4CHYA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chyA00
4KO0A 1WSJA 4KPYA 4CFAA 4E7HA 4CJPA 3NH0A 2PYLA 3ZSZA 3OY9A 1CZBA 3S3OA 1TGOA 4AHTA 4I2PA 2BANA 2EX3A 5HROA 3HK2A 1UWBA 1QE1A 3ZSYA 4K8XA 1RBTA 2YV0X 4CGDA 3M8SA 1HMVA 4FJ8A 1C1CA 3KJVA 1Y97A 5KRTA 3AVBA 3LZJA 3SQ2A 5HLFA 2HW3A 1UAXA 4KB1A 5I3UA 3QEPA 4W5OA 4DSEA 1VSEA 1WN7A 3AVJA 2FBVA 4B3OA 3MXIA 3MXJA 3DM2A 1VRTA 3MAQA 3AA5X 1HYVA 1TK8A 3KTQA 3CG7A 1C0UA 4CJUA 5HRPA 1N5YA 3MXMA 4FZXC 1JKHA 2B4JA 2XY8A 1BGXT 3VQ6A 3D0PA 4CJ3A 4FM0A 2FBTA 4M45A 3JYTA 4RW6A 1RTIA 1R0AA 3BDPA 1ASVA 3ZSVA 4OGCA 4N47A 3T19A 3C6TA 4CJFA 4J2EA 1DTQA 4IFYA 4AHUA 1ITGA 1QS4A 1RDBA 2IS3A 4FJKA 3IG1A 4DTRA 3H08A 4FM1A 4E1MA 5HBMA 4CK1A 3I8DA 1SL2A 1CXUA 1NOYA 4DSLA 1IKVA 3CFRA 4UQGA 4ELUA 3UIQA 1B9FA 4JS5A 1NJXA 3PO4A 1L3VA 4DQIA 3VQ5A 4DQPA 1LWEA 1NOZA 2OPQA 1RDAA 3G0ZA 3VQAA 4C8KA 4W5TA 4OGEA 4M3ZA 4DTXA 3L2UA 2KFZA 3KK1A 1S1WA 4NYNA 3NDKA 4EP4A 4FM2A 1FK9A 3HSTB 5J1EA 4DS4A 4B9NA 2HHVA 1LWCA 3WNFA 4N76A 3RMDA 4E0DA 3O3GA 1HPZA 3AVCA 1RBRA 4RW9A 5K14A 3KLGA 2ATQA 4PA1A 1XC9A 1FKOA 1S1XA 2XY7A 2OZSA 2HNZA 3QEXA 2G8IA 2RN2A 1W9HA 1WSFA 4FJNA 1C6VA 2Z1GA 2DFEA 5C24A 3NF7A 1RNHA 5CZ2A 1T7PA 3G10A 3LAKA 3OYLA 4FJXA 2ZD1A 3KIOA 3SV4A 1S9EA 2BE2A 1KFDA 2WOMA 1WNSA 5C25A 2W42A 3C95A 3V1RA 3CQ8A 4ZTJA 3KD5E 3ZSWA 4M42A 3L2QA 3VA0A 3PX6A 3AVHA 1S6QA 3K59A 1VSLA 2ITGA 4IDKA 4LSLA 1RBVA 3LDSA 1U49A 4DSIA 2XY5A 1A5XA 4E89A 4CGJA 1LW0A 3V9ZA 4OPKA 4M41A 3QLHA 3KLIA 3NH1A 2GBZA 1A5WA 1SKSA 3NHGA 3L2VA 4FJGA 1GOBA 1U47A 4CESA 4LH5A 3HPGA 2HVHA 1NJWA 4LH4A 1BQNA 4E7KA 3K5MA 3EY1A 1WSEA 1NK6A 3P1GA 4HVJA 1XHZA 3KLFA 3OYGA 4BWJA 3TAEA 3OYAA 4CF1A 3O3HA 3MEEA 4DFKA 1SL1A 4YFUA 2GV9A 3OS1A 3HO1A 4CEDA 4DTPA 3LALA 2ZQBA 2X6SA 3HYFA 1KVBA 3RR7A 3NH2A 4DFJA 4G1QA 4Z0UA 4FXDA 1BIZA 4LSNA 4CGFA 3OYMA 1VSIA 4CJQA 4FJ7A 4FLZA 3FFIA 1BI4B 4Z4GA 1YVUA 2IDOA 3U3YA 4TSXA 3AA4A 3DOLA 1IG9A 1KFSA 2VWJA 4M3TA 2HHUA 1NKBA 1YTAA 4EZ6A 2E6LA 1EKEA 3V4IA 1WSIA 2P5OA 1MU2A 4LY7A 1BCMA 4KHUA 4N41A 3S3NA 4PWDA 2DTUA 5HRRA 3LWLA 1JLBA 3LZIA 3HJFA 2X6NA 5D3GA 4QOZB 3AVMA 1HQUA 2OPSA 3AVKA 4KKOA 4GVMA 4ID5A 1TKZA 3ALYA 4FK2A 3KKRA 2QKBA 4CJWA 4OKJA 4KHNA 3AO3A 3LWMA 3LP1A 5KRSA 4KTQA 4F3OA 2HHXA 1O1WA 1ZBLA 1ZBIA 4CGIA 1RBUA 4CJ5A 1NK0A 4DU4A 4HUFA 4KHQA 1S1VA 4J2BA 3PV8A 3TARA 3OVNA 3SI6A 1RDDA 3KK3A 4CHPA 2I5JA 4KAZA 1RT7A 4CFDA 2HHTA 2OYQA 1D5AA 4NYFA 3HPHA 5J2PA 4DSKA 4XIUA 2O4GA 1A5VA 3LPUA 1X9MA 3ASMA 4FLTA 1I3AA 4IG3A 3NGYA 3ZT1A 1RCHA 3ZSOA 1B92A 4Y1CA 4CF9A 3EYZA 2FC0A 1JLAA 2VG7A 3VQQA 3KKSA 1TK0A 1TAUA 1KLMA 4FZZA 1LWFA 2XHBA 4CIEA 4FLVA 3V9UA 2X74A 4DWIA 3L2RA 1VSHA 3AA2A 2D5RA 3QINA 4F2RA 1TKDA 2LSNA 4B8CA 4CJSA 3L2WA 1S6PA 4FLXA 5KI6A 2KW4A 1KRPA 2P1JA 5KTQA 4KRFA 4CF2A 2RKIA 1VSMA 2IAJA 3VQPA 2BGGA 1JLFA 3O3FA 5CZ1A 3K58A 4CFCA 4J2AA 2RPIA 2OZMA 1T05A 4KFBA 3SJJA 1I39A 3S9HA 1REVA 3TABA 5CYQA 4DTUA 2AJQA 1S9GA 3AO5A 4CGGA 3CFOA 1C1BA 4DF8A 3RTVA 1VRUA 4FK0A 5JS1A 1HNIA 3AVNA 4CJKA 2RF2A 3CYMA 5SWMA 4AHSA 4E7LA 1L5UA 1HJRA 4CEFA 4MFBA 3S3MA 4CEBA 4DFPA 3NF9A 3DYAA 4CHYA 5SZTA 3EZ5A 1T8EA 4RW4A 1JLEA 1C0TA 4CGHA 1ZBUA 3NBPA 3OYNA 3NE6A 2NUBA 1RDCA 2IC3A 3OYFA 4CCHA 2HHSA 3HP9A 2Z1JA 4CIGA 3KLEA 3HP6A 4DLGA 3DLEA 1WLJA 4KV8A 3HVTA 3SUNA 4DFMA 4FK4A 1RILA 1KSPA 4OKKA 3WNGA 4DG1A 2WONA 4HUGA 2G8WA 5I42A 3AO4A 4CHZA 1ZBHA 4I9LA 2G8VA 4OPJA 1S1TA 4C8OA 3ZT4A 4J2DA 1TAQA 2ETJA 1HYSA 1KCFA 3AO2A 2KZZA 3OYJA 1UA1A 3PY8A 1WAJA 4ZHRA 4DTJA 1HQEA 4B9SA 4JRQA 1QTMA 3DLKA 4OVLA 3QEIA 1UA0A 3JSMA 4CJRA 3NAEA 4PY5A 4ELTA 2YNGA 4DMNA 4RW8A 2A1SA 3HM9A 3VQ4A 2ZE2A 4CHNA 2GUIA 2F8TA 5DMRA 4DQQA 4CJ4A 2XY6A 2PYJA 3QIOA 4FJMA 1YTUA 3U3GA 3QETA 1T03A 3DLHA 1BI4A 3SUOA 4B8AB 4F2SA 3PX0A 3ZT3A 2FBYA 3OYIA 3CFPA 4FJIA 3DLRA 3SUQA 3C6UA 4Q5VA 3RWUA 3VQ9A 4B9MA 3TAPA 4O44A 4I9QA 1L3TA 4CEZA 5FRNA 4M3XA 5FROA 1BCOA 1F21A 1BQMA 2DFFA 3AV9A 3MEGA 4FVMA 3AA3A 4CEQA 4I7FA 3O4NA 5J2NA 4PQUA 1XI1A 1QQCA 3U6FA 2YKNA 4E3SA 1JLGA 1KVCA 4O0JA 3RRHA 3PO5A 4EZ9A 4M3UA 2HVIA 1LV5A 1X1PA 1JLCA 4ID1A 2B6AA 3SYZA 1U04A 1BISA 4O5BA 1IKYA 4H4MA 4Z4CA 4BACA 4FJLA 3F73A 4MQ3A 4GMJB 3RRGA 1L3UA 4W5RA 3D45A 5KGWA 1Z25A 3ZSRA 3TAQA 1D9DA 4CJEA 3QNNA 4DTOA 1IO2A 4CJVA 4CEEA 1EETA 5HP1A 3LAMA 3OYHA 1NK4A 4WE1A 1JXBA 4KTZA 4IFVA 3ULDA 3T3FA 3VQBA 2A1RA 2G8HA 3OS2A 1SL0A 1GOAA 3LANA 1SKWA 4FYDA 3NF6A 1VSJA 2EHGA 4DU3A 3M8QA 3T1AA 3THVA 4CK2A 1NJZA 1U48A 3KK2A 3M8PA 4BDPA 2P5GA 4AH9A 4RG8A 4HUEA 3V6DA 4DQSA 3DMJA 2R7YA 4C8LA 3K5NA 3QEVA 2Q3SA 5KGXA 1TK5A 3IAYA 1WSGA 3OYKA 3ZT0A 3ZSXA 3HPOA 1VK0A 1D9FA 4HHTA 3VA3A 4ELVA 4LD0A 3E01A 1XWLA 4ZTFA 2HHWA 1HYZA 3NGIA 1TKTA 3I0SA 4AHVA 4FJHA 5CYMA 4RW7A 1NKEA 4FLWA 4B9LA 4BE2A 3QNOA 3V9XA 5J2QA 2PZSA 3DI6A 3OYCA 3OYDA 2YNHA 4NCGA 1C0MA 3LP2A 4FW2A 4KHYA 4AHRA 4CIFA 3L3UA 3OS0A 4K8ZA 4FLYA 3QEWA 3HVRA 4M3WA 4F3TA 2D0BA 2X78A 3LP3A 1BHLA 3IRXA 3SV3A 4Q0BA 3CM6A 4H8KA 3AVLA 4FLUA 1QHTA 1UOCA 2YHAA 1ASUA 1RT6A 1LW2A 3M8RA 3OYEA 1X9SA 4CHQA 3MEDA 4DU1A 3PX4A 3OYBA 2FBXA 1HNVA 4BWMA 1JL2A 4AILC 3TAGA 3HL8A 2XRIA 2QKKA 3NGZA 4HCCA 5EU7A 3VQ7A 3DOKA 4KTWA 3ISNC 4DQRA 4CERA 4DSFA 1U45A 4OLAA 2KFNA 5HRNA 1C1AA 3OJUA 1NKCA 1LAVA 2O4IA 3SQ0A 2HMIA 1B9DA 1TVRA 1J5OA 4FW1A 1KVAA 4CEAA 1VSDA 1NK8A 1HRHA 3V1OA 4Z4EA 4DTMA 1J9AA 4FJ9A 2DFHA 4EP5A 4CJTA 2VWKA 4NCAA 1RBSA 4W5NA 2QXFA 5C42A 1TL3A 3AVGA 4OKEA 4OJRA 3VQDA 1TL1A 2E4LA 2YNIA 1VSFA 1CLQA 1BL3A 2BDPA 4CJLA 4M3RA 2YKMA 4E19A 4QAGA 3QESA 2Y1JA 4IKFA 3RMCA 3KLHA 4JLHA 3ITHA 3TWHA 3QO9A 1NJYA 2E6MA 3DRRA 3V9WA 3RR8A 4F8RA 2IOCA 3DLGA 5JS2A 3WNEA 4JRPA 1RTDA 1QSYA 3PUFA 4IBNA 2QK9A 2HNDA 4FCYA 3K57A 4FJJA 4CF0A 4FZYA 4F4KA 4KI6A 4E7IA 1DLOA 2Z1IA 3DRPA 1ZBFA 2JLEA 2VG5A 3VQ8A 3VQEA 4FJ5A 1TKXA 1TV6A 5J2MA 1IKWA 3P5JA 2HB5A 4JS4A 3RMAA 4C8NA 1QSSA 4R5PA 2G8UA 4DSJA 3V1QA 1CZ9A 4BE0A 3SZ2A 1WAFA 3L3VA 3TI0A 4AHCA 2D0AA 1Q9XA 4B9VA 4E7JA 4C8MA 4B9TA 3AVFA 1Z26A 1NK9A 1SV5A 3RMBA 4KHSA 1ASWA 1FXXA 5FDLA 1X9WA 1S5JA 1NK5A 3A2FA 4CK3A 1JLQA 2YHBA 1J53A 1ZYQA 4KI4A 3BGRA 3ZSQA 2OPPA 4HCBA 3HT3A 5T7BA 1XHXA 3QERA 3V81A 1CXQA 3NF8A 2XO7A 4O4GA 3ZT2A 3TAFA 3TANA 2G8KA 5FRMA 1KLNA 1JL1A 3NCIA 2F8SA 4DLEA 1K6YA 1RT2A 4O0IA 4B08A 5E41A 4Y1DA 4CFBA 4CEOA 2KZMA 1W0HA 2HNYA 3C94A 3ZCMA 2G8FA 3B6OA 3CM5A 4KHWA 4Z4HA 1U4BA 3K5LA 3IS9A 3SQ1A 3LP0A 3VN5A 1S1UA 3LPTA 4E1NA 4Z4FA 2DY4A 4H4OA 1SKRA 4NCBA 1IKXA 4GW6A 3MECA 1RTJA 3VQCA 4IG0A 2Y1IA 1BIUA 1G15A 3AVIA 3K5OA 2JGUA 5CY4A 3SCXA 4M3YA 4CECA 2Z1HA 4CHOA 4KREA 4I2QA 4N56A 3SQ4A 4PUOA 3I0RA 2B5JA 4DTSA 1NK7A 5HRSA 4ICLA 1GOCA 4BDYA 1L3SA 3AVAA 4OLBA 1RT5A 3HXMA 1Q9YA 4DS5A 3F9KA 1D8YA 2HHQA 1RT3A 3AO1A 2VG6A 2KTQA 1DTTA 2KQ2A 3K2PA 3P83D 2PY5A 2F96A 1EX4A 3KD1E 1Q8IA 3OJSA 1YT3A 4DTNA 3NFAA 4W5QA 1WSHA 2YNFA 4QCLA 1N6QA 4Z4IA 3O4QA 4BE1A 1SUQA 3TAMA 1JXEA 1FKPA 4BDZA 4DF4A 4L8RB 2D0CA 1J54A 1RT1A 3TR8A 3WNHA 4YNQA 3L8BA 3SPZA 3SPYA 4HTUA 3B6PA 4B9UA 3QIPA 1LAWA 4N5SA 1KTQA 1VSKA 1EXQA 2OA8A 4CE9A 4KB0A 2IGIA 1IH7A 1RT4A 5DK5A 4O55A 3V9SA 3DLBA 4CF8A 1QSLA 2OPRA 1RTHA 3SNNA 3DRSA 2P51A 1EP4A 3SUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EEQA 2OCEA 4E7HA 5I9EB 2PYLA 3ZSZA 4GV6A 1YXQA 5HROA 1QE1A 5EOYA 4K8XA 2YV0X 3M8SA 5KPTA 4FJ8A 2OTJN 1Y97A 3DXKB 3H6EA 4NLCA 4W5OA 2BH1A 3MXIA 3AA5X 2QWNA 3KTQA 3CG7A 4CJUA 5HRPA 2HHVA 1JKHA 2B4JA 2FBTA 4M45A 4YDUA 1CZAN 3JYTA 1RTIA 1R0AA 3ZYYX 1E4FT 3C6TA 4JKCA 2QWPA 3I55N 1DTQA 1MWMA 5KPRA 1ITGA 1VHXA 1RDBA 3IG1A 2NRRA 3QBXA 1IKVA 4ELUA 3THXB 5E26A 3G71N 4JS5A 5LMNK 4CD3A 1L3VA 1KQSM 4KH6A 3CPEA 3H46O 4EAHD 3OW2M 1NOZA 2OPQA 2ZGYA 4C8KA 3O8MA 4M3ZA 3EZWA 5J1EA 2VQFK 4B9NA 2P9NA 4E0DA 3O3GA 5K14A 1XNRK 1S1XA 4XEIA 2HNZA 1W9HA 1WSFA 3J8AA 1C6VA 5BRHA 5C24A 5CZ2A 2A5XA 3KIOA 4FJXA 5C25A 3CF5L 3KD5E 3L2QA 3VA0A 3PX6A 3AVHA 4DSIA 1U49A 3LDSA 3LDPA 4WQ4A 1A5XA 4E89A 2ASMA 3ZLJA 3FLCO 2QEXN 5AQGA 2HBMA 3NH1A 1A5WA 4FWQA 3MWPA 1U47A 3KVGA 3HPGA 3FZHA 2HVHA 1NJWA 4E7KA 4BGAA 4DR3K 4XH4A 5BPLA 3QB0A 4HVJA 3CIPA 2E20A 4RTFD 3TAEA 4FOEA 5AQOA 4WYBA 2ZQBA 1KVBA 3TSQA 4Z0UA 4BRKA 1BIZA 4CGFA 4FLZA 4O5FA 3FFIA 1BI4B 4Z4GA 3U3YA 3A8YA 1IG9A 2QW9A 4JKHA 2HHUA 1HKCA 1EKEA 4LY7A 5M1KA 4N41A 3S3NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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