4CHOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4choA00
3U3GA 3WNEA 4B9MA 5J2QA 3CFOA 1B9DA 2VWJA 1RTDA 4E0DA 1RCHA 3ZT1A 4DU1A 4DMNA 3KK2A 3SCXA 3QIPA 2DFFA 4CHOA 3MAQA 1SL1A 1R0AA 4LH4A 3L3VA 5J2PA 3QERA 1NK5A 2YKNA 1LWFA 1HNIA 2Z1IA 4CJSA 3SYZA 4M41A 1BCMA 3FFIA 4FJLA 5C42A 3AO4A 3TR8A 3RTVA 5J2NA 1RBTA 4B8AB 4DFPA 3AVBA 4KAZA 3G10A 4B9NA 2IS3A 2X6SA 4LSNA 3KLEA 4JRQA 4KTQA 4O0JA 3VQ8A 4DQPA 4W5TA 4HVJA 1U49A 1UAXA 4HCBA 1JXBA 5J1EA 2G8UA 3VQPA 3SPZA 3K2PA 3NE6A 1WSJA 4CJVA 3QEVA 1RT1A 2HNDA 3H08A 3ZSYA 4L8RB 3S9HA 4RW9A 4DU4A 4CEAA 3HL8A 2I5JA 2ZE2A 2ZD1A 4WE1A 4W5OA 1W0HA 3QIOA 2Q3SA 3I8DA 4DF8A 1TKZA 2FBTA 1XHZA 3HP6A 3SQ0A 4FLZA 4DSJA 4NYFA 2XHBA 3K57A 4Y1CA 5K14A 4CHNA 2YKMA 1RDCA 2IOCA 1EX4A 3OYMA 4TSXA 1ASWA 3KKSA 3HO1A 1BQMA 2XO7A 4KB1A 4E7JA 3PUFA 1RT7A 2KW4A 1ASVA 3LP3A 4GW6A 3T19A 5CYMA 1N5YA 3K5OA 4M3YA 1FK9A 4H4MA 3O4QA 2HHVA 4CEFA 1VRUA 1VSIA 4I7FA 4N5SA 3AA3A 2Y1IA 1JLFA 3EY1A 4AILC 3SUPA 1ZBLA 2HVHA 4DQQA 3P83D 3QETA 1DLOA 2FBVA 1RNHA 5HLFA 1J9AA 4GMJB 1MU2A 4O4GA 4DTOA 3CYMA 4BDZA 1Z26A 1HQEA 1NJWA 4PQUA 2OPQA 3OYLA 3U3YA 1B9FA 1KVAA 2W42A 3CQ8A 4CIFA 1WSFA 1UWBA 1RDDA 2ZQBA 2PYJA 4OGEA 3DLBA 3PX4A 4E7LA 4CGIA 3L2WA 4I2QA 3DOLA 1IKYA 5FROA 4FLXA 3EYZA 4RW8A 1VSLA 3A2FA 1D9FA 3OS0A 4KHNA 4QCLA 4DFJA 1L3UA 4CERA 3IG1A 3V9XA 1TAQA 4B8CA 4BWJA 2A1RA 4FJNA 1LW2A 2P5GA 4FZYA 4ICLA 2HHTA 2WOMA 4JLHA 4KO0A 1KFSA 3HT3A 4DTJA 3DM2A 3LP2A 3RMAA 1LAWA 2VG6A 3LP1A 2Z1HA 3KLGA 2RKIA 3PO5A 3KLFA 4FJ8A 4ZTJA 4Z4IA 3DI6A 1VSDA 1VSFA 3HPOA 4QOZB 1TV6A 4NYNA 3VQQA 4B9TA 4ELTA 1WLJA 5CZ1A 1SKSA 4DU3A 2XY5A 3MXIA 3HSTB 1ASUA 1S1UA 1X9MA 4CHPA 1NJXA 2HNZA 1TAUA 1Q9YA 3VA3A 1U04A 1S9GA 3VQ7A 1VK0A 1DTTA 2IC3A 4CF8A 4MQ3A 3SUQA 1C1BA 3ISNC 3HPGA 2PYLA 1RT5A 1ZBUA 3VQ5A 1UA1A 3P1GA 3DLGA 3NAEA 1JLQA 1CZBA 1C6VA 1BI4B 3B6PA 3K5LA 4FJMA 4CK1A 2KQ2A 2Z1GA 4FW1A 2BE2A 1RT3A 1CXQA 3ITHA 1B92A 1RT4A 3DRRA 3NF8A 4IDKA 4CF1A 1IKVA 1TKTA 4CK2A 3TWHA 1EXQA 1NOYA 4M3WA 1NKEA 3NGYA 3HPHA 4OKJA 4PY5A 3C94A 1T8EA 3PX0A 4RW7A 3S3OA 2PZSA 1C0UA 3TAEA 1NK6A 1QSSA 4AHRA 4CF0A 4NCGA 4CJFA 4KREA 2DY4A 3AO3A 4DG1A 3SJJA 1JL1A 1CXUA 3VQDA 4HUEA 2YNHA 2XY7A 3PY8A 3NF6A 3KIOA 1QHTA 1TK8A 1IKXA 4KB0A 3WNHA 4EZ9A 1WSEA 1L5UA 5HRSA 4E19A 1BQNA 4Z4CA 3ULDA 3KD5E 3DMJA 3ASMA 4K8ZA 3CFRA 1S5JA 1A5XA 1FKOA 1RT2A 4KHSA 3HYFA 4BE1A 3TARA 5JS2A 3AVNA 1L3VA 1VSEA 3DRPA 3SI6A 2B6AA 3T3FA 1HPZA 1NKBA 3HXMA 2O4IA 2HHSA 1KFDA 3SV3A 1S9EA 1HYSA 2G8HA 4C8NA 4DLEA 3O4NA 4KKOA 3S3NA 3AVFA 3CFPA 5KGWA 1RBSA 2QK9A 1UOCA 1L3TA 3DLEA 4FLUA 4E3SA 3QEPA 4M3XA 2KFZA 4DSLA 1WAJA 3F9KA 1A5VA 1TVRA 3NBPA 1EP4A 3HM9A 2OPPA 3KD1E 1GOBA 2OPRA 1Q8IA 1J5OA 3AVHA 3AVJA 4O0IA 3LAKA 4BE0A 2F8TA 4DSEA 4B3OA 2KFNA 3PO4A 1KLNA 1WSGA 4DQIA 2D0AA 3DOKA 3RR8A 1GOAA 2NUBA 4UQGA 1U4BA 2OZMA 3V1OA 3V4IA 4FM1A 2XY8A 3V9WA 3VA0A 4JRPA 3QO9A 2B4JA 2IDOA 4FK2A 3V1QA 4NCBA 4FZXC 1CZ9A 2E4LA 4IG3A 1VSJA 2HW3A 3O3GA 4E7IA 3HVRA 1TK0A 5HRNA 4AHCA 3SV4A 1ZBHA 4Q0BA 3ZT3A 4CGFA 5D3GA 4OLAA 3AA5X 4RW4A 2GUIA 1LAVA 4KI4A 4DTPA 3OYJA 3NH2A 3SUOA 4M45A 4B08A 1EETA 1NJYA 1SL0A 3ALYA 1VSHA 4CECA 3AVKA 4ELVA 2YV0X 4B9SA 2KZMA 1HRHA 3LP0A 5FDLA 3K5MA 3TABA 3RMCA 3NH1A 5DMRA 3V1RA 2G8IA 5JS1A 4EP5A 4CJEA 3MECA 4IFYA 4KFBA 2Y1JA 5KRTA 2XRIA 4ZTFA 2JGUA 4J2EA 2IGIA 4BDYA 5CYQA 1TL3A 1KVCA 4CEBA 3OJUA 3AVLA 4CEEA 2HHUA 1C0MA 1VSKA 4MFBA 1Z25A 3QEIA 1JLAA 1J53A 2X78A 1BI4A 5HBMA 3L2UA 3OYDA 2HMIA 3IS9A 3KJVA 4O55A 4DTSA 2RN2A 1S6PA 2R7YA 3I0RA 2KZZA 3MXMA 4W5NA 1BISA 4E1MA 2ETJA 3C6UA 2DFEA 4I2PA 4AHSA 4OPKA 3OYGA 2QXFA 5T7BA 4PA1A 3AA4A 3NF7A 3L8BA 1YTUA 4FLYA 1TL1A 1ZYQA 2G8WA 3JYTA 4DF4A 5KTQA 3RWUA 3O3HA 3ZSOA 1FKPA 1HJRA 4M3TA 2HHXA 3LZJA 4Y1DA 4FJ9A 1RBUA 1Y97A 3TI0A 1WSHA 1QQCA 1SKWA 2HHQA 3ZSZA 1TGOA 4FJJA 3BGRA 4RW6A 3AVMA 1YVUA 2HB5A 2G8KA 2OA8A 1XWLA 1IO2A 2D5RA 1JL2A 3ZSXA 4DS4A 2YNIA 3AO2A 1WAFA 3MEDA 4CFDA 4FLTA 2PY5A 4CE9A 3KKRA 4CJ3A 2P5OA 4J2DA 4FJ7A 1VRTA 3NFAA 4FZZA 1C1CA 2EX3A 4OPJA 4F3OA 4CHYA 4CIGA 4FCYA 5DK5A 4J2BA 1D8YA 2IAJA 2QKBA 3OYAA 4OLBA 4N56A 3VQ6A 3UIQA 2EHGA 3L3UA 4CFBA 1N6QA 3HVTA 4F2RA 3SPYA 4CEOA 4FLVA 2RPIA 3QNNA 4M3RA 3ZSWA 3L2VA 5HP1A 3D0PA 3V9ZA 4CEZA 1KTQA 4DQRA 1LWEA 5I42A 1NK7A 4HCCA 1W9HA 4FYDA 3DYAA 4CEDA 1KSPA 3CM5A 4LSLA 3O3FA 2ATQA 4BWMA 4CJRA 4ID1A 3ZT4A 4CGDA 1RBVA 2X6NA 4IKFA 4K8XA 2F8SA 4BE2A 5C25A 4KI6A 3NGZA 4AH9A 4CK3A 1KRPA 2AJQA 3AO5A 3OYNA 4C8LA 3LANA 4B9LA 4F8RA 1EKEA 1QE1A 3LPUA 3ZSRA 3RRHA 4AHUA 3I0SA 4OKKA 4OKEA 4CJPA 3TAQA 2A1SA 3VQCA 1I3AA 1RTIA 4DTUA 1TK5A 4Z4GA 2E6MA 4IG0A 3ZSVA 1RTHA 4G1QA 4CJKA 1JXEA 3P5JA 4OJRA 5KRSA 3OS2A 4FJHA 4CESA 3HK2A 2RF2A 3LZIA 4CJWA 3K5NA 2B5JA 3QESA 3VQEA 3B6OA 2BDPA 3HP9A 3WNFA 3NF9A 3QEWA 4DTMA 3AA2A 4EP4A 2G8VA 4CJQA 5C24A 3IRXA 4J2AA 2FBXA 3THVA 4FJKA 5KI6A 3L2RA 4KV8A 4CJUA 4CEQA 2YHBA 3AVIA 1ZBFA 4HUFA 3V9SA 3LPTA 4DS5A 1TKXA 1C0TA 4CJLA 2HVIA 4O44A 2HHWA 2KTQA 1O1WA 3LAMA 4KHQA 2FC0A 4DSFA 1J54A 4IBNA 3E01A 4B9UA 4ELUA 1JLCA 3ZCMA 1YTAA 1U48A 3TAGA 4HUGA 2X74A 1LWCA 5CY4A 3G0ZA 1JLGA 4CGJA 4M3ZA 4GVMA 1WSIA 4DLGA 1GOCA 3C6TA 3NDKA 1SKRA 3M8QA 1IH7A 4Q5VA 4I9QA 1F21A 4DTRA 4CHZA 4B9VA 4CJ5A 3V9UA 1WNSA 1Q9XA 1CLQA 5FRMA 1NK9A 1YT3A 2DFHA 1KCFA 2VWKA 4Z0UA 3VQAA 3VQBA 5KGXA 3T1AA 2HNYA 4LY7A 3TAMA 4E7KA 4DTNA 3SUNA 4HHTA 4H4OA 4N41A 3KLIA 4NCAA 2WONA 4ID5A 1IKWA 4M3UA 1SV5A 3TAFA 1K6YA 4YFUA 5FRNA 2LSNA 3VN5A 1BL3A 3NGIA 1RILA 3ZT0A 3HJFA 1HYZA 4M42A 4FM0A 3SQ4A 1QS4A 1S1XA 5J2MA 3TAPA 4W5QA 1XI1A 3U6FA 1X9SA 4W5RA 1G15A 4KPYA 5SZTA 2E6LA 2VG7A 4CJTA 2GBZA 3K59A 3SQ2A 4FVMA 3OYFA 1SL2A 2OYQA 1BHLA 2XY6A 4FJ5A 3NHGA 1D5AA 3ZSQA 3MEGA 4CGHA 1XC9A 4CJ4A 1ITGA 1X1PA 3DRSA 4I9LA 3KK1A 4DQSA 4O5BA 1QTMA 2BGGA 4KHYA 3DLRA 3M8PA 3RMDA 3OJSA 3WNGA 4N47A 3OS1A 1T05A 3NH0A 4JS4A 4FJXA 5CZ2A 3LWMA 1VSMA 1SUQA 4F4KA 2OZSA 1QSYA 1A5WA 3OYBA 4KHUA 3DLKA 4H8KA 3OYCA 4BDPA 4DFKA 3AVAA 3EZ5A 3IAYA 1L3SA 4C8KA 1XHXA 1NK8A 3OVNA 3KLHA 1NKCA 3VQ9A 1ZBIA 4KRFA 5HRRA 3M8SA 1LV5A 4KHWA 4EZ6A 1UA0A 4ZHRA 4RG8A 2P1JA 1S1VA 3JSMA 2P51A 1RDAA 1LW0A 1WN7A 3SQ1A 3NCIA 1RT6A 3C95A 3D45A 3K58A 2G8FA 4E7HA 4FJIA 4F3TA 4FM2A 4FJGA 4DSIA 4FLWA 3PV8A 3QEXA 2BANA 1HQUA 4FK0A 1IG9A 4JS5A 1JLEA 4PUOA 4DSKA 3L2QA 3AVCA 4F2SA 1S1WA 1S1TA 4R5PA 1DTQA 3ZT2A 4YNQA 4IFVA 1RBRA 2O4GA 3MXJA 4Z4HA 3OYKA 3QLHA 4DTXA 1BCOA 3CM6A 1HMVA 2YNFA 3RMBA 3RR7A 1NJZA 3KTQA 5HROA 3QINA 3CG7A 3AO1A 1BIZA 4C8MA 1NK0A 4C8OA 2FBYA 4DWIA 1TKDA 1NK4A 4AHVA 2YNGA 1C1AA 3VQ4A 4CGGA 4CFCA 4CFAA 1X9WA 3BDPA 1U45A 3OY9A 4CCHA 1BGXT 4LH5A 3LWLA 3RRGA 2OPSA 3KK3A 4DFMA 1U47A 2DTUA 4Z4EA 3AVGA 1FXXA 4CF9A 3V81A 4CHQA 3S3MA 4E1NA 1KVBA 1BIUA 3OYIA 3DLHA 4HTUA 1T7PA 4FW2A 4CIEA 4KTWA 5EU7A 4FK4A 5I3UA 1I39A 4CF2A 1T03A 4PWDA 2GV9A 4LD0A 3F73A 4QAGA 3LALA 3OYHA 4OVLA 3PX6A 5E41A 2QKKA 3AV9A 2Z1JA 3OYEA 2D0CA 2YHAA 1RDBA 3TANA 2JLEA 4BACA 1HYVA 1REVA 2F96A 1KLMA 4OGCA 3QNOA 4N76A 5HRPA 2D0BA 4AHTA 3SZ2A 3M8RA 4XIUA 3V6DA 1JLBA 3SNNA 1QSLA 2VG5A 1D9DA 4Z4FA 1HNVA 4FXDA 2ITGA 3LDSA 1NOZA 4KTZA 4E89A 5SWMA 1RTJA 1JKHA 3MEEA 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNEA 4B9MA 3CFOA 4J8FA 1XQSC 1RTDA 1YJWN 4CHOA 1YXQA 3DLLL 5LMUK 3AAQA 4LH4A 3L3VA 2Z1IA 4DV1K 4CJSA 2YHYA 4FJLA 3AO4A 3RTVA 4DFPA 4B9NA 2IS3A 2X6SA 1GLLO 4BR7A 2CGLA 1JXBA 5J1EA 3SPZA 3K2PA 3Q7BA 1WSJA 4DR4K 4L8RB 4DU4A 3BEXA 3ZYYX 2E2OA 2Q3SA 3ZX3A 4DF8A 1TKZA 3SQ0A 4WQ5C 4FLZA 2GWKA 2XHBA 4CHNA 4MLEA 3CF5L 2IOCA 4PKHA 3OYMA 3KKSA 4BY9C 1BQMA 3HO1A 4E7JA 4JI8K 3PUFA 4JI1K 5BPNA 4BG8A 4BC2A 3K5OA 4H4MA 1YVNA 3I8BA 1VSIA 4H0PA 2Y1IA 1JLFA 4AILC 1ZBLA 1DLOA 2FBVA 4BC5A 3VF4A 2V7ZA 5CR4A 1Z26A 1HQEA 3U3YA 3PSFA 1B9FA 4JKGB 5LJVA 3VEWA 3IDHA 4ISGA 3DLBA 2F9TA 3L2WA 1EO1A 4NXMK 1GLJO 2UUCK 2NRVA 3J81O 3V9XA 1TAQA 4BWJA 5GAHP 4FJNA 5IT9O 4FZYA 4ICLA 4WQ5A 4YOUA 4JLHA 1KFSA 3HT3A 1VQ6N 2VG6A 2YX6A 3G25A 2Z1HA 3KLGA 4Z4IA 4QOZB 4NYNA 1LOTB 5C15A 1QVGM 4CHPA 1TAUA 3VA3A 1S9GA 3SUQA 4MQ3A 4JI0K 3O1BA 2IVOA 3ISNC 3HPGA 4K0KK 5F2RA 2UUAK 3FE1A 1ZBUA 5AQUA 1V4TA 1JLQA 1BI4B 3B6PA 1HNWK 2O8FB 3ITHA 4CGFA 1B92A 3DRRA 4BC3A 3MN7A 3THWA 4CVNE 1NKEA 3HPHA 4PY5A 3FZKA 4RW7A 3S3OA 2PZSA 3TAEA 1QSSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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