4CIFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cifA00
4OKKA 4FJMA 1NK5A 3DI6A 3CFOA 4FYDA 1FKOA 3LP3A 1HYSA 1CLQA 1C0MA 1TV6A 1NJYA 4OLAA 1DLOA 3QESA 4CEQA 4E3SA 1ZBIA 1WAFA 1SUQA 4DTXA 2VWKA 4BE1A 1Y97A 5FROA 3HL8A 4JS5A 2A1RA 4QAGA 4NCAA 1QSSA 4B8CA 3TARA 4CJLA 2F96A 3WNFA 2XRIA 3KK3A 1JLGA 5J1EA 3VA3A 1IO2A 3SQ4A 5CYQA 4CJTA 1NK7A 1RBUA 4DQQA 3V1OA 4Z4FA 1VSJA 4I2PA 3I8DA 3O3HA 4FJ9A 3HPHA 4E7LA 1CZ9A 2JLEA 4O44A 1QQCA 2D0CA 3AA5X 3OJSA 1Q9YA 2HHUA 1J54A 3ZSWA 1LAWA 3VN5A 5HRSA 3QNNA 2Y1IA 4KB1A 1RBSA 1RBRA 4KI4A 2Z1IA 1JXBA 5C42A 4DF4A 4Z4EA 3P5JA 3PX6A 1G15A 3L2RA 4B9SA 3L8BA 3ULDA 2YKMA 3ASMA 4YNQA 1U45A 1XI1A 1VSKA 4BE2A 4OPKA 4CEZA 4YFUA 4CIFA 1S1UA 3OYMA 3KLEA 3LZJA 1S1WA 3TAQA 3A2FA 1QSYA 3ZCMA 3SUQA 1VSLA 3TANA 1JLCA 2O4GA 3T19A 5HRNA 2DFFA 3PO5A 4KPYA 4KFBA 2RF2A 1FXXA 1HYZA 2HVHA 1KVCA 1TAQA 2ZE2A 3D45A 2G8FA 3K57A 1A5VA 4LD0A 3OYKA 1YTUA 2YHBA 4C8KA 3CQ8A 4M3TA 2FBTA 4DU3A 3V4IA 2P51A 1S6QA 2VG7A 3QIPA 3DM2A 1TL1A 1QSLA 1WAJA 1SKSA 1CXQA 3PO4A 4AHVA 3ZT3A 3OYBA 2IAJA 3TR8A 1S1XA 4RW8A 3OYAA 3V1QA 1BHLA 4M3YA 1MU2A 3K5MA 3U6FA 3OY9A 3CM6A 4G1QA 4Z4GA 4PUOA 1KLNA 1DTQA 4CFBA 3WNEA 3C6TA 4CE9A 3OS1A 1JL2A 4CJPA 2X74A 4FM1A 1KRPA 2OYQA 1LWCA 2ATQA 4DTOA 4DTSA 1NOZA 3KKRA 4OVLA 2IS3A 5D3GA 4CJKA 3EY1A 1QE1A 2LSNA 3NF6A 3DRPA 4DSFA 1O1WA 3RTVA 1TKDA 1NK0A 4E89A 1XHXA 1IKWA 3TWHA 2DY4A 4AHUA 4AH9A 4E7IA 4CK3A 3G10A 5SWMA 1VSIA 1J5OA 5T7BA 3MEEA 3ZSRA 3SPZA 1VK0A 1RT3A 4ZTJA 1WSHA 4RW9A 3U3GA 4CF2A 2YNFA 4I9QA 4CJ3A 1RT7A 3VQ8A 3T3FA 3KK2A 3NFAA 1EKEA 3PUFA 3QERA 1ITGA 1RT6A 4DS5A 3K58A 4H8KA 4AHCA 1W0HA 4W5OA 4ELUA 1TKZA 3LANA 4CGIA 3LPTA 1NJXA 3AO5A 3KLFA 4IKFA 5JS1A 4DU1A 5J2NA 1REVA 4CEAA 4DU4A 3KLGA 4ZHRA 4IDKA 1NKBA 1D8YA 3AO2A 3RWUA 4HVJA 4KHUA 1BISA 5KGXA 1K6YA 4M3XA 3SUOA 2E6MA 3AVAA 2PY5A 3VQ6A 3KKSA 3DRRA 5CYMA 2WONA 4IG0A 4UQGA 1T7PA 4Q5VA 3OYCA 4FJJA 4H4OA 4E7KA 3CG7A 4FM0A 5J2MA 3DLRA 1FK9A 3H08A 4J2BA 5C25A 1WN7A 4LH4A 3LDSA 4BDYA 1L3VA 3QIOA 3MECA 1S1VA 1TKXA 3ITHA 4AHTA 4HUEA 4JRPA 2P5GA 3IAYA 4CJFA 2QXFA 1UA0A 3NF9A 4CF1A 4FLVA 3KTQA 3L3UA 2WOMA 3O4QA 4DQPA 1T8EA 1SKWA 3HSTB 4CJWA 1RDCA 1WSIA 4GW6A 4Q0BA 4BWJA 4FJHA 4B9UA 4WE1A 1Z26A 4Y1CA 1N5YA 4CJ5A 2XY6A 2G8HA 4DTMA 4CJQA 3ZT1A 3HPOA 3ZSYA 4AHSA 3OYEA 3HM9A 4N41A 2O4IA 4FW2A 1CZBA 1VSDA 3HT3A 2BE2A 4AILC 1VSMA 1U4BA 4FM2A 2HHXA 3MXMA 5DK5A 1UWBA 3VQ7A 2YV0X 4CECA 3NBPA 3LWMA 3RRGA 1RILA 5KTQA 3PX0A 4FZZA 1HNVA 2HNZA 4DTPA 3OJUA 4FLZA 3VQ9A 5E41A 2YNHA 3B6PA 3O3FA 3DYAA 4Z4CA 3QEXA 1SL1A 1KFSA 4DQIA 1RDDA 1EETA 1U47A 2B5JA 1IKVA 3TAGA 4H4MA 2Y1JA 2ZQBA 3S3OA 4K8XA 3NGIA 4FK4A 1CXUA 4FXDA 4OKEA 1TK5A 3TI0A 4K8ZA 3G0ZA 1WNSA 4KO0A 4CESA 1L3UA 1NJWA 4EZ6A 4KTQA 3DLHA 4AHRA 1NK8A 3V1RA 4CIEA 4CCHA 1HQEA 3L2QA 3V9UA 5JS2A 4FK0A 4OGEA 4O4GA 2PZSA 3MEDA 1ASWA 3AVBA 5EU7A 3SJJA 3M8QA 3V9ZA 3SPYA 4DLEA 1S9GA 4KV8A 4DFPA 4DTJA 1UA1A 4N76A 4GVMA 4I7FA 3ZSVA 4RW6A 2VWJA 4JRQA 4FVMA 4CF9A 1L5UA 4GMJB 3SV4A 3AO4A 1JLAA 4KHYA 4TSXA 5CZ2A 3K5LA 5J2PA 3QEPA 2IDOA 1BQMA 1ZBUA 4CEDA 1JLFA 2YHAA 3TAEA 1BI4B 1S6PA 4IFYA 2B6AA 3CFPA 4FJKA 3B6OA 4FLTA 1BL3A 4F8RA 1SL0A 4NYFA 4M3RA 3DLGA 3F73A 2HMIA 3SQ2A 3T1AA 3RR7A 4LY7A 2NUBA 3TAMA 4RG8A 5KRSA 3SQ0A 1C1BA 4B9MA 4OLBA 4DMNA 1S1TA 4JLHA 4NCGA 1A5XA 2IOCA 3HVRA 4Z4HA 4E7JA 1I3AA 4FW1A 4JS4A 4FLYA 3VQQA 4KHSA 3HPGA 3RMDA 3VQ5A 2Q3SA 3ZSOA 3ZT2A 4KAZA 3LZIA 1NKEA 4FJLA 2KTQA 1QHTA 3O4NA 4DFMA 3VQBA 2YKNA 3PY8A 4PWDA 3AO1A 4FJ5A 4DSEA 3M8RA 3E01A 4FZXC 1LWEA 4IBNA 4HUGA 3AVCA 3MXIA 2OZSA 3SNNA 4CHOA 4B9LA 3LALA 4CFCA 2IC3A 2OPSA 3I0RA 3V9XA 3QEWA 1T05A 4DSLA 2G8IA 3HP6A 4BDPA 4F3OA 4RW4A 1C6VA 1NK6A 2DFEA 3DLBA 3MEGA 1JXEA 1RCHA 2XY8A 3ZSXA 3S9HA 2DTUA 4KKOA 1TKTA 4R5PA 3OS2A 3CFRA 1NJZA 3AVKA 1IH7A 5HLFA 1ASUA 1GOAA 3FFIA 4CK1A 3TAFA 3OYDA 3KD5E 1T03A 3VQEA 2YNIA 4CJ4A 1LW0A 1U04A 1RTHA 4CJRA 5SZTA 1SV5A 3SYZA 3RR8A 4HHTA 3V9SA 1WSFA 4I9LA 4CFAA 3KD1E 1L3TA 4DSJA 1U49A 4M3ZA 3PX4A 4N5SA 1N6QA 3U3YA 2ITGA 1RT2A 2F8SA 4FJGA 1RTJA 4F4KA 4CHNA 1TVRA 4FLUA 3RRHA 1ZYQA 5I3UA 3KK1A 4CGDA 3K5NA 4PY5A 4ICLA 1HMVA 1R0AA 3VQPA 5HRRA 5CZ1A 4I2QA 4QCLA 3LAMA 2XO7A 1B9DA 3L2UA 3ZSQA 4W5RA 1IG9A 1A5WA 2KW4A 1J53A 3C6UA 1HYVA 2FC0A 4OPJA 1S9EA 4KTZA 5FRMA 3VQAA 3HK2A 1WSJA 3EZ5A 4FLWA 2AJQA 2XHBA 2JGUA 3AO3A 4C8OA 2Z1HA 4FK2A 1YVUA 3NGYA 3LPUA 2I5JA 4CEFA 4HCCA 3DMJA 3HP9A 3LP0A 2E6LA 2IGIA 4M3UA 3DOLA 4FJXA 3UIQA 1RT1A 4QOZB 1GOCA 3EYZA 1NK4A 4FJNA 1F21A 2EHGA 4CJEA 3C94A 5HRPA 4KB0A 1ZBHA 1C0TA 1TK8A 1ZBLA 2ZD1A 2P1JA 4DF8A 3C95A 2W42A 1XC9A 1SKRA 4CEEA 2QKBA 4CGFA 4FCYA 4DTRA 3THVA 2HB5A 2GUIA 3NCIA 2FBYA 4RW7A 1B92A 4XIUA 3HXMA 4CHPA 4L8RB 1RDBA 3AA3A 4KTWA 4CHQA 3KLHA 3V6DA 4LSLA 3HYFA 1C1CA 5KGWA 4W5TA 3JSMA 4Z0UA 1HNIA 5C24A 2D0BA 4DSIA 2HHVA 3O3GA 2G8WA 1RTDA 2GV9A 4CK2A 4EP5A 1GOBA 1VSHA 3I0SA 1WLJA 3NF8A 4CGHA 3OYHA 4ELVA 4HTUA 2BDPA 1Z25A 4O5BA 2HHQA 3AA2A 1TGOA 2R7YA 2XY5A 1BIUA 4BACA 4CEOA 3TABA 4FZYA 2HHWA 3AVLA 2QK9A 2ETJA 1TL3A 4M3WA 4CIGA 1HRHA 4M41A 4J2AA 4IFVA 3L2VA 3AVIA 3S3NA 1XWLA 3TAPA 1X1PA 3RMAA 1TAUA 3F9KA 4E7HA 3NHGA 4C8NA 2KZMA 3QLHA 3LWLA 4ID5A 2X6SA 2KZZA 3NH2A 2HNDA 5K14A 3HO1A 1C0UA 1U48A 4OJRA 1SL2A 1YTAA 3QEVA 3AA4A 1BCOA 2F8TA 1JKHA 1RBVA 3QINA 1HQUA 1IKXA 1YT3A 4LH5A 4MQ3A 4BWMA 4LSNA 3VQCA 3WNHA 3HJFA 1JL1A 4CF0A 2OPRA 4OGCA 3AVFA 2OA8A 4BDZA 3L3VA 3SUPA 3MAQA 4EP4A 4IG3A 3K59A 3ALYA 5DMRA 1TK0A 1S5JA 3OYNA 1C1AA 1UAXA 4O55A 1WSGA 4CFDA 3NAEA 3JYTA 3AVMA 2HW3A 1KFDA 3ZSZA 1RT4A 2X6NA 3OS0A 5J2QA 3SUNA 3DOKA 1NKCA 1BQNA 4CHYA 1RNHA 2RKIA 1JLQA 3SI6A 4E19A 4DFKA 4FLXA 4HCBA 1VSFA 3RMBA 3QETA 4CGGA 3D0PA 4KHNA 1KVAA 3IS9A 3BDPA 2OPQA 2B4JA 3K5OA 2HVIA 2D0AA 4CF8A 3DRSA 2G8VA 4J2EA 4KRFA 1JLEA 2FBXA 4M45A 4B08A 3NH0A 4MFBA 4EZ9A 2HNYA 3SZ2A 2OZMA 1RBTA 3ISNC 2Z1GA 4HUFA 4DFJA 4DLGA 3KIOA 1FKPA 5FRNA 1X9MA 4E0DA 3NE6A 4OKJA 3S3MA 4KREA 4FJIA 1BCMA 1RT5A 1RDAA 3DLKA 3K2PA 3NF7A 3AVJA 3OYIA 2OPPA 4DTUA 1X9SA 1KLMA 1KCFA 4DG1A 4KI6A 2GBZA 3IRXA 5I42A 4ZTFA 4DSKA 2G8UA 3NDKA 1EXQA 1BI4A 4KHQA 4M42A 3OVNA 2HHSA 3AVHA 3AV9A 1LV5A 1RTIA 4FJ8A 4DQSA 2EX3A 1Q8IA 4NCBA 3AVGA 4CJSA 2QKKA 3P1GA 3OYGA 3NH1A 2BGGA 2RPIA 5HBMA 4J2DA 4B9VA 2VG5A 4CJVA 2P5OA 1IKYA 4DQRA 4PA1A 1W9HA 4CEBA 1WSEA 4DTNA 1XHZA 2KFZA 2A1SA 1QTMA 3V81A 4F3TA 3ZT0A 4B9NA 4C8MA 4W5NA 4DS4A 4ELTA 2Z1JA 4O0JA 3OYJA 1HJRA 2YNGA 3MXJA 5FDLA 1Q9XA 3SCXA 1BIZA 4KHWA 1HPZA 3OYLA 1DTTA 3IG1A 1KTQA 5KI6A 3QEIA 1NOYA 2G8KA 1EX4A 3NGZA 4O0IA 4E1MA 4BE0A 3VA0A 3V9WA 1LAVA 1VRUA 2DFHA 4N47A 3P83D 3AVNA 3PV8A 4FJ7A 3HVTA 1UOCA 3CYMA 3OYFA 4CGJA 4B8AB 3QNOA 1I39A 4DWIA 4PQUA 4B9TA 2VG6A 1ZBFA 3RMCA 1LW2A 2FBVA 4F2RA 1EP4A 3LP2A 4CERA 3LP1A 3SV3A 1ASVA 4W5QA 1D9DA 2PYLA 2HHTA 3M8PA 2XY7A 5HROA 3CM5A 4ID1A 2KQ2A 4NYNA 1B9FA 2RN2A 3WNGA 2D5RA 5CY4A 5HP1A 1KSPA 3QO9A 1VSEA 1JLBA 1J9AA 1QS4A 3KLIA 3VQ4A 2E4LA 3LAKA 3VQDA 4CHZA 3KJVA 4C8LA 4B3OA 1L3SA 1X9WA 1D9FA 1NK9A 2KFNA 3SQ1A 3L2WA 2PYJA 1D5AA 2X78A 4Z4IA 1LWFA 5KRTA 2BANA 3BGRA 3ZT4A 4Y1DA 4N56A 4F2SA 4E1NA 3DLEA 3M8SA 1BGXT 4CJUA 1KVBA 1VRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPNA 1T3VA 4OKKA 3VETA 1FKOA 3LP3A 3D2FA 4OLAA 3QESA 1ZBIA 1SUQA 2A1RA 3KK3A 4GVEA 3VA3A 1IO2A 4FWQA 4Z4FA 4I2PA 4CVNE 3WXKA 1CZ9A 3SMSA 4IO9L 2D0CA 3OJSA 3AY9A 1LAWA 3MN9A 5AQYA 2W6KA 3EE8A 4FWKA 3P5JA 3CCUN 5AQGA 4B9SA 2YHWA 2YKMA 3ASMA 4K42A 1XI1A 1VSKA 4BE2A 3FZFA 4OPKA 1YTUA 1KAZA 1S1WA 3ZCMA 5GIPA 2JWKA 4DR6K 2VQFK 4IDHA 5ADXH 4KPYA 1ATSA 1H1VA 2RF2A 1FXXA 5FPDA 4ILGB 1BO5O 1KVCA 2ZF5O 4LFAK 2BH1A 2E5LK 1EWQA 5AQKA 4C8KA 3V4IA 3N4QA 1QSLA 2UUBK 1CXQA 3PO4A 2IAJA 3VF4A 4RW8A 1MU2A 2Q2RA 4G1QA 4Z4GA 4CFBA 3WNEA 1K73O 1KRPA 1JL2A 4DUYK 2F7TA 4OVLA 2IS3A 2LSNA 4NO7A 1O1WA 4E89A 3TWHA 2FSNA 2HF3A 1X9JA 4IOXA 4ZTJA 1VK0A 5LL6Z 4YHHK 3DXKB 2YHYA 5AZIB 5FPMA 1RT6A 5EVZA 3VTIA 3LPTA 3AO5A 5JS1A 1REVA 3KLGA 4ZHRA 1S3XA 1NKBA 3RWUA 3A0IX 1KQSM 2PY5A 4JKHA 5CYMA 4IG0A 4UQGA 1U6ZA 3LDQA 3FZMA 3MX2A 4H4OA 4E7KA 3DLRA 5C25A 5EX5A 4LH4A 3MECA 1S1VA 3ITHA 1YHQN 4HUEA 3EEQA 2QXFA 4BRPA 1UA0A 2FLOA 1EQYA 3L3UA 1RDCA 4BWJA 5BRFA 4PL8A 3SJHA 2O8FB 4Y1CA 3DXKA 4CJQA 3HM9A 5AZIA 2O4IA 3HOTA 3RSEB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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