4CGIA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgiA00
4CJUA 2RKIA 4NCGA 3QEVA 2Z1JA 1TGOA 4CK2A 1ASWA 1GOAA 1T7PA 2VG7A 4CJQA 3U6FA 4CECA 4FZXC 3DLEA 4N41A 4FJJA 4FJLA 1NK8A 2JGUA 5SWMA 3TAFA 1QSYA 2GBZA 3VQCA 1VSEA 4OGCA 4RW7A 4CF1A 4BE0A 1QSLA 3HK2A 2XY8A 3IRXA 2ATQA 4G1QA 4FLZA 3TARA 4KHSA 1KCFA 1UA0A 1RBSA 1TL3A 1TAQA 3ZSQA 4CJWA 3RRHA 5HROA 2HNDA 4JS4A 4CHQA 1GOCA 1T03A 1NK6A 2G8IA 2X6SA 1KLMA 2JLEA 4FK0A 2E6LA 4IFYA 1FXXA 3SUQA 3TAQA 3NF9A 1KVCA 1O1WA 3K5NA 2A1SA 3RRGA 4ELVA 1RCHA 4DTUA 4HTUA 4TSXA 5KRTA 1VSFA 3C95A 4FK4A 4B9SA 1KRPA 4F4KA 3KD5E 4F3OA 4FVMA 3TI0A 3VQ6A 3CFRA 1R0AA 1CLQA 1LW2A 1TVRA 4EZ9A 1RNHA 1WSIA 1NJWA 3HPOA 4FJ8A 1HYSA 2PZSA 3S3OA 3C94A 4J2EA 1D9DA 3QINA 4JRQA 1NK5A 4EZ6A 1JL2A 4KTWA 2HVHA 2IOCA 1S1XA 4EP4A 5I42A 3CYMA 1MU2A 1JLFA 2FBXA 2HNYA 2X6NA 5CZ2A 3AVGA 5CYMA 3LDSA 3JSMA 4FLVA 1XWLA 1NK9A 3AA4A 1JXEA 1WSGA 4ZHRA 4KREA 1SKRA 1SV5A 5HRNA 4DSLA 4WE1A 1EP4A 5C25A 3OYIA 3OYGA 3NGIA 4HHTA 2P5GA 1L5UA 4MFBA 3KLIA 4KHWA 3LZIA 4IFVA 2OPRA 4DSEA 4LSNA 1I39A 4CIFA 2HVIA 1JXBA 4RW9A 5J2PA 4CEDA 1BCOA 3TAPA 4FJGA 4J2DA 2HHQA 2VG5A 3MEGA 3KLFA 4DTMA 2FBTA 1RTDA 3RR7A 3DLGA 4LD0A 1JLBA 3VQ7A 3ZSZA 3U3YA 4CCHA 3B6PA 4DQQA 4B9LA 5E41A 1HQEA 3I0RA 4JS5A 2XY5A 3OYFA 2KFNA 3H08A 4KRFA 3DRSA 3M8SA 1RBTA 5I3UA 2B6AA 1LWEA 3VQBA 3LANA 4CEAA 3NH2A 3V6DA 4KHNA 1VRUA 2VG6A 4CERA 1RILA 2ZQBA 4I2PA 1T8EA 4QCLA 3HM9A 3PUFA 3AVLA 3OS2A 4N76A 2A1RA 3V1QA 4CEZA 4HUFA 3T3FA 4OKJA 1ASVA 4OKEA 4CJPA 1NK7A 4E89A 3RMDA 5KI6A 3K5MA 3MEDA 1IO2A 2QXFA 4FLWA 1VSLA 3LP0A 4GW6A 1S6QA 1BQMA 3G10A 3LP1A 4AHSA 1QS4A 1TKTA 1S6PA 3SUNA 4CEQA 3K2PA 1BI4B 1JKHA 2LSNA 3O4QA 3ZSXA 1SUQA 2EHGA 4NYNA 4CFCA 2W42A 1X9SA 2IS3A 4CEFA 3OYLA 3LWLA 1RT1A 3T19A 3VQDA 3NHGA 1B9FA 5J1EA 4DLGA 4EP5A 5JS2A 5CYQA 3QIPA 3V1OA 4DF4A 2G8VA 4Z4HA 3EZ5A 1YVUA 1Z26A 3HT3A 3SQ1A 4M45A 3NGZA 1U49A 2X78A 3E01A 3PX0A 3AVBA 3D0PA 3P1GA 4FLTA 1RTHA 2F96A 2YKMA 5FRMA 3S9HA 3VN5A 3L2VA 4FJ9A 2OPSA 3WNEA 4CHYA 4CJKA 4K8XA 3TWHA 1JLEA 4KO0A 1IKWA 4DMNA 1ZYQA 1JLCA 1VSMA 4CGHA 5CY4A 4DWIA 2DFFA 2X74A 3NCIA 3O3GA 3V81A 1BQNA 4FM0A 4E7JA 2YHBA 4I9LA 1RTJA 3RWUA 2D0AA 1QHTA 3LAMA 3HVRA 4CJVA 4FLUA 3HYFA 4DF8A 1ZBUA 3MXIA 4OKKA 4K8ZA 3HP9A 4R5PA 3LWMA 3LZJA 3PY8A 4BWMA 1WNSA 4NYFA 1B92A 1TKZA 4AH9A 3OJSA 3OJUA 4FM1A 4DS4A 4C8KA 1Q8IA 4Z4GA 4H4OA 3G0ZA 3DRRA 1ASUA 4AHVA 2XHBA 1L3TA 1ZBHA 4LH5A 3K57A 2Z1HA 3QNNA 2R7YA 4O55A 1J5OA 5KGWA 4E7HA 4CIGA 2QKBA 3AO5A 2BDPA 1BCMA 1RBVA 1YTAA 3KD1E 4Z4EA 3TABA 1D8YA 3HJFA 4IDKA 1NKCA 1YTUA 3AVNA 2E4LA 3OYNA 3MAQA 2G8UA 3HXMA 5FRNA 4M3XA 3EYZA 4BE1A 1SKWA 3KK2A 4M3TA 4QAGA 4CJ3A 1L3SA 1TKXA 2KQ2A 3O3FA 4ELTA 4ICLA 4IBNA 1SL0A 1ZBIA 3DLKA 4CJTA 5J2QA 5HP1A 4KB0A 4DU1A 1N5YA 1KFSA 2YNHA 4B9UA 3AVKA 2FBVA 3VQ9A 1RBRA 3AA3A 3U3GA 3OYBA 4O0JA 3SUPA 2F8TA 1LAWA 4B9NA 3SI6A 4CEEA 4J2AA 1HPZA 3MXJA 4CGJA 3NGYA 4CGIA 1BIUA 3QERA 1S1WA 3MXMA 3AVHA 1HYZA 2B5JA 4H4MA 3ZSYA 2P5OA 2ZE2A 4C8OA 2XRIA 1FKOA 1I3AA 4DLEA 4MQ3A 4DU4A 4RW6A 2VWKA 3TAMA 3B6OA 1BISA 3KLEA 2O4IA 1S1VA 2P51A 3RMBA 4CFDA 4Q5VA 3RMAA 1S9EA 4AHRA 4LSLA 4Y1CA 1TV6A 4M3ZA 2AJQA 2OZSA 3QETA 3L2WA 1WAJA 3AVMA 2VWJA 4OPJA 1DTTA 4CESA 4AHUA 1NJYA 4DQIA 3SUOA 3V1RA 4RW4A 4DFKA 4PUOA 4M41A 1Q9YA 1KTQA 4I7FA 3LPTA 4OGEA 3OYMA 3QNOA 4DQSA 3SQ2A 1SL2A 4KHYA 3NH1A 3HSTB 3K5OA 4F3TA 4KFBA 4O4GA 3SYZA 4QOZB 4E3SA 3WNFA 4OLBA 2HB5A 4FJXA 1KFDA 5C42A 3C6UA 1JLQA 3KIOA 3KK1A 3AVIA 4B3OA 1BHLA 4FW2A 1IH7A 1LWFA 4HCCA 2Z1GA 3NDKA 3DOLA 2YNIA 2HW3A 3KKSA 1DLOA 3PX6A 4NCBA 1TL1A 4KHQA 2IGIA 1VSHA 2OA8A 1VK0A 3HO1A 2HHXA 2G8WA 2WONA 4IG0A 1XI1A 1WSEA 4CJ4A 4DTNA 3IG1A 3S3NA 4PQUA 1U48A 3L2QA 2XY7A 4DQPA 4CEBA 3V9XA 5C24A 3SNNA 4GMJB 4ZTJA 1N6QA 4KB1A 2BGGA 3VQEA 5D3GA 3CM6A 1LAVA 2YKNA 3ASMA 2KW4A 3DRPA 1RTIA 2OPPA 4N56A 5HRRA 3VA3A 1C0TA 4PY5A 1NJXA 1RT4A 1RT2A 3HL8A 4Z4FA 2Z1IA 1C1BA 3SCXA 4M3YA 1TK8A 1T05A 4W5NA 3OS1A 4KAZA 4FJNA 3SZ2A 5JS1A 3CM5A 2QK9A 3LPUA 4HUEA 1K6YA 3KK3A 1XHZA 4PWDA 4DFJA 4OLAA 1A5VA 3IAYA 4IG3A 1J54A 1FKPA 2OZMA 4I9QA 3ISNC 1EXQA 4FJMA 1HYVA 1UAXA 1KSPA 1RT6A 2BANA 2OPQA 4CJSA 4W5QA 3TAGA 3ALYA 3M8QA 4N47A 4CHNA 3THVA 3AO1A 3V9ZA 3QEXA 2Y1IA 4KPYA 2DTUA 3WNHA 3HPHA 4E7IA 3O3HA 2QKKA 1QTMA 4E7LA 1LWCA 1YT3A 2GUIA 4BWJA 4UQGA 1U47A 3NF6A 4FJIA 4BDPA 3I8DA 4DU3A 1HQUA 3HVTA 3NBPA 3AO2A 1S1TA 4AHTA 1CXUA 3NF8A 1S9GA 3CQ8A 3OYDA 2DFEA 3QESA 1WSJA 1RDDA 1X9MA 4DTPA 1NK4A 3SQ0A 4LY7A 4M42A 4FYDA 5KRSA 1LW0A 5J2NA 1CXQA 1BI4A 3OYAA 4KHUA 2RF2A 3ZSOA 3SJJA 4KI6A 4O0IA 3CFOA 1Z25A 3F9KA 3LAKA 3DYAA 1XC9A 3DLRA 3K5LA 1UA1A 4HUGA 4C8MA 3IS9A 3QO9A 2RPIA 4N5SA 4DTSA 3RTVA 4OVLA 3AVAA 1G15A 3VQAA 2PYJA 1NJZA 1J53A 1F21A 1B9DA 2G8HA 4DFMA 5HRSA 4DS5A 3ZT4A 2PY5A 1S5JA 4KTZA 3AV9A 1TKDA 4CF2A 1D9FA 3V9WA 2HHWA 3MEEA 3SPYA 4F2RA 3OYKA 4CIEA 4W5OA 3V9SA 2DY4A 2HMIA 1SL1A 4E0DA 4FK2A 3ULDA 4RW8A 1C0MA 1EX4A 1X9WA 3OY9A 3D45A 4ZTFA 2XY6A 1WN7A 3OYJA 4M3WA 4DTXA 4H8KA 5DMRA 4JLHA 2ZD1A 4KKOA 1KVBA 3ZT1A 1CZ9A 1FK9A 1WAFA 1LV5A 1Q9XA 1HNIA 2IC3A 1D5AA 4DFPA 5HRPA 1KLNA 3L3UA 3LP2A 1C1CA 3LALA 1C1AA 1QE1A 1KVAA 4IKFA 3PX4A 4DTRA 3T1AA 3ZSRA 1L3UA 1IKVA 3PV8A 4DTJA 2F8SA 1U04A 4E7KA 4DSIA 5K14A 3UIQA 1EETA 5FROA 4CK3A 3K59A 3SQ4A 1TK5A 5SZTA 2P1JA 2EX3A 1IG9A 4FJHA 3AVCA 4FZYA 3OVNA 4BDYA 3OS0A 3AA5X 1BL3A 2NUBA 3DOKA 3KLHA 3EY1A 3JYTA 2YNGA 4CFAA 4BDZA 4ID5A 4DTOA 2IDOA 4C8LA 3M8RA 1SKSA 3ITHA 3M8PA 5CZ1A 3SPZA 1ZBLA 3KKRA 3AVJA 4DQRA 1VSKA 3QEWA 4Z4IA 2GV9A 4CGDA 4KI4A 3BDPA 2IAJA 3P5JA 2D0BA 3ZSWA 4FJKA 5J2MA 4CE9A 4OJRA 5HBMA 4HVJA 3S3MA 4M3UA 1GOBA 4CF9A 2WOMA 4YNQA 1RT5A 2Q3SA 3O4NA 1NOZA 3K58A 3KJVA 1U4BA 1HMVA 1HRHA 4YFUA 3PO5A 2KFZA 4FJ7A 2ITGA 3ZT2A 1WLJA 2D0CA 4FCYA 1L3VA 4ELUA 1RBUA 4FXDA 2FBYA 4E1NA 4O5BA 2XO7A 4B9MA 1BIZA 1VSDA 1RDCA 3DMJA 4Z4CA 4CF8A 3OYEA 3AA2A 3MECA 4Z0UA 3VQ8A 4W5RA 2Y1JA 3KLGA 3HPGA 3HP6A 3V4IA 4BACA 4CJFA 4Q0BA 4CF0A 3OYCA 4JRPA 4ID1A 1UWBA 4GVMA 4CJ5A 4NCAA 1J9AA 4KTQA 4FZZA 4CHPA 1HNVA 2HHSA 4Y1DA 2I5JA 1EKEA 1DTQA 4AILC 4CEOA 1C0UA 3DI6A 3LP3A 4B8CA 4CHZA 3BGRA 3QIOA 3SV4A 3C6TA 3V9UA 2YNFA 4AHCA 3NH0A 1VSJA 1NKEA 5DK5A 4DSFA 4F8RA 1BGXT 4E19A 1S1UA 4CFBA 4F2SA 4CGGA 1JL1A 3DLBA 4L8RB 3AO3A 3VQ5A 3NFAA 1Y97A 4B8AB 3TANA 1NOYA 1W0HA 1U45A 4W5TA 2B4JA 2RN2A 3DM2A 1IKYA 1W9HA 3VQPA 3RMCA 1NK0A 4CGFA 4B08A 2HNZA 3WNGA 4DSJA 2G8FA 2E6MA 1RT7A 1UOCA 1XHXA 4C8NA 5KTQA 2D5RA 2BE2A 5FDLA 3AVFA 2PYLA 5EU7A 2DFHA 4FLXA 2KTQA 4FM2A 4FJ5A 1RDBA 3L2UA 1JLGA 4FLYA 4J2BA 2YV0X 3ZT3A 1VRTA 2FC0A 3ZSVA 4E1MA 1A5XA 4O44A 4LH4A 3OYHA 3RR8A 3TR8A 1HJRA 3QLHA 5T7BA 1WSFA 3VA0A 4DG1A 3QEIA 4HCBA 1QSSA 3SV3A 4B9TA 3VQ4A 2O4GA 4CJLA 1A5WA 3L8BA 4RG8A 5HLFA 3NE6A 1JLAA 3PO4A 4OPKA 4BE2A 4CJRA 3AO4A 3QEPA 3KTQA 2HHVA 1VSIA 1RT3A 1C6VA 1IKXA 3NF7A 4CK1A 2HHTA 1X1PA 1RDAA 2ETJA 4KV8A 4M3RA 2KZZA 3I0SA 1REVA 2OYQA 3L3VA 3A2FA 2KZMA 2YHAA 1NKBA 2G8KA 2HHUA 3L2RA 3ZT0A 1WSHA 3CG7A 1ITGA 3VQQA 3ZCMA 3P83D 4FW1A 5KGXA 4XIUA 3F73A 3NAEA 4CJEA 4I2QA 4B9VA 3TAEA 3FFIA 4PA1A 1TK0A 4DSKA 1QQCA 3DLHA 1TAUA 3CFPA 1CZBA 4CHOA 1ZBFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RKIA 4NCGA 4CK2A 1M1KO 2E88A 4N41A 3DLEA 3ENOA 4WFAL 2CGJA 1NGHA 4YOWA 4RW7A 3WXLA 4Y0WA 2FSKA 1GLLO 2ATQA 2Q0UA 5AQKA 4FLZA 1UA0A 2FSNA 1RBSA 4H0TB 1TL3A 3ZSQA 4CJWA 4B3SK 5HROA 3CMEN 3W3DA 2X6SA 1RGIA 1JCEA 1LOTB 1MWMA 4FK0A 4AM7A 3KZBA 5AZIA 4BR5A 1VQMN 3NF9A 1KVCA 2A1SA 3D2EA 3T69A 5LJWA 4DTUA 3RRGA 1QZ6A 1QVGM 1OVQA 4FK4A 2P9LA 3GE1A 4JI6K 4BRNA 3U9ZA 1HR0K 4DV1K 4EHTA 1V4TA 3CFRA 1YJNN 1TVRA 4EZ9A 1NJWA 5ADXA 2PZSA 1SAZA 3GDQA 3QINA 1D9DA 5LL6Z 2O8FA 2HVHA 4EP4A 3CYMA 1JLFA 3LDSA 3AA4A 1MDUB 4JK8A 5AFUA 5C25A 2P5GA 4BR7A 4MFBA 4IFVA 1I39A 5GINA 5M1FA 1YVNA 4RW9A 5LMNK 5J2PA 1BCOA 2HHQA 4J2DA 2VG5A 2ZF5O 1JLBA 2E2NA 3O80A 3EO3A 3B6PA 3UKUB 2UUCK 5BRHA 2Q97A 3H08A 5I3UA 3VQBA 2IVNA 2ZQBA 4I2PA 4FPBA 4A2BA 5AQUA 3LM9A 3T3FA 3WUHA 4OKJA 3ZETA 4OKEA 3UKRA 4E89A 5AQXA 2QXFA 4FSVA 1VSLA 4E1JA 4CJ7A 1VQ8N 2KHOA 4CEQA 3K2PA 1BI4B 1I94K 3ENHA 2EHGA 4NYNA 3N4QA 5BPLA 5AQGA 2IS3A 3LWLA 3V6DA 3WXMB 1B9FA 4FL9A 5JS2A 4GV9A 4H0PA 3QIPA 2G8VA 5CE3A 3PX0A 1BOTO 3ZYYX 3P1GA 3T1YK 3L2VA 1GLAG 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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