4CHQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chqA00
3F73A 3OYGA 3PX4A 1T03A 3QIPA 4E7JA 1UOCA 4Y1DA 2OZMA 4OGEA 3SZ2A 4ELVA 1YTAA 2DTUA 1VSKA 1Z25A 2YNGA 3WNFA 4O0IA 4N5SA 3OYMA 3LZIA 3VQ9A 1IH7A 5HROA 3LAMA 4AHSA 5HRSA 2OPQA 4MFBA 4EP4A 2RF2A 3VQEA 4DFKA 3TR8A 1RT1A 3V6DA 1WLJA 3AVLA 5FROA 4Z4HA 5KGXA 1JLEA 3CQ8A 3SQ2A 1JLGA 4CJFA 3NF6A 1MU2A 1QHTA 1FXXA 4CGGA 4FM2A 3HT3A 3CG7A 2HB5A 4G1QA 5JS2A 4CESA 1EX4A 4FW1A 4FCYA 4FJIA 4FLVA 1BCOA 3KLHA 1VSFA 4CJEA 4F8RA 4M3TA 3T1AA 5KRTA 4FJXA 2X6SA 3ZT2A 4FJHA 1KFDA 3H08A 1TGOA 3U3GA 3ZSQA 3LALA 3KLFA 3LDSA 2A1RA 4KREA 1QSYA 1C0MA 3RWUA 3OJSA 5HP1A 4J2BA 2AJQA 1A5XA 3RMBA 4PUOA 4M3UA 2YNHA 2HHSA 1C0TA 3D0PA 4E1NA 4HUEA 2HHXA 3KLGA 3AA4A 1QTMA 2Z1JA 4RW8A 1HNVA 4CE9A 4GW6A 4KV8A 4CIGA 1I39A 3VQBA 3VQ6A 5SZTA 3MAQA 2RN2A 3K5LA 3V9UA 1X9MA 1L5UA 3B6PA 4UQGA 3EZ5A 3S9HA 4I9LA 4CJQA 4IG0A 2FBVA 1TKZA 1BL3A 3ZSXA 4HHTA 5I3UA 4C8KA 3OYKA 4J2DA 4DQQA 4DTOA 1A5WA 3K5NA 2HHUA 1RDDA 2X6NA 4E19A 2DY4A 4CGFA 4FW2A 1WSEA 2IAJA 3ITHA 3AVAA 3DRPA 5DK5A 1NJYA 3ULDA 1HJRA 1VK0A 3LP3A 2GV9A 3OYIA 3K5OA 4DTPA 1RT4A 2DFHA 4BDZA 4DSIA 4KHNA 4E89A 2A1SA 3HVRA 4KHSA 3WNEA 4NYFA 1YTUA 4CF2A 1LAVA 2G8HA 4KB1A 3DLHA 4PA1A 2LSNA 4LD0A 4XIUA 3AVBA 3LPTA 4QCLA 3QINA 3DRRA 1S9GA 3AO3A 1NJXA 4ID5A 2KZZA 3SJJA 1ZBHA 4C8OA 1BI4A 3AO5A 3QEWA 1WAFA 3NBPA 1XC9A 1I3AA 1T05A 3KD1E 1HQUA 4CJ5A 4CERA 4KFBA 4CGHA 3QEIA 3KTQA 1RBRA 4KRFA 3TABA 3K5MA 1WSGA 1U45A 3MXJA 4DS5A 2IS3A 5CZ1A 4KTQA 2FBTA 4AILC 3HXMA 2HHVA 3V81A 3PX6A 1BCMA 1ASUA 1BQNA 4DF8A 1LWEA 3TI0A 3TARA 4DTMA 3CFPA 1U49A 4O5BA 4IFVA 1NK4A 5CYQA 3MXMA 4FLTA 4Z0UA 3A2FA 3OYBA 3U6FA 3OS0A 1KLNA 1RT7A 1ITGA 1J53A 1LW0A 2PY5A 4B9TA 2XRIA 4IBNA 4CHZA 3EYZA 5CZ2A 2P5OA 1Z26A 4CJTA 4F2RA 4KHQA 3KIOA 4YFUA 4W5RA 1L3UA 1VSLA 2G8VA 4Q5VA 1D9FA 2HMIA 3KD5E 4J2AA 4CJKA 3THVA 1F21A 1JLAA 1JKHA 1LAWA 3DLGA 3L3UA 1ASWA 2E4LA 3CYMA 4RW9A 1TK5A 4B9SA 1TK0A 2HVHA 3AVGA 2B4JA 1YT3A 4FZZA 3RMCA 3NF8A 1NK9A 1JLBA 4CK2A 4DMNA 4QAGA 3NH2A 3L2VA 4K8XA 4DU1A 4IKFA 4FZYA 4M3XA 2KFNA 1NK0A 1S1TA 1CZ9A 5KTQA 3RRHA 3QERA 1T8EA 4E3SA 3VA3A 3SPYA 4F4KA 4BDPA 2Z1HA 1D5AA 4CJLA 1RT5A 3HYFA 4LSLA 3DLBA 5KI6A 2Z1IA 1L3VA 4CHNA 3RR7A 4FZXC 1C1CA 4FLYA 1U48A 4OLBA 1RBVA 1TAUA 4FLZA 1C0UA 4CEFA 4BACA 4Q0BA 1S1UA 1IKYA 3V4IA 4FJ5A 4B9VA 5I42A 1GOCA 4E1MA 1L3SA 3HSTB 3DI6A 5T7BA 4W5NA 3AA5X 1EXQA 2BE2A 3SQ1A 2EX3A 1VSHA 3I0RA 1DTTA 4E7IA 4KI6A 2XHBA 1S9EA 2ZE2A 4DU4A 1VRUA 2O4IA 2KFZA 3QNOA 4HVJA 4ID1A 2D0BA 2W42A 1NOZA 4CF9A 3KJVA 1SL1A 2D0AA 4ICLA 4MQ3A 3LP0A 4DTJA 4M3RA 5HRNA 1VRTA 5SWMA 1RILA 2WOMA 1VSMA 2ITGA 4N76A 1BIZA 4M41A 3VQCA 3QETA 4DQPA 3BGRA 4H4OA 4CEQA 2IOCA 4KKOA 4ELUA 1BI4B 3RMDA 2PYLA 2DFEA 3DLRA 5KRSA 3VA0A 4LY7A 4KHUA 4M3ZA 1TVRA 3DYAA 3VQAA 4DTRA 1J5OA 5J2MA 2F8SA 4CJVA 4FYDA 4KTZA 3T3FA 1UA0A 3LWMA 3AA2A 4FVMA 1C1AA 2ATQA 2EHGA 3VQ5A 3C6TA 3IS9A 1QS4A 1U04A 3NGZA 3OY9A 1O1WA 1JLFA 1TAQA 2YKNA 3K2PA 3O3GA 3M8RA 3V1RA 4B3OA 4JRPA 1Q8IA 2VWJA 3OJUA 3CM5A 1U47A 4FJJA 2D5RA 1LWFA 4WE1A 3S3MA 4B9MA 1RTIA 3V9WA 4GVMA 1BIUA 3QEXA 1XHZA 5EU7A 4CJ3A 3CFRA 1RT2A 3VQ8A 1KCFA 4ZTJA 1JXBA 1RT6A 4AHCA 2Y1IA 1LV5A 1UA1A 1RT3A 3NH0A 2YV0X 3FFIA 3TAQA 3OVNA 1REVA 4BWMA 1KSPA 4KAZA 3O3FA 1EETA 2HHWA 3VQ4A 4FJGA 1HQEA 4QOZB 3ZSWA 4I9QA 4E7HA 1CZBA 3C6UA 3F9KA 3HPHA 4LH5A 3OYEA 4KI4A 4FJNA 3AVJA 3HVTA 4CHQA 3OYHA 4CECA 3OYAA 1UAXA 4CCHA 4FK0A 4CGIA 3DOKA 1BQMA 3HP9A 4CEZA 3L2QA 1IKXA 4NYNA 3LWLA 4DLGA 4DSLA 1KVAA 4M42A 1S6QA 3O4NA 3WNGA 2X74A 2OPRA 3RTVA 3P1GA 2HW3A 2PZSA 3RR8A 4NCAA 3P83D 2IC3A 3AV9A 3NHGA 3QESA 4CK1A 4DSJA 2OYQA 3AA3A 4M45A 3AVIA 2P51A 4KB0A 4FJ8A 4CIEA 1HYZA 2VWKA 4CFCA 1S1WA 4CF8A 3M8PA 1S6PA 2DFFA 2ETJA 3NAEA 1VSDA 2YKMA 3AVFA 1FKOA 3LP1A 3MEDA 3NF9A 4CHOA 3HM9A 3DLEA 3PX0A 3OYLA 2B6AA 1W0HA 4CEEA 5J2PA 1NJZA 3LANA 1EKEA 5CY4A 3ZCMA 3ZT0A 3ZT4A 4AHRA 5HLFA 3KK1A 1ZBLA 1SL2A 4EZ6A 3SI6A 4E0DA 3SV3A 4W5OA 2XY5A 3QEPA 1UWBA 3MEGA 3KKRA 3ZSVA 1TK8A 5C42A 3HP6A 4KHWA 5DMRA 1SKWA 1DLOA 3L8BA 3WNHA 1TV6A 4FJKA 2G8IA 1RNHA 3QLHA 2R7YA 4OLAA 1W9HA 3NF7A 3G0ZA 4CEDA 2OA8A 3ZSZA 3C94A 2G8FA 1DTQA 5FDLA 3JSMA 5HRRA 2QK9A 2KQ2A 4AHTA 4CK3A 1YVUA 3VQ7A 5HBMA 1NK7A 3ALYA 4DTSA 3V9SA 3KK2A 4DQIA 4FXDA 3PO5A 3NH1A 1SUQA 3ZT3A 2BANA 4FM1A 1NKCA 1CLQA 2YNIA 4RG8A 3QIOA 4CEBA 1LWCA 1HMVA 1JL1A 4Y1CA 2KTQA 2P1JA 4HCCA 3TAEA 1LW2A 3L2RA 3LAKA 3K58A 3ZSOA 4K8ZA 4LSNA 4YNQA 3MEEA 4DWIA 2OPSA 3OS2A 3LPUA 2XO7A 4FM0A 3E01A 4E7LA 4RW4A 4DSEA 4M3YA 2G8UA 3IAYA 4H8KA 4DS4A 3AVNA 4DQRA 1RTHA 4FK4A 4O55A 2IGIA 2WONA 1SV5A 3OYFA 4ELTA 2QKBA 3VN5A 3QEVA 2KW4A 4HUFA 2GBZA 3B6OA 3DRSA 4DSFA 1KTQA 3SV4A 3VQDA 2QKKA 1IO2A 3KK3A 1BGXT 3KLEA 4FJ7A 1QE1A 1HRHA 1FKPA 5E41A 4FLXA 2XY6A 3OS1A 1RBUA 3AVHA 4CJ4A 1D9DA 1JLCA 4OPKA 2I5JA 3U3YA 1FK9A 4CJRA 2ZQBA 1VSJA 1ASVA 3P5JA 3T19A 1SKRA 2HNDA 1WSHA 4CF1A 4Z4FA 1B9DA 2FC0A 3HL8A 3VQPA 4I2PA 2Y1JA 3OYJA 3RMAA 1RBSA 1ZBIA 2F8TA 3TANA 4C8LA 3S3OA 3BDPA 1VSIA 3NGIA 4DTNA 2FBXA 4RW6A 1RTJA 4AHUA 1NKEA 4BE1A 4CHYA 2ZD1A 3AO2A 4N56A 3OYCA 4PWDA 4NCGA 1SL0A 3TAFA 3AVCA 1Y97A 1BISA 1SKSA 4PY5A 5K14A 4R5PA 4C8MA 1U4BA 1XI1A 1NK6A 4CEAA 3SPZA 3SUPA 1K6YA 3PY8A 5C24A 4B9NA 4CFDA 4I2QA 1S1VA 4HUGA 4OVLA 3NFAA 4H4MA 3NE6A 3PV8A 5JS1A 1L3TA 2BDPA 3L3VA 4C8NA 4DG1A 2VG5A 2D0CA 4O44A 4DQSA 1X9SA 1RCHA 5D3GA 4N47A 3KLIA 1XHXA 1KVCA 4OKEA 3HPOA 4JS4A 3C95A 2OZSA 3K57A 2HHQA 1CXUA 2IDOA 3VQQA 5J2NA 3TAGA 1J9AA 1T7PA 2P5GA 3V1QA 1X9WA 1XWLA 4J2EA 2E6LA 4FLUA 3DOLA 4ZHRA 3NGYA 1C1BA 3QO9A 2RKIA 1HYSA 1G15A 4CF0A 1VSEA 4OJRA 4JS5A 4FLWA 3V9ZA 4I7FA 2YHBA 1WSIA 1WSJA 2GUIA 2VG6A 2E6MA 2YHAA 2G8WA 4B8CA 4Z4CA 3L2UA 4DTUA 3AVMA 2BGGA 1ZBUA 2O4GA 4F2SA 4Z4GA 3DM2A 4DFJA 2XY7A 1ZYQA 3HK2A 3PUFA 3ZSYA 3SYZA 1TL1A 3PO4A 4OKKA 3SNNA 3NDKA 3DMJA 1WNSA 4CJPA 4W5QA 3L2WA 4DSKA 1B9FA 4DFPA 1CXQA 3CFOA 4OGCA 1IKVA 4Z4EA 1NOYA 4B9UA 1S1XA 1KVBA 1JXEA 1R0AA 3ASMA 2KZMA 1WSFA 2JGUA 3ISNC 4BWJA 1RBTA 3TAMA 4GMJB 3TWHA 4CEOA 1KFSA 4N41A 4F3OA 4RW7A 4Z4IA 2XY8A 4KHYA 2Q3SA 2JLEA 1HYVA 1JL2A 2Z1GA 3AVKA 3CM6A 4W5TA 1N5YA 2F96A 1Q9XA 4JLHA 5KGWA 4ZTFA 4CJSA 3EY1A 5J2QA 3HO1A 4AH9A 1BHLA 2X78A 4L8RB 4B8AB 1TKXA 2HNYA 4O4GA 4EP5A 3I8DA 4BDYA 1TKDA 2YNFA 4IG3A 1GOAA 4O0JA 3OYDA 1N6QA 1NK5A 5J1EA 3KKSA 3SUQA 3M8QA 4OKJA 1JLQA 1ZBFA 3NCIA 1HPZA 3TAPA 4IDKA 1EP4A 3RRGA 3AO4A 1TL3A 3O3HA 3AO1A 3SUNA 3HJFA 1QSLA 1QQCA 5C25A 3OYNA 3V1OA 2NUBA 1NJWA 1NK8A 4HTUA 3I0SA 1QSSA 4KTWA 4DF4A 2OPPA 3LZJA 5FRNA 4JRQA 4DFMA 1Q9YA 2HHTA 1C6VA 1RDCA 1WN7A 3K59A 5CYMA 1KLMA 4HCBA 1D8YA 4NCBA 3QNNA 4DLEA 4FJMA 4CGDA 1RTDA 2FBYA 1A5VA 4CFAA 4AHVA 3DLKA 3ZT1A 2PYJA 3G10A 3V9XA 3M8SA 4FJ9A 1NKBA 2HVIA 4DU3A 2G8KA 1IKWA 5HRPA 4KO0A 3IG1A 3ZSRA 2B5JA 4CJWA 3LP2A 3SCXA 3SQ0A 3MXIA 1RDAA 3S3NA 4B9LA 1S5JA 1WAJA 2VG7A 1B92A 1RDBA 1X1PA 3MECA 1GOBA 1IG9A 3HPGA 4F3TA 3O4QA 3D45A 4LH4A 4TSXA 3UIQA 1HNIA 2HNZA 4CGJA 4CJUA 1TKTA 4BE0A 3SQ4A 4KPYA 4M3WA 4CFBA 4PQUA 3SUOA 3JYTA 5FRMA 3IRXA 4E7KA 4OPJA 4EZ9A 4BE2A 4DTXA 4FK2A 4B08A 4FJLA 2RPIA 4CIFA 1J54A 1KRPA 4IFYA 4CHPA 2QXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C2DA 2QWMA 1R59O 3J7YP 3I8BA 4OGEA 3E1YA 3SZ2A 2DTUA 3WNFA 4N5SA 1IH7A 1VQ5N 4AHSA 2OPQA 1VQ6N 4AF1A 5FROA 5KGXA 5EX5A 1MU2A 1QHTA 3E9LA 4IZ9A 1ZC6A 4K0KK 2PFUA 4BG8A 3VEWA 3LDSA 3KLFA 3U3GA 4KREA 3WXMB 1C0MA 3RWUA 2UUAK 1A5XA 2V7YA 2IVPA 1NBWA 3I56N 2YNHA 2RHKA 1C0TA 1KD1O 2E88A 2HHXA 3KLGA 4FSVA 4GW6A 5LL6Z 1XMOK 4H0YB 3G4SN 3VQ6A 5SZTA 3MN5A 1K9MO 1VHXA 3B6PA 3H1VX 3P31A 3ZSXA 5I3UA 4HHTA 4DQQA 1A5WA 3DWLA 2NNWA 4B1WB 3ITHA 3AVAA 1NJYA 2GV9A 3K5OA 4BRCA 4BDZA 4DSIA 4MDBA 1RFQA 3EKSA 2BH1A 2ZWHA 3AARA 2LSNA 4LD0A 3AVBA 4QCLA 1S9GA 2WUSA 1OH7A 3H45C 3AO5A 1WAFA 1P90A 4BRFA 4HTLA 4CJ5A 4CERA 3TABA 4KHPK 3K5MA 1WSGA 4RTFD 5HOOA 4CVNE 3HXMA 2HHVA 1BCMA 4B3MK 5A2QO 4IFVA 4FLTA 4Z0UA 1KLNA 3CCLN 3WXKA 4B9TA 1RT7A 1J53A 4LF7K 3VEOA 4IBNA 1SS6A 3CJBA 3KIOA 4W5RA 2HMIA 4CJKA 1M1KO 1NGDA 1YHQN 4BRKA 3CYMA 4B9SA 3EO3A 5ADXA 4DV1K 1VQ7N 1IBKK 2B4JA 4JYAK 1VAZA 3OBYA 4Z94A 3RMCA 4LF5K 1JLBA 4EHUA 4JHDB 4FOEA 1NK0A 3QERA 3JAMO 2NRRA 4F4KA 2Z1HA 1D5AA 3HYFA 3DLBA 1NGEA 3LDQA 4OLAA 1TAUA 4FZXC 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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