WOMA 1QQCA 2JGUA 4DS4A 4B9LA 3QIPA 3WNGA 1BGXT 4E0DA 2BDPA 4E3SA 4CHOA 4HHTA 1XWLA 4FK2A 2O4IA 4M3YA 3K58A 3AA3A 3DYAA 4AHTA 1DTTA 4DLGA 3NGIA 3U6FA 5C42A 4W5RA 4CIGA 3LPTA 3JYTA 2D0BA 2DTUA 1BIUA 3QETA 4EZ9A 3OYMA 4PWDA 3QIOA 4RW6A 1ZBUA 4DFPA 5I42A 4FZZA 1C0UA 5FRMA 1GOAA 2IAJA 2FBYA 1KTQA 4FLTA 3TI0A 4CFCA 4KHYA 1WN7A 4CJ5A 4CJRA 4CF2A 2F8SA 4KI6A 4OLAA 4I9QA 4CHZA 4CHQA 2YKMA 2ETJA 3KJVA 2F96A 1XHZA 1SL0A 1KSPA 4N76A 2IS3A 3ALYA 3F9KA 4CFDA 3HYFA 5CY4A 4O0IA 5EU7A 4DTUA 2ZE2A 2OZSA 4KV8A 4CCHA 1J53A 2DFFA 4CJKA 1ZBIA 1B92A 2E6LA 3LPUA 2HMIA 2PYLA 2KQ2A 3VQBA 4DSKA 4N56A 3MXIA 3VA3A 1D8YA 3MEGA 4ICLA 4CESA 4CERA 5CYQA 3QLHA 3OYHA 3WNFA 3VQAA 4E7KA 3SI6A 2HNYA 3SUQA 3PY8A 4CHPA 3QO9A 4NYNA 1RT6A 3T19A 5J2MA 4F8RA 4M3UA 1BQMA 1J9AA 2YNHA 4CJPA 2PYJA 1G15A 4KHSA 4CJ4A 4FXDA 3S3NA 4KRFA 4KFBA 3VQ8A 4K8XA 3AA5X 4GMJB 3OYBA 4HUGA 1EP4A 4OPKA 3M8QA 1S1TA 1VK0A 3LZJA 1JLGA 1RT2A 4AHCA 1HYSA 3M8SA 1ZBFA 4DQRA 2G8IA 4CJFA 3HVRA 3QEIA 3KLFA 3SQ4A 2YNFA 3ZSRA 4DQPA 4DTOA 3OYDA 2VWKA 1T05A 5CYMA 3C6UA 4BACA 2ITGA 4F3OA 1KVBA 3CYMA 1LAWA 4CJ3A 1GOCA 1NKBA 4KTZA 2FBVA 4AHRA 1WLJA 1TK8A 4KB1A 2D0AA 3ZSQA 3SJJA 2IOCA 2NUBA 4CJTA 3O3HA 4XIUA 3OY9A 1ASVA 4IG3A 1SKWA 4KO0A 1X1PA 3MXJA 4CIEA 3HT3A 1IKWA 1YTAA 4IKFA 4M3RA 5FDLA 3C6TA 4FJ8A 3OJSA 3V1OA 1U48A 2YNIA 4O55A 3AVJA 3TWHA 3ULDA 5HRNA 3V4IA 1NK8A 3VQCA 4CHNA 4FJ5A 1KRPA 3LP3A 3K57A 3NFAA 3VA0A 3S9HA 1VSLA 5HLFA 1ITGA 2E6MA 4OLBA 1JLQA 3T1AA 2OPQA 1WSFA 3O4NA 4M41A 3VQ4A 2LSNA 3OS2A 2XY8A 3OYLA 4DFMA 1JLBA 2GUIA 3HVTA 3KLIA 3MECA 3PX6A 3SPYA 2RF2A 2Z1GA 3K5LA 1U47A 5FROA 2IGIA 4B9NA 1S1VA 4GW6A 2O4GA 4KPYA 2QXFA 3PUFA 4LY7A 1T8EA 2KTQA 4BWJA 4FLYA 3U3GA 4BE0A 4DS5A 3SQ2A 5DMRA 3PV8A 3THVA 3IAYA 4J2DA 4CJEA 3ZSXA 1NK4A 5FRNA 4O0JA 1F21A 4JRPA 3QEVA 4LH4A 3TAFA 3TAGA 2FBXA 4BWMA 1L3UA 3NGYA 1VSIA 5E41A 4KHNA 1HPZA 3DLBA 4KHWA 4Z4GA 1HNVA 3OYIA 1RDDA 1NK9A 4DTRA 1KFDA 4BDYA 2G8KA 3HK2A 3G10A 4M42A 3DLGA 2OPPA 1FKOA 3CM6A 4IDKA 1JL2A 4CEAA 3RMDA 1D9DA 4AILC 3TABA 3AVNA 4Q0BA 2B4JA 4M3ZA 2Q3SA 2G8WA 2XY6A 4CGFA 2HHQA 2G8FA 1BL3A 1BI4B 1UAXA 1KLMA 2BANA 3LAMA 4FVMA 3AVIA 4LD0A 4W5QA 1FKPA 4I7FA 2FBTA 4KHUA 3CFRA 4QCLA 3DRSA 4DFKA 1VSJA 3B6PA 3P5JA 3HP9A 3HO1A 4PQUA 1QSYA 4FJMA 3VQ5A 4CK2A 3IRXA 1Q8IA 1NKEA 1QTMA 2KZMA 2OPSA 4DTSA 2RPIA 1Z25A 3OYFA 4DFJA 5SWMA 3ZSZA 3V1QA 4OGCA 2Y1JA 1BQNA 4NCBA 3S3OA 4EP5A 3AVAA 4CGHA 1SL2A 5C25A 3SV3A 5JS1A 3ITHA 1KVCA 1KCFA 3AO3A 3RMCA 1U45A 2GBZA 3K2PA 3ZT2A 1WAJA 4W5TA 4DTPA 1QS4A 3KD5E 3L2UA 1IO2A 2Z1JA 4LSLA 4B3OA 3SPZA 4ZTFA 3ZT3A 4DQIA 4FJKA 1ASUA 3CFOA 5HRSA 3OYAA 4O44A 1RT5A 1KLNA 5HRPA 1UOCA 2XY5A 4FW1A 4CGJA 4RW8A 4B8AB 4E19A 1U4BA 3V9WA 4DSIA 2DFHA 4FZYA 1BCOA 5KRTA 4DQSA 3AVKA 3SNNA 3KIOA 4JLHA 2I5JA 3DLHA 3AVFA 1LW2A 1SKRA 4E7HA 2HNDA 1RTIA 4B9UA 3QINA 4CJLA 3CFPA 1J54A 4DTNA 4CEDA 3QERA 4CE9A 1KFSA 1ZYQA 1UWBA 4OKJA 3F73A 1RT3A 4FJ9A 4FLVA 3NAEA 3NHGA 2E4LA 3KK2A 4FW2A 3OS1A 4LH5A 2RKIA 1X9WA 4DTXA 3B6OA 4ELTA 4FJIA 1VSDA 1A5WA 4CIFA 3LZIA 1JXBA 3EYZA 5J1EA 4DLEA 2HHTA 2GV9A 3DMJA 5CZ2A 1NK6A 3VQ6A 1RDAA 1TV6A 3PX0A 3SUPA 2OA8A 3L3UA 4G1QA 2OYQA 4Z4HA 3BDPA 3NCIA 3MEDA 1RBVA 2D5RA 3NH2A 1U49A 4KHQA 1IKYA 1HMVA 2ATQA 3I0SA 1RCHA 3C94A 3NDKA 1HRHA 3AO4A 1FK9A 1IH7A 3OYKA 2QK9A 3DLKA 4ZHRA 5D3GA 1CZBA 4DU3A 3LAKA 4QAGA 4N5SA 1UA0A 4HUEA 4DSFA 3DRPA 3HPHA 2ZQBA 3KLHA 1L3SA 3HPGA 4C8LA 1JLEA 3FFIA 4CK1A 3L2RA 1LWCA 4I2QA 3ZT4A 1C1CA 4Z0UA 4CFAA 1RBUA 1RILA 4HVJA 3SYZA 1XI1A 1W0HA 4B9TA 1SKSA 3RR8A 4PY5A 2XRIA 1TL3A 3H08A 3AO5A 4CJVA 4OJRA 4AHUA 1S1WA 3AVMA 5KGXA 1HQUA 4OKEA 4C8KA 4KREA 1W9HA 4Z4CA 1L3TA 1NJXA 1KVAA 4JRQA 2P1JA 4FJLA 4HTUA 1CZ9A 1C6VA 4FCYA 3RMAA 3RRGA 4RW9A 2HHUA 3VQEA 1RDCA 3D45A 4E1MA 4CF8A 4B9SA 4CK3A 3IS9A 4RW7A 4AHVA 4NCGA 1TKTA 5J2NA 2YKNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W6KA 4NLBA 1S6PA 2ZJRL 3BZCA 2VG5A 2YHXA 1TGOA 3DXMB 4CF1A 4K8ZA 5KRSA 2RN2A 3P83D 1BO5O 1ATRA 4CF0A 1XHXA 1WSJA 4JI3K 2A1RA 1NJYA 4JI6K 1BA0A 3D2FA 2WONA 3MN7A 2YHYA 1XC9A 3CCMN 1Z26A 5FPEA 3SUNA 1RDBA 3T3FA 4NYFA 3LDNA 5GINA 3PIPL 1N6QA 3WXJA 5I3UA 1SAZA 2DY4A 1W7AA 2QM1A 4WF9L 2R7YA 3D2FB 1IBLK 1L5UA 1J5OA 5AQPA 5KI6A 3CETA 5GADP 3ZSYA 1VQON 1DT9A 3RSEB 3EY1A 4H0TB 1EWQA 4CGGA 3KTQA 4PHTX 4CJQA 3H1VX 1W97L 3ZT1A 4FZXC 4BE1A 4B1VA 4BREA 2YHBA 4E7JA 3L2VA 2HHXA 2F4VK 3S3MA 3SZ2A 4CJSA 3L2QA 3K5MA 2HHVA 4F3TA 2G8VA 2KFZA 5AFUH 2D1KA 2VG7A 4Z94A 4DV0K 4BDZA 4AHSA 4NXNK 1RGIA 1I39A 4HCCA 2P9SB 4B1YB 3ASMA 2VWJA 4DR7K 3VMFB 1VHXA 3KKRA 5DK5A 4FLUA 4E7LA 3DLRA 3IMXA 3C65A 3NF7A 5TKWA 2UUCK 3CM5A 1JKHA 5C2FA 4FO0A 1QHAA 5JMVA 1RDUA 1NU0A 1QE1A 3ZCMA 3LP0A 3WNHA 3D0PA 4ILJA 3K5OA 5DM6L 3QESA 3VQQA 2G8UA 5BRHA 4JAXA 3GBTA 1VSFA 2YV0X 4KAZA 3TR8A 4BC2A 3THWB 4UY8O 4F8RA 4DSLA 1TAQA 5KTQA 3OYEA 4EAHD 3CMEN 3SCXA 1WSHA 2CH5A 1SZ2A 3G0ZA 3JSMA 1YJNN 1WAFA 3E9PA 1Y97A 4GVEA 3MN5A 3M1FA 2IVOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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