4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
3MXIA 1N6QA 4PA1A 4OPJA 1BCOA 2YNIA 5HP1A 1I3AA 3OYNA 2ZQBA 3DRSA 1VSDA 3HYFA 4DTPA 3SPYA 3TARA 3OYHA 3NAEA 1HQUA 4OVLA 1KSPA 4BWJA 2RF2A 3DLGA 1DTQA 5D3GA 1D5AA 1R0AA 2X6NA 1U45A 4F2SA 1KVCA 4CIGA 1NJYA 1RDAA 3TI0A 1TKTA 1TV6A 4HVJA 4ELTA 1QS4A 4CEQA 1J54A 4CF2A 3OVNA 3M8SA 4DMNA 4OJRA 4DTRA 4ELUA 4Z4IA 4CHYA 5KRTA 3VQ6A 2XY6A 1NKEA 3LPUA 4KKOA 4AHVA 1REVA 4RW6A 3M8QA 1WN7A 3TAPA 2I5JA 4FJXA 1FXXA 3IS9A 4HHTA 3NH0A 4H4OA 1IG9A 4CHOA 3D0PA 3VQEA 2ZD1A 4OPKA 3I0SA 1ASWA 4LH5A 3DRPA 2FBYA 4WE1A 4B8AB 5HROA 1KLMA 3OYDA 3NF6A 4M3XA 2F96A 3TABA 1S9GA 5CZ1A 4Y1DA 4Q5VA 4UQGA 3ZT0A 5DK5A 3RTVA 3NF8A 3C6TA 4DSFA 4RW7A 2IC3A 4CK2A 3TAGA 4CGJA 4DF8A 2GUIA 3ZT1A 4W5QA 4EZ9A 3C95A 4LD0A 3HVRA 3EZ5A 2YNGA 4KREA 4M41A 5C42A 1RILA 4B9NA 5DMRA 3OS1A 4BDZA 2HHXA 4AHRA 4KHYA 2Z1HA 1L3SA 3KK2A 2Q3SA 3AVNA 4FLYA 5KI6A 4KHSA 4DSEA 4KTZA 4N47A 4FJJA 4BE0A 3VQBA 3KLGA 2EX3A 4HCBA 3DOLA 4PWDA 4F8RA 4CGDA 2HHTA 4LH4A 3U3GA 1UA1A 3U6FA 2W42A 3SNNA 3OYEA 5JS1A 1RT5A 2B4JA 1U49A 4KAZA 4JRPA 4DQRA 1UAXA 4FYDA 3ZSXA 3MAQA 3DLRA 2WONA 3NGYA 4DTNA 2YV0X 3QEIA 3HVTA 4IFYA 3O3GA 4KO0A 4OLBA 1A5WA 3HXMA 5C24A 3KLEA 3ZT4A 1IKYA 4C8NA 3K2PA 1RDCA 3CFOA 3MECA 3H08A 4NYNA 3SQ2A 1IKXA 1C6VA 2EHGA 1RT7A 3CFPA 2VWJA 4DFJA 1TAUA 1X1PA 3G0ZA 4QAGA 3KK3A 1N5YA 2DFFA 2DFHA 1DTTA 4ICLA 3DI6A 1YVUA 4ID5A 4M3WA 3B6OA 1QE1A 2BANA 1RDDA 3K58A 5T7BA 3EY1A 3L3VA 1B9FA 1EXQA 1S1WA 4LSNA 4DU4A 3LWLA 1U47A 3AVAA 4OKKA 2HMIA 4BDPA 1IKVA 2P1JA 1JXEA 2GV9A 3NBPA 4H4MA 4CJ5A 3OJUA 4O0IA 4CCHA 2JLEA 3AO5A 4HUEA 4DTOA 4J2EA 5FDLA 2D5RA 1TL1A 3KIOA 4DWIA 4KHNA 4NCBA 1HYZA 3QEXA 3RR8A 1JLAA 5HBMA 4HUFA 3T3FA 1HJRA 3V9XA 4CJRA 1BISA 3SUPA 4CHNA 3AVGA 1VSHA 1J5OA 2FBXA 1KVAA 3AVJA 4CF9A 3CM5A 1RBSA 3HPOA 4R5PA 2QK9A 1NKCA 4M3UA 4CE9A 4DU1A 1HMVA 2OA8A 4I9LA 1KRPA 4E7HA 3K5NA 3F73A 2BGGA 4FJLA 3TAMA 1LAVA 3CFRA 2G8UA 1NKBA 2XY7A 1EP4A 1HNIA 5CZ2A 4FLUA 4W5NA 3HO1A 1GOAA 1S1TA 3S9HA 2BE2A 2KTQA 1D9FA 4CJQA 1YTAA 3AA2A 3V1RA 4E3SA 1C0UA 1NK7A 2A1SA 1NK8A 1F21A 3OYAA 2Z1JA 4DQPA 4CFAA 2QKKA 2XY8A 1SKSA 4CEAA 3S3OA 4CHZA 4FK0A 1TGOA 4IFVA 1RBTA 3OYFA 3DLKA 4O55A 4W5RA 5I3UA 1I39A 4IBNA 3ZSVA 2DTUA 2YKMA 1ASVA 3NFAA 1O1WA 4AHSA 4KB1A 3VQ7A 4CJLA 4DFPA 4Z4HA 4KI4A 4PY5A 4CEZA 1X9MA 5I42A 4DS5A 3SZ2A 4FM1A 2X74A 4O4GA 3SJJA 1ITGA 3PX4A 1NOYA 4Y1CA 3NH1A 3SPZA 1S5JA 4E89A 4CHQA 1ZBHA 2G8IA 4CEOA 3WNGA 1NK0A 1HYSA 4M3ZA 4DTJA 3RRHA 1TAQA 2XRIA 3K5LA 2XY5A 4GVMA 1WSEA 3K59A 4BWMA 3O4NA 4NYFA 3QNNA 3LZJA 3PO4A 3ASMA 4FJIA 3LPTA 3ZT3A 5C25A 4C8OA 2AJQA 4EP4A 4HTUA 4FJNA 3KD5E 3MXJA 3VQCA 1NK4A 1JLCA 3DRRA 3VN5A 1JLBA 4Z4FA 1ASUA 1FKPA 3DMJA 1UOCA 3NHGA 4F2RA 1RT4A 2WOMA 3K5MA 2JGUA 3KLFA 4XIUA 3SQ4A 1K6YA 2KZZA 3LZIA 3KTQA 3AO3A 1RT3A 3ZT2A 3DLEA 4CJEA 1Y97A 4N5SA 3OYMA 4DTSA 3SUNA 4FJ7A 3VQAA 3SYZA 2G8FA 4DSJA 4KB0A 1S1VA 1XHXA 3G10A 3WNEA 3NGZA 4KPYA 1A5XA 3SV4A 2D0AA 1BCMA 2HHUA 4AHUA 5FROA 1LWCA 1L3TA 4B9SA 4CK3A 3NF9A 4CF0A 1RBRA 4KI6A 3ZSYA 3RWUA 3AA5X 3HK2A 4CEFA 2X78A 2O4IA 1UWBA 4B9LA 2KFNA 2GBZA 1EX4A 3RMDA 1VSFA 3KK1A 4RW9A 2HVHA 3AO4A 2RKIA 2VWKA 4W5TA 3ALYA 5FRNA 1HYVA 2VG6A 3ZSQA 3OYGA 2DFEA 3QINA 1S6QA 4CEEA 1KTQA 1NOZA 1IO2A 3DM2A 4M3TA 4I2PA 2FBVA 4HCCA 4OKEA 4M3YA 4OLAA 3EYZA 4E7KA 4ID1A 4CJWA 5CYQA 4CIFA 4FZYA 5EU7A 1A5VA 4CHPA 1D8YA 2HHQA 3LALA 4AILC 3LAKA 1JLQA 4GMJB 1WSHA 4TSXA 4LSLA 4BE2A 1BGXT 2E6LA 1JL1A 4E7IA 4ZTJA 4FZXC 1WSGA 4LY7A 3SV3A 3V9UA 1D9DA 2PYJA 1SKWA 1NK9A 4FJ9A 1HPZA 3NH2A 3NGIA 2YHBA 1C0MA 1S9EA 1C1BA 4AHTA 4W5OA 4OGEA 1JLEA 3MEGA 3HP9A 3LP0A 3OY9A 1WAJA 3L2QA 4DSLA 4KHQA 2ATQA 4CERA 4FLZA 2IAJA 3PX0A 4JS4A 3LP2A 4B8CA 4C8MA 4CJ3A 1B9DA 3C94A 4DU3A 4B9TA 3BGRA 3VQ4A 3L2WA 4HUGA 1JLGA 1RNHA 3ZSWA 1JXBA 3TAFA 1Z26A 3SQ1A 2A1RA 1L3UA 1RTIA 3HPGA 4DSKA 3VQ5A 4DTMA 5FRMA 2D0CA 4CK1A 4RW8A 3CM6A 4CEDA 5KGXA 4FJHA 4FW1A 4MQ3A 4NCAA 4AH9A 4CJFA 5J2QA 1BIUA 4B3OA 3AVMA 1SV5A 3KLIA 4RG8A 2ETJA 1Q9YA 3OYCA 2LSNA 3VQQA 1XI1A 2B5JA 4FJKA 5J2MA 2QKBA 1TK5A 3RMAA 2HNDA 1LWEA 4O5BA 1S6PA 2HW3A 4DFKA 3S3MA 4CECA 1W9HA 3HM9A 2OPQA 3RRGA 1ZBIA 3OYLA 1IH7A 3HJFA 3BDPA 1JL2A 3T1AA 4FJ5A 1WSJA 1J9AA 1VRTA 3ISNC 2E4LA 1BI4A 4KTWA 3T19A 3VQ9A 3MEDA 4AHCA 5KRSA 4CJSA 2KFZA 1CZ9A 3AVCA 4Z0UA 3AVIA 3OYIA 4N41A 3L2UA 1IKWA 1QSSA 2NUBA 4CF1A 3QLHA 1RT1A 4ELVA 3E01A 4E1NA 4QOZB 1VSLA 4Z4CA 2G8WA 4G1QA 3KKSA 1XHZA 4DQIA 3QIPA 1SUQA 4QCLA 3L3UA 1CXQA 1YT3A 3TR8A 4CJKA 1BHLA 3QERA 3IRXA 3TANA 1HRHA 2YNFA 3ZSRA 5J1EA 3QNOA 4FK2A 4EZ6A 2O4GA 2P5GA 2RN2A 1RBVA 4FLXA 4CGHA 2Z1GA 4DTXA 3KD1E 3KKRA 4DG1A 4I7FA 4FW2A 4FCYA 3SUQA 3NF7A 3CQ8A 1RTJA 1QSYA 1EKEA 1HNVA 5JS2A 4CJ4A 3O3HA 3TAEA 3AO1A 4CGGA 1TKDA 4FK4A 3S3NA 1W0HA 4IKFA 2QXFA 3AA4A 3OS2A 1LWFA 3DYAA 1BL3A 1U04A 1QHTA 3PUFA 3AV9A 5HRRA 3V9SA 4DS4A 3AA3A 4E7LA 1BQNA 4J2BA 1T05A 3QIOA 4MFBA 3AO2A 3C6UA 1T03A 4B9MA 4NCGA 2FC0A 3LWMA 3SUOA 1C1AA 3RMCA 4CGIA 3L8BA 4ZTFA 4EP5A 1LV5A 1CLQA 5CYMA 3HT3A 1TKXA 2VG7A 1RT2A 3P83D 3L2RA 3OYJA 4M3RA 2E6MA 3VA3A 1VK0A 3M8PA 3V1QA 2XO7A 1BIZA 2PY5A 1RT6A 4FZZA 3K5OA 4DFMA 1VSJA 2Z1IA 3A2FA 3MEEA 4BACA 3QEPA 1XC9A 3KJVA 1T8EA 4N56A 2PZSA 1S1UA 3VQDA 3KLHA 4PUOA 4BDYA 1UA0A 1SKRA 4CEBA 1C1CA 3NCIA 3QESA 1QSLA 1VSKA 3PO5A 1HQEA 1B92A 3HL8A 5E41A 1U4BA 3THVA 3U3YA 1EETA 4M42A 1DLOA 4IDKA 4BE1A 3DLHA 5SWMA 1FK9A 2HB5A 3I8DA 4CFDA 4DSIA 4DLEA 4PQUA 1TK8A 2PYLA 5J2NA 3K57A 1ZBFA 4B08A 2D0BA 1GOBA 4E7JA 4JLHA 1SL1A 2F8TA 4CJPA 4GW6A 4OGCA 4J2DA 4CFBA 2HHVA 1VSIA 4F3TA 4KHUA 1WSIA 4O0JA 4CESA 3V9WA 1C0TA 1TK0A 4B9UA 5HRSA 4FM0A 3WNHA 2G8VA 3AVHA 3IAYA 1RDBA 2HHWA 1XWLA 1TVRA 4FJMA 3AVKA 3QEWA 3I0RA 2VG5A 2P51A 1NJZA 4DF4A 4J2AA 4FJ8A 1YTUA 1RBUA 3V4IA 2IDOA 4FXDA 4FVMA 4CF8A 3CYMA 2OPPA 1KFDA 4E1MA 2G8HA 1TL3A 1SL0A 2YKNA 4FLWA 1RCHA 3DOKA 1NK5A 4F4KA 3SQ0A 3ZSZA 4Q0BA 3F9KA 1L3VA 4IG3A 1RTDA 3IG1A 3O4QA 3QO9A 4DQSA 4FM2A 4OKJA 3D45A 1QTMA 4L8RB 1WLJA 1BQMA 2Y1IA 4H8KA 3VQ8A 4CJUA 4E0DA 3LAMA 4F3OA 4KV8A 4CIEA 3HP6A 1BI4B 4E19A 1NK6A 1WAFA 2KZMA 4FLTA 2HHSA 1G15A 2HVIA 2IS3A 3TWHA 1Z25A 1QQCA 4CFCA 3P5JA 3LP3A 3QEVA 3V9ZA 1SL2A 4I9QA 3ULDA 1MU2A 1CZBA 1U48A 4C8LA 1TKZA 3HPHA 1JLFA 4JRQA 3CG7A 4O44A 3ZCMA 4K8XA 3FFIA 3OYKA 1NJWA 4ZHRA 4C8KA 3LP1A 1J53A 2B6AA 3VA0A 4IG0A 1FKOA 2YNHA 3V6DA 3ITHA 2IOCA 1X9WA 4Z4EA 1WNSA 3PV8A 3AVFA 3SCXA 1KVBA 3JSMA 1CXUA 4DTUA 3PY8A 1LAWA 2OZMA 3OJSA 4N76A 1VSEA 2BDPA 3TAQA 1ZYQA 3SI6A 1S1XA 3WNFA 3NDKA 1L5UA 1KCFA 2XHBA 1JKHA 4CGFA 5CY4A 3AVBA 1LW2A 2OPRA 4DLGA 3DLBA 4B9VA 1ZBUA 1VSMA 4RW4A 5HRNA 3RMBA 3V1OA 4DQQA 1ZBLA 4K8ZA 3JYTA 4YNQA 4Z4GA 2OYQA 4CJVA 4M45A 3RR7A 1NJXA 5J2PA 3AVLA 3ZSOA 2P5OA 3QETA 5K14A 1Q9XA 4KHWA 4KTQA 3NE6A 4I2QA 3VQPA 1RTHA 2KQ2A 3HSTB 2RPIA 4CJTA 3PX6A 4JS5A 2HNYA 1T7PA 4KFBA 2ITGA 1X9SA 2HNZA 4YFUA 2ZE2A 3LDSA 5HLFA 3UIQA 3LANA 3L2VA 2X6SA 4KRFA 3MXMA 3M8RA 1KLNA 2YHAA 2R7YA 2FBTA 3O3FA 2G8KA 4FJGA 3OYBA 5KGWA 5HRPA 2OPSA 2Y1JA 1VRUA 1Q8IA 3OS0A 1GOCA 2DY4A 5KTQA 2OZSA 2KW4A 1LW0A 2IGIA 3V81A 2F8SA 3P1GA 5SZTA 1WSFA 1KFSA 4FLVA 3B6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N6QA 4IWVA 2YNIA 1I3AA 3CJ7A 1OH7A 2ZQBA 3DRSA 4DTPA 1KSPA 3TARA 3VEYA 3PLAA 5D3GA 1R0AA 1TV6A 5AQRA 3FR0A 4B1ZA 3M8SA 5C10A 4OJRA 4BR7A 4GV3A 4KKOA 3CQYA 3M8QA 2ZJPL 1BA0A 1WN7A 4FJXA 3IS9A 4U67L 1IG9A 3D0PA 4NLCA 1ASWA 3J80O 4A5BA 3ZX0A 1Q86O 5CZ1A 4Q5VA 4UQGA 5DK5A 4CK2A 1BA1A 3CXCM 4A59A 3FZKA 4LD0A 1W7AA 4KREA 4M41A 4B9NA 3U8XA 5KQ8A 3CJBA 1NG9A 1L3SA 4CBXA 2BH1A 4KHSA 4KTZA 1WOQA 3KLGA 4HCBA 4IXCA 4X62K 2YCHA 3OYEA 3J81O 5JS1A 1RT5A 3ZSXA 2YV0X 3QEIA 1YXQA 4YOUA 2A3ZA 5F1XA 3K0SA 1RDCA 5JLHA 5I9EB 1T44A 1IKXA 1RT7A 2NRVA 3WXIA 1GLAG 3AGRA 4DFJA 1TAUA 2I7NA 1X1PA 4QAGA 1N5YA 1HKCA 3NVKA 3B6OA 3OBYA 1RDDA 5T7BA 2P9PA 4LSNA 1S1WA 4BDPA 2HMIA 3DWLA 3NBPA 4PKHA 4O0IA 2JLEA 4HUEA 1K8AO 3SK3A 5AQVA 4DWIA 4DB3A 4NCBA 1HYZA 1G99A 3HI0A 3T3FA 4B1XB 4CJRA 1BISA 3VMFB 4CHNA 4EFHA 3AVGA 2KHOA 4R5PA 1NKCA 2QK9A 4M3UA 3UKUB 3DLLL 1KRPA 1NGGA 2E2OA 4C1NK 4E7HA 3F73A 3M3ZA 2XY7A 1VQ6N 4W5NA 2VCPA 3TSUA 2BE2A 3OYAA 1H1VA 3S3OA 4CHZA 3OYFA 4O55A 4W5RA 4B1YB 1GLCG 2DTUA 2YKMA 5AFUH 4DS5A 3SZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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