4CGJA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgjA00
3SUOA 4GW6A 3CFRA 1CXQA 3B6OA 3EYZA 1XWLA 3P1GA 4QCLA 2OZMA 3LALA 4CJSA 1KRPA 4PUOA 3CM6A 2IGIA 2F96A 2G8VA 1TKTA 4CEZA 1IKVA 3CG7A 4KPYA 4KB0A 2Y1JA 3KLFA 2Z1IA 3L3VA 3DM2A 1TL3A 2EHGA 4FLWA 3KK3A 1VSIA 4M41A 2XRIA 5HLFA 4FM1A 1RNHA 3QINA 3OYKA 3SV3A 1RT6A 1NKBA 4Y1DA 4JRPA 2DY4A 3VQ8A 3IAYA 4KHYA 4CIGA 4DQQA 3VQDA 1NK6A 1KLNA 3V9SA 3O4QA 1A5WA 4FZZA 1SL0A 3KLEA 3LAMA 4ID5A 3KK2A 1IO2A 1TKDA 1RDDA 3AVMA 1NK8A 3V6DA 3VQ5A 4O5BA 1BI4B 1WSEA 4DS4A 4KHWA 4B08A 4HTUA 1NJWA 4CJWA 2HVHA 3PV8A 1L3TA 5HRSA 1BIUA 3K5NA 2HMIA 2KFNA 2X6SA 3AO1A 1NK4A 3L2QA 4CE9A 3QESA 5CY4A 3HP9A 4CGHA 4H8KA 4FLTA 2HVIA 4FJKA 4AHRA 3KTQA 3OY9A 1HYZA 3TAGA 1D9FA 1GOCA 3SZ2A 3OJUA 1U48A 5SZTA 1VSEA 2XY6A 3ITHA 3SNNA 3RMCA 4CHZA 4E7IA 3AVIA 3SUPA 2P51A 1Z26A 2PYLA 5HRRA 2HHTA 2W42A 1ASWA 1J9AA 1Q8IA 3V4IA 4F3TA 4H4OA 4FW2A 1O1WA 3OS2A 2YKNA 1BGXT 1RT3A 2YKMA 1HRHA 2JLEA 1XC9A 3LANA 1RBUA 1WSGA 4Z0UA 4CEEA 4E3SA 2GV9A 3TAFA 1NKEA 4W5NA 3F9KA 3DLGA 3OYGA 4NYFA 1J5OA 3LP0A 1NJZA 1LW0A 4ICLA 1XHZA 3QEIA 3ZT4A 3JYTA 1HNVA 1S1XA 4DLEA 1T8EA 4O0IA 3D45A 5HRPA 3PX4A 3QO9A 2LSNA 3EY1A 1QS4A 1NOZA 5JS2A 4BWJA 4NCBA 2HHSA 4FYDA 3K58A 1IKYA 3V9UA 4Q0BA 5FDLA 4HUFA 3SV4A 4QAGA 4F4KA 1RDBA 3IS9A 1JXBA 1LV5A 4Z4EA 5KTQA 3O3HA 1VSFA 1QSYA 3K2PA 3SQ2A 2OA8A 3CYMA 1S9GA 1SKSA 1LWFA 4W5OA 1SL1A 4FJ8A 1RT5A 2DFHA 3M8QA 3KJVA 4L8RB 1RBVA 2DTUA 4FM2A 3HSTB 3U3GA 1QSSA 3QEVA 2JGUA 3KKSA 4C8LA 1KVBA 4CJRA 2Y1IA 4CEQA 1NOYA 3TARA 3MEGA 2VG5A 2IAJA 1FKOA 4DWIA 3NBPA 4CEFA 3LWMA 3HVTA 4DTXA 1SKRA 4IKFA 4M3WA 3OJSA 2PYJA 3THVA 2A1SA 3AO3A 5KRSA 3K59A 2WONA 4DFJA 2HNZA 2YNIA 4DSLA 4DQPA 1IKWA 4M3YA 4OLAA 2RPIA 4AHUA 3NDKA 3K5OA 1HPZA 2XY8A 1BI4A 1C1CA 2RF2A 4B9UA 1HYVA 2OPPA 4Z4FA 1WSJA 1W9HA 4FJHA 4N5SA 4OKEA 3QNOA 2F8TA 2DFEA 2RN2A 4JLHA 1RDAA 1WAFA 4M3RA 1I3AA 1HMVA 4E89A 4F2RA 5EU7A 3OYCA 3OYEA 3AV9A 3K57A 3M8SA 3RRGA 3RMDA 4DSIA 1D9DA 2KZZA 1WNSA 3NF8A 4FLXA 3AVFA 3O4NA 3SCXA 4DU3A 4I9QA 4N41A 2HNYA 3V1QA 5I3UA 4KRFA 1HQEA 2YHAA 1BHLA 2FC0A 2YV0X 4JS4A 3DRSA 2OPRA 3NH0A 2AJQA 1SL2A 4FM0A 1ASUA 1KLMA 3U6FA 1IKXA 5D3GA 5FROA 1IH7A 3LP2A 4XIUA 3VN5A 4ELVA 2IOCA 1ZBUA 1RT1A 1W0HA 4FLZA 4I2PA 3SUQA 4O55A 2HHUA 4B9TA 4DTNA 3M8RA 2O4IA 4O4GA 5T7BA 4DF8A 2FBTA 2F8SA 3RR7A 4UQGA 4B8AB 4I2QA 4CF8A 3PUFA 4NYNA 1L5UA 2E4LA 1EKEA 4CIEA 1NK5A 3RRHA 3AO2A 2B5JA 5HBMA 4ID1A 1C0TA 4CHYA 2G8KA 1T7PA 4M42A 1S1UA 4RW4A 3VQCA 4CIFA 4CCHA 4QOZB 2X6NA 2HHXA 3T1AA 2HHVA 2XHBA 3PX0A 4CJKA 2GUIA 1VSKA 3C95A 4KHQA 4DU4A 3OYDA 3H08A 3HJFA 4J2AA 4DQRA 3AVHA 2KZMA 4FXDA 4M3XA 1QQCA 3ZSRA 4B9SA 2ATQA 4K8XA 2B4JA 3VQ9A 4CGFA 4CF9A 4IG0A 4AH9A 3KK1A 3LZJA 3QIPA 1JLAA 4RW7A 4R5PA 3ZT1A 4WE1A 2D0BA 5KRTA 4FCYA 2YNGA 3VQ6A 3DOKA 4PQUA 1RBRA 1X9SA 4E19A 3RR8A 1EP4A 4RG8A 4E7JA 3QEXA 3DLHA 1X1PA 3JSMA 3VQ7A 1JKHA 2RKIA 3VA0A 1VSLA 1VSJA 3SJJA 3DLBA 1CLQA 3LPUA 4B9MA 3MECA 1RT4A 4O0JA 1S1TA 2I5JA 3ZSQA 4CFCA 1JLBA 2D0AA 3ZSVA 4FLVA 1RILA 4DSEA 2P5GA 2VG6A 3TI0A 1JLFA 4CHPA 3EZ5A 4IG3A 1UOCA 1LAWA 2Z1GA 1U47A 3ZT3A 4EZ6A 1J54A 5CYMA 3OYNA 3TABA 3QLHA 4FLUA 4NCGA 1WSFA 3RWUA 2KW4A 1VRUA 3V9XA 1RBSA 4DLGA 1HYSA 1KSPA 4ELTA 1WLJA 4CERA 4DF4A 5HP1A 4KTQA 4J2BA 4CGIA 3QETA 1X9WA 3P5JA 4CJ5A 5J1EA 5CYQA 3A2FA 3T3FA 3IG1A 4CJUA 3OS0A 4W5TA 3S3NA 4EZ9A 4FJJA 3DRPA 4DSKA 4CF1A 4B9NA 4IFYA 4CEDA 4CF2A 5J2MA 3MEDA 4CJ3A 1DTTA 3LPTA 1NJXA 4B8CA 4Z4HA 5HROA 1RBTA 3HP6A 4DMNA 1BL3A 2D5RA 4CJTA 3OYIA 4CEOA 3SUNA 4DTRA 4AHSA 4M3TA 3ALYA 1VK0A 1SV5A 3L3UA 1LAVA 1RT2A 5CZ2A 4HUGA 4CFDA 1RCHA 5J2NA 3S3OA 2P1JA 3MXJA 3TAPA 3OYMA 1JLQA 3MEEA 4OPJA 3SQ0A 3HL8A 1GOBA 3SI6A 3UIQA 3VQQA 2G8HA 5KI6A 3DMJA 1HNIA 4N56A 4FK4A 1TAUA 1U45A 1YT3A 4CGJA 3AO4A 4JRQA 4GMJB 4OGEA 3V9ZA 1Z25A 3LAKA 4CJ4A 4KTWA 4E7KA 4DS5A 2BE2A 3S3MA 4F3OA 5JS1A 4CK1A 3V9WA 4N76A 4RW9A 1EX4A 3DLEA 4CJFA 3E01A 2NUBA 4H4MA 3HPHA 4FZXC 1LWEA 4PY5A 2DFFA 3NF9A 3AVKA 1L3SA 4B9VA 4FK2A 1TV6A 4HCBA 3I0SA 4KKOA 2P5OA 4CHOA 1FKPA 4KHNA 2IDOA 3LP1A 2YNHA 4JS5A 2QKBA 2HHQA 3G0ZA 4F8RA 4CGDA 3HYFA 3PY8A 4PWDA 1TK8A 3M8PA 3HT3A 3AVGA 1B9FA 1XHXA 1S1VA 3AA4A 3K5MA 3I0RA 3VQEA 4CJLA 3ZSXA 3SYZA 1RTIA 3L8BA 4FZYA 4KHSA 2B6AA 4CJEA 3QERA 3VQPA 1C0MA 1ZBLA 3L2RA 3DI6A 1GOAA 3OYFA 1T03A 1YVUA 3QIOA 4ELUA 1KVCA 3LWLA 1IG9A 1CZBA 2OPSA 1C1BA 1RTDA 2G8IA 1B9DA 3OYHA 4RW6A 4DFMA 4ZTFA 2HW3A 4DTSA 2OYQA 4BE1A 2FBYA 4CFAA 4E7LA 1S6PA 5J2QA 4G1QA 1JXEA 4AHVA 4W5QA 1UAXA 2VWKA 2X74A 3VQAA 1JLGA 4FJMA 5FRNA 1VSHA 3KKRA 1BQMA 4LH4A 1BQNA 3FFIA 5KGXA 3MXIA 3NGIA 3K5LA 1ZYQA 1CXUA 4CEAA 4J2EA 3HM9A 3WNEA 4FJXA 2Z1JA 4LSNA 4DQIA 3DLKA 1S9EA 2ETJA 1HJRA 3AVAA 1S5JA 3NF6A 4N47A 3NAEA 1FXXA 4GVMA 4KFBA 4KO0A 4CFBA 2KFZA 5C24A 4DFPA 2VWJA 1N5YA 1F21A 3ISNC 1QSLA 3AVNA 4KHUA 1S1WA 2HB5A 2QK9A 4AHTA 4B9LA 3OYBA 2VG7A 2O4GA 1U49A 1C0UA 5DMRA 3KLHA 1KTQA 3B6PA 2D0CA 3KIOA 4CECA 3TAMA 5SWMA 4FJNA 4EP4A 4BE0A 3HO1A 1RT7A 1S6QA 1TAQA 3PX6A 2QXFA 4DQSA 4K8ZA 4Z4GA 3AA3A 2YNFA 2ZD1A 3P83D 3AVJA 2GBZA 3TR8A 3ULDA 1YTAA 1NK7A 1NKCA 2ITGA 2A1RA 3OYJA 4Q5VA 4DTOA 4ZTJA 3S9HA 1UA0A 1U4BA 1D8YA 4Z4IA 3TWHA 2FBXA 2WOMA 4LH5A 1G15A 3NFAA 3NH2A 2ZQBA 3T19A 1DLOA 4CF0A 3OS1A 5HRNA 3TAEA 1D5AA 1J53A 1XI1A 4OPKA 4FJ5A 1Q9YA 4KI6A 3AVCA 4OVLA 3CFPA 3AVBA 1TK5A 4C8OA 4FJLA 3L2UA 1KVAA 1LWCA 3QEWA 2PZSA 4FJGA 3NHGA 3CM5A 3C94A 1TKZA 2G8WA 2Q3SA 4CEBA 3NGZA 1SUQA 2BDPA 1UA1A 1WN7A 2OPQA 4O44A 3SQ4A 3ZSZA 4OGCA 2G8FA 1N6QA 3DRRA 1ITGA 4C8KA 4CESA 1WSIA 2FBVA 5K14A 3TAQA 3U3YA 3SPZA 1NK0A 4OJRA 1TGOA 3V1OA 3L2WA 3LP3A 4PA1A 2XY5A 1Q9XA 4C8NA 2IC3A 3KLGA 4CK2A 4B3OA 2YHBA 3BGRA 5C42A 4Z4CA 3HVRA 3SQ1A 3PO5A 4HCCA 1C1AA 3RTVA 4DG1A 5KGWA 1ZBHA 1LW2A 1RTHA 4DSFA 1ASVA 4E0DA 1KFSA 4KV8A 1A5XA 4E1NA 2HHWA 4I9LA 2BGGA 4ZHRA 4C8MA 4E7HA 3OYLA 3VQBA 1HQUA 4BWMA 4FJ7A 4YNQA 3PO4A 1BISA 3D0PA 1YTUA 3NE6A 2PY5A 4DSJA 4KB1A 3ZSYA 3VA3A 3V81A 3NGYA 4LD0A 1CZ9A 3ZT0A 4BDYA 4DFKA 1DTQA 3MAQA 1VSMA 1R0AA 2KTQA 3C6TA 4M3UA 1RDCA 1KCFA 4NCAA 3DLRA 3HPGA 3O3GA 2X78A 5DK5A 3ZCMA 3LZIA 1NJYA 1JL1A 4KI4A 1BCMA 3OYAA 3OVNA 2Z1HA 4HUEA 1UWBA 4CJPA 4FK0A 5FRMA 1A5VA 3QEPA 3CQ8A 3AVLA 1K6YA 3KLIA 4FLYA 2QKKA 1I39A 1MU2A 4FVMA 2E6MA 1Y97A 1ZBIA 4I7FA 4MFBA 4MQ3A 5CZ1A 3WNHA 1WAJA 3NH1A 1WSHA 4W5RA 4DTPA 4LY7A 2XY7A 2BANA 3L2VA 3F73A 2G8UA 1C6VA 3ZSOA 1JL2A 4IFVA 1BCOA 3WNFA 3QNNA 1VSDA 4EP5A 5C25A 4DTMA 3MXMA 3CFOA 3DYAA 4CJQA 4HVJA 1QTMA 4F2SA 4J2DA 4E1MA 4HHTA 1VRTA 4DTJA 4CGGA 1EXQA 4IDKA 1FK9A 4KAZA 2EX3A 2KQ2A 3HK2A 1L3UA 3LDSA 1U04A 4CJVA 1RTJA 3HPOA 4IBNA 4YFUA 1QE1A 1L3VA 3NF7A 3KD5E 4CHNA 1X9MA 1JLCA 3ZSWA 3WNGA 1QHTA 3RMAA 4CK3A 3AA2A 3IRXA 3KD1E 1TKXA 4TSXA 4Y1CA 2R7YA 1B92A 1EETA 4AHCA 4LSLA 1TK0A 3NCIA 4AILC 4FJ9A 3ASMA 4BACA 5J2PA 4M45A 3AO5A 3O3FA 2XO7A 2E6LA 3C6UA 4FW1A 2HNDA 3RMBA 1NK9A 4FJIA 4M3ZA 4KREA 4BDPA 3TANA 3HXMA 1ZBFA 4DTUA 3BDPA 1BIZA 3VQ4A 4BE2A 5E41A 1KFDA 4DU1A 1TL1A 1JLEA 4CHQA 2OZSA 3DOLA 3V1RA 3AA5X 1REVA 4RW8A 2ZE2A 3ZT2A 1SKWA 1T05A 5I42A 4BDZA 4OKJA 4OLBA 3G10A 4KTZA 3I8DA 2IS3A 1TVRA 4OKKA 3SPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUOA 3CFRA 4BGBA 3IKMA 3CPEA 4CZEA 1ILYA 3CM6A 2UU9K 4JHDB 3I8BA 4CEZA 3L4IA 1IJJA 2Y1JA 4BR9A 1TL3A 1VSIA 2XRIA 3QFUA 5HLFA 3OYKA 2WUSA 4YDUC 4BVPA 3SBGA 2E5LK 5AJ3K 3IAYA 3LDPA 5BREA 1XQSC 1SL0A 1ATSA 3LAMA 3KK2A 4ISFA 3J7YP 3VGMA 3WQTA 3V6DA 1BI4B 4KHWA 1NJWA 5GAEP 2HVHA 4Z94A 3CCUN 5HRSA 5H1SQ 3K5NA 2KFNA 3L2QA 4CE9A 3UB5A 3QESA 1NGGA 4FJKA 2P9PB 3KWIA 4H0TB 3P38A 4DR5K 1NGIA 5SZTA 4JI4K 1Z26A 2NZTA 2W42A 5F1XA 3V4IA 4CD3A 3O9UA 3N4QA 2YKNA 3JAMO 3UKRA 1XC9A 1RBUA 4BRDA 1NKEA 4A2AA 4DCHA 3DLGA 3CCLN 1HLUA 1GLEG 3TSPA 4RCHA 3MN6A 3QO9A 2HBKA 3M3ZA 4NCBA 5AQQA 4FYDA 5AQFA 2Q0UA 4HUFA 1RDBA 5KQDA 5KTQA 1VSFA 3K2PA 4W5OA 3SJHA 4L8RB 3KJVA 2QWNA 2HMPA 3HSTB 4K0KK 2GEMA 4CJRA 2Y1IA 5AQIA 2F4VK 4BRMA 2P9SA 4IDHA 4DWIA 1NLVA 3NBPA 3H45C 4CEFA 3LWMA 4IKFA 1Z6RA 2A1SA 2HNZA 1IKWA 1HPZA 2XY8A 1BI4A 4Z4FA 1HYVA 4DV3K 4N5SA 4OKEA 1VQ7N 2RN2A 4JLHA 3VGKA 4ILGB 1V4SA 2QI2A 3OYCA 3K57A 3AV9A 3ZETB 4DSIA 3J81O 1D9DA 2KZZA 3FZLA 1WNSA 4C23A 3K9KA 5F0XA 2F9TA 4DU3A 5I3UA 1E3MA 3DRSA 2EWSA 1VQLN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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