4CJFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjfA00
1LV5A 4GMJB 3S3MA 4I9QA 3T19A 5FDLA 2KTQA 4TSXA 5HRNA 3QNNA 3IAYA 4F2RA 3V1OA 3ASMA 4JS4A 3TAEA 3OVNA 3OS2A 4N5SA 3L2QA 4W5NA 1N6QA 4LY7A 5KTQA 4KHUA 5HBMA 3OYHA 4DFMA 4DF4A 1F21A 3K5MA 3TABA 4B9SA 2KQ2A 4KV8A 3O4QA 5CYQA 1IKYA 1S9GA 1KCFA 1RDAA 3OYAA 4IG0A 3QEIA 1X9MA 2FC0A 3V9UA 4HUGA 1U4BA 4FLVA 1NJWA 3O4NA 4R5PA 2G8VA 4C8NA 4F2SA 2OZSA 4CIEA 3RRHA 4M3XA 3MAQA 1WAFA 3TR8A 3AA5X 4CHQA 2ITGA 2EX3A 3NCIA 3AO1A 2I5JA 3OYMA 3CFRA 1BQMA 4CERA 3VQ5A 1UOCA 1U48A 1LAVA 4LD0A 1QSYA 1HQEA 1S1WA 1U49A 3AVHA 4E1MA 3WNHA 4H4MA 1HQUA 1KLMA 1Z26A 1D9DA 4KI4A 1TAQA 1NKCA 3KLGA 1ZYQA 1REVA 1DTQA 4RW7A 4DQQA 3SJJA 1CLQA 4CJRA 2Z1HA 3QLHA 3F9KA 4MFBA 4N76A 4YFUA 3VA0A 3LANA 4L8RB 1BI4A 2Y1IA 1ZBUA 3DOLA 1T03A 2DY4A 1QE1A 3ZT3A 3AO3A 4CFBA 4RW4A 4RW8A 3HPOA 3EYZA 1L5UA 4C8MA 4B9UA 5JS1A 3DOKA 4HCBA 1VSFA 1IO2A 1BIZA 3K5OA 1A5VA 3LPUA 4CF8A 3QEXA 3PY8A 1WSGA 4IG3A 3AVNA 3MEDA 4CEEA 4E3SA 4O5BA 4EP4A 4Z4IA 3LPTA 4ELTA 2HMIA 3PO4A 2VG5A 3L2WA 3HXMA 2OYQA 3KD5E 2HHXA 3VQQA 4DSIA 4PUOA 1NJZA 4OKEA 3S9HA 3RMBA 4Q0BA 1TKZA 3DI6A 3SI6A 2YNFA 4CGFA 3VQ6A 1EKEA 3LP3A 2F8TA 2G8KA 4O0IA 1TV6A 5FRNA 2KFNA 1JLCA 4CESA 3QIOA 1BCOA 3B6OA 3KLIA 4CJ5A 1Z25A 5J2QA 2A1RA 4EZ6A 2B6AA 3AVMA 1KVAA 2P1JA 2X78A 1DLOA 3LDSA 3HM9A 1YVUA 2XY7A 2BGGA 5HRPA 3AO4A 4KB1A 3TAFA 1J53A 4FJJA 4DQPA 3ZSWA 4NCAA 3JYTA 3K57A 2QKBA 4KB0A 3QEPA 4ID1A 3VQ7A 3M8RA 4Q5VA 4CIFA 2HNZA 4GW6A 5JS2A 4ID5A 3VQAA 4DG1A 4FM1A 4DSEA 4CJEA 3SNNA 4I9LA 3OYIA 3QERA 1SL2A 2KZZA 1TGOA 1ASVA 1JL2A 2D0CA 4FW1A 1L3VA 3G10A 5FROA 1NK5A 4CHPA 3V9WA 3SQ1A 4M42A 3VQEA 3AA3A 2QXFA 3PX6A 4M41A 1FKPA 1BHLA 3SPYA 3TAPA 3NAEA 3PV8A 4OLAA 4CJWA 2DFHA 2PYLA 4HTUA 4I7FA 2YKMA 1NKBA 1TK5A 5D3GA 1I3AA 2DFEA 2BANA 4CJ4A 4Z4GA 2D0AA 4LSLA 1HMVA 1QHTA 1RTIA 4JLHA 3LZIA 3TAMA 3AO5A 3O3FA 1D8YA 4CJTA 4DU4A 2ETJA 4KFBA 3NE6A 3NF7A 1C0TA 3WNGA 4KHYA 3V9ZA 4FK4A 1HYVA 3U6FA 4C8LA 3ZCMA 4FYDA 3OYJA 2OZMA 3FFIA 4KHSA 2OA8A 3SYZA 4OVLA 3HL8A 1TVRA 3KKSA 3HPGA 3KK2A 2OPQA 2YHAA 3DLKA 4CEZA 1S5JA 4CJLA 4PY5A 4RG8A 4BDZA 4FLYA 3UIQA 3VQCA 3TAQA 1J5OA 3RR8A 4FJMA 3OYKA 3QINA 4Y1DA 4DSFA 2G8FA 1NKEA 4QOZB 3RWUA 3MEEA 1KFDA 2Z1IA 4W5TA 1SL0A 2VWJA 3U3YA 1R0AA 3K5NA 4G1QA 1Q9YA 2GUIA 1ASUA 1RDDA 3K2PA 4H8KA 2W42A 1EXQA 3CM6A 3D0PA 3NF6A 3V6DA 3L2VA 3LWMA 4KI6A 5J1EA 2PZSA 4CHZA 4N56A 4KAZA 3ULDA 4M3ZA 3C95A 1T8EA 1J54A 1B9FA 1RTJA 1X9SA 5I42A 4FLTA 3H08A 5EU7A 4CF9A 4DS4A 1B9DA 1LWFA 1BL3A 3K59A 1FK9A 1S6PA 1UWBA 4BWJA 3WNEA 3L2UA 4CJFA 1JXBA 1RDCA 1VRUA 4HCCA 3OYDA 4M3UA 2YV0X 3AVAA 4DTOA 4CK3A 2XY6A 5C25A 3ISNC 3KD1E 2P5GA 4B8AB 4CEQA 4ICLA 4CF1A 1ASWA 4FJLA 1D9FA 2F8SA 2HVIA 4CJQA 4JS5A 5J2MA 3B6PA 3AO2A 4I2PA 1WSEA 1XC9A 3TWHA 4B9NA 4BACA 4CJKA 4FW2A 4CFDA 4FZXC 4DQRA 3RR7A 3ZSVA 5KRSA 1KLNA 4DMNA 1SKRA 3ZSOA 1VSEA 4OLBA 2O4GA 4B9MA 1NJYA 1SKWA 3CYMA 1VSLA 4RW6A 4DSJA 4FK0A 3HJFA 3KKRA 4ZTJA 3HVTA 2D5RA 2KW4A 1NOZA 4OGEA 4Z4FA 4DLEA 4M3WA 3QO9A 3RTVA 3QEVA 5KI6A 2VWKA 2YNGA 2ZQBA 4E7IA 4F8RA 4BE0A 1RT3A 1WAJA 1IH7A 4KTWA 4MQ3A 2FBYA 3AA4A 3VN5A 1T7PA 3WNFA 2IC3A 3O3GA 3V4IA 3PO5A 2YKNA 4M45A 3RMDA 1BIUA 3IS9A 3VA3A 1NK6A 4DWIA 3OYGA 1TKXA 1WSFA 2RF2A 3SCXA 1RTDA 1JLGA 1J9AA 1RBUA 4RW9A 4LH4A 4CJSA 4CK2A 4B9VA 3U3GA 2HVHA 1TL1A 1LAWA 1LW2A 4AHCA 4NYNA 1VSHA 1WNSA 4J2AA 4I2QA 4NCGA 3DRSA 4AHSA 3ZSZA 4FXDA 2GBZA 3VQ8A 3THVA 3KJVA 1RT1A 4H4OA 3ZSRA 3ZT4A 4CFCA 1VSDA 4DTSA 4CF2A 4AHUA 2LSNA 3AVFA 5CYMA 3AVBA 1EX4A 3DMJA 5J2PA 4XIUA 3EZ5A 4DQSA 1UAXA 2HNYA 2WOMA 1FXXA 4CGDA 4LSNA 2HB5A 3LAMA 4K8ZA 1S1TA 4F3OA 2XO7A 3CFPA 3L8BA 4DTXA 1WSJA 1HYZA 1JLQA 2RN2A 4FVMA 3ZT1A 4KPYA 1TKTA 3M8SA 5DMRA 1RT2A 3KK3A 1UA1A 4DTNA 1VSMA 2AJQA 3L3UA 1SUQA 1WSHA 1JLFA 5HRRA 3A2FA 3VQBA 1JXEA 4AHTA 5HRSA 1X1PA 2XHBA 2PYJA 3E01A 3OYFA 2NUBA 1JLBA 1JL1A 3V9SA 4BDYA 2R7YA 4CHYA 3DRRA 1IKVA 1BI4B 3P1GA 5KRTA 4DFJA 4EP5A 3QNOA 4DFKA 3NH0A 4PQUA 3C6UA 4QAGA 4KHQA 3SQ4A 1QQCA 2BDPA 4DQIA 1YTUA 3PX4A 1JLEA 4KKOA 3QEWA 2PY5A 1LWEA 2EHGA 4LH5A 1JLAA 1MU2A 2E4LA 2JGUA 1HPZA 1ZBFA 2ZE2A 3NH1A 1U04A 4GVMA 4E7LA 4FJGA 2HHSA 3OJUA 3V1RA 1RBTA 4FZYA 4ZTFA 1NK0A 3T3FA 1IKWA 1FKOA 4CIGA 3S3NA 3OY9A 3TI0A 1B92A 1I39A 2OPSA 3VQ4A 3EY1A 1L3SA 3NGYA 3RMCA 3DLGA 3SV4A 2IOCA 4CGGA 1IG9A 4OGCA 3KIOA 4FK2A 4FLWA 1RT5A 1C0UA 1S1UA 4KTQA 2G8WA 4FJKA 4CGHA 2HHTA 3S3OA 1IKXA 3LP0A 3M8QA 3KLFA 3SUQA 4IKFA 3OYEA 4K8XA 2IGIA 4KO0A 4CEFA 1QTMA 4C8KA 3LWLA 1DTTA 4HUEA 4J2EA 5FRMA 3NGZA 4B9LA 3ZT0A 2YNHA 4ZHRA 4DLGA 3HVRA 2O4IA 4CFAA 1D5AA 2Z1JA 3OYBA 4DU1A 3DLEA 3TARA 1RNHA 3AVIA 1WSIA 2XY5A 1ZBLA 4PWDA 4FCYA 1QSLA 4CK1A 1U45A 1C6VA 3D45A 2YHBA 4FJ8A 1S1XA 4CEDA 3VQ9A 4OPJA 4ELVA 1T05A 2G8IA 1EP4A 1VRTA 4E0DA 2E6MA 4W5RA 5CY4A 1VK0A 4J2BA 2RPIA 3ITHA 3HT3A 5C42A 4FJ5A 4M3RA 1ZBHA 1KTQA 1KVBA 1HNVA 2X6NA 3LAKA 3M8PA 5I3UA 3SZ2A 3DM2A 2P51A 5DK5A 2OPPA 3AVCA 4CCHA 1RBRA 4CJVA 4FJNA 4CE9A 3O3HA 4IDKA 3PX0A 4E7HA 1VSJA 1G15A 2B4JA 3G0ZA 3V9XA 4DTPA 1KSPA 1WN7A 3NH2A 5HLFA 1LWCA 1RBVA 3C94A 1C1CA 1EETA 2HHUA 1A5WA 4JRPA 4B8CA 1NOYA 3KK1A 2P5OA 3KLHA 4DF8A 4FM2A 1Q9XA 4B9TA 4IBNA 3V1QA 3SQ0A 2VG7A 3LZJA 3CG7A 3L3VA 5HROA 1CZ9A 3HP6A 4CJ3A 3VQDA 4M3YA 2YNIA 4JRQA 3AA2A 1S9EA 4BE1A 4HVJA 2G8UA 4AILC 1NK4A 3VQPA 1W0HA 3L2RA 4Z4CA 2Z1GA 1SKSA 4Z4HA 4KHWA 2HHVA 3AVKA 2X6SA 1TL3A 1W9HA 3HYFA 2DFFA 4IFVA 4FM0A 4DS5A 4DTRA 3HO1A 1LW0A 3DRPA 3KLEA 1L3UA 4EZ9A 3ZSYA 2XY8A 4CJUA 1XHZA 1QSSA 4PA1A 3TAGA 1U47A 4B3OA 4DTMA 1Q8IA 2Q3SA 1ITGA 5KGXA 1TK8A 4W5QA 4O4GA 2B5JA 1C1AA 2RKIA 3NHGA 1TKDA 3BGRA 3JSMA 2QKKA 3DLBA 3I0SA 3MXIA 1NJXA 1XHXA 4E7KA 4BWMA 1A5XA 1L3TA 4FJ9A 4KRFA 4CHOA 3OS1A 2WONA 4FLXA 4FJIA 1BGXT 1TK0A 2IDOA 1QS4A 4Y1CA 4E19A 2GV9A 3QIPA 1C1BA 3OYNA 3NGIA 1KRPA 3OS0A 2ATQA 4CGJA 4CGIA 4OJRA 3I8DA 3MECA 5KGWA 3P83D 1BISA 3HP9A 3DLHA 2FBTA 4O44A 3T1AA 1RT7A 5C24A 4CEBA 1RILA 3OJSA 4Z4EA 3SUPA 4CEOA 2KZMA 1BCMA 2HW3A 4KHNA 2HHWA 1RT4A 1S6QA 1C0MA 1CXQA 1JKHA 3ZSQA 1X9WA 1NK9A 2E6LA 4O0JA 3F73A 4BDPA 2HHQA 2IS3A 2Y1JA 2FBXA 1UA0A 3V81A 1YT3A 3AVJA 4OPKA 4E89A 5J2NA 4B08A 4DU3A 1WLJA 1SL1A 1KFSA 4E1NA 4WE1A 2JLEA 1GOAA 1S1VA 2OPRA 3NDKA 3HK2A 3PUFA 1Y97A 3MEGA 3SUOA 4FJHA 5HP1A 2QK9A 1TAUA 3QETA 3K58A 3SPZA 2F96A 1VSKA 4O55A 1RT6A 4FLUA 4M3TA 4AHRA 3LP2A 4QCLA 1K6YA 5T7BA 1YTAA 5CZ2A 3ALYA 4CHNA 3SV3A 3OYCA 1GOCA 4FZZA 1HYSA 3CQ8A 5SWMA 5K14A 3DYAA 4UQGA 3NBPA 4KTZA 5SZTA 4FLZA 2IAJA 4FJ7A 1HRHA 4OKKA 4NYFA 4CECA 4F4KA 3P5JA 1XI1A 3KTQA 2X74A 3DLRA 2KFZA 3TANA 1RDBA 3CM5A 3I0RA 3C6TA 4BE2A 3IRXA 1N5YA 4KREA 4Z0UA 1VSIA 4FJXA 4HHTA 2HNDA 3ZSXA 1NK8A 4IFYA 4DSLA 2D0BA 4F3TA 1CZBA 3HSTB 1BQNA 4E7JA 1KVCA 3HPHA 2BE2A 5CZ1A 1XWLA 2VG6A 3RRGA 4NCBA 4CEAA 1RTHA 4CF0A 2G8HA 3K5LA 4AHVA 3AV9A 3IG1A 3LALA 3OYLA 4DTUA 4C8OA 2XRIA 3LP1A 3BDPA 2DTUA 1HNIA 4N47A 4W5OA 2A1SA 3CFOA 3NFAA 4DSKA 1HJRA 1RCHA 1RBSA 3AVGA 3SQ2A 1SV5A 4N41A 3ZT2A 4ELUA 1O1WA 4AH9A 3MXJA 3RMAA 4DFPA 4YNQA 4J2DA 1CXUA 4HUFA 1NK7A 2FBVA 4CJPA 3QESA 1ZBIA 5E41A 3NF8A 1GOBA 2ZD1A 3AVLA 3NF9A 4DTJA 4OKJA 3MXMA 3SUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UXDK 4GMJB 4I9QA 3T19A 2UXCK 2YX6A 4JNEA 1IG8A 3BEXA 4M7XA 4EHTA 4N5SA 4JI2K 1YHQN 2I7PA 4KHUA 4DF4A 1HLUA 2KQ2A 4YOVA 1IKYA 1S9GA 3FZFA 1KCFA 4DR7K 4FPBA 4BRFA 3CCLN 4LF9K 4FLVA 1KQSM 3TR8A 2EX3A 1YJWN 3NCIA 1VAZA 5KQ8A 3CCQN 4H0OA 3VQ5A 4DHYA 1U48A 1LAVA 1S1WA 3AVHA 4L3QA 4H4MA 1KLMA 2FF3B 2NRVA 2P9IB 2CGKA 1TAQA 4C1NI 2Q31A 3SJJA 3F9KA 3VA0A 4IOXA 3OBYA 1H1VA 4IFEA 4L8RB 4CZLA 2NRHA 5ADXA 4C8MA 4GV3A 3DOKA 5AQTA 1VSFA 5AQQA 3LPUA 3QEXA 3TTFA 5H1SQ 3PY8A 1WSGA 3J80O 4EP4A 2A6AA 3CD6N 1V4TA 4AM7A 3HXMA 4CZMA 3GOIA 4PUOA 3RMBA 4Q0BA 2E20A 3L6QA 2V51B 4CGFA 1EQYA 2F8TA 2G8KA 1BO5O 1NGFA 3MN9A 2HF3A 1DLOA 4E1JA 3LDSA 3O9SA 2I7NA 2XY7A 5HRPA 1IBLK 3R3LA 3LDQA 4KB0A 4PKIA 4EAHD 2HNZA 1IG9A 4DSEA 2A5XA 1SL2A 2KZZA 1TGOA 4RWTA 4WQ4A 1L3VA 2QWOA 5ELZA 1NK5A 3V9WA 3AA3A 4LF8K 3PX6A 1BHLA 3TAPA 5LMNK 3E66A 4CJWA 2DFHA 2PYLA 3SMPA 1NKBA 1HNZK 3VESA 1K9MO 3I55N 2DFEA 2BANA 2JWKA 1BDGA 1HMVA 4BR2A 3PSFA 4WQ4C 3C6AA 3CCUN 3TAMA 3NVKA 1D8YA 4DU4A 3EE8A 2ASOA 4KFBA 1GLEG 2H3GX 1SAZA 1HYVA 3U6FA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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